neadijabatska molekulska dinamika na gridu - srce.unizg.hr · dinamika atomskih jezgara opisana...
TRANSCRIPT
Neadijabatska molekulska dinamika na gridu
Dan e-infrastrukture, SRCE, Zagreb, 3. prosinac 2014.
Momir MališGrupa za teorijsku kemiju
Institut Ruđer Bošković
Motivacija
Cilj: Određivanje nepoznatih relaksacijskih mehanizama
Neradijativna relaksacija elektronski pobuđenih molekula (fotokemija)
Vakuum
Otopina
Simulacije neradijativnih relaksacijskih puteva fotopobuđenih molekula vlastitim programom
2
2 i
d tt
dtE
RM R
kj
j j
k
j
k
d tt t
dt
D
E
t t
RR R
R R
ä
ä
Dinamika atomskih jezgara opisana klasičnom mehanikom
Dinamika elektrona opisana kvantnom mehanikom
Neadijabatska molekulska dinamika
Numerički zahtjevne subrutine
(Nužna paralelizacija
kôda)
Ansambl trajektorija
Vrijeme
Popula
cija
ele
ktr
onskih
sta
nja
Interpolacija parametara kinetičkih modela
2S
1S
0S
1 2
1 02S S Sk k
Relaksacijski mehanizmi
Invidualne trajektorije
Uprosječenje
Broj procesora po trajektoriji (2/4/8/16/...)
Broj trajektorija(50/100/.../∞)
Zahtjevi:
+ podrška (pohrana trajektorija, pristup privremenim podacima, ...)
Program na cro-ngi-u
NumProc = XX
executable = program.bash
...
transfer_input_files = $(InOutFile).tar
transfer_output_files = $(InOutFile).gz
...
globusrsl = (jobType=single)(count=$(NumProc))
environment = "PE_MODE=single PARNODES=$(NumProc)
...
queue
program (kôd) + turbomole + početni uvjeti↓
trajektorija
Condor skripta
Izvršavanje programa upravljano bash shell skriptom
turbomoleprogram
UI
CE SE
turbomole.gz (~4 GB)programbackup
uberftp
globus-url-copy
backup
se.srce.cro-ngi.hr
program.bash:#!/bin/bash
globus-url-copy gsiftp://$SE_SERVER/.../turbomole.gz
file://$(pwd)/turbomole.gz
tar –xzf turbomole.gz
export TURBODIR=turbomole_putanja
globus-url-copy gsiftp://$SE_SERVER/.../program file://$(pwd)/program
./program (sadrži: globus-url-copy file://$(pwd)/backup gsiftp://$SE_SERVER/.../backup)
Condor
tar/
gz
program
UI
CE SE
backupprogram
uberftp
globus-url-copy
Condorremote-scratch-get
backup/home/.../turbomole
se.srce.cro-ngi.hr
program.bash:#!/bin/bash
export TURBODIR=/home/.../turbomole6.4
globus-url-copy gsiftp://$SE_SERVER/.../program file://$(pwd)/program
./program
tar/
gz
backupprogram
program
/cvmfs/.../turbomole/cvmfs/.../amber
UI
CE SE
program.bash:#!/bin/bash
cd $TMPDIR
export TURBODIR=/cvmfs/cvmfs.cro-ngi.hr/turbomole/turbomole6.4
export AMBERHOME=/cvmfs/cvmfs.cro-ngi.hr/amber
globus-url-copy gsiftp://$SE_SERVER/.../program file://$(pwd)/program
./program
globus-url-copy se.cro-ngi.hr
gfarm FUSE
Condorremote-scratch-get
globus gram
backup
tar/
gz
EGI
cro-ngi egi.cro-ngi
Virtualna organizacija (VO):
VOCECompChembiomed
WMS:
gLiteCondor
Type = "Job";
Executable = "program.bash";
InputSandbox = {"program.bash",".tar"};
OutputSandbox = {"run_program.out","run_program.err",".gz"};
MyProxyServer = "myproxy.cnaf.infn.it";
WholeNodes = True;
SMPGranularity = XX;
gLite skripta
turbomoleprogram
UI
CE SE
turbomole.gz (~4 GB)programbackup
gfarm FUSE
globus-url-copy
backup
se.cro-ngi.hr
gLite
tar/
gz
backupprogramprogram
/cvmfs/.../turbomole/cvmfs/.../amber
UI
CE SE
globus-url-copy se.cro-ngi.hr
gfarm FUSE
CondorgLite
backup
tar/
gz
ce.xxx.egi.cro-ngi.hr
Program na egi-u
Program na egi-u
cro-ngi jdl skripta
+
grid_resource = cream ce.srce.egi.cro-ngi.hr:8443/cream-pbs-hpdl580
Cream_Attributes = SMPGranularity=$(NumProc);WholeNodes=True
Condor skripta
myproxy-manage-create –m –d XX –v VO
[mmalis@ui ~]$ condor_q mmalis
-- Submitter: ui.cro-ngi.hr : <161.53.133.15:24204> : ui.cro-ngi.hr
ID OWNER SUBMITTED RUN_TIME ST PRI SIZE CMD
521455.0 mmalis 11/26 18:47 3+16:55:33 R 0 0.0 program_egi.bash
Zaključak
Cro-ngi: odličan grid sustav
Zahvala
Hvala Vam na pozornosti.
Nađa Došlić
Darko Babić
Jurica Novak
Marin Sapunar
Sermsiri Chaiwongwattana
Emir Imamagić
Hrvoje Šute
Luko Gjenero