Miten tulkitsen mikrobiologisia

laboratoriovastauksia?

08.11.2017 Sisätautimeeting

Kerttu Saha, sairaalamikrobiologi

Seinäjoen keskussairaala, Kliininen mikrobiologia

Mikrobiologiset tutkimukset

- Etsitään eri menetelmillä

mikrobeja tai niiden rakenteita

tai niiden aiheuttamaa vastetta

tai mikrobien resistenssiä eri

antimikrobilääkkeille

- Viljelyt ja herkkyysmääritykset

- Värjäykset

- Antigeenitutkimukset

- Nukleiinihapon osoitus (PCR)

- Vasta-aine-tutkimukset

15.1.2018 3

Bakteeriviljelyvastauksista

• Vastaus 1-4 vrk:n kuluttua

• Mikrobien tunnistus nopeammin ja

uusia mikrobinimiä (PCR, Maldi-Tof)

• Alustava/lopullinen vastaus

• Mikrobi

antimikrobilääkeherkkyyksineen

todennäköisille patogeeneille ja

mahdollinen kommentti

• Tarkista antimikrobilääkeherkkyys!

• Konsultoi infektiolääkäriä ongelma-

tapauksissa

Massaspektrometri,

Maldi-Tof

Veriviljelyt

• Veren määrä tärkein tekijä (n. 40 ml)

• Positiivinen yleensä 1-2 vrk kuluttua

• Pulloista tehdään

– Värjäys, joka ilmoitetaan heti

puhelimitse ja atk:n välityksellä

– Tarvittaessa suoraan pullosta PCR

– 3-4 h kasvatuksen jälkeen mikrobin

pikatunnistus massaspektrometrillä

– Viljely ja antimikrobilääkeherkkyys

– Tunnistuksen varmistus ja

mahdollinen lisäherkkyys

15.1.2018 4

Veriviljelyn värjäyslöydöksiä ja mahdollisia aiheuttajia

Värjäyslöydös Mahdollinen mikrobi Jatkotoimet

GRAMPOSITIIVINEN KOKKI, RYHMISSÄ

TAI RYHMÄKOKKI

Staphylococcus aureus

Koagulaasinegatiivinen stafylokokki

Anaerobipullosta myös anaerobinen

kokki

PCR, herkkyysmääritys

GRAMPOSITIIVINEN KOKKI,

PAREITTAIN TAI KETJUISSA

Streptococcus pneumoniae

Beetahemolyyttiset streptokokit

Streptococus viridans

Enterokokki

Pikatunnistus Maldilla 3-4 tunnin

kasvatuksen jälkeen, herkkyysmääritys

valmis seuraavana päivänä

Tarvittaessa PCR

GRAMNEGATIIVINEN SAUVA Enterobakteerit esim. E.coli,

Klebsiella

Pseudomonas

Haemophilus influenzae

Anaerobiset gramnegatiiviset sauvat

Pikatunnistus Maldilla ja

herkkyysmääritys

Tarvittaessa PCR

GRAMPOSITIIVINEN SAUVA

Clostridium –lajit,

Listeria monocytogenes

Lactobacillus sp.

Bacillus sp.

Corynebacterium sp. (difteroidi)

Pikatunnistus Maldilla ja

herkkyysmääritys

HIIVA Candida albicans ja muut Candidat

Cryptococcus neoformans

Pikatunnistus Maldi-laitteella

HUOM! Mahdollinen sienisepsis!

GRAMNEGATIIVINEN KOKKI,

PAREITTAIN, DIPLOKOKKI

Neisseria meningitidis (melko

harvinainen)

Pikatunnistus Maldilla,

herkkyysmääritys

Tarvittaessa PCR

Veriviljelyvastauksia

Lisää bakteeriviljelyvastauksia

Herkkyystulos S, I, R

- S = herkkä

- I = alentunut

- R = resistentti

• MIC- määritys: tulos mcg/ml

GI- kanavan infektiot

• Ensisijaiset tutkimukset

– Bakteeripuliepäily: F-BaktVi1

– Antibioottiripuli: F-CldiVT

– Virusripuliepäily:

F-NoroNhO, Rota-AdenAg

– Parasiittiepäily: F-ParaO,

F-ParaNhO

• F-BaktVIP

– jos ensisij. tutkimukset neg

– jos epäillään EHEC:iä tai

muita ripuli-E.coli-kantoja tai

muita harvinaisempia

aiheuttajia kuten

Cryptosporidium

Mistä

eristetty

Todennäköinen patogeeni Todennäköinen

kontaminantti/normaaliflooraa

Veri Mikä tahansa mikrobi esim.

Staph.aureus,

beetahemol.streptokokit,

Enterobakteerit mm. E.coli, Klebsiella

sp.

Pseudomonas

Koag.neg stafylokokit, alfahem.streptokokit, Bacillus

sp., korynebakteerit (difteroidit)

(varsinkin jos eristetty vain yhdestä pullosta)

Kudos- ja muu

steriili alue

esim. pleura,

nivel

Mikä tahansa mikrobi esim.

Gramnnegatiiviset sauvat

Staph.aureus, beetahemolyyttiset

streptokokit,

Silmä/korva: Koag.neg.staf, alfahem ja nonhemol.str.

korynebakteerit

Virtsa Enterobakteerit: mm. E.coli ,

Enterococcus,

Pseudomonas sp, Str. B (GBS)/gravidit

S.aureus, Staph.saprophyticus, Hiivat

Korynebakteerit, koag.neg.staf, alfahem.str,

Lactobacillus sp, Bacillus sp.

GI-kanava Salmonella, Shigella, Campylobacter

jejuni, Aeromonas, Plesiomonas,

Vibriot, EHEC, Entamoeba histolytica jne

Enterobakteerit, stafylokokit, streptokokit,

enterokokit, Pseudomonas sp, Anaerobit, Hiivat

Hengitystiet Str.pyogenes (A), Str.pneumoniae,

Staph.aureus, H. influenzae,

Pseudomonas sp, Nocardia, Moraxella

catarrhalis

Koag.neg. stafylokokit, alfahem.streptokokit,

gramnegatiiviset sauvat, muut beetahemolyyttiset

str.kuin A, saprofyyttineisseriat, korynebakteerit,

hiivat

Haavamärät Staph.aureus, beetahemol.streptokokit,

Kroonistuneisssa haavoissa myös

gramnegatiiviset sauvat, anaerobit

Koagulaasinegat. stafylokit, difteroidit, viridans-

ryhmän streptokokit, peptostreptokokit ja

propionibakteerit

Antigeenitestien tuloksia

PCR- vastausten tulkinnasta

• Herkkiä ja nopeita testejä

• Kvalitatiivisia (pos/neg) tai

kvantitatiivisia (kopiomäärä/ml)

• Neg. ennustearvo yleensä hyvä

• Virusten, bakteerin ja sienten

nukleiinihappoa voi löytyä

näytteestä myös ilman infektiota

• Positiivinen PCR- tulos tulee

suhteuttaa potilaan kliiniseen

kuvaan

Kvalitatiivinen PCR: Respiratoriset mikrobit

Ensisijainen tutkimus

influenssaepidemiakaudella

- 8878 InABRSNhO

- Näytteenotto nenänielusta

Erityistilanteissa laaja respiratoristen

virusten ja bakteerien PCR-tutkimus

8940 ResNhO

PCR ja viljely likvorista (Li-MenNhO)

• HHV6 ja CMV-virusten reaktivaatio

• VZV ja vyöruusu

• Pneumokokki ja hemofiilus - hengitysteistä

• HSV1 - yskänrokko

Kvantitatiivinen PCR: P-CMVNh

Potilastapaus: 17Ü5162 21.9.17 3 782 IU/ml

17Ü5283 2.10.17 11 542 IU/ml

17Ü5333 4.10.17 19 762 IU/ml

17Ü5447 16.10.17 16 614 IU/ml

17Ü 5568 26.10.17 730 IU/ml

”Negatiivinen tulos” - PCR-menetelmän

löydösraja on 137 IU/ml

- CMV-virusta ei

osoitettavissa tällä

menetelmällä

Serologia: CMV-vasta-aineet

1

Tuore vai

aiemmin

sairastettu

infektio?

Serologia: Puumalavirus-IgM-vasta-aineet

• Myyräkuumeen IgM-pikatesti

• IgM-vasta-aineita lähes kaikilla

6 pv:ssä oireiden alusta

• Ristireaktiot mahdollisia mm.

muiden hantavirusten kanssa

IgM-

pikatesti:n

lukema: 234

Yksi potilasnäyte 17Ö277: - selvä IgM-pikatesti pos (lukema 259-266),

mutta varmistustesteissä IgM- ja IgG neg!

http://www.epshp.fi/yksikoiden_sivut/sairaanhoidolliset

_palvelut/kliininen_mikrobiologia/ohjekirja/tutkimuskoh

taiset_ohjeet

Mikrobiologian kotisivut: Mikrob.tutkimusohjeet,

myös tulosten tulkintaa, löydösraportti ja

mikrobiresistenssitilastot

Kiitos!