mikroorganismu gēnu inženierija

2010.04.21. Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML

1

Mikroorganismu gēnu Mikroorganismu gēnu inženierijainženierija

7. Praktiskais darbs


2

Informācijas meklāšanas un saņemšanas sistēma, kura meklē un izsniedz datus no vairākām savstarpēji savienotām datu bāzēm. Ar katru gadu šo datu bāzu saistība un atsauces vienai uz otru palielinās, tiek integrētas arī ārējas

datu bāzes.


3

Ļauj piekļūt aptuveni 19 miljoniem dokumentu no "MEDLINE" un citiem informācijas resursiem.

Pavisam aptverot ap 5 400 prestīžākos zinātniskos

biomedicīnas un citus dabas

zinātņu žurnālus no visas pasaules.

Pārsvarā angļu valodā izdotos

rakstus (~90%).

~ 79% -iem ierakstu ir pieejami

kopsavilkumi (abstrakti).


4

(Medical Literature Analysis and Retrieval System Online)

ir NML katalogs, kurā apkopota informācija par aptuveni

18 miljoniem dokumentu (biomedicīnas zinātnisko

žurnālu rakstu), kuri iznākuši sākot no 1947. gada.

Tieša piekļuve MEDLINE ir ierobežota.

Aptuveni 98% datubāzes ierakstu pieejami ar PubMed starpniecību.


5

Parasti ierakstā piedāvātā informācija:- raksta nosaukums (virsraksts),

- autoru vārdi,

- raksta kopsavilkums (abstract),

- MeSH (Medical Subject Headings),

- informācija par raksta novietojumu žurnālā,

- raksta publicēšanas valoda,

- publikācijas tips.

Pievienotas saites uz datu bāzēm, kurās var saņemt pilna teksta rakstus.


6

Medical Subject Headings

Specializēto terminu sistēma, kas palīdz klasificēt informāciju, lai izvairītos no dažādu terminu/sinonīmu lietošanas, kas apgrūtina vajadzīgās informācijas atrašanu. Izveidoti 16 galvenie zari

1. + Anatomy [A]

2. + Organisms [B]

3. + Diseases [C]

4. + Chemicals and Drugs [D]

5. + Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment [E]

6. + Psychiatry and Psychology [F]

7. + Phenomena and Processes [G]

8. + . . . http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi


7

3. - Diseases [C]

* Bacterial Infections and Mycoses [C01] +

* Virus Diseases [C02] +

* Parasitic Diseases [C03] +

* Neoplasms [C04] +

* Musculoskeletal Diseases [C05] +

* Digestive System Diseases [C06] +

* Stomatognathic Diseases [C07] +

* Respiratory Tract Diseases [C08] +

* Otorhinolaryngologic Diseases [C09] +

* Nervous System Diseases [C10] +

* Eye Diseases [C11] +

* Male Urogenital Diseases [C12] +

* Female Urogenital Diseases and Pregnancy Complications [C13] +

* . . .


8

3. - Diseases [C] * Bacterial Infections and Mycoses [C01] Bacterial Infections [C01.252] +

Brain Abscess [C01.323] +

Central Nervous System Infections [C01.395] +

Infection [C01.539] +

Mycoses [C01.703] +

Zoonoses [C01.908] +

* Virus Diseases [C02] +

* . . .

http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi?mode=&term=Bacterial+Infections&field=entry#TreeC01.252



http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi?mode=&term=Brain+Abscess&field=entry#TreeC01.323



http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi?mode=&term=Central+Nervous+System+Infections&field=entry#TreeC01.395




9

Bacterial Infections [C01.252] +Bacteremia [C01.252.100] +

Central Nervous System Bacterial Infections [C01.252.200] +

Endocarditis, Bacterial [C01.252.300] +

Eye Infections, Bacterial [C01.252.354] +

Fournier Gangrene [C01.252.377]

Gram-Negative Bacterial Infections [C01.252.400] +

Gram-Positive Bacterial Infections [C01.252.410] +

Pneumonia, Bacterial [C01.252.620] +

Sexually Transmitted Diseases, Bacterial [C01.252.810] + Skin Diseases, Bacterial [C01.252.825] +

Spirochaetales Infections [C01.252.847] +

. . .


10

Bacterial Infections [C01.252] +Gram-Negative Bacterial Infections [C01.252.400] +

. . .

Burkholderia Infections [C01.252.400.170] +

Campylobacter Infections [C01.252.400.177]

Cat-Scratch Disease [C01.252.400.200]

Chlamydiaceae Infections [C01.252.400.210] +

Desulfovibrionaceae Infections [C01.252.400.260] Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] +

Flavobacteriaceae Infections [C01.252.400.349]

Flexibacteraceae Infections [C01.252.400.368]

Fusobacteriaceae Infections [C01.252.400.388] + Helicobacter Infections [C01.252.400.466]

. . .


11

. . .Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] +

Dysentery, Bacillary [C01.252.400.310.229]

Escherichia coli Infections [C01.252.400.310.330] +

Granuloma Inguinale [C01.252.400.310.416]

Klebsiella Infections [C01.252.400.310.503] +

Proteus Infections [C01.252.400.310.708]

Salmonella Infections [C01.252.400.310.821] +

Serratia Infections [C01.252.400.310.850]

Yersinia Infections [C01.252.400.310.980] +

. . .


12

. . .Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] +

. . .

Escherichia coli Infections [C01.252.400.310.330] +Meningitis, Escherichia coli [C01.252.400.310.330.500]

. . .

. . .

MeSH indeksācija ieviesta 1960. gadā, un katru gadu vienreiz gadā tā tiek pārskatīta un papildināta.


13

Visi ieraksti datu bāzē tiek numurēti:PMID xxxxxxxx (PubMed Unique Identifier)

Dažkārt izdevēji informāciju par rakstiem iesūta jau pirms žurnāla iznākšanas, tādēļ aiz PMID tiek pievienota ieraksta statusa birka (tag):

[PubMed - as supplied by publisher]

[PubMed - in process]

[PubMed - indexed for MEDLINE]


14

Ieraksti, kuri nav indeksēti atbilstoši jaunajai MeSH

sistēmai, kura ieviesta 2005. gadā, glabājas

OLDMEDLINE datu bāzē (pamatā 1947 - 1965. gada

izdevumi), tie tiek atzīmēti ar birku

[PubMed - OLDMEDLINE] un to formāts var būtiski atšķirties

no jaunajiem ierakstiem.


15

PubMed datu bāzē sastopami raksti, kuriem netiek piešķirts MEDLINE indekss, tie marķēti kā

[PubMed] vai [PubMed - as supplied by publisher]

Iemesls:

- raksts nav attiecinams uz biomedicīnas jomu,

- raksts iznācis pirms MEDLINE uzsācis attiecīgā žurnāla MeSH indeksēšanu,

- žurnāls nav "MEDLINE žurnāls",

- PubMed Central (PMC) publicēts e-raksts pirms 2005. gada.


16

Ievadītie termini (frāzes) vispirms tiek meklēti MeSH vārdnīcā, autoru un žurnālu vārdnīcu tabulās.

Ja atrasto ierakstu skaits nav liels, meklējumi tiek turpināti visos pārējos laukos.

Ja ievadītā frāze visā pilnībā netiek atrasta*, tā tiek sadalīta pa vārdiem un meklējumi tiek veikti ar atsevišķiem vārdiem, izmantojot AND / OR loģiskos operātorus dažādās kombinācijās.


17

Tam, kā dotais uzdevums ticis pārtulkots meklēšanas komandu valodā un izpildīts, var sekot laukā

"Search details".

Results: 1 to 20 of 286

conjugation[All Fields] AND

("f factor"[MeSH Terms] OR "f factor"[All Fields]) AND

("dna"[MeSH Terms] OR "dna"[All Fields])


18

Var atkārtot meklēšanu ar pārveidotām komandām:



"f factor"[MeSH Terms] AND

"dna"[MeSH Terms]


19



conjugation[All Fields] OR

"f factor"[MeSH Terms] OR

"dna" [MeSH Terms]


20



"dna"[MeSH Terms]


21

Loģiskās komandas jāievada ar LIELAJIEM BURTIEM.

"desa"[All Fields] Results: 1 to 20 of 278

"salmonella"[All Fields]Results: 1 to 20 of 66249

"desa"[All Fields] OR Results: 1 to 20 of 66526"salmonella"[All Fields]

66249 + 278 = 66527 ???


22




"desa"[All Fields] AND Results: 1 "salmonella"[All Fields]

Vienā ierakstā atrodami abi vārdi


23




"desa"[All Fields] NOT Results: 1 to 20 of 277"salmonella"[All Fields]

278 - 1 = 277


24

Veselas frāzes meklējumos tiek izmantotas, ja:

1. tās atrodamas MeSH vārdnīcā vai autoru un žurnālu vārdnīcu tabulās,


("f factor"[MeSH Terms] OR "f factor"[All Fields]) AND

("dna"[MeSH Terms] OR "dna"[All Fields])


25

Veselas frāzes meklējumos tiek izmantotas, ja:

2. speciāli tiek dota komanda lietot veselas frāzes.

Citos gadījumos frāzes tiek sadalītas atsevišķos vārdos, kuri tiek papildus apstrādāti.

differential[All Fields] AND

("rna splicing"[MeSH Terms] OR

("rna"[All Fields] AND "splicing"[All Fields]) OR

"rna splicing"[All Fields] OR

"splicing"[All Fields])



26

Automatic explosion of MeSH terms

(automatic term mapping )

differential[All Fields] AND

("rna splicing"[MeSH Terms] OR

("rna"[All Fields] AND "splicing"[All Fields]) OR

"rna splicing"[All Fields] OR

"splicing"[All Fields])

? ? ?


27

Komandas veselas frāzes meklēšanai:

- frāzei pievieno birku [tw] ,

- frāzi ietver pēdiņās: "differential splicing",

"differential splicing"[All Fields] Results: 1 to 20 of 687

differential splicing[tw] Results: 1 to 20 of 687


28

Komandas veselas frāzes meklēšanai:

- vārdus savieno ar svītriņu: differential-splicing ,

- lieto aprautās frāzes zīmi: differential splicing* .

differential splicing[All Fields] Results: 1 to 20 of 687

differential-splicing[All Fields] Results: 1 to 20 of 687


29

Taču, meklējot "uzspiestās" frāzes, jāpievērš lielāka uzmanība alternatīvu apzīmējumu iespējamībai,

differential splicing[tw] Results: 1 to 20 of 687

alternative splicing[tw] Results: 1 to 20 of 19296

alternative splicing[MeSH Terms] Results: 1 to 20 of 14351


30

kā arī tam, ka meklējumi notiek nevis pilnajā datu bāzē, bet gan automātiski sastādītos datu bāzes indeksos.

Var gadīties, ka "uzspiestā" frāze datu bāzes ierakstos reāli pastāv, taču nav tikusi iekļauta datu bāzes indeksos.

Ja meklējumos ar "uzspiesto" frāzi ieraksti nav atrasti, vēlams ļaut sistēmai veidot savus meklēšanas algoritmus ar atsevišķiem frāzes vārdiem.


31

Vai arī meklējuma uzdevumus kombinēt ar MeSH datu bāzes palīdzību, kur iespējam uzlikt arī dažādus papildus ierobežojumus meklēšanai.


32

Aprautā vārda (frāzes) zīmi "*" lieto arī lai meklētu visus apzīmējumus ar norādīto sakni, piemēram, splic* gadījumā tiks meklēti ieraksti ar terminiem:

splice, spliceability, spliceable,

splicecenter, spliced, spliceforms,

spliceome, spliceopathy, spliceosoma,

spliceosomal, spliceosome, splicing

utt.

Results: 1 to 20 of 51 822


33

Ja izmantotā aprautā vārda daļa datu bāzes indeksos būs pārstāvēta ļoti plaši, meklējumiem tiks izmantoti tikai pirmie 600 termini, un

lietotājs par to tiks informēts.

Piemēram, lietojot spl* :

Results: 1 to 20 of 168 030


34

#1 AND #4 Results: 1 to 20 of 4800

Loģiskās komandas var izmantot kombinējot iepriekš veiktos meklējumus sadaļā "Advanced Search", kur glabājas Jūsu

meklējumu vēsture.


35

#1 AND ("loattrfull text"[sb] AND Review[ptyp] AND "2009/03/27"[PDat] : "2010/03/26"[PDat])

Izmantojot meklējumu vēsturi iespējams meklējumu precizēt uzliekot papildus ierobežojumus - dodoties uz sadaļu "Limits".


Izmantotie ierobežojumi:

- pieejams pilnais teksts,

- apskata raksts,

- publicēts pēdējā gada laikā.


36

Meklējumu vēstures sarakstā tiek saglabāti ne vairāk kā 100 pēdējie ieraksti.

8 stundas pēc pēdējās aktivitātes beigām visi meklējumu vēstures ieraksti tiek dzēsti.

Lietotājs meklējumu vēstures ierakstus var dzēst (visus vai katru individuāli).


37

Ierakstītos terminus analizē "Spell Check" funkcija (piedāvā citu vai labo kļūdaino terminu), taču tā var nenostrādāt, ja attiecīgā kļūda arī ierakstos sastopama stipri bieži vai gadās ļoti reti.

Your search for konjugation F factor DNA retrieved no results.

However, a search for conjugation f factor dna retrieved the following items. .

Sistēma bieži pieļauto kļūdu vārdnīcā atrada raksturīgu kļūdu un automātiski to izlaboja.


38

Mazāk raksturīga kļūda - sistēma piedāvā citu vārda variantu, bet meklējumi tika veikti kļūdaino vārdu izlaižot, jo tam neviens ieraksts datubāzē neatbilda.



39

"Stop vārdi" - termini, kuri meklēšanā tiek ignorēti, jo tie sastopami pārāk daudz ierakstos, piemēram:

I i, if, in, into, is, it, its, itself

J just

K kg, km

M made, mainly, make, may, mg, might, ml,

mm, most, mostly, must


40

Ja vajadzīgā tēma grūti formulējama,

un starp atrastajiem ierakstiem ir tikai daži vēlmēm atbilstoši ieraksti,

var lietot pie atrastajiem ierakstiem izvietoto funkciju "Related Articles"

- vadoties no virsrakstā, kopsavilkumā un MeSH tabulā izmantotajiem terminiem, sistēma piedāvās komplektu ar vislīdzīgākajiem rakstiem.


41

Ja tiek piedāvāts pārāk daudz ierakstu, var uzlikt specifiskus ierobežojumus pēc:

- publicēšanas laika, - objekta sugas,

- publikācijas veida, - objekta dzimuma,

- publikācijas valodas, - objekta vecuma,

- ieraksta īpatnībām,

- noteikta meklēšanas lauka.


42

Uzliktie ierobežojumi tiek uzrādīti arī pirms meklējumu rezultātiem:

Turpat

uzliktos ierobežojumus var

mainīt vai

atcelt.

mikroorganismu gēnu inženierija

Documents