mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat xavier font* jordi carreras* francesc oliva**...

30
Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona ** Departament de Bioestadística, Universitat de Barcelona

Upload: severo-de-dios

Post on 23-Jan-2016

231 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat

Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva**

*Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona

** Departament de Bioestadística, Universitat de Barcelona

Page 2: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

Vernacular (FR): Pyrale du maïs

Vernacular (ES): Piral del maíz

Diagnosis: Wingspan 26-30mm; sexually dimorphic;male: forewings ochreous to dark brown; female: forewings pale yellow; …

Alimentación: Zea mais L.

Species: Ostrinia nubilalis (Hübner, 1796)

Family: Pyralidae

Order: Lepidoptera

Class: Insecta

Genus: Ostrinia Hübner, 1825

Vernacular (EN): European Corn-borer

Familia: Gramineae

Taxonomía y nomenclatura

Colección: LU LepidopteraRecord id: LU_003217País: GaliciaCoordenadas03.047˚E 48.730˚NFecha: 28 Junio 2005Recolector: P. Pando

Especimen y observación

Interaciones ecológicas

Locus: AAL35331Definition: acyl-CoA Z/E11 desaturase

1 mvpyattadg hpekdecfed...

Mapa genético

Average RainfallLocation: 48.82°N 2.29°E Jan Feb Mar Apr ...182.3 120.6 158.1 204.9 ...

Datos abiòticos

Descripción

Pheromones of Ostriniahttp://www.nysaes.cornell.edu/fst/faculty/acree/pheronet/phlist/ostrinia.html

Bibliografía i recursos Web

Synonym: Pyralis nubilalis Hübner, 1796

Criterios IUCN, Leyes,etc.

Conservación/ProtecciónDatos sobre biodiversidad

P. Pando

Autoría del dato

Page 3: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

Coordenadas 03.047˚E 48.730˚N

Species: Ostrinia nubilalis

P. Pando

Fecha: 28 Junio 2005

Average RainfallLocation: 48.82°N 2.29°E Jan Feb Mar Apr ...182.3 120.6 158.1 204.9 ...

Datos abiòticos

Page 4: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

Fuentes de información:

Page 5: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

-GBIF (http://www.gbif.org)

-BioCase (http://www.biocase.org)

-RED MUNDIAL DE INFORMACIÓN SOBRE BIODIVERSIDAD (http://www.conabio.gob.mx/remib/doctos/remib_esp.html)

-Species analyst (http://www.iabin-us.org/projects/species_analyst/species_analyst.html)

Proyectos de informatización de datos de Biodiversidad Internacionales

Page 6: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

•Estatales-Proyecto Anthos (http://www.anthos.es/) -Nodo nacional GBIF (http://www.gbif.es/gbifes.php-SIVIM (http://www.sivim.info)

Proyectos de informatización de datos de Biodiversidad en España

•Autonómicos-Banco de datos de Cataluña (http://biodiver.bio.ub.es/biocat/)-Atlas de la flora de Aragón (http://www.ipe.csic.es/floragon/)-El Banco de datos de Biodiversidad de la comunidad

Valenciana (http://www.gva.es/)

-Biota”, de la Comunidad Autónoma de Canarias (http://www.gobcan.es/medioambiente/biodiversidad/ceplam/

bancodatos/biotaespecies.html) -Otros en desarrollo (Illes Balears y País Vasco)

Page 8: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **
Page 9: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

Datos GBIF

Data Providers 266 

 Datasets 7621 

 Searchable records 151,222,333 

Page 10: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

Datos GBIF

30.956.394 registros con coordenadas

Page 11: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

JDBC

Wel

wits

chia

Inte

rne

t

Fagus

Quercus TurboVeg XMLNew XML schemas?

ABCD (BioCase)DarwinCore II (GBIF)

Anthos

Taxus Zamia Ginkgo Georeferenced data

Collections Specimen data

Specimen digititation

= Servicio Web Zamia = Programa gratuïto Taxus = de pago

Yucca

Cartography

WMS

Xanthorrhoea

Xanthorrhoea Araucaria

Xanthorrhoea Araucaria

WMS

Page 12: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

• Todo el software de VegAna está escrito en lenguaje Java, que permite que funcione en todas las plataformas que soportan el Java Virtual Machine (JVM). Por ejemplo: Linux, Windos o Mac.

• Principalmente, se distribuye mediante un modo basado en la web, gracias a la tecnología Java Web Start.

• Una vez se tiene el Java instalado, los programas de VegAna pueden iniciarse tan solo con el enlace de vuestro navegador de internet.  

• http://biodiver.bio.ub.es/vegana/ 

Page 13: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

Page 14: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

B-VegAna:

JDBC

Wel

wits

chia

Inte

rnet

Page 15: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

B-VegAna

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

Page 16: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

B-VegAna:

JDBC

Wel

wits

chia

Inte

rnet

Fagus

Quercus TurboVeg XMLNew XML schemas?

ABCD (BioCase)DarwinCore II (GBIF)

Anthos

Taxus

Quercus

Fagus

Page 17: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

Fagus

Page 18: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

Fagus

Page 19: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

QUERCUS

Editor de tablas de Trabajo

• Procesamiento de la nomenclatura

• Elaboración y publicación de tablas (RTF)

• Espectros de atributos.

• Generación de tablas sintéticas

• Exportación para análisis multivariante

Page 20: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **
Page 21: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

B-VegAna:

JDBC

Wel

wits

chia

Inte

rnet

Fagus

Quercus TurboVeg XMLNew XML schemas?

ABCD (BioCase)DarwinCore II (GBIF)

Anthos

Taxus Zamia

Zamia

Page 22: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

VegAna: Zamia

Page 23: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

B-VegAna:

JDBC

Wel

wits

chia

Inte

rnet

Fagus

Quercus TurboVeg XMLNew XML schemas?

ABCD (BioCase)DarwinCore II (GBIF)

Anthos

Taxus Zamia Ginkgo

Ginkgo

Page 24: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **
Page 25: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

B-VegAna:

JDBC

Wel

wits

chia

Inte

rnet

Fagus

Quercus TurboVeg XMLNew XML schemas?

ABCD (BioCase)DarwinCore II (GBIF)

Anthos

Taxus Zamia Ginkgo

Yucca

Yucca

Cartography

WMS

Georeferenced data

Page 26: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **
Page 27: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **
Page 28: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

B-VegAna:

JDBC

Wel

wits

chia

Inte

rnet

Fagus

Quercus TurboVeg XMLNew XML schemas?

ABCD (BioCase)DarwinCore II (GBIF)

Anthos

Taxus Zamia Ginkgo Yucca

Cartography

WMS

Georeferenced data

WebHerb

Collections Specimen data

Specimen digititation

Page 29: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora

B-VegAna:

JDBC

Wel

wits

chia

Inte

rnet

Fagus

Quercus TurboVeg XMLNew XML schemas?

ABCD (BioCase)DarwinCore II (GBIF)

Anthos

Taxus Zamia Ginkgo Yucca

Cartography

WMS

Georeferenced data

Collections Specimen data

Specimen digititation

Araucaria

Araucaria

Page 30: Mètodes d'anàlisi de dades de biodiversitat Xavier Font* Jordi Carreras* Francesc Oliva** *Departament de Biologia Vegetal, Universitat de Barcelona **

I Jornades Catalanes de Conservació de Flora