mbsj2013-4aw2-4 dbcls...
DESCRIPTION
DIY non-model organism database Adiantum capillus-veneris http://togodb.dbcls.jp/acest/ ライフサイエンスに関わる公共データベースを上手く使いこなし、自らも情報を公開 する重要性が増している。そこでDBCLSのサービスを活用し、非モデル生物のESTデー タ解析およびデータベースを構築した例を紹介する。TRANSCRIPT
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DBCLS のサービスを利用した 非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築
Hiromi Kanegae1, Takeshi Kanegae2
1 Database Center for Life Science,2 Tokyo Metropolitan University
DBCLS services facilitate large-scale data analyses and
database development process of non-model organisms
mbsj2013Molecular biology in the brandnew research style that makes full use of public database
12013年12月7日土曜日
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Maidenhair fern
Adiantum capillus-veneris
TST385,198 clonesProthallia
YMU024,456 clonesSporophytes
n
YMU0110,420 clonesProthallia (normalized)
n 2n
TST3910,466 clonesProthallia with plantlets
2n
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EST submission
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EST submission
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Model organism databases
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Model organism databases
http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana
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Model organism databases
http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana
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Model organism databases
DIY non-model organism database
http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana
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Model organism databases
DIY non-model organism database
http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana
Adiantum capillus-veneris http://togodb.dbcls.jp/acest/
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Model organism databases
DIY non-model organism database
http://www.arabidopsis.org/Arabidopsis thaliana
Adiantum capillus-veneris http://togodb.dbcls.jp/acest/
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DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
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DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
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DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ
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DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
DBCLSのサーバーでホスティングし、安定運用 表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ
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DBCLS TogoDB database hosting serviceTogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.
サーバー運用費が不要 DBCLSのサーバーでホスティングし、安定運用 表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ
62013年12月7日土曜日
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72013年12月7日土曜日
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Adiantum capillus-veneris EST
72013年12月7日土曜日
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Adiantum capillus-veneris EST
陸上植物の形態形成遺伝子の解析
72013年12月7日土曜日
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Adiantum capillus-veneris EST
陸上植物の形態形成遺伝子の解析
・BLAST検索を手がかりにすることで、オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す・KAAS(KEGG Automatic Annotation Server)を用いてKO(KEGG ORTHOLOGY) を自動的にアサイン
72013年12月7日土曜日
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Adiantum capillus-veneris EST
陸上植物の形態形成遺伝子の解析
・BLAST検索を手がかりにすることで、オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す・KAAS(KEGG Automatic Annotation Server)を用いてKO(KEGG ORTHOLOGY) を自動的にアサイン
遺伝子対応表を作成72013年12月7日土曜日
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Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類)
BLAST検索→ベストヒットの抽出
82013年12月7日土曜日
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Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類)
BLAST検索→ベストヒットの抽出
82013年12月7日土曜日
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Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類)
BLAST検索→ベストヒットの抽出
82013年12月7日土曜日
![Page 32: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/32.jpg)
http://motdb.dbcls.jp/Master of the database データベース達人
92013年12月7日土曜日
![Page 33: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/33.jpg)
http://motdb.dbcls.jp/Master of the database データベース達人
92013年12月7日土曜日
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http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono
AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)
102013年12月7日土曜日
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http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono
AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)
102013年12月7日土曜日
![Page 36: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/36.jpg)
http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono
AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)
102013年12月7日土曜日
![Page 37: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/37.jpg)
http://togotv.dbcls.jp/ja/Local BLAST
112013年12月7日土曜日
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122013年12月7日土曜日
![Page 39: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/39.jpg)
CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1)
光形態形成抑制タンパク質
122013年12月7日土曜日
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CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1)
光形態形成抑制タンパク質
122013年12月7日土曜日
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CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1)
光形態形成抑制タンパク質
種子植物・シダ植物・コケ植物に共通122013年12月7日土曜日
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CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1)
光形態形成抑制タンパク質
種子植物・シダ植物・コケ植物に共通122013年12月7日土曜日
![Page 43: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/43.jpg)
KAAS (KEGG Automatic Annotation Server) Bidirectional Best Hits に基づき自動的にKOをアノテーション
132013年12月7日土曜日
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TogoWSによるエントリ取得機能の利用http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html
152013年12月7日土曜日
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TogoWSによるエントリ取得機能の利用
情報を取得できるURLの一覧
http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html
152013年12月7日土曜日
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TogoWSによるエントリ取得機能の利用
情報を取得できるURLの一覧
http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html
例) 遺伝子IDからDefinitionを一括して取得可能http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/AB018442/definition
152013年12月7日土曜日
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KOのIDのリストから関連する情報を取得
162013年12月7日土曜日
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KOのIDのリストから関連する情報を取得
162013年12月7日土曜日
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162013年12月7日土曜日
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162013年12月7日土曜日
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162013年12月7日土曜日
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172013年12月7日土曜日
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172013年12月7日土曜日
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172013年12月7日土曜日
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172013年12月7日土曜日
![Page 66: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/66.jpg)
Open Refine+TogoWS REST
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Pathway情報を取得表をダウンロード
172013年12月7日土曜日
![Page 67: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/67.jpg)
KEGG OrthologyからPathwayの解析
182013年12月7日土曜日
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KEGG OrthologyからPathwayの解析
182013年12月7日土曜日
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Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類)
Adiantum capillus-veneris(シダ植物シダ類)
Physcomitrella patens
(コケ植物蘚類)
Arabidopsis thaliana (種子植物)
COP1 PHOT EID FT X
1 2 1 1 2
1 2 1 0 1
2 2 1 0 0
9 6 3 0 0
LightSignaling
LightSignaling
LightSignaling Flowering Shoot
meristem
形態形成遺伝子対応表を作成
192013年12月7日土曜日
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データベース構築のメリット
202013年12月7日土曜日
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遺伝子の解析に利用可能
データベース構築のメリット
202013年12月7日土曜日
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遺伝子の解析に利用可能
データベース構築のメリット
研究データの共有が可能
202013年12月7日土曜日
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遺伝子の解析に利用可能
共同研究の可能性
データベース構築のメリット
研究データの共有が可能
202013年12月7日土曜日
![Page 74: Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052600/5577b09bd8b42af34a8b52ef/html5/thumbnails/74.jpg)
遺伝子の解析に利用可能
共同研究の可能性
データベース構築のメリット
研究データの共有が可能
新たな発見の可能性
202013年12月7日土曜日