marcos catanho curso de introdução à bioinformática laboratório de genômica funcional e...

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  • Marcos CatanhoCurso de Introduo BioinformticaLaboratrio de Genmica Funcional e BioinformticaDBBM-IOC / FiocruzPrograma de Qualificao Docente da CAPESConvnio: UFPE - UFCG - FiocruzDomnios, Motivos, Padres e Perfis

  • Agenda

    DomniosMotivosPadresPerfisAnlises de perfis

  • Domnios

    Mdulos que constituem unidades distintas do ponto de vista evolutivo, funcional e estrutural.

  • Motivos

    Elementos (pores) conservados de um alinhamento de seqncias proticas, normalmente correlacionados com uma funo em particular.

  • MotivosPE family (motivos de Pro-Glu)

  • Padres

    Representam caractersticas comuns de grupos de seqncias; fornecem apenas uma abreviatura, representando quais resduos podem estar presentes em cada posio.

    [IV] - G - x - G - T -[LIVMF] - x(2) - [GS]

  • Perfis

    Tambm conhecidos como position-specific scoring matrices (PSSM).

    So matrizes que representam todas as possveis trocas entre aminocidos, incluindo penalidades para abertura de gaps, para cada posio de uma seqncia, nas quais um valor atribudo a cada uma destas trocas.

  • Perfis

    Esses valores so proporcionais probabilidade de ocorrncia de cada troca, tomando-se como base o alinhamento mltiplo de um grupo de seqncias cuja relao conhecida (e.g uma famlia de protenas).

    Posies altamente conservadas recebem altas pontuaes e aquelas pouco conservadas recebem baixa pontuao.

  • Perfis

  • Anlises de perfis

    Mtodos que permitem a deteco de protenas distantes (pouco similares), atravs da comparao de seqncias.

    A comparao feita com base no somente nas matrizes de distncia comumente usadas (PAM, BLOSUM) mas tambm com base em matrizes de pontuao posio-especfica (PSSM).

  • Anlises de perfis

    A similaridade de qualquer outra seqncia com o grupo de seqncias alinhadas pode ser testada atravs da comparao desta seqncia-alvo com o perfil gerado (PSSM), usando algoritmos de programao dinmica.

    Atualmente, diferentes mtodos/algoritmos so empregados na construo das PSSMs e nas buscas por similaridades (psi-blast, HMMer etc.).