mapa genético de caracteres · pdf fileseparados por recombinación...
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Mapa Gentico de CaracteresMedelianos
Cap 11 Hum Mol Gen
Mapeo Gentico Objetivo: determinar la frecuencia con que 2 loci son
separados por recombinacin meitica. Fraccin de recombinacin: es la proporcin de
recombinantes entre 2 loci. Genes localizados en distintos cromosomas segregan
independientemente >>> 50% de recombinantes >>> 0.5 Genes sintnicos: genes localizados en el mismo cromosoma.
Haplotipo: conjunto de alelos localizados en una pequea regin quetienden a ser transmitidos en bloque.
La fraccin de recombinacin es una medida de la distancia entre 2loci >>> distancia gentica se mide en cM, centimorgan) >>> 1% derecombinacin = 1 cM
No es igual a distancia fsica
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Recombinantes y no recombinantes
La fraccin de recombinacin nunca excede de 0.5
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La relacin entre el mapa fsico y elgentico no es constante en el genoma
El nro de quiasmas en la meiosis del hombre es de aprox. 49por clula >>> 2450 cM
La frecuencia de entrecruzamientos es mayor en la mujer >>>4296 cM. 1cM aprox. 1 Mb
Relacin entre el mapa fsico y genticoEn gral hay msrecombinacin cerca delos telmeros
En la mujer haymayor frecuenciade recombinacincerca de loscentrmeros
En gral la frecuenciade recombinacin esvariable dependiendode la regin y elcromosomoma
Preguntas
Todos los cromosomas tienen un mapagentico ?
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Hot Spots de Recombinacin en el Cromosoma 22
Marcadores Genticos
Se necesitan doble heterocigotas Marcadores:
Polimrficos. Porque ? Fcil de determinar Se necesita como mnimo 1 cada 20 cM
>>> no menos de 300-500 marcadores/genoma
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Desarrollo de marcadores genticos
Meiosis informativas vs no informativas
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Determinacin de recombinantes
Como sabemos cuando encontramos ligamientoentre un determinado marcador y laenfermedad que estamos estudiando?? 1. Como determinamos la fraccin de
recombinacin ?? Fig 11.1 2. Que test podemos usar para evaluar si es
significativamente diferente de 0.5 (hipotesisnula)??
Un caso fcil
El individuo II1 (doble heterocitota) podemos saber que alelo fue heredado de cadapadre (phase-known) por lo que podemos clasificar cada meiosis como recombinante ono recombinante).
2 recombinantes en 7 meiosis >>> la fraccin de recombinacin es 0.28
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Reconociendo recombinantes
Phase-known (II1) Phase-unknown (II1)
1 2 3 4 5 6NR NR NR NR NR R
1 2 3 4 5 6 R o NR ??
A1 A2?
LOD Score1. Fig 11.4 (B): Recombinantes o No Recombinantes ?
Que hacemos ? Los descartamos ?
2. Si analizamos varias familias. Como podemos determinar laprobabilidad total de ligamiento?.
Estimar la probabilidad total de ligamiento:A) probabilidad de ligamiento (suponiendo que estan ligados)B) probabilidad de ligamiento (suponiendo que no estan ligados) A/B : es la probabilidad de ligamiento el logaritmo de A/B es el LOD Score
Se multiplica las probabilidades para cada flia o suman los LOD Scores
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Calculando LOD Scores
LOD Scores: Ligamiento: = > de 3 No ligamiento: = < de 2 Valores intermedios:indeterminado
Cual es la fraccion derecombinacion de la flia A dela fig anterior ? 0.167= 1/6
De donde sale el valor de LODscore 3 para aceptar ligamiento ?
Intervalo de confianza: 1 unidas LOD
LOD scores menores de 2 sonutiles ? Yes. En la curva 3 excluye linkage en un intervalo de 12 cM alrededor de
marcador. Si se excluyen muchas regiones, entonces pueden quedar unaspocas regiones posibles.
Corresponde a una probabilidad de 1000 a 1 porque es muy pocoprobable que 2 loci elegidos al azar puedan estar ligados. Si algoes muy poco probable entonces necesitamos fuertes evidenciaspara convencernos de que es verdad. No??
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Bsquedas globales en el Genoma
Se buscan simultneamente un nro muy grandede marcadores.
LOD score de 3 es para 1 marcador. Si se usa mas de un marcador hay que usar una
p mayor (3+log (n marcadores). Pero en gral se acepta un valor de 3.3 En la prctica, de cualquier forma, si es < de 5 se lo toma como provisional.
Mapas de Marcadores Genticos
El mapeo de marcadores se hace en fliasseleccionadas muy grandes (CHEPH flias). Hay colecciones de lneas celulares inmortalizadas
de cada individuo Tipeo de 8 flias con 8325 microstelites.
Lo ideal es tener un mapa integrado: Gentico (separado por sexos) y Fsico.
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Tipificacin de espermatozoides Para reducir la distancia entre marcadores se puede
usar la tipificacin en espermatozoides. Whole genome amplification
Se puede usar para mapear enfermedades?
Problemas en genotipificacin Tcnicos
Mala lectura de geles en marcadores polimrficos. Mezcla de muestras. No paternidad.
Diagnstico errneo Introduce recombinantes errneos.
Heterogeneidad de locus Fenotipo similar causado por mutaciones en genes no relacionados
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Los anlisis de ligamiento terminan cuando seencuentra un marcador que satisface todos loscriterios.
En gral el blanco es de 1 Mb o ms.
Linkage disequilibrium
Se puede usar para reducir la regin candidataen mapeos de enfermedad vs marcador La idea es tipificar pacientes no relacionados por
marcadores en la regin de inters. Si una proporcin de los genes enfermos derivan de un
ancestro comn, se puede buscar un haplotipo ancestralcompartido que defina una regin menor del genoma.
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Mapeo en Autocigotas
Autocigotas: homocigotas para marcadoresheredados recientemente de un antepasadocomn.
Individuos con enfermedades recesivas raras enfamilias con alta consanguinidad es probableque sean autocigotas para marcadores ligadosal gen responsable de la enfermedad
Mapeo en autocigotas