m1 bmc 2010-2011
DESCRIPTION
Support de cours de Maîtrise de l'information scientifique (MV401) pour les Master 1 Biologie moléculaire et cellulaire de l'UPMC.TRANSCRIPT
MASTER 1 BMC
2010-2011
MAITRISE DE
L’INFORMATION
SCIENTIFIQUE
Contenu de la formation
1 cours en salle info : 3h
1 examen : 1h
Formation à distance : vidéos, cours et exercices disponibles sur Jubil
Dates des examens:
Semaine du 13 décembre 2010.Notes des examens : les points au-dessus de 10 sont
divisés par deux et ajoutés à la note de l’oral de TP
Formation à distance
Pour préparer le cours, il vous est demandé d’avoir lu ce diaporama et regardé les tutoriels vidéo.
La mention « Tutoriel vidéo » en bas à gauche d’une diapositive indique qu’une vidéo est disponible sur le sujet.
Pour retrouver les cours et les vidéos : aller sur Jubil(http://jubil.upmc.fr), Guides de recherche > Formations et autoformations à la recherche de documentation > Masters > Supports de cours dans chaque discipline et Vidéos (tutoriels) en ligne
Alternative à Jubil : Slideshare pour les diaporamas http://www.slideshare.net/BUPMCformM/presentations
ITunes UPMC pour les vidéos (fonctionne avec le logiciel ITunes) :
http://deimos3.apple.com/WebObjects/Core.woa/Browse/upmc.fr.4263834776.04263834781
ou :
http://itunes.upmc.fr Cours>Tutoriels vidéo de la Bibliothèque de l’Université Pierre et Marie Curie (BUPMC)
Pour compléter, il est conseillé de lire les supports de cours spécialisés sur : Jubil ; PubMed ; Web of Science ; EndNote Web
Les tutoriels en ligne sur Jubil
http://jubil.upmc.fr
Rendez-vous dans la Rubrique « Guides
de Recherche » pour retrouver les cours
en ligne.
Plan du cours
1. Rechercher l’informationRessources papier et électronique ; veille
documentaire
2. Évaluer l’information Évaluer un site Internet ; principes de la bibliométrie
3. Présenter l’information Logiciels de gestion bibliographique
RECHERCHER
L’INFORMATION
Le réflexe de tout le monde : chercher sur Google, Wikipédia
> recherche intuitive, Information non validée
Pour une information validée, suivre les étapes de la recherche documentaire méthodique
Définir le sujet et trouver les mots clés
Cibler les documents : les différents documents des bibliothèques
La recherche documentaire
Limites de Google Avalanche de réponse, comment trier ?
Algorithme de recherche protégé par le secret commercial : pas de transparence sur les résultats de recherche
Le classement par popularité (PageRank) peut être facilement détourné : les « bombardements Google » (Google bombing)
Ne cherche pas dans le web invisible : bases de données, etc. = 70 à 75% du web total !
Google : mieux l’utiliser
Les guillemets (Expression exacte)
Chercher une définition define:
Limiter la recherche à un site site:
ou à un type de fichier filetype:
WIKIPEDIA : une encyclopédie
collaborative
Une communauté d'auteurs : quelques erreurs mais une forte réactivité
Une liberté de rédaction : signature, structuration du document
Une information fiable ?
Prendre du recul : utiliser les onglets « historique » et « discussion ».
Une méthode : les étapes de la
recherche documentaire
1.Définir son sujet
2.Trouver ses mots-clés
3.Rechercher des livres ou des
articles sur le sujet
4.Localiser les documents
5.Établir une bibliographie
Du général
Au spécialisé
DictionnairesEncyclopédies
ManuelsOuvrages
Articles
Une méthode : les étapes de la
recherche documentaire
Général
Spécialisé
Une recherche documentaire
efficace, c’est …
Cerner le
niveau
recherché
Définition
du sujet
Temps imparti à la
recherche documentaire
Objectif 1 :Déterminer le contexte général de votre recherche et le
situer dans son champ disciplinaire, chronologique,
géographique, etc.
Cette définition des limites du sujet doit vous aider à
élaborer une question, une problématique.
Objectif 2 : Trouver les mots qui serviront à interroger les outils
(moteurs de recherche, bases de données, etc.)
Pourquoi définir son sujet ?
Les mots clés
Ce travail de questionnement sur le sujet permet de trouver des mots, des expressions que l'on appelle des mots clés. Ces mots doivent être sans ambiguïté.
Exemple :
Pour un sujet sur la « bioéthique », on notera comme mots clés : bioéthique, clonage, droits des malades, éthique, éthique biomédicale, génétique, bioethics, cloning, …
Pour trouver ces mots on utilise une encyclopédie, un dictionnaire.
L'Encyclopædia universalis :http://www.universalis-edu.com/
Points faibles :
Mise à jour assez lente, pas d'indication de la date de
rédaction de l'article
Points forts :
Information validée par un comité scientifique et
publiée, auteur connu
Sommaire, article structuré
Bibliographie
Une piste solide pour définir son sujet
de recherche
http://www.granddictionnaire.com/
Grand dictionnaire terminologique
Dédié aux sciences et techniques
Bilingue : français/anglais
Définitions précises
Synonymes et expressions dérivées
Facile à utiliser
Gratuit
Pour trouver et traduire ses mots clés
Le dictionnaire TermSciences du CNRS
http://www.termsciences.fr/
site du CISMeF : catalogue et index des
sites médicaux francophones, onglet
« Terminologie »
http://www.cismef.org/
> À partir de fin 2010, devient le Portail
Terminologique de santé : http://pts.chu-
rouen.fr/
Trouver les traductions de mots-
clés
Vocabulaire spécialisé : MeSH - Mesh = Medical Subject Headings (descripteurs
médicaux)
- Thésaurus de mots-clés spécialisé en sciences
biomédicales
- Administré par la National library of Medicine
(NLM) et utilisé dans ses outils (PubMed, NLM
Gateway)
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
Traduction française par l’INSERM
Voir le support de cours sur PubMed
Après la définition : cibler des
documents
Définir le type d’information dont on a besoin
Donc définir le type de document utile au
travail en cours
Quels documents peut-on
trouver dans les
bibliothèques ?
Quels documents peut-on trouver
dans les bibliothèques ?
Livres (= monographies, ouvrages, etc.) :
contiennent des chapitres
Revues (= périodiques) : contiennent des
articles
Thèses : travail universitaire non publié
Cartes
Multimédia : CD-ROM, DVD, etc.
Bases de données bibliographiques
Tous ces types de documents peuvent exister sur papier ou en
numérique : e-books, revues en ligne, etc.
Rechercher des imprimés
Livres, revues, journaux papier
catalogue de la bibliothèque,
directement ou par le portail Jubil
http://jubil.upmc.fr
Permet la recherche et la localisation
Attention : seule la recherche par titre de revue est possible sur le catalogue.
Lire un état de collection :
vol. 1, n. 3 (1965) – …
vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975)
vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975) ; vol. 12, n. 1 (1977) – …
La cote : identification du livre dans la bibliothèque, son adresse.
Rechercher des articles
De plus en plus d’abonnements e-only
Des collections papier très riches
Vérifier la complémentarité des abonnements papier et online : Jubil.
Utiliser les bases de données bibliographiques pour obtenir les références des articles.
Rechercher des articles
Astuces de recherche
Opérateurs booléens (ou logiques)
- pour construire une équation de recherche
- fonctionnent selon un ordre de priorité :
( ) : associe deux termes et un opérateur
SAME : recherche dans la même phrase
NOT : exclusion
AND : intersection
OR : union
Astuces de recherche
Opérateurs booléens les plus courants
AND : intersection
OR : union
NOT : exclusion
Astuces de recherche
Troncature
? 1 caractère seulement
* 0 ou plusieurs caractères
$ 1 ou 0 caractères
Gene* >>> Genes, General, Generation
Dosto?evsk* >>> Dostoyevsky, Dostoievskii
Astuces de recherche
Sur Internet :
* : troncature
« maladie d’Alzheimer » : recherche une
expression
+Alzheimer -maladie: exclure un mot
+Alzheimer +maladie : imposer un mot
Veille documentaire
Pour rester informé des nouveautés dans un
domaine
Revues généralistes :
Nature, Science, Lab Times (gratuit, en ligne :
http://www.lab-times.org/)
Revues de référence :
Trends in… ; Annual reviews; Current topics in…
Outils : alertes, fils RSS
Les outils de la recherche
d’information :
le portail Jubil
Pourquoi un « portail » ?
Un point d’accès unique à la
documentation disponible à l’UPMC (papier
ou numérique)
Un ensemble d’outils de recherche pour
accéder à cette documentation
Un ensemble de services et d’informations
autour de cette documentation.
Accéder à Jubil :
http://jubil.upmc.fr
Par le portail
de l’UPMC ou
par Google en
cherchant jubil
(1er résultat)
Tutoriel vidéo
Jubil
Les Bibliothèques de Biologie de la
BUPMC
WIFI (canal IP-UPMC)
Biologie
Recherche
M – D –
Enseignants
ChercheursBiologie
Enseignement
L2-M1
Les Bibliothèques de Biologie de la
BUPMC
BE : Biologie Enseignement
Bât 31 - Rez-de-chaussée
Du lundi au vendredi de 9h à 19h
[email protected] – 01 44 27 43 68
BR : Biologie Recherche
Bâtiment C – 4e étage
Du lundi au vendredi de 9h à 18h
[email protected] – 01 44 27 53 48
Guides de recherche : tout sur la
recherche documentaire
Quelques ressources en
sciences de la vie
Essentiel : Recherche dans des bases de données
d’articles
PubMed : Medline et PubMed Central
http://www.pubmed.gov
http://www.pubmedcentral.nih.gov/
Web of Science http://www.isiknowledge.com/wos
Recherche dans les ressources du web
Intute http://www.intute.ac.uk/
Biology browser http://www.biologybrowser.org
Recherche web et bases de données
NLM Gateway http://gateway.nlm.nih.gov
Scirus http://www.scirus.com/
Tutoriel vidéo
MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographique en
sciences biologiques et biomédicales. 19
millions d’articles, tirés de 5 000 revues,
depuis les années 1950.
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
-Intérêt de l’outil : exhaustif en sciences
biomédicales
PubMed
Tutoriel vidéo
Interroger PubMed
Pour avoir des résultats pertinents,rechercher en anglais
Les articles sont indexés avec un systèmede mots-clés hiérarchisés : le MeSH,Medical Subject Headings
Intérêt du MeSH : gère les synonymes(Trisomy 21 = Down Syndrome =Mongolism) et permet de réaliser desrecherches fines, en allant du général auparticulier
Tutoriel vidéo
PubMed Central
Notion d’archive ouverte : publications des
chercheurs financés par l’état américain.
Accès gratuit au plein texte. Barrière mobile.
Administré par le National Center for
Biotechnology Information (NCBI) de la NLM
Tutoriel vidéo
Dépouillement de plus de 9200 revues
(depuis 1900) + Conference Proceedings
(depuis 2000).
Nouveaux enregistrements par semaine :
plus de 20 000
Nouvelles références citées chaque
semaine : + de 420 000
L'accès aux articles (texte intégral) des
revues dépouillées est possible via un
abonnement de l'Université
Web of Science
Tutoriel vidéo
Intute
Intute
Site alimenté par des membres de
l’éducation nationale du Royaume Uni
Une sélection de sites par discipline
Des présentations pour connaître et évaluer
l’information scientifique pour chaque
discipline (Tour/Discover/Judge/Success)
Biology Browser
Biology Browser
Moteur de recherche gratuit de l’éditeur
Thomson Reuters (Web of Science)
Possibilité de parcourir les sites par
organismes, thèmes et par lieu.
Recherche par public (étudiant, chercheur,
etc.)
NLM Gateway
Portail d’accès aux ressources de la NLM
(Medline, PubMedCentral, encyclopédies,
etc.
Recherche MeSH
Gratuit
Tutoriel vidéo
Scirus
Moteur de recherche généraliste en sciences,
gratuit, d’Elsevier.
Cherche sur le web et dans des bases
spécifiques : bibliographiques comme
PubMed, d’articles comme ScienceDirect,
bases de brevets, thèses US, etc.
Possibilité d’affiner par base, par thème et
par format de document.
Tutoriel vidéo
Consultation de revues en ligne et
ebooks
à la bibliothèque ou à distance sur identification
ScienceDirect : éditeur Elsevier http://www.sciencedirect.com/
InterScience : éditeur Wiley-Blackwell http://www3.interscience.wiley.com/
SpringerLink : éditeur Springer http://www.springerlink.com/
Pour les autres éditeurs, vérifier si la bibliothèque est abonnée dans Jubil > Ressources en ligne > Revues de A à Z.
EVALUER
L’INFORMATION
Sur le Web :
Les deux étapes de l’évaluation
1. Identificationde l’organisation, du site
de l’auteur
de la nature du document et de l’information
2. Évaluationsource, auteur
contenu
structuration du site ou du document
accessibilité et aspects techniques
date de publication des informations
Tutoriel vidéo
Recherche et évaluation
d’information sur le Web
Une méthode intéressante : « DEBUSQUER
l’information »
Voir le site : http://www.educnet.education.fr/dossier/rechercher/fil-
conducteur/debusquer
Différents outils
Esprit critique
Bookmark organisé
Url significative
Syntaxe de recherche
Questions préalables
Utilisation réfléchie
Evaluation
Règles à respecter
Tutoriels vidéo :
- Conseils de l’INSA
- Grille d’analyse du réseau de
santé de Montréal
- NetScoring
Recherche et évaluation
d’information sur le Web
Quelques sites utiles
La page du guide de recherche documentaire Sapristi !de l'Insa de Lyon :
http://csidoc.insa-lyon.fr/sapristi/index.php?rub=1004
Comment évaluer de manière critiques les ressources Internet :http://users.skynet.be/ameurant/francinfo/validite/evaluer.html Guide clair et précis de la Commission "français et Informatique" de l'enseignement catholique belge (un peu ancien).
[sites consultés le 16/07/2010]
Évaluation de la littérature
scientifique
La validation par les pairs :
articles « peer-reviewed » : comité de
rédaction des revues
La bibliométrie : évaluation mathématique du
volume et de l’impact des publications
Outils : Scopus et Scimago ; Journal of Citation
Reports sur le Web of Knowledge
Les indicateurs de lecture :
Le facteur d’impact
nombre moyen de citation par article des deux dernières années dans les publications de l’année en étudiée
Ex. : Impact factor 2009 de Journal of cell biology
Citations 2009 d’articles de 2008 : 3454
2007 : 4235 = 7689
Articles publiés en 2008 : 393
2007 : 410 = 803
IF : 7689/803 = 9,575
Nombre de citations pour les années n-1 et n-2
----------------------------------------------------------------
Nombre d’articles publiés pour les années n-1 et n-2
I.F. année n =
Problèmes liés au facteur
d’impact
Le décalage temporel : paraît toujours une année après,
ne tient pas compte des évolutions récentes de la
politique éditoriale
Le lissage par revue et par citation : les chiffres sont
donnés pour l’ensemble de la revue, pas pour tel ou tel
article ; les citations négatives sont sur le même plan
que les positives et que les autocitations
La non prise en compte du degré de spécialisation : par
nature, les revues généralistes sont plus citées que les
revues très spécialisées, on peut difficilement les
comparer.
Autres indicateurs
L’indice d’immédiateté : rapidité de citation, présence dans l’actualité.
La demi-vie de citation : validité de l’information publiée à long-terme
Eigenfactor : enlève les autocitations et donne plus d’importance aux citations dans des revues très citées, sur le modèle du PageRank de Google.
PRESENTER
L’INFORMATION
Vos objectifs Honnêteté scientifique: mentionner les sources
exactes et vérifiables qui ont permis de faire votre travail.
Validation: permettre à la personne qui vous lit de vérifier ce que vous dites
Évaluation: montrer que vous avez étudié la question correctement
Élargissement: permettre à ceux qui lisent votre travail d’approfondir
Rédiger une bibliographie
Un principe général : uniformiser la présentation des références de façon cohérente.
Comment faire ?
Quel que soit le support (livre, article, site Web), donner toutes les informations permettant de le retrouver
Choisir une présentation: une norme, parfois imposée (prof, revue…)
Cohérence: plus important que le choix de la norme, le fait de s’y tenir
Diversité de sources et de types de documents (ouvrages, sites, articles…)
Rédiger une bibliographie
Informations nécessaires par type de document :
Livre : Nom de l’auteur, Titre, Edition, Lieu d’édition, Editeur, Nombre de pages, Année d’édition.
Article : Nom de l’auteur, Titre de l’article, Titre de la revue, Numéro de la revue, Pages de l’article, Date de parution.
Site Web : Auteur (personne ou organisme), Titre de la page, URL, Date de dernière consultation.
Rédiger une bibliographie
Les normes de présentation (ponctuation,
ordre des informations, etc.) varient en
fonction des revues, des enseignants.
Demander au commanditaire du travail quelle
norme il faut utiliser.
Les logiciels de gestion
bibliographique
Principes :
Importer facilement des références
Base de données
Extraire les enregistrement pour générer
des notes dans un article et des références
présentées d’une façon uniforme
Les logiciels de gestion
bibliographique
Quelques logiciels :
Zotero (gratuit, plugin Firefox)
JabRef (BibTex)
EndNote et EndNote Web (lié au Web of
Science, UPMC abonnée) Tutoriels vidéo
Zotero
Plug-in Firefox, gratuit, open source et extensible
Stocker des références sur le disque dur et en lign (synchronisation)
Partager de références bibliographiques
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Stocker et gérer :
des références bibliographiques
les documents qu’elles décrivent
des captures de pages Web et des annotations de pages Web
des liens vers des pages Web
Pour en savoir plus : voir le support de cours