Le monde microbien

K. RISSO – Interne Infectiologie/Pneumologie

Objectifs de ce cours

Au terme de ce cours l’étudiant devra être capable:

De définir le terme « microbien » De définir les différents agents qu’il comporte De définir les réservoir de chacun de ces agents

Les micro-organismes ?

Micro-organisme : organisme visible au microscope

Bactéries Virus Champignons Parasites Prions (ATNC)

Les Bactéries

structure d’une bactérie :

Bactéries

Dès l’arrivée au laboratoire : examen direct (parfois), résultat immédiat puis mise en culture, résultat >= 24h puis antibiogramme, résultat >= 48h

CocciGram +

CocciGram - Bacille gram + Bacille gram -

Classification des bactéries

Forme : Cocci Bacilles

Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram –

Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies

Mobilité

Les bactéries

Morphologie variable selon les espèces: Sphérique (cocci) Allongée (bacille) Incurvée (vibrion) Spiralée (spirelle) Irrégulière (corynébactérie) Ramifiée (actinomycète)

Bactéries aérobies: ont besoin d’oxygène pour se développer

Bactéries anaérobies: se développent dans les milieux dépourvus d’oxygène

Cocci gram +

Staphylocoques

Staphylocoque doré ( staphylocoque aureus : SA) Staphylocoque non doré ( staphylocoque coagulase négative, S. blanc,

S. Epidermidis …)

Streptocoques S. Pneumoniae (Pneumocoque) Autres streptocoques Entérocoque

CocciGram +

Cocci gram -

Neisseria (meningitidis, gonorrhoeae, neisseria)

Bacilles gram +

Corynébactéries Anaérobies: Clostridium (diffcile, perfringens, tetani,

botulinum)

Bacilles gram -

Entérobactéries : Colibacille (E.coli...), Proteus (vulgaris, mirabilis), Serratia, Entérobacter, …

Non entérobactérie Pseudomonas (dont P. aeruginosa = Pyocyanique) Acinetobacter

Bacille gram -

Principaux Germes des IN

85 % = BACTERIESENTEROBACTERIESSTAPHYLOCOQUES

PYOCYANIQUESENTEROCOQUES

Mais TOUTE Bactérie peut être responsable

Cas particuliers ✳ Bacille de Koch (aérien, endoscopies)

✳ Légionella (eau)

Reservoirs

1014 bactéries / être humain100 000 000 000 000 10 x plus que de cellules eucaryotes rhinopharynx : 108/ml colon : 1011/ml

FLORES DE L'ENVIRONNEMENT Eau potable : < 100 bact/ml Air : 100 à 100 000 bact/cm3

Sol : 106 à 107 bact/gr

S aureus : Habitat : flore cutanée (nez, périné) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée….

S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)….

Clostridium diffcile : Habitat : Flore digestive colite

enterocoque Habitat : Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

E coli : Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…)

Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-muq…)

Pseudomonas aeruginosa Habitat : Environnement Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

Acinetobacter baumannii : Habitat : Environnement / peau Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

Peau

Flore résidente – flore transitoire

Provenance : Autres mains, tube digestif, rhinopharynx, milieu extérieur / surfaces

Bactéries : Staph coag nég, strepto, S.aureus (gites), anaérobies

Naso-pharynx

Staphylocoque doré Streptocoque pneumoniae autres streptocoques neisseria sp

Donc surtout des

CocciGram +

Tube digestif

Anaérobies (Bacteroïdes, Clostridium...) Entérobactéries (E.coli, P.mirabilis, K.pneumoniae,

Enterobacter, Citrobacter, Serratia) Streptocoques Entérocoques Serratia sp P.aeruginosa

Donc surtout des Bacille gram -

Les bactéries

Les mycobactéries mycobactérium tuberculosis

mycobactérium non tuberculosis (avium, xenopi...)

Bactérie atypiques: Chlamydia (pneumoniae, trachomatis), ureaplasma, mycoplasama pneumoniae

  Les bactéries anaérobies: clostridium, propionibacteries...

Les virus

Définition Micro-organismes visibles seulement au microscope électronique Taille: 0,2 à 0,3 µm Ils tirent leur énergie exclusivement du métabolisme de la cellule

qu'ils infectent. Multiplication intracellulaire obligatoire Architecture des virus : le virus n’est pas une cellule, acaryotes

(limite entre le vivant et le non vivant) .

Ils ont tous : Une capside protéique Un acide nucléique (ARN ou ADN) Quelquefois : des glucides et des lipides

Les virus

VHB – VHC – VIH VRS Grippe : HxNy Autres

Exemples de maladies virales : rougeole, oreillons, poliomyélite, rhume, varicelle, grippe, fièvre jaune,

dengue, Chikungunya, SIDA

Classification

Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale

Diagnostic : culture difficile (cellules), biologie moléculaire (PCR), sérologie

Champignons

Mousses, champignons, levures, moisissures Pas de photosynthèse, tous st hétérotrophes Eucaryote: plusieurs chromosomes Etres unicellulaire (levure) ou pluricellulaire (mycélium) qui

appartiennent au règne végétal. Levures : Candida albicans…. Ch. filamenteux : Aspergillus

Champignons Environnement : Aspergillus CHEZ l’IMMUNODEP.

Pneumopathies Infections systémiques graves ISO

Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés

Parasites Définition: être vivant animal ou végétal qui pendant une partie ou la

totalité de son existence vit aux dépends d’un autre organisme appelé Hôte.

Les parasites de l’homme sont répartis en plusieurs classes : Les protozoaires : être unicellulaire doté de mouvement

amibe, trypanosome, giardia, trichomonas, toxoplasme selon les cas il se déplace grâce à des plasmopodes (rhizopodes), des

flagelles, une membrane ondulante ou des cils. Existent sous forme asexuée ou à potentiel sexué, mobile ou

enkystée, intra ou extracellulaire Les métazoaires (vers).

nématodes (vers ronds) trématodes (vers plats) cestodes (vers plats segmentés)

Transmission : Soit directe sans l’intermédiaire d’un individu Soit indirecte, avec l’intervention d’un facteur extérieur qui

se trouve soit au niveau de l’environnement ou soit un organisme actif comme un moustique. C’est un vecteur : c’est quelqu’un ou quelque chose qui transmet l’infection d’un individu à un autre.La pénétration du parasite se fait soit par voie trans-cutanée soit par voie buccale.

Ectoparasites

Ectoparasites :

Ectoparasites : poux, gale, puces… Transmission inter-humaine (poux – gale…) Environnement : poux de poules…. Transmission – épidémie – traitement contraignant en cas

d’épidémie

Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC)

Définition Il s'agit de particules infectieuses, non bactériennes, non

virales, susceptibles de s'accumuler dans les cellules de l'hôte, principalement au niveau du système nerveux central, les organes lymphoïdes.

Ces sont des protéines pathogènes résistantes, responsables d'une spongiose et d'une mort neuronale suivies de la mort du patient.

Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC)

Maladie de Creutzfeld Jacob

PrionsC’est la plus petite particule infectante connue décrite en 1982, constituée

de protéines hydrophobes ne renfermant ni ADN ni ARN. De ce fait, les prions ne sont pas des virus. Ils sont responsables de certaines encéphalopathies à évolution lente (exemple de la maladie de la vache folle)

Iatrogène (hormone de croissance, neuro-chirurgie ...)

Familiale Sporadique Nouveau variant (viande de boeuf).