Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde NFKBIA

Gen Polimorfizminin Rolünün Araştırılması

Farangiz Ghodrati1, Gökhan Özkan2, Engin Aynacı3, Yasemin Müşteri Oltulu2, Ender Coşkunpınar2, Pınar Yıldız3, İlhan Yaylım2

1Fatih Üniversitesi, Genetik ve Biyomühendislik Bölümü, İstanbul2İstanbul Üniversitesi DETAE Moleküler Tıp AD, İstanbul

3Yedikule Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi EAH, İstanbul

Giriş ve Amaç

Akciğer kanseri tüm dünyada kansere bağlı ölümler arasında ilk sırada gelmekte ve dünya genelinde her yıl yaklaşık 1,4 milyon kişinin ölümüne neden olmaktadır.

Hastaların sadece % 15’inde yaşam süresi 5 yıl

Hastalığın genetik, moleküler ve biyolojik özelliklerinin ortaya konması, uzun süreli sağkalımı belirleyebilecek ve hedefe yönelik tedavi imkanı sağlayabilecek yeni prognostik faktörler bulunması gerekmektedir.

Akciğer Kanseri - Giriş

Tüm kanser olgularının % 23’lük kısmını oluşturan akciğer kanseri tüm kanser ölümlerinin de % 19,4’unden sorumludur.

NFκBIA genindeki 3'UTR varyasyonunun IκB proteininin fonksiyonunda veya yapısında bir eksiklik oluşturduğu düşünülmektedir.

Bu nedenle günümüzde NF-κB aktivitesini bloke eden yeni ilaçların geliştirilmesi, birçok laboratuar ve ilaç şirketinin ana hedefi haline gelmiştir.

NF-κB – IκB Kompleksi

IκB proteini NF-κB molekülündeki NLS dizisini maskeleyerek çekirdeğe girmesini engeller.

IκB proteinlerinin yıkılması ise serin-spesifik IĸB kinaz (IKK) yolağı ile olur.

NFκBIA

İnsan NFκBIA (IκBα) geni 3,5 kb uzunluğunda,6 ekzon içermekte14q13 kromozom bölgesinde lokalize

bulunmaktadır.

NFκBIA (IκBα), NF-κB transkripsyon faktörünün inhibitörüdür.

Bu protein NFκB transkripsiyon faktörüne bağlanarak onun nucleousa taşınmasını ve DNA’ya bağlanmasını bloke etmektedir.

NFκBIA 3 kısımdan oluşur; N terminal domain, 30-33 aminoasitlik kopyalardan (6 kopya) oluşan ankirin tekrar

domaini v prolin-glutamat-serin-treonin amino asitlerince zengin C-terminal

(PEST) bölgelerinden oluşur. Hücrelere gelen tüm sinyaller, serin-spesifik IκB kinaz enziminin

NFκBIA’nın N-terminal ucundaki iki spesifik serin bölgesini (S 32 ve S 36) fosforile etmesine yol açar. Böylece NFκBIA yıkılımı gerçekleşerek NF-κB aktive edilir.

NFκBIA genindeki 3'UTR varyasyonunun IκB proteininin fonksiyonunda veya yapısında bir eksiklik oluşturduğu düşünülmektedir.

NFκB’nin inhibitörü olan NFκBIA proteinin disfonksiyonu NFκB aktivasyonunu arttırır bunun sonucu olarak da NFκB’nin karsinogenezde etkin olduğu düşünülmektedir.

Bu çalışmada KHDAK hastalarında NFκBIA 3’UTR A→G polimorfizmi incelendi.

Song S, PLoS One. 2011;6(6):e21726.

Materyal - Metod

Yedikule Göğüs

hastalıkları

İ.Ü.

DETAEDNA

İzolasyonu

PCREnzim Kesimi

UV

Görüntüleme

İstatistik Analiz

NFκBIA -3’ UTR A→G gen bölgesi PCR'ı final volümde 25 µl olacak şekilde ve primerlerin herbiri 10 pmol, 10 mmol dNTP, 2.5 U Taq DNA polimeraz (fermentas), içinde 10 mmol/l Tris-HCL (pH:8.3) 50mmol/l KCL ve 1.5 mmol/l MgCl2 olan buffer kullanılarak hazırlandı.

NFκBIA -3’ UTR A→G polimorfizmi

HaeIII enzimi

PCR ürünleri 20 µl final hacimde HaeIII restriksiyon enzimi ile kesildi.Enzim kesimi için 0,5 µl enzim kullanıldı. 37ºC’de 1 gece inkübe edildi.

NFκBIA geni fragmanının HaeIII restriksiyon enzimi ile kesilmesi sonucu elde edilen bant profillerinin agaroz jel elektroforezi (%3) sonrası görünümü1. kuyucuk, Marker; 2. ve 4. kuyucuklar, NF-ĸBIA mutant homozigot GG genotipi; 3. kuyucuk, yabanıl tip homozigot AA genotipi; 5. ve 6. kuyucuklar, heterozigot AG genotipi

KHDAK grubu Kontrol grubu

N=95 % N=99 % p değeri

Genotip

AA 17 17,90 21 21,21 0,844

AG 45 47,36 45 45,46

GG 33 34,74 33 33,33

Allel

A 79 41,58 87 43,94 0,638

G 111 58,42 111 56,06

BULGULAR

Genotip ve allel dağılımları bakımından hasta ve kontrol grubu sonuçları

• NFκB’nin inhibitörü olan proteinin disfonksiyonu NFκB aktivasyonunu artırır bunun sonucu olarak da NFκB’nin karsinogenezde etkin olduğu düşünülmektedir.

• Literatürde NFκBIA 3’UTR A→G polimorfizmlerinin incelendiği birçok çalışma bulunmaktadır.

Sonuç ve Tartışma

Yazar-Yıl Populasyon Hastalık Sonuç

Hong ve ark (2007) Yeni Zelanda Crohn Hastalığı

İlişkisiz  

Szamosi ve ark (2009 Macar Crohn Hastalığı GG genotipi risk faktörü p=0,002

White ve ark (2009) Amerika Epitelyal Over Kanseri İlişkisiz  

Romzova ve ark (2006) Çek-Alman Tip 2 DM AA genotipi risk faktörü p=0,0015

Gao ve ark (2007)

Çin Koleraktal Kanser AG genotipi risk faktörü p=0,001

İsveç Koleraktal Kanser GG genotipi kötü prognoz  

Bu ve ark (2007) İsveç Melonama

GG genotipi risk faktörü p=0,014

NF-κB1 -94 ins/del polm.DD genotipi risk faktörü

p=0,032 

Sonuç ve Tartışma

Çalışmamız sonucunda NFκBIA 3’ UTR A→G Genotip ve allel dağılımları bakımından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel anlamlı bir fark olmadığı tespit edidi.

Bu çalışma Türk popülasyonunda KHDAK hastalarında NFκBIA 3'UTR A→G polimorfizminin incelendiği ilk çalışmadır.

TEŞEKKÜRLER

Gökhan Özkan, MScEngin Aynacı, MDYasemin Müşteri Oltulu, PhDPınar Yıldız, MDEnder Coşkunpınar, PhDİlhan Y. Eraltan, PhD