molekulertip.deu.edu.trmolekulertip.deu.edu.tr/wp-content/uploads/2018/09/... · klinik ve temel...
TRANSCRIPT
1
DEÜ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
MOLEKÜLER TIP ANABİLİM DALI
http://molekulertip.deu.edu.tr/
Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde YÖK onayı ile kurulmuş multidisipliner bir anabilim dalıdır.
2009 akademik yılında Yüksek Lisans-Doktora Programlarına öğrenci kabul etmeye başlamıştır.
GÖREVLİ ÖĞRETİM ÜYELERİ
Prof. Dr. Hüray İŞLEKEL (AD Başkanı)
Doç. Dr. Zahide ÇAVDAR
Doç. Dr. Yasemin SOYSAL
Dr. Öğ. Üyesi Mehtap YÜKSEL EĞRİLMEZ
*Dr. Öğ. Üyesi Gamze TUNA
Dr. Öğ. Üyesi Harun SAID
**Dr. Öğ. Üyesi Özlenen ŞİMŞEK PAPUR
2547 sayılı kanunun 13/B maddesi uyarınca görevlendirilen öğretim üyeleri:
Prof. Dr. Merih BİRLİK
Prof. Dr. Oğuz ALTUNGÖZ
Prof. Dr. Erdener ÖZER
Prof. Dr. Nur ARSLAN
***Prof. Dr. Mukaddes GÜMÜŞTEKİN
Prof. Dr. Barış AKINCI
Prof. Dr. Ayfer ÜLGENALP
Prof. Dr. Hilal KOÇDOR
Doç. Dr. Zeynep YÜCE
* NIST bursiyeri olarak Haziran 2018-Kasım 2018 tarihleri arasında National Institute of Standards &
Technology (NIST), Biomolecular Measurement Division, Gaithersburg, MD 20899, ABD de
görevlendirilmiştir.
**TÜBİTAK 2219 Yurt Dışı Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı kapsamında bir yıl süre ile
Hollanda Maastricht Üniversite'sinde görevlendirilmiştir.
***TÜBİTAK 2219 Yurt Dışı Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı kapsamında bir yıl süre ile
Liverpool Üniversitesi, Wolfson Centre for Personalised Medicine bölümünde görevlendirilmiştir.
2
MİSYONUMUZ
Hücre, doku ve organizmalardaki moleküler mekanizmalara yönelik araştırmalar yapmak, bu araştırma
alanlarının tıp bilgileri ile entegre edilerek ele alınmasına ve moleküler tıp alanında yüksek lisans ve
doktora programları ile bilimsel donanımlı, etik değerleri her şeyin üzerinde tutan araştırıcıların
yetiştirilmesine olanak sağlamaktır.
VİZYONUMUZ
Moleküler tıp kavramını yansıtabilen bir eğitim programı ile uluslararası düzeyde araştırma
çalışmalarını yürüten ve translasyonel araştırma etkinliklerini koordine eden, moleküler tıp
çalışmalarının entegrasyonu ve multidisipliner yaklaşımın ivme kazanması açısından bütünleştirici bir
kimlik taşıyan, dinamik bir anabilim dalı olmayı hedeflemekteyiz.
GÜÇLÜ YÖNLERİMİZ
Klinik ve preklinik disiplinlerden oluşan öğretim üyesi profili nedeniyle anabilim dalımız hastalıkları
temelden-hasta başına uzanan derinlemesine bir bakış açısı ile ele almakta, multidisipliner yaklaşımla
oluşturulan projeler ve gerçekleştirilen çalışmalar ile tamamlayıcı bir ekip çalışması örneği
sunmaktadır. Oldukça genç sayılabilecek öğretim üyesi ekibimizden bir çoğu kısa/uzun süreli
uluslararası işbirlikleri kapsamında her yıl yurt dışı görevlendirmeler almakta, kongre kurs, eğitimlere
katılmakta ve ev sahipliği yapmaktadır. Bu görevlendirmeler ile kurulan işbirlikleri sonucunda ortak
projeler çalışmalar yürütülmekte, kurs ve eğitimler düzenlenmektedir.
2015 yılında Sağlık Bilimleri Enstitüsü olarak, anabilim dalımızın da büyük emeklerinin bulunduğu zorlu
bir süreç sonunda doktora eğitiminde Avrupa Standartlarını sağladığımızın göstergesi olan ORPHEUS
Etiketi’nin hak edilmesi ile anabilim dalımızda uluslararası kalitede eğitim verildiği onaylanmış oldu.
Görece genç bir anabilim dalı olmamıza karşın, on yıldan daha kısa bir sürede uluslararası standartlarda
moleküler tıp eğitiminin sağlam temellerini oluşturarak, bu anlamda gerek kuramsal gerekse
uygulamalı dersler örgüsü ile öğrencilerimizi dünyanın tüm ileri araştırma merkezlerinde ve
üniversitelerinde çalışmalarını sürdürebilecek kapasitede yetiştirmekteyiz. Bu süreçte 20 den fazla
doktora ve yüksek lisans diploması verilmiş olup ve halen 35 lisansüstü öğrenci eğitim almaktadır.
GELECEK HEDEFLERİMİZ
Anabilim Dalımızda görevli öğretim üyelerinin aşağıda belirtilen belirli başlı çalışma alanlarında tez ve
tez dışı çalışmalarımız sürmektedir. Tıbbi ve temel biyokimya, moleküler biyoloji ve tıbbi genetiğin tüm
yöntemlerinde ve son yıllarda tüm dünyada klinik ve preklinik tüm çalışmalarda yararlanılan ve
kullanımı zorlu ve uzun bir eğitim süreci gerektiren Sıvı Kromatografi - Tandem Kütle Spektrometrik
alanında yetişmiş öğretim elemanlarımızın ve yayınlarımızın bulunması bize bu alanlarda daha ileri
çalışmalar yaparak ülkemizin de ihtiyacı olan yeni donanımlı öğrenciler yetiştime ve ülkemizde,
uluslararası alanda farkındalığımızı artırma ve kaliteli yayınlara imza atabilme motivasyonu
vermektedir. Uluslararası standartlarda araştırma alt yapımızı güçlendirerek impakt faktörü yüksek
dergilerde yayın yapma hedefleri yanı sıra, translasyonel tıp kapsamında bulgularımızı ürünlere
dönüştürecek çalışmalarımızı da sürdürmek hedefindeyiz. Bu anlamda Depark ile işbirliğimiz
sürmektedir.
Diğer yandan kurmayı planladığımız İngilizce program ile yurt dışından özellikle komşu ülkelerden
gelecek öğrencilere lisansüstü eğitim vermeyi ve ortak projelere altyapı oluşturmayı hedeflemekteyiz.
3
BAŞLICA ÇALIŞMA ALANLARIMIZ
Klinik ve temel laboratuvar araştırmalarında “küçük moleküllerin, metabolit ve proteinlerin
Sıvı Kromatografi - Tandem Kütle Spektrometrik ölçümleri
Moleküler hücre biyolojisi
Hücresel biyokimyasal mekanizmalar
Moleküler genetik, Tıbbi genetik
Oksidatif stres, DNA hasarı ve onarımı
Yara iyileşmesi ve ekstrasellüler matriks
Moleküler metabolizma
Nörolojik ve inflamatuar hastalıklar, immunolojik araştırmalar
Ateroskleroz, hipertansiyon, çeşitli metabolik hastalıklar (diyabet, obezite vb.)
Kanser biyolojisi
Doğuştan metabolizma hastalıklarının spesifik hasta gruplarında taranması
Doğuştan metabolizma hastalıklarında yeni tedavi stratejileri
Sistemik skleroz, otofaji ve kollajen arasındaki ilişki
Ateroskleroz ve otofaji arasındaki ilişki
Obstrüktif uyku apne sendromu gelişiminde rol oynayan inflamatuvar belirteçler ve metabolik değişiklikler ile ilişkisi
İnflamasyon ve sinyal ileti yollarına etki eden moleküller
Obezite ve inflamasyon
Pediatrik Patoloji, Perinatal Patoloji, Plasenta Patolojisi, Kas Patolojisi, Moleküler Patoloji,
Dijital Patoloji
ARAŞTIRMA OLANAKLARI
Tez ve münferit projelerde aşağıdaki laboratuvarlardan yararlanılmaktadır.
o 13/B maddesi ile görevlendirilen öğretim üyelerinin laboratuvarları
o AR-LAB
Laboratuvarlarda başlıca aşağıdaki olanaklar bulunmaktadır:
1. Sıvı Kromatografi- Tandem Kütle Spektrometri (LC-MS/MS)
2. Thermal Cycler (Standart PCR)
3. Light Cycler (Real-time PCR)
4. Western Blot Analizi
5. Hücre kültürü
6. Spektrofotometri
7. Spektroflorometri
8. Elektroforez sistemleri vb….
4
SEÇİLMİŞ YAYINLAR (Son beş yıl)
1. M. Kant, M. Akıs, M. Calan, T. Arkan, F. Bayraktar, H. Islekel. Evaluation of transcription factor
7-like 2 gene polymorphism in patients with prediabetes and type 2 diabetes mellitus. 43.
FEBS Congress, 07-12.07.2018, Prag, Çek Cumhuriyeti, FEBS Open Bio, 8 (Suppl. S1):107–496.
2. M. Akıs, M. Kant, Z. Yuce, M. Dizdaroglu, H. Islekel. Effects of paricalcitol on hydrogen
peroxide-induced oxidative damage in human umbilical vein endothelial cells through
vitamin D receptor signaling. 43. FEBS Congress, 07-12.07.2018, Prag, Çek Cumhuriyeti, FEBS
Open Bio, 8 (Suppl. S1):107–496.
3. Melis Kant, Merve Akıs, Mehmet Çalan, Tuğba Arkan, Fırat Bayraktar, Miral Dizdaroğlu, Hüray
İşlekel Elevated urinary levels of 8-oxo-2’-deoxyguanosine, (5’R)- and (5’S)-8,5’-cyclo-2’-
deoxyadenosines, and 8-iso-prostaglandin F2αas potential biomarkers of oxidative stress in
patients with prediabetes. DNA Repair, 2016,
http://dx.doi.org/10.1016/j.dnarep.2016.09.004. TBD-Prof. Dr. Nazmi Özer Bilim Ödülü 2017
4. İşlekel H. Preparation for ORPHEUS Label: Dokuz Eylül University Graduate School of Health
Sciences (DEU-GSHS) Experience. Biyotıp ve Sağlık Alanında Lisansüstü Danışmanlık:
ORPHEUS Yaklaşımı (Davetli konuşmacı), Türk Biyokimya Dergisi, 21-22.06.2018.
5. İşlekel H, Yüksel Eğrilmez M, Erbayraktar Z, Akdoğan G, Pekçetin, Ç. Towards Orpheus
Labelling Standard: Dokuz Eylul University Graduate School of Health Sciences Experience.
Biyotıp ve Sağlık Alanında Lisansüstü Danışmanlık: ORPHEUS Yaklaşımı, Türk Biyokimya
Dergisi, 21-22.06.2018.
6. Tuna G, Dal NE, Kanıt Mat N, Karabay U, İşlekel H. Molecular Medicine ORPHEUS-PhD
Program in Dokuz Eylül University Graduate School Of Health Sciences. Biyotıp ve Sağlık
Alanında Lisansüstü Danışmanlık: ORPHEUS Yaklaşımı, Türk Biyokimya Dergisi, 21-
22.06.2018.
7. Kanıt Mat N, Dal NE, Karabay U, İşlekel H, Ozer E. YÖK 100/2000 Doktora Burslu Dokuz Eylül
Üniversitesi ORPHEUS Doktora Programı Öğrencileri. Biyotıp ve Sağlık Alanında Lisansüstü
Danışmanlık: ORPHEUS Yaklaşımı, Türk Biyokimya Dergisi, 21-22.06.2018.
8. Hüray İşlekel. Challenges and opportunities for women in science – a personal appraisal.
FEBS Congress (Invited Speaker), 10-14.09.2017, Jerusalem, İsrail.
9. Harmanci D, Engin K, Durmaz Engin C, Kant M, Yaman A, Akış M, Özel Yıldız S, Islekel H, Guner
Akdogan G, Söylev Bajin M. Is clinical course of optic neuropathy associated with oxidative
damage and dynamics of antioxidant response? a case-control study in patients with
nonarteritic ischemic optic neuropathies. Congress of the European Society of
Ophthalmology (SOE), Abstract Book p:20, 10-13.06.2017, Barselona/İspanya.
10. Hüray İşlekel. Isocitrate Dehydrogenase Mutation in Cancer and Progress Toward
Development of Targeted Therapeutics. Turkish Journal of Molecular Biology &
Biotechnology (Supplement 1), 22.05.2017, page:48.
11. Yusufoğlu N, Kant M, Akış M, Şanlı A, Özdemir N, İşlekel H. Evaluation of angiogenesis with
serum and tissue vascular endothelial growth factor, angiopoietin-1 and angiopoietin-2 levels
in relation to clinicopathological features in lung cancer patients. Turk J Biochem, 2017;42(5).
12. Algın Halil İbrahim, Parlar Ali İhsan, Yıldız Ismail, Altun Zekiye Sultan, İşlekel Gül Hüray, Uyar
İbrahim, Tulukoglu Engin. Which Mechanism is Effective on the Hyperamylasaemia After
Coronary Artery Bypass Surgery? Heart Lung Circ. 2017;26(5):504-508. Doi
10.1016/j.hlc.2016.09.006. S
5
13. Nuriyeva G, Kose S, Tuna G, Kant M, Akıs M, Altunyurt S, Dogan O.E, Islekel H. Predictive
power of mean uterine artery pulsatility index, maternal serum placental growth factor and
placenta associated plasma protein A levels fort he development of ischemic placental
diseases. Turkish Journal of Molecular Biology & Biotechnology (Supplement 1), 22.05.2017,
pp:81.
14. Nuriyeva G, Kose S, Tuna G, Kant M, Akıs M, Altunyurt S, Dogan O.E, Islekel H. A prospective
study on first trimester prediction of ischemic placental diseases. Prenat Diagn. 2017 Feb 6.
doi: 10.1002/pd.5017.
15. Sedat Abuşoğlu, İlknur Aydın, Funda Bakar, Tan Bekdemir, Özlem Gülbahar, Hüray İşlekel,
Yeşim Özarda, Macit Pektaş, Kamil Pir, Oytun Portakal, Muhittin Serdar, Turan Turhan, Doğan
Yücel, Oğuzhan Zengi. Kronik böbrek hastalığında tıbbi laboratuvar uygulamaları için kısa
kılavuz. Türk Biyokimya Dergisi, 2016; 41 (4): 292-301.
16. Kant M, Akış M, Çalan M, Arkan T, Bayraktar F, Dizdaroglu M, İşlekel H. Elevated urinary levels
of 8-oxo-2'-deoxyguanosine, (5'R)- and (5'S)-8,5'-cyclo-2'-deoxyadenosines, and 8-iso-
prostaglandin F2α as potential biomarkers of oxidative stress in patients with prediabetes.
DNA Repair (Amst), 2016 Dec;48:1-7.
17. “Klinik ve araştırma laboratuvarlarında LC-Tandem MS kullanımı kursu”, XXVII. Ulusal
Biyokimya Kongresi, 3-6.11.2015, Antalya
18. Tuna G, Islekel GH, Ozkaya F, Yener G, Kirkali G. Plasma levels of matrix metalloproteinases-
2, -9 and tissue inhibitors of metalloproteinases-1, -2 in Alzheimer's disease. 40th FEBS
Congress, 04-09.07.2015, Berlin, Germany, The FEBS Journal 2015;282,S1.
19. Tuna G, Islekel H, Ozkaya F, Yener G, Kirkali G, Oxidatively Induced Macromolecular Damage
and Expression of DNA Repair Enzymes in Alzheimer's Disease, Clin Chem Lab Med, 2014; 52,
Special Suppl, pp:1356.
20. Kumral A, Okyay E, Guclu S, Gencpinar P, Islekel GH, Oguz SS, Kant M, Demirel G, Duman N,
Ozkan H. Cord blood ischemia-modified albumin: Is it associated with abnormal Doppler
findings in complicated pregnancies and predictive of perinatal asphyxia? J Obstet Gynaecol
Res. 2013 Mar;39(3):663-71. doi: 10.1111/j.1447-0756.2012.02055.x. Epub 2012 Dec 21
21. Sayın O, Tokgoz Y, Arslan N. Investigation of adropin and leptin levels in pediatric obesity-
related nonalcoholic fatty liver disease. J Pediatr Endocrinol Metab 2014;27:479-484.
22. Bilen O, Altun Z, Arslan N, Onvural B, Akan P, Coker C. The effect of malnutrition on protein
glycosylation in children. Iran J Pediatr 2014;24:273-279.
23. Angın Y, Arslan N, Kuralay F. Leptin-to-adiponectin ratio in obese adolescents with
nonalcoholic fatty liver disease. Turk J Pediatr 2014;56:259-266.
24. Celik T, Guler E, Atas Berksoy E, Arslan N. Mean platelet volume as a negative marker of
inflammation in children with rotavirus gastroenteritis. Iran J Pediatr 2014;24:617-622.
25. Arslan N. Obesity, fatty liver disease and intestinal microbiota. World J Gastroenterol
2014;20(44):16452-16463.
26. Arslan N, Sayın O, Tokgöz Y. Evaluation of serum xenin and ghrelin levels and their
relationship with nonalcoholic fatty liver disease and insulin resistance in obese adolescents.
J Endocrinol Invest 2014;37:1091-1097.
27. Yis U, Ezgu FS, Karakaya P, Polat I, Arslan N, Cankaya T, Bozkaya OG, Kurul SH. A novel
mutation in the mitochondrial DNA cytochrome B gene (MTCYB) in a patient with Prader Willi
Syndrome. J Child Neurol 2015;30:378-381.
6
28. Kansu A, Kuloğlu Z, Demir A, Yaman A; Turkish Celiac Study Group. Yield of coeliac screening
in abdominal pain-associated functional gastrointestinal system disorders. J Paediatr Child
Health 2015;51:1066-1070.
29. Kocak N, Arslan N, Kartı O, Tokgöz Y, Ozturk T, Günenç U, Kaynak S. Evaluation of the
intraocular pressure in obese adolescents. Minerva Pediatr 2015;67:413-418.
30. Duman M, Gençpınar P, Biçmen M, Arslan N, Özden Ö, Üzüm O, Çelik D, Sayıner A, Gülay Z.
Fecal calprotectin: can be used to distinguish between bacterial and viral gastroenteritis in
children? Am J Emerg Med 2015;33:1436-1439.
31. Gunduz M, Arslan N, Unal O, Cakar S, Kuyum P, Bulbul S. Depression and anxiety among
parents of phenylketonuria children. Neurosciences 2015;20:350-356.
32. Gunduz M, Cakar S, Kuyum P, Makay B, Arslan N. Comparison of atherogenic risk factors
among poorly-controlled and well-controlled adolescent phenylketonuria patients. Cardiol
Young 2016 Jun;26:901-908
33. Guzel O, Yılmaz U, Uysal U, Arslan N. The effect of olive oil-based ketogenic diet on serum
lipid levels in epileptic children. Neurol Sci 2016;37:465-470.
34. Arslan N, Guzel O, Kose E, Yılmaz U, Kuyum P, Aksoy B, Calik T. Is ketogenic diet treatment
hepatotoxic for children with intractable epilepsy? Seizure 2016;43:32-38.
35. Dworski S, Lu P, Khan A, Maranda B, Mitchell JJ, Parini R, Di Rocco M, Huegle B, Yosmitsu M,
Magnusson B, Makay B, Arslan N, Guelbert N, Ehlert K, Jarisch A, Medwin JG, Dagher R,
Terreri MT, Lorenco CM, Arias LB, Tanpaiboon P, Solyom A, Norris JS, He X, Schucman EH,
Levade T, Medin JA. Acid ceramidase deficiency is characterized by a unique plasma cytokine
and ceramide profile that is altered by therapy. BBA: Molecular Basis of Disease
2017;1863(2):386-394
36. Arslan N, Kose E, Guzel O. The effect of ketogenic diet on serum selenium levels in patients
with intractable epilepsy. Biol Trace Element Res 2017;178:1-6
37. Tokgöz Y, Işık IA, Akbari S, Kume T, Sayın O, Erdal E, Arslan N. Perilipin polymorphisms are
risk factors for the development of obesity in adolescents? A case-control study. Lipids Health
Dis 2017;16:52. DOI 10.1186/s12944-017-0440-7
38. Kose E, Unal O, Bulbul S, Gunduz M, Haberle J, Arslan N. Identification of three novel
mutations in fourteen patients with citrullinemia type 1. Clin Biochem 2017;50:686-689.
39. Kose E, Guzel O, Demir K, Arslan N. Changes of thyroid hormonal status in patients receiving
ketogenic diet due to intractable epilepsy. J Pediatr Endocrinol Metab 2017;30(4):411-416
40. Kose E, Yis U, Hız S, Arslan N. A novel mutation in the glycine decarboxylase gene in patient
with non-ketotic hyperglycinemia. Neurosciences 2017;22:131-133.
41. Isık I, Tokgoz Y, Erdur B, Arslan N. Alanine and aspartate aminotransferase elevations in
children with rotavirus positive and negative acute gastroenteritis and its relation with
disease severity. Minerva Pediatr 2017;69:36-41.
42. Dogan E, Uysal S, Ozturk Y, Arslan N, Coker C. Selective screening of inborn errors of
metabolism: A report of six years experience. Iran J Pediatr 2017;27:e11323
43. Beser OF, Cokugras FC, Erkan T, Kutlu T, Yagci RV; TUHAMAR Study Group (Ertem D, Yaşöz G,
Yüksekkaya HA, Artan R, Önal Z, Coşkun ME, Aydoğan A, Zorlu P, Akçaboy M, Tosun MS,
Urgancı N, Kaya RG, Satar M, Yüce A, Karhan AN, Civan HA, Kasırga E, Volkan B, Certel AC,
Güzelçiçek A, Özkan T, Demirören K, Akşit S, Gökçe Ş, Kızılcan S, Dalgıç B, Demirtaş Z, Karbuz
A, Kalaycı AG, Gülbahçe A, Sayar T, Güler S, Aktar F, Kansu A, Altuntaş C, Ağalıoğlu D, Arslan
D, Karakurt H, Sazak S, Halıcıoğlu OB, İnce G, Üstündağ G, Soysal YD, Karacabey N, Arslan N,
7
Öztürk Y, Kuyum P, Deveci U, Selimoğlu MA, Varol Fİ, Güven B, Doğan G, Çakır M, Gülerman
F, Dursun E, Kıyan E, Doğan AE, Kırbıyık F). Evaluation of malnutrition development risk in
hospitalized children. Nutrition 2017;48:40-47.
44. Kose E, Kuyum P, Aksoy B, Häberle J, Arslan N, Ozturk Y. First report of carglumic acid in a
patient with citrullinemia type 1 (argininosuccinate synthetase deficiency). J Clin Pharm Ther
2018;43:124-128.
45. Kose E, Guzel O, Arslan N. Analysis of hematological parameters in patients treated with
ketogenic diet due to drug-resistant epilepsy. Neurol Sci 2018;39:85-89
46. Kose E, Aksoy B, Kuyum P, Tuncer N, Arslan N, Ozturk Y. The Effects of Breastfeeding in Infants
With Phenylketonuria. J Pediatr Nurs 2018;38:27-32
47. Gürsoy S, Ataman E, Bozkaya ÖG, Köse E, Ayanoğlu M, Polat Aİ, Arslan N, Kurul SH, Erçal D.
Identification of the largest homozygous glycine decarboxylase gene deletion in a Turkish
infant. Pediatr Neonatol 2018 (in press)
48. Kose E, Arslan N. Vitamin/mineral and micronutrient status in patients with classical
phenylketonuria. Clin Nutr 2018 (in press).
49. Ulusoy E, Arslan N, Kume T, Ulgenalp A, Cıralı C, Bozkaya O, Ercal D. Serum motilin level and
its relation with clinical findings and motilin gene polymorphisms in children with
constipation. Minerva Pediatr (in press).
50. Cıralı C, Ulusoy E, Kume T, Arslan N. Elevated serum neopterin levels in children with
functional constipation: association with systemic proinflammatory cytokines. World J
Pediatr (in press).
51. Yıldırım Ö, Demircan T, Tüfekçi Ö, Kızılca Ö, Kuyum P, Kır M, Abacı A, Ünal N, Arslan N, Böber
E, Yılmaz Ş, Ören H. Anemia and its effect on cardiovascular findings in obese adolescents.
Turk J Haematol 2018 (in press).
52. Cubukcu D, Guzel O, Arslan N. Effect of ketogenic diet on motor functions and daily living
activities of children with multidrug-resistant epilepsy: A prospective study. J Child Neurol (in
press).
53. Dalkılıc F, Dogan Y, Arslan N, Kut A. Mediterranean Diet Optimization by Improved Hybrid
Quantum Genetic Algorithm. J Med Imaging Health Inf 2018;8:669–675.
54. Acar S, Arslan N, Paketçi A, Okur TD, Demir K, Böber E, Abacı A. Presentation of central
precocious puberty in two patients with Tay-Sachs disease. Hormones (Athens). (in press)
55. Transition to virtual microscopy in medical undergraduate pathology education: First
experience of Turkey in Dokuz Eylül University Hospital. Sagol O, Yorukoglu K, Lebe B, Durak
MG, Ulukus C, Tuna B, Musal B, Canda T, Ozer E. Turk J Pathol 2015; 31:175-180.
56. Arun MZ, Ustunes L, Sevin G, Ozer E. Effects of vitamin C treatment on collar-induced intimal
thickening. Drug Design Development and Therapy. 2015; 9:6461-73.
57. Kose S, Altunyurt S, Yıldırım N, Keskinoğlu P, Çankaya T, Bora E, Erçal D, Ozer E. Termination
of pregnancy for fetal abnormalities: Main arguments and adecision-tree model. Prenat
Diagn. 2015;35:1128-36.
58. Karakuş OZ, Ulusoy O, Guray G, Ateş O, Olgun EG, Dalgıc M, Hakgüder G, Ozer E, Olguner M,
Akgür FA. The density of interstitial cells of Cajal is diminished in choledochal cysts. Dig Dis
Sci 2016;61:900-904.
59. Aslier M, Erdag TM, Sarioglu S, Guneri EA, Ikiz AÖ, Uzun E, Ozer E. Analysis of
histopathological aspects and bone destruction characteristics in acquired middle ear
cholesteatoma of pediatric and adult patients. Int J Pediatr Otorhinolaryngol 2016;82:73-77.
8
60. Ulusoy O, Karakuş OZ, Ateş O, Hakgüder G, Ozer E, Olguner M, Akgür FM. The intestinal
damage induced by lipid soluble meconium subfraction is profound compared to the
intestinal damage induced by water soluble meconium subfraction J Pediatr Surg
2016;51:1303-6.
61. Erşen A, Ağalar AA, Özer E, Ağalar C, Ünek T, Egeli t, Özbilgin M, Astarcıoğlu I, Olguner M,
Obuz F, Sagol O. Solid-pseudopapillary neoplasm of the pancreas: a clinicopathological
review of 20 cases including rare examples. Pathol Res Prac 2016;11:1052-8.
62. Senfter D, Erkan EP, Özer E, Jungwirth G, Madlener S, Kool M, Ströbel T, Saydam N, Saydam
O. Overexpression of minichromosome maintenance protein 10 in medulloblastoma and its
clinical implications. Ped Blood Cancer 2017; 64: e26670 doi: 10.1002/pbc.26670
63. Anuk AT, Kose S, Fırat C, Ozer E, Altunyurt S. Pendrin expression in preeclampsia: A
prospective immunohistochemical staining study on placental bed biopsies. Fetal Pediatr
Pathol. 2017; 36: 364-372. doi: 10.1080/15513815
64. Kanik A, Eliacik K, Yesiloglu S, Turker M, Helvaci M, Ozer E. An unusual presentation of
Langerhans cell histiocytosis: perianal lesion. Paediatrics Today 2014;10(1):43-46.
65. Çatlı G, Abacı A, Anık A, Guleryüz H, Ozer E, Ocal İ, Yüceer N, Mutafoğlu K. A case of central
precocious puberty due to concomitant hypothalamic hamartoma and juvenile pilocytic
astrocytoma. J Clin Res Pediatr Endocrinol 2014;6:183-186
66. Karaoglu P, Topçu Y, Bayram E, Yis U, Akarsu S, Atalay E, Köroglu T, Cakmakçi H, Ozer E, Hiz
S. Severe neurologic involvement of Degos Disease in a Pediatric patient. J Child Neurol
2014;29:550-554.
67. Caglayan Sozmen S, Isik S, Arikan Ayyildiz Z, Yildiz K, Cakır Y, Ozer E, Asilsoy S, Uzuner N,
Karaman O, Anal O. Cyclosporin Treatment Improves Skin Findings in Omenn Syndrome.
Pediatr Dermatol. 2015; 32:54-57.
68. Ozbagcivan O, Akarsu S, Ilknur T, Ozer E, Fetil E. Lichen planus after rabies vaccination. Int J
Dermatol. 2015; 54:558-9.
69. Karaoglu P, Quizon N, Pergande M, Wang H, Polat AI, Ersen A, Ozer E, Willkomm L, Hiz Kurul
S, Heredia R, Yis U, Selcen D, Çirak S. Dropped head congenital muscular dystrophy caused
by de novo mutations in LMNA. Brain Dev 2017; 39:361-364.
70. İnce D, Demirağ B, Ataseven E, Oymak Y, Tuhan H, Karakuş OZ, Hazan F, Abacı A, Özer E,
Mutafoglu K, Olgun N. Child with RET proto-oncogene codon 634 mutation. Turk J Pediatr.
2017;59(5):590-593.
71. Çakmaklı S, Çankaya T, Gürsoy S, Koç A, Kırbıyık Ö, Kılıçarslan ÖA, Özer E, Erçal D, Bozkaya
ÖG. Two cases with ring chromosome 13 at either end of the phenotypic spectrum.
Cytogenet Genome Res 2017;153(4):175-180.
72. Ince D, Mutafoglu K, Yenigurbuz F, Ataseven E, Kizmazoglu D, Erdem M, Olguner M, Guleryuz,
H, Ozer E, Demiral A, Olgun N. Treatment results of pediatric germ cell tumors from a single
institution. Pediatr Blood Cancer 2015;62:s298-299.
73. Mutafoglu K, Ince D, Kizmazoglu D, Erdem M, Ataseven E, Yenigurbuz F, Ozer E, Olguner M,
Demiral A, Guleryuz, H, Olgun N. Pediatr Blood Cancer 2015;62:s371.
74. Camlar SA, Ozdemir T, Soylu A, Turkmen MA, Ozer E, Olguner M, Guleryuz H, Kavukcu S. Renal
mass in a two years old girl: xanthogranulomatous pyelonephritis. Pediatr Nephrol
2015;30:s1625-26.
75. Ekmekci S, Olgun N, Ozer E. The relationship between apoptotic activity and prognostic
factors in neuroblastomas. Virchows Arch 2015;467:s99.
9
76. Karakuş OZ, Ulusoy O, Aktürk G, Ateş O, Olgun EG, Dalgıc M, Hakgüder G, Ozer E, Olguner M,
Akgür FA. The density of interstitial cells of Cajal is diminished in choledochal cysts. Virchows
Archiv 2015;s467:98.
77. Ince D, Mutafoglu K, Yenigurbuz F, Kizmazoglu D, Çetinayak O, Erdem M, Ataseven E,
Guleryuz, H, Ozer E, Kalemci O, Demiral A, Olgun N. A single center experience of a treatment
for medulloblastoma. Pediatr Blood Cancer 2016;63:s134.
78. Mutafoglu K, Ince D, Demiral A, Yenigurbuz F, Kizmazoglu D, Armağan C, Ozer E, Guleryuz,
H, , Sarialioğlu F, Olgun N. Paediatric Hodgkin lymphoma: A single center experience from the
West Part of Turkey. Pediatr Blood Cancer 2016;63:s182.
79. Ince D, Mutafoglu K, Ataseven E, Kizmazoglu D, Yenigurbuz F, Erdem M, Aktürk N, Olguner
M, Ozer E, Guleryuz, H, Demiral A, Olgun N. Wilms tumor: A single center experience. Pediatr
Blood Cancer 2016;63:s246.
80. Ince D, Erdem M, Cecen RE, Kızmazoglu D, Özer E, Demiral AN, Çetingöz ER, Aktas S, Güleryüz
H, Olguner M, Mutafoglu K, Olgun HN. Treatment of relapse neuroblastoma: Dokuz Eylul
University experience . Pediatr Blood Cancer 2017; 64 (supp 3): s448.
81. Ince D, Kızmazoglu D, Cecen RE, Erdem M, Aktas S, Serinan EF, Demiral AN, Çetingöz ER,
Güleryüz H, Özer E, Olguner M, Olgun HN. Dokuz Eylul University treatment experience of
neuroblastoma. Pediatr Blood Cancer 2017; 64 (supp 3): s447.
82. Treatment results in pediatric head and neck rhabdomyosarcomas a single center
experience. Mutafoglu K, Ince D, Kızmazoglu D, Olgun Y, Erdem M, Demiral AN, Çetingöz ER,
Güleryüz H, Özer E, Erdag KT, Olgun HN. Pediatr Blood Cancer 2017; 64 (supp 3): s455.
83. Işık S; Ayyıldız ZA, Sözmen ŞC, Özer E, Karaman Ö, Uzuner N. A case of atypical urticarial
vasculitis associated with thrombosis Asthma Allergy Immunol 2014;12:117-121
84. Bayır O, Guneri EA, Dilek M, Ozer E, Cakmakci, H, Erdag TK. Nasopharyngeal mature teratoma
in the newborn. Türk Ped Arş 2014; 49: 257-60.
85. Ekmekcı S, Aysal A, Olgun N, Olguner M, Cakmakci H, Ozer E. Pleuropulmonary Blastoma: A
Case Report. Turk Patoloji Derg. 2015;31:68-71.
86. Ekmekçi S, Ozer E. Decidual cast: A case report. İzmir Dr. Behçet Uz Çocuk Hast. Dergisi 2016;
6:234-236.
87. Hız S, Yiş U, Ozer E, Karaoğlu P, Polat AI. Clinical features and psychomotor development at
one year of age in infants born from a mother with chorioamnionitis. Behcet Uz Cocuk Hast
Derg. 2014; 4(1): 15-19
88. İşbir C, Karakuş OZ, Ateş O, Gülce Hakgüder G, Ozer E, Olguner M, Feza Miraç Akgür FM
Distribution of interstitial cells of Cajal in the esophagus of fetal rats with esophageal atresia.
J Clin Anal Med 2015;6:869-73. DOI: 10.4328/JCAM.3794.
89. Tekin A, Karakuş OZ, Hakgüder G, Ateş O, Özer E, Olguner M, Akgür FM. Distribution of
interstitial cells of Cajal in the bladders of fetal rats with retinoic acid induced
myelomeningocele. Turk J Urol 2016; 42: 285-289 DOI: 10.5152/tud.2016.98474
90. Ekmekci S, Olgun N, Ozer E. The relationship between apoptotic activity and prognostic
factors in neuroblastomas. Turk J Pathol 2016;32:199-204.
91. Yörükoğlu K, Özer E, Alptekin B, Öcal C. Improving Histopathology Laboratory Productivity:
Process Consultancy and A3 Problem Solving. Turk Patoloji Derg. 2017;33:47-57.
92. Kılınç G, Alpöz R, Aktan Ş, Ünsal E, Özer E. Psöriatik eritrodermi ve jüvenil romatoid artiritli
olguda süt dişi dentinasyonunda mine hipoplazisi. J Dent Fac Atatürk Uni 2014; 24:408-412.
10
93. Memiş H, Ataman E, Celiloğlu M, Özer E, Ülgenalp A, Erçal MD, Bora E. Prenatal dönemde
saptanan tanatoforik displazi olgusu. Dokuz Eylül Derg 2017; 31: 181-186.
94. Durmuşoğlu M, Doğan E, Közen MA, Sarıoğlu S, Özer E, Erdağ TK, İkiz AÖ. Submandıbüler Bez
Pleomorfik Adenomları. KBB-Forum 2014;13(4) 56-60.
95. Aslıer M, Erdag TM, Sarıoglu S, Güneri EA, Ikiz AÖ, Uzun E, Özer E. Pediatrik ve erişkin
kolesteatomlarında subepitelyal anjiogenez. Türk Otolarengoloji Arşivi 2015;53:47-50.
96. Ayhan Z, Unlu B, Parlak M, Yaman A, Berk AT, Ozer E, Saatci AS. Coat’s hastalığı ve tedavi
yaklaşımları. J Retina Vitreus 2017;26:301-6.
97. Özer E, Aktaş S. Çocukluk çağı kanserleri: Histolojik ve moleküler patolojik özellikler. Kanser
Gündemi Dergisi 2016;4:32-47.
98. Köroğlu TF, Yılmaz O, Gökmen N, Tuğyan K, Baskın H, Eğrilmez MY. Erythropoietin prevents
lymphoid apoptosis but has no effect on survival in experimental sepsis. Pediatr Res. 2013
74;2:148-53.
99. Sert M, Ateş H, Çavdar Ç, Yüksel Eğrilmez M, Çelik A, Çavdar C, Özcan MA, Çamsarı T. Demir
Sükroz Ve Demir Dekstran’ın Sıçanlarda Periferik Kanda Lenfosit Dağılım Ve İşlevleri Üzerine
Olan Etkilerinin Karşılaştırılması. DEU Med J. 2014 28;3:105-12.
100. Cavdar Z, Ozbal S, Celik A, Ergur BU, Guneli E, Ural C, Camsari T, Guner GA. The effects of
alpha-lipoic acid on MMP-2 and MMP-9 activities in a rat renal ischemia and re-perfusion
model. Biotech Histochem. 2014 May;89(4):304-14.
101. Ersan S, Celik A, Tanrisev M, Kose I, Cavdar Z, Unlu M, Kocak A, Ural C, Yilmaz B, Kose T.
Pretreatment with paricalcitol attenuates level and expression of matrix metalloproteinases
in a rat model of renal ischemia-reperfusion injury. Clinical nephrology, 2017 88(11), 231-
238.
102. Ersan S, Tanrısev M, Cavdar Z, Celık A, Unlu M, Kocak A, Kose T. Pretreatment with nebivolol
attenuates level and expression of matrix metalloproteinases in a rat model of renal
ischaemia-reperfusion injury. Nephrology (Carlton). 2017 Dec;22(12):1023-1029.
103. Cavdar Z, Ural C, Celik A, Arslan S, Terzioglu G, Ozbal S, Yildiz S, Ergur UB, Guneli E, Camsari
T, Akdogan G. Protective effects of taurine against renal ischemia/reperfusion injury in rats
by inhibition of gelatinases, MMP-2 and MMP-9, and p38 mitogen-activated protein kinase
signaling. Biotech Histochem. 2017;92(7):524-535.
104. Papur OS, Akman SA, Terzioglu O, Clinical and Genetics Analysis in Pediatric Patients with
Wilson disease, Turkish Journal of Gastroenterology, 2015 Sep;26(5):397-403.
105. Ozlenen Simsek Papur, Orhan Terzioglu, Ahmet Koc ‘Functional Characterization of New
Mutations in Wilson Disease Gene (ATP7B) Using The Yeast Model’ Journal of Trace elements
in Medicine and Biology 2015,31;7:33-36.
106. Ozlenen Simsek Papur, Sezin Asik Akman, Raif Cakmur, Orhan Terzioglu ‘Mutation analysis of ATP7B gene in Turkish Wilson disease patients: identification of five novel mutations’. European Journal of Medical Genetics 2013,56;4:175-179.
107. Ö.Şimşek Papur, S.Aşık akman, O.Terzioglu, ‘Screening of c.2363C>T Mutation in ATP7B Gene by Direct Sequencing in a Family with Wilson disease’ European Journal of Human Genetics 2013; 21(supplement 2): J08.19 European Human Genetics Conference, Paris, France 8-11 June 2013.
108. Simsek Papur O, Sun A, Glatz JFC, Luiken JJFP, Nabben M. Acute and Chronic Effects of Protein Kinase-D Signaling on Cardiac Energy Metabolism. Front Cardiovasc Med. 2018 Jun 7;5:65.
109. Uludag F, Bilgin S, Zorlu Y, Tuna G, Kirkali G, Interleukin-6, Interleukin-1 Beta and Interleukin-1 Receptor Antagonist Levels in Epileptic Seizures, Seizure, 2013; 22 (6): 457–461.
11
110. Reddy P, Jaruga P, Kirkali G, Tuna G, Nelson B, Dizdaroglu M, Identification and Quantification of Human DNA Repair Protein NEIL1 by Liquid Chromatography/Isotope-Dilution Tandem Mass Spectrometry, Journal of Proteome Research, 2013;12(2):1049-61.
111. Demirhan E, Purdas-Eskut N, Zorlu Y, Çukurova I, Kirkali G, Tuna G, Blood Levels of TNF-α, IL-10, and IL-12 in Idiopathic Sudden Sensorineural Hearing Loss, The Laryngoscope, 2013;123(7):1778-81.
112. Kulaksiz-Erkmen G, Dalmizrak O, Dincsoy-Tuna G, Dogan A, Ogus I.H, Ozer N, Amitriptyline may have a Supportive Role in Cancer Treatment by Inhibiting Glutathione S-Transferase Pi (Gst-π) and Alpha (Gst-α), Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 2013;28 (1): 1–6.
113. Kulu U, Tiftikcioğlu Bİ, Zorlu Y, Çetiner M, Şener U, Tuna G, Kirkali G. Efficacy of Different Durations of Intravenous Methylprednisolone Treatment in Relapses of Multiple Sclerosis. Noro Psikiyatr Ars. 2017 Mar;54(1):57-61.
114. Ceylan D, Tuna G, Kirkali G, Tunca Z, Can G, Arat HE, Kant M, Dizdaroglu M, Özerdem A. Oxidatively-induced DNA damage and base excision repair in euthymic patients with bipolar disorder. DNA Repair (Amst). 2018 May;65:64-72.
115. Apaydin, N., Toz, E., Saatli, B., Demir, N., Ozkaya, F., and Tuna, G. Evaluation of the Effect of Anti-Macrophage Migration Inhibitory Factor Antibody in a Mouse Model of Lipopolysaccharide-Induced Preterm Delivery. Journal of Reproductıve Medicine, 2018: 63(1-2), 56-62.
116. G. Tuna, G. Yener, FG Kırkalı, Oxidatively Induced Macromolecular Damage in
Frontotemporal Dementia and Dementia with Lewy Bodies. 42nd FEBS Congress, 10-
14.09.2017, Kudüs, İsrail. The FEBS Journal 2017;284,S1.
117. Harmanci D, Erbayraktar Z, Sayin O, Guner G. In Vitro Effects Of Selenium On Human Glioblastoma Multiforme Cell Lines: A Preliminary Study. ActaClinica Croatica- Yayına kabu edildi.
118. Tosun M, Soysal Y, Mas N, Karabekir S. Comparison of the effects of 13-cis retinoic acid and melatonin on the viabilities of SH-SY5Y neuroblastoma cell line. The Journal of Korean Neurosurgigal Society, 57(3): 147-151; 2015.DOI:10.3340/jkns.2015.57.3.147.
119. Saat H, Soysal Y, Kurtgoz S, Ergun MA, Perçin EF. A patient with partial chromosome 12q dublication and 10q deletion. Genetic Counseling, 26(4): 401-407; 2015.
120. Tumer S, Altungoz O, Bagci O, Olgun HN. The Detection of Genetic Parameters for Prognostic Stratification of Neuroblastoma Using Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification Technique. Genet Test Mol Biomarkers. 2016 Feb;20(2):74-80. doi: 10.1089/gtmb.2015.0165.
121. Keles D, Arslan B, Terzi C, Tekmen I, Dursun E, Altungoz O, Oktay G. Expression and activity levels of matrix metalloproteinase-7 and in situ localization of caseinolytic activity in colorectal cancer. Clin Biochem. 2014 Sep;47(13-14):1265-71. doi: 10.1016/j.clinbiochem.2014.06.004.
122. Cingoz S, Agilkaya S, Oztura I, Eroglu S, Karadeniz D, Evlice A, Altungoz O, Yilmaz H, Baklan B. Identification of the variations in the CPT1B and CHKB genes along with the HLA-DQB1*06:02 allele in Turkish narcolepsy patients and healthy persons. Genet Test Mol Biomarkers. 2014 Apr;18(4):261-8. doi: 10.1089/gtmb.2013.0391.
123. Aksoy A, Solmaz D, Can G, Cetin P, Balci A, Akar S, Birlik M, Akkoc N, Onen F. Increased Frequency of Hand Osteoarthritis in Patients with Primary Sjögren Syndrome Compared with Systemic Lupus Erythematosus. J Rheumatol. 2016 Jun;43(6):1068-71. doi: 10.3899/jrheum.150841.
124. Taylan A, Karakas B, Gulcu A, Birlik M. Bilateral orbital pseudotumor in a patient with Takayasu arteritis: a case report and review of the literature. Rheumatol Int. 2016 May;36(5):743-6. doi: 10.1007/s00296-016-3432-4. Review.
12
125. Birlik M, Kücükyavas Y, Aksu K, Solmaz D, Can G, Taylan A, Akar S, Sari I, Keser G, Onen F, Akkoc N. Epidemiology of Takayasu's arteritis in Turkey. Clin Exp Rheumatol. 2016 May-Jun;34(3 Suppl 97):S33-9.
126. Aydin SZ, Can M, Alibaz-Oner F, Keser G, Kurum E, Inal V, Yazisiz V, Birlik M, Emmungil H, Atagunduz P, Direskeneli H, McGonagle D, Pay S. A relationship between spinal new bone formation in ankylosing spondylitis and the sonographically determined Achilles tendon enthesophytes. Rheumatol Int. 2016 Mar;36(3):397-404. doi: 10.1007/s00296-015-3360-8.
127. A.Merih Birlik, Duygu Harmanci, Ayşe Kocak, Roles of microRNAs in Rheumatoid Arthritis- "Pathogenesis of Rheumatoid Arthritis", ISBN 978-953-51-5016-9.
128. Onen F, Solmaz D, Cetin P, Sari I, Balci A, Birlik M, Akar S, Akkoc N. Prevalence of Inflammatory Back Pain and Axial Spondyloarthritis Among University Employees in Izmir, Turkey. J Rheumatol. 2015 Sep;42(9):1647-51. doi: 10.3899/jrheum.141600.
129. Solmaz D, Gunduz O, Akar S, Can G, Birlik M, Akkoc Y, Gerdan V, Onen F, Akkoc N.Telephone interview strategy can be used for screening inflammatory back pain in the community. Int J Rheum Dis. 2015 May 20. doi: 10.1111/1756-185X.12587. [Epub ahead of print].
130. Akar S, Sarı İ, Çömlekci A, Birlik M, Önen F, Göktay Y, Özaksoy D, Akkoç N. Body composition in patients with rheumatoid arthritis is not different than healthy subjects. Eur J Rheumatol. 2014 Sep;1(3):106-110.
131. Cetin P, Sari I, Sozeri B, Cam O, Birlik M, Akkoc N, Onen F, Akar S. Efficacy of interleukin-1 targeting treatments in patients with familial mediterranean Fever. Inflammation. 2015 Feb;38(1):27-31. doi: 10.1007/s10753-014-0004-1.
132. Solmaz D, Akar S, Soysal O, Akkoc Y, Can G, Gerdan V, Birlik M, Onen F, Akkoc N. Performance of different criteria sets for inflammatory back pain in patients with axial spondyloarthritis with and without radiographic sacroiliitis. Clin Rheumatol. 2014;33(10):1475-9. doi: 10.1007/s10067-014-2622-2.
133. Sarı İ, Birlik M, Kasifoğlu T. Familial Mediterranean fever: An updated review. Eur J Rheumatol. 2014 Mar;1(1):21-33. Review.
134. Solmaz D, Gunduz O, Akar S, Can G, Birlik M, Akkoc Y, Gerdan V, Onen F, Akkoc N. Telephone interview strategy can be used for screening inflammatory back pain in the community. nt J Rheum Dis. 2017 Jan;20(1):33-38.
135. Kucuk U, Sarioglu S, Cetin P, Sari I, Birlik M. Histopathological differences between primary Sjögren's syndrome and Sjögren's syndrome accompanied by scleroderma. Indian J Pathol Microbiol. 2018 Jul-Sep;61(3):319-322.
136. Ayhan Z, Kaya M, Ozturk T, Arikan G, Birlik M. Association between Skin Thickness Measurements with Corneal Biomechanical Properties and Dry Eye Tests in Systemic Sclerosis. Ocul Immunol Inflamm. 2018 Aug 15:1-6.
137. Taylan A, Birlik M, Kenar G, Toprak B, Gundogdu B, Gurler O, Karakas B, Akinci B, Sisman AR. Osteoprotegrin interacts with biomarkers and cytokines that have roles in osteoporosis, skin fibrosis, and vasculopathy in systemic sclerosis: a potential multifaceted relationship between OPG/RANKL/TRAIL and Wnt inhibitors. Mod Rheumatol. 2018 Jul 13:1-16. [Epub ahead of print]
138. Kocdor H, Ates H, Aydin S, Cehreli R, Soyarat F, Kemanli P, Harmanci D, Cengiz H, Kocdor MA Zinc supplementation induces apoptosis and enhances antitumor efficacy of docetaxel in non-small-cell lung cancer. Drug Des Devel Ther. 2015 Jul 27;9:3899-909. doi: 10.2147/DDDT.S87662.
139. Yildirim Simsir I, Sarer Yurekli B, Saygili F, Altay C, Akinci B. First metreleptin treatment for generalized lipodystrophy in Turkey. Diabetes Obes Metab. 2016 Sep 26. doi: 10.1111/dom.12796. [Epub ahead of print].
140. Akinci G, Topaloglu H, Akinci B, Onay H, Karadeniz C, Ergul Y, Demir T, Ozcan EE, Altay C, Atik T, Garg A. Spectrum of clinical manifestations in two young Turkish patients with congenital generalized lipodystrophy type 4. Eur J Med Genet. 2016 Jun;59(6-7):320-4. doi: 10.1016/j.ejmg.2016.05.001.
13
141. Akinci B, Onay H, Demir T, Ozen S, Kayserili H, Akinci G, Nur B, Tuysuz B, Nuri Ozbek M, Gungor A, Yildirim Simsir I, Altay C, Demir L, Simsek E, Atmaca M, Topaloglu H, Bilen H, Atmaca H, Atik T, Cavdar U, Altunoglu U, Aslanger A, Mihci E, Secil M, Saygili F, Comlekci A, Garg A Natural History of Congenital Generalized Lipodystrophy: A Nationwide Study From Turkey. J Clin Endocrinol Metab. 2016 Jul;101(7):2759-67. doi: 10.1210/jc.2016-1005.
142. Demir T, Akinci B, Demir L, Altay C, Atik T, Cavdar U, Secil M, Comlekci A. Partial lipodystrophy of the limbs in a diabetes clinic setting. Prim Care Diabetes. 2016 Aug;10(4):293-9. doi: 10.1016/j.pcd.2015.12.006.
143. Kutbay NO, Yurekli BS, Onay H, Altay CT, Atik T, Hekimsoy Z, Saygili F, Akinci B. A case of familial partial lipodystrophy caused by a novel lamin A/C (LMNA) mutation in exon 1 (D47N). Eur J Intern Med. 2016 Apr;29:37-9. doi: 10.1016/j.ejim.2015.12.012.
144. Akinci G, Akinci B. Metreleptin Treatment in Patients with Non-HIV Associated Lipodystrophy. Recent Pat Endocr Metab Immune Drug Discov. 2015;9(2):74-8. Review.
145. Akinci B, Koseoglu FD, Onay H, Yavuz S, Altay C, Simsir IY, Ozisik S, Demir L, Korkut M, Yilmaz N, Ozen S, Akinci G, Atik T, Calan M, Secil M, Comlekci A, Demir T. Acquired partial lipodystrophy is associated with increased risk for developing metabolic abnormalities. Metabolism. 2015 Sep;64(9):1086-95. doi: 10.1016/j.metabol.2015.06.004.
146. Hooper AJ, Akinci B, Davis MR, Burnett JR. SPG11 mutation in a Turkish familial hypobetalipoproteinemia family with hereditary spastic paraplegia. Clin Chim Acta. 2015 May 20;445:1. doi: 10.1016/j.cca.2015.03.001.
147. Akinci B, Terzi C, Sevindik G, Yuksel F, Tunc UA, Tunali S, Yesil S. Hyperglycemia is associated with lower levels of urokinase-type plasminogen activator and urokinase-type plasminogen activator receptor in wound fluid. J Diabetes Complications. 2014 Nov-Dec;28(6):844-9. doi: 10.1016/j.jdiacomp.2014.07.013.
148. Akinci B, Celtik A, Tunali S, Genc S, Yuksel F, Secil M, Ozcan MA, Bayraktar F. Circulating apelin levels are associated with cardiometabolic risk factors in women with previous gestational diabetes. Arch Gynecol Obstet. 2014 Apr;289(4):787-93. doi: 10.1007/s00404-013-3070-y.
149. Colak A, Akinci B, Diniz G, Turkon H, Ergonen F, Yalcin H, Coker I. Postload hyperglycemia is associated with increased subclinical inflammation in patients with prediabetes. Scand J Clin Lab Invest. 2013 Aug;73(5):422-7. doi: 10.3109/00365513.2013.798870.
150. Ulusoy E, Arslan N, Kume T, Ulgenalp A, Cirah C, Bozkaya O, Ercal D. Serum motilin levels and motilin gene polymorphisms in children with functional constipation. Minerva Pediatr. 2016 Oct 5. [Epub ahead of print]
151. Giray Bozkaya O, Ataman E, Aksel Kilicarslan O, Cankaya T, Ulgenalp A. Identification of a novel frameshift heterozygous deletion in exon 8 of the PAX6 gene in a pedigree with aniridia. Mol Med Rep. 2016 Sep;14(3):2150-4. doi: 10.3892/mmr.2016.5467.
152. Bayram MT, Çankaya T, Bora E, Kavukçu S, Ülgenalp A, Soylu A, Türkmen M. Risk factors for subclinical inflammation in children with Familial Mediterranean fever Rheumatol Int. 2015 Aug;35(8):1393-8. doi: 10.1007/s00296-015-3227-z.
153. Uğur Kantar F, Simşek İ, Ercal D, Ülgenalp A, Bora E. Alpha-2-adrenergic receptor gene polymorphism in Turkish population with irritable bowel syndrome. Turk J Gastroenterol. 2013;24(6):483-8.
154. Gunes A, Iscan E, Topel H, Avci ST, Gumustekin M, Erdal E, Atabey N. Heparin treatment increases thioredoxin interacting protein expression in hepatocellular carcinoma cells. Int J Biochem Cell Biol. 2015 Aug;65:169-81. doi: 10.1016/j.biocel.2015.05.025.
155. Evcim AS, Micili SC, Karaman M, Erbil G, Guneli E, Gidener S, Gumustekin M.The Role of Rac1 on Carbachol-induced Contractile Activity in Detrusor Smooth Muscle from Streptozotocin-induced Diabetic Rats.Basic Clin Pharmacol Toxicol. 2015 Jun;116(6):476-84. doi: 10.1111/bcpt.12346.
156. Gelal A, Gumustekin M, Arici MA, Gidener S., Rational pharmacotherapy training for fourth-year medical students. Indian J Pharmacol. 2013 Jan-Feb;45(1):4-8. doi: 10.4103/0253-7613.106426.
14
157. Gumustekin M, Micili SC, Arici MA, Karaman M, Guneli ME, Tekmen I. The effect of insulin treatment on Rac1 expression in diabetic kidney. Ren Fail. 2013;35(3):396-402. doi: 10.3109/0886022X.2013.764256.
158. Lv X, Zhang L, Zhu Y, Said HM, Shi J, Xu G. Regulative Effect of Nampt on Tumor Progression and Cell Viability in Human Colorectal Cancer.J Cancer. 2015 Jul 16;6(9):849-58. doi: 10.7150/jca.12341.
159. Said HM, Hagemann C, Carta F, Katzer A, Polat B, Staab A, Scozzafava A, Anacker J, Vince GH, Flentje M, Supuran CT. Hypoxia induced CA9 inhibitory targeting by two different sulfonamide derivatives including acetazolamide in human glioblastoma. Bioorg Med Chem. 2013 Jul 1;21(13):3949-57. doi: 10.1016/j.bmc.2013.03.068.
DEVAM EDEN PROJELERİMİZ
TÜBİTAK projeleri (Sürmekte olan ve son beş yılda tamamlanan)
Hüray İşlekel, Gamze Tuna (Araştırmacı), “Depresyonda DNA Hasarının Ve Onarımının Belirtili
Dönem Ve Düzelme ile İliskisi, Projedeki görevi: Araştırmacı. Başlangıç-Bitiş Tarihi: 15.12.2017-
15.12.2018.
Yasemin Soysal (Proje Yürütücüsü), Harun Muayad Said, Gül Güner Akdoğan, Güler Gül.
Curcumin ve hidroksiürenin gen düzenleyici ve antianjiyogenik etkilerinin meme kanserli hücre
hattında araştırılması-TUBİTAK 215S169 (3001)
Harun Muayad Said (Proje Yürütücüsü), Özlem Özbahçıvan, Şebnem Aktan, Serpil Tanrıverdi
Akhisaroğlu, Burcu Açıkgöz. Psoriasislilerde Kanda FOXP3 Geninde TSDR Metilasyonu ve
Sitokin Düzeylerinin Belirlenmesi- TUBİTAK 116S159 (3001)
Serkan Yener (Proje Yürütücüsü), Hüray İşlekel, Gamze Tuna, Melis Kant, Merve Akış, Şerife
Kahya. Adrenal adenomu olan hastalarda deksametazon supresyon testi sonuçlarına serum
kortikosteroid bağlayıcı globulin düzeyi, plazma deksametazon konsantrasyonu, kortizol ölçüm
yöntemi ve ölçülen kortizol fraksiyonunun etkilerinin araştırılması TUBİTAK 215S632 (3001).
Fatma Demet İnce (Proje yürütücüsü), Harun Muayad Said, Yasemin soysal, Cengiz Aydın,
Levent Uğurlu, Tayfun Kaya, Mustafa Değirmenci, Emel Ebru Pala, Ayşe Gülden Diniz Ünlü,
Rektal kanser tedavi etkinliğinin takibinde kullanılabilecek aday tümör belirteçlerinin gen
ifadelenmesinin araştırılması- TUBİTAK 116S255 (3001)
Nur Arslan (Yardımcı araştırmacı), Uyarılmış pluripotent kök hücrelerin (UPKH) üretim ve
farklılaştırma teknolojilerinin geliştirilmesi ve deneysel hücre tedavilerinde uygulanması
213S182 (TUBITAK 1003 projesi) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2013-25.07.2018
Nur Arslan (Proje Yürütücüsü), In-Vitro Hepatik Organoid Modelinin Geliştirilmesi. 115S465
(TUBITAK 1001 projesi) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2015- 02.07.2018
Erdener Özer (Araştırmacı/Uzman), Nude Farelerde İmatinib-Dirençli Lösemik Hücrelerin
Tümörojenite Ve Yuvalanma (Homing) Potansiyellerinin İncelenmesi (TUBITAK 216S727)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2018-2019
Erdener Özer (Araştırmacı/Uzman), Pediatrik Burkitt lenfoma hastalarında dolaşımsal serbest
ve ekzozomal mikroRNA ifade seviyelerinin invazif olmayan tanı biyobelirteci olma
potansiyellerinin incelenmesi (TUBITAK 2018-1001) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2018-2019
15
BAP ve diğer kaynaklardan alınan projeler (Son beş yılda tamamlanan ve sürmekte olan)
Hüray İşlekel, (Proje Yürütücüsü), Gamze Tuna, Oğuz Erbağcı, Semir Köse, Sabahattin
Altınyurt, Melis Kant, Merve Akış. DEÜ Rektörlüğü BAP/ 2016.KB.SAG.013. Gestasyonel
diabetes mellitus ve bozulmuş glukoz toleransı olan gebelerde oksidatif DNA hasarının demir
düzeyleriyle ilişkisinin incelenmesi. Başlangıç-Bitiş Tarihi: 06.2016-06.2018
Hüray İşlekel, (Araştırmacı) DEÜ Rektörlüğü BAP 2015.KB.SAG.019 nolu projesi, Projenin adı:
“Plasental Growth Faktör ve Uterin Arter Doppler İndekslerinin Kombine Tarama Testi ile
Birlikte Değerlendirilmesinin İskemik Plasental Hastalıkları Öngörme Etkinliği” Başlangıç-Bitiş
Tarihi: 04.2015-04.2017
Hüray İşlekel (Proje Yürütücüsü), DEÜ Rektörlüğü BAP 2014.KB.SAĞ.41 nolu projesi Projenin
adı: “D Vitamininin İn Vitro Oksidatif DNA Hasarı Üzerine Etkilerinin İncelenmesi” Başlangıç-Bitiş
Tarihi: 09.2014-09.2016
Hüray İşlekel (Araştırmacı), DEÜ Rektörlüğü BAP 2014.KB.SAG.062 nolu projesi Projenin adı:
“Nonarteritik İskemik Optik Nöropatilerde Oksidatif Stres Hasarının Değişkenliğinin
Değerlendirilmesi” Projedeki görevi: Araştırmacı. Başlangıç-Bitiş Tarihi: 12.2014-12.2016
Hüray İşlekel (Proje Yürütücüsü), DEÜ Rektörlüğü 2015.KB.SAG.019 nolu projesi Projenin adı:
“Gestasyonel Diyabetes Mellitus ve Bozulmuş Glukoz Toleransı Olan Gebelerde Oksidatif DNA
Hasarınn Demir Düzeyleri ile İlişkisinin İncelenmesi”
Hüray İşlekel (Proje Yürütücüsü), DEÜ Rektörlüğü 2013174 nolu projesi Projenin adı:
“Prediyabet ve Tip 2 Diyabet Hastalarında Oksidatif Makromolekül Hasarının ve Transkripsiyon
Faktör 7 Benzeri 2 (TCF7L2) Gen Polimorfizminin İncelenmesi.” Başlangıç-Bitiş Tarihi: 12.2013-
12.2015
Hüray İşlekel (Araştırmacı), DEÜ Rektörlüğü 2013.KB.SAĞ.54 nolu projesi “Maternal iskemi
modifiye albümin, non stres test ve fetal doopler ultrasonografinin perinatal asfiksiyi
öngöremedeki yeri.” Başlangıç-Bitiş Tarihi: 06.2013-06.2014
Hüray İşlekel (Araştırmacı), DEÜ Rektörlüğü 2013.KB.SAĞ.61 nolu projesi “Adipoz Doku
Kökenli Erişkin Kök Hücre Uygulamasının D-Galaktoz Yaşlanma Modeli Oluşturulmuş Deride
Yara İyileşmesi Üzerindeki Etkilerinin Moleküler Düzeyde Gösterilmesi”. Başlangıç-Bitiş Tarihi:
07.2013-12.2013
Merih Birlik (Proje Yürütücüsü), Ayşe Koçak, Duygu Harmancı Karagülle, Gül Güner Akdoğan,
Osman Yılmaz, Sülen Sarıoğlu. Farelerde bleomisin ile oluşturulmuş skleroderma modelinde
epigallokateşin 3 gallatın fibrozis üzerine olası koruyucu etkilerinin araştırılması. DEÜ
BAP/2014. KB.SAG.024- Ayşe Koçak Doktora tezi.
Nur Arslan (Proje Yürütücüsü), Konstipasyonu olan çocuklarda enflamasyon belirteçlerinin
klinik bulgularla ilişkisinin araştırılması. 2013.KB.SAG.001 (DEU- BAP projesi) Başlangıç-Bitiş
Tarihi: 2013-2016
Nur Arslan (Yardımcı araştırmacı), Konstipasyonu olan çocuklarda motilin gen polimorfizminin
serum motilin düzeyi ve klinik bulgularla ilişkisinin araştırılması 2012.KB.SAĞ.047 (DEU- BAP
projesi) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2012-2014
Nur Arslan (Yardımcı araştırmacı), GLP1 reseptör polimorfizmlerinin obesiteye olan etkilerinin
araştırılması 2014.KB.SAG.007 (DEU- BAP projesi) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2014-2015
Erdener Özer (Araştırmacı), Pendrin ekspresyonunun Preeklampsi ve Gestasyonel
Hipertansiyon olgularında immunohistokimyasal yöntem ile analizi (BAP 2014.KB.SAG.030)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2014-2015
Erdener Özer (Yürütücü), Dijital yontemlere dayalı patolojik inceleme surecinin tanı suresi ve
dogrulugu uzerine etkisi (BAP 2014.KB.SAG.039) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2015-2016
16
Erdener Özer (Yürütücü), Hirschsprung hastalıgında kantitatif morfolojik degisikliklerin dijital
morfolojik olcumu (BAP 2015.KB.SAG.045) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2015-2017
Erdener Özer (Yürütücü), Kanser tanısına yonelik tumor paneli gelistirme (KOSGEB 2016/3133)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2016-2017
Erdener Özer (Yürütücü), RAF-MEK-ERK yolak mutasyonları: Pediatrik Langerhans hucreli
histiyositozunda prognostik ve prediktif belirtecler (BAP 2017.KB.SAG.022) Başlangıç-Bitiş
Tarihi: 2017-2018
Erdener Özer (Araştırmacı), Akut apandisit ayırıcı tanısında serum kalprotektin ölçumunun
değeri (BAP 2017.KB.SAG.032) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2017-2018
Erdener Özer (Yürütücü), “Çocukluk Çağı Hodgkin Lenfomalarında Hedefli Dizileme Analizi ile
Pd-L1/Pd-L2 Genleri Mutasyon Frekanslarının İdentifikasyonu” (TPOG Araştırma Projeleri
Desteği) Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2018-2019
Aylin Yaman (Proje Yürütücüsü), Kaya Engin, Meltem Bajin Söylev, Gül Güner Akdoğan, Hüray
İşlekel, Duygu Harmancı Karagülle, Ceren Durmaz, Merve Akış, Melis Dinç Kant. Nonarteritik
iskemik optik nöropatilerde oksidatif stres hasarının değişkenliğinin değerlendirilmesi DEÜ
BAP/2014. KB.SAG. 062
Cenk Demirdöver (Proje Yürütücüsü), Duygu Harmancı Karagülle, Gül Güner Akdoğan, Merih
Birlik, Banu Lebe, Alper Bağrıyanık, Serap Cilaker, Harun Said, Ayşe Koçak. Fibro-proliferatif
Skar Dokularında miR-29 ailesi varlığının, miR29’un kollajen maturasyonuna etkisinin ve
ekstasellüler matriks sentezi ile ilişkili sinyal yolaklarındaki rolünün incelenmesi. 2016.KB.SAG.
019- Duygu Harmancı Karagülle Doktora tezi.
Mehtap Yüksel (Proje Yürütücüsü), İn vitro Fibroblast Hücre Kültüründe Oluşturulan Yara
Modelinde Matriks Metalloproteinaz-8 (MMP-8)' in Rolü, Aktive Protein C'nin MMP-8 üzerine
etkisi ve ilişkili Sinyal İleti Yolaklarının Araştırılması.
Mehtap Yüksel (Proje Yürütücüsü), Deguelin'in Akciğer Kanseri Hücrelerinde Tek Başına ve
Dosetaksel ile Birlikte Anti-Kanser Etkinliğinin Araştırılması
Zahide Çavdar (Proje Yürütücüsü), Aslı Çelik, Cemre Ural, Seda Özbal, Ensari Güneri, Bekir
Ergür, Taner Çamsarı, Gül Güner Akdoğan, Renal İskemi-Reperfüzyon Hasarında Lipoik Asitin
MMP-2 ve MMP-9 Enzimleri Üzerine Etkisinin Araştırılması DEÜ BAP, 2013. KB.SAG. 28.
Zahide Çavdar (Proje Yürütücüsü), Cemre Ural, Deneysel renal iskemi-reperfüzyon hasarında
parikalsitol ve nebivololün MMP-2 ve MMP-9 aktivitelerine etkisi (Tepecik eğitim ve araştırma
Hastanesi, Nefroloji bölümü).
Zahide Çavdar (araştırmacı), Damardan demir verilen farelerde lipoik asidin antioksidan
özelliğinin ve böbrek hasarı üzerine etkisinin araştırılması (DEÜ İç Hastalıkları AD)
Zahide Çavdar (araştırmacı),Sıçanlarda torsiyon/detorsiyon modeline bağlı olarak oluşturulan
testis hasarına karşı ferulik asitin etkisi (DEÜ, Histoloji AD)
Zahide Çavdar (araştırmacı) Sıçanlarda sklerozan enkapsüle peritonit modelinde pirfenidone’
nin periton fibrozisini tedavi edici etkisinin incelenmesi (DEÜ İç Hastalıkları AD)
TAMAMLANAN TEZ PROJELERİ:
Toplam 20 proje bulunmaktadır.
Doktora öğrencisi Ayşe KOÇAK (Danışman: Prof.Dr. Gül GÜNER AKDOĞAN) Tez Konusu: Farelerde Bleomisin ile Oluşturulmuş Skleroderma Modelinde Epigallokateşin 3 Gallat’ın Fibrozis Üzerine Olası Koruyucu Etkilerinin Araştırılması BAP kapsamında desteklenmiştir.
Doktora öğrencisi Reza SELAMİ (Danışman: Dr. Öğr. Üye Nilgün YENER) Tez Konusu: Filamin Proteinlerinin Hücrelerdeki İşlevlerinin Araştırılması BAP kapsamında desteklenmiştir.
17
Doktora Öğrencisi ROGHAİYEH SAFARİ (Danışman: PROF. DR. MERAL SAKIZLI) Tez konusu: Bipolar bozukluk olgularında GDNF (Glia Kökenli nörotrofik faktör)geninin SNP ler yönünden incelenmesi / The effect of glial derived neurotrophic factor SNPs on the development of bipolar disorder. Bu araştırma, Dokuz Eylül Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri BAP kapsamında DEÜ 2011.KB.SAG.022 no ile desteklenmiştir.
Doktora Öğrencisi FERİHA ÖZKAYA (Danışman: DOÇ. DR. ZEYNEP SERCAN; PROF. DR. FATOŞ
GÜLDAL KIRKALI) Tez konusu: Pankreas kanserinde DNA hasar ve onarımının incelenmesi /
Investigation of DNA damage and repair in pancreatic cancer. Bu araştırma DEÜ Bilimsel
Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP tarafından 2009.KB.SAG.063 sayı ile desteklenmiştir.
Doktora Öğrencisi Dr. YASEMİN SAYGIDEĞER KONT (Danışman: PROF. DR. SAFİYE NEŞE
ATABEY; PROF. DR. AYKUT ÜREN) Tez konusu: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücrelerinde
ezrin ve EGFR ilişkisinin incelenmesi / Evaluation of ezrin and EGFR interaction in non small cell
lung cancer cells. Bu araştırma Amerika Birleşik Devletleri Washington DC, Georgetown
Üniversitesi, Lombardi Comprehensive Kanser Merkezi, Onkoloji Bölümü Toretsky-Üren Lab.
olanakları ile yapılmıştır.
YL Öğrencisi Zeliha KILIÇ (Danışman: Prof. Dr. Hilal KOÇDOR) Tez Konusu: Pankreas ve Prostat
Kanserinde Deguelin’in İn Vitro Etkinliğinin Araştırılması Tıbbi Bilimsel Aktiviteleri
Destekleme Derneği tarafından karşılanmıştır.
YL Öğrencisi ŞENİZ İNANÇ (Danışman: PROF. DR. GÜLGÜN OKTAY) Tez konusu: Matriks
metalloproteinaz -1, -8 ve -13 aktivitelerinin belirlenmesi amacıyla kollajen zimografi
yöntemi'nin standardizasyonu / Standardization of collagen zymography to determine the
activation of matrix metalloproteinases -1, -8 and -13. Bu araştırma münferit Projelerden
alınan malzemelerle tamamlanmıştır.
YL Öğrencisi FIRAT SOYARAT (Danışman: DOÇ. DR. HİLAL KOÇDOR) Tez konusu: Dosetaksel,
glutamin ve selenyum kombinasyonunun prostat kanseri hücre hatlarında kemoprevantif
etkinliğinin araştırılması / Investigation of the chemopreventive effects of docetaxel,
glutamine and selenium combination on prostate cancer cell lines. Bu çalışmada kullanılan sarf
malzemelerinin bir bölümü Tıbbi Bilimsel Aktiviteleri Destekleme Derneği tarafından
karşılanmıştır.
YL Öğrencisi NİDA DEMİRÇAK (Danışman: DOÇ. DR. PINAR AKAN) Tez konusu: PC12 nöronal
hücre hattında amiloid beta ile oluşturulan Alzheimer modelinde saponinlerin oksidatif
makromolekül hasarı üzerine etkisinin incelenmesi / The effects of saponins on oxidative
macromolecule damage in Alzheimer model generated by amyloid beta-induced PC12
neuronal cell line. Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü tarafından
BAP 2010.KB.SAG.039 ile desteklenmiştir.
YL Öğrencisi DUYGU HARMANCI (Danışman: PROF. DR. GÜL GÜNER AKDOĞAN)Tez konusu:
Selenyumun insan glioblastoma multiforme hücre hatlarında in vitroetkilerinin araştırılması /
In vitro effects of selenium on human glioblastoma multiforme cell line. Bu araştırma BAP
tarafından 2011.KB.SAG.024 proje numarasıyla desteklenmiştir.
YL Öğrencisi PINAR DAŞIYICI (Danışman: DOÇ. DR. HİLAL KOÇDOR) Tez konusu: Selektif RXR
ligandı Beksaroten'in Tiroid kanser hücre hatları üzerine etkinliğinin incelenmesi / İnvestigation
on the effects of selective RXR ligand Bexarotene on Thyroid cancer cell lines Bu araştırma
Tıbbi Bilimsel Aktiviteleri Destekleme Derneği tarafından desteklenmiştir.
YL Öğrencisi MURAT SİPAHİ (Danışman: PROF. DR. GÜLGÜN OKTAY) Tez konusu: Indiferansiye
insan anaplastik tiroit karsinoma hücre hattında kalsitriolün NDRG2 (N-Myc downstream
regulated gene-2) ve NIS (sodyum iyot simporter) gen ekspresyonları üzerindeki olası etkisi /
The possible effect of calcitriol on NDRG2 (N-Myc downstream regulated gene-2) and NIS
(sodium-iodide symporter) gene expressions in undifferantiated human anaplastic thyroid
18
cancer cell line. Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP tarafından
2012.KB.SAG.053 sayı ile desteklenmiştir.
YL Öğrencisi REZA SALİMİ (Danışman: Y. DOÇ. NİLGÜN YENER)Tez konusu: Yeni sentezlenen
fluoresans probların fibroblast hücrelerde oluşturulan OH radikallerinin belirtiminde
kullanılması ve değerlendirilmesi / Use and evaluation of OH radicals generated with the new
synthesized fluorescent probes in fibroblast cells. Bu araştırma Dokuz Eylül Üniversitesi,
Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP tarafından DEU 2011-KB-SAG-065 proje
numarasıyla desteklenmiştir.
YL Öğrencisi FERNUR ÇAPA (Danışman: PROF. DR. NURULLAH AKKOÇ;DOÇ. DR. ZEYNEP
SERCAN) Tez konusu: Türk Ankilozan Spondilitli hastalar için olası genetik faktörlerin ve
rollerinin saptanması amacıyla biyolojik örnek havuzu oluşturulması / Forming a biological
sample pool with the aim of determining potential genetic factors and roles for the Turkish
patients with Ankylosing Spondylitis. Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Şube Müdürlüğü
BAP tarafından 2010.KB.SAG.035 sayı ile desteklenmiştir.
YL Öğrencisi EREN ŞAHİN (Danışman: DOÇ. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL) Tez konusu: Hepatoselular
karsinoma'da EpCAM sinyalizasyonunun rolü / The role of EpCAM signalling in hepatocellular
carcinoma. Bu araştırma Dokuz Eylül Üniversitesi, Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü
BAP tarafından DEU 2012-KB-SAG-069 sayı ile desteklenmiştir.
YL Öğrencisi MAHAFARIN MARALANI (Danışman: PROF. DR. AYFER ÜLGENALP) Tez konusu:
GLP-1 reseptör polimorfizmlerinin obeziteye olan etkilerinin araştırılması / Investigation of
GLP-1 receptor polymorphisms effects on obesity Bu araştırma Dokuz Eylül Üniversitesi
Bilimsel Araştırma Projeleri BAP kapsamında DEÜ 2013.KB.SAG.241 no ile desteklenmiştir.
YL Öğrencisi YAŞAR AYSUN MANİSALIGİL (Danışman: PROF. DR. MUKADDES GÜMÜŞTEKİN
GÜNELİ) Tez konusu: Radyokontrast madde enjeksiyonu sonrası gelişen nefropatilerde
apoptoz ve rac1 ekspresyonunun değerlendirilmesi / Evaluation of apoptosis and rac1
expression in nephropathy after injection of radiocontrast media. Bu araştırma DEÜ Bilimsel
Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP tarafından 2013.KB.SAG.029 sayı ile desteklenmiştir.
YL Öğrencisi CEMRE URAL (Danışman: YRD. DOÇ. DR. ZAHİDE ÇAVDAR) Tez konusu: Renal
iskemi-reperfüzyon modelinde taurinin ekstrasellüler matriks bütünlüğü üzerine olası
koruyucu etkisinin ve ilişkili sinyal yolaklarının tanımlanması / The investigation of possible
protective effect of taurine on extracellular matrix and related signaling pathway in renal
ischemia/reperfusion model Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü
BAP tarafından 2013.KB.SAG.076 sayı ile desteklenmiştir.
YL Öğrencisi GÜNEŞ ÖZEN (Danışman: PROF. DR. AYŞE SEMRA KOÇTÜRK) Tez konusu:
Resveratrol ve Sirtuin1'in p53(+/+) ve p53(-/-) kolon kanser hücreleri üzerindeki etkilerinin
incelenmesi / The investigation of the effects of resveratrol and Sirtuin1 on p53(+/+) and p53(-
/-) colon carcinoma cells. Bu araştırma DEÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Şube Müdürlüğü BAP
tarafından 2013.KB.SAG.43 sayı ile desteklenmiştir.
YL Öğrencisi Recep Turan (Danışman Prof. Dr. Hüray İşlekel) Tez konusu: Obez adölesanlarda
B12 vitamin eksikliği fonksiyonel biyobelirteçleri, plazma metilmalonik asit ve homosistein
düzeylerinin incelenmesi Bu araştırma münferit Projelerden alınan malzemelerle
tamamlanmıştır.
19
PROGRAMA KAYITLI ÖĞRENCİLERİMİZ
DOKTORA
YÜKSEK LİSANS
Duygu Harmancı Karagülle Recep Turan
Dr. Tarık Salman Mehmet Özgüntaç
Duygu Ünüvar Purcu Buse Aytop
Dr. Nesin Apaydin Ece Yapar
Dr. Muammer Yücel Hüsniye Şahin
Dr. Fatma Demet Arslan Burak Karabey
Hakan Cengiz Serap Çelebi
Cemre Ural Ömercan Hasanköylü
Dr. Aylin Çallı Derya Murat Özgün
Dr. M A Koçdor Defne Öztürk
Dr. Semir Köse Merve Soğancı
Dr. Esra Ataman Yağmur Yavaş
Güner Gamze Beyoğlu Serhat Çağıran
Dr. Güray Aktürk
Duygu Onur Cura
Aysan Afagh
YÖK 100/2000 BURSU İLE DEVAM EDEN DOKTORA/BÜTÜNLEŞİK DOKTORA ÖĞRENCİLERİ
Nazlı Ecem Dal
Naz Kanıt
Ufkay Karabay
Belma Nalbant
Ezgi Nur Sarı (Bütünleşik Doktora)
Toplam 19 Doktora, 1 Bütünleşik Doktora, 13 Yüksek Lisans öğrencimiz bulunmaktadır.
DEÜ Sağlık Bilimleri Enstitüsünde görevli iki araştırma görevlisi Moleküler Tıp AD.’da görevlidir.
Ar.Gör. Duygu Harmancı
Ar.Gör. Cemre Ural
20
MEZUNLARIMIZ
Doktora (5)
Yüksek Lisans (17)
ROGHAİYEH SAFARİ (2013) FIRAT SOYARAT (2012)
YASEMİN SAYGIDEĞER (2015) NİDA DEMİRÇAK (2012)
FERİHA TOKSÖZ (2015) ŞENİZ İNANÇ (2012)
REZA SALİMİ (2018) DUYGU HARMANCI (2013)
AYŞE KOÇAK (2018) FERNUR ÇAPA (2013)
REZA SALİMİ (2013)
PINAR KEMANLI (2013)
MURAT SİPAHİ (2013)
MAHAFARIN MARALANI (2014)
EREN ŞAHİN (2014)
CEMRE URAL (2014)
AYSUN MANİSALIGİL (2015)
GÜNEŞ ÖZEN (2015)
GÜLER GÜL (2016)
ZELİHA CEYLAN (2017)
BURCU AÇIKGÖZ (2018)
NİNA GHANİTABE (2018)