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Doctorado en Acuicultura I Semestre 2015
TOPICOS AVANZADOS EN
INTERACCIONES BIOLÓGICAS Y BIOTECNOLOGÍA APLICADA EN ACUICULTURA.
Profesores
Dr. José Gallardo (Coordinador)
Dr. Luis Mercado, Dr. Sergio Marshall, Dr. Jorge Olivares, Dr. Roberto Bastias, Dra. Carolina Yáñez, Dr. Fernando Gómez.
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PRIMERA UNIDAD Mejora genética de peces y resistencia genética a patógenos. Dr. José Gallardo SEGUNDA UNIDAD Patógenos de peces y su diagnóstico. Dr. Sergio Marshall y Dr. Fernando Gómez. TERCERA UNIDAD Control de patógenos. Dr. Jorge Olivares, Dr. Roberto Bastias, Dra. Carolina Yáñez CUARTA UNIDAD Respuesta inmune y marcadores inmunológicos. Dr. Luis Mercado
UNIDADES
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METODOLOGIA Y EVALUACION
METODOLOGIA DE TRABAJO: Clases teóricas Tareas Seminarios EVALUACION: El curso será evaluado a través de 4 tareas/pruebas (1 x módulo x 25% c/u).
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HOY TRABAJAREMOS EN…
1.- Conceptos de genética.
2.- Mejora genética por selección artificial: 1 Rasgo. 3.- Mejora genética por selección artificial: Múltiples rasgos rasgos. 4.- Resistencia genética a patógenos. 5.- Marcadores genéticos: QTLs, y selección genómica.
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Carácter biológico: Pigmentación de la piel.
Fenotipo:
Pigmentado v/s NO pigmentado
Expresa una cualidad. Controlados por pocos genes.
Sin influencia del ambiente sobre su expresión.
CARÁCTER BIOLOGICO CUALITATIVO
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DOMINANCIA COMPLETA DEL GEN TYR
Homocigoto dominante T T
Heterocigoto T t
Homocigoto recesivo t t
Precursor de melanina Melanina
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¿CUÁL ES MI GENOTIPO? = TT - Tt - tt
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Expresa una cantidad. Controlados por muchos genes.
Gran influencia del ambiente sobre su expresión.
Genotipo + Ambiente (manejo productivo) = Fenotipo
CARÁCTER BIOLOGICO CUANTITATIVO
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QUANTITATIVE TRAIT LOCI Gen que codifica para un rasgo cuantitativo
Si, m = promedio (efecto de todos los genes menos el QTL )
Luego,
VALOR GENOTÍPICO (EE)
m + a
VALOR GENOTÍPICO (Ee) m + d
VALOR GENOTÍPICO (ee)
m - a
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Supuesto: Ambiente (E) = 0.
P = G
Genotipos Valor fenotipo EE 14 g Ee 12 g ee 6 g
Efecto aditivo del gen (a) a = + 4 g ; -a = - 4
Desvío de dominancia (d) d = + 2 g
QUANTITATIVE TRAIT LOCI Gen que codifica para un rasgo cuantitativo
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Genotipos P G EE 14 g (10 + 4) +4 Ee 12 g (10 + 2) 2 ee 6 g (10 - 4) -4
QUANTITATIVE TRAIT LOCI
Dominancia parcial
GEN P G
EE 35 a=
Ee 35 d=
ee 15 -a=
Dominancia completa
GEN P G
EE 35 a=
Ee 25 d=
ee 15 -a=
Acción aditiva
GEN P G
EE 35 a= Ee 45 d= ee 15 -a=
Sobredominancia
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Genotipos N° animales
Frecuencia (F)
Valor (G)
Promedio ponderado
(F * G) EE 25 0,25 +4 1 Ee 50 0,50 2 1 ee 25 0,25 -4 -1
Sin selección m + 1 = 11 g
EE 90
Ee 9
ee 1
Con selección
SELECCIÓN DIRECTA DEL QTL
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Parentesco: Dos individuos son parientes si tienen ancestros en común o si uno es antecesor de otro.
Vías de conexión
A B
X Y Y X
B A
PARENTESCO
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1/2 1/2 1/2 1/2
X Y
1/2 1/2
X Y
Hermanos completos Medios hermanos (hermastros)
Rxy = Σ ( ½ ) n1 + n2
Rxy = ( ½ ) 2 = 1/4 Rxy = ( ½ ) 2 + ( ½ ) 2 = 1/2
A B A B C
Rxy: Proporción de genes que comparten dos individuos emparentados.
PARENTESCO
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Para la siguiente genealogía calcule el coeficiente de parentesco entre los individuos: A) Individuo 2 – individuo 12 B) Individuo 12 – individuo 14.
PARENTESCO
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Def.: Cruzamiento o reproducción entre individuos emparentados.
A y B son homocigotos recesivos, pero solo A es consanguíneo.
CONSANGUINIDAD
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DEF. 1. Disminución del valor f e n o t í p i c o p r o m e d i o ( r a s g o cuantitativo) en una población (Lynch y Walsh, 1998). DEF. 2. Aumento de malformaciones en los animales o aumento de enfermedades de tipo hereditarias producto de la consanguinidad (Tave, 1996).
DEPRESION POR CONSANGUINIDAD
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El coeficiente de Consanguinidad (F ) de un individuo es la probabilidad de que dos alelos presentes en él sean idénticos por descendencia.
Abuelo
1/2
1/2 1/2
1/2
a1a2
_ _ _ _
_ _
Madre Padre
Nieto
COEFICIENTE DE CONSANGUINIDAD
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a) Probabilidad de que el nieto tenga dos alelos A1:
a. A través de la madre = ½ * ½ = ¼. b. A través del padre = ½ * ½ = ¼ c. Total = ¼ * ¼ = 1/16.
b) Probabilidad de que el nieto tenga dos alelos A2: a. A través de la madre = ½ * ½ = ¼. b. A través del padre = ½ * ½ = ¼ c. Total = ¼ * ¼ = 1/16.
c) Probabilidad de que dos alelos en el nieto sean idénticos por descendencia F x = 1/16 + 1/16 = 1/8 = 0.125.
Abuelo
1/2
1/2 1/2
1/2
a1a2
_ _ _ _
_ _
Madre Padre
Nieto
COEFICIENTE DE CONSANGUINIDAD
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Generalizando, el coeficiente de consanguinidad es
)(1 )2/1( A1n'n
x FF += ++∑n = número de generaciones entre el padre y el antecesor común. n’ = número de generaciones entre la madre y el antecesor común.
Fx = 0.125 (1 + FA)
Abuelo
1/2
1/2 1/2
1/2
a1a2
_ _ _ _
_ _
Madre Padre
Nieto
COEFICIENTE DE CONSANGUINIDAD
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A PARTIR DE LA SIGUIENTE GENEALOGÍA DETERMINE EL NIVEL DE CONSANGUINIDAD DEL INDIVIDUO Z
X Y
A B
Z
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Machos Hembras Tamaño efectivo de la población
(Ne)
Tasa de consanguinidad
(%)
100 100
50 150
10 190
1 199
Ne = 4 * Nm * Nh Nm + Nh
Tasa de F = 1/(2Ne)
PROPORCION DE SEXOS Y CONSANGUINIDAD (F)
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Son técnicas y procedimientos de genética que permiten modificar caracteres biológicos (cualitativos o cuantitativos), de importancia económica, para mejorar la eficiencia de los sistemas productivos en la empresa.
TECNICAS Y PROCEDIMIENTO DE GENETICA
¿QUÉ ES EL MEJORAMIENTO GENETICO?
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MEJORA GENETICA POR SELECCIÓN ARTIFICIAL
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R= h2 S IG
Hijos grupo seleccionado
Grupo seleccionado
h2 = heredabilidad. S = diferencial de selección. IG = Intervalo generacional. R = Respuesta a la selección en una generación
MEJORA GENETICA POR SELECCIÓN ARTIFICIAL
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HEREDABILIDAD
Es una medida de la variación genética aditiva de un rasgo cuantitativo h2 = 0 - 1
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h2 = 0,4 h2 = 0,05
SELECCIÓN ARTIFICIAL Y HEREDABILIDAD
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MEJORA GENETICA EN EL LARGO PLAZO
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INTERACCION GENOTIPO - AMBIENTE
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¿QUÉ INFORMACION NECESITO PARA SELECCIONAR AL MEJOR PEZ?
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Full sib
Full sib
Full sib
Full sib
Full sib
Full sib
Full sib
Full sib
Full sib
Peces para selección
Peces para evaluación
Núcleo
Centro de prueba
DISEÑO DE APAREAMIENTO FAMILIAR Y REGISTRO DE DATOS PARA ESTIMAR PARÁMETROS GENÉTICOS.
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Método BLUP requiere: 1.- Matriz de fenotipos (y). 2.- Matriz de parentesco (A): genealogía. 3.- Matrices de diseño (XZ): Piscicultura, Estanque, Fecha desove, etc. 4.- Parámetros genéticos y fenotípicos (λ): varianzas (h2), covarianzas (rg).
METODOLOGÍA DE EVALUACION GENETICA BLUP
(Best Linear Unbiased prediction)
BVi = Predicted Breeding value
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SISTEMA O ESTRUCTURA DISEMINACION PMG
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ESTRUCTURA PROGRAMAS DE MEJORA GENETICA EN ACUICULTURA
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CLASIFICAR CARACTERES BIOLOGICOS
Cualitativo Cuantitativo
Sexo - Peso smolt - SGR (Specific Growth Rate)
- IGS - Peso WFE (Whole Fish Equivalent)
Madurez - Gaping - Color filete - Rendimiento filete - Sobrevivencia
Resistencia a patógenos.
ECONOMICAMENTE ¿CUÁL VALE MAS?
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H = v1 BV1 + v2 BV2 + v3 BV3 + vi BVi
BVi = TRUE Breeding value o valor mejorante para cada rasgo. V i = Ponderación económica.
Obje;vo de selección = H
Combinación de caracteres biológicos que se desean mejor por la influencia que tienen en el beneficio (rentabilidad) económico de la empresa (Ponzoni, 1992).
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H = v1 BV1 + v2 BV2 + v3 BV3 + vi BVi
Obje;vo de selección = H
Selección de múltiples rasgos, – Que debemos hacer? Paso 1. Definir i rasgos a seleccionar en los reproductores. Paso 2. Determinar ponderación económica relativa vi para los i rasgos seleccionados.
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Ponderaciones económicas (v)
Ponzoni (1992) define la ponderación económica de un carácter como: el cambio en el margen bruto (ingresos - costos) por cada unidad de cambio del carácter, suponiendo que los otros permanecen constantes.
Paso 2. Determinar ponderaciones económicas.
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Criterio de selección = I
I = b1 PBV1 + b2 PBV2 + b3 PBV3 + bi PBVi
BVi = Predicted Breeding value o valor mejorante para cada rasgo (BLUP). b i = Coeficiente que maximiza la respuesta económica en H.
Combinación de caracteres biológicos que se pueden medir de forma práctica y económica, que están correlacionadas con H y que por tanto se usan para la selección de reproductores.
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Selección de múltiples rasgos, – Cómo lo implemento? Paso 3 Estimar parámetros genéticos de todos los rasgos incluidos en H e I.
- Heredabilidad = h2 - Correlaciones genéticas = rg
Paso 4. Predecir valor genético (BLUP) y combinar en el índice.
Criterio de selección = I
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CORRELACION GENETICA ENTRE RASGOS
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Pez Fam A Fam B Fam C Fam D 1 130 110 70 90 2 100 90 70 50 3 80 60 60 30 4 50 60 40 30
Promedio Fam 90 80 60 50 Promedio Total 70
Carácter cuantitativo: Peso (gramos).
SELECCIONE 4 PECES POR TAMAÑO
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Desarrolladores
ESTUDIO DE CASO: PMG SALMON COHO – IFOP
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Agua dulce Agua de Mar
Procesamiento Adaptación agua salada Crecimiento y Engorda
Cultivo familiar de ovas Marcaje de alevines
Reproducción y cruzamientos
1.- Identificación animales 2.- Registro caracteres
3.- Selección reproductores
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E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D E F M A M J J A S O N D
CLASE AÑO IMPAR B L U P B L U P B L U P B L U P B L U PBASE G1 G2 G3 G4 G5
CLASE AÑO PAR B L U P B L U P BLUP B L U PBASE G1 G2 G3 G4
AÑO 1998 AÑO 1999 AÑO 2001AÑO 2000AÑO 1991 AÑO 1992 AÑO 1993 AÑO 1994 AÑO 1995 AÑO 1996 AÑO 1997
Obje;vo de selección = Peso a la cosecha y desove temprano
ESTRUCTURA
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Even popula;on Odd popula;on
Year class
Sires Dams Harvest weight
Spawn Day
Year Class
Sires Dams Harvest weight
Spawn day
1992 22 50 851 208 1993 36 99 1.632 331
1994 33 93 951 198 1995 32 102 1.746 283
1996 27 103 1.796 349 1997 33 100 4.070 309
1998 30 100 4.458 232 1999 31 98 2.220 364
2000 34 99 3.796 1285 2001 43 100 2.159 60
Total 144 445 11.852 2272 Total 174 498 9.668 1.347
DISEÑO DE APAREAMIENTO FAMILIAR Y REGISTRO DE DATOS PARA ESTIMAR PARÁMETROS GENÉTICOS.
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0
1000
2000
3000
4000
5000
1 2 3 4 5Generaciones
Peso
a la
cos
ecga
(g)
0
1000
2000
3000
4000
5000
1 2 3 4 5Generación
Peso
a la
cos
echa
(g)
Fenotipo (DP)
Respuesta genética (DG): 302 g por generación (9 %).
Respuesta genética (DG): 383 g por generación (10%).
h2 peso cosecha = 0,21-0,37
Fenotipo (DP)
RESPUESTA A LA SELECCIÓN: PESO A LA COSECHA.
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Respuesta a la selección: Desove temprano salmon Coho.
DP DG Even -13 d - 2.7 d
Odd -15 d - 4.4 d
h2 fecha de desove: 0,44
RESPUESTA A LA SELECCIÓN: FECHA DE DESOVE
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0
5
10
15
20
25
Base G1 G2 G3 G4
Inbr
eedi
ng (%
)
EvenOdd
Pop. Sires Dams Ne ΔF
Even 22 50 61 2.4 %
Odd 36 99 106 1.1 %
EVALUACION CONSANGUINIDAD POBLACIONAL
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EFECTOS PERJUDICIALES DE LA CONSANGUINIDAD: CRECIMIENTO
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EFECTOS PERJUDICIALES DE LA CONSANGUINIDAD: SOBREVIVENCIA
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CONTROL DE LA CONSANGUINIDAD
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Fuente: Sernapesca, 2103
EVOLUCION BIOMASA TOTAL Y CRISIS VIRUS ISA
Colapso virus ISA PERDIDAS POR US$5.000.000.000
Fuente: Sernapesca, 2103
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P. salmonis es una bacteria intracelular altamente agresiva.
MORTALIDAD ASOCIADA A PISCIRICKETTSIA SALMONIS
PERDIDAS POR MUS$100 - 200 x AÑO
Fuente: Sernapesca, 2103
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Fuente: Sernapesca, 2103
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
4500
2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012
Ant
ipar
asita
rios
(Kg)
Deltametrina Benzoato de Emamectina Cipermetrina Diflubenzurón
USO DE ANTIPARASITARIOS PARA EL CONTROL DE CALIGUS
PERDIDAS POR MUS$100 - 200 x AÑO
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ESTUDIO DE CASO: CONSORCIO DE PATOGENOS EN SALMONICULTURA
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CONSORCIO DE PATOGENOS = COINFECCION Piojos de mar con …
Nowak et al. 2010 Bustos et al. 2011
Valdes-Donoso et al. (2013)
Mustafa et al. 2000
MICROSPORIDIO Loma salmonae
VIRUS ISA AMEBA Neoparamoeba perurans
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Resistencia
Es la capacidad de los animales para moderar el ciclo de vida de un
patógeno.
Mejorar la resistencia reduce la transmisión de la infección y por lo tanto la severidad de la enfermedad a nivel poblacional.
Tolerancia
Es la habilidad del animal para soportar los efectos perjudiciales a s o c i a d o s a l a i n f e c c i ó n (enfermedad).
Mejorar la tolerancia reduce el impacto de la infección en el individuo, pero Iene poco efecto en la transmisión de la infección a nivel poblacional.
CONCEPTOS: TOLERANCIA Y RESISTENCIA A PATOGENOS
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• El animal puede tener una respuesta inmune adecuada dirigida contra el patógeno. Esto puede permitir que el animal combata con éxito la infección o
evite los efectos patogénicos de la enfermedad.
• El animal puede tener genes de respuesta no inmunes que impiden la infección o la limitan en los órganos diana.
• El animal puede tener atributos morfológicos que hacen que dificultan la infección del
patógeno.
• El animal puede tener atributos de comportamiento que le permite evitar la infección.
MECANISMOS DE RESISTENCIA A PATOGENOS
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PROBLEMA 1: ¿CÓMO MIDO EL RASGO RESISTENCIA A PATOGENOS?
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0%
20%
40%
60%
80%
100%
1 4 7 10 13 16 19 22 25 28 31 34 37 40 43 46 49 52 55 58 61 64 67 70 73 76 79 82
Mortalidad
Familias
MORTALIDAD COMO RASGO BINARIO?
Mortalidad individual = Vivo (0) – Muerto (1).
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0%
25%
50%
75%
100%
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30
Dias post inoculación
Mortalid
ad acumulad
a
Mortalidad individual = Días en morir.
MORTALIDAD COMO TIEMPO EN MORIR?
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0
20
40
60
80
100
120
140
160
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
Infe
stac
ión
(N
°p
arás
ito
s)
PecesInfestación individual: Nº parásitos por pez
CARGA DE PATOGENOS?
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PROBLEMA 2: ¿DÓNDE EVALUO LA RESISTENCIA?
CENTRO DE CULTIVO LABORATORIO
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incomplete exposure to infection, or suboptimal diagnoses
Item h2 Laboratorio h2 Campo
Exposición a la infección
Completa Parcial
Diagnóstico Completo Sub-obtimo Control de variables
ambientales
Completo Limitada
Fuente: Bishop SC, Woolliams JA (2010)
PROBLEMA 1: ¿DÓNDE EVALUO LA RESISTENCIA?
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Patógeno h2 Laboratorio h2 Terreno L. salmonis 0,26 0,06
IPN virus 0,28 0,15 Furunculosis 0,34 0,23
Patógeno rg Fuente
L. salmonis 0,88 ± 0,17 Kolstad. 2005 Furunculosis 0,95 Gjoen et al., 1997
IPN 0,78 - 0,83 Storset et al., 2007
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DESAFIO CONTRA CALIGUS
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Rasgo N MEAN Parásitos sésiles
Peso cuerpo 970 132,7 ± 41,0 Parásitos aletas 960 28,6 ± 14,9
Es;mado parásitos cuerpo
960 30,7 ± 16,3
Parásitos móviles
Peso cuerpo 507 165,2 ± 59,0 Parásitos cuerpo 507 13,2 ± 6,0
MEDICION FENOTIPO DE RESISTENCIA
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Días post infestación Heredabilidad (h2 + EE)
Peso cuerpo como covariable
Sin Peso como covariable
4 días 0,340 ± 0,07 ** 0,417 ± 0,08 **
14 días 0,056 ± 0,06 ns 0,175 ± 0,08 ns
ESTIMACION PARAMETROS GENETICOS DE RESISTENCIA: NUMERO DE PARASITOS POR PEZ
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HIPOTESIS 1 / METODOS
¿C. rogercresseyi reduce la resistencia a P. salmonis?
Simple infección
P. salmonis
Coinfección P. Salmonis
+ 30 Caligus x pez
Coinfección P. Salmonis
+ 60 Caligus x pez
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¿La resistencia a la coinfección es un rasgo heredable?
HIPOTESIS 2 / METODOS
15 full-sib = 1.634 peces genealogizados
R = 0 S = 1
Modelo umbral (binario) Modelo lineal (continuo)
R S
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¿Peces resistentes a P. Salmonis son resistentes a la coinfección?
HIPOTESIS 3 / METODOS
Full sib
Full sib
Full sib
P. salmonis
P. Salmonis + 60 caligus
P. Salmonis + 30 caligus
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RESULTADOS EFECTO DE CALIGUS SOBRE RESISTENCIA A P. SALMONIS
P. salmonis
EFECTO CALIGUS
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Trat. Nº CALIGUS
Heredabilidad Resistencia (umbral)
Heredabilidad Resistencia (con;nuo)
T1 0 0,23 ± 0,07 0,32 ± 0,12
T2 30 0,24 ± 0,07 0,37 ± 0,14
T3 60 0,17 ± 0,08 0,37 ± 0,14
RESULTADOS / DISCUSION RESISTENCIA A LA COINFECCION ES HEREDABLE
+
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Tratamiento T1 (0 Sea lice) T2 (30 sea lice)
T1 (0 sea lice) -‐ -‐ T2 (30 sea lice) -‐0,14 ± 0,33ns -‐ T3 (60 sea lice) 0,32 ± 0,34ns 0,99 ± 0,01**
RESULTADOS / DISCUSION AUSENCIA DE CORRELACION RESISTENCIA SIMPLE - COINFECCION
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RESULTADOS / DISCUSION CALIGUS CAMBIA EL RANKING DE SELECCION A P. SALMONIS
CON CALIGUS
SIN CALIGUS
RANKING RESISTENCIA P. SALMONIS
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MARCADORES GENETICOS
ALELO 1 ALELO 2
– Debe ser polimórfico. – No necesariamente con función biológica. – Sirven como marcadores de un lugar en el genoma.
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Alelo 1 AATCATGTGTGGCTACTTATGGTCAT Alelo 2 AATCATGTGTAGCTACTTATGGTCAT G/G G/A A/A
SNP : SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM
HOMOCIGOTO HOMOCIGOTO HETEROCIGOTO
SNP : SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM
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SSR : SINGLE SEQUENCE REPEATS
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Referencia: Damani and Topol Genome Medicine 2009 1:54
COMPARACION MARCADORES GENETICOS
Microsatélites: - 400 identificados en genoma de salmones. - Localizados fuera de los
genes .
SNP - Chip Affimetrix con 150.000 SNPs en genoma de salmones. - Localizados cerca de los genes o dentro de ellos.
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Marcador genético: Single Nucleotide Polimorfism BUSQUEDA DE MARCADORES GENETICOS POR SECUENCIACION
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DESDE MARCADOR GENETICO A QTL
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ASOCIACION ENTRE MARCADOR (C) Y QTL(E)
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GAMETOS FREC. F X 100 CE ½ (1-r) 25 ce ½ (1-r) 25 cE ½ r 25 Ce ½ r 25
EQUILIBRIO DE LIGAMIENTO r MAX = 1/2
SIN ASOCIACION = EQUILIBRIO DE LIGAMIENTO
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GAMETOS FREC. F X 100 CE ½ (1-r) 45 ce ½ (1-r) 45 cE ½ r 5 Ce ½ r 5
DESEQUILIBRIO DE LIGAMIENTO Ej. r = 0,1
CON ASOCIACION = DESEQUILIBRIO DE LIGAMIENTO
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GAMETOS FREC VALOR G FREC x G
CE 45 ½ +a 45 ½ a ce 45 ½ -a - 45 ½ a cE 5 ½ +a 5 ½ a Ce 5 ½ -a - 5 ½ a
VALOR GENETICO QTL – MARCADOR Y VALOR GENETICO
Chijos 40 ½ a ÷ 50
chijos - 40 ½ a ÷ 50
Diferencia: Chijos– chijos = a * 4/5 = a*(1-2r)
Referencia: Theo Meuwissen (2010)
La diferencia depende de: - El efecto del QTL = a - La tasa de recombinación entre el marcador y el QTL = r. - Si r = ½, el marcador no esta ligado al QTL y por lo tanto no hay diferencia entre C y c
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SELECCIÓN ASISTIDA POR MARCADORES (MAS)
Información de genealogía
Alelo C
Alelo c
Información del marcador
Modelo de regresión lineal y = µ+ b*x + e
y=registros; µ= promedio
b= coeficiente de regresión x= genotipo del SNP (0,1,2)
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Genotipo FENOTIPO VALOR GENOTIPO RR 99 15,8 RS 83,2 0 SS 67,4 -15,8
0
20
40
60
80
100
120
RR RS SS
SOB
RE
VIV
EN
CIA
QTL - IPN
QTL – IPN
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Padre Madre Animal SNP 1
SNP 2
SNP 3
SNP 4
SNP 5
SNP n
Fenotipo
1 3 9 0 2 1 0 2 1 35 1 4 10 1 2 1 1 2 1 40 2 5 11 2 1 0 2 1 0 55 2 6 12 1 2 1 1 2 1 65 1 7 13 1 2 1 1 2 1 ? 2 8 14 2 1 0 2 1 0 ?
SELECCIÓN GENOMICA
Modelo de regresión lineal
y = µ+ b*x + poligénico + e
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PLATAFORMAS PARA GENOTIPEO MASIVO (CHIP)
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Nº SNPs
Nº muestras
777.000 48 - 364
55.000 48 - 1152
170.000 48 - 1152
55.000 48 - 1152
65.000 48 - 1152
50.000 48 - 1152
PLATAFORMAS PARA GENOTIPEO MASIVO (CHIP)