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  • ABI PRISM 310Instrument DNA Analyzer Diagnostics System

    Users Manual

  • Copyright 2001, Applied Biosystems. All rights reserved.

    For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

    Please see the ABI PRISM 310 DNA Analyzer Users Manual for limited license information.

    ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, BioLIMS, and GeneScan are registered trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries.

    ABI, BioMerge, and SQL GT are trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries.

    Macintosh is a registered trademark of Apple Computer, Inc.

    All other trademarks are the sole property of their respective owners.

    Applera Corporation is committed to providing the worlds leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of the Applied Biosystems and Celera Genomics businesses.

  • Contents

    1 About This Users ManualIntroduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1

    Purpose of This Chapter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1

    In This Chapter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1

    Safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

    Documentation User Attention Words . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

    Site Preparation and Safety Guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

    Safe and Efficient Computer Use . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

    Manual Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5

    Assumptions Made . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5

    Overview of the Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5

    Related Manuals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5

    About Diagnostics System Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-6

    Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-6

    How It Is Used . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-6

    Technical Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-7

    Contacting Technical Support. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-7

    To Contact Technical Support by E-Mail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-7

    Hours for Telephone Technical Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-7

    To Contact Technical Support by Telephone or Fax . . . . . . . . . . . . . . 1-8

    To Reach Technical Support Through the Internet . . . . . . . . . . . . . . 1-11

    To Obtain Documents on Demand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-12

    2 Getting StartedIntroduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1

    Purpose of This Chapter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1

    i

  • In This Chapter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1

    Installing the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

    How to Install the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

    Running the Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3

    Startup Display. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3

    Port Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-4

    Running Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-5

    Communicating with the Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-6

    Cable Connection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-6

    Establishing Communication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-6

    Exiting the Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-8

    Quitting the Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-8

    3 Software OverviewIntroduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1

    Purpose of This Chapter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1

    In This Chapter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1

    Section: Main Menu Panels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-3In This Section . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-3

    Menus and Windows. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-4

    Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-4

    Flow Diagram. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-4

    Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-4

    Main Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5

    Main Menu Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-6

    Verify Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-7

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-7

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-7

    Verify Instrument Window Parts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-8

    Test Components. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-9

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-9

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-9

    ii

  • Test Instrument Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-10

    Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11

    Analysis Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-12

    Troubleshooting Help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-13

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-13

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-13

    Accessing Troubleshooting Help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-13

    Troubleshooting Window Parts. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-14

    Syringe Calibrations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-15

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-15

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-15

    Syringe Calibrations Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-16

    Section: Test Components Panels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-17In This Section . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-17

    Test Instrument Components Menu. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-18

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-18

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-18

    Test Components Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-19

    Serial Number, Date, and Time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-20

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-20

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-20

    Serial #, Date & Time Window Parts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-21

    Correcting Displayed Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-21

    AutoSampler Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-22

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-22

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-22

    AutoSampler Window Parts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-23

    Test Hotplate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-24

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-24

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-24

    HotplateWindow Parts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-25

    Section: Analysis Panels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-27

    iii

  • In This Section . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-27

    Analysis Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-28

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-28

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-28

    Analysis Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-29

    Sensitivity Analysis (Auto). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-30

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-30

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-30

    Sensitivity Analysis Window Parts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-31

    Noise Analysis Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-32

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-32

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-32

    Noise Analysis Window Parts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-33

    Sample File Reader Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-34

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-34

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-34

    Sample File Reader Window Parts. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-35

    4 Running Instrument TestsIntroduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1

    Purpose of This Chapter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1

    In This Chapter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1

    Verify Instrument Test. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2

    Test Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-3

    Test Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-3

    Syringe Max Travel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-9

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-9

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-9

    Test Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-10

    Syringe Pressure Leak Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-12

    Purpose. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-12

    Illustration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-12

    iv

  • Test Procedure. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-13

    AutoSampler Operation Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-16

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-16

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-16

    Test Procedure. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-17

    What to Expect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-20

    AutoCalibration Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-21

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-21

    Illustration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-21

    Test Procedure. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-22

    What to Expect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-25

    Hotplate Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-26

    Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-26

    Test Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-26

    lllustration . . . . . . . . . . . . . ....

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