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    Kontaminationen durch Nukleinsurendurch Nukleinsurendurch

    Probleme & praktische Lsungen NukleinsurenProbleme & praktische Lsungen Nukleinsuren

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    WichtigesWissenswertesWunderbaresWunderbares

    aus Chemie & Biologie& Biologie&

    AppliCationsDer Anteil von molekularbiologischen Nachweismethoden ist in den letzten Jahren erheblich gestiegen, besonders in den Bereichen Qualittskontrolle, Forensik, klinischer Forschung und Diagnostik insbesondere der Infektionsdiagnostik. Gerade fr diese Applikationen werden hochsensitive und gleichzeitig zuverlssige PCR-Tests bentigt. Dafr bietet AppliChem nun optimierte PCR-Kits an und widmet sich explizit der Hintergrundproblematik, die durch DNA belastete Reagenzien und Arbeitspltze entstehen kann.

    Nr.3AppliCations

    Nr.3AppliCationsDNA-freie Reagenzien und Mastermixe fr die PCR

    AppliCationsAppliCations

    Freie Nukleinsuren verursachen als Kontaminationen groe Probleme im Forschungs- und molekularbiologisch-analytischen oder klinisch-diagnostischen Labor. Durch die extrem hohe Sensitivitt von DNA-Nachweistests, knnen kleinste Verunreinigungen in PCR-Anstzen zustzliche Arbeit bedeuten und im schlimm-sten Fall Ergebnisse verflschen. Mit Derma-ExitusPlus (HHDK) aus der Serie von ExitusPlus-Produkten wird erstmals ein vllig neuer Anwendungsbereich erschlossen bzw. zustzliche Kontaminationsquellen ausgeschlossen.

    Eine der Hauptquellen fr Kontaminationen mit Nukleinsuren ist der Experimentator selbst. Die Nukleinsuren stammen z.B. aus Hautschuppen, Haaren und Speichel oder von Mikroorganismen, die seine Haut besiedeln oder z.B. beim Niesen freigesetzt werden. Gelangen diese in die PCR-Anstze oder PCR-Reagenzien, knnen sie entsprechend der eingesetzten Primer (besonders 16S rDNA fr Bakterien) leicht nachgewiesen werden. Ausserdem besteht die Gefahr, dass beim ffnen und

    Nr.5AppliCations

    Nr.5AppliCationsDekontamination der Haut und Hnde von Nukleinsuren

    AppliCations AppliCationsSize-exclusion chromatography (SEC) is a popular method to separate biomolecules based on their size. Primarily, it is applied to the separation of biopolymers such as proteins and nucleic acids, i.e. water-soluble polymers. This system is also called gel filtration, typically with beads of dextran or agarose serving as gel matrix. Smaller molecules pass significantly slower through the column than larger molecules. Not to be mixed up with gel electrophoresis, there are big differences in terms of theseparation principle. SEC does not require electric current and the sieving effect will not separate small molecules first.

    It is indeed correct that smaller molecules pass more slowly through the matrix than larger molecules. This is due to the longer path the smaller molecules must travel. The longer path arises from the pores of the beads. The smaller molecules can

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    No.6AppliCations

    No.6AppliCationsSize-Exclusion Chromatography for purification of biomolecules

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    Agarose-Gel-Elektrophorese AppliCations

    Using ready-to-use ELISA kits from manufacturers is easy and convenient. Sometimes however, home-made ELISA is required because there is no kit available with the right antibodies or the characteristics of the available kits such as their limits of detection are not appropriate. Ready-to-use ELISA kits from good suppliers mastored for two years at 4C without any problem. With home-made ELISA it is a completely different story. For any new measurement one has to coat a new plate, because after storage of some days the plates dont perform as well as before.

    Why is there such a great difference in storage between home-made ELISA and ELISA kits?The reason is that in professional ELISA kit production the plates are not only blocked after coating, but also stabilised. This easy to perform process has been an industry standard for thirty years. For stabilisation of a plate one has to coating stabiliser solution. It is just as simple as a second blocking step. But there were no such high lutions freely available in low volumes for use in research lab until now. AppliChem now offers a product for use in every researchin volumes starting as small as 50 ml, which is called the AppliCoat Plate Stabiliser (Cat. No. A7708). This stabiliser solution is easy-to-use and has a great advantage compared to almost any stabiliser used in industry. It gives better storage stability for coated antibodies and antigens than most other products do. And there is a second Two benefits with one solutionWhen antibodies are coated onto ELISA plates, most of the antibodies are not active. When the antibodies (or any proteins) come into close contact to the plastics surface of the ELISA plate, conformational changes can occur due to surface-protein interactions. The result is that most antibodies coated on a plate are unfolded or inactive. Only around 28 % of all coated antibodies remain active and can bind to analytes and this is greatly variable depending on the surface characteristics of the ELISA plate, which can really differ from batch to batch or even from well to well.These differences from well to well can affect the variability of an assay, because the antibodies can be affected. If there waway of refolding antibodies and of preserving antibodies from conformational changes during storage, this could help to decrease such variabilities in assay performance. This is a key benefit of AppliCoat Plate Stabiliser. It assists antibodies and coated proteins to refold and then to preserve active conformation over a long time. Thus it has two benefits: 1. Refolding of antibody conformation of some of the coated antibodies and 2. Preserving correct conformation during storage. These benefits are used for production of high-quality ELISA kits as well as in research applications now. Even with AppliCoat Plate Stabiliser the percentage of active antibodies will still be in the range of 28 %. But the great difference is that the variability from well to well and from plate to plate can be minimised in most assays by using AppliCoat Plate Stabiliser. Such effects depend on the used antibodies, but when ELISA are validated (e.g. according to Guidance for Industry: Bioanalytical Method Validation, FDA, 2001) or according to other validation strategies, the difference can be measured in many assays.The positive effects of AppliCoat Plate Stabiliser are shown in Fig. 1. A sandwich ELISA with a monoclonal antibody has been

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    Immunoassays

    Antibody Stabilisation

    ELISA Plates

    Cross-reactivity

    Interfering effects

    Improving quality of ELISA

    AppliCationsDie moderne Gentechnik zeigt, dass in vielen Fllen schon freie DNA-Molekle fr Infektionen, Rekombinationen oder biologische Transformationen ausreichen [1,2]. Zustzlich werden die Nachweisverfahren fr DNA-Molekle immersensitiver. Daher wird die Detektion von Kontaminationen oder die Verhinderung von Amplifikations-Artefakten in der PCR fr die Gentechnik, die Kriminalistik, die Biomedizin und die Hygiene immer wichtiger. Die vollstndige Dekontamination von Gerten und Materialien von DNA-Moleklen wird so zu einem entscheidendenFaktor fr die allgemeine biologische Sicherheit.

    Alles oder Nichts: Erstaunliche ErkenntnisDas Mittel der Wahl zur Beseitigung von Kontaminationen durch NukleinDas Mittel der Wahl zur Beseitigung von Kontaminationen durch NukleinDas Mittel der Wahl zur Beseitigung von Kontamina suren ist immer noch Chlorbleichlauge (bleach) ein Mittel das alles zerstrt, nicht nur die Nukleinsure. Dies hat uns veranlasst in Kooperation mit multiBIND Biotech, Kln, nach einer unschdlichen Alternative zu suchen und die molekulare Wirkungsweise der auf dem Markt befindlichen sonstigen DNA-Dekontaminationsmittel zu untersuchen. Hierfr wurde unter sehr hoher Belastung (groer DNA-ber-

    suchen. Hierfr wurde unter sehr hoher Belastung (groer DNA-ber-suchen. Hierfr wurde unter sehr hoher Belastung (groer DNA-berschuss) mit definierten DNA-Kontaminationen die Eigenschaften der konventionellen Mittel verglichen. Zwei Probleme werden offensichtlich: Erstens werden durch die konventionellen Mittel in keinem Fall die DNA-Molekle effizient zerstrt und zweitens enthalten diese Mittel Komponenten mit stark korrosiven oder giftigen Eigenschaften. Als Fazit daraus hat sich fr uns die Notwendigkeit der Neuentwicklung einer effektiven Lsung zur DNA-Dekontamination ergeben, die wir hier als DNA-ExitusPlus und Autoclave-ExitusPlus vorstellen. Im Vergleich zu den herkmmlichen Produkten wird DNA und RNA schnell und effizient zerstrt, ohne dass das Reagenz korrosive oder giftige Eigenschaften aufweist.Bei der DNA-Dekontamination unterscheidet man nach der molekularen Wirkungsweise der eingesetzten Mittel drei Grund-prinzipien zur Zerstrung oder Inaktivierung der genetischen Information: Modifikation, Denaturierung und Degradation.

    prinzipien zur Zerstrung oder Inaktivierung der genetischen Information: Modifikation, Denaturierung und Degradation.

    prinzipien zur Zerstrung oder Inaktivierung der genetischen Information: ModifikaJe nach Zusammensetzung der Mittel knnen diese drei Prinzipien einzeln oder in Kombination angewandt werden.Da nach d

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