haplotipos β globina anemia falciforme 2013
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Haplotipos del gen de la β-globina en pacientes
con anemia falciforme y su incidencia en la
República Dominicana.
Carlos Fdo Vergara Castillo Esp, MSc, PhD(c)
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Este proyecto fue desarrollado en el
Instituto de Innovación en
Biotecnología e Industria (IIBI)
Hace parte de las investigaciones financiadas por el Ministerio de Educación Superior, Ciencia y
Tecnología, a través del FONDOCYT.
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Herencia de la anemia falciforme
http://www.google.com.do/imgres?q=sickle+cell+anemia&hl
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Estructura proteica de la hemoglobina
http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/posters/chromosome/hbb.shtml
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http://www.britannica.com/EBchecked/media/160694/The-distribution-of-malaria-and-the-distribution-of-sickle-cell
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Numero de pacientes muestreados por ciudad.
Cuidad Hospitales No. pacientes muestreados
Santo Domingo Luis E. Aybar 144
Robert Reid Cabral
Santiago José María Cabral y Báez 61
La Vega Murillo King 19
San Francisco de Macorís San Vicente de Paul 14
Higuey Nuestra Señora de la Altagracia 11
Total 249
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Fase de laboratorio
▫ Toma de muestra y Extracción de ADN
Tarjetas Watman FTA
Frotis bucal.
• Análisis SNP basado en PCR.
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AA
TA
AA
TA
517pb
267pb
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Gel de agarosa al 2%. Confirmación de diagnostico de pacientes falcémicos y portadores. Se observa claramente la separación de los fragmentos de 517 pb y de 267 pb, lo que permite identificar individuos homocigotos y heterocigotos para la mutación.
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Restricción enzimáticaDirección Posición
Enzimas de restricción Secuencias de marcadores
HindII 5' a ε 5' TCTCTGTTTGATGACAAATTC f 18652–18672
5' AGTCATTGGTCAAGGCTGACC r 19391–19411
XmnI 5' a Gγ 5' AACTGTTGCTTTATAGGATTTT f 33862–33883
5' AGGAGCTTATTGATAACCTCAGAC r 34495–34518
HindIII dentro de IVS II Gγ 5' AGTGCTGCAAGAAGAACAACTACC f 35677–35700
5' CTCTGCATCATGGGCAGTGAGCTC r 35981–36004
HindIII dentro de IVS II Aγ 5' ATGCTGCTAATGCTTCATTAC f 40357–40377
5' TCATGTGTGATCTCTCAGCAG r 40971–40991
HindII 3' a ψβ 5' GTACTCATACTTTAAGTCCTAACT f 49559–49582
5' TAAGCAAGATTATTTCTGGTCTCT r 50448–50471
AvaII dentro de IVS II β 5' GTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGG f 62416–62439
5' TTCGTCTGTTTCCCATTCTAAACT r 62720–62743
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Mapa de restriccion de cluster del gen de
B-globina
Ubicación de las seis regiones de restricción para cuatro enzimas del cluster del gen de la beta-globina.ddd
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Gel de agarosa al 2% donde se muestra el corte enzimático para un grupo de pacientes con HindII para ε.
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Haplotipo Configuración de corte
Árabe-indio (+ + + - + +)
Benín (- - - - + +)
Camerún (+ + + - + +)
Senegal (- + + - + +)
Bantú-CAR (- - + - - +)
Bantú A1 (- - - - - +)
Bantú A2 (+ - - - - +)
Bantú A2a (+ - - - - -)
Bantú A4 (- + + - + -)
Bantú A6 (- - + + - +)
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Sitios de restricción
Haplotipos ε γG γA ψβ 3´ψβ 5´β N %
Árabe-indio + + + - + + 8 7.55
Benín - - - - + + 31 29.2
Bantú-CAR - - + - - + 1 0.943
Bantú A1 - - - - - + 18 17.0
Bantú A2 + - - - - + 8 7.55
Bantú A4 - + + - + - 1 0.943
Bantú A6 - - + + - + 3 2.83
Camerún - - + + + + 7 6.6
Senegal - + + - + + 9 8.49
Atípico 13 - - + - + + 20 18.9
Definición de haplotipos y frecuencias haplotípicas significativas
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1 2 3 4 5
1 0.00000
2 0.10803 0.00000
3 -0.03019 0.01633 0.00000
4 0.00331 -0.01276 -0.05820 0.00000
5 0.02321 0.09831 -0.06108 0.04715 0.00000
Cálculo FST poblacional.
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1 2 3 4 5
1 -0.00000
2 0.11432 -0.00000
3 0 0.01646 -0.00000
4 0.00331 0 0 -0.00000
5 0.02348 0.10348 0 0.04829 -0.00000
1 2 3 4 5
1 0.00000
2 0.12111 0.00000
3 0 0.01660 0.00000
4 0.00332 0 0 0.00000
5 0.02376 0.10902 0 0.04948 0.00000
Distancia genética de Reynolds, Weir y Cockerham
Distancia genética de Slatkin.
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Representación haplotípica en el continente africano (Tomado de Rodriguez y col, 1998)
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Haplotipos
Población N Bantú-CAR Benín Senegal Camerún Otros
Rep. Dominicana1 207 31* 31 9 7 0.0
Afro-Brasileños2 20 60.0 10.0 30.0 0.0 0.0
Salvador3 42 54.8 45.2 0.0 0.0 0.0
Salvador 4 160 48.2 45.6 0.6 0.0 5.6
Canadá5 61 11.5 49.2 13.1 13.1 13.1
U.S.5 371 19.1 55.3 15.1 3.5 7.0
Jamaica6 244 9.8 75.4 2.9 2.1 9.8
Surinam5 77 29.9 53.2 2.6 2.6 11.7
Guadalupe7 252 11.5 77.0 8.7 2.8 0.0
Cuba8 198 41.0 51.0 8.0 0.0 0.0
México9 37 78.8 18.2 0.0 0.0 3.0
Venezuela10 176 32.4 51.1 14.2 2.3 0.0
Venezuela11 90 43.4 51.1 3.3 0.0 2.2
Venezuela12 42 50.0 35.7 2.4 0.0 11.9
Colombia13 92 55.5 34.8 4.3 5.4 0.0
Distribución de frecuencias haplotípicas en las Américas (Tomado de Cardoso y col, 2006).
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A ustedes, por su amable atención