grid hesaplama ve yef@tr-grid

57
www.grid.org.tr Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid TR ATLAS Gaziantep Grid Workshop 19-21 Haziran, 2008. Gaziantep Üniversitesi

Upload: buthainah-feroze

Post on 01-Jan-2016

137 views

Category:

Documents


4 download

DESCRIPTION

Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid. TR ATLAS Gaziantep Grid Workshop 19-21 Haziran, 2008. Gaziantep Üniversitesi. Grid ve Grid Hesaplamaya Temel Bakış Tan ım Evrimi Neden ihtiyacımız olduğu Grid Hesaplama TR-Grid Oluşumu Ulusal Grid Oluşumu (UGO) ve Hedefleri TR-GRİD Alt Yapısı - PowerPoint PPT Presentation

TRANSCRIPT

Page 1: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

TR ATLAS

Gaziantep Grid Workshop

19-21 Haziran, 2008. Gaziantep Üniversitesi

Page 2: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

İÇERİK

• Grid ve Grid Hesaplamaya Temel Bakış– Tanım– Evrimi– Neden ihtiyacımız olduğu– Grid Hesaplama

• TR-Grid Oluşumu– Ulusal Grid Oluşumu (UGO) ve Hedefleri– TR-GRİD Alt Yapısı– TR-GRİD Projeleri (7. Çerçeve Programı)– Grid Uygulamaları

Page 3: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

GRID Nedir ?• Küme nedir?

– İletişim ve yazılım anlamında, birbirine sıkı sıkıya bağlı, tek bir bilgisayar gibi çalışabilen bir grup bilgisayar.

• Grid = “Kümelerin kümesi”• Coğrafik olarak dağıtık bulunan kaynakların

bütünleştirilmesi• Dev sanal süperbilgisayar + Paylaşım kültürü• Orta katman yazılımı yardımı ile

– Globus açık kaynak kod– EDG, LCG, gLite AB projelerinde geliştirildi

Page 4: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

EVRİM

2100

2100 2100 2100 2100

2100 2100 2100 2100

Masaüstü, Taşınabilir

SMP, Süper

LokalKüme

GlobalGrid

PERFORMANS

“Kümelerin kümesi”

Page 5: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

DEV BİR KAYNAK

• Bütün bir sistem gibi davranabilen dev bir kaynak topluluğu

İşlemci gücü, Veri depolama alanı, Veritabanı, Uygulama, Cihaz (teleskop vb.), Araştırmacı, Deney, Proje, Kütüphane, …

• Ana unsur İşbirliği!

• Kaynaklardan yararlanmak için, kaynak verin!

Page 6: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

BİR BENZETME

“The Computational Grid is analogous to Electricity (Power) Grid and the vision is to offer a dependable, consistent, pervasive, and inexpensive access to high-end resources irrespective their location of physical existence and the location of access.”

Page 7: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

ARAYIŞ

• İnternet gibi Grid de, büyük çaplı bilimin gereksinimleriyle doğdu.– büyük bilim merkezlerinin ortak iletişim ortamı

gereksinimi İnternet– İnternet ortamı üzerinde farklı tip kaynakların

paylaşımı için farklı farklı yaklaşımlar– kaynak paylaşımı için çok daha genel bir

yaklaşım arayışı Grid

Page 8: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

İNTERNET VE ...

network

network

network

network

network

network

internetwork

internetwork

internetwork

Internet

Page 9: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

GRİD

küme

küme

küme

küme

küme

küme…

küme

kümelerin kümesi

kümelerin kümesi

kümelerin kümesi

Grid

Page 10: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

• Araştırmacıların kompleks bir işteHesaplama zamanını azaltmak içinBüyük verilere ulaşmak içinÖzel ekipmanlara ulaşmak içinDiğer kullanıcılarla çalışabilmek için

çok sayıda kaynağa veya servise ihtiyacı vardır.

Internet

Neden Grid?

Page 11: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

GELİŞİM

• Gelişim sürecinde farklı yöntemler– Adanmış kümeler ile örnek: EGEE– Süperbilgisayarlar ile örnek: DEISA– Masaüstü bilgisayarlar ile örnek: SETI@Home

• Hedef

Page 12: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

Internet

Dinamik kaynak bağışlamaÜniversite Sunucusu

PC bağışlayan

PC bağışlayan

PC bağışlayan

Uygulama

Masaüstü Gridi

Page 13: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

• SETI@home– 226 ülkede 4 milyon kullanıcı

– 1200 CPU sene/gün

– 38 TF

– 77 farklı işlemci tipi

SETI: Evrensel Masaüstü Gridi

Page 14: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

Internet

Boş kaynakların 7/24 bağışlanması

Enst1

Kullanıcı

Enst2

Kullanıcı

Bağışlayan ve kullanan

Bağışlayan ve kullanan

Kümeler ile Grid

Page 15: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

Scale> 49 ülkede 224 site~ 38.000 işlemci> 15 PB veri alanı> Günde onbinlerce çalışan iş> Yüzden fazla kayıtlı sanal organizasyon

En Büyük Çalışan Grid: EGEE

Page 16: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

NCSA: Compute IntensiveSDSC: Data Intensive PSC: Compute Intensive

IA64

IA64 Pwr4EV68

IA32

IA32

EV7

IA64 Sun

10 TF IA-64128 large memory nodes

230 TB Disk Storage3 PB Tape Storage

GPFS and data mining

4 TF IA-64DB2, Oracle Servers500 TB Disk Storage6 PB Tape Storage1.1 TF Power4

6 TF EV6871 TB Storage

0.3 TF EV7 shared-memory150 TB Storage Server

1.25 TF IA-6496 Viz nodes

20 TB Storage

0.4 TF IA-64IA32 Datawulf80 TB Storage

Extensible Backplane NetworkLA

HubChicago

Hub

IA32

Storage Server

Disk Storage

Cluster

Shared Memory

VisualizationCluster

LEGEND

30 Gb/s

IA64

30 Gb/s

30 Gb/s30 Gb/s

30 Gb/s

Sun

Sun

ANL: VisualizationCaltech: Data collection analysis

40 Gb/s

Backplane Router

PSC integrated Q3 03

TeraGrid

Page 17: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

Hepsi Grid mi ?

• Bir Grid’in “Grid” olabilmesi için– kaynaklar tek merkezden yönetilmiyor olacak– açık standartlar kullanılacak– azımsanamayacak kalitede servis sunulacak

Page 18: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

UYGULAMA ALANLARI

• Yüksek Enerji Fiziği• Biyomedikal• Dijital Kütüphaneler• Bilgisayar Hesaplamalı Kimya• Yerbilim• Jeo-fizik• Astro-fizik• Füzyon• Finans• …

Page 19: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

GRİD HESAPLAMA

• Hesaplama, görüntüleme, veri depolama vb. kaynakların birbirlerine bağlanarak, sistem kısıtları nedeniyle başka şekilde çözülemeyecek olan problemlerin çözülebilmesine olanak tanıyan yaklaşım.

• Tekil uygulamaveya

Çok sayıda uygulama içeren “iş akışı” (workflow)• Uygulama ardışıl (sequential) veya paralel

Page 20: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

www.grid.org.tr

TR-GRİD OLUŞUMU VE ÇALIŞAN

UYGULAMALAR

TR ATLAS Gaziantep Grid Workshop

19-21 Haziran, 2008. Gaziantep Üniversitesi

Page 21: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

İÇERİK

– Ulusal Grid Oluşumu (UGO) ve Hedefleri– UGO Danışma Kurulu– TR-GRİD Alt Yapısı

– TR-GRİD Projeleri (7. Çerçeve Programı)– Grid Uygulamaları

Page 22: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

ULUSAL GRİD OLUŞUMU

TR-GRİD HEDEFLERİ– Grid çalışmaları ULAKBİM koordinasyonunda hesaplama

kaynaklarının grid altyapısı altında toplanması amacı ile 2003 yılında TR-Grid Oluşumu adı altında başlatılmıştır.

• Ulusal kullanıcı kitlesini bilgilendirmek

• Bölgesel uygulamalar geliştirmek

• Ulusal grid altyapısını kurmak

• Uluslararası grid projelerine katılmak

• ...

Page 23: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

ULUSAL GRİD OLUŞUMU

TR-Grid UGO Danışma Kurulu

• TR-Grid UGO Danışma Kurulu; TR-Grid e-Altyapısı için ulusal starteji ve politikaların belirlenmesi, uygun projelerin üretilmesi, gerekli finansmanın sağlanması ve yürütülen çalışmaların uygunluğunun denetlenemesi gibi sorumlulukları olan ve ULAKBİM Yönetim Kurulunca tanınan bir kurul olarak hayata geçirilmiştir.

Page 24: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

ULUSAL GRİD OLUŞUMU

Page 25: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid Altyapısı - GRID• 7 Grid Sitesi:

– TR-01-ULAKBIM (66 CPU, 4 TB)– TR-03-METU (312 CPU, 12 TB)– TR-04-ERCIYES (64 CPU, 0.75 TB)– TR-05-BOUN (64 CPU, 0.75 TB)– TR-07-PAMUKKALE (64 CPU, 0.75 TB)– TR-09-ITU (64 CPU, 0.75 TB)– TR-10-ULAKBIM (364 CPU, 12 TB)

• Toplam grid kaynağı: 998 CPU, ~30 TB Depolama• Desteklenen sanal organizasyonlar: atlas, cms,

biomed, ops, dteam, see, seegrid, sgdemo, eumed, trgrida, trgridb, trgridd, trgride

Page 26: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid Altyapısı - HPC

• 3 HPC Kümesi:– TR-03-METU (312 CPU, 12 TB)– TR-10-ULAKBIM (364 CPU, 12 TB)– Infiniband (Sıkıbağlı) Küme (240 CPU, 6 TB)

• Toplam HPC kaynağı: 916 CPU, 30 TB Depolama

• Kurulu paket programlar: Gamess, CPMD, NAMD, Espresso, Octa, R, Gromos, Gromacs, Siesta, Abinit, Gaussian, VASP, Charmm, Amber ...

Page 27: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid Kullanıcı İstatistikleri

• Toplam 241 kullanıcı:– 20 TBAG kullanıcısı– 221 normal kullanıcı

• Toplam 36 üniversite + TAEK

• 13 farklı disiplin

Page 28: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid Sertifika Otoritesi

Yrd. Doç. Dr. Erol ŞahinOrta Doğu Teknik

ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği

Grid altyapılarında kullanıcıların çalışabilmesi ve sunucuların birbirleri ile güvenli konuşabilmesi için PKI sertifikalarına ihtiyaç vardır.

Kendi kullanıcılarını yetkilendirebilmeleri için her ülkenin en az bir grid sertifika otoritesi olması beklenmektedir.

Grid sertifika otoriteleri GridPMA tarafından onaylanır. EUGridPMA Avrupa içinde yetkilendirmeyi yapan organizasyondur.

TR-Grid CA 2005 Ekim ayında EUGridPMA tarafından akredite edilmiştir.

Page 29: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TBAG Kullanıcı İstatistikleri

• Toplam 8 grup:

– Tbag1: ODTÜ, Gazi, Balıkesir Üniv., Fizik Bölümü – VASP– Tbag2: Erciyes Üniv., Fizik Bölümü – Espresso– Tbag3: Atatürk Üniv., Biyokimya – Kendi kodları– Tbag4: Bilkent Üniv., Fizik Bölümü – VASP– Tbag5: ITU, Kimya Bölümü – Gaussian, NAMD, VASP– Tbag6: Yeditepe, Boğaziçi Üniv., Kimya – NAMD, Charmm– Tbag7: Dokuz Eylül Üniv., Fizik – Octa– Tbag8: Bilkent Üniv., Fizik Bölümü – VASP, Espresso

Page 30: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid Kullanıcı İstatistikleri

• Kullanıcıların disiplinlere göre dağılımı:

(Diğer: Elektronik müh, metalurji, biyoloji, kriptografi, istatistik, eczacılık, makina müh, çevre müh, biyomedikal vs.)

ULAKBIM HPC 03/2008

Diger46

19%Fizik77

33%

Bilgisayar47

20%

Kimya51

22%

Enformatik156%

Page 31: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid Kullanıcı İstatistikleri

• Kullanıcıların üniversitelere göre dağılımı:

(Diğer: Dokuz Eylul, Ege, IYTE, Kırıkkale, Abant İzzet Baysal, Hacettepe, Marmara, Osmangazi, TOBB, Sabancı, Fırat, Gaziantep, Mustafa Kemal, Van Yüzüncü Yıl vs.)

Bogazici, 45, 19%

Diger, 69, 28%

ODTÜ, 60, 25%

Erciyes, 7, 3%

Cukurova, 8, 3%

Gazi, 11, 5%

Bilkent, 17, 7%İTÜ, 24, 10%

Page 32: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-GRİD PROJELERİSEE-GRID2 (2006-2008)

(South Eastern European GRid-enabled eInfrastructure Development)Ana Yükleniciler: GRNET, Yunanistan CERN, İsviçre MTA SZTAKI, Macaristan IPP-BAS, Bulgaristan ICI, Romanya TÜBİTAK, Türkiye ASA/INIMA, Arnavutluk UoBL, Bosna Hersek UKIM, Makedonya UOB, Sırbistan UoM Karadağ RENEM Moldovya RBI, HırvatistanAlt Yükleniciler: 27 üniversite / araştırma merkezi

Page 33: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-GRİD PROJELERİ

SEE-GRID 2– Belirlenecek uygulamaların grid ortamına taşınması– Ulusal Grid Sertifika Otoritesinin işletilmesi– Uygulamların test edilmesi ve kullanıcı yardım masası

desteği– Ulusal ve uluslarası eğitim ve çalıştaylar düzenlemek ve

katılmak– Desteklenen Uygulamalar

» SDA (Boğaziçi Üniversitesi)» GPiP (Bilkent – Koç Üniversiteleri)» GridAE (ODTÜ)» P-Grade Portal Geliştirme Desteği (ODTÜ)

Page 34: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-GRİD PROJELERİEUMEDGRID (2006-2008)

(Empowering eScience Across the Mediterranean)

INFN, İtalya (Koordinatör)

CERN, İsviçre

CNRST, Fas

GARR, İtalya

CYNET, Kıbrıs Rum Kesimi

DANTE, İngiltere

GRNET, Yunanistan

HIAST, Suriye

CERIST, Cezayir

MRSTDC, Tunus

TÜBİTAK, Türkiye

RED.ED, İspanya

Page 35: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-GRİD PROJELERİ

EUMEDGRID (2006-2008)(Empowering eScience Across the Mediterranean)

• EUMEDGRID altyapısına katılım• Grid servislerinin kurulumu ve bölgesel• Bölgesel grid uygulaması geliştirmek • - HuM2S (Boğaziçi Üniversitesi)• SEE-Grid ve EGEE'de edinilen tecrübeyi

Akdeniz Bölgesine taşımak

Page 36: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-GRİD PROJELERİEGEE (Enabling Grids for E-SciencE)EGEE, Avrupa Birliği tarafından desteklenen ve grid teknolojisindeki

yeni gelişmelere dayalı olarak araştırmacılara kesintisiz hizmet veren bir grid servisidir.

- 40 Ülkede 200 Site~ 30 000 CPUs (7/24)- 10 000 iş/gün

- 48 Ülkede 250 Site~ 41000 CPUs (7/24)- 25.000 iş/gün (eş zamanlı)- 100.000 iş/gün

Page 37: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-GRİD PROJELERİ

EGEE HEDEFLERİ

Yeni hesaplama kaynaklarını kabul edebilecek kararlı, dengeli ve güvenli bir grid ağı oluşturmak

Kullanıcılara güveli bir servis sağlayabilmek için sürekli geliştirilen ve bakımı yapılan bir grid ortakatmanı sağlamak

Bilimsel çalışma yapan kullanıcılar dışında endüstriden de yeni kullanıcılar bulmak

Federasyonlar:- CERN

- İrlanda ve İngiltere

- İtalya

- Fransa

- Almanya ve İsviçre

- Rusya

- Amerika

- NRENs

- Orta Avrupa

- Kuzey Avrupa

- Güney Doğu Avrupa

- Güney Batı Avrupa

Page 38: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid UGO Destekli Grid Uygulamaları

• Ulusal Destekli Uygulamalar (TUGA)– Eğitim Ontolojisi (AGMLAB)

• AB Çerçeve Programı Destekli Uygulamalar– SE4SEE (Güney Doğu Avrupa için Grid Olanaklı Arama Motoru,

Bilkent Üniversitesi)– SDA (Sismik Veri Analizi, Boğaziçi Üniversitesi)– G-PiP (Grid Olanaklı Protein-Protein Etkileşimi Tahmini, Koç

üniversitesi ve Bilkent Üniversitesi)– GridAE (Grid Tabanlı Yapay Evrim, Orta Doğu Teknik

Üniversitesi)

Page 39: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid UGO Destekli Grid Uygulamaları

• AB Çerçeve Programı Destekli Uygulamalar– HuM2S (İnsan Hafızasının Simülasyonla

Modellenmesi, Boğaziçi Üniversitesi)– P-Grade Portalı ( Grid Uygulama Geliştirme Portalı)

MTA SZTKI, Orta Doğu Teknik Üniversitesi

• TR-Grid Altyapısının Desteklediği Kullanıcı Uygulamaları– YEF (ATLAS, CMS)– Gaussian, Gamess, NAMD, PWSCF, CPMD, Abinip,

VASP, Amber,...– MPI Kullanıcıları

Page 40: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

Eğitim Ontolojisi – AGMLAB Sayısal ortamda yeralan akademik ve bilimsel kaynakları, araştırmacılara arama motoru

teknolojisi ile sunan bir akademik dijital kütüphane

TUGA kapsamında verilen destek ile http://bilgin.grid.org.tr Güven Fidan ve ekibi tarafından geliştirilmiştir.

AGMLAB http://www.bilgi.com geliştiricisi ve TR-Grid UGO’nun ilk endüstriyel iş ortağıdır.

Page 41: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

SE4SEE (Search Engine for South East Europe)

Grid altyapısında çalışabilen isteğe bağlı, ülkeye özel, kategorik ve kişisel bir arama motorudur.

SEE-GRID kapsamında Prof. Cevdet Aykanat ve öğrencileri tarafından geliştirilmiştir. http://se4see.grid.org.tr

Page 42: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

SDA (TR-Grid Üzerinde Kandilli Sismik Veri Sunucusu)

Kandilli Rasathanesinin topladığı sismik verilerin grid üzerinde erişim ve hesaplama için sunulması

SEE-GRID2 kapsamında önerilmiş, SEE-GRID-SCI uygulaması olarak seçilen SDA Prof. Can Özturan, Kandilli Rasathanesinden M. Yılmazer ve öğrencileri tarafından geliştirilmektedir.

Page 43: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

GPiP (Grid Protein – Protein Interaction Prediction)

Protein veri bankalarında yer alan protein – protein etkileşmelerini tahmin eden grid olanaklı bir algoritmanın geliştirilmesi

SEE-GRID2 kapsamında Prof. Cevdet Aykanat, Dr. Atilla Gürsoy ve öğrencileri tarafından geliştirilmektedir.

RAD50 - DNA çift-sarmalı kırılma tamir proteini (1l8dB) ↔ BRCA1 – Göğüs kanseri hassasiyet proteini (1miuA) 1aq5AC yoluyla. Bu etkileşim literatürde doğrulanmıştır.

Page 44: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

GridAE (Artificial Evolution) Yapay Evrim uygulamaları için grid tabanlı bir altyapının

geliştirlimesi amaçlanmıştır. GridAE evrimsel hesaplamaları grid üzerinde dağıtacak ve kullanıcıya şefaf bir arabirim sağlayacaktır. Uygulama konusu olarak özerk

robotlar için denetleyici geliştirme konusunda çalışılmaktadır.

SEE-GRID2 kapsamında desteklenen GridAE, Dr. Erol Şahin, Dr. Cevat Şener ve öğrencileri tarafından geliştirilmektedir.

Page 45: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

P-GRADE Portalı

P-GRADE portalı seri ya da paralel işlerden oluşan iş akışlarının tanımlanıp çalıştırılmasına, bu işlerin durumunun portal üzerinden takip edilmesine olanak veren bir grid portalıdır.

SEE-GRID2 kapsamında desteklenen P-Grade Portalı Prof. Peter Kascuk, Dr. Cevat Şener ve öğrencileri tarafından geliştirilmektedir.

http://www.grid.org.tr/servisler/pgrade/

Page 46: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

HuM2S (Human Memory Modelling by Simulation)

İnsanlar arasındaki tavsiye etme ve sosyal baskı gibi etkileşimlere dayalı bir karmaşık sistemin insan belleğinde neden olduğu değişimlerin simüle edilmesi

EUMEDGRID kapsamında desteklenen HuM2S, Prof. Haluk Bingöl ve öğrencileri tarafından geliştirilmektedir.

Page 47: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

EGEE UYGULAMA AİLESİ Simülasyon Bulk Veri İşleme Etkileşimli Uygulamalar

>20 Uygulama- Yüksek Enerji Fiziği (LHC, Tevatron, HERA,...)- Biyoloji (Biyomedikal, İlaç Araştırmaları, Tıbbi Görüntüleme)- Yer Bilimleri (Hidroloji, Çevre Kirliliği, İklim Modelleme, Jeofizik)- Hesaplamalı Kimya - Astrofizik (Planck, MAGIC)- Füzyon- Finans, Dijital Kütüphane- Nanoteknoloji

İş Akışı Paralel Uygulamalar Kalıtsal Uygulamalar

Page 48: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

SİMÜLASYON Örnek Uygulamalar

- LHC Monte Carlo Simülasyonu- Füzyon Simülasyonu- WISDOM – Sıtma/Kuş Gribi

Özellikleri- CPU gücü- Çok sayıda bağımsız iş- Uzman kullanıcı- Küçük girdi / büyük çıktı

İhtiyaçlar- İş yönetim araçları- Minimal veri yönetimi

Page 49: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

SONUÇ

•Yeni projeler “FP7 (SEE-GRID-SCI, MEDIAN, EGEE3, ...)”

•Yeni “Grid Kullanıcıları”

•Yetkin “Grid Sistem Yöneticileri”

•Grid Eğitimleri ve Ulusal Grid Çalıştayına aktif katılım

•Kamu ve Endüstri ortaklıkları

•....

Page 50: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

YEF @ TR-Grid

TR ATLAS Gaziantep Grid Workshop

19-21 Haziran, 2008. Gaziantep Üniversitesi

Page 51: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

KollaborasyonLHC Deneyleri ~200 bilgiislem merkezi12 buyuk merkez (Tier 0, Tier 1)38 Tier 2 merkezi~40 ulkeEGEE, OSG, Nordugrid Gridleri

SeçimlerGrid teknolojisi,“Tier” hiyerarşisi,PClerde Intel işlemciler,LINUX işletim systemi.

HedefDeneylerin LHC detektörlerinden gelen verileri çözümlemesine yardımcı olacak bilgi işleme ortamını hazırlamak.

Bir fizik çalışma grubu için grid

Tier3fizik

Bölümü

Desktop

Almanya

Tier 1

ABDİngiltere

Fransa

İtalya

Taipei?

CERN Tier 1

JaponyaCERN Tier0

Tier2

Lab aUni a

Lab c

Uni n

Lab m

Lab b

Uni bUni y

Uni xBölgesel bir grup için grid

LCG – LHC Computing Grid Projesi

Page 52: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

TR-Grid Tier-2 Kaynakları

2007 2008 2009 2010CPU (kSI2K) 250 850 1350 2450

40 310 550 900500 1000 1000 1000

Turkish Tier-2 FederationPledged Planned to be pledged

Disk (Tbytes)Nominal WAN (Mbits/sec)

Page 53: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

YEF Araştırmacıları için TR-Grid Olanakları

• TR-Grid oluşumu 2003 senesinde ilk kurulduğundan beri YEF araştırmacıları ile bağlantı içindedir.

• 2005 Kasım ayında TÜBİTAK Bilim Kurulu tarafından kabul edilen TUGA Projesi ile hizmet vermeye başlayan TR-Grid Altyapısı ağırlıklı olarak YEF araştırmacıları için kurulmuştur.

• 2007 senesi içinde TAEK ve ULAKBİM'de yapılan bir dizi seminer ve toplantı sonucunda hesaplama kapasitesi olarak oldukça yeterli olan TR-Grid altyapısının CMS ve ATLAS için Tier-2 merkez olması için gerekli başvuruların yapılmasına karar verilmiştir.

• Tier-2 merkezleri, altyapı, kaynak ve bağlantı yeterlilikleri nedeni ile TÜBİTAK ULAKBİM ve ODTÜ olarak belirlenmiştir.

• Tier-2 merkezlerin sorunsuz çalışması için Temmuz 2008 tarihinde devreye girecek 2x2.5 Gbps GEANT bağlantısının en az 1 Gbps kapasitesi Tier-2 veri akışı için ayrılacaktır.

Page 54: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

YEF Araştırmacıları için TR-Grid Olanakları

• Tier-2 merkezlerin veri depolama kapasitesini arttırmak için 400 Tbyte toplam veri alanına sahip yeni depolama sunucularının Temmuz 2008 itibari ile devreye girmesi beklenmektedir.

• TR-Grid altyapısının hem YEF hem de diğer araştırmacılara uzun seneler ve sağlıklı hizmet verebilmesi için ulusal ve uluslararası fon başvuruları yapılmaktadır.

• Bütün TR-Grid siteleri ATLAS ve CMS sanal organizasyonlarını desteklemektedir. Ancak bağlantı masraflarının yüksek olması nedeni ile ULAKBİM ve ODTÜ dışındaki diğer merkezlerin yoğun olarak veri analizi için kullanılması mümkün gözükmemektedir.

• TAEK ve ULAKBİM'de yapılan toplantılar sonucunda diğer YEF deneylerine olan TR-Grid site destekleri kesilmiştir. Ancak ATLAS ve CMS dışında kalan diğer deneylere herhangi bir sitede destek verilmesi uzun bir süreç değildir.

Page 55: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

YEF Araştırmacıları için TR-Grid Olanakları

• CMS ve ATLAS için hangi Tier-1 merkezlerin kullanılacağı konusunda çalışmalar devam etmektedir.

• CMS Tier-2 ana merkezi ODTÜ yedek merkez ULAKBİM olarak belirlenmiştir. ATLAS Tier-2 ana merkezi ULAKBİM yedek merkez ODTÜ olarak belirlenmiştir.

• Bütün TR-Grid siteleri şu an TR-Grid Operasyon Merkezi (TOM) tarafından yönetilmektedir. Kaynak planlaması, altyapı değişiklileri TR-Grid UGO Danışma Kurulu tarafından belirlenmekte ve TOM tarafından uygulanmaktadır.

• CMS için Tier-1 veri aktarımı denemeleri yapılmıştır.

• CMS ve ATLAS için araştırmacıların istekleri üzerine istenen yazılımlar sitelere yüklenmiştir veya otomatik yüklenmesi sağlanmıştır.

Page 56: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

YEF Araştırmacıları için TR-Grid Olanakları

• YEF araştırmacıları, operasyonel sorunları için [email protected] adresini kullanabilirler.

• YEF kullanıcılarına özel wiki sayfaları TOM ve YEF gruplarından araştırmacılar tarafından düzenlenmektedir.

Page 57: Grid Hesaplama ve YEF@TR-Grid

İYTE ÖRGÜ LABORATUVARI AÇILIŞ TOPLANTISI – 28 NİSAN 2008, İZMİR

KAPANIŞ

SORULAR ?

Emrah AKKOYUNTÜBİTAK-ULAKBİM

NOT: Bu sunum ULAKBİM tarafından organize edilmis diğer etkinliklerde kullanılan dökümanlardan derlenmiştir.