Geo-inquiets21 octubre 2010

Eines geogràfiques del projecte EDIT

Pere Roca Ristol

Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC)

Eines geogràfiques del projecte EDIT

Àrees de treball WP 5:

-taxonomic editing -publishing of edited data-data storage and exchange-collections & specimens -descriptions; -fieldwork-literature-geography

Digitalització

inserció a base dades

Museus d’història natural

Bancs de llavors

herbaris

centres d’investigació

( info georeferenciada o susceptible

a ser-ho)

Taxonomia: classificació dels éssers vius en grups.

Exemplars d’invertebrats a diferents centres

Eines geogràfiques del projecte EDT

Regne Animalia(115 milions de registres…georeferenciats!)

Regne Plantae(39 milions de registres…georeferenciats!)

GBIF: Global Biodiversity Information Facility

Molta informació… però amb errorsNo útil, en general, per “fer ciència”

Eines geogràfiques del projecte EDIT

Dos “necessitats geogràfiques” bàsiques:

-eina de fàcil us per a la publicació de mapes amb dades (georeferenciades) d’usuari. Anàlisis mínim de la qualitat de les meves dades EDIT mapViewer

-visualitzar informació temàtica georeferenciada provinent de diferents fontsEDIT mapREST services

Passos:1) Construcció d’una infraestructura centralitzada de dades geográfiques

-edició de capes GIS: http://edit.csic.es/GISdownloads.html -introducció informació en bases de dades (postGIS)-instal.lació de programari servidor (GeoServer, ImageMagick, PHP…)

2)Programació aplicacions web (mapRest services i EDIT mapViewer)

Eines geogràfiques del projecte EDIT

Elements fonamentals

Eines de servidor: generació i manipulació d’ imátges per a la

descàrrega, connexió base de dades, creació SLDs…

EDIT mapViewer mapREST services

Servidors de mapes ( i escala)

Base de dades geogràfica

Totes les eines usades i creades son de codi obert

XML-XSLT

OpenLayers(mapBuilder en primera versió)

Ajax

Eines geogràfiques del projecte EDIT

Base dades geogràfica a Madrid (CSIC)

Base de dades remota (no geogràfica) Museus, Jardins Botànics, centres d’investigació---

L’usuari construeix les URLs amb la informació a simbolitzar (polígons o punts) i els paràmetres a aplicar en la simbolització exemple: especie 1 present en àrees amb codi 1, 2 i 3. especie 2 en àrees 4 i 5.

Aplicar estil “a” a especie 1,i estil “b” a especie 2

Usuari defineix estilo “a” i “b”: color farcit, estil línea…

Imatge (mapa)

Arxiu de simbolització (JSON)

(a usar en aplicació web local)

Especialment útil en bases de dades distribuidesDóna total llibertat a l’usuari en definir la simbolització

Exemples d’ús (múltiples portals taxonòmics)1) DistribucionsEDIT PalmWeb portalEDIT Diptera portalEDIT Cichorieae portal

2) Registres puntualsMercantour/Alpi Marittime ATBIGemer ATBI

Ús per a distribucions (polígons) y registres (punts)

mapREST services

URL

Eines geogràfiques del projecte EDIT

Capa poligonal TDWG nivell 3 i TDWG nivell 4 amb els codis i estils especificats: tdwg4:c:MXEDU|b:MXETA||tdwg3:a:MXC,CUB|b:MXE,MXG|c:MXS,MXT

Definició d’estils(a,b,c,d): color farcit, color línea, estil línea…a:329d2a,483eef,2,2_2|b:ab8dc9F,da1029,2,5_7|c:d2e347|d:f7555d

Exemples (http://dev.e-taxonomy.eu/trac/wiki/MapRestServiceExamples) i una API (http://dev.e-taxonomy.eu/trac/wiki/MapRestServiceApi)

mapREST services (imatge com a resposta)

Eines geogràfiques del projecte EDIT

El JSON com a resposta és usat per OpenLayers per mostrar distribucions d’espècies[{"bbox":"-46.3,-34.82,87.506,47.09",

"legend":"http://edit.csic.es/v1/sld/a93bbc32e48351a0693533bd29e65742.sld",

"layers":[{"tdwg": "tdwg3","session": "","sld": "tdwg3_a93bbc32e48351a0693533bd29e65742.sld"},{"tdwg": "tdwg1","session": "","sld": "tdwg1_a93bbc32e48351a0693533bd29e65742.sld"}]}]

mapREST services (JSON com a resposta)

Eines geogràfiques del projecte EDIT

arcxiu CSV

EDIT mapViewer http://edit2.br.fgov.be/edit_wp5/geo/mapviewer/maps.html

Dades georeferenciades en latitud / longitud i datum WGS84, en notación decimal

Operacions bàsiques:-Composició del mapa (afegir/treure capes) i navegació (zoom in/out, pan…)-Simbolització dades usuari-Interrogació dades-Llegenda, escala, ‘key map’-Impressió (descàrrega) en diferents formats i resolucions

Operacions més complexes:-creació y simbolització dels nostres propis polígons-afegir capes WMS remotes-reprojectar-accés informació de GBIF-Google i Yahoo maps-Anàlisi geo-espacial:

1) Número de registres per unitat espacial (polígon)

2) Número de gèneres por unitat espacial3) Relació número de gèneres/núm. registres4) Anàlisi completitud de l’inventari

Eines geogràfiques del projecte EDIT

Firefox recomanat (no IE !!)

Recomanacions d’ús:1) Començar per lo més bàsic: càrrega arxius CSV, composició i descàrrega del mapa.

2) Ampliació funcionalitats (estructura modular)

3) No Internet Explorer!

4) “Estudiar” videos: http://edit2.br.fgov.be/edit_wp5/edit_info/edit_videos.html

Què aporta de nou EDIT mapViewer?-Facilitat en la càrrega i simbolització de dades puntuals i descàrrega de mapes “on-line”, en

diferents formats i resol.lucions

-Fàcil adaptació de la versió existent: l’HTML es crea dinàmicament (des d’un JSON definint capes i estils d’un Geoserver). EDIT mapViewer versió “catalana”?

Dificultats trobades:-No hi ha un ”equip GIS”: edició GIS, base dades, CSS, javascript, PHP… tot una persona!

-Poca experiència inicial en programació

-Importància del programari escollit (ex: mapBuilder-OpenLayers)

-Incompatibilitats entre navegadors

-Tècnicament: impressió a alta resolució i a diferents formats

-Falta de “feedback”; seguretat? Rendiment?

-Idees (i esforç implicat) que s’han hagut de deixar a mitges: evaluació fiabilitat dels inventaris

•

Eines geogràfiques del projecte EDIT

Alta pendent al final de la curva.Si seguissim buscant trobariem noves espècies.Zona amb inventari incomplet

Baixa pendent al final de la curva.Tot i que seguissim buscant, seria dificil trobar noves espècies.La unitat territorial està biològicament exhaustaZona amb inventari complet

Visualització en forma de mapa

Anàlisi de la fiabilitat dels inventaris: curves d’acumulació

A on tinc més possibilitats de trobar una nova espècie?

Eines geogràfiques del projecte EDIT