genetyka populacjikgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/genetyka... · ad. Ćwiczenia 1 liczba...
TRANSCRIPT
![Page 1: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/1.jpg)
Ćwiczenia 4
Biologia
I MGR
GENETYKA POPULACJI
![Page 2: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/2.jpg)
Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym
Geny sprzężone z płcią
Prawo Hardy’ego-Weinberga
2
)1( mm
p+q=1 p2+2pq+q2=1
22
2 QP
QPp
22
2 QR
QRq
._2
2
osobnwszystkich
AaAA
N
NNp
._2
2
osobnwszystkich
Aaaa
N
NNq
![Page 3: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/3.jpg)
Zadanie 1
Oblicz liczbę możliwych genotypów - wiedząc,
że w danym locus obserwujemy:
allele a1, a2
allele a1, a2, a3
Dla obu przykładów wypisz możliwe genotypy.
Liczba możliwych genotypów =
m – liczba alleli w locus
2
)1( mm
![Page 4: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/4.jpg)
PRAWO HARDY’EGO-WEINBERGA
W populacji znajdującej się w stanie równowagi genetycznej
częstość występowania genotypów zależy wyłącznie od
częstości alleli i jest stała z pokolenia na pokolenie
p2 = frakcja homozygot AA
2pq = frakcja heterozygotyczna Aa
q2 = frakcja homozygot aa
PAA=p2 QAa=2pq Raa=q2
![Page 5: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/5.jpg)
MUSZKA OWOCÓWKA
Drosophila melanogaster
https://pl.wikipedia.org/wiki/Wywil%C5%BCna_kar%C5%82owata#/media/File:Drosophila_melanogaster1.jpg
![Page 6: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/6.jpg)
Zadanie 2 U muszek owocówek:
szara barwa tułowia warunkowana jest dominującym allelem A,
czarna barwa jest warunkowana allelem recesywnym a.
Do słoika wpuszczono 210 szarych homozygotycznych drozofili oraz 90 czarnych.
1) Oblicz częstość alleli wyznaczających barwę tułowia.
2) Czy populacja jest w równowadze genetycznej?
3) Oblicz oczekiwany rozkład genotypów i fenotypów w pokoleniu F1, przyjmując, że pokolenie F1będzie miało taką samą liczebność jak pokolenie F0.
1) 0,7; 0,3
2) Brak równowagi, bo frekwencja genotypów nie wynika
z frekwencji alleli, brak heterozygot!
3) Szare: 273; czarne: 27
![Page 7: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/7.jpg)
Zadanie 3 Populacja (F0) składa się z następujących liczb osobników
o podanych genotypach : AA: 200, Aa: 200, aa: 100.
Sprawdź:
1) frekwencje alleli i genotypów w tej populacji,
2) frekwencje alleli i genotypów w następnym pokoleniu (F1),
jeśli kojarzenie w F0 miało charakter losowy,
3) przybliżoną liczebność osobników o podanych genotypach
w pokoleniu F1, przyjmując, że populacja będzie miała taką
samą liczebność jak w pokoleniu F0.
1) 0,6; 0,4
2) 0,6; 0,4; 0,36; 0,48; 0,16
3) 180; 240; 80
![Page 8: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/8.jpg)
HETEROZYGOTYCZNOŚĆ
OBSERWOWANA I OCZEKIWANA
Heterozygotyczność oczekiwana (He) –
frekwencja heterozygot oszacowana dla frekwencji alleli
danego locus w populacji w warunkach równowagi
Hardy’ego-Weinberga.
Heterozygotyczność obserwowana (Ho) –
rzeczywista frekwencja heterozygot występujących
w populacji.
He=Ho :stan równowagi genetycznej
He=Ho : obecność procesów demograficznych, które zmieniają
(zaburzają) frekwencje i rozkład alleli
![Page 9: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/9.jpg)
Zadanie 4 Oblicz heterozygotyczność oczekiwaną dla populacji,
w której q=0,3.
Czy populacja rzeczywista o frekwencji alleli opisanej w punkcie powyżej jest w równowadze HW jeżeli w próbie liczącej 500 osobników obserwujemy 250 heterozygot?
1) 0,42
2) Nie
![Page 10: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/10.jpg)
GENY SPRZĘŻONE Z PŁCIĄ geny zlokalizowane w chromosomach płci
(np. geny odpowiedzialne za krzepliwość krwi,
geny odpowiedzialne za prawidłowe widzenie barw)
krzepliwość krwi
gen jest zlokalizowany w chromosomie X
H: allel dominujący,
h: allel recesywny (odpowiedzialny za hemofilię)
♀ XHXH (zdrowa); XHXh (zdrowa, nosicielka); XhXh (chora)
♂ XHY (zdrowy); XhY (chory)
![Page 11: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/11.jpg)
PRAWO HARDY’EGO-WEINBERGA
DLA GENÓW SPRZĘŻONYCH Z PŁCIĄ
U samic częstość genotypów wyrażana jest klasycznym
wzorem na prawo H-W
p2+2pq+q2=1
♀ XHXH (zdrowa); XHXh (zdrowa, nosicielka); XhXh (chora)
U samców częstość genotypów równa jest częstości alleli
p+q=1
♂ XHY (zdrowy); XhY (chory)
![Page 12: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/12.jpg)
Zadanie 5
U ludzi gen hemofilii (h) jest zlokalizowany
w chromosomie X i występuje z częstotliwością 0,03.
Załóżmy, że w jednym z miast mieszka 200 000 osób.
Rozkład płci w tym mieście wynosi 1:1.
Ile osób jest nosicielami genu hemofilii?
Ile osób choruje na tę chorobę.
Kobiety nosicielki: 5820
Kobiety chore: 90
Mężczyźni chorzy: 3000
![Page 13: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/13.jpg)
http://m.demotywatory.pl/801420
![Page 14: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/14.jpg)
Zadanie 6
Gen recesywny d powoduje daltonizm i występuje
z częstością q = 0,08. Jaka jest frekwencja genotypów
u kobiet i mężczyzn pod względem tej sprzężonej
z płcią cechy?
Kobiety:
zdrowe: 0,8464
nosicielki: 0,1472
chore: 0,0064
Mężczyźni:
zdrowi: 0,92
chorzy: 0,08
![Page 15: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/15.jpg)
KOTKA SZYLKRETOWA
https://pl.wikipedia.org/wiki/Tricolor#/media/File:Calico_cat_-_Phoebe.jpg
![Page 16: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/16.jpg)
Zadanie 7
Kolor sierści kotów jest uwarunkowany parą sprzężonych z płcią genów A i a.
Samice homozygoty AA są czarne, heterozygoty Aa szylkretowe, a homozygoty aa– rude.
Samce mogą być tylko rude lub czarne
Ile będzie kotów czarnych, rudych i szylkretowych w próbie liczącej 1000 osobników w populacji, w której p=q.
* Przyjmujemy równą liczbę samców i samic
AA – czarne, Aa – szylkretowe, aa – rude
Czarne: 375; rude: 375, szylkretowe: 250
![Page 17: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/17.jpg)
Zadanie 8
Kolor sierści kotów jest uwarunkowany parą
sprzężonych z płcią genów A i a.
Samice homozygoty AA są czarne, heterozygoty Aa
szylkretowe, a homozygoty aa– rude.
Samce mogą być tylko rude lub czarne.
Szylkretowa kocica urodziła kocięta, wśród których
były rude kocice oraz dwa kocury – jeden rudy, drugi
czarny. Jakiego koloru był ojciec młodych.
1) Odp. rudy
![Page 18: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/18.jpg)
Ad. Ćwiczenia 2
Podział populacji
Łączenie subpopulacji
222
2
2
1
2
q
qqRR razemosobno
222
2
2
1
2
p
ppPP razemosobno
![Page 19: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/19.jpg)
Zadanie 9
W pierwszym stadzie są wyłącznie kozy rogate,
a w drugim jest 25% kóz bezrogich.
Rogatość dominuje nad bezrożnością.
Oblicz zróżnicowanie genetyczne w populacji kóz,
która składa się z dwóch dużych losowo kojarzących
się stad.
Oblicz o ile spadnie homozygotyczność po połączeniu
obu stad.
Łączna utrata homozygotyczności: 0,125
![Page 20: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/20.jpg)
Ad. Ćwiczenia 3 Efektywna wielkość populacji -
liczebność idealnej, teoretycznej populacji, która traciłaby heterozygotyczność w tym samym tempie, w którym następuje utrata heterozygotyczności w rzeczywistej, badanej populacji.
1210
1...
11111
te NNNNTN
fm
fm
eNN
NNN
4
eNF
2
1
t
t FF )1(1
T
t e
e
tN
TN
1
1
2
24
k
eV
NN
k
Vk
kNN
k
Ae
1
1
![Page 21: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/21.jpg)
Zadanie 10 Oblicz średnią efektywną wielkość populacji rzeczywistej,
która przeszła przez wąskie gardło w następujący sposób:
N0=340
N1=250
N2=40
N3=250
N4=350
Podczas obliczeń
skorzystaj ze wzoru
podanego obok:
Ne=128,87
![Page 22: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/22.jpg)
Zadanie 11
Oblicz efektywne wielkości populacji oraz przyrosty
inbredu na pokolenie dla populacji podanych poniżej.
Porównaj i zinterpretuj otrzymane wyniki.
Populacja Samice Samce Proporcja
płci
I 25 25 1:1
II 48 2 24:1
I: 50; 1,00%
II: 7,68; 6,50%
![Page 23: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/23.jpg)
Zadanie 12 W pewnym gatunku monogamicznym wariancja liczby
potomstwa wynosi Vk=12,4. Oblicz proporcję efektywnej
wielkości populacji do liczebności potomstwa.
2
4
k
e
VN
N
Odp.: 0,2(7)
N – wielkość populacji potomnej (l. potomków)
Vk – wariancja liczby potomków
k – średnia liczba potomków
![Page 24: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/24.jpg)
MARMOZETA ZŁOTA
Leontopithecus rosalia
https://pl.wikipedia.org/wiki/Marmozeta_lwia#/media/File:Stavenn_Leontopithecus_rosalia_01.jpg
![Page 25: GENETYKA POPULACJIkgohz.sggw.pl/wp-content/uploads/2015/10/GENETYKA... · Ad. Ćwiczenia 1 Liczba możliwych genotypów w locus wieloallelicznym Geny sprzężone z płcią Prawo Hardy’ego-Weinberga](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022060514/5f856b20652e83741011d793/html5/thumbnails/25.jpg)
Zadanie 13
U gatunku marmozeta złota wariancja liczby
potomstwa wynosi Vk=6,5. Oblicz proporcję
efektywnej wielkości populacji do liczebności
potomstwa, przy średniej liczbie potomstwa k=1,06.
N A – l. dorosłych osobn. w pok. poprzednim
Vk – wariancja liczby potomków
k – średnia liczba potomków
k
Vk
k
N
N
kA
e
1
Odp.: 0,16