genetica bacteriana 2014
DESCRIPTION
microbiologieTRANSCRIPT
-
Genetica Bacteriana04.11.2014
Dr. Alexandru Muntean
-
(Introducere f. sumara in)Genetica Bacteriana
04.11.2014Dr. Alexandru Muntean
-
Structura ADN ADN-ul este un macropolimer de dezoxirbonucleotide
ADN-ul apare ca o macromolecul format din doucatene polinucleotidice antiparalele i complementarersucite n dublu helix.
-
Elemente Componente (1)Baze azotate
-
Elemente Componente (2)(Deoxi)Ribonucleotide
-
Perechi de baze
-
Cromozomul bacterian
Ioanna Pagani et al. Complete genome sequence of Marivirga tractuosa type strain (H-43T). Stand Genomic Sci. 2011. 29;4(2):154-62.
-
Microscopie Electronica
Cromozomul bacterian
-
Bazeleistoricealegeneticiibacteriene
Griffith 1930
-
Denaturarea si Renaturarea termica
65 CLegaturile ionice incep sa slabeasca
90 CDenaturarea este completa
Doar in cazul prezentei uneiconcentratii corespunzatoare deioni (taria ionica)
Continutul C+G (%) vs A+T
-
Replicarea semiconservativaa ADN-ului bacterian
-
1. Replicarea incepe pe baza unui fragmentscurt de ARN numit amorsa (primer)
In vivo acest primer este sintetizat de oenzima speciala (ARN-polimeraza ADNdependenta) Primaza
Observam astfel ca cele 2 catene de ADN potfi impartite in:- O catena fruntasa (leading)- O catena codasa (lagging)
2. ADN Polimeraza III are rol de polimerizare3-5 (folosim pentru notare referinta)
- Forma nativa de polimerizare pentrucatena leading
- Mai dificil de realizat pentru catena lagging
3. Pe masura ce Topoizomeraza desfacedublul helix de ADN, se demasca, noiregiuni ale fragmentului lagging, pe carese sintetizeaza noi
-
4. Atunci cand ADN Polimeraza III intalnesteprimer-ul ARN, actiunea sa inceteaza si sedesprinde
5. ADN Polimeraza I are rol de indepartare aprimer-ului de ARN si de completare anucleotidelor lipsa
6. Ligaza reface continuitatea ADN-ului, in timpce in amonte, noi primeri sunt sintetizati
-
Extractie ADN
-
PCR (1)Polymerase Chain Reaction
-
PCR (2)
-
PCR (3)
-
Protocol PCR
-
Electroforeza ampliconi in gel
-
qPCR real time / quantitative
-
qPCR real time / quantitative
-
MicroarrayHibridizarea Acizilor Nucleici
-
Secventierea genetica
Tehnica SangerSequencing by synthesis
Folosirea de dNTP STOP (1/10) fata de dNTP
Blocheaza elongarea
Electroforeza in gel pe mai multe benzi
-
Secventierea genetica
-
Aplicatii: Clonare secventa ADNExpresie proteica
-
Secventierea - costuri
-
Scheme of thespa-gene with annealing sites for the novel spaT3-F primer and standard primers. Notes: black arrowsindicate five annealing sites for spaT3-F primer; grey arrow indicates annealing site for 1095 F standard primer; whitearrow indicates annealing site for 1517R standard primer; figures represent distance between the beginning ofspaT3-F primer and the beginning of Xr region. Spa-gene: s signal sequence, E, D, A, B, C IgG-binding domains, X region which lacks IgG-binding activity and consists of repetitive region (Xr) and C-terminal region (Xc).Votintseva et al. BMC Microbiology 2014 14:63
Tipaj bacterian cazul spa
-
Tipaj bacterian cazul emm
TEMA: Tipare [email protected]
-
Avem un cromozom.. Ce facem cu el?
-
Genom = GeneGenotip = Gene + Elemente reglatoareFenotip = f(Gene + Elemente reglatoare + mediu)
Genom .. Genotip .. Fenotip ..
TEMA: Operonul [email protected]
-
Exista ADN sub alte forme in celula bacteriana ?
Plasmide (+ Profagi) Elemente genetice transpozabile
-
Plasmidele
1. elemente genetice extracromozomale
2. capabile de replicare fizic independent de cromozom
3. conin informaie genetic neesenial
4. unele plasmide (episomi) pot exista alternativ n stareautonom (libere n citoplasm) sau integrate ncromosomul celulei gazd (ex. factorul F, bacteriofagultemperat etc).
-
Clasificarea plasmidelor:
1. plasmide care codific rezistena la ageni antibacterieni: factoriiR; plasmidele de rezisten la UV
2. plasmide care codific sinteza unor ageni antimicrobieni:factorii Col etc.
3. plasmide de patogenitate care codific sinteza de:- hemolizine;- factorii de colonizare;- enterotoxine etc.4. plasmide care codific enzime ale unor ci metabolice
particulare;5. plasmide criptice
-
Plasmidele R
Au o structur genetic complex, fiind alctuite din:- gene care asigur proprietatea de rezisten la
antibiotice;- gene care formeaz factorul de transfer al rezistenei(RTF)
Transferul plasmidelor R se poate face prin- conjugare bacterian sau- transducia mediat de fagi.
-
Factorul F (factorul de sex, factorul de fertilitate)
1. Bacteriile F-
2. Bacteriile F+
3. Bacteriile Hfr (cu mare frecven de recombinare) deinfactorul F integrat n cromozomul bacterian.
4. Bacteriile F dein o structur plasmidic de tip special(factor de fertilitate recombinant) care a fost anteriorintegrat n structura unui cromozom i s-a desprins dinacesta, ncorpornd n structura sa unele genecromozomale.
-
Ciclul Litic
-
Ciclul Lizogen
-
Lizotipia
-
Mutatii Bacteriene
Mutaia spontan
Mutaia indus
Mutaiile regressive Regresia fenotipica
Mutaiile supresoare Supresia intragenica Supresia extragenica
-
Aplicatii: Plex Id
-
Aplicatii: MTB/RIF
-
Aplicatii: Hain MTBDR plus