galaxy developer conference 2010 レポート
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第一回Galaxy開発者会議
• 開催日：2010/05/15-17
• 会場：コールドスプリングハーバー研究所
• Biology of Genome のサテライトイベント
• 参加者数： 65名
• 13 talks
• 9 lightning talks
• 6 breakout sesstions
• http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/DevConf2010
210年9月13日月曜日
参加者６５名• Galaxy 開発チーム PSU, Emory
• Galaxy ツール開発者
• 大学もしくは病院 Harvard Dana-Faver .., CHOP, MGH
• Biology of Genome 2010 の参加者
• NGSユーザー JGI, modENCODE
• NGSデータ解析ツール開発者
310年9月13日月曜日
トークとワークショップ
• Galaxy 開発者からの機能紹介
• ユーザー事例紹介
• ライトニングトーク
• ワークショップ
410年9月13日月曜日
Galaxyとは• ゲノム情報処理のウェブアプリ
• 解析ツールの汎用インターフェイス
• 解析ワークフロー管理（再現性）
• 解析データ・フロー共有（共同研究）
• 解析結果の公開プラットフォーム
510年9月13日月曜日
ツール ヒストリー
610年9月13日月曜日
• UCSCからゲノムデータを取得• BioMartからデータを取得• ゲノム座標演算• 任意のツールの入出力• EMBOSSツールの実行• 主要なデータ型の変換• 基礎統計とグラフ描画
ツールの例
710年9月13日月曜日
歴史的には…
• ゲノム座標系演算スクリプトのGUI
• Ensembl、Biomart、UCSCからの第三者的データ統合的
• データ共有プラットフォーム
810年9月13日月曜日
新機能の紹介• Data Library
• Trackstar
• Pages
• Galaxy Cloud Console
• ツールレポジトリ
• ソーシャル化しつつある。
910年9月13日月曜日
Data Library
• データ公開機能• 管理者がデータセットを登録• インポートとダウンロードが可能• 細かいアクセス制御• データ公開プラットフォームになれる
1010年9月13日月曜日
ユーザーがヒストリーを公開する機能
• ユーザーがヒストリを公開する機能
•
http://main.g2.bx.psu.edu/u/jgoecks/h/pileup-analysis-for-mouse-brain-data-on-sample-e18
1210年9月13日月曜日
Trackstar• UCSCライクなゲノム情報ビューア
• 容易にトラックを追加可能
• クライアントサイドレンダリング：HTML5 canvas, jQuery, Ajax
• マウスでぐりぐり動く
1310年9月13日月曜日
1410年9月13日月曜日
1510年9月13日月曜日
1510年9月13日月曜日
Pages• 論文のサプリメントデータページを作れるような機能
• 「生きた」サプリメントデータ
• 解析結果＋データ＋詳細な説明の公開プラットフォーム
1610年9月13日月曜日
データセットの公開機能から派生
• ユーザーがヒストリを公開する機能
•
1810年9月13日月曜日
Galaxy Cloud Console• Amazon EC2用イメージ（Eastにある）
• Worker インスタンスの管理機能
• クラウドの利用について
• o コストメリット、スケール性
• x データ転送、24/7運用では高額に
1910年9月13日月曜日
ツールレポジトリhttp://community.g2.bx.psu.edu/
2010年9月13日月曜日
機能の紹介
• スケーラブル設定のあれこれ
• ワークフロー
• データセット、ライブラリ
2110年9月13日月曜日
スケーラブル設定• バックエンドDBの選択：sqlite3 mysql
postgresql
• ファイルアップロード／ダウンロードの時のIOブロックを回避するためのプロキシ設定
• コア数にあわせたスレッドモデル
2210年9月13日月曜日
ツール
• 通常／データソース／データ転送
• ツールの追加はXMLファイルを書くだけ
2310年9月13日月曜日
データ• データライブラリは、データセットのコンテナ• データセットは、一ファイルのもの• 柔軟なアクセス制限• 配置は、ヒストリから、ファイルアップロード、ファイルコピー（サーバ内）
2410年9月13日月曜日
ユーザー事例• NGSリクエスト管理
• NGS解析ツールのプラットホーム
• FMI
• JGI
• Cistrome
• CHOP
• SOAP/REST Web service
• Composite datatype
• Bowtieのパラメーター
• 山口さん• なかお i18n
• EVA
• PerM, Clippers, ComB
http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/DevConf2010
2510年9月13日月曜日
ユースケース
• 研究所イントラデータ／解析共有• データ／ツール公開
2610年9月13日月曜日
NGSリクエスト管理＠MGH
• 50名規模の臨床+研究者と数名のアドミン• Solexaのフローセルレイアウトのリクエスト支援GUIとして• LIMSの更新をトリガーにして、データを自動配置• Galaxy導入の利点：一貫したUI、よいバックエンド、メンテナンス性
2710年9月13日月曜日
Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research (FMI)
• 67ユーザー
• 所内データ解析プラットフォームとして利用
• 内部データパイプラインとの融合
• ニーズにあわせてツールを作成
2810年9月13日月曜日
JGIでの導入からの経験談
• 最初は限定的（ユーザ数と機能）に• ワークフロー化の支援が他のユーザからの利用の支援につながる• システムの安定性は重要• あるグループが一般化したツールは他のグループでは問題を生みがち• ユーザーは開発での役割を理解していないことがある• ユーザーコミュニティは重要
2910年9月13日月曜日
http://cistrome.pbworks.com/HMS-DFCI
• 100名規模の研究ネットワーク
• ChIP-chip/seq データの統合的解析パイプライン（のハブ）として利用
• 600 ChIP-*データと500 modENCODE
データ
3010年9月13日月曜日
Children's Hospital of Philadelphia (CHOP) • クラスタマシンで運用• CNV解析、リシーケンシング、ChIP-seq、
RNA-seqに利用• すべての解析をGalaxyを通しておこなっている• 院内専用のワークフローを提供している
3110年9月13日月曜日
Friedrich Miescher Laboratory of the Max Planck Society• 機械学習をつかったトランスクリプトーム解析ツールの公開プラットフォームとして利用• http://galaxy.fml.mpg.de/ • 提案：• コマンドラインサポート／よい構造化／ツールパッケージ管理／リソースQuota／よりよいデータライブラリ管理／Galaxyサーバのフェデレーション
3210年9月13日月曜日
SOAP/REST Web services 拡張• Biocatalogueに1500以上のWSがある。
• WADL から REST クライアントをツールに追加する拡張
• WSDL から SOAP クライアントをツールに追加する拡張
3310年9月13日月曜日
Composite datatypes
• 病院での利用：150名くらい
• セキュリティが重要
• ユーザが考えている程度の粒度でデータやファイルを扱う仕組みを拡張
3410年9月13日月曜日
Bowtieのパラメーターを例にしてユーザーの使いやすいツール作り
• コマンドラインパラメーターの中にはグループ（排他的に利用されるセット）がある• すべてのパラメーターを同じ画面で設定可能にするGUIは無意味で、ユーザーを混乱させる• ユースケースを考えてGUIを設計するべき
3510年9月13日月曜日
DBCLS Galaxy• 山口さんの発表• TogoDB、TogoWSとの連携• ブータブルイメージの公開• 日本語ドキュメントの作成• ある月：125ユーザ／350訪問／9000
ページ／47MB転送
3610年9月13日月曜日
国際化 i18n• 中尾の発表
• メニューの日本語化（国際化）
• 英語、日本語、つぎは？
• ASCII文字以外を利用可能に
• ツールの画面も国際化（現在進行中）
3710年9月13日月曜日
Breakout sessions
• Documentation
• API
• Workflow
• NGS
3810年9月13日月曜日
まとめ
• ユーザーと開発者コミュニティに勢いがある
• 具体的な研究事例、利用事例
• あたらしいデータ共有機能、Pages が強力
3910年9月13日月曜日
accessibility of computational tools
reproducibility
http://genomebiology.com/2010/11/8/R86
4010年9月13日月曜日
• メインサーバー：5,000 jobs / day
• CSHLやDOI-JGIで採用済み
• 最近の研究論文：エピジェネティクス、クロマチンプロファイリング、転写エンハンサー、ゲノム-環境相互作用
4110年9月13日月曜日
4210年9月13日月曜日
日本国内での展望• NGSデータやUCSCのユーザは導入するべき
• 多様なデータ共有機能が優れた点
• インストールや導入の手間とのバランス
4310年9月13日月曜日
DBCLS Galaxyの今後• ユーザがadmin権限をもてる SaaS 型クラウド
• 普及活動（講習会、セミナー、など）
• 受け入れデータのData Libraryへの登録
• 開発したツールをレポジトリに登録
4410年9月13日月曜日
4510年9月13日月曜日
4610年9月13日月曜日