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Cytoscape
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University of California, San Diego生命工学部 統合ネットワーク生物学研究室
大野 圭一朗
C
Cytoscape複雑ネットワーク解析のためのプラットフォーム
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自己紹介
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本講演の概要
•Cytoscapeとは?•基本的な機能•プラグインによる拡張•今後のロードマップ•デモ
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Cytoscapeとは?✓ ネットワーク可視化と解析のためのプラットフォーム
✓ オープンソースプロジェクト (LGPL)
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プロジェクトの組織 Institute for Systems Biology
University of California, San Diego
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
Institut Pasteur
Agilent Technologies
University of California, San Francisco
NIH
NSF
ユニリーバ (UK)
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現在の最新バージョン
Cytoscape 2.5
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基本的な構造
Cytoscape Core
Core Plugins
3rd-Party Plugins
NetworkAttributes
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何が出来るのか?
•各種ネットワークファイルの読み込み• VizMapperによる柔軟な可視化•プラグインによる自由な拡張•出版物に使える品質での画像出力
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各種データの読み込み•SIF (Simple Interaction Format)• GML• XGMML• BioPAX• SBML• PSI-MI• Excelスプレッドシート•テキスト形式(タブ区切り等)
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VizMapper
•属性を色や形へマッピング•連続値・非連続値に対応• Visual Styleとしてマッピングを管理
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Visual Styleとは•複数のマッピングとデフォルトの外観をひとまとめにしたもの
•例:•頂点の色を種によって決定•辺の色を相互作用決定に用いた手法にマッピング•度数で頂点の大きさを決定
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Visual Style適用前
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Visual Style適用後
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プラグインによる拡張
•解析等の機能をプラグインにより追加可能
•簡単なJavaによるプログラミングによりCytoscapeのすべての機能にアクセス可能
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Agilent Literature Search
•文献データベースをマイニング•そこから得られた情報をもとにネットワークを構築
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MCODE
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Bubble Router
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今後のロードマップ
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Version 2.6 (1)
•全般的なテーマ:•システム生物学研究における、一般的なワークフローをスムーズに実行できる環境の整備
•12月リリース予定
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Version 2.6 (2)
•よくあるワークフローの一例i. ネットワークデータのロードii. アノテーションのロードiii.解析プログラムの実行iv.可視化v. 論文用の画像出力
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Version 2.6 (3)•世界中に分散したデータベースからいかに効率よくデータを入手し、統合するか?
•バラバラに管理されたIDの統一•例:• UniProt Unified Acc. #からNCBI Entrez Gene ID
•既知のパスウェイへのマッピング
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Version 2.6 (4)•各種Web Serviceクライアントの統合• Biomart (IDマッピング等)• NCBI Entrez (ネットワークデータとアノテーションのインポート)
•UniProt (UniProtKB全てのアノテーションへのアクセス)
•WSDLなどから生成されたクライアントコードは、簡単なラッピングを施すことによりCytoscapeで管理可能
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Version 3.0
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Version 3.0
•テーマ:高度なモジュール化と全般的構造のクリーンアップ
•2008年末リリース予定
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Version 3.0
•モジュール化•OSGiモデルの採用• Eclipseなどが採用している•ライブラリの管理が厳密に•全体的な構造の見直し•公開APIのクリーンアップ
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Version 3.0
•スクリプト言語の本格的サポート• BSF (Bean Scripting Framework)、もしくはJava 6のスクリプティング機能を利用
• Ruby, JavaScript, Python等の実行環境をJVM上に、動的にロード
•プレビューとして、2.6用のRubyプラグインを年末までに公開
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Cytoscapeに関する情報
•公式サイト(英語)http://www.cytoscape.org/
•日本語サイトhttp://cytoscape.seesaa.net/
•日本語ドキュメント整備プロジェクトhttp://cydoc.sourceforge.jp/
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デモCytoscapeの基本的な機能紹介