ELIXIR-Magyarország: lehetőségek és kihívások: 2018-2019

Bálint Bálint L, Debreceni Egyetem, ELIXIR-Magyarország oktatási

koordinátor

ELIXIR

European Life Science Infrastructure for

Biological InfoRmation

Cél:élettudományi adatok és kapcsolódó

szolgáltatások hozzáférhetőségének koordinálása

Az ELIXIR, mint kutatási infrastruktúra

European Strategy Forum on Research Infrastructures

5 munkacsoport 13 db biológiai és orvosi kutatási infrastruktúra(RI)

HEALTH & FOOD

ELIXIR: European infrastructure for biological information

Data infrastructure for Europe’s life-science research:

www.elixir-europe.org@ELIXIREurope

Data

Interoperability

Tools

Compute

Training

Fókuszpontok

Humán genomika

Mezőgazdasági genomika

ÖkológiaÁllatorvos-tudomány

Proteomika

Project vision: A virtuous cycle that join People and Data – across disciplines, countries and projects – through standards, tools and clouds and supports the best science

• Users doing the best science, wherever they are

based

• Data – from advanced facilities across Europe

• Deploying common workflows at shared clouds

• Generating open access scientific data –

published in long-lasting archives

Data

Users

Tools Standards

FAIR Data

Clouds

Tíz szabály egy bioinformatikai közösség felépítéshez

1. Megéri bekapcsolódni.

2. Egyértelmű célok, vízió.

3. Biztosítani kell a horizontális kommunikációs csatornákat: levelezőlista

4. Átlátható döntéshozatal.

5. Nyílt kommunikáció.

6. Könnyű bekapcsolódás és pozitív befogadó közeg.

7. Működéshez szükséges eszközök biztosítása.

PLoS Comput Biol. 2015 Feb 5;11(2):e1003972. doi: 10.1371/journal.pcbi.1003972.

A quick guide for building a successful bioinformatics community.

Oktatási tervek2018

• Nov 17-18: GALAXY RNA SEQ- kurzus, Debrecen

• Dec 1-2: Software Carpentry workshop, Debrecen

2019

• Február közepe: Train the Trainer workshop, Debrecen

• Tavasz_1: Data Carpentry: Semmelweis Egyetem

• Tavasz_2: Data Carpentry, Debrecen

TBD:

• Genome Assembly Workshop (ELIXIR SI)

• Rare Diseases Data Analysis Workshop

• Proteomics in Galaxy Workshop

• SWC2

• SWC3

2019 végére cél, hogy valamenyi nagy egyetemi központban legyen elérhető

bioinformatikai oktatási csapat.

Networking tervek és lehetőségek2018

• Beadásra került egy Rare Disease Oktatási pályázat (1 FTE)

2018-2019: INFRADEV-3:

• Két magyar javaslatot továbbítottunk a HUB-ba.

• Egy szakmai csoport felállítása Dosztányi Zsuzsa javaslatára

• Egy hálozatosodási terv, regionális és ELIXIR-EUROPE kapcsolódási pontokkal.

Prioritások:

• EGA- local EGA- European Genome-Phenotype Archive felállítása

• FAIR-ification: Findable Accessible, Interoperable, Reusable

• Data-Stewardship képzések beindítása

ELIXIR Human genomics portfolio

GenerateDiverse data from diverse providers

Archive, discover, manageStore, access and share data of multiple types and origin

Analyse

• Remote real-time visualization of human rare disease genomics data (RD-Connect) stored at the EGA

• Interpretation of phenotypic and genotypic variation for rare diseases in terms of biological pathways

Local EGA

• Sensitive data are stored locally

• EGA provides the software platform

• First example in late 2018 with national partners

The ELIXIR Training Portal - TeSS

https://tess.elixir-europe.org

Együttműködési lehetőséget kínáló Use Case-ek

Use case Kontakt Intézmény

Marine metagenomicsJordán Ferenc MTA ÖK

Pongor Sándor PPKE

Human Genomics and Translational Data

Bálint Bálint DE

Győrffy Balázs MTA TTK

Rare disease communityBalogh István DE

Gyenesei Attila PTE SZKK

Proteomics+Tusnády Gábor MTA TTK

Csikász-Nagy Attila, Gáspári Zoltán PPKE

Galaxy+ Gyenesei Attila PTE SZKK

Microbial biotechnology Pongor Sándor PPKE

Intrinsically Disordered Proteins

Fuxreiter Mónika DESimon István MTA TTK

Dosztányi Zsuzsanna ELTEHuman Cell Atlas Gáspári Zoltán PPKE

Human copy number variation

Monostory Katalin MTA TTK

elixir-hungary.org

Dr. Győrffy BalázsHead of Node

Az ELIXIR Board magyar delegáltjai:

Patthy LászlóMTA TTK EI

(tudományos del.)

Tóth GáborNKFIH

(adminisztratív del.)gyorffy.balazs@ttk.mta.hu

A magyar Node honlapja:

elixir-hungary.org