dzień otwarty klastra lifescience kraków

Dzień Otwarty Klastra LifeScience Kraków

Jagiellońskie Centrum Innowacji

Justyna Morawska - Płoskonka

Jagiellońskie Centrum Innowacji

pionierem kompleksowego wsparcia branży BIO w kraju i regionie

Justyna Morawska-PłoskonkaMenedżer ds. projektów badawczych

2

3

Jagiellońskie Centrum Innowacji Sp. z o.o. (JCI) jest podmiotem utworzonym w 2004 r., w którym 100% udziałów ma Uniwersytet Jagielloński.

Zapewnia kompleksowe wsparcie dla innowacyjnych projektów naukowo-badawczych branży life science.

Budowanie i rozwój powiązań kooperacyjnych

Edukacja i badania kontraktowe

Inwestycje kapitałoweZarządzanie Infrastrukturą Life Science Park

SPÓŁKA

Infrastruktura

4

5

PARK LIFE SCIENCE

BUDYNEK III – 6 000 m2

DOSTĘPNY OD 2013

BUDYNEK I6 000 m2

UKOŃCZONY W 2008

BIOINKUBATOR - 8 000 m2

DOSTĘPNY OD 2013

Kompleks przeznaczony pod wynajem powierzchni laboratoryjnej i biurowej dlafirm z sektora life science orazzespołów badawczych realizujących innowacyjne projekty.

Inny sposób realizacji projektu badawczego – badania zlecone

Procedowanie projektu Przewaga konkurencyjna:Maksymalne skrócenie czasu oczekiwania na wyniki!

ocena jakości i bezpieczeństwa stosowania produktów leczniczych preparatów kosmetycznych i suplementów diety

ANALIZAproblemu

badawczego

OFERTAzakres prac,

czas realizacji, koszty

BADANIArealizacja zlecenia

Specjalizacja

Finansowanie innowacji

7

Wsparcie projektów naukowych o

potencjale wdrożeniowym na bardzo

wczesnym etapie rozwoju,

prowadzonych przez jednostki naukowe

i/lub przedsiębiorstwa.

www.knowledgeexchange.iamscientist.com

9

POSZUKUJEMY WYJĄTKOWYCH PROJEKTÓW!

Konsorcjum aplikujące o finansowanie Partner konsorcjum Jednostka naukowa/przedsiębiorca

Konsorcjum aplikujące o finansowanie

Lider konsorcjum Jagiellońskie Centrum Innowacji

Wykonawca Jagiellońskie Centrum Innowacji

10

Pozyskane Granty w ramach konsorcjum:

"Nowa terapia przeciwnowotworowa oparta na modyfikowanym genetycznie szczepie bakterii Salmonella".

Wsparcie finansowe 4 122 305 PLN

„Synteza i nowa technologia produkcji leku zawierającego inhibitor 5α reduktazy”.

Wsparcie finansowe 5 586 190 PLN.

Uruchomienie laboratorium oraz opracowanie 5 linii do produkcji leków biopodobnych

Wsparcie finansowe ok. 1 000 000 PLN.

Rozwój kompetencji zawodowych i networking

11

12

Idea studiów podyplomowych zrodziła się z obserwacji i doświadczenia braku managerów zdolnych do prowadzenia przedsięwzięć biznesowych w rozwijającej się branży life science w Polsce.

Głównym atutem studiów jest oparcie programu studiów na zajęciach praktycznych oraz analizach przypadków. Ponad 60% zajęć odbywa się w formie warsztatów!

„Biznes w biotechnologii”

http://www.google.pl/url?sa=i&rct=j&q=manager&source=images&cd=&cad=rja&docid=n_W3k8TYmk938M&tbnid=zg_DfnbD9WmP2M:&ved=0CAUQjRw&url=http://www.assistantplus.be/what_type_of_manager_do_you_have&ei=5swlUeOzK8zotQak8YDIBw&bvm=bv.42661473,d.bGE&psig=AFQjCNHks54b7aFT4eJpNaf_ymjunLxPMg&ust=1361518155336000

13

Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej

Instytut Socjologii UJ

Efekt działalności studiów:- 3 osoby założyły własną firmę- 6 osób je na etapie konstrukcji biznesplanów- 3 osoby po gwarantowanych stażach zostały zatrudnione w Polpharmie Biologics

Współpracy z uczelniamiAdministracja i zarządzanie stowarzyszeniami

branżowymi

Relacje i powiązania Grupy JCI

Spółki portfelowe JCIV

14

JCI jako partner odpowiedzialne będzie za m.in.:

- Organizację realizacji prac doktorskich na zlecenie przemysłu

- Organizację staży dla naukowców w przedsiębiorstwach

- Pozyskanie dodatkowego finansowania na projekty B+R

- Wsparcie kompetencji pracowników naukowych (studia

podyplomowe, doktoranckie)

15

Zapraszamy do współ[email protected] +48 512 032 476

16

mailto:[email protected]



EuroMDDennis Belichenko

Health

in the21stCentury

~~ ~:=.. t}= Ill~~---~ii~--

I -=-- rill 5:.'=.--IE=-- Ill;-;:.;.,.~-

0; ~-·--"11

=-·-

Myproflle £1

Medical portal Q. Sltesfl!lrch

NEWS lllEDICALTOIJRl8M DISEA8E8AltDCOND1TIOH8 NEALTllY(llJIDE8 NEALTllYLMN(I ESTNETICSAflDNUTIUflON 111._0GS

Latest posts DD Popular topics

Lab Tests & Diagnostics soon could be done from homeCueislhestarlupfouridedbya gmduateofUniv""'ifyofCalifomia AyubKhattak.Themainpmduct

Health

in the21stCentury

Sections of the Portal:

News, Articles, Images, Blogs and other Media

Medical and Wellness Tourism

Services and Functionality

Online and Phone Consultations

Health-Conscious Lifestyle

Cross-Language Medications Database

Diseases and Disorders Encyclopedia

EuroMD is multi-language Internet health portal that will

provide unique and reliable health information, research,

and news services etc.

Healthy Guides

Our Audience:

Over 500m EU and CIS residents

The Resource will contain and continuously addconvenient services and functions

Our Mission:

Educate and inform people about their health

Promote healthly lifestyle

Help people make important medical decisions

Find the best medical solutions for their need

We envision EuroMD to become a complete health informationand management solution for our users and visitors

Communication ChannelsSearch

Engine Enquiries

Portal Audience

News/Articles,RSS

Partner Sites

Forums / Blogs Email Lists

EducationalWebinarsSocial networks

ContextAdvertisi

ng

YouTube, Vimeo

Medical Tourism

Induced by :

Global growth in the flow of patients

and health professionals

Medical technology

Regulatory regimes across national borders

EHR will foster medical informationexchange among involved parties.

Our users will be able to select a Procedure,

Country, and Provider for their need,

receive and analyze all the relevant

information to make best decision.

TelemedicineDiagnostic station

Physician Patients

Telemedicineis the futureof global

healthcare.

Specialist networkTelemedecine and EHR

Electronic HealthPractice management

Pharmacies

Records (EHR)

Improve quality and convenienceof patient care

Increase patient participation

in their care

Improve accuracy of diagnoses

and health outcomes

Improve care coordination

Increase practice efficiencies

and cost savings

Access by multiple

health providers

Efficiency, Education,

and Data Security

Labs/Radiology

Patients portal

Cloud data center

Increase patient flowMedical records

Billing

Searching for Partnerships

Regional Partnerships and Alliances:

Create synergy by developing innovational ideas with LifeScience Klaster Companies

Increase visibility of BioTech and MedTech companies with cutting-edge innovationalcontent for the public via our platform

Achieve high user base and visitor traffic growth

Deep integration with local market players

Enhance our strategicaldevelopment of EU market with partners’ expertise

Attract top advertising $ from firms serving local markets

Searching for PartnershipsOur Offers to Klaster:

Enhance Visibility and Popularity of Klaster Companies

on EU Market

Аttract Contractors for Clinical Testing

/ Lab Outsourcing / Product Development

Сonduct online tests / surveys

Improve co-marketing efforts

Our Goals:

Design and development of EuroMD Products and

Functionality with expert innovational help popularization of

the Klaster on the European mkt

Improve Medical Tourism in Poland

Cutting edge content

Build relationships with educational and research institutions

Questions / Comments ?


ElpharmaElżbieta Bętkowska-Ożóg

Uwarunkowania skuteczności zarządzania jakością

w branży farmaceutycznej

Elżbieta Bętkowska-OżógKraków, 30 maja 2014

Czym jest jakość?

Jak ją mierzyć?

Zarządzanie Jakością

Quality Assurance; QA – planowe i systematyczne działania niezbędne do zapewnienia spełnienia wymagań jakości końcowego produktu w procesie jego tworzenia

Zarządzanie jakością (Quality management): skoordynowane działania dotyczące kierowania organizacją i jej nadzorowania, system ustanawiający politykę i cele jakości oraz ustanawiający sposób osiągania tych celów, służący do kierowania organizacją

Zapewnienie Jakości

Co jest kluczem do skutecznego zarządzania jakością?

Proc

esow

e po

dejś

cie

do za

rząd

zani

a

CYKL DEMINGA

• Kreowanie misji i wizji

• Wyznaczanie celów

• Planowanie zasobów

• Określanie odpowiedzialności

• Kierowanie

• Nadzór nad realizacją celów

• Motywowanie

Rola lidera w zarządzaniu jakością

Czym jest GMP?

GMP Good Manufacturing Practice Dobra Praktyka Wytwarzania

Cel:

Zmniejszenie ryzyka związanego z wytwarzaniem → zapewnienie odpowiedniej jakości leku, zapewnienie ludziom bezpieczeństwa

stosowania oraz oczekiwanego działania terapeutycznego

Zapewnienie powtarzalności jakości produktu

Zapobieganie zanieczyszczeniom produktu lub surowca

GMP - Podstawy prawne DYREKTYWA 2001/83/WE PARLAMENTU EUROPEJSKIEGO I RADY z dnia 6 listopada 2001 r. w sprawie wspólnotowego kodeksu odnoszącego się do produktów leczniczych stosowanych u ludzi

DYREKTYWA KOMISJI 2003/94/WE z dnia 8 października 2003r. ustanawiająca zasady i wytyczne dobrej praktyki wytwarzania w odniesieniu do produktów leczniczych stosowanych u ludzi oraz produktów leczniczych stosowanych u ludzi, znajdujących się w fazie badań

Good manufacturing practice (GMP) Guidelines

Ustawa Prawo Farmaceutyczne

Rozporządzenie Ministra Zdrowia ws Wymagań Dobrej Praktyki Wytwarzania

Zakres działań↓

szkolenia specjalistyczneszkolenia miękkie

doradztwo specjalistycznecoaching specjalistycznycoaching menedżerski

CASE STUDY

Realizacja projektu szkoleniowo-doradczegow wytwórni chemicznej

• brak opracowanych i wdrożonych procedur GMP

• luki kompetencyjne personelu kluczowego w zakresie zarządzania / wprowadzenie i adaptacja do zmian, komunikacja interpersonalna, budowanie zespołu, zarządzanie personelem, motywacja i automotywacja

• opór wobec koniecznych zmian

Sytuacja wyjściowa

• tworzenie wewnętrznych procedur

• analiza przebiegu zachodzących procesów

• budowanie zespołu projektowego

• cykl szkoleń – podniesienie kompetencji personelu

• doradztwo i coaching – udzielenie wsparcia w oparciu o pracę na konkretnych problemach

Proces

• wdrożenie systemu zarządzania

• podniesienie efektywności zespołu projektowego

• wzmocnienie roli liderów zespołu

• adaptacja do zmian:wzrost odpowiedzialności i postawy proaktywnej

Zaobserwowane zmiany

• kompleksowość• wiedza z zakresu zarządzania przez jakość (TQM)• szkolenia rozwijające kompetencje psychospołeczne niezbędne

do wdrożenia pozyskanej wiedzy w praktyce• udział i superwizja trenerów z międzynarodowym certyfikatem trenerskim• szeroki zakres: od analizy potrzeb uczestników po ewaluację

i opiekę merytoryczną po zakończeniu projektu.

Akademia GMP

autorski projekt całościowo rozwijający kompetencje w zakresie Dobrej Praktyki Wytwarzania

• zdobycie lub pogłębienie wiedzy z zakresu GMP

• dostęp do najświeższych informacji oraz wytycznychz zakresu Dobrej Praktyki Wytwarzania

• możliwość konsultacji ze specjalistami i omówienia konkretnych przypadków problemowych z praktyki zawodowej

Korzyści

podejście kompleksowe:• audity• szkolenia• doradztwo

• specjalistyczne dedykowane branży farmaceutycznej• menedżerskie - jako element wspierający implementację

twardych narzędzi• psychospołeczne – wsparcie dla liderów i zespołów

ELPHARMA

• współpraca z kadrą uniwersytecką

• praca w oparciu o Brytyjskie Standardy Kompetencji w Zakresie Treningu, Uczenia się i Rozwoju Osób Dorosłych

• ścisła specjalizacja, szerokie spektrum wiedzy

• wieloletnia obecność w branży farmaceutycznej

• diagnoza luk kompetencyjnych w obszarze zarządzania, które utrudniają wdrażanie specjalistycznych rozwiązań z zakresu GMP

ELPHARMA

Kontakt:

Elżbieta Bętkowska-Ożógtel. 691 65 65 96email: [email protected]

DZIĘKUJĘ ZA UWAGĘ !


Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II

Joanna Natorska

Prezentacja projektu „Rozwój Krakowskiego Centrum Badań i

Technologii Medycznych”

Joanna Natorska: tel. 31 43; e-mail: [email protected]

Krakowskie Centrum Badań i

Technologii Medycznych

Pracownia Diagnostyki Chorób

Zakrzepowo-Zatorowych

Pracownia Innowacyjnych

Zastosowań Komórek

Macierzystych


Pracownia Badań Genetycznych

Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych

1. Przepuszczalność skrzepów fibrynowych (Ks; krzepnięcie osocza/polimeryzacja fibrynogenu inicjowane za pomocą egzogennej trombiny - wrażliwość na stężenie i modyfikacje cząsteczek fibrynogenu lub czynnikiem tkankowym – wrażliwość na czynniki krzepnięcia i stopień generacji trombiny)

2. Czas lizy skrzepów fibrynowych (CLT)

Ocena czynnościowa i strukturalna skrzepów fibrynowych wytworzonych z osocza lub wyizolowanego fibrynogenu


Ocena budowy morfologicznej skrzepów fibrynowych:

Grubość włókien Wielkość porów Kąty rozgałęziania

włókien Gęstość sieci fibryny

Skaningowa Mikroskopia Elektronowa (SEM)

opisuje stężenie wolnej trombiny generowanej in vitro w krzepnącym osoczu

ukazuje funkcjonalność układu hemostazy w sposób zbliżony do fizjologicznego

służy do oceny tendencji prozakrzepowych i krwotocznych


Generacja trombiny (CAT)

Zastosowanie:

ocena wrodzonych i nabytych zaburzeń krzepnięcia (niedobór AT, stosowanie środków antykoncepcyjnych) ocena działania leków przeciwzakrzepowych (przeciwpłytkowych, inhibitorów trombiny) monitorowanie leczenia hemofilii (leczenie FVIII, FVIIa) monitorowanie leczenia zaburzeń krzepnięcia (VKAs, heparyny, leki przeciwpłytkowe, terapia wielolekowa) całościowa ocena funkcji układu krzepnięcia u pacjentów z wysokim ryzykiem wystąpienia incydentów zakrzepowo-zatorowych lub krwotocznych


Generacja trombiny (CAT)

Ocena tendencji do krwawień (INNOVANCE PFA-200)


Badanie przesiewowe w przypadku zaburzeń czynności płytek (realistyczne środowisko hemodynamiczne podczas pomiaru)

Zastosowanie:

ocena dziedzicznych, nabytych lub polekowych zaburzeń czynności płytek krwi badanie skriningowe funkcji płytek krwi u pacjentów z zaburzeniami hemostazy pierwotnej, jak np. choroba von Willebranda typ I ocena dysfunkcji płytek spowodowana kwasem acetylosalicylowym wykrywanie blokady receptorów P2Y12 płytek u pacjentów poddawanych terapii z antagonistami tych receptorów ocena dysfunkcji płytek w wielu sytuacjach klinicznych, takich jak przedoperacyjne testy przesiewowe, ciąża wysokiego ryzyka, krwotoki

ELISA


ocena parametrów szeroko pojętej hemostazy

według potrzeb - ocena wszystkich parametrów do których istnieją komercyjne testy

Przechowywanie materiału biologicznego w temperaturze -70C i -20C



Badania Genetyczne

sekwencjonowanie genów

badania ekspresji genów

badania polimorfizmów pojedynczego

nukleotydu(SNP)


Badania Genetyczne

Zastosowanie

ekspresja 384 genów w tym samym czasieekspresja miRNA analiza mutacji:- SNP- delecji- insercji analiza metylacji DNA genotypowanie wirusów analizy ilościowe

blok standardowy 96-dołkowy (objętość próbki 10-100 µl)

blok FAST 96-dołkowy (5-30 µl) blok 384 dołkowy (karty z liofilizowanymi

starterami i sondą)

Real-time PCR ViiA7

Cytometria przepływowa

Hodowle komórkowe

Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych

Metoda badawcza umożliwiająca jakościową i ilościową analizę różnych populacji komórkowych

Materiał do badań metodą cytometrii przepływowej:

Krew obwodowa

Szpik kostny

Węzły chłonne

Płyn mózgowo – rdzeniowy

Ocena fenotypowa wykonywana jest w zawiesinie żywych

komórek

Cytometria przepływowa

http://probes.invitrogen.com/resources/education/tutorials


Światło rozproszone

FSC- forward scatter-natężenie światła rozproszonego w kierunku biegu promienia lasera, określa wielkość komórki

SSC-side scatter-natężenie światła rozproszonego w kierunku prostopadłym do kierunku biegu promienia lasera, określa ziarnistość komórki

Umożliwia jednoczesne identyfikowanie cytoplazmatycznych i powierzchniowych markerów komórkowych przy użyciu swoistych przeciwciał mono-klonalnych sprzężonych z fluorochromami

Fluorescencja

Cytometria przepływowa – mierzone parametry

http://probes.invitrogen.com/resources/education/tutorials


Laser niebieski (488 nm) – wzbudzane barwniki fluorescencyjne: FITC PE PE-Cy7 PerCP-Cy5.5Laser czerwony (633 nm) – wzbudzane barwniki fluorescencyjne: APC APC-Cy7Laser fioletowy (405 nm) – wzbudzane barwniki fluorescencyjne: AmCyan Pacific BlueTM

Model 3-laserowy: jednoczesny pomiar 8 fluorescencji + parametry FSC/SSC

Cytometr przepływowy FacsCantoIIBecton Dickinson


Medycyna i diagnostyka kliniczna:

Diagnostyka onkohematologiczna

Transplantologia

Alergologia

Ocena niedoborów odporności

Diagnostyka chorób autoimmunizacyjnych

Możliwości diagnostyczno-badawcze cytometrii przepływowej


Prace naukowo-badawcze: Ilościowe oznaczenie populacji i subpopulacji określonych komórek

Ekspresja markerów powierzchniowych i wewnątrzkomórkowych

Wykrywanie rzadkich populacji komórek macierzystych i progenitorowych

Określenie stanów czynnościowych komórek: Analiza programowanej śmierci komórki (apoptozy)

Badanie czynności płytek krwi (monitorowanie skuteczności leczenia

przeciwpłytkowego, pomiar stężenia jonów Ca 2+, rozpoznanie dziedzicznych

zaburzeń czynności płytek, identyfikacja mikrocząstek pochodzenia płytkowego)

Badanie aktywności enzymów (m.in. kaspaz, kinaz, fosfataz)

Ocena żywotności komórek

Analiza cyklu komórkowego

Możliwości diagnostyczno-badawcze cytometrii przepływowej


Szybki pomiar pojedynczych komórek w dużych populacjach

Równoległa ocena kilku parametrów

Wykrywanie bardzo rzadkich populacji komórkowych

Ilościowa i jakościowa analiza

Zalety cytometrii przepływowej


Hodowle komórkowe


Inkubatory z regulowaną atmosferą CO2 i O2 i z cyklem autodekontaminacji

Komory laminarne System do dysocjacji tkanek: rozdrabnianie tkanek, w celu uzyskania zawiesiny pojedynczych komórek homogenizacja tkanek i komórek do późniejszej izolacji materiału wewnątrzkomórkowego

Dziękuję za uwagę



Małopolski Klaster Poligraficzny

Robert Miklaszewski

Zmieniamy Twoje OtoczenieKraków 2014.05.30

M.M. Druk Serwis Zainicjował oraz objął koordynację nad projektem

pn. „Małopolski Klaster Poligraficzny”.

Porozumienie członków założycieli zostało podpisane w styczniu 2012 roku.

Główne cele działalności Małopolskiego Klastra Poligraficznego

- transfer technologii poligraficznych,- tworzenie innowacyjnych produktów i usług,- otwarcie studiów poligraficznych w Małopolsce,- wymiana wiedzy i doświadczeń,- większe możliwości pozyskania środków finansowych na ` projekty, - promocja i rozwój firm z Klastra, - promocja i rozwój branży oraz regionu.

W roku 2013 Koordynator Klastra wraz z członkami,

otrzymali dofinasowanie projektu w ramach działania 2.1 B z funduszy unijnych

w celu utworzenia:

Centrum Druku Cyfrowego oferującego usługi Web to Print i ( Print on Demand).

W ramach dotacji udało się nam zakupić nowoczesną powierzchnię, w której mieści się obecnie siedziba Małopolskiego Klastra Poligraficznego oraz nowoczesnąmaszynę do druku cyfrowego Canon IP 6011

Zapraszamy do współpracy !!!

Za współpracę z Zespołem Szkół Poligraficzno Księgarskich w Krakowie

w zakresie;

- praktyki zawodowe- wizyty zawodoznawcze- międzynarodowy konkurs graficzny- szkolenia za pomocą symulacji biznesowych

MKP otrzymał Oskara Zawodowego w konkursie „Szkoła na rynku pracy” organizowanego przez MEN

Zapraszamy do współpracy !!!

Dziękuję za uwagę

Robert MiklaszewskiKoordynator Małopolskiego Klastra Poligraficznego


Usługi Intergromiki i Galaxy NGS, GeneSpring

w ramach PLGrid LifescienceTomasz Gubała

Domain-oriented services and resources of Polish Infrastructure for Supporting Computational Science in the European Research Space – PLGrid Plus

Domain-oriented services and resources of Polish Infrastructure for Supporting Computational Science in the European Research Space – PLGrid Plus

EUROPEAN UNIONEUROPEAN REGIONALDEVELOPMENT FUND

INNOVATIVE ECONOMYNATIONAL COHESION STRATEGY

Genomic Data Analysis ServicesAvailable for PL-Grid Users

Tomasz Waller, Tomasz Gubała, Kazimierz Murzyn

Academic Computer Centre Cyfronet AGH, cyfro.net

Klaster LifeScience Kraków, lifescience.pl

Klaster LifeScience Kraków, May 2014



81

Academic Computer Centre Cyfronet AGH• Established in 1973 (40 years of experience)• Main mission: to provide network, computational power and data

storage capabilities for Polish science• ~374 TFlops (145@top500), 2.5 PB (disks) and 3.5 PB (tapes)• Regular and bigmem nodes, vSMP, GPGPU, FPGA, MPI over Infiniband• Details: http://kdm.cyfronet.pl/

PL-Grid Infrastructure for Polish science• Five computing centers with Cyfronet as

the consortium leader• Total: ~588 TFlops and ~5.6 PB (disks)

• Planned for 1Q2015: >900 TFlops, 8 PB

• Available free of charge to all Polish scientistsand their foreign collaborators

• Details: http://www.plgrid.pl

ACC Cyfronet AGH andPL-Grid Infrastructure

https://kdm.cyfronet.pl/

http://www.plgrid.pl/



82

Register at https://portal.plgrid.plUser verification process based on Polish OPI number

Assistants and foreigners are confirmed by Polish PIs

Variety of basic and higher level services available after login

Local SSH access, cloud computing, middlewares

Considerable library of installed applicationsGATK, MACS, SAMTools, Picard, TopHat, Bowtie, (p)BWA, R/Bioconductor, AutoDock/AutoGrid, BLAST, Clustal, CPMD, Gromacs, NAMD, Matlab, Mathematica …

Free to compile and install own applications using the shell login

Possibility to use own commercial licenses on HPC resources

Questions: https://helpdesk.plgrid.pl or [email protected]

Using PL-Grid Infrastructure

https://portal.plgrid.pl/

https://helpdesk.plgrid.pl/




83

Preparation of specific computing environments, i.e., solutions, services and extended infrastructure tailored to the needs of different groups of scientists (2012-2014)

Life Science among 13 domains of science

LS Domain Leader: KrakówLifeScience Klaster

Tasks:Analysis of user needs

Development of services

Procurement and deploymentof applications on HPC res.

Continuous assistance for theLife Science community

PLGrid PLUS: Domain-oriented Services, Resources and Tools



84

https://lifescience.plgrid.pl/For people who perform biological investigations using DNA microarraysGoal: help to analyze gene expression information and correlate it with other clinical dataIn development since 1Q2013, first version deployedAnalyses available now: normalization, clustering, SAM, T-test, GO-based enrichment, ANNs, PCA, panel filteringIntegromics analyses in preparation

CCA, PLS (gene expression and lipidomics)

Roleswitch, TargetScore (gene expression and miRNA)

Supported models: Affymetrix, Agilent (support for others is possible in case of demand)

DNA Microarray Integromics Analysis Platform (1/2)



85

Notable featuresIntegration with EBI ArrayExpress (import, MIAME)

Sharing experiments with others

Importing own data for further analysis

Supported languages: PL, EN

Manual: https://docs.cyfronet.pl/x/JpaZ

CooperationJagiellonian University Medical Collage, Kraków

Medical University of Silesia, Katowice

Institute of Oncology, Gliwice

DNA Microarray Integromics Analysis Platform (2/2)

https://docs.cyfronet.pl/x/JpaZ



86

https://galaxy.plgrid.pl/”Galaxy is an open, web-based platform for data intensive

biomedical research.”

Goal: deploy high-performance, high-throughput NGS data analysis solution on top of HPC resources for PL-Grid users

Needs a lot of adjustments and in-house add-on development

Work started 12.2013, first version planned ~08.2014

Planned integrated tools (list not closed): GATK, SAMtools, Bowtie, TopHat, BWA, bedtools, Cufflinks, Picard, SnpEff/SnpSift, Flexbar, FastQC, MACS

References: human, mouse, domestic animals

Targeted platforms: Illumina *Seq, Roche 454, Ion Proton

Galaxy NGS Server (1/2)



87Galaxy NGS Server (2/2)

Notable featuresFull integration with Zeus cluster and large disk arraysPBS and MQ system for effective job queuing and managementSecured environment (open for all PL-Grid users, not ”public”)All major Galaxy features (history, sharing, viewers) enabled

Well documented workflows designed by NGS expertsBasics (alignment and quality control, trimming, filtering)DNA-Seq, RNA-Seq, variant calling, SNP calling, methylation, exome analysis with annotations

Manual: https://docs.cyfronet.pl/x/voas (available when service goes production)

CooperationInstitute of Pharmacology, Polish Academy of Sciences, KrakówJagiellonian University Medical Collage, KrakówNational Research Institute of Animal Production, Kraków-Balice

https://docs.cyfronet.pl/x/voas



88Agilent GeneSpring GX

RDP: genespring.plgrid.pl

Used with Windows Remote Desktop

Integrated with the DNA Integromics Platform for uniform microarray files management

5-year, single-seat license for all registered Polish scientists

Manual: https://docs.cyfronet.pl/x/JIq1

https://docs.cyfronet.pl/x/JIq1



89PLGData – Simple Service to Manage Files on Clusters

https://data.plgrid.pl/Simple file and folder management

upload, delete, download, rename, change rights

Integrated with Cyfronet’s Zeus cluster, accessible for all users

Uses GridFTP and HTTPS protocols for secure data transfer

Access to group storage for team/project collaboration

Manual: https://docs.cyfronet.pl/x/64es

https://docs.cyfronet.pl/x/64es



90

These resources, services and tools (and much more) are available after registering to PL-Grid

https://portal.plgrid.pl/

PL-Grid User Manualhttps://docs.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika (PL)

https://docs.plgrid.pl/display/PLGDoc/User+manual (EN)

Questions, problems, requests about PL-Gridhttps://helpdesk.plgrid.pl or [email protected]

Contact for LifeScience domain [email protected]

Collaborative effortAcademic Computer Centre Cyfronet AGH, Kraków (project leader)

Kraków LifeScience Klaster (Life Science domain services leader)

10 expert institutes/laboratories from Małopolska and Śląsk

Links, Contact, Partners

https://docs.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika

https://docs.plgrid.pl/display/PLGDoc/User+manual

https://helpdesk.plgrid.pl/




Otwarte Laboratorium Eksperymentu i Prototypowania

„Naukowy Orlik”Kazimierz Murzyn

dzień otwarty klastra lifescience kraków

Documents