docking@grid framework avancement au 28-10-2008. plan principales avancées pour les parties ligand,...
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Docking@GRID
Framework
Avancement au 28-10-2008
Plan
Principales avancées pour les parties Ligand, Sites Actifs et Docking
Processus d’installation de la version 0.1Quelques mots sur la Collaboration INRIA
ADAMS/DOLPHIN
Docking@GRID - Ligand
Rajout et intégration du logiciel Ligand-info pour la visualisation à grande échelle
Docking@GRID – Site actif
Suppression du logiciel Vega
Seul le format .car est accepté en entrée de l’algorithme
Intégration imminente du script de J-C Boisson pour accepter plus d’un format
Perspective : validation ‘biologique’ du script de J-C
Boisson.
Docking@GRID – docking (1/4)
Intégration de parallel-autodock de Alex Tantar
Docking@GRID – docking (2/4)
Docking version avancée :
Possibilité d’utiliser la fonction d’énergie d’Autodock
Docking@GRID – docking (3/4)
En cours : visualisation UCSF CHIMERA : Visualisation dans Chimera des meilleurs individus
(couples protéine-ligand) toutes les dix générations. Téléchargement des résultats avec visualisation
dynamique de l’évolution des meilleurs individus (animation Chimera)
En cours : rajout d’outils pour la manipulation des molécules (RMSD…)
Docking@GRID – docking (4/4)
Perspectives à court terme :Visualisation des résultats plus complète pour le
docking (score…)
Visualisation « en direct » et a posteriori des fronts Pareto lors de l’exécution de Docking (fonction GnuPlot)
Système de réservation pour le cluster puis pour la grille
Installation – enjeux et objectifs
Docking@GRID est un logiciel open-source
La fiche projet ANR prévoit la mise en ligne d’une version de la plate-forme
Licence CeCILL (~GNU/GPL INRIA) choisie
Version 0.1 prête, finition des tutoriels avant sa mise en ligne prochainement
Installation – problèmes et solutions choisies
Docking@GRID est une plateforme Web, c’est-à-dire que pour une installation locale elle nécéssite : Un serveur Tomcat et un serveur Web Un serveur de base de données (mysql) Un ensemble de logiciels tel que openbabel, mpich2
Pour un utilisateur averti, si aucun des composants n’est installés sur sa machine et en suivant le tutoriel, c’est environ 2h de travail et beaucoup de difficultés rencontrées
Solution : intégrer l’installation de docking@GRID dans un logiciel de déploiement -> FDF-Deployware
Installation – FDF-Deployware
FDF-Deployware est un logiciel développé au sein de l’INRIA et il est libre de droit
http://fdf.gforge.inria.fr
Il permet de déployer beaucoup d’applications, sous linux comme sous Windows (perspective pour le futur)
Installation – deployware / docking@GRID
Workflow :
Téléchargement et décompression de l’archive
Configuration grâce à un script shell qui génère le fichier de configuration de FDF spécifique à chaque utilisateur.
Exécution de FDF-deployware
Installation – deployware / docking@GRID
• Installation et mise en route de chaque composant• Accès à Docking@GRID par un simple clic!
Installation – deployware / docking@GRID
Conclusion :
Si tout se passe bien, le temps de compiler et d’installer toutes les dépendances, environ 30 minutes
Installation – deployware / docking@GRID
Packages Docking@GRID : Version deployware (une archive avec toutes
les applications) Version ‘alone’ (un fichier WAR seul) Sources (Paradiseo, PSP et Docking)
Enregistrement et suivie des utilisateurs qui téléchargent (même principe que pour Paradiseo)
http://dockinggrid.gforge.inria.fr/Download
Installation – tutoriels
Tutoriels d’installation (et utilisation basique): Pour le déployer (terminé) Sans le déployer (terminé)
Tutoriels de développement Pour les développeurs (en cours)
Tutoriels d’utilisation (à faire)
Collaboration Dolphin/ADAMS
Enjeux : SuperComputing, journées Grid –Aladdin :
Démonstration du FDF-deployer sur GRID 5000 pour Super Computing et pour les journées Grid Aladdin
Besoin de déploiement d’une application visuelle, incluant des algorithmes parallélisables sur GRID
Déploiement du framework Docking@GRID
Collaboration Dolphin/ADAMS
Intérêts :
Valorisation de la plate-forme et du projet
Récupération de l’installer pour la version locale
Déploiement sur grille de calcul