doç. dr. kenan mİdİllİ İ.Ü. cerrahpaa tıp fakültesi tıbbi ... · doç. dr. kenan...

42
Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Upload: others

Post on 18-Jan-2021

12 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ

İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi

Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Page 2: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Solunum yolları infeksiyonlarının % 80’i viral

ABD’de yıllık 41M antibiyotik reçetesinin 22M’si (% 55) solunum yolları infeksiyonları nedeni ile verilmekte

TEP olgularının %18-28’i viral

Page 3: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

RSV A/B

İnfluenza A/B

Parainfluenza 1/2/3/4

Adenovirus

Rinoviruslar

hMPV

Bokavirus Polyamavirus KI/WU Koronaviruslar Enteroviruslar Parekoviruslar

Page 4: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

İnsan Metapnömovirusu (hMPV)

2001’de Hollanda’da ASYE’li bir çocuktan ilk izolasyon

Geriye yönelik serolojik çalışmalar virus en az 50 yıldır dolaşımda

İnfeksiyonların çoğu: ◦ < 5 yaş çocuklar ◦ Bağışıklık sorunu olanlar ◦ Uzun süreli bakım kurumlarında kalanlar ◦ Altta yatan hastalığı olanlar

İnsan Metapnömovirusu (hMPV)

Page 5: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Yaşlılarda prevalans < %2

Uzun süreli bakım yurtlarında kalanlarda % 7 salgınlar sırasında %72’ye çıkıyor bunların da %31’inde radyolojik olarak pnömoni %50 fetal

Page 6: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Rinoviruslar en yaygın viral solunum yolu virusu.

A ve B grupları bilinmekte idi. 2003’te C grubu tanımlandı (en az 10 yıldır

dolaşımda) A ve B grubuna göre daha yüksek morbiditeye

sahip Çocuklarda rinoviruslara bağlı hastaneye

yatışlardan C grubu sorumlu. Virus pozitif orta kulak sıvılarının % 50’sinde

rinovirus C bulunmakta

Page 7: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

2005’te tanımladı.

Bovine parvovirus + canine minute virus Bocavirus

4 yaşına kadar çocuklarda çok sık

Akut astımlı ve pnömonili çocukların alt solunum yolu örneklerinden

İshal??

Page 8: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

2007-2011 arasında 7 yeni insan polyomavirusu tanımlandı

2’si solunum yolları infeksiyonları ile ilişkilendirilmekte: WU ve KI

Prevalansı % 0.4-7 arasında

Büyük olasılıkla çocukluk çağında

Erişkinlerin % 50-80’i seropozitif

Solunum yolu infeksiyonlarındaki rolü araştırılmakta

Page 9: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

50 yıl önce ekovirus 22 ve 23 olarak tanımlandırlar

16 genotipi var, 6’sı tüm dünyada yaygın

Her yaştan solunum yolu örneklerinde sıklıkla bulunmaktalar

Semptomatik infeksiyonları ağırlıklı olarak yenidoğanlar ve 3 yaş altı çocuklarda görülüyor

Daha çok bronşiyolit ve pnömoni şeklinde

Page 10: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

2011’de tanımlandı

H3N2v

Kaynak domuz, fakat insandan insana bulaşma kısıtlı

5 yaş altı çocuklar, kronik hastalığı olanlar ve 65 yaş üzerindekiler ağır hastalık açısından risk grubu

Şu ana kadar 306 doğrulanmış olgu, 16 hospitalizasyon, ölüm 1

Page 11: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Erişkin soğuk algınlığı olgularının % 15’inden koronaviruslar sorumlu.

2-3 yılda bir salgın yapar

2003SARS

2005-2006 NL63 ve HKU-1

HKU-1 yaşlılarda TEP

Page 12: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 13: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 14: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Mink Kedisi

Page 15: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

8,098 kişi

> 24 ülke

774 ölüm

Yaklaşık %10 mortalite8,098

65 yaş üzeri mortalite > %50

Olguların %20’si sağlık çalışanı

Page 16: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 17: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 18: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 19: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 20: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 21: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 22: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 23: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 24: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 25: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

“Akut solunum yolu infeksiyonu (> 38oC ateş, öksürük) olan

Klinik ya da radyolojik kanıtlarla akciğer parankimi tutulumu şüphesi olan (pnömoni ya da ESSS)

Yeni koronavirus infeksiyonlarının görülmüş olduğu ya da bulaşma olasılığı bulunan yerlere son on gün içinde seyahat etmiş olmak

Toplumda edinilmiş pnömonide endike olan testlerle herhangi bir infeksiyöz ya da infeksiyöz olmayan etiyolojik etken saptanmayan hastalar

Page 26: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

“Araştırılması gereken olgu” tanımına uyan ve akciğer parankimi tutulumuna (pnömoni, ESSS) dair klinik, radyolojik ya da histopatolojik kanıt bulunan fakat laboratavar incelemesi ile doğrulama olasılığı bulunmayan (örnek alınamaması ya da test yapma olasılığının bulunmaması nedeni ile) kişiler

ve laboratuar ile doğrulanmış olgularla sıkı temas* öyküsü olan yerel kılavuzlara göre toplumda edinilmiş pnömoniye yönelik klinik endikasyonu bulunan tüm testlere rağmen başka herhangi bir infeksiyon ya da başka bir neden ile açıklanamayan olgular

“A l

Page 27: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Hasta ile ilgilenmiş sağlık çalışanları ya da

aile bireyleri ya da benzeri şekillerde teması olan kişiler

Olası ya da kanıtlanmış olgu ile bu olguların semptomatik olduğu dönemde aynı yerde bulunmuş olan kişiler (ziyaretçiler, aynı ortamda yaşayanlar, birlikte seyahat edenler)

Page 28: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

“Yeni koronavirus infeksiyonu laboratuvar sonuçları ile doğrulanmış kişiler.

Olası tehlike: Hac Dönüşü

Page 29: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Hızlı antijen testleri

DFA

Virus kültürü

Nükleik asit testleri

Page 30: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

İnfluenza ve RSV

Duyarlılıkları %10-75

Özgüllükleri %50-100

Çocuklarda virus titresi yüksek olduğu için daha duyarlılar.

Genellikle yarım saat içinde sonuç veriyor

Page 31: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Adeno, influenza A/B, PIV1-3, RSV A/B, hMPV

Hızlı kültür ile kombinasyon sonuç alma süresini kısaltıyor

NAT’a kıyasla duyarlılık ve özgüllükleri düşük %50-80

1 saat içinde sonuç alınabilir

Page 32: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Shell vial ya da R-mix hızlı hücre kültürleri ile 24-48 saat içinde sonuç alınabiliyor

Az sayıda merkez ile kısıtlı

Page 33: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Kesin tanı

Hastanın uygun şekilde sağaltımı

Hastane/kurum içi bulaşmaların engellenmesi

Gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılması

Hastanede yatış süresinin kısaltılması

Page 34: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Hastanede yatış süresini %50 kısaltabiliyor

Antibiyotik kullanımını %30 azaltıyor

Gereksiz tanı amaçlı test ya da girişimleri %20

azaltabiliyor

Hastanede yatmakta olan diğer hastaların korunması

Page 35: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

NAT’a dayalı testler infeksiyon hastalıklarının tanısında rutin hale gelmekte

Özellikle solunum yolları viruslarının saptanmasında standart test olma yolundalar

Olası viral etkenlerin çeşitliliği ve karma infeksiyonların sık oluşundan dolayı birden çok virusu saptamaya yönelik olarak geliştirilen platformlar ön plana çıkmakta

Page 36: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Real Time PCR,

Multipleks PCR,

MALDI-TOF,

Luminex Teknolojisi,

Arrayler

24 saat içinde sonuç

Duyarlılık ve özgüllükleri son derece yüksek Hastalığın evresi ve örnekleme hataları yanlış

negatif sonuçlara neden olabilmekte

Antiviral direnç araştırılmasına uygun

Kantitasyon Etyolojik rolün belirlenmesi

Page 37: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Caliendo Multiplex PCR and Emerging Technologies for the Detection of Respiratory Pathogens. S326 d CID 2011:52 (Suppl 4)

Page 38: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Zhang S et al Molecular Diagnosis of Viral Respiratory Infections Curr Infect Dis Rep (2011) 13:149–158

Page 39: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Gharabaghi et al. Evaluation of multiple commercial molecular and conventional diagnostic assays for the detection of respiratory viruses in children Clinical Microbiology and Infection, Volume 17 Number 12, December 2011

Page 40: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

Rand KH., Comparison of Two Multiplex Methods for Detection of Respiratory Viruses: FilmArray RP and xTAG RVP. JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, July 2011, p. 2449–2453.

Page 41: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory
Page 42: Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi ... · Doç. Dr. Kenan MİDİLLİ İ.Ü. Cerrahpaa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ... Respiratory

65

1 Ö

rnek

Virus Tekli (%)

Çoklu (%)

Toplam (%)

İnsan metapnömovirus 1,2 0,8 2

Adenovirus 0,8 1,4 2,2

Koronavirus 299 E/NL63 2,5 3 5,5

Parainfluenza 2 0,8 0,8 1,6

Parainfluenza 3 6 5,4 11,4

Parainfluenza 1 1,4 2,4 3,8

İnfluenza B 0,2 0,2 0,4

Koronavirus OC43/HKU1 1 0,8 1,8

Rinovirus A/B/C 6,1 4,5 10,6

RSV A 2 1,4 3,4

RSV B 3 1,2 4,2

Pandemik H1N1 25,5 8,1 33,6

Toplam 50,5 30,0 80,5