dna seqüenciamento alinhamento 1 - introdução usuário cenário atual 2 - problema nossa...
TRANSCRIPT
![Page 1: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/1.jpg)
![Page 2: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/2.jpg)
![Page 3: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/3.jpg)
![Page 4: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/4.jpg)
![Page 5: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/5.jpg)
![Page 6: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/6.jpg)
![Page 7: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/8.jpg)
BASES
![Page 9: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/9.jpg)
![Page 10: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/10.jpg)
• Resposta aproximada• Rápido
BLAST
![Page 11: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/11.jpg)
![Page 12: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/12.jpg)
Interface voltada para biólogos
rápido saída do
alinhamento personalizada
Disponível na web Smith-Waterman Custo-benefício
![Page 13: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/13.jpg)
7,5 GB
![Page 14: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/14.jpg)
Interface Complexa Penalidades Saída pouco legível Blast
Informatas Servidor Blast
Informatas Desktop Limitado a um
usuário
![Page 15: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/16.jpg)
![Page 17: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/17.jpg)
![Page 18: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/18.jpg)
BD
WEB
FPGAs
![Page 19: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/19.jpg)
Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Levantamento de Requisitos
Escolher algoritmo 31/08 - Gerente de Desenvolvimento de Hardware
Escolher interface de comunicação FPGA-PC
31/08 - Equipe de Desenvolvimento de Hardware
Escolher FPGA 31/08 - Gerente de Desenvolvimento de Hardware
![Page 20: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/20.jpg)
Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Tarefas de EstudoAlgoritmo 16/08 30/09 Algoritmo
possui detalhes específicos da implementação.Plano corretivo: Continuar estudando.
Bernardo ReisPedro Bello
Estudar Stratix II 16/08 - Diogo LagesThiago Lessa
![Page 21: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/21.jpg)
Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Tarefas de EstudoProcessador Nios II
16/08 30/09 Realocação de pessoal causou atrasos.Plano corretivo: Tutorial com o pessoal do HPCin, mais alocação de tarefas para o novo pessoal.
André FelipeLeyla Manoella
Protocolo de comunicação
16/08 30/09 Protocolo bastante complicado.Plano corretivo: Continuar estudando.
Diogo LagesThiago Lessa
![Page 22: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/22.jpg)
Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Tarefa de ModelagemArquitetura paralela do Smith-Waterman
23/09 - Pedro Bello
Arquitetura do sistema em FPGA
23/09 - Gerente de Desenvolvimento de Hardware
Implementação e Teste de Protótipo
23/09 - Pré-requisito: Aquisição da Placa
Bernardo ReisPedro Bello
![Page 23: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/23.jpg)
![Page 24: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/24.jpg)
Tarefa Prazo Previsto Responsável
Implementar protótipo do algoritmo segundo Byang
07/10 Bernardo ReisPedro Bello
Estudar módulo Ethernet para NIOS II
07/10 Diogo LagesThiago Lessa
Implementar NIOS II customizado
07/10 André FelipeLeyla Manoella
![Page 25: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/25.jpg)
Tarefa Prazo Previsto
Novo Prazo
Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Tarefas de EstudoFerramentas de Bancos de Dados
21/09 André e Thiago
Modelagem do Banco de Dados das Cadeias de DNA
21/09 25/09 Reunião com os Clientes Adiada.
André e Thiago
![Page 26: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/26.jpg)
Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Levantamento de RequisitosEscolha do Servidor
21/09 30/09 Devido a realocação.
André e Thiago
Pesquisa com os clientes
21/09 25/09 Reunião com os Clientes Adiada.
André e Thiago
![Page 27: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/27.jpg)
Tarefa Prazo Previsto Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Tarefa de ModelagemImplementação do Servidor
11/10 André e Thiago
![Page 28: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/28.jpg)
![Page 29: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/29.jpg)
Tarefa Prazo Previsto
Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Levantamento de RequisitosEscolher da linguagem
31/08 30/09 Equipe de Desenvolvimento de Interface
Viabilidade de ferramentas e material de estudo
31/08 30/09 Equipe de Desenvolvimento de Interface
![Page 30: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/30.jpg)
Tarefa Prazo Previsto
Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Tarefas de EstudoApi das linguagens web e linguagem padrão: CSS, HTML
20/08 30/09 Devido a realocação
Paulo OrlandoJonathan
Estudo da linguagem do servidor
20/08 - Dependência da escolha do servidor
Paulo OrlandoJonathan
![Page 31: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/31.jpg)
Tarefa Prazo Previsto
Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Tarefa de ModelagemCriar prototipagem 1.0
16/9 21/09 Paulo OrlandoJonathan
Criar prototipagem 2.0
28/9 - Paulo OrlandoJonathan
![Page 32: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/32.jpg)
Tarefa Prazo Previsto
Novo Prazo Efetivamente Realizado
Problemas Responsável
Levantamento de RequisitosAnalisa os requisitos com o cliente
21/09 30/09 Problema de reunião
Paulo OrlandoJonathan
![Page 33: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/33.jpg)
![Page 34: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/34.jpg)
Tarefa Prazo Previsto Responsável
Teste de ferramentas/Testes das APIS
06/10 Equipe de Desenvolvimento de Interface
Reuniões com os clientes 06/10 Equipe de Desenvolvimento de Interface
Prototipagem 2.0 06/10 Equipe de Desenvolvimento de Interface
![Page 35: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/35.jpg)
Software de Imagens: Adobe Fireworks Corel Drawn MovieGear4
Linguagens de Programação Ajax JavaScript HTML CSS
Adobe FlexBuilder Professional/Aptana/DreamweaverCS4 – IDES
![Page 36: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/36.jpg)
IDES Adobe FlexBuilder Professional Aptana DreamweaverCS4
![Page 37: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/37.jpg)
Uma Interface organizada. Respostas Organizadas Entradas que aceitem mais de um contig Privacidade no Banco de Dados Usar formato FASTA Velocidade de análise das sequências de
DNAS Sem penalidades temporais
![Page 38: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/38.jpg)
Melhora no fluxo da informação Interface com Diversos Bancos de
Dados Atualização automática do Banco de
Dados Mundial Colocar dados Estatísticos
![Page 39: DNA Seqüenciamento Alinhamento 1 - Introdução Usuário Cenário atual 2 - Problema Nossa Solução Nossa Proposta 3 - Solução](https://reader035.vdocuments.mx/reader035/viewer/2022070312/552fc172497959413d8ee73c/html5/thumbnails/39.jpg)
10 horas semanais