diŞki harİcİndekİ gastroİntestİnal sİstem Örneklerİnİn ... · a new colorimetric culture...
TRANSCRIPT
DIŞKI HARİCİNDEKİGASTROİNTESTİNAL SİSTEM
ÖRNEKLERİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ
DIŞKI HARİCİNDEKİGASTROİNTESTİNAL SİSTEM
ÖRNEKLERİNİN DEĞERLENDİRİLMESİProf. Dr. Meltem Yalınay Çırak
Gazi Üniversitesi Tıp FakültesiTıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Klinik Mikrobiyoloji UygulamalarıKlinik Örnekten Sonuç Raporuna “Gastrointestinal Sistem Örnekleri”
17 Aralık 2010 Ankara
Olgu 1
45 yaşında erkek hasta, 2 aydan beri devameden kusma ve üst karın ağrısı. Kahve ve alkolalınca durumu kötüleşmekte. Epigastrikhassasiyet. Rektal muayenede dışkıda gizli kanpozitif. Hemogram hafif hipokromik mikrositikanemi
45 yaşında erkek hasta, 2 aydan beri devameden kusma ve üst karın ağrısı. Kahve ve alkolalınca durumu kötüleşmekte. Epigastrikhassasiyet. Rektal muayenede dışkıda gizli kanpozitif. Hemogram hafif hipokromik mikrositikanemi
• Tanı: Peptik ülser• Örnek: Mide biyopsi örneği• Mikroorganizma: Helicobacter pylori
HelicobacterHelicobacter pyloripylori Mikrobiyolojik TanısıMikrobiyolojik Tanısı
Helicobacter pylori saptanmasıİnvaziv yöntemlerNon-invaziv yöntemler
Antimikrobiyal duyarlılık testleri
Helicobacter pylori saptanmasıİnvaziv yöntemlerNon-invaziv yöntemler
Antimikrobiyal duyarlılık testleri
İnvazivİnvaziv yöntemleryöntemler
KültürHistopatolojik tanıÜreaz testleriMoleküler yöntemler
KültürHistopatolojik tanıÜreaz testleriMoleküler yöntemler
KültürMide biyopsi örneği
• 2 korpus 2 antrum örneği (endoskopiden 2 haftaönce antibiyotik ve PPI ilaçların kesilmesi)
• Taşıma besiyeri (%20 gliserol içeren- Brucella buyyon)• 2 ml steril serum fizyolojik• Hemen gönderilmeli, bekleyecekse +4 oC'de, 5 saate
kadar
• 2 korpus 2 antrum örneği (endoskopiden 2 haftaönce antibiyotik ve PPI ilaçların kesilmesi)
• Taşıma besiyeri (%20 gliserol içeren- Brucella buyyon)• 2 ml steril serum fizyolojik• Hemen gönderilmeli, bekleyecekse +4 oC'de, 5 saate
kadar
Mikroskopik inceleme
Mide biyopsi örneği
Örnek alınması ve hazırlanması
• Doku nazikçe kıyılır• %5-7 at veya koyun kanı içeren Brucella, beyin
kalp infüzyon veya triptik soy agar• 37oC'de mikroaerofilik atmosferde (%5-10
karbondioksit, %80-90 nitrojen, %5-10 oksijen)5-7 gün
Örnek alınması ve hazırlanması
• Doku nazikçe kıyılır• %5-7 at veya koyun kanı içeren Brucella, beyin
kalp infüzyon veya triptik soy agar• 37oC'de mikroaerofilik atmosferde (%5-10
karbondioksit, %80-90 nitrojen, %5-10 oksijen)5-7 gün
• Vankomisin 6 mg/l• Trimetoprim 2,5 mg/l• Sefsulodin 2,5 mg/l• Polimiksin B 50000 IU/l• Amfoterisin B 2 mg/l
• Vankomisin 6 mg/l• Trimetoprim 2,5 mg/l• Sefsulodin 2,5 mg/l• Polimiksin B 50000 IU/l• Amfoterisin B 2 mg/l
1. Örnek alınması2. Örnekteki bakteri yoğunluğu3. Örneğin transport şekli4. Örneğin ekimden önce uygun şekilde
hazırlanması5. Antibiyotik kullanımı6. PPI kullanımı7. Kanama
Kültürde Başarıyı Etkileyen Faktörler!!!!Kültürde Başarıyı Etkileyen Faktörler!!!!Kültürde Başarıyı Etkileyen Faktörler!!!!Kültürde Başarıyı Etkileyen Faktörler!!!!
1. Örnek alınması2. Örnekteki bakteri yoğunluğu3. Örneğin transport şekli4. Örneğin ekimden önce uygun şekilde
hazırlanması5. Antibiyotik kullanımı6. PPI kullanımı7. Kanama
Kültür
Mide biyopsi örnekleriEndoskopiNarrow band imagingEndosistoskopiKonfokal lazer endomikroskopi (topikalakriflavin, IV fluoresein)
Diğer (gastrik sıvı, kan, karaciğer vs.)String test (gastrik mukus)Oro-gastrik fırçalama
Mide biyopsi örnekleriEndoskopiNarrow band imagingEndosistoskopiKonfokal lazer endomikroskopi (topikalakriflavin, IV fluoresein)
Diğer (gastrik sıvı, kan, karaciğer vs.)String test (gastrik mukus)Oro-gastrik fırçalama
Fenotipik tanımlamaAntimikrobiyal duyarlılıkGenomik çalışmalar için en uygun örnek
Duyarlılık %77-95Özgüllük %100
Histopatolojik tanıDirekt boyama
Hematoksilen-EozinWarthin-Starry gümüşlemeAkridin oranjGiemza
Floresans antikorFISH (Fluorescence in situ hybridization)
16S rRNA geni
Direkt boyamaHematoksilen-EozinWarthin-Starry gümüşlemeAkridin oranjGiemza
Floresans antikorFISH (Fluorescence in situ hybridization)
16S rRNA geni
Duyarlılık %93-98Özgüllük %95-98
Üreaz testleri
Agar esaslı (CLO test-1 saatte %70-80 duyarlılık,24 saatte %90-95 duyarlılık)
Üre ve pH’ya duyarlı boyaYanlış pozitif üre parçalayan diğer organizmalarYanlış negatif az sayıda mikroorganizma
Agar esaslı (CLO test-1 saatte %70-80 duyarlılık,24 saatte %90-95 duyarlılık)
Üre ve pH’ya duyarlı boyaYanlış pozitif üre parçalayan diğer organizmalarYanlış negatif az sayıda mikroorganizma
Strip- esaslı (PyloriTek-2 saatte %99 duyarlılık
%95 özgüllük)
Strip- esaslı (PyloriTek-2 saatte %99 duyarlılık
%95 özgüllük)
Moleküler yöntemlerPCR esaslı yöntemlerle H.pylori saptanması (standart PCR, RT-PCR, gerçek zamanlı PCR)(2 korpus, 2 antrum)
H.pylori enfeksiyonlarının tanısında ve antimikrobiyal direncin gösterilmesindeH.pylori kantitasyonu (103 hedef kopya)
Sonuç süresi: 48 saat
PCR esaslı yöntemlerle H.pylori patojenik faktörlerininsaptanması
cagPAIvacAbabA2, sabAoipA, dupA, iceA
PCR esaslı yöntemlerle H.pylori saptanması (standart PCR, RT-PCR, gerçek zamanlı PCR)(2 korpus, 2 antrum)
H.pylori enfeksiyonlarının tanısında ve antimikrobiyal direncin gösterilmesindeH.pylori kantitasyonu (103 hedef kopya)
Sonuç süresi: 48 saat
PCR esaslı yöntemlerle H.pylori patojenik faktörlerininsaptanması
cagPAIvacAbabA2, sabAoipA, dupA, iceA
Duyarlılık %95-99Özgüllük %95-98Cirak MY, Akyön Y, Megraud F. Diagnosis ofHelicobacter pylori. Helicobacter. 2007 Oct;12 Suppl1:4-9.
PCR esaslı yöntemlerleH.pylori saptanması
mide biyopsi örneklerinde16S RNA geniureAglmM (ureC)26 kDa antijen (tsaA)
bakterinin ve klaritromisin direncine neden olan 23SRNA’daki mutasyonların gerçek zamanlı PCR ilegösterilmesi
mide biyopsi örneklerinde16S RNA geniureAglmM (ureC)26 kDa antijen (tsaA)
bakterinin ve klaritromisin direncine neden olan 23SRNA’daki mutasyonların gerçek zamanlı PCR ilegösterilmesi
Helicobacter pylori’de makrolid direncinden sorumlu 23SrDNA mutasyonlarının moleküler “beacon” ile saptanması
FAM kanalı
Meltem Yalınay Çırak, Doruk Engin, Selahattin Ünal, Şükrü Dumlu, Sevgi Türet
FAM kanalı
JOE kanalı
Antimikrobiyal Duyarlılık Testleri
GlikopeptidlerSefsulodinPolimiksinlerNalidiksik asitTrimetoprimSulfonamidlerNistatinAmfoterisin BSiklohekzimid
β-laktamlarFosfomisinMakrolidlerAminoglikozidlerTetrasiklinlerKloramfenikolRifampinFlurokinolon5-nitroimidazolNitrofuran
İntrensek olarakDİRENÇLİ
GlikopeptidlerSefsulodinPolimiksinlerNalidiksik asitTrimetoprimSulfonamidlerNistatinAmfoterisin BSiklohekzimid
β-laktamlarFosfomisinMakrolidlerAminoglikozidlerTetrasiklinlerKloramfenikolRifampinFlurokinolon5-nitroimidazolNitrofuran
İntrensek olarakDİRENÇLİ DUYARLI
pH’a göre MIC90 (mg/L)Etken madde
7.5 6.0 5.5
Penisilin 0.03 0.5 0.5Ampisilin 0.06 0.25 0.5Sefaleksin 2 16 32Eritromisin 0.06 2 8Klaritromisin 0.03 0.06 0.25Siprofloksasin 0.12 0.5 2Tetrasiklin 0.12 0.25 0.5Nitrofurantoin 1 2 2Metronidazol 2 2 2Bizmut subsitrat 16 8
Çeşitli antibiyotiklerin H. pylori MIC90 dağılımı
pH’a göre MIC90 (mg/L)Etken madde
7.5 6.0 5.5
Penisilin 0.03 0.5 0.5Ampisilin 0.06 0.25 0.5Sefaleksin 2 16 32Eritromisin 0.06 2 8Klaritromisin 0.03 0.06 0.25Siprofloksasin 0.12 0.5 2Tetrasiklin 0.12 0.25 0.5Nitrofurantoin 1 2 2Metronidazol 2 2 2Bizmut subsitrat 16 8
Goodwin, C. S., P. Blake, and E. Blincow. 1986. The minimum inhibitory and bactericidal concentrations ofantibiotics and anti-ulcer agents against Campylobacter pyloridis. J. Antimicrob. Chemother. 17:309–314.
Fenotipik Yöntemler
Agar dilüsyon yöntemi (CLSI)Klaritromisin
0.25 µG/ml duyarlı>0.5 µG/ml dirençli
– Amoksisilin0.25-0.5 µG/ml
Tetrasiklin2 µG/ml
– Rifabutin1 µG/ml
– Siprofloksazin1 µG/ml
Agar dilüsyon yöntemi (CLSI)Klaritromisin
0.25 µG/ml duyarlı>0.5 µG/ml dirençli
– Amoksisilin0.25-0.5 µG/ml
Tetrasiklin2 µG/ml
– Rifabutin1 µG/ml
– Siprofloksazin1 µG/ml
Glupczynski, Y., N. Broutet, A. Cantagrel, L. P. Andersen, T. Alarcon, M. Lopez Brea, and F. Megraud. 2002. Comparison of the E test andagar dilution method for antimicrobial suceptibility testing of Helicobacter pylori.Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 21:549–552.
Sıvı dilüsyon yöntemiBreakpoint duyarlılık testiDisk diffüzyon testiE-test (Epsilometer-test)
Sıvı dilüsyon yöntemiBreakpoint duyarlılık testiDisk diffüzyon testiE-test (Epsilometer-test)
Genotipik yöntemler
Antibiyotik İlgili gen
Makrolid……………………………………….. rrn 23SMetronidazol………………………………….. rdxA, frxAKinolon………………………………………… gyrARifampin………………………………………. rpoBAmoksisilin……………………………………. pbp1Tetrasiklin……………………………….......... rrn 16S
Helicobacter pylori’de antibiyotik direnci ile ilişkili genler
Antibiyotik İlgili gen
Makrolid……………………………………….. rrn 23SMetronidazol………………………………….. rdxA, frxAKinolon………………………………………… gyrARifampin………………………………………. rpoBAmoksisilin……………………………………. pbp1Tetrasiklin……………………………….......... rrn 16S
PCR-RFLPGerçek zamanlı PCR3’ mismatched PCR3’ mismatched reverse PCRINNO-LIPASekanslama, pirosekanslamaOligonucleotide ligation assayDNA enzyme immunoassayMicroelectronic chip assayFISH
PCR-RFLPGerçek zamanlı PCR3’ mismatched PCR3’ mismatched reverse PCRINNO-LIPASekanslama, pirosekanslamaOligonucleotide ligation assayDNA enzyme immunoassayMicroelectronic chip assayFISH
Yöntem Maliyet
İnvaziv testlerMoleküler testler ++++Kültür +++Histopatoloji +++Üreaz ++
NoninvazivÜNT +++Fekal antijen testler +++Seroloji +
Testler ve Maliyet
Yöntem Maliyet
İnvaziv testlerMoleküler testler ++++Kültür +++Histopatoloji +++Üreaz ++
NoninvazivÜNT +++Fekal antijen testler +++Seroloji +
Olgu 2
5 yaşında erkek hasta, öksürük, kilo kaybı vegece terleme şikayeti ile başvuruyor. Akciğermuayenesinde diffüz olarak azalan nefes almasesleri ve akciğer grafisinde konsolidasyon,mediastinal lenfadenopati görülmekte, hastabalgam çıkaramıyor
5 yaşında erkek hasta, öksürük, kilo kaybı vegece terleme şikayeti ile başvuruyor. Akciğermuayenesinde diffüz olarak azalan nefes almasesleri ve akciğer grafisinde konsolidasyon,mediastinal lenfadenopati görülmekte, hastabalgam çıkaramıyor
• Tanı: Akciğer tüberkülozu (çocukluk çağı) (%5-40)
• Örnek: Açlık mide sıvısı• Mikroorganizma:
– Mycobacterium tuberculosis
• Tanı: Akciğer tüberkülozu (çocukluk çağı) (%5-40)
• Örnek: Açlık mide sıvısı• Mikroorganizma:
– Mycobacterium tuberculosis
• Örnek: Açlık mide sıvısı (Balgam, BAL)• Klasik tanı yöntemleri
– Mikroskobik inceleme (EZN, florokrom boyalar)– Kültür yöntemleri
• Geleneksel kültür yöntemleri• Hızlı tanı yöntemleri
• Moleküler tanı yöntemleri• İmmünolojik tanı yöntemleri• Duyarlılık testleri
• Örnek: Açlık mide sıvısı (Balgam, BAL)• Klasik tanı yöntemleri
– Mikroskobik inceleme (EZN, florokrom boyalar)– Kültür yöntemleri
• Geleneksel kültür yöntemleri• Hızlı tanı yöntemleri
• Moleküler tanı yöntemleri• İmmünolojik tanı yöntemleri• Duyarlılık testleri
Tüberkülozun kesin tanısıbakteriyolojiktir.
Tüberkülozun kesin tanısıbakteriyolojiktir.
Mikrobiyolojik tanı yöntemleri
Klasik tanı yöntemleriMikroskobik incelemeKültür yöntemleri
Geleneksel kültür yöntemleriHızlı tanı yöntemleri
Moleküler tanı yöntemleriİmmünolojik tanı yöntemleriDuyarlılık testleri
Klasik tanı yöntemleriMikroskobik incelemeKültür yöntemleri
Geleneksel kültür yöntemleriHızlı tanı yöntemleri
Moleküler tanı yöntemleriİmmünolojik tanı yöntemleriDuyarlılık testleri
Klasik Tanı yöntemleriÖrnek alınması ve işlenmesiMikroskopik inceleme
BoyamaEhrlich-Ziehl-NeelsenKinyounFlorokrom
Kültür yöntemleriGeleneksel kültür yöntemleri
KatıSıvı
Hızlı tanı yöntemleriKatıSıvı
Tanımlama
Örnek alınması ve işlenmesiMikroskopik inceleme
BoyamaEhrlich-Ziehl-NeelsenKinyounFlorokrom
Kültür yöntemleriGeleneksel kültür yöntemleri
KatıSıvı
Hızlı tanı yöntemleriKatıSıvı
Tanımlama
Örnek alınması ve işlenmesiERİŞKİN
BalgamEndotrakeal aspirasyonBronkoalveolar lavaj sıvısıAkciğer biyopsi örneğiPlevral sıvıGastrik aspirasyon sıvısıLenf noduKemik iliğiBOSKanKaraciğerPeritoneal sıvıİdrarDışkı
ÇOCUK
Gastrik aspirasyon sıvısı[Kapsül yutma test (string test)]Balgamİndükte balgamNasofaringeal aspirasyonBronkoalveolar lavaj sıvısıKan Kemik iliğiBOSİnce iğne biyopsi materyaliİdrarDışkı
ERİŞKİN
BalgamEndotrakeal aspirasyonBronkoalveolar lavaj sıvısıAkciğer biyopsi örneğiPlevral sıvıGastrik aspirasyon sıvısıLenf noduKemik iliğiBOSKanKaraciğerPeritoneal sıvıİdrarDışkı
ÇOCUK
Gastrik aspirasyon sıvısı[Kapsül yutma test (string test)]Balgamİndükte balgamNasofaringeal aspirasyonBronkoalveolar lavaj sıvısıKan Kemik iliğiBOSİnce iğne biyopsi materyaliİdrarDışkı
Açlık mide sıvısıMide aspirasyon sıvısı
• 3 gün üst üste alınan örnek (1 ml, yataktankalkmadan aç karnına, 15-20 ml serumfizyolojik verilip geri alınarak)
• Örnek içine 1 damla brom timol ve %4 sodyumhidroksitle titre edilir
• 4 saat içinde işleme konulmayacaksa 100 mgsodyum karbonat içeren steril kaplara alınmalı
• 3 gün üst üste alınan örnek (1 ml, yataktankalkmadan aç karnına, 15-20 ml serumfizyolojik verilip geri alınarak)
• Örnek içine 1 damla brom timol ve %4 sodyumhidroksitle titre edilir
• 4 saat içinde işleme konulmayacaksa 100 mgsodyum karbonat içeren steril kaplara alınmalı
Örnek alınması ve işlenmesi
HomojenizasyonDekontaminasyon
N-Asetil-L Sistein-NaOH (NaCl-OH)%4’lük NaOH%5’lik oksalik asitSülfürik asit metoduSetilpiridinyum klorid-sodyum klorid metodu (CPC)
Konsantrasyon
HomojenizasyonDekontaminasyon
N-Asetil-L Sistein-NaOH (NaCl-OH)%4’lük NaOH%5’lik oksalik asitSülfürik asit metoduSetilpiridinyum klorid-sodyum klorid metodu (CPC)
Konsantrasyon
Mikroskopik inceleme
Duyarlılık %50-80Lokal infiltrasyon %32Kaviter tüberküloz %52
AIDS(+) tüberküloz %45AIDS (-) tüberküloz %81
Özgüllük %99.8
Duyarlılık %50-80Lokal infiltrasyon %32Kaviter tüberküloz %52
AIDS(+) tüberküloz %45AIDS (-) tüberküloz %81
Özgüllük %99.8
Boyama
Ehrlich-Ziehl-NeelsenKinyounFlorokrom (auromin-rodamin)
5000-10000 basil/ml
EZN
UcuzUygulaması kolayPPV >90Özgüllük >98
Florokrom boyalar
PahallıDaha duyarlıToksik
EZN
UcuzUygulaması kolayPPV >90Özgüllük >98
Florokrom boyalar
PahallıDaha duyarlıToksik
EZN boyamayönteminin her haftapozitif bir suş
Florokrom boyayönteminin ise herhafta pozitif ve negatifsuşlar ile çalışılarakkalite kontrolüyapılmalı
EZN boyamayönteminin her haftapozitif bir suş
Florokrom boyayönteminin ise herhafta pozitif ve negatifsuşlar ile çalışılarakkalite kontrolüyapılmalı
EZN(x1000)
Florokrom(x250)
Sonuç
ARB (-)/ 300 alan ARB (-)/ 30 alan ARB (-)
1-2 ARB/ 300 alan 1-2 ARB/ 30 alan Şüpheli
Boyama yöntemine göre ARB Kantitasyonu
1-2 ARB/ 300 alan 1-2 ARB/ 30 alan Şüpheli
1-9 ARB/ 100 alan 1-9 ARB/ 10 alan 1+
1-9 ARB/ 10 alan 1-9 ARB/ alan 2+
1-9 ARB/ alan 10-90 ARB/ alan 3+
>9 ARB/ alan >90 ARB/ alan 4+
Kültür yöntemleri
10 basil/mlDuyarlılık %80-93Özgüllük %98
Tür tanımlamaDuyarlılık testleriGenomik çalışmalar
10 basil/mlDuyarlılık %80-93Özgüllük %98
Tür tanımlamaDuyarlılık testleriGenomik çalışmalar
Kültür yöntemleri
Geleneksel kültür yöntemleriKatı (Yumurta bazlı ve agar bazlı)Sıvı
Hızlı tanı yöntemleriKatıSıvı (otomatize sistemler)
Geleneksel kültür yöntemleriKatı (Yumurta bazlı ve agar bazlı)Sıvı
Hızlı tanı yöntemleriKatıSıvı (otomatize sistemler)
Geleneksel kültür yöntemleri
KatıYumurta bazlı bütün yumurta veya yumurta sarısı,
patates unu, tuz ve gliserolLöwenstein-Jensen besiyeri (18-24 gün- 8 hafta)Petragnani besiyeriAmerican Trudeau Society besiyeri
Agar bazlıMiddlebrook 7H10 (10-12 gün)Middlebrook 7H11
SıvıMiddlebrook 7H9MODS (Microscopic Observation Drug SusceptibilityAssay - Mikroskobik inceleme İlaç Duyarlılığı Testi)
KatıYumurta bazlı bütün yumurta veya yumurta sarısı,
patates unu, tuz ve gliserolLöwenstein-Jensen besiyeri (18-24 gün- 8 hafta)Petragnani besiyeriAmerican Trudeau Society besiyeri
Agar bazlıMiddlebrook 7H10 (10-12 gün)Middlebrook 7H11
SıvıMiddlebrook 7H9MODS (Microscopic Observation Drug SusceptibilityAssay - Mikroskobik inceleme İlaç Duyarlılığı Testi)
Hızlı tanı yöntemleriKatı
TK besiyeri
Sıvı (Otomatize kültür sistemleri)
BACTECMGITMB/BacTBifazik Septi-check AFBESP MYCO
KatıTK besiyeri
Sıvı (Otomatize kültür sistemleri)
BACTECMGITMB/BacTBifazik Septi-check AFBESP MYCO
TK besiyeri(Salubris)
Kolorimetrik esaslı sistemKullanımı kolay, renk değişikliği ile kısa süredesonuç (2 hafta)Ko-enfekte olan hastalar ve çocuklardan alınanher türlü örnek
Kolorimetrik esaslı sistemKullanımı kolay, renk değişikliği ile kısa süredesonuç (2 hafta)Ko-enfekte olan hastalar ve çocuklardan alınanher türlü örnek
Kocagoz T, O’Brien R, Perkins M,A new colorimetric culture system for the diagnosis of tuberculosis.
Int J Tuberc Lung Dis. 2004 Dec;8(12):1512.
Sıvı(Otomatize kültür sistemleri)
BACTEC 460 TB Sistemi (radyometrik esaslı sistem) (BectonDickinson Microbiology Systems, Sparks, MD)
Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) 960 Sistemi(floresans esaslı sistem)
BACTEC 9000 MB Sistemi (floresans esaslı sistem)
BacT/ALERT MB (MB/BacT) Sistem (kolorimetrik esaslı sistem)(Organon Teknika, Durham, NC)
BACTEC 460 TB Sistemi (radyometrik esaslı sistem) (BectonDickinson Microbiology Systems, Sparks, MD)
Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) 960 Sistemi(floresans esaslı sistem)
BACTEC 9000 MB Sistemi (floresans esaslı sistem)
BacT/ALERT MB (MB/BacT) Sistem (kolorimetrik esaslı sistem)(Organon Teknika, Durham, NC)
Avantaj1-4 hafta
İlaç duyarlılık süresinikısaltır
Tür tanımlama süresinikısaltır
İş yükünü azaltır
DezavantajPahallı
Özel ekipman gerekmekte
Avantaj1-4 hafta
İlaç duyarlılık süresinikısaltır
Tür tanımlama süresinikısaltır
İş yükünü azaltır
Tanımlama yöntemleri
Kord faktör oluşumuMacConkey agarda, kanlı agarda üreme testiNAP (p-nitro-α-acetylamino-β- hydro-xypropiophenone) testi
Biyokimyasal testlerNiasin testiNitrat redüksiyonuKatalaz testiPirazinamidaz testi,Thiophene-2 karboksilik asit hidrazid testi
Moleküler testler (PCR-RFLP, Spoligotipleme,Nükleik asithibridizasyon, dizi analizi)HPLC (>50 ayırım, M.tuberculosis ve M. bovis’i, ayıramaz)
Kord faktör oluşumuMacConkey agarda, kanlı agarda üreme testiNAP (p-nitro-α-acetylamino-β- hydro-xypropiophenone) testi
Biyokimyasal testlerNiasin testiNitrat redüksiyonuKatalaz testiPirazinamidaz testi,Thiophene-2 karboksilik asit hidrazid testi
Moleküler testler (PCR-RFLP, Spoligotipleme,Nükleik asithibridizasyon, dizi analizi)HPLC (>50 ayırım, M.tuberculosis ve M. bovis’i, ayıramaz)
Moleküler Tanı
• Gerçek zamanlı PZR (IS 6110)
Sonuç süresi: 24-48 saat
Mycobacterium tuberculosis pozitif örnek
Mycobacterium tuberculosis negatif örnek
Olgu 3
4 yaşındaki kız çocuk kreşte yediği pastadan 3saat sonra şiddetli kusma, ishal, ateşşikayetleri ile acil servise başvuruyor. Acilserviste aynı kreşten 3 çocuk daha tedavialtında
4 yaşındaki kız çocuk kreşte yediği pastadan 3saat sonra şiddetli kusma, ishal, ateşşikayetleri ile acil servise başvuruyor. Acilserviste aynı kreşten 3 çocuk daha tedavialtında
• Tanı: Besin zehirlenmesi• Örnek: Gastrik içerik
Rektal sürüntü• En sık rastlanan patojen:
– Staphylococcus aureus
• Tanı: Besin zehirlenmesi• Örnek: Gastrik içerik
Rektal sürüntü• En sık rastlanan patojen:
– Staphylococcus aureus
Örnek: Gastrik içerikRektal sürüntü
Taşıma:Genel taşıma besiyeri (Stuart)
Mikroskobik inceleme: Gram boyama
Kültür: Kanlı agarKantitatif kültür
Örnek: Gastrik içerikRektal sürüntü
Taşıma:Genel taşıma besiyeri (Stuart)
Mikroskobik inceleme: Gram boyama
Kültür: Kanlı agarKantitatif kültür