diagnostic rapide de la shigellose - pathexo.fr · • smia - mp s. etapes • caractérisation et...
TRANSCRIPT
Diagnostic rapide de la shigellose Evelyne Bégaud1, Yves Germani2
1 [email protected] - Centre de Ressources Biologiques, Institut Pasteur, 25 28 rue du Dr Roux, 75724 Paris Cedex 15, France
- Unité Pathogénie Microbienne Moléculaire, Institut Pasteur, 28 rue du Dr Roux, 75724 Paris Cedex 15, France - BioSpeedia, Institut Pasteur, 25 rue du Dr Roux, 75724 Paris Cedex 15, France
Typhoide 17 000 000 cas / an
Mortalité : 600 000 / an
Diarrheogenic E. coli 650 000 000 cas / an
Mortalité : 380 000 / an
Rotavirus 130 000 000 / an
Mortalité : 650 000 / an
Shigella 1, 2
140 millions de cas / an (5 à 15% des cas de diarrhée) Mortalité : 600 000 – 1 000 000 / an (2/3 d’enfants)
• S. flexneri est plus répandue dans les pays en développement (sérotype 2a) • S. sonnei prévalente dans les pays industrialisés • S. dysenteriae 1, forme épidémique (PED) – toxine Shiga – pronostic sévère 1 http://www.invs.sante.fr/publications/2005/snmi/pdf/shigelloses.pdf 2 Schroeder, G. N., & Hilbi, H. (2012). Clinical Microbiology Reviews, doi:10.1128/CMR.00032-07
Cholera 5 000 000 cas / an
Mortalité : 120 000 / an
CNR Institut Pasteur – 2011 (570 Shigella spp de France métropolitaine) 3 : S. sonnei (270) : 47 % S. flexneri (237) : 42 % (30 % de S. flexneri 2a)
3 http://www.pasteur.fr/ip/resource/filecenter/document/01s-00004r-01b/rapport-annuel-2011--cnr-es-version-dxc3xa9finitive-.pdf
De la coproculture en 4 étapes (48/72 heures)
Isolements Enrichissements
Identification – sérogroupage antibiogramme Prélèvement
Examens directs typage
Objectifs
12 to 24 h
12 to 24 h
12 to 24 h
au diagnostic direct immunochromatographique en 15 minutes en une étape
- Simple à utiliser - Robuste - Bas prix - Stable à 25 deg C
HISTORIQUE ACIP 2004 - Diagnostic d’urgence de la dysenterie et des colites hémorragiques
PTR 179 - An emergency diagnosis for bloody diarrhea
• Unité Pathogénie Microbienne Moléculaire - Y. Germani, A. Phalipon, C. Parsot, P. Sansonetti • Unité Biologie Cellulaire du Parasitisme - N. Guillen, M. Seigneur • Plate-Forme 5 / Production de Protéines Recombinantes et d’Anticorps - E. Fournié Amazouz, F. Nato • ICAREB - M. N. Ungeheuer, C. Ottone • Unité d’Épidémiologie des Maladies Emergentes - A. Fontanet, M. Vray • CRBIP & CNR Shigelles, Salmonelles, E. coli - F.X. Weill • Institut Cantacuzène - N. Bucurenci • Institut Pasteur de Madagascar - P. Combe, L. Rahalison • Institut Pasteur d’Ho Chi Minh Ville - N. Thi Phuong Lan • Institut Pasteur de Bangui - R. Bercion • Institut Pasteur de Dakar - B Garin • INRB Kinshasa / dispensaires de Bunia (RDC) - JJ. Koyengue, JC. Shako • PGIMER (Indes) - N. Taneeja • ICDDRB (Bengladesh) - B. Nair • Université de SANTIAGO (Chili) - V. Prado, C. Ducan
SSA - Programme de Recherche Clinique 34 – Valeur opérationnelle des bandelettes de diagnostic rapide de Shigella flexneri 2a.
Etude coordonnée associée au PTR 179/ACIP
• HIA Ste Anne-Toulon - MC Jérôme MASLIN • GMC Bouffard-Djibouti - MC Jérôme MASLIN • DIASS-Djibouti - MC C. Decam • 5ème RIAOM - MC D. Delasseau • 13ème DBLE - MC L. Journaux • SMIA - MP S.
ETAPES • Caractérisation et choix des cibles antigéniques • Production et purification des antigènes • Construction & sélection des AcM • Prototypes (essais sur souches et selles reconstituées)
– Temps optimal de lecture
• Organisation des sites de validations cliniques • Preuve de concept sur le terrain
– Confirmation du temps optimal de lecture
• Ajustement des prototypes si nécessaire • Production de lots pour les évaluations • Evaluation (STARD) – Référence : Copro / PCR • Si validation : … Pré-Industrialisation
S. flexneri 2a
Antigènes cibles du diagnosticS. dysenteriae (1) / S. flexneri (1b, 2a,3a, 6) / S. sonnei
LPS (diagnostic spécifique)
LPSUR
Antigène O Core Lipid A
n
O
O
OOHHO
Me
OO
HOHOMe
OO
OHOMe
ONHAcHO
OHO
HOOHO
HOOH
A
BC
DE'
Unité répétitive S. flexneri 2a
-3)-α-L-Rha-(1-4)-α-L-Rha-(1-2)-α-D-Gal-(1-4)-α-GlcNac-(1-
- Pathogènes - Cibles antigéniques du diagnostic
-3)-α-L-Rha-(1-3)-α-L-Rha-(1-2)-α-D-Gal-(1-3)-α-GlcNac-(1-
S. dysenteriae 1 S. sonnei phase 1
IcsA
Shigella spp
Sur souches et selles reconstitutées : aucun faux positif ou faux négatif
EVALUATIONS / VALIDATIONS
CFU/ml ng LPS / mL
S. dysenteriae 1
4.9 x 106
15
S. flexneri 2a
5 x 107
20
S. sonnei
4 x 106
5
Dipstick Test for Rapid Diagnosis of Shigella dysenteriae 1 in Bacterial Cultures and Its Potential Use on Stool Samples Neelam Taneja1, Faridabano Nato2, Sylvie Dartevelle2, Jean Marie Sire3, Benoit Garin3, Lan Nguyen Thi Phuong4, Tai The Diep4, Jean Christophe Shako5, François Bimet6, Ingrid Filliol7, Jean-Jacques Muyembe8, Marie Noelle Ungeheuer9, Catherine Ottone9, Philippe Sansonetti10, Yves Germani 10,11* 1 Department of Medical Microbiology, Postgraduate Institute of Medical Education and Research, Chandigarh, India, 2 Plate-Forme 5 - Production de Proteines recombinantes et d’Anticorps, Institut Pasteur, Paris, France, 3 Laboratoire de Biologie Médicale, Institut Pasteur de Dakar, Dakar, Sénégal, 4 Department of Immunology and Microbiology, Pasteur Institute of Ho Chi Minh City, Ho Chi Minh City, Vietnam, 5 Antenne Médicale de Bunia, Bunia, République Démocratique du Congo, 6 Centre de Ressources Biologiques, Institut Pasteur, Paris, France, 7 Centre National de Référence des Escherichia coli et Shigella, Unité´ de Recherche et d’Expertise des Bactéries Pathogènes Entériques, Institut Pasteur, Paris, France, 8 Institut National de Recherche Biomédicale, Kinshasa, République Démocratique du Congo, 9 Plate-forme Investigation Clinique et Accès aux Ressources Biologiques, Institut Pasteur, Paris, France, 10 Unité´ de Pathogénie Microbienne Moléculaire, Institut Pasteur, Paris, France, 11 BioSpeedia, Institut Pasteur, France
Dipstick for Rapid Diagnosis of Shigella flexneri 2a in Stool Faridabano Nato1, Armelle Phalipon2,3, Lan Phuong Thi Nguyen4, Tai The Diep4, Philippe Sansonetti2,3, Yves Germani2,3,5* 1 Plate-Forme 5-Production de Protéines Recombinantes et d’Anticorps, Institut Pasteur, Paris, France, 2 Unité de Pathogénie Microbienne Moléculaire, Institut Pasteur, Paris, France, 3 Unité Institut National de la Sante´ et de la Recherche Médicale (INSERM) 786, Paris, France, 4 Institut Pasteur, Ho Chi Minh City, Vietnam, 5 Réseau International, Institut Pasteur, Paris, France
Using Dipsticks; Comparison of Rectal Swabs, Direct Stool and Stool Culture Claudia Duran1, Faridabano Nato2, Sylvie Dartevelle2, Lan Nguyen Thi Phuong3, Neelam Taneja4, Marie Noëlle Ungeheuer5, Guillermo Soza6, Leslie Anderson6, Dona Benadof7, Agustín Zamorano7, Tai The Diep3, Truong Quang Nguyen8, Vu Hoang Nguyen8, Catherine Ottone5, Evelyne Bégaud9, Sapna Pahil4, Valeria Prado1, Philippe Sansonetti10, Yves Germani 10, 11* 1 Facultad de Medicina, Universidad de Chile, Santiago, Chile, 2 Institut Pasteur, Plate-Forme 5 - Production de Protéines recombinantes et d'Anticorps, Paris, France, 3 Pasteur Institute of Ho Chi Minh City, Department of Immunology & Microbiology, Ho Chi Minh City, Vietnam, 4 Department of Medical Microbiology, Postgraduate Institute of Medical Education and Research, Chandigarh, India, 5 Institut Pasteur, Plate-forme Investigation Clinique et Accès aux Ressources Biologiques, Paris, France, 6 Hospital Dr. Hernán Henríquez Temuco, Temuco, Chile, 7 Hospital Roberto del Río-Santiago, Región Metropolitana, Chili, 8 Paediatric Hospitals I, Ho Chi Minh City, Vietnam, 9 Institut Pasteur, Centre de Ressources Biologiques, Paris, France, 10 Institut Pasteur, Unité de Pathogénie Microbienne Moléculaire, INSERM U786, Paris, France 11 BioSpeedia, Institut Pasteur
EVALUATIONS / VALIDATIONS
Se (%) Sp (%) VPP (%) VPN (%) Concordance
HCMV 91.5 (95% CI: 83.6–99.4%)
99.2 (95% CI: 97.8–100%)
79.6 (95% CI: 69–90.3)
97 (95% CI: 89.6–100%)
92
Chili 83.3 100 100 99.7 99.7
S. flexneri 2a : Chili, Vietnam, France
TDR S. flexneri 2a –
Coprocultures
Positif Négatif Total
Positif 43 HCMV 10 Chili
11 HCMV 0 Chili
54 HCMV 10 Chili
TDR Négatif 4 HCMV 2 Chili
133 HCMV 734 Chili
137 HCMV 736 Chili
Total 47 HCMV 12 Chili
144 HCMV 734 Chili
191 HCMV 746 Chili
GMCB
Coprocultures (GMBC)
Positive Négative Total Positive 3 0 3 Negative 0 18 18
Total 3 18 21
SMIA
Coprocultures (GMBC)
Positive Négative Total Positive 3 0 3 Negative 0 44 44
Total 3 44 47
Djibouti / Opération 2007 rc 34
Valider ces tests en conditions réelles : sur le terrain, dans des pays à forte prévalence de diarrhées graves où séjournent des forces projetées. L’objectif n’est pas de déterminer leur sensibilité et leur spécificité déjà connues, mais d’évaluer leur valeur opérationnelle.
Infirmerie 13ème DBLE
Coproculture (GMBC)
Positive Négative Total Positive 5 1 6 Négative 0 17 17
Total 5 18 23
Se (%) Sp (%) VPP (%) VPN (%) Concordance (%) 100 98.7 91.6 100 98.9
Se (%) Sp (%) VPP (%) VPN (%) Concordance
91.7 (95% CI: 59.8–99.6%)
98.7
(95% CI: 96.6–99.6%)
73.3
(95% CI: 44.8–91.1%)
99.7
(95% CI: 98–100%)
98.4
TDR S. dysenteriae 1
Coprocultures TDR
Positif Négatif Total
Positif 11 4 15
Négatif 1 74 (India 2007) 43 (India 2009) 75 (Senegal) 48 (DRC) 48 (Vietnam) 24 (France)
312
Total 12 316 328
PATH (NGO) Program for Appropriate Technology in Health
Conclusions From these preliminary experiments, it is clear that the core antibody used in the test has both a very high sensitivity and specificity ... With a small amount of optimization, this could prove to be a strong and viable diagnostic device.
INRB Kinshasa / dispensaires de Bunia (RDC) MEMISA Belgique (épidémie de Zunguluka)
TDR S. sonnei
Se (%) Sp (%) VPP (%) VPN (%) Concordance
S. sonnei - 342 Ecouvillons
- 219 Selles
100
100
95.3 (95% CI: 92.9 - 97.7%)
96 (95% CI: 92–98%)
77 (95% CI: 65 - 86.5%)
72.4 (95% CI: 56.1–88.6%)
100
100
95.5
96.3
• S. Sonnei : Chili, Vietnam, Indes, France
Ecouvillons
/ TDR
Ecouvillons / Coprocultures
Positive Negative Total
Positive 47 14 61
Negative 0 281 281
Total 47 295 342
TDR
Coproculture
Positive Negative Total
Positive 8 (Chile) 6 (Vietnam)
7 (India)
3 (Chile) 3 (Vietnam)
2 (India)
29
Negative 0 40 (Chile) 51 (Vietnam) 51 (France) 48 (India)
190
Total 21 198 219
TDR Shigella spp (Chili)
Coproculture TDR Shigella spp
Total Observations
+ + 5 5 TDR Ss +
- - 38 38 TDR Ss Sf2a -
+ - 3 3 TDR Ss +
- + 5 5 TDR Ss + 51
• Présence de la ligne contrôle • Volume de selles • Type de tube, toujours en verre • Mouvement de l’écouvillon dans l’eau distillée • Respect du temps de lecture • Respect du temps entre la défécation et la réalisation du test
Tests en perspectives
KERP1 : a protein involved in the pathogenic process of Entamoeba histolytica
H D H D
25 kDa
50 kDa
75 kDa
Mouse anti-KERP1 monoclonal antibody
Mouse anti-actinmonoclonal antibody
The anti-KERP1 antibody is specific of Entamoeba histolytica
Total protein extractH = Entamoeba histolyticaD = Entamoeba dispar
Entamoeba histolytica
Seigneur M, Mounier J, Prevost MC, Guillén N. Cell Microbiol. 2005 Apr;7(4):569-79.
ECEH O157
Fraser, M. E. et al. J. Biol. Chem. 2004;279:27511-27517
Shiga tox, SLTX 1 & 2 (B sub) STEC EPEC
Oswald E. et al
19
Institut Pasteur (spin out) 25 rue du Dr Roux
75724 Paris Cedex 15 - FRANCE
www.biospeedia.com (in progress)
Diarrhée Méningite
(Peste)