deteksi dna dan protein
TRANSCRIPT
![Page 1: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/1.jpg)
Deteksi DNA dan Protein
![Page 2: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/2.jpg)
Deteksi DNADeteksi DNA (Elektroforesis gel agarosa)• Prinsip : migrasi partikel DNA pada medan
listrik• Pemisahan berdasarkan ukuran (massa
molekul) DNA atau compactness• Gel Agarosa digunakan sebagai media
pergerakan (running) DNA
gumilar
![Page 3: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/3.jpg)
Parameter yang mempengaruhilaju migrasi DNA• Ukuran molekul : Mr ∼ 1/log (Mw) g ( )• Konsentrasi agarosa : log (Mr) ∼ 1/[gel]• Konformasi DNA :
l d i l DNA (f I) t i ll– closed circular DNA (form-I) - typically supercoiled (plg cepat)
– nicked circular (form-II) – linear DNA (form-III) (plg lambat)
• Voltase yang diterapkan (biasanya 5 volt per cm panjang gel
gumilar
panjang gel
![Page 4: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/4.jpg)
Komponen elektroforesis gel agarosa• Sampel DNA
A ( l) li k id k l k di k t k• Agarosa (gel): polisakarida komplek yang diekstrakdari rumput laut. Konsentrasi: 0.5 sd 2%
• Etbr : agen pengkhelat DNAEtbr : agen pengkhelat DNA• Loading buffer, mengandung pemberat ex : gliserol• Running Buffer: memfasilitasi hantaran arus,
biasanya TAE atau TBE• Marker (penanda DNA)
gumilar
![Page 5: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/5.jpg)
PerlengkapanPerlengkapan •Alat elektroforesis (chamber)( )
•Power suppy
•Gel casting trays
•Transilluminator (an ultraviolet lightbox),
gumilar
![Page 6: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/6.jpg)
Prosedur elektroforesisProsedur elektroforesis• Simpan gel pada alat elektroforesis, lalu
tuangkan buffertuangkan buffer• Mix sampel dengan loading buffer, lalu
masukkan ke ‘sumur’ yang ada pada gel (hal y g p g (yg sama dilakukan untuk marker)
• Set voltase • Running • Periksa dibawah lampu uv
gumilar
p
![Page 7: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/8.jpg)
Contoh hasil elektroforesis
![Page 9: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/9.jpg)
Deteksi Protein
gumilar
![Page 10: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/10.jpg)
PAGEPAGE• PolyAcrylamide Gel Electrophoresis• Cara termudah untuk menguji kemurnian protein• Pada PAGE protein dijaga dalam bentuk native dan
ktifaktif• Pemisahan didasarkan pada muatan dan ukuran
proteinprotein
gumilar
![Page 11: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/11.jpg)
A lik i PAGEAplikasi PAGE• PAGE sangat sensitif thd proses-proses yangPAGE sangat sensitif thd proses proses yang
mempengaruhi konformasi dan muatan dari protein. Sehingga native PAGE dapat dimanfaatkan sbg alat
t k d t k iuntuk mendeteksi:– Perubahan muatan akibat degradasi kimia (ex: deaminasi)– Unfolded atau peristiwa perubahan konformasi lainnya– Oligomer atau agregat– Binding event (protein-protein atau protein ligan)
gumilar
![Page 12: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/12.jpg)
![Page 13: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/13.jpg)
SDS PAGESDS-PAGE• SDS:
• Protein terdenaturasi selama proseselektroforesis
gumilar• Pemisahan berdasarkan ukuran (BM)
![Page 14: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/14.jpg)
Penentuan berat molekul protein dengan SDS-PAGE
![Page 15: Deteksi DNA Dan Protein](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051415/55cf96ca550346d0338dcc13/html5/thumbnails/15.jpg)