custom taqman assay design tool - thermo fisher …...2 custom taqman assay design tool 1. custom...

Custom TaqMan Assay Design Tool

インターネットオーダー方法

20010/06/01

2

Custom TaqMan Assay Design Tool1. Custom TaqMan SNP Genotyping Assays P.5

2. Custom TaqMan Gene Expression Assays P.21

3. カスタムデザインでのオーダー P.30

4. デザイン済みアッセイの再注文 P.35

5. デザイン済みアッセイの閲覧 P.40

6. 関連資料 P.46

3

Custom TaqMan Assay Design Tool• Custom TaqMan Assay Design Toolとは？

− Custom TaqMan SNP Genotyping Assays及びCustom TaqMan Gene Expression Assaysのデザイン、オーダーを行うインターネットツールです。

4

Custom TaqMan Assay Design Tool• Custom TaqMan Assay Design Toolを利用するには？

− 以下のサイトへアクセスします。

https://www5.appliedbiosystems.com/tools/cadt/

• ユーザーIDをお持ちでない方は、以下のアプライドバイオシステムズジャパン社ホームページの『インターネットオーダーシステムご利用案内』よりユーザーIDの登録をお願いします。− 以下のサイトへアクセスします。

http://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/store/pages.jsp?PGCD=15

5

Custom TaqMan SNP Genotyping Assays

6

Custom TaqMan SNP Genotyping Assays• 以下のサイトへアクセスします。

− https://www5.appliedbiosystems.com/tools/cadt/

7


Order Custom Genotyping Assaysをクリック

8


配列名を入力英数字および.-,_で10文字以内この名前がチューブに記載されます。特徴的な名前を入力します。

1つの配列に複数のSNPｻｲﾄを入力できますが、ﾃﾞｻﾞｲﾝが最適である１つのｱｯｾｲのみ出荷されます。どのﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄでｱｯｾｲが構築されているかは、後述のSNP Nameから判断できます。複数のSNPｻｲﾄを入力する場合、SNP間が2塩基以上あいていないとﾃﾞｻﾞｲﾝすることができません。SNPｻｲﾄ上下流2bpはNを入力することはできません。

塩基配列を入力テキスト情報をコピー後Ctr+Vでペーストも可ATGCおよびNで入力（最低61bp 300bp以上推奨最大5000bp）SNPｻｲﾄから配列の両端へは30bp以上確保SNPｻｲﾄの指定例）[C/T]insertion deletionの指定例）[ATG/*] 最大6塩基までMNPの指定例）[TC/CT] 最大6塩基まで注意：配列内にある目的外のSNPはNでﾏｽｸします。

9


重要：

ヒトY染色体上のSNPアッセイは、Non-Human製品としてご注文ください。

②Check Formatをクリック

①生物種・スケールの選択

10


正確に入力した場合Validの表示になります。

配列中に複数のSNPを入力すると複数のSNPがアッセイの候補になります。

SNP Nameを入力

英数字4文字以内で入力します。

SNP Nameはチューブなどには記載されません。

Name（この例ではSNP001）がチューブやアッセイ情報に記載されます。

SNP＃は5’末端より何番目のSNPであるかを表します。

注意：NでSNPをマスクした場合は､そのSNPは数えません。

Submit For Assay Designをクリック

11


Username/Passwordは、

インターネットオーダー用のユーザーIDを使用（4ページ参照）

Username・Passwordを入力後、Loginをクリック

12

Assays オーダー方法デザイン開始

クリックで情報更新

Batch ID – デザインの受付番号です。

Refresh Batch List －クリックするとデザインの最新状況がわかります。

デザインを開始したお知らせのEmailも届きます。

13

Assays オーダー方法デザイン終了

Details – デザインの結果です。Passedしたアッセイをオーダーすることが出来ます。

Refresh Batch List －クリックするとデザインの最新状況がわかります。

デザインが終了したお知らせのEmailも届きます。

14

Assays オーダー方法Passed デザインのオーダー方法

Batch IDをクリックでDesign Resultsを表示

Batch ID – IDをクリックするとDesign Resultsが表示されます。

Design Results－Passedアッセイをオーダーできます。

Assay ID－Assay IDは自動的に割り当てられます。デザインの時に入力した配列名も表示されます。

15


①Addをクリック

②リストを確認

③Order Nowをクリック

16


①Sizeなどを確認 ②Add To Basketをクリック

Shopping Basketをクリック

17


更新 – ショッピングバスケット内の製品の

注文数を変更した場合、このボタンを押して下さい。

削除－注文した製品1つ、もしくは複数を削除することができます。

ご注文を先に進める場合、『ご注文プロセスを続ける』ボタンを押します。

18


お支払方法について

お支払方法のPurchas Orderの表示、Blanket Orderの空欄はそのままで変更しないでください。

お名前は、登録ユーザーのお名前を半角アルファベットでご入力ください。

お支払方法を入力後、次へをクリックします。

19


● ご注文を完了するには、ご注文をクリックします。

● 内容を修正したい場合は、戻るをクリックします。

重要：ご注文をクリック後、キャンセルすることは出来ません。

20


● ご注文ボタンを押すとご注文の確認ページが表示されます。

- ご注文が完了し、受注伝票番号が発行されます。

- 受注伝票番号が表示されます。番号をお控えください。

- 印刷用ページボタンを押すと印刷画面が表示されます。

- ご登録いただいたお客様のe-mailアドレスに確認メールが送信されます。

21

Custom TaqMan Gene Expression Assays

22

Custom TaqMan Gene Expression Assays• 以下のサイトへアクセスします。


Order Custom Gene Expression Assaysをクリック

23


入力した配列に対してTaqMan Gene Experssion Assaysと同様のバイオインフォ

マティック解析や他の生物種の転写産物を検出しないオプションを追加する場合にはCustom Plusを選択します。Custom Plusを選択した場合は納品時にはPrimer及びProbeの配列は非公開になります。

ターゲットの生物種を選択します。

24

Custom TaqMan Gene Expression Assays• Custom Plusを選択した場合は追加で特異性に関して選択を行います

（オプション）ターゲットの生物種とは別の生物種を1種類選択して、別の生物種の転写産物を検出しないアッセイをデザインします。トランスジェニック実験に有用です。

インフォマティック解析によって入力した配列のみを検出するアッセイをデザインするか、同じ遺伝子座に存在する他のスプライシングバリアントも検出するアッセイをデザインするかを選択します。

Custom Plusを選択した場合はPrimer及びProbeの配列は非公開になります。

25


塩基配列を入力テキスト情報をコピー後Ctr+Vでペーストも可ATGCおよびNで入力（最低61bp 300bp以上推奨最大5000bp）配列内にあるSNPはNでﾏｽｸﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄから配列の両端へは30bp以上確保

配列名を入力英数字および.-,_で10文字以内この名前がチューブに記載されます。特徴的な名前を入力します。

26


②Check Formatをクリック

①スケールの選択

27

Custom TaqMan Gene Expression Assays正確に入力した場合Validの表示になります。

1つの配列に複数のﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄを入力できますが、ﾃﾞｻﾞｲﾝが最適である１つのｱｯｾｲのみ出荷されます。チューブやアッセイ情報にはName（この例ではGA001）が記載されます。ﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄの上下流5bpには、Nを入力することはできません。

Target情報の入力

Target(Probeの位置)を指定しない場合は、Automaticを選択します。

自動設定されます。

Target(Probeの位置)を指定する場合は､Manualを選択します。

Target Positionには､ 5’末端より何塩基目がﾀｰｹﾞｯﾄｻｲﾄであるかを入力。

Target Nameには、ﾀｰｹﾞｯﾄ名を英数字4文字以内で入力。

複数のTargetを指定しても､ﾃﾞｻﾞｲﾝが最適である１つのｱｯｾｲのみ出荷されます。

Targetの追加が可能

28


Submit For Assay Designをクリック

29





• ご注文の続きは、P.12 Assays オーダー方法を参照ください

30

カスタムデザインでのオーダー

31

カスタムデザインでのオーダー• 以下のサイトへアクセスします。


目的AssaysのEnter Custom Primer/Probe Pairをクリック

32

カスタムデザインでのオーダー• Primer/Probeの入れ値を入力します

AssayName/Primer/Probe情報を入力後Check Formatをクリック

注：TaqManGeneExpression製品の

カスタムデザイン画面には、Probe2の入力項目はございません。

33

カスタムデザインでのオーダー• 入力に問題がなければValidが表示されます。

他のアッセイの入力は、Add New Sequenceをクリックオーダーを進めるには、Submitをクリック

生物種の選択

重要：

ヒトY染色体上のSNPアッセイは、Non-Human製品としてご注文ください。

34

カスタムデザインでのオーダー





35

デザイン済みアッセイの再注文

36

デザイン済みアッセイの再注文• 以下のサイトへアクセスします。


Reorder Existing Custom Assaysをクリック

37


Click here to log in をクリック

38





39


Search Term（Assay ID等）を入力後、Searchをクリック

検索結果


40

デザイン済みアッセイの閲覧

41

デザイン済みアッセイの閲覧• 以下のサイトへアクセスします。


View All Submitted Custom Design Jobs をクリック

42


Click here to log in をクリック

43





44


Refresh Batch Listをクリック

45


確認したいBatch IDをクリック

Assay IDを確認できます

• ご注文を行う場合は、P.15 Assays オーダー方法を参照ください

46

• 研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用は出来ません。

• The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners.

• TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.

• 本誌に記載の社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。

• © 2010 Life Technologies Japan Ltd,. All rights reserved.

custom taqman assay design tool - thermo fisher …...2 custom taqman assay design tool 1. custom...

Documents