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生体高分子NMRデータバンク(BMRB)新ポータルサイト データ解析、登録支援、データベースの活用
大阪大学 蛋白質研究所 岩田武史
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Table of Contents
• PDBj-BMRBグループ – 登録・公開データについて
• 新ポータルサイトの紹介 – 登録の流れ、FAQ
• Webブラウザでの高度なDB検索 – アドバンスドサーチ
• データ解析・DB活用ツールの紹介
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PDBj-BMRBグループの紹介
Biological Magnetic Resonance Bank 生体高分子のNMRデータベース Wisconsin大学Madison校が運営 登録受付から公開までを行なっており アジア圏はPDBjが担当している
BMRBはwwPDB (world wide Protein Data Bank)を構成している4団体のうちの一つ
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wwPDBメンバーについて
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NMRデータ登録受付サービス
• 生体高分子のNMR実験データはADIT-NMRへ – 化学シフトデータなど
• wwPDBの登録基準に満たない23残基以下の蛋白質、3塩基以下の核酸、3つ以下の糖からなる糖鎖のNMRデータが登録可能なSMS-Depも運営しています
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新ポータルサイトの紹介
• 研究者の方々とBMRBとの接点となるサイト
• 日本に拠点がある強みを活かしたサポートの提供
• タブレットなどでも見やすく必要な情報へ簡単にアクセスできるようなサイトづくり
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登録者の声を反映した情報提供
BMRB登録の流れについて よくあるお問い合わせ FAQ
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日本語で登録を支援
ADIT-NMR 全入力項目の解説 化学シフトデータファイルの作成方法
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Webブラウザからの高度な検索
GUIを用いて複雑な検索が可能に
select distinct cast(T0."ID" as integer) as "Entry.ID",T0."Title" as "Entry.Title",T0."Submission_date" as "Entry.Submission_date",T1."Physical_state" as "Entity_assembly.Physical_state" from "Entry" T0 join "Entity_assembly" T1 on T0."ID"=T1."Entry_ID" where T0."Title" ~* 'ubiquitin' and T1."Physical_state" ~* 'denatured' order by cast(T0."ID" as integer)
BMRBDB
SQLクエリ
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変性状態のユビキチンの検索
検索タグはポータルサイトの解説を参照下さい
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検索結果
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データ解析支援ツール MagRO
• シグナル帰属支援 • 立体構造の整合性チェック • BMRB登録用データの出力
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XMLへの変換ツール BMRBxTool
・汎用フォーマット ・相互互換性が向上
NMR-STAR v3 BMRB/XML
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全て新ポータルサイトから入手できます
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実際に触って体感してください
で検索
http://bmrbdep.protein.osaka-u.ac.jp
PDBj-BMRB はここから