Case studiesReaxys

Elena Bernardini

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Esempio n. 1

Cercare delle sostanze che abbiano una – densità compresa tra 0,9-1,1 g/cm3 – Viscosità compresa tra 0,2-0,12 Poise

(g/cm*s)– Tensione superficiale compresa tra 55-65

dyn/cm

Tutti questi parametri sono da considerarsi a 20° C

DN.DEN=‘0,9-1,1’ PROXIMITY DEN.T=’20’ AND DV.DV between 0,2 and 0,12 PROXIMITY DV.T=’20’ AND ST.ST=’55-65’ PROXIMITY ST.T=’20’

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Esempio n. 2

Cercare tutte le strutture bicicliche con le seguenti caratteristiche

Anelli del tipo 6-6, 6-5, 5-5Gli atomi possono essere C,N, O o SPossono essere anche aromatici

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Esempio n. 3

Cerco informazioni sulla sublimazione di composti come in figura a pressione atmosferica

Disegnare la struttura del composto, quindi nelle proprietà avanzate impostare la pressione di sublimazione a 760 mmHg

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Esempio n. 4

Sintetizzare dei pirroli 4-eteroaril-3 sostituiti utilizzando come solvente l’etanolo, possibilmente con una resa superiore al 85%. Vorrei che almeno uno dei reagenti fosse disponibile per l’acquisto. Come si può fare?

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Esempio n. 5

Identificazione di alcuni composti attivi come antimicobatterici, di derivazione naturale Recuperare degli spettri relativi alle stesse sostanzeCome fare?

Ricerca di spettri di farmaci

Biblioteca centrale di Farmacia

Ricerca per proprietà: Properties (Form-based)

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1. Selezionare la ricerca per proprietà (Form-based)

2. Cercare le caratteristiche identificative di interesse

3. Lanciare la ricerca

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1. Selezionare la ricerca per proprietà (Advanced)

2. Scrivere nel campo Check Syntax

3. Lanciare la ricerca

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Ricerca per proprietà: Properties (Advanced)

Anituberculotic effect è un altro termine con cui cercare antimycobacterial activity si possono cercare in OR

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Combinazione dei risultati delle ricerche

Utilizzando la History è possibile combinare in vario modo i risultati di 2 o più ricerche effettuate

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Filtrare i risultati di una ricerca

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2 1. Selezionare il filtro sui prodotti naturali

2. Lanciare la ricerca

3. Visualizzare i risultati

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Esempio n. 6La reazione thio-Michael porta alla formazione di legami carbonio-zolfo attraverso l’addizione dello zolfo nucleofilo sul centro elettrofilo di un alchene

Molte molecole chirali contenenti legami C-S hanno dimostrato proprietà farmacologiche

Cercare delle sintesi in ambiente acquoso con catalizzatori come -ciclodestrina o albumina serica bovinaAddizioni stereoselettive thio-Michael

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31. Disegnare lo schema della reazione di interesse utilizzando l’editor configurato

2. Selezionare le voci di interesse

3. Lanciare la ricerca

4. Attendere la risposta

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Filtrare i risultati della ricerca

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Applico al set di risultati il filtro sul solvente H2O

1.Selezionare il solvente

2.Limitare la ricerca

3.Attendere la risposta

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Il filtro sui risultati (catalizzatore)

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Applico al set di risultati il filtro sul catalizzatore

1.Selezionare il catalizzatore

2.Aprire l’elenco completo

3.Lanciare la ricerca

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31. Risultati della ricerca

2. Briciole di pane per ritornare indietro ai passi precedenti

3. Visualizzare i dettagli del prodotto della reazione

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Esempio n. 7

Cercare composti contenenti il Vanadio (V)

IDE.MF=‘*V*’

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Esempio n. 8

Cercare composti naturali con proprietà antimalariche associate ad alcune piante Genus:

– Cunonia– Dysoxylum– Croton– Garcinia– Calophyllum– Morinda

PHARM.E = 'anti-malaria';'anti-malarial activity';'anti-malarial' AND INP.INP = '*cunonia*' ; '*dysoxylum*' ; '*croton*' ; '*garcinia*' ; '*calophyllum*' ; '*morinda*'

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Esempio n. 9

Trovare ligandi per il solco minore del DNA con bassi valori di IC50. Esistono composti isolati da fonti naturali?

Questo quesito ha vari approcci possibili

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• Cerco nei basic IndexBI.BISUB = 'minor' NEXT BI.BISUB = 'groove' PROXIMITY BI.BISUB = 'bind*'  Quindi applico il filtro sulle sostanze naturali

• Oppure effettuo tutta la ricerca nelle proprietàBI.BISUB = 'minor' NEXT BI.BISUB = 'groove' PROXIMITY BI.BISUB = 'bind*' PROXIMITY PHARM.TY = 'ic50’

• Oppure effettuo la ricerca partendo dalla letteratura e applicando i filtri

Citation Basic Index: 'minor AND groove AND bind*') AND (Publication Year: All years) filtered by Natural Product available filtered by Bioactivity

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Esempio n. 10

Cercare reazioni catalizzate da complessi cationici del Rodio (I). Un esempio di catalizzatore di questo genere è bis(1,5-cyclooctadiene)rhodium (I)

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Disegnare la struttura da ricercare

Dopo aver disegnato la struttura nell’editor trasferirla nella schermata di ricerca

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1. Copiare la molecola nel reaction tab

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2 Applico al set di risultati il filtro sul catalizzatore

1.Selezionare le caratteristiche del composto

2.Impostare ulteriori filtri

3.Lanciare la ricerca

3

Biblioteca centrale di Farmacia

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Quando si esegue una ricerca per "similarity" i risultati vengono prima presentati in formato riassunto. 1. cliccare per vedere 2. dettaglio dei risultati

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Disegnare con l’editor di Reaxys la seguente struttura

Cercare i catalizzatori nel db che hanno questa struttura

Esempio n. 11

Questo legame si ottiene selezionandolo, tasto destro del mouse, edit bondany

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Disegnare la molecola e selezionare la funzione di Catalyst nel Search text in all facts

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Esempio n.12

Cercare le sostanze riportate all’interno di una lista di brevetti e da queste esportare i dati sugli enzimi con i valori di IC50

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Una lista di brevetti si importa da un file di testo con il formatoCIT.PN=ep1193256;ep1193252;wo200/123113;us101004Quindi Load Query/Batch dal file

In questo modo vengono cercati i documenti desideratiSuccessivamente si selezionano i dati di interesse per l’output. Prima di fare l’output, selezionare i filtri di interesse sulla Bioactivity e su IC50

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Formazione di una catena di-n-propilamminoetilica su un anello condensato

Vorresti cercare in Reaxys reazioni simili e vedere le procedure sperimentali e i dettagli di reazione, per trovare la sequenza migliore e più veloce per ottenere il tuo risultato.

Sei anche interessato agli aspetti di sicurezza, reattività, costo dei reagenti utilizzati

Esempio n. 13

Biblioteca centrale di Farmacia

Esempi di addizione per di-n-

propilammina

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Si ottengono varie reazioni: prendiamo 2 differenti sostituenti

Risultati ottenuti

1. bromo

2. tosil

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Esplorare le procedure sperimentali

La procedura sperimentale contenuta in un brevetto è nel record di Reaxys e spiega esattamente come condurre l’esperimento

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I brevetti in Reaxys

I record dei brevetti possono anche includere informazioni del frontespizio come il Patent family members (tutti i numeri del brevetto, il numero di applicazione), codici di genere, reazioni, sostanze, comprese le strutture Markush

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Esempio di brevetto in Reaxys

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Quali altri metodi sono stati usati per

sintetizzare questa sostanza?

Il record di questa sostanza contiene ulteriori informazioni.

Oltre alle proprietà visualizzabili in Reaxys si può trovare una lista di 38 preparazioni

Biblioteca centrale di Farmacia

Quali altri metodi sono stati usati per

sintetizzare questa sostanza?

Biblioteca centrale di Farmacia

Creare un Synthesis Plan (1)

Dopo aver selezionato una reazione, pianifica il tuo percorso personalizzato per ottenere il prodotto cliccando il link “Synthetize”, per visualizzare o pianificare lo schema di reazione

Biblioteca centrale di Farmacia

Trova dei modi per sintetizzare il precursore

bromoetilico

Clicca sul link Synthetize per vedere e selezionare le reazioni del secondo step

Creare un Synthesis Plan (2)

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Stage #1: in water; acetonitrile T=065– 70 C;1.25 h; Stage #2: With hydrogen chloride in water pH=2 Show Experimental Procedure

With Sodium hypophosphite; palladium on activated

charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating

With Sodium hypophosphite; palladium 10

percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate

1h Heating/reflux; Show Experimental Procedure

Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details

Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882 Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details

Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details

Yield Conditions References

1 50%

2 95%

88.97%

Guarda i reagenti e i catalizzatori per

ciascuno step e il link ai dati sui

reagenti e il catalizzatore

Step 2

Synthesis Plan: i reagenti

Biblioteca centrale di Farmacia

Hazmat Navigator permette di visualizzare i rischi di reazione, ma non abbiamo l’abbonamento

L’evaporazione di soluzioni acquose per riscaldamento può causare esplosioni, si sviluppa fosfina

Quanto è sicuro questo reagente?

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Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/80333 A1, 2005 Location in Patent: Page/Page column 22; Title/ Abstract Full Text Show Details

Stage #1: in water; acetonitrile T=065– 70 C; 1.25 h; Stage #2: With hydrogen chloride in water pH=2 Show Experimental Procedure With Sodium hypophosphite; palladium on activated charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating

With Sodium hypophosphite; palladium 10 percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate 1h Heating/reflux; Show Experimental Procedure

With iron (III) chloride; acetyl chloride in dichloro- methane T=0 – 5 C; 3 h;

Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details

Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882 Title/ Abstract Full Text View Citing Articles Show Details

Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882 Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show DetailsTorrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details

Yield Conditions References

1 50%

2 95%

88.97%

3 53%

Aggiungi un 3° step del tuo piano: ciclizzazione del beta-nitrostirene a 3-cloroossiindolo indotta da cloruro ferrico. Step 3

Vedi il full text dell’articolo.... .....o vedi la lista di articoli che citano questo

Synthesis Plan: le fonti

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La lista di articoli che citano:

“Some Synthetic Approaches to Ropinirole (SK and F 101468-A): A Potent Dopamine Receptor Agonist ”

può essere visualizzata in Reaxys

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Il progetto

Stage #1: in water; acetonitrile T=065– 70 C;1.25 h; Stage #2: With hydrogen chloride in water pH=2 Show Experimental Procedure With Sodium hypophosphite; palladium on activated

charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating

With Sodium hypophosphite; palladium 10

percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate

1h Heating/reflux; Show Experimental Procedure

With iron (III) chloride; acetyl chloride in dichloro-Methane T=0 – 5 C; 3 h;

With Sodium methylste in methanol T=0 C; 1h

Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882 Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details

Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1 2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract Full Text Show Details

Yield Conditions References

Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882 Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show DetailsHayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875-882 Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details

1 50%

2 95%

88.97%

3 53%

4 80%

Aggiungi lo step finale

allo schema di reazione

Step 4

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Sintetizzare o comprare?

Usa i dati analitici in Reaxys e confrontali con le tue sostanze sintetizzate

NMR IR Melting Point Crystal Property Description

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Acquistare i reagenti?

Sintetizzare o comprare?

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Creare un report da un Synthesis Plan

I dettagli per ciascun passaggio possono essere salvati o esportati in un report

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Cercare uno spettro NMRCercando uno spettro NMR particolare in un solvente specifico (ad esempio Cp*H in THF-d8), il modo più veloce per ottenere risultati è usare le Properties (Advanced) nella “substance query page”. selezionare la voce “NMR Spectroscopy” e quindi il solvente desiderato