caractéristiques biologiques de mycoplasma meleagridiset mycoplasma gallinarum à travers des...
TRANSCRIPT
![Page 1: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/1.jpg)
Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarumà travers des analyses génomiques comparatives
Elhem YACOUB
Pr. Boutheina MARDASSI
Présenté par :
Encadré par :
Colloque Jeunes Chercheurs – 08 et 09 Décembre 2016
![Page 2: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/2.jpg)
Les mycoplasmes
Sont ni des virus ni des champignons
Sont des BACTÉRIES
Ubiquitaires, infectant l’homme, les animaux, les insectes, les plantes …
x x
![Page 3: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/3.jpg)
Mycoplasma meleagridis
Mycoplasma gallinarum
Deux mycoplasmes aviaires
Sous-estimation de la prévalence des infections
Études limitées aux aspects phénotypique et antigénique
Manque / absence de séquences génomiques
Les mycoplasmes d’intérêt
![Page 4: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/4.jpg)
Historique & problématique
output
![Page 5: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/5.jpg)
Poule
Isolement atypique d’unedizaine de souches locales de
Mycoplasma meleagridisdans un élevage de poules
montrant des signes cliniques
Hôte inhabituel
Historique & problématique
![Page 6: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/6.jpg)
Dinde
Poule
Isolement atypique d’unedizaine de souches locales de
Mycoplasma meleagridisdans un élevage de poules
montrant des signes cliniques
Hôte inhabituelHôte principal
Souche de référence de Mycoplasma meleagridis
Historique & problématique
![Page 7: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/7.jpg)
Facteurs et circonstances de cechangement d’hôte
Dinde
Poule
Isolement atypique d’unedizaine de souches locales de
Mycoplasma meleagridisdans un élevage de poules
montrant des signes cliniques
Hôte inhabituelHôte principal
Souche de référence de Mycoplasma meleagridis
Historique & problématique
![Page 8: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/8.jpg)
Facteurs et circonstances de cechangement d’hôte
Dinde
Poule
Isolement atypique d’unedizaine de souches locales de
Mycoplasma meleagridisdans un élevage de poules
montrant des signes cliniques
Hôte inhabituelHôte principal
Isolement d’une souche de
Mycoplasma gallinarum
Souche de référence de Mycoplasma meleagridis
Historique & problématique
![Page 9: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/9.jpg)
Facteurs et circonstances de cechangement d’hôte
Dinde
Poule
Isolement atypique d’unedizaine de souches locales de
Mycoplasma meleagridisdans un élevage de poules
montrant des signes cliniques
Hôte inhabituelHôte principal
Large spectre d’hôtes Apathogénie vs Pathogénie
Isolement d’une souche de
Mycoplasma gallinarum
Souche de référence de Mycoplasma meleagridis
Historique & problématique
![Page 10: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/10.jpg)
Facteurs et circonstances de cechangement d’hôte
Dinde
Poule
Isolement atypique d’unedizaine de souches locales de
Mycoplasma meleagridisdans un élevage de poules
montrant des signes cliniques
Hôte inhabituelHôte principal
Large spectre d’hôtes Apathogénie vs Pathogénie
Isolement d’une souche de
Mycoplasma gallinarum
Souche de référence de Mycoplasma meleagridis
Historique & problématique
Degré d’incrimination dans la pathologie ??
![Page 11: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/11.jpg)
Poule
Isolement atypique d’unedizaine de souches locales de
Mycoplasma meleagridisdans un élevage de poules
montrant des signes cliniques
Isolement d’une souche de
Mycoplasma gallinarum
Historique & problématique
Infection individuelle par le mycoplasme aviaire
pathogène M. meleagridis??
![Page 12: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/12.jpg)
Poule
Isolement atypique d’unedizaine de souches locales de
Mycoplasma meleagridisdans un élevage de poules
montrant des signes cliniques
Isolement d’une souche de
Mycoplasma gallinarum
Historique & problématique
Infection individuelle par le mycoplasme aviaire
pathogène M. meleagridis??
Résultante de l’infection mixte par les deux
mycoplasmes ensemble ??
![Page 13: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/13.jpg)
Compréhension de la biologie de
M. meleagridis et de M. gallinarum
et la caractérisation générale
de leurs génomes
Objectif principal
![Page 14: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/14.jpg)
Objectif principal
Démêlage des facteurs génétiques gouvernant
le changement d’hôte de M. meleagridis
Détermination du vrai potentiel pathogénique
de M. gallinarum
Objectifs ciblés
![Page 15: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/15.jpg)
Analyse génomique comparative
M. synoviaeIsolat de terrain MS53
M. anatisSouche de référence 1340, ATCC 25524
M. iwoaeSouche de référence 695, ATCC 33552
M. gallisepticum3 isolats de terrain: Rhigh, Rlow, F
M. meleagridisSouche de référence ATCC 25294 (dinde)
Isolat de terrain MM_26B8_IPT (poule)
M. gallinarumIsolat de terrain Mgn_IPT (poule)
9 souches de mycoplasmes aviaires
3 souches
6 souchesv
v
v
![Page 16: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/16.jpg)
Analyse génomique comparative
M. synoviaeIsolat de terrain MS53
M. anatisSouche de référence 1340, ATCC 25524
M. iwoaeSouche de référence 695, ATCC 33552
M. gallisepticum3 isolats de terrain: Rhigh, Rlow, F
M. meleagridisSouche de référence ATCC 25294 (dinde)
Isolat de terrain MM_26B8_IPT (poule)
M. gallinarumIsolat de terrain Mgn_IPT (poule)
9 souches de mycoplasmes aviaires
3 souches
6 souchesv
v
![Page 17: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/17.jpg)
Analyse génomique comparative
M. synoviaeIsolat de terrain MS53
M. anatisSouche de référence 1340, ATCC 25524
M. iwoaeSouche de référence 695, ATCC 33552
M. gallisepticum3 isolats de terrain: Rhigh, Rlow, F
M. meleagridisSouche de référence ATCC 25294 (dinde)
Isolat de terrain MM_26B8_IPT (poule)
M. gallinarumIsolat de terrain Mgn_IPT (poule)
9 souches de mycoplasmes aviaires
3 souches
6 souchesv
v
![Page 18: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/18.jpg)
Analyse génomique comparative
M. synoviaeIsolat de terrain MS53
M. anatisSouche de référence 1340, ATCC 25524
M. iwoaeSouche de référence 695, ATCC 33552
M. gallisepticum3 isolats de terrain: Rhigh, Rlow, F
M. meleagridisSouche de référence ATCC 25294 (dinde)
Isolat de terrain MM_26B8_IPT (poule)
M. gallinarumIsolat de terrain Mgn_IPT (poule)
9 souches de mycoplasmes aviaires
3 souches
6 souches
v
![Page 19: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/19.jpg)
Analyse génomique comparative
M. synoviaeIsolat de terrain MS53
M. anatisSouche de référence 1340, ATCC 25524
M. iwoaeSouche de référence 695, ATCC 33552
M. gallisepticum3 isolats de terrain: Rhigh, Rlow, F
M. meleagridisSouche de référence ATCC 25294 (dinde)
Isolat de terrain MM_26B8_IPT (poule)
M. gallinarumIsolat de terrain Mgn_IPT (poule)
9 souches de mycoplasmes aviaires
3 souches
6 souches
![Page 20: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/20.jpg)
Méthodologie
Méthode classique phénol/chloroformeBonne qualitéQuantité suffisante
Clonage: homogéniésation / Ø Contamination
![Page 21: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/21.jpg)
Méthodologie
Méthode classique phénol/chloroformeBonne qualitéQuantité suffisante
Clonage: homogéniésation / Ø Contamination
Centre de Génomique Fonctionnelle - Bordeaux (cgfb)
Séquenceur: Illumina Miseq
Type: Paired-end et Mate-pair
![Page 22: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/22.jpg)
Méthodologie
Méthode classique phénol/chloroformeBonne qualitéQuantité suffisante
Clonage: homogéniésation / Ø Contamination
Centre de Génomique Fonctionnelle - Bordeaux (cgfb)
Séquenceur: Illumina Miseq
Type: Paired-end et Mate-pair
Centre de Bioninformatique de Bordeaux (CBiB)Logiciels utilisés: CLC et ABySS
Serveur utilisé: RAST/SEEDVérification manuelle
Outils dans les bases de données: RAST/SEED, Molligen, NCBI Autres logiciels: Bioedit/PSIPRED/VISTA/MBGD …
![Page 23: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/23.jpg)
Résultats
![Page 24: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/24.jpg)
Partie 1
Analyse génomique comparative entre nos 3 souches
de mycoplasmes aviaires
Résultats
![Page 25: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/25.jpg)
Génomes des 3 souches de mycoplasmes aviaires
67 scaffolds32 scaffolds7 scaffolds
![Page 26: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/26.jpg)
Génomes des 3 souches de mycoplasmes aviaires
67 scaffolds32 scaffolds7 scaffolds
![Page 27: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/27.jpg)
Génomes des 3 souches de mycoplasmes aviaires
67 scaffolds32 scaffolds7 scaffolds
![Page 28: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/28.jpg)
M. meleagridis M. gallinarumSouche Référence
17529 (ATCC 25294)
Isolat
MM_26B8_IPT
Ioslat
Mgn_IPT
Numéro d’accès JZXN00000000 LVWO00000000 LVLH00000000
Hôte Dinde Poule Poule
Groupe
phylogénétique
Hominis Hominis Hominis
Taille du génome (pb) 643,182 658,083 800,663
Nombre de scaffolds 27 32 67
Taux en GC (%) 25,02 26,30 26,05
CDSs 505 539 601
Codage (%) 91,94 90,44 87,40
Taille moyenne des
protéines (aa)
376 374 386
ARNr 4 3 2
ARNt 32 33 33
Caractéristiques génomiques de nos 3 souches de mycoplasmes aviaires
![Page 29: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/29.jpg)
M. meleagridis M. gallinarumSouche Référence
17529 (ATCC 25294)
Isolat
MM_26B8_IPT
Ioslat
Mgn_IPT
Numéro d’accès JZXN00000000 LVWO00000000 LVLH00000000
Hôte Dinde Poule Poule
Groupe
phylogénétique
Hominis Hominis Hominis
Taille du génome (pb) 643,182 658,083 800,663
Nombre de scaffolds 27 32 67
Taux en GC (%) 25,02 26,30 26,05
CDSs 505 539 601
Codage (%) 91,94 90,44 87,40
Taille moyenne des
protéines (aa)
376 374 386
ARNr 4 3 2
ARNt 32 33 33
Caractéristiques génomiques de nos 3 souches de mycoplasmes aviaires
![Page 30: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/30.jpg)
Comparaison de la distribution des fonctions des CDSs chez nos 3 souches
de mycoplasmes aviaires
MM_ATCC MM_26B8_IPT Mgn_IPT
![Page 31: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/31.jpg)
Statistique de l’annotation
MM26B8_IPT
Mgn_IPT
MMATCC 25294
![Page 32: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/32.jpg)
109
161
110
Métabolisme des protéines
MM26B8_IPT
Mgn_IPT
MMATCC 25294
![Page 33: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/33.jpg)
43
59
42
109
161
110
Métabolisme de l’ADN
MM26B8_IPT
Mgn_IPT
MMATCC 25294
![Page 34: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/34.jpg)
27
40
42
109
161
110
43
59
42
MM26B8_IPT
Mgn_IPT
MMATCC 25294
Métabolisme de l’ARN
![Page 35: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/35.jpg)
Métabolisme du glucose
109
161
110
43
59
42
44
26
26
MM26B8_IPT
Mgn_IPT
MMATCC 25294
27
40
42
!!!
![Page 36: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/36.jpg)
M. meleagridis et M. gallinarum sont deux espèces quihydrolysent l’arginine pour générer de l’énergie (ATP)
![Page 37: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/37.jpg)
M. meleagridis et M. gallinarum sont deux espèces quihydrolysent l’arginine pour générer de l’énergie (ATP)
arcA
arcC
Perméase
Carbamate kinase
Arginine déiminase
Ornithine carbamoyl transférasearcB
![Page 38: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/38.jpg)
Comparaison de le synténie du locus de l’opéron arcABC entre nos trois souches
de mycoplasmes aviaires
arcA arcB arcC perméase
![Page 39: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/39.jpg)
Comparaison de le synténie du locus de l’opéron arcABC entre nos trois souches
de mycoplasmes aviaires
arcA arcB arcC perméase
![Page 40: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/40.jpg)
RecD-like DNA helicase
Chromosomal replicationinitiator protein
DNA polymerase III beta subunit
Nos souches c
Comparaison de le synténie du locus de l’origine de réplication entre les mycoplasmes aviaires
![Page 41: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/41.jpg)
Nos souches
Comparaison de le synténie du locus de l’origine de réplication entre les mycoplasmes aviaires
OriC
![Page 42: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/42.jpg)
Nos souches
Comparaison de le synténie du locus de l’origine de réplication entre les mycoplasmes aviaires
OriC
![Page 43: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/43.jpg)
Nos souches
Comparaison de le synténie du locus de l’origine de réplication entre les mycoplasmes aviaires
OriC
![Page 44: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/44.jpg)
Nos souches
Comparaison de le synténie du locus de l’origine de réplication entre les mycoplasmes aviaires
OriC
![Page 45: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/45.jpg)
Partie 2
Analyse génomique comparative intra-espèce de
Mycoplasma meleagridis(MM_ATCC v/s MM_26B8_IPT)
Résultats
![Page 46: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/46.jpg)
Isolat de terrain
MM_26B8_IPT
Souche de référence
MM_ATCC
Comparaison génomique des deux souches de Mycoplasma meleagridis
![Page 47: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/47.jpg)
Comparaison génomique des deux souches de Mycoplasma meleagridis
![Page 48: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/48.jpg)
Comparaison génomique des deux souches de Mycoplasma meleagridis
24 Kb
ADN en excèsLocalisation ?
Contenu ?
![Page 49: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/49.jpg)
7 scaffolds 32 scaffolds
Comparaison génomique des deux souches de Mycoplasma meleagridis
ADN en excèsLocalisation ?
Contenu ?
24 Kb
![Page 50: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/50.jpg)
Changement d’hôte de M. meleagridis
Dinde
Poule
Acquisition d’un nouveau matériel génétique à partir de Bacillus coagulans
Répétition de quelques locus existant déjà chez la souche de référence
Comparaison génomique des deux souches de Mycoplasma meleagridis
![Page 51: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/51.jpg)
Acquisition d’un nouveau matériel génétique à partir de Bacillus coagulans
Répétition de quelques locus existant déjà chez la souche de référence
Hypothèse: Il serait possible que ces différencesgénomiques aient changé le profil antigénique de lasouche de terrain de M. meleagridis et lui ont permispar conséquent de conquérir un nouvel hôte (la poule)
Comparaison génomique des deux souches de Mycoplasma meleagridis
Changement d’hôte de M. meleagridis
Dinde
Poule
![Page 52: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/52.jpg)
Analyse BDBH entre les deux souches de Mycoplasma meleagridis
MM_ATCC505 CDSs
MM_26B8_IPT539 CDSs
![Page 53: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/53.jpg)
Analyse BDBH entre les deux souches de Mycoplasma meleagridis
495 CDSsCore genome
Gènes essentiels codant pour des protéines assurant les fonctions
indispensables pour assurer la survie
MM_ATCC505 CDSs
MM_26B8_IPT539 CDSs
![Page 54: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/54.jpg)
Analyse BDBH entre les deux souches de Mycoplasma meleagridis
495 CDSsCore genome
Gènes essentiels codant pour des protéines assurant les fonctions
indispensables pour assurer la survie
MM_ATCC505 CDSs
MM_26B8_IPT539 CDSs
10CDSs spécifiques
de MM_ATCC
![Page 55: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/55.jpg)
Analyse BDBH entre les deux souches de Mycoplasma meleagridis
495 CDSsCore genome
Gènes essentiels codant pour des protéines assurant les fonctions
indispensables pour assurer la survie
MM_ATCC505 CDSs
MM_26B8_IPT539 CDSs
10CDSs spécifiques
de MM_ATCC 44CDSs spécifiques de MM_26B8_IPT
![Page 56: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/56.jpg)
Analyse BDBH entre les deux souches de Mycoplasma meleagridis
495 CDSsCore genome10
CDSs spécifiques de MM_ATCC
Gènes essentiels codant pour des protéines assurant les fonctions
indispensables pour assurer la survie
MM_ATCC505 CDSs
MM_26B8_IPT539 CDSs
28
16
Nouvelles CDSs
CDSs répétées
![Page 57: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/57.jpg)
Partie 3
Comparaison des facteurs de virulence chez les
mycoplasmes aviaires
Résultats
![Page 58: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/58.jpg)
M. meleagridis M. gallinarum M. anatis M. synoviae M. iowae M. gallisepticum
ATCC
25294
Isolat
26B8_IPT
Isolat
Mgn_IPT
ATCC
1340
Isolat
53
ATCC
695
Isolat
R low
Isolat
RHigh
Isolat
F
Nucléases 13 13 14 19 10 12 7 14 14
Systèmes R-M 6 9 7 3 1 2 - 4 5
Protéases/Peptidases 12 12 13 17 10 16 3 23 22
NEAC
Ǝ gène nanH
Ǝ gène nanA-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
-
1
-
1
-
Cytadhésines
Ǝ gène gapA
Ǝ gène crmA
Ǝ gène plpA
Ǝ gène hlp3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
1
1
1
1
1
1
1
Hémagglutinines
Ǝ gène vlhA - - - - 69 - 38 59 28
Famille des gènes licD - - 2 2 - - - - -
Voies métaboliques
Ǝ gène lpd - - 2 1 1 1 1 1 1
Transposases - - 5 12 6 5 8 18 15
Toxines - - - - - 3 - - -
Comparaison des facteurs de virulence chez les mycoplasmes aviaires
Facteurs de virulence
Souche
![Page 59: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/59.jpg)
M. meleagridis M. gallinarum M. anatis M. synoviae M. iowae M. gallisepticum
ATCC
25294
Isolat
26B8_IPT
Isolat
Mgn_IPT
ATCC
1340
Isolat
53
ATCC
695
Isolat
R low
Isolat
RHigh
Isolat
F
Nucléases 13 13 14 19 10 12 7 14 14
Systèmes R-M 6 9 7 3 1 2 - 4 5
Protéases/Peptidases 12 12 13 17 10 16 3 23 22
NEAC
Ǝ gène nanH
Ǝ gène nanA-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
-
1
-
1
-
Cytadhésines
Ǝ gène gapA
Ǝ gène crmA
Ǝ gène plpA
Ǝ gène hlp3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
1
1
1
1
1
1
1
Hémagglutinines
Ǝ gène vlhA - - - - 69 - 38 59 28
Famille des gènes licD - - 2 2 - - - - -
Voies métaboliques
Ǝ gène lpd - - 2 1 1 1 1 1 1
Transposases - - 5 12 6 5 8 18 15
Toxines - - - - - 3 - - -
Facteurs de virulence
Souche
Comparaison des facteurs de virulence chez les mycoplasmes aviaires
![Page 60: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/60.jpg)
M. meleagridis M. gallinarum M. anatis M. synoviae M. iowae M. gallisepticum
ATCC
25294
Isolat
26B8_IPT
Isolat
Mgn_IPT
ATCC
1340
Isolat
53
ATCC
695
Isolat
R low
Isolat
RHigh
Isolat
F
Nucléases 13 13 14 19 10 12 7 14 14
Systèmes R-M 6 9 7 3 1 2 - 4 5
Protéases/Peptidases 12 12 13 17 10 16 3 23 22
NEAC
Ǝ gène nanH
Ǝ gène nanA-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
-
1
-
1
-
Cytadhésines
Ǝ gène gapA
Ǝ gène crmA
Ǝ gène plpA
Ǝ gène hlp3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
1
1
1
1
1
1
1
Hémagglutinines
Ǝ gène vlhA - - - - 69 - 38 59 28
Famille des gènes licD - - 2 2 - - - - -
Voies métaboliques
Ǝ gène lpd - - 2 1 1 1 1 1 1
Transposases - - 5 12 6 5 8 18 15
Toxines - - - - - 3 - - -
Facteurs de virulence
Souche
Comparaison des facteurs de virulence chez les mycoplasmes aviaires
![Page 61: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/61.jpg)
M. meleagridis M. gallinarum M. anatis M. synoviae M. iowae M. gallisepticum
ATCC
25294
Isolat
26B8_IPT
Isolat
Mgn_IPT
ATCC
1340
Isolat
53
ATCC
695
Isolat
R low
Isolat
RHigh
Isolat
F
Nucléases 13 13 14 19 10 12 7 14 14
Systèmes R-M 6 9 7 3 1 2 - 4 5
Protéases/Peptidases 12 12 13 17 10 16 3 23 22
NEAC
Ǝ gène nanH
Ǝ gène nanA-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
-
1
-
1
-
Cytadhésines
Ǝ gène gapA
Ǝ gène crmA
Ǝ gène plpA
Ǝ gène hlp3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
1
1
1
1
1
1
1
Hémagglutinines
Ǝ gène vlhA - - - - 69 - 38 59 28
Famille des gènes licD - - 2 2 - - - - -
Voies métaboliques
Ǝ gène lpd - - 2 1 1 1 1 1 1
Transposases - - 5 12 6 5 8 18 15
Toxines - - - - - 3 - - -
Facteurs de virulence
Souche
Comparaison des facteurs de virulence chez les mycoplasmes aviaires
![Page 62: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/62.jpg)
Analyse génomique comparative entre les mycoplasmes aviaires, basée sur la recherche de facteurs de virulence
Comparaison des facteurs de virulence chez les mycoplasmes aviaires
![Page 63: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/63.jpg)
Nos trois mycoplasmesSont dépourvus d’adhésines et d’hémagglutininesIl semble que leur pathogénie est plutôt assurée par la multitude de nucléases et de protéases qu’ils contiennent
Analyse génomique comparative entre les mycoplasmes aviaires, basée sur la recherche de facteurs de virulence
Comparaison des facteurs de virulence chez les mycoplasmes aviaires
![Page 64: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/64.jpg)
Nos trois mycoplasmesSont dépourvus d’adhésines et d’hémagglutininesIl semble que leur pathogénie est plutôt assurée par la multitude de nucléases et de protéases qu’ils contiennent
Chez Mgn_IPTAutres gènes de virulence (lpd, licD et transposases)
Analyse génomique comparative entre les mycoplasmes aviaires, basée sur la recherche de facteurs de virulence
Caractère apathogène de cette espèce≠ !!!
Comparaison des facteurs de virulence chez les mycoplasmes aviaires
![Page 65: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/65.jpg)
MM
_ATC
Cge
no
me
MM_26B8_IPT genome
Mgn_IPT genome
Genome Library
Participation à l’enrichissement des bases de données internationales (GenBank, Molligen )
- La souche de référence de M. meleagridis (ATCC 25294) - Deux isolats locaux de mycoplasmes aviaires
Conclusion
![Page 66: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/66.jpg)
MM
_ATC
Cge
no
me
MM_26B8_IPT genome
Mgn_IPT genome
Genome Library
Participation à l’enrichissement des bases de données internationales (GenBank, Molligen )
- La souche de référence de M. meleagridis (ATCC 25294) - Deux isolats locaux de mycoplasmes aviaires
Conclusion
![Page 67: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/67.jpg)
MM
_ATC
Cge
no
me
MM_26B8_IPT genome
Mgn_IPT genome
Genome Library
Participation à l’enrichissement des bases de données internationales (GenBank, Molligen )
- La souche de référence de M. meleagridis (ATCC 25294) - Deux isolats locaux de mycoplasmes aviaires
Conclusion
![Page 68: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/68.jpg)
MM
_ATC
Cge
no
me
MM_26B8_IPT genome
Mgn_IPT genome
Genome Library
Participation à l’enrichissement des bases de données internationales (GenBank, Molligen )
- La souche de référence de M. meleagridis (ATCC 25294) - Deux isolats locaux de mycoplasmes aviaires
Conclusion
Avancer les connaissances biologiques sur M. meleagridis
et M. gallinarum, spécificité d’hôte et la pathogénicité
![Page 69: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/69.jpg)
Perspectives
Compréhension des mécanismes des interactions entre M. meleagridis et son nouvel hôte
Évaluation réelle du vrai potentiel pathogénique de M. gallinarum
![Page 70: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/70.jpg)
Perspectives
Compréhension des mécanismes des interactions entre M. meleagridis et son nouvel hôte
Évaluation réelle du vrai potentiel pathogénique de M. gallinarum
![Page 71: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/71.jpg)
Perspectives
Expression et/ou la délétion des gènes
Compréhension des mécanismes des interactions entre M. meleagridis et son nouvel hôte
Évaluation réelle du vrai potentiel pathogénique de M. gallinarum
![Page 72: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/72.jpg)
Perspectives
Passer à la GÉNÉTIQUE FONCTIONNELLE
Expression et/ou la délétion des gènes
Compréhension des mécanismes des interactions entre M. meleagridis et son nouvel hôte
Évaluation réelle du vrai potentiel pathogénique de M. gallinarum
![Page 73: Caractéristiques biologiques de Mycoplasma meleagridiset Mycoplasma gallinarum à travers des analyses génomiques comparatives](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051404/58a44d7e1a28ab55068b4b37/html5/thumbnails/73.jpg)
Les analyses génomiques comparatives basées sur larecherche des facteurs de virulence ont montré queMM_ATCC, MM_26B8_IPT et Mgn_IPT sont, contrairementaux mycoplasmes aviaires les plus redoutables, dépourvusd’adhésines et d’hémagglutinines.Il semble que la pathogénie de ces trois souches est plutôtassurée par la multitude de nucléases et de protéases qu’ellescontiennent.De plus, d’autres déterminants génétiques tels que lestransposases, les gènes licD et lpd dont l’incrimination dans lavirulence est antérieurement prouvée, ont été détectés chezMgn_IPT. Cette trouvaille semble contrarier la littératuresouvent rapportant le caractère avirulent de cette espèce.
Merci de votre attention