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Búsquedas bibliográficas

Búsquedas bibliográficas en bases de datos

Tema 1

Javier Burguillo Universidad de Salamanca


1. Elegir las bases de datos adecuadas

2. Desglosar la pregunta de investigación en palabras clave

3. Combinar las palabras clave correctamente (AND, OR, NOT) y tomar precauciones para no perder palabras claves equivalentes (ej. array, microarray, biochip)

4. Usar filtros adecuados para encontrar un número de citas más ajustado (Human, All child (0-18 years), Clinical Trials, etc)

Etapas de una búsqueda bibliográfica


Bases de datos bibliográficas

• Generalistas

• Especializadas


Bases de datos generalistas

NCBI(National Center Biotechnology)

Entidad (Empresa) Base de datos

Medline

(PubMed)

Acceso a través de:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Bibliotecas de la Universidad de

Salamanca

EMBASE (Medline + 1800 rev.)

WEB OF SCIENCE FECYT

Current Contents

IPA (International Pharmaceutical Abstratcs (Ovid))

SCOPUS

http://www.embase.com OVID

http://bibliotecas.usal.es

Cumulative Index to Nursing and Allied Helath Literature CINAHL

http://bibliotecas.usal.es

http://www.sciencedirect.com/SCINCE DIRECT (ELSEVIER)


Bases de datos especializadas en Medicina Basada en la Evidencia (1/2)

Cochrane (español)(Centro Cochrane Iberoamericano)

Portal

Cochrane plus

Acceso a través de:

http://www.cochrane.es

Cochrane (Inglés)(Cochrane collaboration)

EvidenceMatters

Cochrane library

http://www.evidencematters.com

Base datos

http://www.cochrane.org/

EvidenceMatters (Pago)

Wolterskluwerhealth http://www.wolterskluwerhealth.com/Wolters Kluver (Pago)


Portal Acceso a través de:

Clinical Evidence in BMJ

CRD

Clinical Evidence

http://www.york.ac.uk/inst/crd

Base datos

http://www.clinicalevidence.com

CEBM http://www.cebm.net

Centre for Reviews and Dissemination

Centre for evidence based medicine

NHS Evidence (UK) https://www.evidence.nhs.uk/NHS Evidence

CASPECritical Appraisal Skills

Programme Españolhttp://www.redcaspe.org/

Bases de datos de Medicina Basada en la Evidencia (2/2)

http://www.tripdatabase.com/Trip Database Trip


Elegir las bases de datos adecuadas


¿Qué es Medline?

• Es la base de datos electrónica de citas bibliográficas de la U.S. National Library of Medicine.

• Fue creada en 1971 a partir de varios índices médicos ya existentes en papel (Index Medicus (1879), Index to Dental Literature, etc.).

• Indexa citas desde 1966 hasta la fecha, con un total de aproximadamente 23 millones de referencias hasta Agosto 2013.

• En la actualidad captura 600000 citas al año de más de 4800 revistas en 30 idiomas.

•Contiene principalmente trabajos de investigación en Medicina, Farmacia, Biología, Salud Pública, etc.


¿Cómo es Medline?

• Cada registro de Medline es la cita bibliográfica de un artículo científico publicado en una revista.

• El proceso de indexación de los artículos se hace en base a una tabla que recoge en diferentes “campos” (columnas de la tabla) las características de los artículos:

PMID Autores Título Revista Año Volumen páginas MESH

1243456 Smith F “Study on re..”

Int. J. Biochem

2006 25 234-245 Epistaxis

------ ----- ----- ----- ---- ---- ------ -----

campos

registros


¿Cómo se accede a Medline?Hay varios sitios e interfaces de acceso

PubMed

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Incluye: Old Medline (1950-1965) PreMedline (indexados inicialmente) Medline (1966- fecha) Publisher Supported (Artículos en prensa)

Buscador excelente

Muchas referencias con texto completoPara cada referencia muestra “referencias relacionadas”

Guarda búsquedas en MyNCBI

(Gratuito)

Medline (WoS)

Medline (OVID)http://bibliotecas.usal.es/

http://bibliotecas.usal.es/

(Suscrito por USAL)

(Suscrito por USAL)

Incluye: Old Medline (1950-1965) PreMedline (indexados inicialmente)

Medline (1966- fecha) Buscador bueno

Incluye: Old Medline (1950-1965) PreMedline (indesados inicialmente) Medline (1966- fecha)

Buscador bueno


Página de inicio de PubMed

Caja para escribir los términos en “Búsqueda básica”

Ayudas Búsquedas específicas: por autor, por clínica..

Búsquedas por MESH, ensayos clínicos……

Abre la pantalla de “Búsqueda avanzada”

Ejecuta búsqueda


Búsqueda basica en PubMed

Filte

rs

Demasiadas


Búsqueda básica en PubMed (escribiendo palabras en la caja de búsqueda)

Nota previa: PubMed no distingue entre mayúsculas y minúsculas

•Por términos o palabras claves

leukemia imatinib microarrays

Pubmed hace un “mapeo” interno optimizando la búsqueda:

("leukaemia"[All Fields] OR "leukemia"[MeSH Terms] OR "leukemia"[All Fields]) AND ("imatinib"[Substance Name] OR "imatinib"[All Fields]) AND microarrays[All Fields]

(este “mapeo” interno se puede ver en pestaña “ Search Details”)

•Por nombre del autor

Bardsley WG Sin signos de puntación (no vale Bardsley, W.G.)

Vale con una inicial o sólo apellido: Bardsley W o Bardsley

Si apellido es palabra reservada MESH: Gene[Author]

•Por revista J Biol Chem Journal of Biological Chemistry


Búsquedas en PubMed (algunas estrategias generales)

• Conviene usar “guiones” cuando la palabra se escriba así:

Marine-aquaculture

• Uso de “comillas”Fuerza la búsqueda de la frase entera como está escrita:

“Philadelphia chromosome”

• Uso de truncamientos mediante signo * :

Bacter* (cogería: bacteria, bacterias, bacterium, bacteriophage, etc.)

(importante para capturar singulares y plurales pero puede ser peligroso y encontrar citas excesivas)


Ejemplo de búsqueda básica•Una búsqueda básica del fármaco DASATINIB arroja 1291 citas.

•Son excesivas y se impone delimitar la búsqueda usando algún filtro.

Filte

rs


Uso de filtros para acotar una búsqueda en PubMed


Tipos de listado de referencias (“display settings”)


Listado en formato “Abstract”


Presentación en formato “Abstract” de 1 referencia seleccionada

Related citations


Opciones de “guardar como” (“send to”)

Salva un archivo que importaremos al gestor RefWorks


(atovaquone AND proguanil) OR (Malarone) AND (malaria)

AND (prophylaxis OR prevention)

• El uso de paréntesis es muy recomendable:

(los operadores se suelen escribir con mayúsculas )

• Uso de operadores booleanos

AND

OR

NOT

Búsquedas en PubMed (combinación de palabras claves)


Búsqueda avanzada en PubMed


Resultados búsqueda avanzada anterior


Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”)


Búsquedas específicas en PubMed

• Buscar citas concretas (Single citation matcher)

•Buscar por términos médicos MESH (MESH base)

•Buscar por aspectos clínicos (Clinical queries)

•Buscar ensayos clínicos en curso (Clinical trials)


Búsqueda de citas concretas (Single citation matcher)


Resultado del “Single citation matcher” anterior


Búsqueda por términos médicos MeSH (1/4)

• Por términos MESH

(búsqueda por conceptos médicos estandarizados y jerarquizados)

nosebleed

epistaxis


Búsqueda por términos MESH (2/4)

Se escribe término deseado: Por ej. nosebleed


Búsqueda por términos MESH (3/4)

Aparecerá esta pantalla:

Pulsar en Search PubMed

Se marca algún subheading (e.g. mortality)

Pulsar en Add search builder


Búsquedas por términos MESH (4/4)

Aparecerá el listado de referencias


Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 1/2consultas


Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 2/2


Búsqueda por ensayos clínicos en curso (“Clinical trials”) 1/4


Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 2/4

Resultados búsqueda imatinib



Imatinib AND Salamanca


Como guardar búsquedas de PubMed en “MyNCBI” usando el botón

“save search”


Darse de alta en “MyNCBI”


Etapas para guardar en MyNCBI

1) Darse de alta

2) Guardar búsquedas con nombres

3) Configurar actualizaciones y alertas


Botón “Save search”


Botón “Save search” (y alertas)

Todo esto se guarda en MyNCBI

Veremos a continuación como guardarlo en un gestor de citas bibliográficas


El “guardar” desde PubMed es “send to”


Gestores de citas bibliográficas

(Programa RefWorks)


Gestores de citas bibliográficas(Programa RefWorks)

1) Darse de alta dentro WIFI USAL (gratis)

2) Crear carpetas

3) Importar citas


Incorporando citas a un documento (MS Word y RefWorks a la vez: Write-N-Cite)


Incorporando citas a un documento (Documento definitivo (guardar con otro nombre)


Haciendo la bibliografía de forma automática con RefWorks

Bibliografía

AbleBits (2008) Add-in tools for excel. WWW document. URL: http://www.ablebits.com/about-us.php. ASTERIAS (2008) Applications for the analysis of genomic data. WWW document. URL: http://asterias.bioinfo.cnio.es/.

Bardsley, W.G. (2009) SIMFIT statistical package. university of manchester (U.K.). WWW document. URL: http://www.simfit.man.ac.uk.

Bax, L., Yu, L.M., Ikeda, N. & Moons, K.G. (2007) A systematic comparison of software dedicated to meta-analysis of causal studies. BMC Medical Research Methodology, 7, 40.

Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995) Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing. J. R. Statis. Soc. B. 57, 289-300.

Breitling, R. & Herzyk, P. (2005) Rank-based methods as a non-parametric alternative of the T-statistic for the analysis of biological microarray data. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 3, 1171-1189.

Breitling, R., Armengaud, P., Amtmann, A. & Herzyk, P. (2004) Rank products: A simple, yet powerful, new method to detect differentially regulated genes in replicated microarray experiments. FEBS Letters, 573, 83-92.


Estrategia global paramanejar citas bibliográficas


Estrategia para manejar bibliografía

PubMed (Medline)

MyNCBI

RefWorks

Word + RefWorks

Imatinib AND microarray*

Búsqueda_Imatinib(21-9-08)

Citas_Imatinib

Imatinib_trabajo.doc


Sitios web de interés en Farmacia


SITIOS WEB DE INTERES EN FARMACIA

Agencia Española del Medicamento

Ministerio de sanidad y consumo

Consejería de Sanidad Castilla y León

Portalfarma

Correo farmacéutico

U.S. Food and Drug Administration

Organización Mundial de la Salud (OMS)

Vademecum

http://Agencia Española del Medicamento/

http://www.fda.gov/

http://www.msc.es/

http://www.saludcastillayleon.es/es

http://www.who.int/es/

http://www.vademecum.es/

http://www.portalfarma.com/

http://www.correofarmaceutico.com/

http://www.medicine.ox.ac.uk/bandolier/Bandolier (Evidence Based Med.)

http://www.ema.europa.eu/Europa Medicines Agency


Gracias por la atención

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