biotechnology 2012-04
TRANSCRIPT
Гибридизация нуклеиновых кислот
Гибридизация нуклеиновых кислот
Tm ndash температура плавления
bull Хорошо охарактеризованная ДНК или олигонуклеотидные фрагменты (зонды) используются для поиска близких последовательностей в тестовых образцах
bull Основаны на специфичности спаривания нуклеотидовbull Используется однонитевая ДНКbull Одна из цепей метится (радиоизотопы химически
модифицированные группы) другая крепится на фазуbull Стабильность гетеродуплексов зависит от степени
комплементарности а также от длины комплементарного участка температуры и ионного состава раствора
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
Формирование гетеродуплексов при гибридизации
Температура плавления дуплексов
Неспаренность (mismatch) при гибридизации нуклеиновых кислот
gt 100 нуклеотидов ~ 20 нуклеотидов
Мечение и фиксация на твердой фазе
Мечение ДНК при помощи ник-трансляции (nick translation)
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Гибридизация нуклеиновых кислот
Tm ndash температура плавления
bull Хорошо охарактеризованная ДНК или олигонуклеотидные фрагменты (зонды) используются для поиска близких последовательностей в тестовых образцах
bull Основаны на специфичности спаривания нуклеотидовbull Используется однонитевая ДНКbull Одна из цепей метится (радиоизотопы химически
модифицированные группы) другая крепится на фазуbull Стабильность гетеродуплексов зависит от степени
комплементарности а также от длины комплементарного участка температуры и ионного состава раствора
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
Формирование гетеродуплексов при гибридизации
Температура плавления дуплексов
Неспаренность (mismatch) при гибридизации нуклеиновых кислот
gt 100 нуклеотидов ~ 20 нуклеотидов
Мечение и фиксация на твердой фазе
Мечение ДНК при помощи ник-трансляции (nick translation)
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
bull Хорошо охарактеризованная ДНК или олигонуклеотидные фрагменты (зонды) используются для поиска близких последовательностей в тестовых образцах
bull Основаны на специфичности спаривания нуклеотидовbull Используется однонитевая ДНКbull Одна из цепей метится (радиоизотопы химически
модифицированные группы) другая крепится на фазуbull Стабильность гетеродуплексов зависит от степени
комплементарности а также от длины комплементарного участка температуры и ионного состава раствора
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
Формирование гетеродуплексов при гибридизации
Температура плавления дуплексов
Неспаренность (mismatch) при гибридизации нуклеиновых кислот
gt 100 нуклеотидов ~ 20 нуклеотидов
Мечение и фиксация на твердой фазе
Мечение ДНК при помощи ник-трансляции (nick translation)
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Формирование гетеродуплексов при гибридизации
Температура плавления дуплексов
Неспаренность (mismatch) при гибридизации нуклеиновых кислот
gt 100 нуклеотидов ~ 20 нуклеотидов
Мечение и фиксация на твердой фазе
Мечение ДНК при помощи ник-трансляции (nick translation)
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Температура плавления дуплексов
Неспаренность (mismatch) при гибридизации нуклеиновых кислот
gt 100 нуклеотидов ~ 20 нуклеотидов
Мечение и фиксация на твердой фазе
Мечение ДНК при помощи ник-трансляции (nick translation)
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Неспаренность (mismatch) при гибридизации нуклеиновых кислот
gt 100 нуклеотидов ~ 20 нуклеотидов
Мечение и фиксация на твердой фазе
Мечение ДНК при помощи ник-трансляции (nick translation)
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Мечение и фиксация на твердой фазе
Мечение ДНК при помощи ник-трансляции (nick translation)
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Мечение ДНК при помощи ник-трансляции (nick translation)
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Мечение с использованием случайных праймеров
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Меченье РНК зондов в процессе транскрипции
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Типы меток
bull Радиоактивные
bull Флуоресцентные
bull Метки с непрямой детекцией
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Радиоактивные меткиАвторадиография
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Флуоресцентные метки
Флуоресцентная микроскопия
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Метки с непрямой детекцией
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Метки с непрямой детекцией биотин дигоксигенин
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Методы основанные на гибридизации нуклеиновых кислот
bull Southern blot northern blot western blot southwestern blot eastern blot
bull Microarray
bull FISH TISH
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Southern Blot
bull Разрезание ДНК
bull Электрофорез ДНК
bull Перенос ДНК на мембранный фильтр
bull Гибридизация
bull Визуализация
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Перенос на мембрану
bull ДНК в геле денатурируется под воздействием щелочи
bull Пассивный перенос (за счет диффузии) ДНК из геля на мембрану (нитроцеллюлоза или нейлон)
bull Мембрана отделяется от геля и гибридизуетсяс зондами
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Зонд
bull Олигонуклеотид с известной последовательностью ДНК
bull Последовательность комплементарнаискомому гену (или другому фрагменту хромосомы)
bull Однонитевая ДНК
bull Помечен радиоактивным фосфором или флуоресцентной группой
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Гибридизация
bull Температура и солевой состав контролируются для оптимальной гибридизации
bull Зонд с целевой последовательностью образуют двунитевую молекулу ДНК
bull Несвязавшиеся зонды отмываются
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Визуализация радиоактивной метки
bull Мембрана контактирует с рентгеновской пленкой
bull Авторадиограмма на соответствует положению радиоактивного зонда на мембране
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
DNA from normal individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
DNA from mutant individual digested with Eco R1 and electrophoresed through agarose
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Example II RFLP deletion mutation
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Example III Amplification
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Типы блоттинга
bull ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southern blot
bull РНК
bull Гибридизация с ДНК
Northern blot
bull Белки
bull Гибридизация с антителами
Western blot
bull Белки связанные с ДНК
bull Гибридизация с ДНК
Southwestern blot
bull Посттрансляционные модификации белков
bull Гибридизация с антителами
Eastern blot
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Northern blot
Поиск мРНК в разных тканях
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Dot-blot
Анализ мутации серповидноклеточной анемии
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
ДНК стрипы
28
Зонды ndash на твердой фазеОбразцы ДНК ndash помечены
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
ДНК стрипы
29
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
ДНК стрипы
30
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
ДНК стрипы
31
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
DNA-microarray
bull Технология микрочипов позволяет проводить огромное количество гибридизаций одновременно
bull Зонды зафиксированы на твердой фазе образцы ДНК мечены флуорофорами
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Гибридизация на микрочипе
1 Получение одноцепочечных меченных молекул ДНК исследуемого образца (PCR RT-PCR)
2 Гибридизация3 Отмывка несвязавшейся ДНК4 Считывание флюоресценции
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Микрочипы (microarrays)
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Микрочипы (microarrays)
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Affymetrix GeneChip
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Микрочип на 40000 проб
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Применение микрочипов
bull Анализ экспрессии
bull Сравнительная гибридизация геномов
bull Идентификация организма
bull Анализ полиморфизмов
bull Иммунопреципитация хроматина на чипе
bull Анализ альтернативного сплайсинга
bull Анализ перестроек
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Экспрессионный профиль
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Сравнение экспрессии
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Сравнительная гибридизация геномов
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Иммунопреципитация хроматина на чипе- для поиска участков связывания белков с ДНК
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Способы формирования микроструктуры чипа
- Гидрогелевые чипы
- Прямая иммобилизация на твердой фазе
- Твердофазный синтез на субстрате
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Гидрогелевые чипы
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Прямая иммобилизация на твердой фазе
bull Ковалентное связывание зонда с твердой поверхностью (стекло)bull Нанесение зондов на твердую фазу при помощи роботизированных систем печати
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Принципы печати микрочипов
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Твердофазный синтез на субстрате
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
FISH mdash fluorescence in situ hybridizationФлуоресцентная гибридизация in situ
in situ (лат) ndash на месте
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Зонды метят флуорофорами или метками с непрямой детекцией
Образец ДНК денатурируют в фиксированных препаратах клеток
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Этапы FISH
Подготовка зондов
Подготовка препарата
bull(фиксация хромосом)
Гибридизация
bullДенатурация
bullГибридизация
bullОтмывка после гибридизации
Анализ результатов
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
bull Центромерные зонды
bull Суб-теломерные специфичные зонды
bull Хромосомные красители
bull Зонды детектирующие уникальные последовательности хромосомных транслокаций
bull Зонды детектирующие делеции
bull Зонды детектирующие ген
Зонды для FISH(размер до нескольких сотен килобаз)
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Зонды для FISH
Хромосомные зондыСубтеломерные и
центромерные зонды
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Транслокации
Филадельфийская хромосома
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Кино
bull httpwwwyoutubecomwatchv=zvl3uCfwsrw
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Диагностика хромосомных патологий
bull Анеуплоидия
bull Микроделеционные синдромы
bull Хромосомные перестройки
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Онкодиагностика
bull Рак мочевого пузыряbull Рак молочной железыbull Глиомыbull Рак легкихbull Саркомаbull Рак предстательной железыbull Лейкимииbull Миеломыbull Лимфомы
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
TISHtissue in situ hybridization
Для локализации нуклеиновых кислот (как правило мРНК) на срезах тканей
Спасибо за внимание
Спасибо за внимание