bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, praha 2006
DESCRIPTION
Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006. Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie AV ČR. bioinformatika. Informatika nad biologickými molekulami (daty). Bioinformatika extrahuje molekulární informační systém pro molekulární biologii. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
![Page 1: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/1.jpg)
Jiří VondrášekÚstav organické chemie a biochemie AV ČR
Bioinformatikapodzimní škola výpočetní chemie, Praha 2006
![Page 2: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/2.jpg)
Aplikace: teoriebiotechnologiefarmaciemedicínagenetické inženýrství
Informatika nad biologickými molekulami (daty).
Bioinformatika extrahuje molekulární informační systém pro molekulární biologii.
Bioinformatika je konceptualizovaná molekulární biologie (ve smyslu fyzikálně chemickém) na níž je aplikována informatika (odvozená od matematické informatiky a statistiky).
bioinformatika
![Page 3: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/3.jpg)
experimentálnídata
počítačováanalýza
strukturovanádata
(databáze),hypotézy
sekvence
geny
kontigy
funkce
metabolismus
(vše)
struktura
bioinformatika
![Page 4: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/4.jpg)
velikosti genomů
Mycoplasma genitalium 0.58 Mbp
Escherichia coli 4.6 Mbp
Saccharomyces cerevisiae16 chr. 11.2 Mbp
Arabidopsis thaliana 5 chr. 115.4 Mbp
Drosophila melanogaster5 chr. ~137.0 Mbp
Homo sapiens 24 chr. ~ 3.3 Gbp
![Page 5: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/5.jpg)
centrální dogma molekulární genetiky
reverznítranskripce
DNA RNA proteintra
nskrip
ce
transla
cereplikace
informace funkce
![Page 6: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/6.jpg)
DNA
geny
evoluční vztahy mezi geny aorganizmy
funkce
proteinystruktura
![Page 7: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/7.jpg)
sekvence
![Page 8: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/8.jpg)
>jana (4797 nt)GAATTCGCCGCGGGGCTGCGCATCACCGATGCCGCCACCATCGAGATCGTCGAGATGGTACTGGCCGGCTCGATCAACAAGCAGCTCGTCGGCTACATCAACGAAGCGGGCGGCAAGGCCGTCGGCCTGTGCGGCAAGGACGGCAACATGGTGTCCGCCACCAAGGCGACGCGCACCATGGTCGATCCGGATTCGCGGATCGAAGAGGTGATCGACCTCGGTTTCGTCGGCGAGCCGGAGAAGGTCGACCTCACCCTGCTCAACCAGCTGATCGGCCACGAGTTGATCCCGGTGCTGGCGCCGCTGGCGACCTCCGCGTCGGGCCAGACCTTCAACGTCAATGCCGACACCTTTGCAGGTGCGGTTGCCGGTGCGCTGCGGGCCAAGCGCCTGCTGCTGCTGACCGACGTGCCGGGCGTGCTCGACCAGAACAAGAAGCTGATCCCCGAACTGTCGATCAAGGATGCCCGCAAGCTGATCGCAGACGGCACCATCTCGGGCGGCATGATCCCCAAGGTCGAGACCTGCATCTACGCGCTCGAACAGGGCGTCGAAGGCGTCGTCATCCTCGACGGCAAGGTCCCGCACGCAGTGCTGCTCGAATTGTTCACCAACCAGGGCACCGGCACGCTGATCCACAAGTGATGCGAGGCTGCGGCGACAACATCCGTCATGGCCGGGCTCGTCCCGGCCATCCACGTCTTTCCGGCGGTTTTCTCAGCAAGACGTGGATGCCCGGCACAAGGCCGGGCATGACGGGGTGGAGATCGCGCGCCCTCGCCGCCATTGTCACCACCCTCGCCCTCACCTCCGCCGCCCACGCCGACCTCAAGCTCTGCAACCGCATGAGCTACGTGGTCGAGACGGCGATCGGGGTCGATTCCAACGGCACCACCGCCTCGCGCGGATGGCTGCGGATTGATCCGGCGCAATGCCGGGTCGTGGTGCAAGGCGCGCTCAACGCCGACCGCATCATGCTGAATGCCCGCGCGCTGGCGGTGTACGGCGTCTCGCCGCTGCCGCAGAACGGCACTGACCGGCTGTGCATTGCCGAAGACAATTTCGTCATCGCCGCCGCGCGGCAATGCCGCGGCGGCCAAACGCTCGCCGCCTTCACCGAGATCAAGCCCACCGACACCGAGGACGGCAACAAGATCGCTTATCTGGCGGAAGACTCCGGCTACGACGACGAACAGGCCAAACTCGCCGCGATCCAGCGGCTGCTGGTGATCGCCGGTTACGACGCCTCGCCGATCGACGGCGTCGACGGCCCGAAGACGCAGGCCGCGCTGTCCGCCTTCCTCAAGAGCCGAGGCCTGAAGCCCGAGATCGTCGATGCGCCGGATTTCTTCGACGTGATGATCAAGGCAGTGCAGCAGCCGTCCGGCAGCGGGCTGACCTGGTGCAACGACACCAAGTACAAGATCATGGCGGCCGTCGGCGAAGACGACGGCAAGACTGTCACCAGCCGCGGCTGGTACGGTGTTGCGCCCGGCCAATGCCTGCGCCCCGACCTCGGCGCACAGCCGAAGCGGGTGTTCAGCTTCGCCGAAGCGGTCGACGGCAGCGGCAGGCCGGTGACCATCAAGGGCCGTGCGCTGAACTGGGGCGGCGGCGTGACGCTGTGCACGCGTGACAGCAAGTTCGAGATCGGCGAGCAAGGCGATTGCGCGGCGCGCGGCCTCGCCGCCACCGGCTTCGCCGCCGTCGATCTCAGTAGCGGCAAGACATTGAGGTTGTCCGCCCCATGATGCAGCTCGGCAAACGCGGCTTCGATCACGTCGAGACCTGGGTGTTCGATCTCGACAACACGCTGTACCCGCATCACCTCAACCTATGGCAGCAGGTCGATGCGCGGATCCGCGACTTCGTCGCCGACTGGCTGAAGGTTTCGCCGGAAGAAGCCTTCCGTATCCAGAAGGATTACTACAAGCGCTACGGCACCACGATGCGCGGGATGATGACCGAGCACGGCGTTCACGCCGACGACTACCTGGCTTATGTCCACGCCATCGACCATTCGCCGCTGCAGCCGAATCCGGCGATGGGCGATGCGATCGAGCGACTGCCGGGCCGCAAGCTGATCCTGACCAACGGCTCGACCGCCCATGCGGGCAAGGTGCTGGAGCGGCTCGGCATCGGCCATCATTTCGAGGCGGTGTTCGACATCATTGCGGCCGACCTCGAGCCGAAGCCGGCGCCGCAGACCTACCGCCGTTTTCTCGATCGCCATGGTGTCGACCCGGCCCGCGCCGCGATGTTCGAAGACCTCGCCCGCAACCTCACCGTGCCGCACCAGCTCGGCATGACCACCGTGCTGGTGGTGCCTGACGATAGCCAGGACGTGGTCCGCGAAGATTGGGAGCTTGAAGGCCGCGACGCCGCCCACGTCGATCACGTGACTGATGATTTGACAGGGTTCTTGGGGAAGCTGAGTTCGCTGTAGGCCGGGGACGCCTCCCAAGCGTCAATCGTCATCGCCGCCGGATGCAAGGCGGCTAGGTATTGCGGAGCGCTCGCGATCTTCCGTCCAATGCCCTGGGATACTGGATCGCCCGGACGAGCCGGGCGACGACGTTGAAGAGAGATGACGTGGCGTCACCACATCCCCCGCCGTCATCGCCCGCGCAGGCGGGCGATGACTTGGCGGACGGGGCGGCGCCTTGACTCCGACCCGGCGAATCCGGACAACACTCCGCAAAACTCTCCCTGAAATCAGCCTCCCAAGGACCCGTCGATGCCGCTCACCGCCCTGGAATCTACCATCAACGCCGCTTTCGACGCGCGCGACACCGTTACCGCGGCGACGCAGGGCGAGATTCGTCAGGCCGTCGAGGATGCGCTCGATCTGCTCGACCAGGGCAAGGTGCGGGTGGCGCGGCGCGACGACTCCGGCGCCTGGACGGTCAATCAGTGGCTGAAGAAAGCAGTGCTGCTGTCGTTCCGGCTCAACGACATGGGCGTGATCGCCGGCGGCCCGGGCGGCGCCAACTGGTGGGACAAGGTGCCGTCGAAGTTCGAGGGCTGGGGTGAGAACCGCTTCCGCGAGGCCGGCTTCCGCGCCGTGCCGGGCCGATCGTCGCGCGTCGGCCTTTATCGCCAAGACGCGGTACTGATCCGTCCTTCGTCAATCTCGGCGCTTACGTCGATGAAAGCACCATGGTCGAACACCTGGGCGACCGTCGGCTCCTGCGCCCAGATCGGCAAGCGCGTGCACATCTCCGGCGGTGCCGGCATCGGCGGCGTGCTCGAGCCGCTGCAGGCCGGCCCGGTGATCATCGAGGACGACTGCTTCATCGGCGCCCGCTCCGAAGTCGCCGAAGGCGTGATCGTGCGCAAGGGTGCGGTGCTGGCGATGGGCGTTTTCCTCGGCGCCTCGACCAAGATCGTCGACCGCGAGACCGGCGAAATCTTCGTCGGCGAAGTGCCGGAATATGCCGTGCTGGTGCCCGGCACCCTGCCCGGCAAGCCGATGAAGAACGGCGCCCCCGGCCCAGCCACCGCCTGCGCGGTGATCGTCAAGCGCGTCGACGAGCGCACCCGTTCCAAGACCTCGATCAACGAATTGCTGCGGGACTGACACCTGTAGGAGGCGCGAATGGACTGGACCACGCTGTTCTTCAGCTTTCGAGGTCGGATCAATCGCGCCAAATACTGGCTGGTCGGACTGATCTACGTCGCCGCCTGGATGG ….
sekvence
![Page 9: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/9.jpg)
Co lze v DNA najít?
strukturní a organizační elementyevoluční vztahygenypromotory a další řídící elementy„cizí“ DNA
všeobecná analýza
![Page 10: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/10.jpg)
geny
Jak najít geny?
![Page 11: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/11.jpg)
LeucinRhodobacter capsulatus
antikodón počet % CUA 3 <1 CUC 119 16 CUG 458 60 CUU 157 20 UUA 0 0 UUG 27 3
Escherichia coli
% 4 9 52 10 11 13
geny
![Page 12: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/12.jpg)
geny
![Page 13: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/13.jpg)
alignment
Jaké proteiny geny kódují?
![Page 14: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/14.jpg)
PSI-BLASTHMMER
SSEARCHBLITZ
FASTABLAST
Dot plot1:1
n:n
nClustalWMultAlign
1:n
Dot plot
SSEARCH ftp://ftp.virginia.edu/pub/fastaBLITZ ... http://www.ebi.ac.uk
alignment
![Page 15: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/15.jpg)
PSI-BLASTHMMER
SSEARCHBLITZ
FASTABLAST
Dot plot1:1
n:n
nClustalWMultAlign
1:nFASTA http://www.ebi.ac.ukBLAST http://ncbi.nlm.nih.gov/blast
alignment
![Page 16: Bioinformatika pod zimní škola výpočetní chemie, Praha 2006](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062314/568146bc550346895db3f130/html5/thumbnails/16.jpg)
PSI-BLASTHMMER
SSEARCHBLITZ
FASTABLAST
Dot plot1:1
n:n
nClustalWMultAlign
1:n
PSI-BLAST http://ncbi.nlm.nih.govHMMER
ClustalWMultAlign
alignment