bioinfo - grad - aula 5
TRANSCRIPT
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BioinformáticaAnotação funcional de genomas
Gabriel da Rocha FernandesUniversidade Católica de Brasília
+Após a montagem...
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nOs contigs são apenas uma sequência de nucleotídeos.
nEncontrar informação biológica dentro dos contigs.
nGenes
nIntrons/Exons
nPromotores
+Predição gênica
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nIdenticar genes.
nATG + ORF + Stop condon na mesma fase de leitura.
nPredição ab initio, redes neurais...
nIdentificação de introns e exons.
nLocalização dos genes dentro do contexto dos contigs.
+GeneMark
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nUsa a informação de codon usage para fazer a predição.
+Promotores
nIdentifica padrões de sequência de promotores.
nhttp://pepper.molgenrug.nl/
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+Arquivo GFF
nGeneral Feature Format
nIndica as posições no contig de cada item identificado.
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+No GenBank file
7
+No EMBL
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+Visualização
nArtemis - Sanger Institute
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