biodb 2011-03
DESCRIPTION
TRANSCRIPT
SCOP - Structural Classification Of Proteins
• Организована в соответствии со структурными семействами белков.
• Иерархическая система.
NCBI - Entrez
• Entrez - поисковая машина для баз NCBI.
• Поиск начинается с выбора адекватной области для поикса (Nucleotide, белки).
• Можно использовать определители полей, логические операторы, условия и т.д.
NCBI - Entrez
Ограничения:
SRS (Sequence Retrieval System).
• Исталлирована на множестве серверов.
• Имеет связи со многими базами данных.
• Предоставляет множество инструментов и служб для анализа.
• Позволяет сохранить результаты работы и анализа и продолжить работу локально.
SRSРабочая среда
Выбор базы данных
Заполнение формы запроса
Страница результатов
Текстовый поиск
Общие принципы:
1. Все главные базы предоставляют удобные средства для тектового поиска.
2. Поиск по ключевым словам или полям.
3. Одновременный поиск в нескольких базах.
4. Дополнительные условия (дата, длина и т.д.).
Эффективность поискаЭффективность: время и адекватные результаты!
Проект ENCODEhttp://genome.ucsc.edu/