biodb 2011-02
DESCRIPTION
TRANSCRIPT
![Page 1: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/1.jpg)
Стандартная запись Swiss-Prot
![Page 2: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/2.jpg)
Стандартные поля: entry, name, origin
Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения
![Page 3: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/3.jpg)
Enzyme (ферменты) http://enzyme.expasy.org/EC/2.7.10.1
![Page 4: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/4.jpg)
NiceZyme Viewhttp://www.icp.ucl.ac.be/~opperd/lysozyme00/results/enzyme-search-ec.html
![Page 5: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/5.jpg)
UniProt - Taxonomy http://www.uniprot.org/taxonomy/9986
![Page 6: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/6.jpg)
Ссылки на статьи, использованные для аннотации
![Page 7: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/7.jpg)
Комментарии
![Page 8: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/8.jpg)
![Page 9: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/9.jpg)
Возможные разделы комментариев
![Page 10: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/10.jpg)
Cross-References
![Page 11: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/11.jpg)
Cross-References
регистрация
![Page 12: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/12.jpg)
3D-Structure (список структур)
![Page 13: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/13.jpg)
Reactome - курируемая база знаний биологический путей
http://www.reactome.org/ReactomeGWT/entrypoint.html
http://www.genomeknowledge.org/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=177934
![Page 14: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/14.jpg)
GO terms
Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации
http://www.geneontology.org/
Поиск гена или его продукта, BLAST, поиск по GO ID, просмотр онтологии
![Page 15: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/16.jpg)
Cross-References, Keywords
![Page 17: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/17.jpg)
KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/
![Page 18: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/18.jpg)
KEGG (pathway viewer)
![Page 19: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/19.jpg)
DrugBank
![Page 20: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/20.jpg)
UniProt http://www.uniprot.org/
![Page 21: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/21.jpg)
http://www.uniprot.org/uniprot/Q7M419
![Page 22: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/22.jpg)
Keywords
![Page 23: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/23.jpg)
Сервер Expasy http://www.expasy.org/
![Page 24: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/24.jpg)
Словарь ключевых слов http://www.uniprot.org/docs/keywlist
![Page 25: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/25.jpg)
FASTA format
Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman):>(the definition line)_уникальный_ID + короткое описаниеПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ
RAW format – без definition line
![Page 26: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/26.jpg)
Базы данных
Exp.Method Proteins Nucleic Acids Protein/NA Complexes
Other Total
На 22.02.2011
PDB
![Page 27: Biodb 2011-02](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022051209/5498680fb47959333d8b471a/html5/thumbnails/27.jpg)
Базы данных OCA