biacore 2000 - university of cambridge · instrument handbook biacore®2000. biacore 2000...

350
INSTRUMENT HANDBOOK Biacore ® 2000

Upload: others

Post on 21-Apr-2020

9 views

Category:

Documents


1 download

TRANSCRIPT

INSTRUMENT HANDBOOK

Biacore®2000

BIACORE 2000Instrument Handbook

���������

������������� ����� �������������������������������� !

��"���#$ �%��&&&����'������!

�((���#$ ����������!�)��"�� ���*� $���"��(�'� �������������"����'������� ����������� �����(���� ���+� $�� �+�� ���"����������*�������'������!

���'���������������� $����#$ � �������'$��#��� �� $������#�������"�'�*�'� �����*��������������� �� $��'�� �� ��*� $����� ����� ����������+� $�� �"������ �'�!

�����������������#�� ����� ����������*����'������!

,����+���&-�����,����+�.)/�������#�� ����� �����������*�0�'����* ����"��� ���!

����

1�������� ���' ��������

��&&2�� $��'��"�������'�������+���������1$����'��������������!����'����' ����+� $� $��'$��#���*�'��"���������� $��'����� �����*+�� ��#� $����� ����� ������������'�����+���'$��#��� ������������+� $�""��3'����(� ���� $���#$�� !�/$����'$��#���$������ ��������"(���� ��� $���#$�� $���((�� �� ������ ����(���� $��'����� ���� �����*� $����� ����� ���������!

_________________________________________________________________________Contents

������������ ����� ��������� �

Contents

1. Introduction������������� ���� �������������� ���

�������������� ������ ���

��������� ��������������� �� ���

2. Description���������� ��!!!�" �����#����� ������������� ����������� ������ ��������� ����� ���� �� ������������������������������������������ ������!�"�� ���#�� �$����%�&�������'��� �$����(�)������������ ��� � ��*����+�,-.������������� � ���

���������� ��!!!���������� �� ����

���������� ��!!!����� ��������� ����

�������$��������������� ����

��%��������������������� ����

3. Installation�������� �����"����# ���

����&�$��#������� ��!!! ���������/��#����#����� ��� �' ��������, ������������ ��

������������� ���

���������� ������������� ���

��%�'�� ��" ��%

��(�)�*������������� ���" ��%

4. Operation����+���#���������� ���������0�������/��� 1����#��2�� ��������"��������3���&4-�� ��� ��" 5�1��� ��������3���&4-��***� 5�1�������������� � ��������� ����������� ��������� � ��

����' "� ��#��������� ��%���������������� ���� � �!

Contents _________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

������. �������#���� ���#�� �!������������������#����2����'��� �%������"���������� �������������'�� �(����!�6 �����7�����#����������� �� �+����%�"��������#������������� ��*

����+���#��""����������,� �� ���!

����&�������" ����� ����������)���5������8���9���������������������� ���������.����� ������ ������ ���������"������������������� ����� ���������"��������#��������� ��� �������5� 1����# ��!����!�"��������#��5� 1����� ��%����%���:������������ ��(����(�"� �����������:���� � �������+�;��������:���� � �������$�4�� <����������� ��������*�� ���������5����� � ��!�������/�#������2����#��������'����� �� ���� ��%�������"�<�����#���� ����� ��(�������"� ���������� ����� ��+�������-�������'�� ���� ������ ��+�����!�=�� �������#���� ���#�� ��+

��%�-����#��������������� ���.��!���"���������#��� ������2���� ��$��!���� ������2�����1��� 1������' ��*��!���;���������#��� ������2���� �����!���0�������������# ��5� ���#��� ������2���� �����!�!�� ������2�����1��� 1����� ��!

��(�&�������� ������" ����� ���(��%�����������������# � ��%��%����#������������<�����#�����# � ��(��%���4������������# � ��+��%���)����������# �� ������ � ��$��%�!�"� �����������# � ��*

��/�������#�������������� ������(���3��� ����***��� ������=��� �����(���� ��� ��" 5�1��� ���

��0�1����#�����$�������#����� # ��� ������+���=�������������1��� 1 �����+���"����������� ����� �����+���>��1�������<������ �����+���"��������#�������' �����+�!�4�������� ��������<���� �����+�%�"���������� ���� ��� ��%��+�(�4�� ���� ���������<����� �������� ��(��+�+�-<����� � ��+��+�$������������ ����� ��+��+��*�-<����������� ����� ��$

_________________________________________________________________________Contents

������������ ����� ��������� ���

5. Application Wizards%���+���#��""����������,� �� %��!�����"����������������� ��1�7��� !�!�����/�7������������ !�

%���2����#���"������,� �� %�0

%���3���� ���" "� ��������,� � %�.!�����"��5������������� ��1�7����5����� � !$!�������� ����7��� ���?�� ����� !�*!�������� ����7��� � !��!�����4��������� ��� ����� !��!���!�"��5�������5 ���������� !�(!���%�)� ����# �������5������������� � !�+

%���3��4�����#������������,� � %��!

%�%�3��5����������������,� � %���!�!���@�����������'��1�7����5����� � !��!�!���6 ��� ���#��������������'��1�7��� !�%!�!���������������������5� ���#��������������'��1�7��� !�+

6. Customized Applications(����$ $���������������,���""����������,� � (��%�����.�5�������#��� �������2����� %�%�������������<������ �<������� %�%������������������� ��� � %!%����������������#����� %%

(����������������$� ��4���������"� ��� � (�(

(����������,���""��������������� (�/

(���+���#���������������������"��� (�0%�����.������ ��� �� %+%������� 1����# %$%������� 1���������� %$

(�%�+���#�5��� �� (��!

(�(�+���#��"�����6��#�$���� (���

(�/�+���#�&�7 (���

(�0�+���#� "� ��"����� (���

(�.�+���#������������������� (���

(��!�+���#�8��3 (��%

(�����������,���""��������6��"�� (��%%��������#����� ����' %�!%������� ����� �������������� � %�%%������� ����� ����� ��� ���9�������� %�(

Contents _________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

7. Maintenance/����#��� ��������� /��(���������#������ 5��#����' (�(�����"'������������ (�(�����&�#���� ����� (�

/���+� ������ /��(�����/ ������� � (�(�����)���� � (+(�����"��<����� � ($

8. Troubleshooting0������� # ���" �4��� 0��+�����"������� �� +�+�����, 1������2�����' +�+�����"���� +�+�����.��5� +�+���!�4��� ������������������ +�+���%�"#�5� +�+���(�6 ���� ��� ����:���� � +�+���+�� ������ ���������' +�+���$�"������������ � +!+����*�&�#������������ ���� ���� +!

0������� �����" �4��� 0�%+�����0�������5������ +!+�����,�2��������<��' +!+�������� ������ +(+������ ����� ���� ���������� +$+���!�"�� ���#�� +$+���%�)������������ ��� � +$

0��������� �" �4��� 0��!

9. BIACORE Control Software reference.������ ���#������� ����� ��������� .��$�����"��������5� ���#��/��� 1�"��������� $�$�����"��������5� ��/��� 1�-9�� ��� $�$�����;�������� 5�1����������� $�$�����4�� <������� ������ $�$���!�"�������� ����� $�

.���� �����"��� .��$�����;������� $�$�����) ���� $!$�����"�� ������1��� 1 $!$�����4�� ���� ��������� $%$���!�-<����� ��1��� 1 $%$���%�"�����1��� 1 $($���(�;��# ������ ��1��� 1 $(

.���&��������4������ .�0

_________________________________________________________________________Contents

������������ ����� ��������� �

.���9������ .��!

.�%� ������� .��($�!���"�� ������1��� 1 $�%$�!���;��# ������ � $�(

.�(�1������ .���

.�/������������ .��!

.�0�������� .��!

.�.�3�������� .��%

.��!�8��������� .��0

.����:�"���� .��.

A. System specifications����������" �� ��� ���

����3�������"��������� ���

����3�������� �"���� ��%

B. Application guidelines����2� �������� ������ ���

����3�"������""������� ���

����&������$ ������������� ������" ����� ���

�����"�������� ����������� ��!!! ���3�����0����������5��� 3�3��������������5����������� 3�

��%� 6" ������������ ������ ���3�!���"��������������� � 3�3�!���,��������� ����7��� � 3!3�!����� 1����� 3%3�!�����:���� �����#��2�� 3+3�!�!�=��������5����������� 3$3�!�%�4������������' <�� 3�*3�!�(�)������������#���� 3��3�!�+�4��������� � 3��3�!�$�/�#�����#����2����#��������'��� 3��

C. Chemical resistance and recommended solutions����2� ��������� ������ ���

�������� ���������� ��%

�����#� ��������������� ��/

����;���������� ��0

D. Status and event log messages

Contents _________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

E. Writing BIACORE 2000 methods ��������������" �# �����# ��-�����,��������'���9 -�-������ ����������<������� -�-������ ����� -�

���&�����4��5� ��

�������� ����#������� �%-�����)#��;��6��� �� -!-�����)#������'���� �����)#��.-��6-���4&0��� �� -!-�����4�������<������'��)#��.-��6-�,&&���� �� -��-������ ������������1��#��#������)#��.-��6-��,-4)�����.-��6-

�;-""�0-��� �� -�!-���!������� ������������<��)#���=4>-�� ����� -�%-���%��� ����� 1��)#�����-6.�� ����� -�(

���&���������*�� ��0-�����.������ ��� �������5� 1����# -�+-�����"��������:���� ���'�� -��-�����>��������� �������������:���� � -��-�����"��������� <��'�����5����� ��� ������ � -��-���!�)#��-A)4��,-�6�� ����� -��-���%�=���� ��������# � -��

�%�������� � ������ � ��������# ���-�!���0���������� ��#������� -��-�!���"'���9���� � -�!-�!������ ������<������������ -�%-�!������ ����������������<���� -�(-�!�!���� ���������������� ������� -�(-�!�%���� ������������� 5�<������� -�+-�!�(����������� ������� -�$

F. Method language reference

Index

______________________________________________________________________ Introduction

������������ ����� ��������� ���

1. Introduction

���������������������������������� ������������ ������������������ ���� ����������������� �����!���������"�����������������#$� � ��%����!�&

����� ������������ ���� %������� ���������������� ������������������������"��'�������������������������� %���� ���� ����������&�����(���� ���� ��%��!��������������� %����!��� � �� %���������)� %�������!������� %������������������� ����� %������� � �*� %� %����!�����������*��&�+��������� ���������������������� ����������� ���������*)�*%���� %���������������������������*������� %�����*�����&�,��� %���-��� ������""���� ����)� %������"������������������������!����� ���������������������' ������������������������&

#$�������������(���(���" �������������!� ��%��.���*%��%���������� %������������ �� �����������������������������"��'��� �� �����"�������"��"������������&�/%�� ��%��.���������� ���.�����������������!���� %��� ���� ��!����"���� �&�/%�����"�����������!��������"����� ���� %��� ������� %�������������)���� %� ������ �"���������� ���� ������������������������*���*� %� %��������� �� ���� ��%��.��&

����� �������������������������"�� ���������� �� ��������������*"!0���)������������� ����%��!������ %���������������� �� �������� ������������*�� ��&���&�/%�� ��%����!������*���� ������ ������������!��"������� �)����� �������������� �� ����*� %������ ������!��!�����1����������� ��2� �����!0��������� ��� ��������&�,��*� %���!% ��%����!��*� %��� �!�� �����������������!�(�����"�������������"��%������!��������"����������� ���������� ����&

����� ������������������������� �����!� %���� ���� ��������"�� ����)"�� �������-�!� ��)��������������)���"�����������������(������!��"�� ���������%����(�����������*%���������&�/%�� ��%����!�����(������������*�������!������""���� ���������)����!��!�������������������%� �����!����!�)�������������� ������"����� ������������� �������������������%&

1.1 Biomolecular interaction analysis

Introduction_______________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

#������� %����-���������������� �����������3

•�+��������� �������� ������� �� �)��� %��� �������.���������)�������� ���������!�������� ��������������"�����&

•�4� �� �������������!�"�� ����������������!��""���� ����&

•���������������� �"���������!�"� ����)�*%���� %������� �������(��������� ��� ������������.������ ������!����������(������ ����������������"��� �(� ���� *��������� ��&

•��"� �"����""��!�� �����)�*%������ ������������ *������������ ��������������������!� �� %��������� ���� �� ��������� ��"����� %�� ��� ������� %���� ���� �� �� �"������������*� %��� �������� �!����������" �����!����������! &

•������� �� �������������� �)�����!� %������"������������������������ �(��"����� ���������� %�������� �� ��������� ��!� ����� ����������"��'���' ����&

•�+��� ����!������1��� ���"��������)��&!&�"�� �������)"%��"%����� ���)����������������� %����)���!� ������������(�!�&

#����� %���� �� ���� ��%��.���������� ���.�����������������!���� %��� ���� ��!����"���� �)��������� %������������������������������ *� %�� �"�������!� %����!���&�,����'��"��)����� ���������!������"� �"��"������� ��� �������������"�������������������������� ���������������� ���� ���%������������ ������"���� �� &

�"��� �����������������������"��"��!�������������� ������������������"� ���5����"�������56�*��������� � ���"�� �� &

______________________________________________________________________ Introduction

������������ ����� ��������� ��7

���������$��������!�8�� ���� �����������(�� �!������%��������.�����*%��%��������%�1������&���������"��� ��!�������� �����!� %���� ��)����������������� ��� ��������������������������������,����*� %����� ��� �����"��(����� ���(����"���������-�������������!�� �� %���.��"��� &�4���� ����� %���.��"��� �������� %���*��� %���������������� %���������&

��������

,���������*������ �)���*����*�����""��"��� ��"�� �� �(����� %��!�����!��"��� ������������ ������������������&

��������

8�����.���������� ���.��"��� �*%���%������!�%�1����������� �����&

��������

��� %����� ����� ������� ����� ���*� %����%�1����)�"��������� �� �������������������8����#�""�� �������� %���������� �������� ����� ����� ����"���������&

��������

���������$��������!�8�� ���� �����������(�� �!������"� �62�9��&

4���� ��"�����(���&�4�������� ���������������������"�����!������&

1.2 Safety information

Introduction_______________________________________________________________________

��: ������������ ����� ���������

���������$��������!�8�� ���� �� %�������*��!����� ��� ���������������� �(��3

•������������;�6���� )�#��� ����.������� ���������� ������.��"��� ��������������� )���� �������������� �������&

•�<507760���)�����"��������� �(�����������!����� ����!�� �����"� ����� �&

•�=7070���)�����"��������� �(�����������!���*�(�� �!����(����&

1.3 Conformance with standards

_______________________________________________________________________ Description

������������ ����� ��������� ��

2. Description

��������������� ��������������������� ��� �!�"���� ���!��������� ���!��#� ����������$��������������������� ��!�%�� ����&�%������ ��������� �����������!��������'��!��!�����������������&

Figure 2-1. BIACORE 2000 system processing unit and controllingcomputer.

����������������������� � ������ ����!!�������������� �(

•� ���!�"������!�'��#������)������������� ������������� �� ��!�����!�"�����'��� ���������� ��������������� ��� ������� ���!�������!������ ���� �����!��

•� ���� �����!��)�����������������������!�� ���!�������!�������*����������+�� ���� �� ���� �� ������ ������!!��������!������'��#�������� ������!!�� ���

•� ���� ���� ���,�-!��������� ������.�-�/)���� �������!�"������!�'��#� ����!�)�����!��!��������'�!'��

•� ���� �� ������ )����!�������� ���!������!�� �������������� ��������� ������������������%$����������

•�0��� �� ����!�����!!����������#� ���-����������������� � ��������� ��

•������������������������ ��!!���������)��� �����!��������-��'�!'��)���������������������������� ��%$�������!&

1 ������'��!���������� ����������� ����� �� ������� ����� ���� ��� �� ������ )������������� �� ����� ����� � ������������������� ��� �� ����!�����!!&�1 ���-����������� ��� �� �������������!#� ���� �������� ����!����.���� �������������� ����� �����������������

2.1 BIACORE 2000 processing unit

Description _______________________________________________________________________

� ������������ ����� ���������

��������/)�� �� � ��������+�� ������� �����!�����������!����� � ���-�&

AutosamplerIFC

Sensor Chip

Waste bottle Buffer bottle

Eluent pump Autosampler pump

Connector block

Figure 2-2. The liquid delivery system with two pumps and an autosamplertransports liquid to the connector block where samples and buffers areinjected to the IFC.

1 ������� �� ���� �����!�������������������� ��� ����!��������������� ����� ������ ���)� ����� �� � ������� ����������+��#��#� ���'��������!����� ���� �����!��&�1 ����� ����� ������ ��������� ���� � �����������&

2.1.1 Pumps1������� ���!��������������������!�"���� ���!���������������&1 ��!�� � ������������� ���������� ��������!������!�"���� ���� � ��� �� ����!�����!!)�� �!�� ����� � ��������������������� �����������)��!� ����������*��������!������ ���� �����!�������������+�� �������!����� �� ���-�&�1 ���#� ������ � ����� ��� ���!!#��� ���� ���������������"�����&���� �����#)���� ��������!��� ���� � ��!�����!!������ ��� ����� ����#�����!�� ���!��������� ����&�$��� ������������������������ ����� � ����.�� �����!��/���������������� ��!�� � ����.������/�����&

1 �������������#�����������)�������!!#�������������������� ����!���������!���� ��� �������� ����,!2���&���� ������ ������ ����������� #���3�,!&

1 ����� ��������!�������� �����!�"������������������'����!���� ��� !�������� ��� ������������ ������ !#��� �� ���-����!� � ���� �������� ����!���&�1 ���� �����!������������!������������ ������������ ���������'����!)��� ���������!!#���������������� �������

_______________________________________________________________________ Description

������������ ����� ��������� �4

���������������!������ ���� �����!��&�1 ���� �����!������������!����������������� ����������������������� ���������'����!��� ��� �����!���'��!�&�%���!����������'�� ����������*������ ����������������#����!!����������� ������ ��������� ������� �����&

1 ��������������� ��� ����� �!�� ���3��!���� ������)�����������������������������!!�� ������� �����!��� ������ ���!�����!!�&

2.1.2 Autosampler1 ���� �����!��������������� �����������)���!� ����������*��������!��)��+�� ��������!����� �� ���-�)�������������!������'��#��������� �����!!�� ���&�� ������ �� �������� !#����'�� ��������������� ��� &

Figure 2-3. The autosampler compartment.

1 ���� �����!�������������������������� �� �������� � ����!� ������!�������� ����������&��%���!��������!���������� !#��������� � ���!� ����!!��������'��!����� �� ����������&�1 ��� ���!����� ��!�� �����!�������!��������� ������������ ��������������'����#� ���� �������� ���)�� �� �����#� ������!�� ������!������ �������� �� ������� ����!����������+�� �����������!���� �� ���-�&�1 ������!��������� !#������� ��� �� ���� �����!�������&������ ������� ����������������� ����� �����!����'���� �&

�� �����!�������� ���������� ��!!������������������� ��!�%�� ����.����� �� ����0�����5/� ���� �����!�����������!����1��6%-��)7�8������69��1&

1 �� ������ ������� ���� �����!����������������������� ��!!����#������ ���� ������* ����!� ����� � �����&��!�������� �������������'���� ����� ��������� � �� � �������� ��������������!��&�1 �������� ����������'��!���� ���� ����������������� �����'�� ��'����� �������������� ���&

Description _______________________________________________________________________

�0 ������������ ����� ���������

2.1.3 Connector block1 �������� ����!���� ��� �����!� ���� �)����������� �������������!���� �������������!���� �������� ������� ���������������+�� ������� ���� ���� �����!�������!�� ����+�� �����!������������ �&�1 ������!� ������� ������ !#��� ��!���� ����!����� ���-�&�1 ���������� !� ���� �������� ��������������'���������!�&

���

������

�����

�� � ���

������� ��

Figure 2-4. Side view of the connector block, showing the injection port,wash station and recovery cup.

2.1.4 Integrated µ-Fluidic Cartridge (IFC)1 ���-�������� ������������������ ����!������������ ���'�!'����������������!�� ��� ������)��������'��� ����� ��!���!�'��#����!�"���� �� ��������� ����������&�%���!���������+�� �������� ���� �����!����� � ���-�)�� �� ������� ������� !#��� � ���� �� ����!�����!!�&

Figure 2-5. Diagram of the channels and valves in the IFC as seen fromabove. The inset shows a side view of how the flow cells are formed bypressing the sensor chip against the IFC. Not to scale.

_______________________________________________________________________ Description

������������ ����� ��������� �3

1 �������� �������� ������������������!����+�� ������ � ���-�(�/������ ���+�� ��������� ���� �����!�������!������ �����)����/�!������+�� ���������� ������!��!������� ���-�&�1 ��������!!�� �� ����� ��� ���!!#����-�������:&�1 �������!�������������� ��+�� ���)�� �� ����� ���!������!��'�!�������� ��43�,!����������!���+�� ���&�1 ������!��!���� ����������� #������,!)��������!�������� ����'���������� �������������!����+�� ���� ��������;������!����� ��� ����!!���'�!����&�<������+�� ���������������������!�������� �����)���!�����

•���+�� �������'�!�����!������ ���43�,!)�� �� ����� ���!����#����"�������������� ���+�� ���=!������+�� ���=����� ���+�� ������'�������*���������!��'�!�������>3�,!�.43�,!������ �?���,!�!����?43�,!������ /&

•���+�� ���������������!��������� �!#���!!��������� ���.�����+�� /� �� ����������&�&��������� �������������� ������� ��������������*�����!������ �����'�� �����������������!# �� �� ���������&�-��������+�� )� ������ �����!�������+�� ������!������������� ���������������� �����&

•�7����!!#���� ��!!�����+�� ����)�� �� ������!��#���������������!�������&

-������� ������������� ��� ��������� �� � � � ������!�������!�'���� �� ���!�����!!��������!!����������!����� ��������������������� � �����!�������������������&�1 ������!���!���������� ����#���� � ����� ���������!��������������!������ ���-���� � �� �!����������� ��'�!'��&�@�������������������;����#� ������ ��� ������� ���-�)�� ��������'�!������� �����'�!'������� ���!�����!!�������� �������!!���������!�&�1�����'�� ������������������� ���������!�������������� � ���������������������� ������!���!������ ���� �����!��� �����)����!�������� ������ ��� ���!!#��!��������������������������� ��� ����� ������������� ������!��.����-�������:/&�1 ������������ �� � ��������������� ������!�������!�� ��� ����� ��� ��� ����+�� ������������)�������+�� ��������!������������� ������������ ��� � ������� ��� ���!�����!!&�1 ������������������ ��'�������� ��������� � #��������+�� ����.�&�&��������� ����� �� ���+�� ���)� �������� ����� ������ �/&

1 ���� �� ����!�����!!������������������ !#���� ���-���#��������� ��������� ������ �� ���-���!�����!!��!���&�1 ��������� �������������'��)���� ����!��������������� ���)����!������ �� ������������� ��-�&���� �����'�� ���� ������!�"������!�'��#�� ����!�������� ��!�'�!'���� ���-�&�1 ���!��������������������� � ���������� ��)������������������� ���!�����!!���� ��������� ��������������������!!�.-�������>/&���!��� ������ ���!�����!!�������!!�� ����������� !� �� ����!��������� ����� ��� ����� ����� ������'��#����&

Description _______________________________________________________________________

�: ������������ ����� ���������

Figure 2-6a. Schematic illustration showing the flow paths during directinjection. The symbols o and � represent open and closed valvesrespectively. Not to scale.

During preparation, the leading sample is flushed to waste to ensureminimum dispersion at the front of the injected sample plug. The continuousflow pump maintains a constant flow of buffer through the flow cell. Theenlargement shows two air segments separating the sample from bufferwhich prevent mixing in the autosampler tubing and IFC channels.

During sample injection, the sample is driven directly through the flow cell bythe autosampler pump.

_______________________________________________________________________ Description

������������ ����� ��������� �>

Figure 2-6b. Schematic illustration showing the flow paths during loopinjection. The symbols o and � represent open and closed valvesrespectively. Not to scale.

During loop loading, the continuous flow pump maintains a constant flow ofbuffer through the flow cell.

During sample injection, buffer from the continuous flow pump pushes thesample out of the sample loop over the sensor surface in the oppositedirection from loading.

Description _______________________________________________________________________

�A ������������ ����� ���������

Sensor chip

Integrated µ-Fluidic Cartridge with flow cell block

Opto-interface

Prism

Prism

Flow cells

Figure 2-7. Precision-cast channels in the surface of the IFC define fourflow cells on the sensor chip surface. These are matched by ridges oftransparent polymer on the opto-interface, ensuring good optical contactbetween the components of the system. Not to scale.

1 ���-���!!��������!�������! �� ����!����!#���������� ��������!�����!!�&-!�����!!��������4�������������������!����������������!!�)��!!������!������� ��� ����� �� ����������� �������� !#���� ������������������!#���&

Figure 2-8. Simplified diagrammatic illustration of sample flow through twoflow cells. The symbols o and � represent open and closed valvesrespectively. Valves and channels not used in other flow path arrangementsare not included. Not to scale.

%���!����+�� ��������������� �'� ������"�������������� �������'����������� �����������!������� ���� �����!���'��!)���!�'������ ����"���������� ��������!�� �� ���!�����!!.�/)������!�� ���� ���-���� �����������#����� ����* ���+�� ���&

_______________________________________________________________________ Description

������������ ����� ��������� �5

2.1.5 Sensor chips%������� ����73������������!���������� ������ ����� ������*#��� #!� �����* ���� ��� �� ������!���!����������!�������� ���'���� #����� ��!�� ���� �����!��� ����.������� �� ��!��#���������������������� �������������!�;� ����� ���� �#/&�� ����������� ���������!���'��!��!������������������!��� ���������&

Surface matrixLinker layer

Gold film

Glass support

Figure 2-9. Sensor Chip CM5 is a glass slide coated with a thin gold film towhich the carboxymethyl dextran surface matrix is covalently bonded. Thematrix surface forms one wall of the detector flow cell.

1 ���������� ���������� ���������!�� ��������� ��������������� �� �'������ �&�1 ������� ���������� ����� �� ���������� ������ ���� ������ ��� ���������������� )�� ���� �����'�#������ �������!����� ������� ������������������� ����� ���� ������� �&�%�� �������� ��!!������������������ ���������� �������!������ ����� ���!��������������� ���� ���������� ����������������� ���-���!�����!!��!������� �� ���.����-�������>/&���������<�@��������B%������� ��B���� ����� �����!���� ����� ����� ������� ��� ��� � ������ ���������� ���.��!�� C����������� ��)��!�� ����!�� C�� �������)�� ���#�!�� C������/&

������������ ������������������������ ������������� ��.3�������������������� �������� ������� ��������!�;���!���������� ��������� ��������� ���������/)�������������������������� ��������������� �������� ����������&���� ��������!����������'������� ����� ����� ���������������� ���!� ���� ����. ��� �!��!�������������� �����!!����������� ���� ������� ��������!�;���!�����/&

2.1.6 Optical system1 ���!������������ ���������� ���������������� ����� �� ��� ����!������������ ���� ���!���� &�����!�������� ���� ��������� ����� ��������� ������� �������)��� � ������������ �'������*� �� ���!���)��������������� ���!�����!������ ����� ������������ ���������� ��&

Description _______________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

<�� ����������������������!�� ���� ����������.<�@/����������� ���� � ����������� �� ���������� ����������������������� ��������)���'��������*������������������� �!�� ����!��&�<�� ����!�� ������� ���������� ���������� ������#���!����������#����!�� ������ �'����������'������ ������������������ �!�� ����!��� ��������!� �����������*��� �!#����D&

�#������������������������� �!�� ���������*�������#������ �� ���)� �%$�����!��������� ����������� �!#�������!� ���)��� ����� #����!��'���� ����!�� �������)��������� �������� �� ��&�1 ��%$�����!������ ��������� ������"����#�����:��;�.���������� �2�/)����� ���'��������#� ��������������������������������� ������ ��� ������������ ��!�%�� ������ ��� ������ �����;&

Figure 2-10. The detection unit houses the optical unit with light source anddetector, the opto-interface and the removable sensor chip. Flow cells onthe sensor chip are connected to the liquid handling system through theIntegrated µ-Fluidic Cartridge. The broken line shows the boundaries of thethermally insulated box.

2.1.7 Temperature control%$������������ ����������� �'�� ��� ��������� ������ ���&�� �������� �� � � ������� �� � ������ ����������� ������� � ���������� ���������� ���� �� � �����&

1 �� ������ ������� ��!������$�! �����!���� �� ������ ���������� �� ����� � ������ ����� � ���������� ����������&���� �� ������ ��������� � ��!�)� ��#�!!���<�@���� ���������������� ��!�� ������� � ������ ���������� ������������������ ��!�%�� ������ ����! ���� �!#� ������� ������� ��!� ������ ���&�1 �� ������ ������� ��!�������� ����������� � ������ ������� ��������0�0D�����!������� ������ ���� ������ ��������� ������ ���D����!��� �������� ������ ���&

_______________________________________________________________________ Description

������������ ����� ��������� ���

1 �� ������ ����� � ���������� ������������������������� ��� ���!!#�#������������ ��!�%�� ������ � ������������������������'��#����&

2.1.8 LED status indicators1 ����������'��<�@�� � ��������� ������� ������ �����!���� ���� ����� &

�����������

<�� ��� ������������������� ����� ����� ��������#��������&���!�� ����!�� ������� ��� � ���������� ������ � ��$�����������&

� �����

<�� �� �������� ��������������������� ����� ����� &

1 ���<�@����!� ��������� �4����������� ��� �������������� � �����&��� ��<�@�!�� ������ ���������� �����)� �������� ����� ����� �������!!#���������������'������������ � �'�&

��������������� ��

<�� ��� ����!#�� ��� �� ������ ����� � ���!�����!!����� ��!��� � ������ � ������ ���&�-!�� ���� ��� �� ������ ��������� �� ��!�&

��� �����������

<�� ��� ������������� ���������������������#&�E�!� �� ��� ����������������� ��)������!�� ����������������� ����������� ����� ��� �������&

��������

<�� ��� ������� ������ ��!!�����������!����������������������&

Description _______________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

����� ������� ���������������� ������� ��!!����#������ ����!���������� ��)�� �� �����!������������!������������������������������������ ������� ���� �� ������� &�1 ����� ����!����������� �������� ������� ��!!���������������� ���������!������ ��)� ���#� ����� ��!!��&

�!!�������������� ����)��*��� �������� �����!������ �������� �������� ���� ���������� �������� ����� ������� ����� )�������� ��!!������������������ ��!�%�� �������������������7������� �F������53����F������261���������7������ ��!��$�&�1 ������ ��������'��������� ���� ����� ������������������������� ���������� ���!!�� ���&�������� ���������������� ����� ���#� ������ ��!!������� ����������� ������ ���������������� �'������ ������������!��������� ����!���&

@�����������)��� ������� ���� �� ������� �������!!�� �����������������#� ���� ����!����������� ������ ���������������� &�1 ������������� ������ ��������!#�� �������� ������������ ��G��������#�����#)������'�������'�!��������������� �� ���#� ������ ��!!��&��� ���#� ������ ��!!��)� ������������ ����������!�#������ ����������������������������� ������������� !#���� ������� ��� ��������&

����������!!�� ������������� ��������������#��������� ������������� ��������������)� �� ��������!� ����������������� ������ ������ ����#������ ������ �'� #���� ��$�������������������� ��!�%�� ����&�%���! �������������� ��$����������������� ��!��������� ��������������� ���'����� ������������&

����������� ��!�%�� ����������������7������� �F�������53���F������261�'�������0���������7������ ��!��$�&�1 ����� �������!����� ����!!���������� ����(

•� ��!�����������������'����� ������������� ���� �'�������!���� ��!

•����!��� ������;���������������������� ����������!#��������������

•��� ������ ��������������������������� ���

•������ ����!� ��������!�#���������������

•���� �����������!�#����������������������� ��)��!������ ���������������)��!����� �������� )����������� ������ ���)������� �� �������

•��� ��� ����'�� ��������������&�&�� �� ����������������!����+�� ���)���������!!������* ������

2.2 BIACORE 2000 system control

2.3 BIACORE Control Software

_______________________________________________________________________ Description

������������ ����� ��������� ��4

•�����������!������������!�#�����!������ ������������!� ������������ ��#����� ���� ������������

•��'�� �!���� �� ����������!!��'�� ����� �������� ����

•������ ����� � ��!��� �� ��������������������������������������� ���� ���#���"��� ������� ���� ������������

•��� �����������*������� �!��� ��!�

•������ ��!������� ������������ ������������� ������&

����������� ��!�%�� ��������!���������� ������� �� �������� �����'�!�� ����%�� ��������� �!������� ����� ����������������� �&��� ��������������� !#�����!�������(

•���������������������������������� ��������#������� �����'��!�#�!� �

•�����'�������������� ��������������������� �)��������!#����������������� �� �������������� ��.��������!#��������������� ������ ��� ������������ ���������� !#������� ����!� �� �����!# �������� �� ���/

•�����'�������� ����� ������ �� �������������� ���������������� ���� �������������������

•��'�!�� ���������� �� �������������� �&

1 ������� �����������'�!�� ���������������������������� �� �������&

2.4 BIAevaluation software

Description _______________________________________________________________________

��0 ������������ ����� ���������

����������� ��!�%�� ��������!���������� ������� ������!� ������ ������ �� ����������� ���*��� ������������������� ����� ��������*������� �!��� �� ����(

•����� ������!#�������������� ���������������� ����� ����)��� ��� ����!����!� ������������!������)�����!�������� ���������� ������� !��� � ����

•����� ������!#������ � � �����������!������������!# �

•���! ��!����������� �����

•���� �������������� �����

•������� �� ������ ������ ���&

�������!� �������'�����'�!���!������� �������������� �������������������������� �!������� ����� �����*������� �!�����! �&

1 ������� ��������������!� ���������������������������� �� �������&

2.5 BIAsimulation software

_______________________________________________________________________ Installation

������������ ����� ��������� ���

3. Installation

�������������������� ��������������������� ����� � �!�"

#����� $����� ����� ������%��������$��������%�� ���&����� ����������&�� ���%�����"�'���� � �����!���� ��&��(�� ��� �)�"&"�����$��� ��%�&��*���� $�����������$"��%� ���������!���� �����&� $���� ����� ������� ������������$��������� ������&$ ����!�� ��� �������������������� �� ��� �����$��&��"

+��������� �%��� �����&��%� $�� �� ��� ������� ������� ��,���������� $� � $��%������� �)�������� $� $����� ����� �� � $��%��� ���% �$�������*������� �� �)��� $������� ������ � $����% �$��������*������� ��� ��� ��"�-$�����$��������� ����� �����������������$�����������!� $����� ����� � �����������(�� ������������� ���"

3.2.1 Within the laboratory�%������������� �������!������������� $��� $�������� ���,������� $����������$� ������$� ������ $����� ��"�.���.�� �����/"/"�0����/"1�%�����%���������� �����%� $����� ��� ����"

2�% � $����� ����� ���� $��$�������)����� ����$�����*"�3�� � $���� ����� �� ��&$ ������&���!��&"

�������

-$����� ����� ����$��!��)0��&*�������������� ��� �� ��� ����% �� "

3.2.2 Longer distances��� �� ���������������� ����� � �!��%������ ��� ����"

3.1 Instrument placing

3.2 Moving BIACORE 2000

Installation________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

�" -$��MAINS INLET,� $��MAINS POWER���� �$����� $��������%������������ ������ $���������� � � �������� $����% �������%� $���� ����� "��� � �!�� �&�����&�,���4����� ����������� �������%������ ��&������ ��� ������ $���������� � � ����"������ � $�� ���������� �� $������������ "

" ��� ������� � ��� ��� $������(�� ��� ���������&� �� $����� �� �!���� ��� �����������"�5����� �������� �� �%��� ��� ��������� ���)���������2#-�*������������ �� ���6��%������������)��&$ �$����������%� $����� ����� *"�.������ �� ���6����%�����!���� �� ����"

7� �8 ������ �(� ����������� � ���,� $����6��������� �� ����������9������:"����� $����������%���� � ��,� $�� �� ��������������9��6�:,�9.������#�� ��:�����������,������ �������� ����"���%��� ���������� � ���������� � �����%������������� �������� � $������ �����%� $��������� �� "

�" �$���� $� � $��!�� �&������� ������ $��#������� ������� ��"

��������.�% ���������� ���������'���6"�-$����% ������������ ������ �������������!���"��%� $����% ����������� ����������� ������%������������,�%������ $��� � �������8

�"� -������� $��#������� �� �6������% �;�������<0"

"� �%�����$�!������������������ �!����� �� �� ���� ��&������� �����,������������� ���������� $��� ��&������%������� �����&��������.�% ����"

�"� ����� � $����������.�% ������'���6���� $���'����!�"

/"� �%� $���� � � ��&����������� �� �� ��� ��� ������,��$����Add/Remove Programs�%���� $��;�������<0���� ����#����������������� $��Install��� ��"�-$����� ���� ���� ��&�������setup.exe��� $���'���6�����"

3.3 Connections

3.4 Software installation

_______________________________________________________________________ Installation

������������ ����� ��������� ���

0" ����� $����� ��� �������� $��������,� $���������Next>"��� ��� $��������&�� �� ������%���� ���"�-$�� ����� ��������������� ��� ����� $���'���4"

=" -$�� ����� ��������!�����%��� $����% ����� ��&���������$�!� ���$����"�.�% ���������� ������� �������� $�� ���!����� ����� ���"��$���� $����4���%�������������� ����.�% ����,����!���� ����.�% ������������������ �����������������Install"-$����% ���������������� �����������%��� �%������������C:\Program Files\"

7� �8� �%�������� � ����� ���� $����% ����������%%���� �%������,��������� $��� �� ��� ����% ������ ����� $� $����&$ �������� ��������$�����Customized installation"�-$����������������� ��� ���%�� $����� ��� ����%�����"��� ���� ������� $����%��� �%����������$���!�������������"

Installation________________________________________________________________________

��� ������� ��������������������

�� ���������Finish� !����!���������������������"�����

#� ���������$����%�����"����������"��&�����'�$��������������''������"�����'�$��������"�����&�������(�'� ���)������%����"����������"��&�������$���������!����*���������'�����!�%������������������ ����$����!���$�����$�!�%����%�������&������!�� �����&+��!��'�����!�%�������,�������-����������!�$������"�����)�������������!�$�������'�������.������!� �%����&�����%���� �����&���!����""������������� !����!����'� ����!�������/���������"������

_______________________________________________________________________ Installation

������������ ����� ��������� ��0

�" .�� �$������������"�-$��2�'����� $��%��� � ������$������&$ ���� $��%�������&���(�����8

�* ���� $��2�'��� � $��%��� ���&$ �%������� ��������������� $��&���� "

�* -$��&�����������2�'���&$ �"

�* -$���������-�� ��� ����2�'�%���$��� �������� ������� �����@��� �� ��� ���,� $������� ��������� ��$��� $� �� ��� ����� � $���� �� ������� ����� ����"�-$�� ������(�����%��� �� ��� ����� �����@� ����������� ���������� ����� ���������� � �� ��� ����"

" . �� ������������ ����.�% ����"�-$����� ����� ���% ������������������ ����������,��$��$� �������!��������� ��")-$�������������&� ������������ ��%������������%� $����� ����� $����������� �$����%%"*

�" #� ���%%���������� �������!�������� ����"������ � $������ � ����&�� �� $����%%��������!���"���.���%%����������������������&������� �� ����������&���%%��,���������� ������������������������ ������������� ������ ����"

��0������%���������� �������������������������� ������!���"

" ����� ���������������$� "������� $����� ����� �����������$����Command:Dock���� $������������� ����.�% ���������"����Working Tools:Prime��% ���������&"

7� �8 -$����� ����� ��������������������������&�� ��� ���"-$����������%� ���������� �� ��!�� ���?������� $���$�� �� ���� ����������"

�" ����Working Tools:Rinse� ��%���$� $����(����$������&���� ����������� ���"��$���� $� � $������������������ � ����&������� ���"

/" ���� Test Tools:System check� ���$���� $����� ��� ��%�������".���.�� ����1""�%����� ������%� $��� ��������"

3.5 Power up

3.6 Liquid system start-up

Installation________________________________________________________________________

��= ������������ ����� ���������

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���

4. Operation

��������� ������������� �������� ������� �! ����������"��������#��������� ��������"���$����� �� ���%�!!�&��"���� ����'

•�(���"� �����% &���•�)�������"� ����*� ��•�(���"����!��� ����&�$����•�+����!������ ���•�,�����"������!���������•�+� ������� ��!!�������� ���•�-��&��"������ �!�� ��"�����! �

4.1.1 General Windows techniques����������� ��!�.�% &���������������+������% �/����&��01����%�!!�&�� ���"�����!�/����&��� ��������%�������!��"��������&����&�2�������������!�"�����3��#

4.1.2 Starting BIACORE Control Software������ �� � �� �������������� ��!�.�% &���������� �!!���������BIAPrograms���� ���Start�����#

� �������� ��� ���&�� ����*����&� ������ ������ ����� ����� �� � ����% &����%��� #��%�*���� �� � �����% &����%��� 2� ���� � ���&����&�&�!!����!�*� ��������"��Instrument Offline#������� ����&�!!������ ��!�����&���� ������ ����� �����&� �������#

4�������"���� ��������� ���� ����� �� � ���&���� �����% &������� �� ��2�*���&�!!��������� ���%��� ������������ ���� ������ ����5�#"#������������������2������� ����*� ��6#�.���.�� �����#�%���%�� ����� ��!���%� ������� ����#

4.1 Using the software

Operation ________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

4.1.3 BIACORE 2000 software screen regions������������������������� ������� ����3�����������'

•����������������� ������������ ������������������������#+��*��%� �����������������!��������������� ����"������ �� ���*�5����.�� �����#�#�����0#76#

•��� ������� �����������!��� ��%��8��� !*�������������������%����������� ����� �������#

•���������� ��������������!�*������ ��%����������"����2�������� ���� ����� �� �����������!�� ��#������������!�������!�*� ������������������#

•���������������������������������"������%���� ����� ���������� ����� #

•����������� �������������������� �� ������� ����� � ���� �� ���������%��������������� �� �� �������"� ������#

•��������������������!�*�� ��������� ���� ����� �� � ��2����!����"������ ���������2�%!�&��� ������ ������ ���#�.*� ���� � ��������"����������!�*���� � ����� ����%� ����&����&#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��7

.������� ���02������������ ��!�.�% &����%������������ ��!��������� �����%� ������������"����#

4.1.4 Commands and toolbar buttons��� ���������� �������� �������� ��2����������������%������ ���*�����2&� �� ������������������� ���%���� �����������������*�����!��5�#"#�Command:Dock6#�+��*��%� ���������!*������������������������� ���&� �� ��!������ ���#�+��*�����������!����� ������ �� ��*�#���!�� ��%� ��!������ ������������ �� ���*�����"� ������ �����3 ��"�#������������ ����!�������� ����!�� ������ ��!��!����!*�%���� ����������#����!������ ���������!������&����� ������"���&������������� ����� �������� ��#

Operation ________________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

Menu/Command Toolbar button Shortcut key

FileOpen Ctrl-O

Save Ctrl-S

Print Ctrl-P

Edit (sensorgram)Copy Graph Ctrl-HAdd Report Point

Edit (method)Undo Ctrl-ZCut Ctrl-XCopy Ctrl-CPaste Ctrl-VFind Ctrl-FReplace Ctrl-R

ViewUnzoom Ctrl-UReference Line F8

Baseline F9Notebook

Wizard Results Ctrl-R

CommandInject/Stop Inject

Transfer

Mix

Flow/Stop Flow

RunRun/Stop Sensorgram

Stop Sensorgram

ToolsEvaluation Ctrl-E

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��1

4���� ��� �������������� ������ ����� 2���� ���!��!*�� � ���!�% ���������#�)������������!*���������"���� � ���%�����!� 2��!�����"� �������� ���#�+��������� �� � ����������� &���� ����� ����%� ������ ����� ���� �������������� ���� ��� ����*�!����� ��*��8������ 2��� ������� �#

4.2.1 Preparing solutions��.���%%������������*� ��������)�.���%%�������!������!� ���������!����*������������&�����������������������������"���%%���%������ "�����!��������!��� ����#����*������ ���!��%�! ����2���"�������������!���������������!��������5��!6�&������������������������%%������� ���#���.���%%��������� ��!��!��&� ������&� ��� ��4���������%�� �� #

� ������!� �����%�����������������������!�������"���������%�! ����� ����"����#�9��%�! ��� ������ ����� ��!��#���%%�����!� ��������!����� ����#1:�.��%�� �� �)1� ��������$�����������%�������� �����%���� ����� �� ����� �����!��� �������� ����;��������!�#<�����*���� ����%�� �� ��%�*��������!������� ��"�� ������ � �'��&� ��2�*�������!�� ���� ����������!������ ���!���� ����;��������!���"�!��!*�5�������� ���=2�+��� ������6#

4.2.2 Docking the sensor chip��%������������������������2������������������ ������������� ������ ����� ����� ���%!�&��*� ����������&� ����%%��#

�������� ��������������2������ ������������������ ��� ��2���!!��� � ���!������������� �������������������� ����� ���������"�� � ����&� �� ��!���!�%����"���&��������� �������&����� ��"��� �� ������ ����� #���

������������������ ���������� ������������� ����������� �����

����������� ���������

��������������������������������������������������

��������������� ������� ������������������������� ��������������������

���� ����������������������������������������� �������������������

4.2 Preparing the system

Operation ________________________________________________________________________

��> ������������ ����� ���������

�����

1. Place the sensor chip cassette on the slide with the label facing upwardsand the arrow pointing into the instrument. 2. Push the slide into theinstrument.

)������� ����!���������!���� ������������������ ��� ��2� ����������Command:Dock���� �������������� ��!�.�% &���� ������� �������#

4.2.3 Initiating the liquid system�% ���������"�����&������������2����� ���&�����"� ��!�Prime� ������� ���%!�&��*� ���&� ����%%��#�����&�����"� ��!�����!�"�����3����� ��� ���!!*���������% �����������"������ ���#

)!����������"���%%���������&�� ���� !����� �����%%��������� ��� ������� ��������#�)!���� �����%%��� �� �����"� ����� ���&�� ���� !�� � ���!�% #������ � �������� ����"��5���������� ����������!���?6�%����� ���������� �� �����%%������ ������� ���&�� ���� !� � ����"��� �� ��&�� ���� !�#

��� ���&�����"� ��!�����!�"�����32�����������Prime������!�� �������!�������Start#�;�!!�&� ������ ��� �������� ���������#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��=

�%�*�������� �&�� � �������� ����*� ���������� �!*��% ���������"2�!�������Cancel���� ���/�����"����!�����!�"�����3#�@� ����&� �� �� �*�������!������Prime���%��������"� ���������������%���!�"���������!�$� ��������� ���� �������!*���#

4.2.4 Setting autosampler rack types������ �����!���������!�� &������!�������2�&�������*������ �������� � ����!� �����������%� ����� ������������5����.�� �����#76#

����!������������� ����� �����!������������2���!!������ ����!�����!���� � ���%��� ��%� �������������!���� ����������� ��������&� �� ��� �3 �� ���%��� #����������&�!!����!����������!����&����*�����!����� ����!����#+��������� �� � �����������������!*���� ������ �������#

Pull the slider lock towards you to insert or remove autosampler racks.

Operation ________________________________________________________________________

��A ������������ ����� ���������

�������Command:Define Rack Base� �� �!!� ������ ��!���% &����&��������� *������������"�����#�������� ��"��� ��������&�������������� �������� �!���%������������!����Transfer2 Mix2 Dilute�����Inject#

.�!�� ���������� ������� *����%���� �����!!���&��!�� �������!�������OK#

@� �' �������������� ��� ���������"��%������ *������ �����% &���#��%*����� � ���&���"������ *��2� ����� �����!�������!����*�������� ��� �� ���&���"���������3�� �� ����� ����#���������� ������%���� �����������������"� �������������%�*�������"�� �� *����%��������� ����� �����!��#

4.2.5 Normalizing the signal response-���� ����������%!�� ����������� ���� ������ &������%%���� ��������������%%�� � ���.)����"��!#������������������� ����*��������!�$� ������������2�����"���� �������"!*����!���!� ���� ������ ���� � �!��%!�� ���#�<�������!������ ��������!�$� ��������������&����*������"�� ����� �� ���� ������ ����5����.�� �����##>6����&����*�����������&�������������������8�������3���������� � � *#

��������!�$��"���!� ����5�:�&B&�"!*����!����&� ��6�������!������� ���������� �������C� #������%���#1��!� ����0���� ��!������!���� �� ��!�������� �����;2��#�#���������� �����5��"� ����������62�����!����� ����;�5����������� ����%���� ���%��� ������&�;6#�<�������!��� ������� *���������������������� �����%��� �������������#��������������&�!!������ �%���������������%��� �����%���*�� ��������� *����������� !*���%������������ ����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��0

The autosampler compartment viewed from the front, showing the positionR2F2 used for BIAnormalizing solution. Thermo-rack type B is shown in bothbase positions.

@� �' ����"!*����!������� �� ����5�:�&B&6������� ���!�%��������� �����!�$� ���#

�!���� �������� �� ����� �����!��������� ��� #�.�!�� �Tools: WorkingTools.�.�!�� �Normalize���� ���!�� ������!�������Start#�;�!!�&� ����� ��� �������� ���������#

Operation ________________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

4.2.6 Setting the temperature.�!�� �Command:Set Temperature������� ��� �����8���������!*��� ������ ���#

���� ������ ��������!�*���� ���� � ���&����&� �""!����� &���� ����� ������ �������� ����� ��!� ������ �������� ��� ������ ����D�4��� ������������"���� �%!�������� �!� ������������ ������ �������� ��!�#

/�� ��� �!� ������������������%���� ������ �������� ��!����%����� �� ��"��������"���#��� ������ ��������"���%�1E�� ��������� �>����� ��#

@� �' ����Set Temperature������������ ��!�� ����� �� ��� ������ ����� � ������������������%���#�.���!���������%%���8��!���� �� �� ����� �� ���� ������ ���������"������"� ����"�� ����;�2�� ���� ���"��%!�&��� ���5��9!B���6#�<����*�&�� � ������ ���� �������!������ ����� �����!�������� ��� �� �����%%���� � ������ ����%���� ���!� *��������#������� � ��"�!�8����������������!� ��� ����"�� ��������������� ����� �����!�������"�����3 ����!�����#

���!��� ����&�$�������!���� ����&������3���������������� �����%��� ��������!*����8����!*��������%���� !*#�������!��� ����&�$����������% &���� ��!� �� �"������*��� ����"�� ���� �����������3������� 2�%���� �� � ��%���!����!*���#�)������������������������ �������� �����!��� ����&�$������������������������!� ����3��� ����%��������������!*���#�4� ��!������!������!������������������%���� �����!�"�����3������ ���&�$����#

���!��� ����&�$�������� �����&� ���������������������������������� ��!�������� ���1#

4.3 Using application wizards

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ����

�������� ����������������&� ������� ����������������!!* ����"�� �����% &������ ��%���#�.���.�� �����#>�%������������ �����%�� ������� ��!!�������� ���#

@� �' ������� ����� ���������!������%�����%� *��������������"����� �����&��������� ����� �����!���5�#"#�����!����3��"������F�� ���6#�+����������!!�����!������� ��!����������!������%������ �� ��"����������� ����#������������ ���������� ������%�������%� ������������� ��!����#

4.4.1 Transferring, mixing and diluting samples.���!���������� ����%�������� &���� ��!�2���3���������!� �������"� ���� �����!��#������������ ���������������%������&� ��� �� �� ��"��������"���#

@� �' �%�*������%��������!�� ����%�������� �����&��!����������"������������"2� �������� �����&�!!���������������� ���� �� �!�"�%�� ���������"���#������������� ���� �!���!��������� � �����%����!������� �����%������!*����&������#"#� ��� �����%�����!�������� ���������� ���!#

�������!�"�����3���%��� ���������� ��������!����%��!���%��� ��!���� �������� ����� �����!��������#�������!!���&��!�� �������� ���&� ���������� ������ �*����!������!!� �!������������ �����%��� ��������� !*��� �!!���������5����.�� �����##�62����&�!!�������� �������������BUFFER5������"���%%��6,�REC�5���� ��*����6�����WASTE#

����������!�����Predip Needle �� ���2��!!�&��"�*��� ����!�� ������� ���� �&����� �������!��&�!!�������������%���� ��� ����%�������� ���#���������� �����!��������� �����9!�%���� �������������� ������ �� ���� �����!��� ����"� ����� �� � �������!��%���������"��� ����� �� &� ��������"���%%��#�(��� ����%�� ���� ��������$������*�� ����� &�������!�� ��!�2��#"#�&������!� ������%�&���!*���%%���� �������� �������������������������2������!���&����� ��������� �� � �� � �������!����� �� ��!�������� ����������� ����� ���&� ��������"���%%��#

4.4 Manual operation

Operation ________________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

�������� ���������

��� ����%�������!��%����������������� ���� ����� ���2���!�� Command:Transfer#

�� ��� �����8��������������� ��������� �!���2� �����!�������OK#

� � ���������

�����3�����!������������� ���2���!�� �Command:Mix#�(��� �����������%����3���!���% ��� ����%�����"� &����%%���� ���!� ����� ���������� ��!� ����������������"���������3 ���#

�� ��� �����8��������������� ����������������� �� �!���� �������3��5��3������1�9!62� �����!�������OK#������"�����!�"����!���2���3����"�=1:��%� ��� � �!� �!������� ��� ��!#�������3��"���������������� ��� ��������%���� �!�����%�����!������ ��������������� � �� ������� ��!#������������%������ ����� ����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���7

� ��� ���������

�����!� ��������!�2���!�� �Command:Dilute#�������������������!������������� �����%� &���������� ��Transfer������ ����� �������������3 �����%� &������!��#

��������������������������!� �����%�����!�����������!���� � �������%������3��"����� ���#�����%���!� �!�����%� �����!� �������!�����!&�*���9!�5%����3���!�2���8��� ��"�����!� ���� ��:�&�!!� �����9!�����!���������>�9!�����!��6#�������!� ���� �!������ ������� �����"��1�01:#�;������ ����������2����� �!������� ������"����0:#

����Dilute������������%����� ����8�� �!�� ��%� &��Transfer���������%�!!�&����*���Mix#�;����3���!�2

4�!� �����!��������2����!������2��3����� �������72��!� ����:#

��������������

�#������%�����9!�%�������� �����7#

#������%����>�9!�%������� �����7#

7#�+�3�������7#

@� �' Dilute������ ���$���%������ ����%����������������!���������&�����������!��������%������� ��Transfer�����Mix#

;������ ������ ���!� *��� &������!� ��������� ����2��!&�*������%*� �����!� �������� ����������������� ������!�"�����3#

Operation ________________________________________________________________________

���� ������������ ����� ���������

4.4.2 Data collection rate������ ����!!�� ������ ���� �������� �����������%����� ����!!�� ��������� � ���������"� ���������"����5�#�#� ��� ��������!� �����%� �����!*���6#�4� ����!!�� ������ ����������� � ��Low2�Medium����High�&� � ���Run:Data Collection Rate��������#��� ��!���!!�� ������ ���%�� ��������� ��"������!�� ������ ��� ��!����!�&#

����������

��������������� ��� �� �����������

�� #������ B� #������ B�

������ �#����� B� �#����� B�

�� � �#����� �B� #����� �B�

@� �' -�!���������! �������!��������%��� �� �����!!�� ������ �����������!#

������%��! ��� ��"��%�Medium ������8�� ��%������ ���������#�.� � ���� �� ��High�%������!��� �������8�����"� ��*���"������!� ���#�.� � ���� �� ��Low� ��������� �����$���%� �������! �%�!��%���!��"�����#

����������������������%�*���� �� �������&� ��Data Collection Rate��� � �High����Low#

4.4.3 Starting a manual sensorgram/� ����������������������2��������Run:Run Sensorgram� ��� �� ��������"��� �#

/���� ���*���� �� ���������"���������!!*2�*���&�!!���������� ����!�� ����� �� �������������%!�&��� �#�.���.�� ������#�#�������#�#1�%����������� �����%� ������!�"�����3��#�������� ������ !*������ �!���������""�� ���%��� ������� ��"�#

�%�Autosave��������!���%��������!�������"�����5����.�� ����0#062�*��&�!!��!������������ �������%*� ���%�!������%����� ��"� �������! �#

����������"����&�!!�� �� ���%�&����������% ���*����� ������� ��� ��!�� ����!�"�����3#�4����"� ������!�*2� �������������%�!!������� ������!�����&����������%!*����������� ����%��� ������#�-�������%!�&��� �����%!�&��� ���� ��"������������ ���� � ���&����&�� � ���������"���� �� 2���"���!�����%� ����� ��"��*����� ����8��� ��#����������������!��� ��%� ���&�����"����������#�<������8��� ���%!�&��� ��"��&�!!����� ��!��������%���� ���������"������ ��!!*�� �� �#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���1

����� ���������"�������� �� ��2��� ��&�!!��������������� �!�*���������Run:Stop Sensorgram#�� �� ��������������!����F�� ����������"� ��������"�������������������� ���� �� �!�"#�<��������� �� ���������"���&� ��File:Save����File:Save As�� ���*� ����&� ��� ��� ����� ��"��������"�5����.�� �����#�#�6#���&� ��2������*����� ��� �������������"����*�������� ����������������"��3��� ��������&�������"���2�� �����������&�%�!�������������� �� ������ �����%�!�#

.���.�� �����#A�%������������ �����%�������"��������!�*�%���!� ���#

4.4.4 Setting the detection mode and flow path<����� � ����� �� �������������%!�&��� ��� � ���� �� ��%� ��������"����%���� ���Detection����!�"�����3'

�������������� �������!�"�����3��� ���������� �� ���%!�&��� ������� �� ���������� � ���� �� ��%� ������#�.�����"��������������������!*%���� ���%!�&���!!����� ����������%!�&��� �#�<�����������"�� ���%!�&�� �������"�������&� ��Command:Flow path'� ����� �� ���������&�!!��&� ����� ��������"������� �����&�%!�&��� ����� �������� ��%� �����"���!�5�#"#�*�����������"��%����;�����7��� ��;������� ��� � ��� ����6#����������� ��� �� �������������%!�&��� ���������&����� ��� � ���&����&������"���������"���#

/������! ��!��%!�&���!!����������2���%%���%!�&�� ����"�� �����!!�����������5����.�� ����#�#�2�;�"�����A6#���������� �!������ &���� ��%!�&���!!�����#7�9!6#�� ���%!�&��� ���%��9!B���2� �����!�*��� &���� ��%!�&���!!��������� ����2�������������"� ������ ������ �� ���%��! ��� ���!!�� ������ �#

������������������� ��

�����! �������!�����2�%!�&���!!������B���7�������������������!������!!%������!������%���������� ��� ���2���� ����"������ ���������"��������!�*��%��!���������� ���������"����#������������������������ ��Detection����!�"�����3�� � ���� �� ��%� ���������"������������� �������"��������"���������"���#���%���������� ����� ��� ����� ��� ���!!*������� ��%��� ������!!� ������!�*��� &���� ���%!�&���!!�#

Operation ________________________________________________________________________

���> ������������ ����� ���������

����� ��!��!���� ��"��%�����%���������� ����� ��� ���������������$����!�&'

;!�&��� � ��%���������� ��� ���

;���� ��G

;�����7�� ���������7�

��2�7����������

G�H��I������� �� � ���������������%!�&���!!��������� ��� ���%���� �� ���%!�&���!!�2��#�#�;������� ����!����%���;��#

�������None���� ���Reference cell���3��%�*�������� �&�� ���%��������� ��� ���#

��� �%�*���������������"����&� ��� ���%���������� ����� ��� �������&�� � ����� ��� � �����%���������� �������!� �����������2�������� �!�� ������% &���#

���� �������������� �����

<����������� ���View:Overlay, View:Plot Curve Classes����Window:New Window���������� ����� ��!���&�������"������������!�*��#�.���.�� �����#A�%����� ��!�#����� ��"���! ��!��&����&��&� �Window:New Window������� ���!��!*����%�!�&������%���������� ���� ��� �����������2� ������!�*����"���!�������� ��� ������ ������! ������!*������%%���� ����!��#

4.4.5 Setting the flow rate�������"�� ���%!�&��� �2��������Command:Flow ������ ��� ����8������%!�&��� ����� ������!�"�����3#�������&�%!�&��� ��&�!!����!*&����*����!�������OK#

����%!�&�&�!!���� ������ � ����� ��� ���� �!�*���� ����������"�� ��%!�&#����� ��� ���%!�&2��� �����������Command:Stop Flow������ � ��%!�&��� �� ��$���#�<�������� ��� ���%!�&�&��!����������"������������"#�@� ����&� ��� �� ���F�� ���������� �������%������&��!�� ��%!�&����� �����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���=

� �� ��������� ���������������

��������������%�!!���&������������"�������� �� ��2�����������%�!!���� ��� ���!!*�� � ��������%�� ��*������� �����5���� � ���� �� ���������%�������*�!������� ������� ��!6#������ ����� �!�������1�9!2����� ����%�!!������ ���� ��������� �=��������#����� ������� ���������������"%���� �����%�!!������ ���������"������ ���!����!*���2�*���������%�!!� �������� ���*� ��������������!����#��������Command:Flow ��������� ���Refill���3#����������&�!!������%�!!���&����*����!�������OK2�� ����%*����� ���� �����"��� ���%!�&��� �#

����� �� ����������%� �����%�!!������ ����5�� ���� ��� ������������!!*��8��� ��6����������������� ���� �� �!�"��%���������"�������������"2��� �� �*����������� �%*�������!����"��!���� ���������������"�%���� ���������#

4.4.6 Injecting sample�����F�� �����!��� ��� ������������������%���2��������Command:Inject#<�������� �������� ��������������!������������"�������������"#

��F�� ����������%�����%%���� ����!��� ������������������������$�����!�&#

Operation ________________________________________________________________________

���A ������������ ����� ���������

Command Comments Injectedvolume

Sampleconsumption

Max flowrate

INJECT General purpose inject. 5-325 µl Injected vol +30 µl 100 µl/min

KINJECT Low dispersion inject forkinetics and for samplessensitive to dilution withrunning buffer. Controlleddissociation time aftersample injection.

10-250 µl Injected vol +40 µl 100 µl/min

QUICKINJECT Low sample consumption.Less preparation time thanINJECT but more sampledispersion.

5-325 µl Injected vol +10 µl 100 µl/min

COINJECT Injection of second sampleimmediately following thefirst (e.g. for dissociation inthe presence of ligand).Variable contact times forfirst sample only. Recoveryof either first or secondsample, but not both.

Sample 1:10-100 µl

Sample 2:15-250 µl

Sample 1:injected vol +40 µl

Sample 2:injected vol +40 µl

100 µl/min

BIGINJECT Large volume inject.Direct inject up to 325 µl,sample loop between 326and 425 µl, direct between426 and 750 µl.

326-750 µl Injected vol +52 µl 50 µl/min*

MANUAL INJECT Manually controlled inject.See Section 4.3.9.

1-100 µl /loading

Loaded vol +30 µl 100 µl/min

*BIGINJECT cannot be performed at higher flow rates because the auto-sampler tubing must be refilled during injection from the sample loop forsamples larger than 425 µl.

�������!�"�����3���%��� ��� ���������F�� ����������5�3��� +�@(�D��@J���2�����.�� �����#�#A6��� ������������%�������%�� ����'

•�Position�%��!����� ������!!���&��!�� ��%� �!������� �������������"� � ���������� ��"�#

•�<����� ��� ��� �!�����%�����!�� �������F�� ������ ���Volume�%��!�5�6#�������!�"�����3��!�������!�*����� �� � �����%� �������!��&� �� ������������%����5��� �� � ����K���F�� ��� �!���B%!�&��� �6����� ������!��������� ����%��� �����F�� ����5���� ��!����� �6#

•��%� ���Variable Contact Times���3�����������2� �!����%��!���������%��� ���%!�&���!!����� ��������� �%!�&��� ��5�#"#��%�*����� ���� �%!�&�� �����7��� �����&�!!����%���� �!����%��!���%�������@J����������6#������ �!������� ����!���� ��������8��!� �� ��� �!������

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���0

�����������"�%!�&���!!#�;����3���!�2�&� ��%����%!�&���!!�'

)���� ��' ���7����������������1��1���

@� ������ ��' �������������7������

-�����!����� �� � ������F�� ������������!���� ����*��&� ����"���� ����!�%!�&���!!���� �� ���%!�&��� ����� �����F�� ������������#��F�� �������� ��������� ��%!�&���!!�� ����� �� �� ���%%���� � ������������� � �������� ���#����������!!�� �� ����*� ��� �����!����� �� � ���������"��������&����!�&#

Variable Contact Times������!*�� ��!��!���%�*����� ������������! �������!�%!�&��� ������������ �����"���%���������� ����� ��� ���#

Operation ________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

����More>>��� ������������� ����!��� �����%��� �����F�� ���'

������Predip Needle������� �������������� ���� ������ �������!����� �������%�������� ������%���������� ��"�����!�#����������� �����!�������� �����9!�%���� �������������� ������ �� ����� �����!��� ����"� ���� �� � �������!��%���������"��� ����� �� �&� ��������"���%%��#�(�� ����%�� ���� ��������$������*�� ����� &��������!�� ��!�2��#"#�&�����!� ������%�&���!*���%%���� �������� ��������������������������#�(����%Predip Needle��������3 ��� ��!��%�����!�������!�����!�� ��������$�����!���������������� �����F�� �����*������ ��"� ��������� ����� &������F�� �������!������������"���%%��#

������Extra Cleanup� �����%����������� ����!�&�����%� �������!������;���% ��� �����F�� ���#�(��� ����%�� ���� ��������$������*�� ���&��� �����3 ���F�� �������������!���%�&���!*���%%���� �������� ���#�����;�������� ���!*�&������������ ��%� ���� ���������F�� ������8�����#Extra Cleanup�����!�����������%���� ���!�������������������*2��#"#��% ����F�� �����%���"����� ������!� ���#

��������!������ ��*�����%��� ������!!�� ������ ��������������������!�&�5.�� ������#�#0������#�#�6#

�!�������Start Injection� ��� �� � �����F�� ���#������*� ��� �������&��!� ���������� �����F�� ���2� ��*��"�%�������� �#1���� ��=����� ����������"���� ���������%���F�� ���2� �������!�� �!��������� ���� ������������5���� ��!����!�&6#������ �� �!�"����������� �� ��� ���&���� �����F�� ����&�����8��� ������� ��� ����� � ����� ��!�� �� ���������%�����!����F�� ���#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���

Injectcommand

Injectedvolume (µl)

Preparationtime (s)

Finishingtime (s)

No. of airsegments

INJECT 20100

6070

4045

2

QUICKINJECT 20100

4030

2530

1

KINJECT 20100

8090

4040

3

COINJECT 20, 20100, 100

185250

8080

3

BIGINJECT 350750

345340

9095

3

MANUALINJECT

Preparation time for looploading 100 µl: 80 s

85 2

Approximate times for preparation and completion of various injectcommands at a flow rate of 20 µl/min. Preparation time is the time betweenthe inject command and the actual start of sample injection. Finishing time isthe time between the end of sample injection and completion of thecommand, during which the flow system is washed. Finishing times forKINJECT do not include the dissociation time specified in the command.

Predip Needle adds about 8 s to the preparation time. Extra Cleanup addsabout 30-40 s to the finishing times for INJECT, QUICKINJECT andKINJECT and about 70 s to the finishing times for COINJECT andBIGINJECT.. Recover of 25 µl adds about 210 s to the finishing times.

4.4.7 Stopping an injection���� ��������F�� ���2��������Command:Stop Inject�����!������� ���StopInject� ��!������ ��#�������F�� ����� ��������������� �������������������#�����������F�� �������������� ��������� ����&�*�� ������ ����������#

�������&�� � �����&� �� �����������"�����!�#�<�����*�����������������"�����!���� ���� ��&�� ����� ���������%������������� ���#��������������!���������!��"���� ������!�"�����3��������!�*������ �� �*����������� ������� *� ��!��%���8������ ������� �� �����������"�����!�#

/���� �����������"�����!��������������������� �� �������������� ���2 ���%!�&��*� ������&��������� ��������&�*����&���� �����F�� ����������!� ��������!!*#�<�������� �� ��������F�� ���������"� ���&�����"�����������&�����%�!!�&� ��������!�����!����F�� ���#

Operation ________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

@� ��' �%�*���� ��������F�� ����%���&���������!������ ��*������8��� ��5����.�� �����#�#062� ��� �!�����%����� ���������!��&�!!�������������������������&� �� ���!�&��� �!������F�� ��#��%�*��� ��������F�� ����%���&�����%��� ������!!�� ���������8��� ���5���.�� �����#�#�62�%��� �����&�!!��� ������!!�� ��#

4����"� ���%��� ���F�� ����%������@J���2� ���Stop Inject������������"��� ��Skip Inject#��������"� ������������ �� �� ������������F�� ����������� �!*#�.���!����������"��� �������!��!����%���� ���%��� ���F�� �������%!������ ��&�� ��% ��� �����F�� ������������� �������� ����#�������������F�� ������������ ��������� ��������&�*����� ������F�� �����������#

;�����L�@J���2�*����������� �������!��&�������������� !*��� ����� �����!��� ����"�&���� �����F�� �������� �����2��� ��� �� �&����������� �������!��!������� ����;�#

.���.�� �����#�#���%�������"���*�� �������������#

4.4.8 Manual injections����+�@(�D��@J����%�� ������� ���������!� �������!���� ��!��%����!����F�� ���2�&� ��%���!� ����%���������"������������"� �����F�� ���2����"��"�%!�&��� �2���%�!!��"� �������!��!����� ��&� ��� ������"� ����F�� ���#�����������������%�!�%����� �!����� �&���2��#"#�%������� ��"%��� ����������� �!�����%���"����� ������!� ����������� ������ ����������!* ������!� �!*�%���� ������%���#

+����!���F�� ��������� �������!��!������� ����;�2��!!�&��"���� ����� �����F�� �����%���� ����9!#�4���� ���F�� ����%���� ���� �����!��� ����"������ ��������� ��������#

�������MANUAL INJECT�%���� �����!!���&��!�� ��%���F�� ������������ ���Inject����!�"�����3������!�������Continue>>#

�������!�"�����3����&�� ���������!� �����F�� ��� �!�������� �� �!�����%���%%�����������"���� ������ �������%!�&�����#������!� ��%�"����"� ���*������������ �����%�&���� ��������&�!!������%�!!��2��� �� �*�������� ������%�!!������ ����������"���F�� ����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��7

;�!!�&� ���� ������!�&� �����%�����������!���F�� ���#

�# �!�������Load Loop2��� ��� �������!������ �������� ��� �!���� ����!������5��3�������9!6#�����!�������!����������"�������"��� ���� &��������!��������%%��� �������������!������������#<��������!���������� ��������� �������!������������%�������� ���� ������������*�� ���%������!� ������%�&���!*���%%����"�������� ���#�!�������OK� ��!���� ���!���������� ���� �� ��������!���F�� �����������!�"�����3#

@� �' ���� �!���������%������� �������!�"�����3���� ��� �!��� �� ����������F�� ��#������3��� �!*�7�9!������ ���� ��� �!����&�!!���� �����%���� �������!�� ��!�%���������"��� �����!����������"�5����.�� ����#�#�6#

# @� �� ��� �!������������"���� �������!����F�� ��������#��%� ��� �!����������!!��� ���� ��� �!����*����� ���� ����F�� 2�*�����*&���� ����%�!!� �������� ��� �����������%�!!��"������ ���������" �����F�� ���#������%�!!� �������2��������Command:Flow�%���� �����������!������� ���Flow��� ������ �������� ��!���2������� ��Refill���3������!�������OK�5����.�� �����#�#16#

7# ��������� ����Volume����Manual�����'

Volume ������F�� ����&�!!�� ����� ��� ���!!*��% ��� ��������%�����F�� ��� �!���#�(��� ���������%�����F�� �����%����� �������� �!����#

Manual ������F�� ����&�!!���� ������� �!�*����!�������Stop#�(�� ����������%�*���&�� � ��� ��� �����F�� ������ ���� � �!*��������"� �� ���������������%� ���������"���#�� � �� ����������� ��� ��� � ���� ��Manual�����!��������������� � ������������������

������ ���������

<�����������"�� ���%!�&��� �������"��������!��������F�� ���2�� ��� ������"��� �!�����������F�� ���#�<�����������"�� ���%!�&�� �������! �������!������������ ��� �����F�� ����� ���*� �������� �������#

�# �!�������Start#��������!�"�����3�����!�*���� �� ���������!� ����F�� ��� �!����5�#�#� ��������%��!!� �!�������F�� ��������� ��� �� ��%������!���F�� ���6����� ��� �!������������"���� �������!�

Operation ________________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

��F�� ��������#����� �!������F�� ��������� ���!�� �Start�������&���� ���������"����� � ���&����&#

�������!���%� ����2������ ���F�� ������ ����A�0:��%� ��!������ �!����5������ ���"����%!�&��� ��6� ��������$�� ���������%����!��������������%%�� ��� � ��������%� �����F�� �������!�#

1# ����� ����� � �����F�� ����� ���*� ���2��!�������Stop#������&�!!�&� ���%��������!�� ����%%���%!�&�� ��� �������������%���2��� &�!!��� ���� *� �������!��!�������&���� ����;�#�<����������!��� �������!��!����&��!�� �����F�� �������� �����#�<��������!������ ����� �����!��� ��������������!�������"�Mix2�Transfer�����Dilute&��!�� �����F�� �������� ������5���� ��������������� ���������� ����� ������� �������� ��!����%��� ���������� ����6#��!������Start� ��������� �����F�� ���#

># ������� ��������!���F�� ���2��!�������Exit#������&�!!���� *� ������!��!���� ��&�� ������&���� ����;�#

4.4.9 Recovering sample��������!������ ��*�%�� ������������������ ���'

•� ������ ��� �����F�� �������!�2���

•� ������ ������������!* �� �� ������!�����������"���"����� ����5 ���������!!*����� ����"�M����!�N������"���F�� �����%���"����� �����!� ���6#

"�#$��%&�

��%����� �� ��"������F�� ����&� ������!������ ��*2����%������Wash&� ��Recovery��� ���� ��&���� ������� ��*����������;������ ��*������!�������� *� ������� ��*�������!�5����.�� �����#�#��6#��%�*������� ���� ���� ������� ���������!����*������!� ���&� ����� ���1�9!��%%���%���� ������� ��*�������!#

/��������!������ ��*������ � � ��2��%%!��� �%���� ����;������� �� ��� � ������� ��*�������� ��������� ����!���#�;���� ������ ������!!�� ����* ����� �����!������� ����%������ ���������%������������� ���#

.�!�� ����� ��*���� ���More>>�����!��%� ���Injection����!�"�����3#�����%�� ��������� ������������������� ����&� ����L�@J�������+�@(�D�@J�������&� ��%��� ������!!�� ����5������!�&6#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��1

�� ��� ��� ��!����� ���� ��&����� ������� ���������!����� ���� ����%���������� ��� �!���� ��������� �����5����� ������"��1�71�9!2������������O1�9!�%������ ����������6#����� �!������!� ����� �� ������ ��*�������� ����������� �����F�� ��� �!���'���&� ��2��%�*���&�� �����������%����� ����"��!!� �����F�� �������!�2������%*�1���9!�����%������� ��*� ���� ��� �!�����%�����!����F�� ������ �� ������!!� �!����%��������M���� ����N��% ��� �������!�#

<����������� ���Transfer��������� �������� ������� ��*����� ���&� ����� ��!�$��"���%%�����%���� �����F�� ���#������������ ���!��!*��!� �� �&����*����������� ��*�%�!!�&��"�����"����� ������F�� ���� ���!!�� ��� ����!���!������%���� ������%���#

4.4.10 Collecting fractions����%��� ������!!�� ����%�� ������!!�� ���%%!��� �%���� ����;�������"��%%���%!�&�������� �!*�%�!!�&��"������F�� ���#�(��� ����%�� ���� ���!!�� ����B���%��� ���� ���� ����!�&����������!������%���� ������%��������"� ����������� ���������#

"�#$��%&�

��%����� �� ��"������F�� ����&� ��%��� ������!!�� ���2����%������Wash&� ��Recovery��� ���� ��&���� ������� ��*����������;������ ��*������!�������� *� ������� ��*�������!�5����.�� �����#�#��6#��%�*������� ���� ���� ���%��� �%��� �������*������!� ���&� ����� ���1�9!��%%���%���� ������� ��*�������!#

.�!�� �%��� ������!!�� ������� ���More>>�����!��%� ���Injection����!�"����3#������%�� ��������� ������������������� ����&� ����L�@J���2+�@(�D��@J����������@J������F�� ��������&� ������!������ ��*5������� �6#

Operation ________________________________________________________________________

��> ������������ ����� ���������

�� ��� ��� ��!����� ����%��� ���%��� �%��� ���� �������!!�� ��2� ���%��� ��� �!�������� �����������%�%��� ����#�;��� �����&�!!������!!�� �������8������%���� ��������%����%��� ����� ���#�������3 �%��� �����% ��� �������%�����&���� �����"�����"��%� �����3 ���&�5�#"#������������6#������8������������� ��3 ������ &���������#��%� ��������%��������������������%���� ��������%������������%�%��� ����������������!!�� ��2%��� ������!!�� ������� ������ ������� ����%%!��� �"���� ��&�� �#

@� �' ;��� ����������������&� ��� �� ������������ ���������"���������� ���� �� �!�"#�����������������!������ � ��������� � ������ ���������"���2��� �������� ���������� �!� ���%��� �������� ��!!*���!!�� ���%���� ������� ��*����#�������!�*��������� � ����;��������!� �!������ &���� ���%!�&���!!����� ������ ��*�����5���� ��1�9!6#�;����3���!�2�� ���%!�&��� ���%�79!B���2� ���� �� ��������%�����%��� ������!!�� ���� ��#���� ���&�!!��� ���������� �!��#1����� ��2��� �&�!!�����!����� � ��������� � �����%��#����� ������ ���������"���#

4.4.11 Washing liquid handling system components����!�8��������!��"��*� ������&�������� ��� ���!!*������8�����������"����� ���'

•������� �����!�������!�����&�������% ������������!������!��"����� ����5Inject2�Transfer2�Mix2�Dilute6#

•������;��������!������&�������% ����������F�� ���#

•��������� ��*��������&�������% ����������F�� ���� �� ����������!����� ��*����%��� ������!!�� ���#

����Wash��������������� ����� ���!!�&����� ����!�&�����"��%� ������!���������� ��*����#���������!�����&������&� ��������"���%%��#�������� ��*�������*����&�������� ����&� ����%%������&� ����!� ���%�����������%���� ��!����� ���#�(��� ���������������%�!!�&�'

•�/���� �������!��&���� ���*��������� � �� � ���������������%�������*�� ���&�����&�!!��� ��������!����*� �����"�!���&���2������������3 ���!������%�� ����#�������� �� ���������������������!!*�&������!� �����%�&���!*���%%���� �������� ����5��� ���!��!*�������� ���" �������6��������2����&������%%���� �����!������ ����������� ��!������ �����5�#"#���$*����������� �� �6#���������!��&�����"������ ���� ����

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��=

���� ���������#�@� �� �� � ����������%�� ����� ��!��!��&� ���!!����!������� �����"��� !*�������������*�� �����������������*�����������%%����� #

•�/���� ������� ��*�������%������*���F�� ��������"�����!������ ��*���%��� ������!!�� ���2���!����*������������ �� � �������&���!�� ������%�� ������������������ ��!����!� ���#�/���� �������&� ����!� ����%����������%�������� ����&����*���&�� � ���������� ������� ��*�����%�������� ��%�����!������ ���������� �� ���*��������!�!�8������� ���������� ��������� �������� ���#������3��� �!*�#1��!�!�8������������ �&���� ������� ��*������������� ��*�������!#��������� ��*�������!������ �����%���%%����% ��� ���&��������� ���#����������� ���� �������� �7����� ��#

���&���� ����;��%!�&�������!�������!!*2�����Working Tools:Flush5����.�� ����=##�6#��������*������������*��%�*�����������"��� ��������"����� ������!� ������������� �*!����"!*��!#

4.4.12 Saving the sensorgram����� ����������"���������������������! �%�!�2��������File:Save���File:Save As#�����%��� � ��������&�������"��������� ��2� ������������������8�� �!�� #�������% ��2�Save��� ��� ���������"��������� ������������2�� ��&�� ��"� ������!���� ������2�&��!��Save As�!!�&��*��� ���� �� ���������"��������������&�����2�!�� ��"���*��� ����� �������������"��#

����! �%�!��������� ���&� �� �����%��! ��3 �������#�!�#

�%� ���Autosave�%��� ����������Tools:Preferences���� ��������2� ��������"����&�!!������ ����� ��� ���!!*�� � ��������%������ �� �!�5���.�� ����0#06#�/������������ ����%�� ��������������� �����"���� �!����"�� ���%� �������� �������!��!����������!������&��������"������#��%

Operation ________________________________________________________________________

��A ������������ ����� ���������

Autosave���� ��������2�*������ ������%*� ���%�!�������%��� ��������"����� � ���� �� ��%� ������#

����� ����������"��������������� ����� ����� �������� ����� � ��!������%���� �&��������������������*�� �������"����2��������File:Export������!�� ��� ����Curves����Report Point Table�%���� �����������#��������� ����� �3 �%�!��&� �� ��������� ����� �2���� ��!��%������������������� ������� �������!��� ����#

<��������� ������3��� �������"������ ��� ���*� ���������"������&� ��� ��� ����� ��"��� ����!!�� ���#

4.4.13 Stopping a sensorgram���� ����� ����!!�� ���2��������Sensorgram:Stop Sensorgram�����!������ ���Stop Sensorgram� ��!������ ��#������;��%!�&�������!�����&�������� ��� ���!!*��%������F�� ����������������%�����2����� ����%%���%!�&���� �������%%#

@� �' �����*����� ��� ��������������"���2�*�������� ���������� ���!!�� ������� ��������������"���#��%�*�������� ����������� ��%���� &�������� ������2�*������ �������� �������� � ���%�� ������������ �!�� ��������8�� �!�� ���% &���#

4.4.14 Emergency stop procedure������� �������� ���*� ���2�������Ctrl-Break#�5����Break���*�����!���������Pause����� ���������*������#6������&�!!�������� �!*�� ����!!������ ������ ��������!����"���%%���%!�&������� ����!!�� ���#�<������!�������!!*�&���� ���!�8��������!��"��*� ������������ ����&� � �������"���*�� �������������� ��� ���&�����"������������������%�����#��������������%���!� ����%������� ����"�����!����� ����� �� ���#

4���� ������ �!���������!����*�������� ��� ����!!������ ���������������5�#"#��%���� ����������� �������� � � �����������%�����"��" ������ ����� ����!����"� �!���!���� ����!6#������ ��!!���� �������"Stop Inject�����Stop Sensorgram�����!&�*�����%����!�� ��� �!������#

4.4.15 Undocking the sensor chip<�������!�� �� ������������������������� ������ ����� �%����� ���!��*����� ����� �� �!�8���������� �%!�&��"�� ��� ������%���#�<���&�!!��&� �������� ��������� ��������������'

•�&�����!!�%����%!�&���!!���������������*������������&�����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��0

•�&���� ���� ���!� *��%�*����������!�$���!�"������8������ �� � �����������!������ �����������������!������ ����#

•�&����*���������� ��"���&�� ����*� ���%�������� ����1���*�#

���������� ��������������2��������Command:Undock.��������������

����������� ��� ������ ���������' ���

�%� ���Empty flow cells���3�����������2� ����*� ���&�!!���� *� ���%!�&��!!����%������������"#��!&�*�������� ������ ������!����� ��������� ��! ������� �������������%����&� �5�����!�"���������������!����%�������*�� ������ �������� �� �&� �����6#�D�8����&�!!��� �!������ �� ����� ���!�*� ���� ����%�*���������� ��������&� ��� ���� *��"� ���%!�&���!!�#

/���� �����������"��������!� ��5 ���������������D�4���� ����� ����� �%��� �����!�%!�����62������ ������������������ ��� ���������� �� �������������������� �#�������% &����&�!!��� ��� ���!!*����� �*��� ������� ��������������&�����#

������������8������!!�&��*��� ��8����������!������������� �� *�������� ��� �� ��&�� ��� �!� ��������� ����������������!� ��#������������������������!�����������!�������� ���8�����&����&���������3��� �������������� ������ ����� ��� � � *������ �#��%� ����� ����� �������*�5�#"#������"������F�� ���62�8���������������&�� ����������� �!� ��������� ������ �����������!� ��#�<��������!����� � ��������������� ���8�����&����&����������!���� ����%���!� ������#����������� �� �*���������������� ���� � �������!���� ��!����������� ���� �� ��"����� �%������� ��"���� ���$����� ����#

�%� ���8���������� ��� � �2���� ����� ������������� ��� ��!�������� ��Command����������"��*���������� ������������!��"���� ������ ����� ������*#�����������������&���� ���8���������� ��� � ������� �������� ��"����� ������ ���#

4.5.1 Starting the command queue4�������"���� ����� ��"�������Tools:Preferences2� ����������8�������*����� �� ����� ��� ���!!*�&������������"�������� �� ��#��% ��������� � �������2�� �� � ���8������*��������"�Command:CommandQueue#�<���������!*�� �� � ���8�����&��!����������"�������������"#

4.5 Queuing manual commands

Operation ________________________________________________________________________

���� ������ �����������������������

������������������������������ �!�����������"����"�������"��������������#���������������"��������������$%�������������������&���"����"�����'�(����$%������"����"����"���))���������������������!����)����&�������"������� ����������%)�����*+�����+��� ��������))�����"����"���������))�����������,��������������)��&-'

The command queue window. A KINJECT command is in progress.

(���$%��������������#���������"����"!����%)+��)�������������������������������'�.�����������#�������$%������"����"��+����&&��&�������"����"���������*������#���,�����������#���"����"����,�$��-'�(�������#�������$%������"����"!��)�����������Minimize��������������"����"����)����*��������������"��,��������)��+-'�(����$%�����"����"���������� �����+"��������������������+����&&��&'�(��������#���"����"������)�������� ��!�����"�))��)"�+�����%�����������������������,�����������&����"����"'

4.5.2 Command queue window display����������������%)�+������������������������"����"����,�))�"�/

(���������#���"����"����%)�+����������,����������������������)+����&��$������'�(����������������������������"������%%��������������)�&�����$�,���������������*��������������)����,������������"������)�����������-'�(���"����"����"����Stop�������,����������������%%��!�������������,��$���������,�����������������%)���'

(����$%������"����"����"������)�����,����������������*����))������������� �-!�"������������������!�������������������������������*�-'����������"������� ��������$�����������&��+'

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��7�

(�������������

������������� � ������������ ����*��������'

������ ��� �� � ������������������������!� ���5 ���������� �3 �����!���"��*6

������ ��� ����������������� !*�����"��3��� ��

������ ��� �� � ���8�����&�!!�� ���� � ��������

������ ��� �� � ���8���������� ������� � ��������

������ ��� �� � ����������������%��!���5�� ���� ����"���� ����� �%��!��������������� ��������������������Ctrl-Break6

���������&���������&�� ��"� ����������������� ������ � �������#

(������� ���

������������� ����������� �� �&���������������� ������!�"�����3�%��� ����������5������� ��� ��!����%������������&� �� ��!������ ���6#����%�!!�&��"������������� ����!�������� ��� ��!������ ������������� ����������8����'

Dilute

Wash

������������)�*

������ �����������5�6���!�������&�� ��������������� �&��!��������������� ���#�;����������������2� �������*��������� ��������� ������������%��������"!��������������'�%����3���!�2����Inject��������&� ���� �����Predip needle ����Extraclean�����������%�!!�&�'

4.5.3 Managing the command queue

%�� �����������������+��

����������������� �� ���8����2�����!*�������� �����������%��� ��� ��!������� ���Command�����#�������������&�!!�����!������

Operation ________________________________________________________________________

��7 ������������ ����� ���������

��������%� ���8����������������*����!�������OK���� ������!�"�����3%��� ����������#

@� �' ����Manual inject�������������� ����8�����#

�%� ���8�����&����&����������$��2�*���&�!!��� �������������������� � ��������%� ���8����#��3����� ���&����&� ������!�*��!!�8�������������#

@����!!*2������������� ���8����������3��� ��������������������!�#��% ���8����������� *2�����8��� �����������&�!!�����3��� ��������� �!*#��%�*���&�� � ����!�� ���8�����&��!��*���������������2�������Run:Stop Queue�%���� ���8�����&����&��������%����*��������� ����� ����������5������!�&6#

��� �������������������+��

�����!� �����������%���� ���8����2���!�� ������������������������ ���8�����&����&������������Edit:Remove�%���� �����������8����&����&�����#�<���&�!!���������� �����%������!� �����%� �����!�� ���������5�6#��� �������*�Stop������&�!!�����!������ � ���%��� ���!�� ���������2������3��� ����&�!!�� ����%� ���8������������� �����������&��!�� ������%���� �������!�"�����3��������#<���������!� ���������� �� ��� ��������3��� ���5M"��*N���������6������������� �� �����&�� ��"� ������3��� ��2��� �*�������� ���!� �� ���������� �� ���������� !*�����"��3��� ������ ������ ����� #

�����!� ���!!������������� ���8�����5���!����"�M"��*N���������62�������Edit:Clear Queue#�����8�����&�!!�����!������������� �!*2��� �3��� �����%� ��������� ���������&�!!���� ����� ������!� ���#

,� � ������������ ����+��

<���������� ������������� ���8�������� ����� �� � ��*��� ���� ������3��� ���������������� !*�����"��3��� ��#���������� �� ��������!� ���5M"��*N���������6����� ��������� �������������� ������ ��#

������ ����������2�����!���!������� ����������������!�� � ���������������������Edit:Edit Command#������&�!!��!������ �������*Stop������� � �������������������� ������������ �����!�"�����3�%�� ����������#��3��� ����&�!!�� ����%� ���8������������� �����������&��!�� ���Edit����!�"�����3��������#�����"�� ����� ��"�������8�������� ������!�"�����3#�����Stop������&�!!�������� ���&����*����!������OK� �����!���� � �������"����������#

<���������!*�����"�� ����� ��"��&� ���� ������������������� ���&�*#��������"�������������� ����� ����5�#"#� ������"��Transfer� �Dilute62�*������ ���!� �� ����!������������������� � �����&����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��77

"���� ������������ ����+��

�������� ������������ ���"� ����!������� ���8����2���!�� � ��������������� !*��% ��� �������� �������� ���������������Edit:InsertCommand#������&�!!������ ����!����!������� ���8�����&� ���� �������*Stop��������� ����!����!���#��3��� ����&�!!�� ����%� ���8������������ �������� �&��!�� ��������������!�"�����3��������#�/� �� ����!���!������!�� ��2�������� �����������*���&���� ������� #��3��� ����&�!!� ����%� ���8������������� �������� �&��!�� ��������������!�"�����3�������#������Stop �����&�!!�������� ���&����*����!�������OK� ����!���� � �������� ����������#

<���������!*������ ������������� ���8������% ��� ���������������� !*�����"��3��� ��#

-���� �����+��

���� ��� ���8�������%��������!�� ����������2��!������� ���������������������Run:Stop at Command�%���� �����������8�����&����&����#������&�!!������ ���Stop at Command�!������� ���8����������� �!*���%���� �����!�� ����������#�/�����3��� �������������Stop at command2� ���8������ �������� ���!����� � �������"��� ���Stop�����#������� ������3��� �����% �����Stop2��������Run:Start queue%���� �����������8�����&����&�����#

������� ����Stop at Command�!����&����������� �*� ���������������� ���8����2���!�� � ���!���������������Edit:Remove#

���� ��� ���8������% ����3��� �����%� ��������� ����������������!� ��2��������Run:Stop Queue�%���� �����������8�����&����&����#�������!�������Stop at Command�!��������� !*��% ��� ��������� �������#�<���������!�� ���8�������%��������� ��"���*���� ����� ����������*��������"�Stop Queue�&���� ���8����������� *#

���� ��� ���8������������ �!*2�������Ctrl-Break�5����.�� �����#�#��6#�����&�!!�� ��� ���������"����������*����� � ��������� ��������2&�����&�!!� ��������������&� ����Failed�� � ����������� ���8����#

@� �' ����8�����&����&���������������% �����Ctrl-Break�� ��2������� �����!�������%��������&�������"������������ �� ��#�<������"����� ������ ����%���� ���8�������%�����!����"� ��8�����&����&#

(��� �����+��

����!���� �����������8����2��������File:Close�%���� ���8����&����&���������Command:Command Queue�%���� ��������&����&����#��!����"� ���8�����&�!!��!������*�8��������������#����������"����&�!!���&� ������ ����� �����#

Operation ________________________________________________________________________

��7� ������������ ����� ���������

-���� ��������������

<���������!*�� ��� ���������"����&��!���������������&�� ��"�%���3��� �����%� �����������8��������� �����#��%� �������������������� ���8����2�*���&�!!����&������ �� �� �����"� ���������"����&�!!��!��� ���8����#��%�*���&�� � ��"����� ������ ����%���� ���8�������������2���� ������%����� �����"� ���������"���#�. �����"� ��������"�����!����� �����������8�����&����&#

,��������������������)(���.!��'*

�%�*���������Ctrl-Break�&��!���������������8�����2� �������&�!!������� ����� � ������������&�!!����������� ���8�����&����&������������� ���������� ���#�<������ ��!���� ���8�����&����&���%����*������� �� ���� ����������"���#

4.5.4 Generating methods from the command queue���"����� ������ ����%���� �����������8����2��������File:GenerateMethod�%���� �����������8�����&����&�����#������&�!!�"����� ����� ����������� ������� ���&����&���� �����"'

•� �� ����� ��*������� �����!����"� ������ ��!���% &���� �������%���&����� ����� ����&���"����� ����������� ������ ����� ���

•�����APROG�5M�������,����N6���� �����"� ������������%���� ��8�����&����&#��%� ���8�������� ���������������&� ��Failed�� � ��5���������! ��%��� ���� �������!�%��!�������������� �� �� ����&� ��� �!������62� ����&�!!�����������&� ���������� ���� ����� ���#

•���MAIN��!����&������� �� ��� �����������2�%!�&��� ������%!�&��� �2��!!�� ���APROG��������,���������%��������&� �����APPENDstandby���� ��� ���#

Stop at command�!���������� �"����� ����*������������ ����� ���#

������ �����������!� ������ ��!%2�������������� ��� ������#�������"�� &�!!������ � ����� �������� �����������8����#��%�*���&�� � �������"����� ����� ������� ���� �� ��"����� �%���*�����&���� ����� �!����� 2������ ���%�!!�&��"����� ���������'

•�������� ����"����� �������� �������!%���� �������� ����&� ����APROG�&� �� ������������#��%�*���&�� � ����������APROG��%�����%%���� �"����� ����� �����5����"��� �������� ����� ����� ������ ��62���������� ������"�� ������������ ���DEFINE APROG��!�������� ���������������"���!!����� ���MAIN��!���#

•���"����� ����� �������!������!!������������� ���8������ � ��� ����%�"����� ���#�<�����*�&�� � ����!� �������%!��������������%��� ���8�������%����"����� ��"� ����� ���#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��71

•������������� ���"����� ����� ���������� � ������� ��!!��2��������� ����� �������������"� ��������!�58�������� ��!!��6���������� ����!�������� ����� ���#�<�����*�&���� ������ ���������%��� ������������� ����� �� �� ���"����� ����� ���#

@� �' +� �����������������"����� ����3�� !*���� ��*����������� ��8�����&����&#��%�*����������Stop inject������"���8�������F�� ���2� ���"����� ����� ����&�!!����!�������INJECT��������%��� ��� �!�������"���!!*���8��� ��2��� �%��� �� �!������ ��!!*���!� ����#��%�*���"����� ������ ������������ ����&� ���� �!����� �&����&�����*����� ��� �������F�� ������� ���� � �!*2�*�����*������ ������%*� ���"����� ���� ������������������&� �� ���� �� �!�"��%� ����� ��!����#

4.5.5 Command queue window menu��� ����3�������%���2� �����������8�����&����&���������������&� �� ���%�!!�&��"�%��� ����'

File:Generate Method L����� ������� ����%���� �������������� ���8����#������� ����&�!!���������������&�� � !����� ������� ���&����&#�.���.�� ����#1#��%����� ��!�#

File:Close �!����� �����������8����#����������� ����!������!!����������%���� ���8����#�/��� ���8���������!����2������������8��� ��%���� ���Command�����������3��� ������� !*�&� ��� �����"�8�����#

Edit:Copy �����������������������%���� ���8���� �� ����� ������� ����!�������#�������������������������� ���������� ������� ��&����&#����*������ ���&� ��������� �������� �������� ������� ���8����#

Edit:Insert ����� ������&������������ ���8����������� �!*���%���� �����������������#�������������� ��������� �����%���� ���������������� !*�����"��3��� ��#

Edit:Delete 4�!� ��� �����������������5�6�%���� ��8����#

Operation ________________________________________________________________________

��7> ������������ ����� ���������

Edit:Clear Queue 4�!� ����!!����������%���� ���8����2���!����"���*�&������� ���� �*� ������3��� ��#�4������ ��!���� ����������8�����&����&#

Edit:Edit Command ������ ������������ �����!�"�����3�%����� ��"������� ����%��� ����������������#���!*���������� �� ��� ���� *� �������3��� ������������� ��#

Run:Start queue . �� ��8������3��� �����%�� ���������� !*� ������5����.�� �����#�#76#�����������������"��� ��Stop queue�&���� ���8�������������"#

Run:Stop Queue . ���� ���8������% ����3��� �����%� �������� ��������#������������������"�� ��Start queue�&���� ���8��������� �����#@� �� �� �� �����"� ���8���������� � �����������!����"�� '�����������������&��!� ���8��������� ������&�!!�����!�������� ��8����������3��� ���&���� ���8�������� �� ��#

Run:Stop at Command )!�������Stop queue���� ��� ����������� �!*��%���� �����������������#�����8����&�!!�� ���&���� �������� �����������#

������������������� ��!!���%�������������"��������� ����%����� ����������� ���#����� �����������!������*���������%����!*����*�!��2�������������� ����*���������"������� �������! �%�!�#��������� ���������������&� ������� ������������������� ������� ��!#

@� �' ������� ����� ���������!�����������"��� ��������� ���2�3��� �&��������� ���������� �� ����� �����!������ ��8�����#+� ������� ��� ����� �� ���8����� ����������������!���������������!�DEFINE ALERT��!������� ����� ����5�����������3��6#

4.6.1 Creating a method������� ������&��� ���2��������File:New Method�%���� ������������� ��!�.�% &��������#�;�!!�&� ���� ������!�&� ���� �������!���� ��*�� ����&����������������� ���!!�� �� ���� ������� ��!!�������� ���#��%��� �������������������;�%����� ��!���%��� �������"������"#

@� �' <�������� ����� ����� ������� ���&��!����������"������������"#

4.6 Method-controlled operation

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��7=

�*��� ���%�!!�&��"�!�������� ����� ������� ���&����&'

define aprog practiceflow 30dilute r1a1 r1a2 r1a3 50inject r1a3 25end

maindetection 1aprog practiceend

��������������!� ���� ����&�����&�!!���������������� �������7��9!�%����'����3 �����%�����!���%����������������2� ������F�� �1�9!��% ������3 ����� ��� ������������������%�������%!�&���!!���� ���%!�&��� ���%7�9!B���#

�������Edit:Adjust Method:Minutes#������&�!!���F�� � ����� ����������������� �� ���*&����������� �������� �!�2������� ���������������!�&�������2����������������������� ��� �����&� ����!����� ��� ����%� ����� ���#

DEFINE APROG practice FLOW 30 DILUTE r1a1 r1a2 r1a3 50 INJECT r1a3 25END

MAIN DETECTION 1 APROG practice

END

����Seconds�����Minutes��� �������F�� � ������%����������� ���� ���� �� ��������� � �� ��������#�������������� ������%���������� �����3���!�2���� �����������%��� �����������!� �� ���� ��������#�.��.�� ����0#1�%������������ �����%� �����������F�� ��� #

4.6.2 Checking and saving the method� ��������� �� � �� ��� ������� ��� ����������� ����������� !*2���������� ����&� ���*� �3������������� �������#������������%���!� *������� ����� �����*� �3��������� �%������������ ���� ��� ����#

@� �' �����������%���!� *�������!*������� ����� ���������2��� � ����������%� ����� ���#�� ����*��������������!� *� ��������� �� ����� ������� ��� ��������%���� �����"� ������ �����5�#"#� ��

Operation ________________________________________________________________________

��7A ������������ ����� ���������

INJECT������������������ ��������� ���������� �����������!�� �!���6#����� ����&� ���*� �3����������������� ���� ������ �������#

�������Run:Prerun Method#���%��� ��.�� �����#1��%�*�������� ����*�*� �3������������"��#������� ��*� �3����������������� � ������������������#

�������File:Save As� ���� �� ����� ���#�+� ����%�!��������� ���&� � ����3 �������#�!�#

4.6.3 Running a method+� ����������3��� ���&� �� �����������Run:Run Method#

�%����� ������� ���&����&������ � �2� ������������&�!!�� ��� � ����� ����� ������� ���&����&#��%�*����� �����������"��� �� ����� ���������� �&���!�� ��� ���5����%� ����� ���������� �������� ���� ��!!62�*������"� ����������� ��� *� ���� �� ����� ������%���� �������� �� �#������ ������%��� ��������!����� ������ �������! �%�!��%���� ������#

��%����� �� ��"����� ���2������� �� � ���������������%��� ������������� %��� ����� �������� �� � ��������� ������������!�������� ���� �����!��������� ��� #�.���.�� �����##������ ���������� �����%� ��RACK�������������������3�;�%���������� ��!�#

@� �' /���� �������� �� �2� ����� ������� ���&����&�&�!!���������2�&�� ��������� �*����� ��������� ���� �� ����� ���#����&����&�&�!!����������&���� ����� ��������#

�%������ ����&����&������ � �2� ���Run Method�������������� ��%������ ���� ������#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ��70

���������������%�������� ��� ���!!*�&���� ���*����3��� ������ ���#�%� ����������*� �3����������� ����� ���2� �����&�!!�������� �%������� ���� ������� ���&����&#�<������ ������� � ��������������������Run:Run Method��"���� ��� �� � ����� ���#

�%� ���Autosave�%��� ��������� � � ���%����� ���������5�����Tools:Preferences2�����.�� ����0#062�*���&�!!���������� ����� ���������! �%�!�������� � �����"�����"��%� ������#������%�!��&�!!��������� ��� �� �������! ��� � ��������%�������� �����*�!�#

�%� ����� �� �������������%!�&��� �������� ������%����&� ���DETECTION���� ��� ����� � �����"�����"��%� ���MAIN��!����5����.�� ����#7#�62�*���&�!!��������� ���%��� ������� ��"��&���� ����� ����� �� �#

<����������� ���������"��������!�*�%��� ������������������.�� �����#A� ���*� ���������"� ������#

� � ��������%������APROG�������� ���2� �������!�����&���������� ��%!�&��� ������� � ����9!B���#�����%!�&��� ������� � �� ����� �� �� ���!����&���� ���APROG�&���� �� ��#�� � ��������%� ����� ���2� ���;��%!�&�������!������&�������� ��� ���!!*����� ���%!�&��� ������� ��#�����%!�&��� ������� � ���������%������ � ��5�!!� �! �����������6#����!� �����%� ����� ������������� ����*���Method ready������"���3#

�������File:Save As� ���� �� ���������"�����%���� ����� ����������������! �%�!�#���������! �%�!��&�!!���� �����������%����������"�����%��������*�!����� ����� ������������"� �� ����� �� ��������#

4.6.4 Tracing method operation4����"����� ������� ��!!������2� ���View���������!�������MethodTrace��������#��������"� ����������������!�*������ ���� ����&����&�&����� ������"������%� ����� �����������%�!!�&��#

Operation ________________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

������ ���� �����&����&����&�� ��������� �MAIN���� ��� ����� � �� ����%� ���&����&#��%����APROG����������"����2� ���APROG���� ��� ������������!�*�����!�&� ���MAIN���� ��� ���#���� ��� �����������!�������������%�!!�&�'

L��* ��� ��� �����&������� ���!����*�������3��� ���5%��� �������!�������2� �������!�������� ��� �����&������� ���� �*� ��������������� �&���������� �����! ������ !*������� ����� ��� � � *2�������� ���RPOINT���� ��� �������� ����3���!����� �6#

L���� ������� ��� ����&�������������� !*�����"��3��� ������ ����� ����� #

��� ��� ��� �����&������� ���������� � �� ������ ����� �%���� ����� ��!���% &������������&�� ��"�%������ ����� ����������� ��������� ��!��!�#

4.6.5 Stopping a method���� ������� ���2��������Run:Stop Method#������� ����&�!!���� ���� �� ��������%� ��������� ������������ ���MAIN��!����5����!!*� �������%� ��������� �APROG6����� ����� ��#�����%!�&��*� ������&������� ��� ���!!*�&���� ����� ����� ���#

<�������� ������� ����������� �!*�����"� �������"���*�� ���� �!�������5����.�� �����#�#��6#�@� �� �� ��%� ��������� ������������ ��MAIN��!��������� ��������!� ���5�#"#��%� ��� ������ ������8��� ����*��TEMP�������������� ��������� ��62�*������ ����� �������"���*� ���� �!������� ��� ��� ����� ���#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ����

4.7.1 BIACORE 2000 Processing Unit;�!!�&������%� ����������������!�&� ���!������&�� �����������)��������"�(�� 2���������"� ����&�!��"� ����*� ���&�!!������!�#

$��� ��

������� ����� ��������!�% �� ����"� �&� �� ������������������������� ����;������%!�&���!!��%�!!���&� ����%%��#�/������������ �� � �������������!!�&��� ������� ���!�&�%!�&��� ��51�9!B���6��*��������% ���Standby�����������5����.�� ����=##�6#�+��������� �� � ���������%%����� ���%%������ �����%%�������� ����5 ���������������������� �1��!�������%%��� ������8������%������ �������%!�&2��#�#��A�������� �����8���������� ����!���%%��6#��������3 ��������� ���2���� ���!��!*��%*������%%��������� ������*� ��������� � �2�*�����*����!���� ���������"��%%���&� ��&� ��#�(��� ���&�����"� ��!�Rinse� ��%!���� ����;�����%!�&���!!��&� ��&� ������� ��������Standby� ��!�� ��&� ���%!�&��" ����"�� ����*� ��#

<��������������Standby� ������ ���� ��� �� � �������������� ��� ���!!*�&���� ����� �����������!� ���5�����������3�;6#

/������ ������

����!������&�� ����*� ���%������ ��%� ����*�2�����Working Tools:Close5����.�� ����=##�6#������%!������ ����*� ���&� ��!�8���� 5&� ����������������6�%�����������%������� �����!������������ ���� ������ ���� ����;������%!�&���!!�#

��������� ������

����!������&�� ����*� ���%�������� ����%� ����*�2�����WorkingTools:Shutdown�5����.�� ����=##�6#�;�!!�&� ������ ��� �������� ��������#�<���&�!!������&� �������=:�� ����!�%��� �������������#

4.7.2 Control Software����!��������������� ��!�.�% &���2��������File:Exit�����!���� ��&����&�����"�� �������/����&�� �����8���#��%� ��������� ������"��������� ���������� �������� ��2�*���&�!!��������� ��� ���������%�����!����"� �����% &���#�<�������� ��!��������������� ��!.�% &����&��!����������"�������������"#

�%�*������� ���!��������������� ��!�.�% &����&� ���������������������2�*�������"� ����������� ��� *� �����%���� ������ ��&����������#

4.7 Closing down the system

Operation ________________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

�������Yes� ����� ���&�� ������ ����� ������!���� �����% &���2�No� ��!���� �����% &����&� ��� ���� ��"���&�2����Cancel� ���� ���� �� ����% &���#

@� �' �!����"� �������������� ��!�.�% &����&�!!��� ��!���� ������ �!�� ���������������!� �������!��� ����2�� ����%� ����&����� �� ���%���� ������ ��!���% &���#

����������"����&����&�����!�*�� �������! ���%� ��������� �������� ����� �� ���%����� �������! �%�!�#�.�����"�����%������ ��������������3���������� ��������&�*#���������������! �%�!�2��������File:Open������!�� � �����8������%�!�#

4.8.1 Using multiple windows<�����������!�*���! ��!��������"����&����&����� ���������� �����& ���������"����� ���%%���� ����!��2���%%���� ���� ���%� �������������"���������%%���� ���� ������ �����������#

��������!�*������� �����%������� ��&����&���������������� ��%������ ����&� �� ����3��� �����%��*�!���������5 ����*�!������������������������� !*�������� �������! �%�!�2��� ��!!�&����&�����&� ��������� �*�!�������"������6#

�������Window:New Window� ������ ������&�&����&#������"�&����&���� �����*����""��"� ������������ ��&����&������������������"������%� ���Tile����������%���� ���Windows�����#

4.8 Viewing and evaluating results

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���7

��� +�! ��!��������"����&����&��������!*����&���%%���� � ��&��%������"!������! �%�!�#������������������"�����%������ ���!����! �%�!��2������ ���%�!���������� �!�� ���������������� �������� ������! ����������� �!�� �������F�� �&����&#

4.8.2 Selecting sensorgrams������������%�������� �������! ��%��������2��� �����������!����������APROG�������� ����5����.�� �����#7#6#��������!�����"����� �������*�!����!*#����� ����������*�"����� ����*���������%��*�!��#������*�!����� ������� �����������%����������"�����5���"!��������! �������!�� �� ���������������� � �!*62�������*��!������ �������� ����!���� ��5�#"#� ������ ���������%%��� �!���6��%� �����������8��� ������ ���� ����5����.�� �����#7#16#

������� ����*�!�� ������!�*���� ���Cycle�&����&���� ��� ��!���#���������� ��*�!������!&�*������!�*��������"����� �������2��� �*����������"�� �������!�*����*�!��&���� ����� �����������!� �#�������� ���� � ����� ����� ���Curve�&����&���� ��� ��!���#������� � ����� ���� ������� ��&����� �����%�������!������������!����%��� ��������!*�5���.�� �����#A#162����� �������%���&������������� �� �!������������!�*����� ���� � ���&����&#

�%�*����� ���� ���!���� ������ ���������"����&����&2� ��View:Overlay���������&�!!� �""!���� &��������!�*��%��!!���� ����������!�*��%� ����� � ����� ����!*#

4.8.3 Viewing curve classes�%�*����� ����������!������%���������� ��� ���2���!�� ��"� ���View:PlotCurve Classes���������&�!!��!� ��!!���� ������ ���������!����5���"���!�����%���������� ��� ��6���� ��������� !*���!�� ������ �#����������!�%����� ��� ������!��"������� ������"���!�������%���������� ��� ������ ����������!!*�&���!*������� ������ ������%���������� �!���#

Operation ________________________________________________________________________

���� ������������ ����� ���������

4.8.4 Scaling the display�����!��"��5$���6������ ��%� ���������"����&����&2����"� ���������� ��� �������� �������!��"���5��!����&�� ���!�% ��������� ���� ������������%� �������2��� �� ��������� �� ��������� ��������2� ������!���� ����������� ��6#��%�*������ ����&��!����������"�������������"�������!��"������ � ��Auto2� ������!�5�6�&�!!������F�� �������������� ��������"����"������ ����� �������!�*#

����� �� � �� ������ ���������!�*��% ���$�����"2���!�� �View:Unzoom�������!���!������� ���&����&�&� �� ���!�% ��������� ��#�(�� ���!� �!���%�$�����"����������� �������� ����&�*#

.�!�� �View:Scale� ������������!�"�����3�&���� �%�3���!��� ����������� %��� ���3������*��3��#��������Auto� ����F�� � ������!��� �����!���� ��&��!��������"���#��������Method� ������!�*� ���������"�����������"� �� ������!����%�������� ����� ����5 ������ ���������!*� ��!��!���%� ����� �������!�������SCALE���� ��� ���2������������3�;6#�������Manual� ���� � ������!��!��� �������!!*#�<��������!��������� ������!�*� ���������"���������!�"��� ��������!�#

.�!�� �View:Adjust Scale� ����F�� � ������!����� �� � ����� ���������"�����������!�*������ ���&����&2���"���!�����%���*���� ����%�3�������� ��� ������!��"#

4.8.5 Reading coordinate values<������������������������� ���� �!������� ����� � ����� ������"� ����%�������!������������!���#

.�!�� �View:Reference Line� ������!�*� �����%�������!���#�<����������" ���5 �� ���!6���%�������!����&� �� ���������'� �������$�� �!���%������!����%�!!�&�� ���*��������� ���%� ����� � ����� �2����� �������!� ��������� ����%� �����%�������!������������!�*������ ���� � ���&����&#<��������!����� �� �����%�������!����&� �� �������&���*����� ����*�����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���1

/� �� �����%�������!��������!�*��2���!�� �View:Baseline� ��%�3�������!���� � ��������� ����� �����%� �����%�������!���#����������!����&�!!�������������� �������*����� �� �����%�������!���2����� ���� � ���&����&�&�!!��&�����!�*� ���*��������� ��� � �����%�������!������!� � �� �� ���%�3������!���#

����� �����������!� � ����������� �!���%����3���!��� � ��������%�����F�� ���'

�#� �������View:Reference Line#

#� +� �� �����%�������!���� �������� ������%���� ���� �� ��%� ����F�� ���#

7#� �������View:Baseline#

�#� +� �� �����%�������!���� �� ��������%� �����F�� ������������� ����!� � �����������%���� ���� � ���&����&#

����� �����&�����!���� �!��2��������View:Baseline� �� ���� �������!����%%���������� �� ���������7���� �#

@� �' ������%�������!������������ ������&����� ���� � ���&����&���� �!����%�������"!���� ������ �#�(�������� ����� ��5����.�� ����#A#>6� ���� ���� �!����� ���"���� ����� ���!��� ������ �� ��!����� �������� ���� ����#

Operation ________________________________________________________________________

���> ������������ ����� ���������

4.8.6 Setting report points������� ����� ��������� ��� ���2��������������� ���������� ���5��%�����&� �� ���View:Keywords��������2�����.�� ����0#>6�� �������%�������� ���� ���������"���#������! �������!�����2������ ����� ���������� ��� ����%������� ����!�������"��������%����!!�%����������"���� �"� ���#������ ����� ����������!�*������ �������� ����� � ��!�#

<����� ������ ����� �'

•� �� ���� � �!*���������!�����2�����!� ����� ��������������� ��������"�����&� �� ���Edit:Add Report Point������������ �������� ���� � ��!������ ��#

•� ����� ���������&� �� ���RPOINT���� ��� ���#�<�������� ��� ������ ���� ���� ���� � �!*������"����� �������#

����Edit:Add Report Point��������������������!�"�����3�%�������%*��"� �������� ����� ������� ���� ���'

�� ��� ��� ����%��� �������� ����� #��%� �����%�������!�����������!�*��5����.�� �����#A#162� ������� �����%� �����%�������!���������""�� ������ �� ����%��� �������� ����� #�(��� ����%�� ������������������!����"������ ���� ���� ���� � �!*#

����Window������� ����� �������� ���&����&�� ���&����� ����������� �!����&�!!����� ���"���%��� �������� ����� #�������%��! �!����%�1��������� ��!��%������ ���������#�<������*�&�� � ���������� ���&����&��%�*����������"�����������*#

����Id������� ��������������������� �%��� �����%� �������� ����� ���� ������� ����� � ��!�#�<��������� ������ ��7�������� ������� ����%��!�#

������ ���Baseline���3��%�*���&�� � ��������� ����� � ������������������!����%�����!��!� ��"���!� � ����������� �!������������8��� ������ ���� �#

������Apply to all curves��%�*���&�� � �������� ����� � ������� �%����!!������"����������! �������!�����#��%� ������3������ ��������2� ������� ����� �&�!!������ ���� ����� � ��������"������!*#�������� ��"�������!� �� �������"!��������!�����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���=

,� � ����������� ���

�������"�� ����� ��"��%�������3�� ��"������ ����� 2�����!���!������� ����������� ��!������� �������� ����� � ��!�#������&�!!������ ���EditReport Point����!�"�����32�&��������� ��������%��!������Add ReportPoint�������������� �#�����"�� ����� ��"�������8�����������!������OK#

4.8.7 Report point and event log markers����� ����� �������������&� �����x���� ������ ��������������� �����% �������� ����� �&����&#�� �� �������������� ���� �� �!�"�5����.�� ����#A#A6������������������!!� ����"!������ ���3��3����%� ���������"���#

�������View:Markers� �� �""!�� �������!�*��%������ ����� ������ �� ���������������%%#

������� �%*�������� ����� ����� �� �������2� ������� �����%�������!���5����.�� �����#A#16������!������� ������������ ��!������� �������� ����� ��!������ �� �!�"������� � �!*#�������%�������!����&�!!�F���� �� ���������%��� �����!�� ������� ����� �� ���� ����� �� � ������������&� ���� ��������� �&����&#

@� �' � �� �!�"��������������!������ � ����3�� � �����%� ���� �� 2&�������*��� �������������������!*� ������ ������ #������%�������!����������&� �����!*�����!���������� ������ �#��������*� ����������!�"� �����������*��� &�������� ������% ���� �� ��������������%�������!���#���������������*�������������������&���� ����� ����!!�� ������ ������� � ��Low5������ B���6#

Operation ________________________________________________________________________

���A ������������ ����� ���������

4.8.8 Event log����� �� �!�"����������!!�� �� �������"������2����!����"��� ����� ���� � �����"�����"��%� ����������� ���%!�&���!!� ������ ����� � ����"�����"����������%� ������#��������View:Extended Event Log� �����!�*���%�!!� ��������%� ���� �� �!�"����!����"�!�&��� ��8��!� *� �� �#����������������%�!������� ����� � ����!����� ��"��� �� ����#

4.8.9 Printing sensorgrams������� �������"���������������� ����� �2��������File:Print#�.�!�� � ��� ���� ������ �%���� ������!�"�����3#

������ ���Fit To Page���3� ��%� ������� ��� ���������� ����"�#��!������ ���More>>��� ���%�����"���� ����� ����#�;���������� ��!�2����File:Print�5.�� ����0#�6#

@� �' .�����"�������������� ����� � ��!���&�!!�������� ������ ��*��������!�*������ ����������&� �������� � �����!��"2�� ��!�*������ � ����� �#

�%�*���&�� � ������������"���������!!�� �� ��������� ����/����&����"�����5�#"#�&�������������"����"����62��������Edit:Copy Graph#�����&�!!����*� ��������� �������"����&����&� �� ���/����&��!�������2�%����&������ ����������� ������ ��� �������!��� ����#

________________________________________________________________________ Operation

������������ ����� ��������� ���0

4.8.10 Evaluating sensorgrams<���������������������� ��!�.�% &���� ������!�*��������� ������"��������� ���� ������ ����� ������������������ �#�;��������� ������� �!�� ���2��������Tools:Evaluation#������"� ���������� ����� �!�� ������% &���2�&�������� ������3 ���� ��%���!� ����%��� �!�� ��"�������"������ �2�&� ������!�%� ��"������������%����!��!� ��"����� ������� �� ��%���� ���������"����#����� �!�� �����!�����!�����%��� �����%���������"���������� � ��������� �!�� �����%���!* �������� �� ����%������ �����������"�!� �!����������� �#������%��� ������������������������� �!*���� ������� �!�� ����.�% &�����������#

<��������!���������� ���3��� �������"������ ���������� ����� � ��!�� �� �3 �%�!���%����������� �������������� ������ ��� �!�� �������"����#

Operation ________________________________________________________________________

��1 ������������ ����� ���������

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ���

5. Application Wizards

������� ������ �����!������ !���"������#�������������������$��� !��������%����&�����%��������$���� �%'����������� ����"� ����������$ "���� ���� !� �(������%��� !���(!� !��� �����������#������� )�$���� �� � ��$���������%���'��!���%����������������� ����"� ���)�%����� ��������&�������� ��(��$��� !���������%���� ��� !���(!� !�������(����#��'������ �����$� !����� ����� �������� �� �� ��� ���%�����������Start ��� !��$����������(�����#��$� !��"� ������&�����'�*������� !�������� �������$%���$���������$�����+��(� !������� �)��������� !������ �������&������$���%��������%�����������$�������� ��� �����%������������(���������&�����'

,������������������������ �������� !��������� ����"� ������������������������� ����#��� ����$����������������%���'�-� �������������!��������������������$���� !�������(�����#������ !��"� ����'

.� ��(��$���"� ���������� �������%�������������+������ ����� ��� �������$%������ ������������������%���'�/!���� ��(�������������+���"� ! !������� �$������� !� � !������%���������������� ����+����$����"� ��� ����� ��"�����+��'

������� ����"� �������������� � !��������%��� �����!���"�%���$������(��������'��� ���� �+������� ���� !���(!����������������(����#��)���������&������$����� !�����+������� ������������(��������� !������ ��������(�0-1������ ����$���%������� ����� !����$ "���'

������� ����"� ����������� �%����+�����"� !������������ ���.�$ "����(�+�������� �$��2

���������������

•��������� � ����������� ��(2�$��������� ������������� � �����������������(������������� �� �����#������� �'

•��������� � �����$���(���2��� !��������$%�$��"��� ��������3�� ���� ���$��� !���������� � ��������� � !��"� ����$��������� �����$�������!��(�������$���� ��(� ��������� � ������+��'

•���(����� �������� ��(2�$������� �������(����� ��������� ����'

•�.��$�������$�������� �� 2��� ������� !������% ��������(������� %��$ !�����$�������� �� �!�"�"���� !���������� �����(����"� !� ������(����� ��������� ����'

�� �� ��� ������

0��� ���������(���+���������� ��$����������� �+������% ����3�� ����'����� ������������ �����������!�� �'

Application Wizards ________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

�� ����� ������

•������� �� ����������2��� ����������� ��������� ����$��������%�����$����% ��������(��+��������(���$������� �� ����'�/!��������� ���"� �����+���� ��� !������� ����������(� ������������2���� ���� ������������������� �� !��������� ����� ������� �� ���� ��� �����%'

•���������� �����2�������%������������������������$��� �����$��%���������� ��!��������������$�������$��������������(����� ���������( !������%���'

•�0���� ����$������ �����#������� 2�����%���������(������$��� �����$$��"��� �� ������ �$%������ ����$������� � ����'

•�1���������� �������� �����#������� 2�����%����������� ��������$��� �����$� ����� �� ���%�� � �� ������ �$%������������ ������!����'

����������������� �

•�,��(����%�����"������������&�������$���������� ����� !� ������� ��+������%� !��� !���������� ����"� ����'

5.1.1 Starting application wizards/��� �� ����������� ����"� ���)��!�����Run:Application Wizards�$��� !�����������'��!����� !��"� ����%���"�� � �������������������Start'

/����������+���"� ���� ����� ��4��������"5)����������Use Template��� !��"� ��������� ���������(�����#���������� � !�� ����� ��$���� �����'�!���%��������� ����� �)� !����+����� ��(��$������� !��"� ���������(����#���������������$��� 2�%��������������%��!��(���%�����&����� �� !��� ��(�����%���� ��� !���(!� !��"� ���'�6���(��� ����� �� !������+���������+����� �"�%��$������ ��(��������%������ !����#�� �%����"� !�������!��(��'�7� �� !� ��$�%��������� ����� �� !���!������$�"� ������

5.1 Using application wizards

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ��8

�� ���������%� !����� �� ��$� !�� ����� ��$���2� !��"� ��������� ����� !�������(�����#����������+�� '

*������������� �� ����������� ����"� ����$���� !������� �$������+��$������"� ���������� ������'�/!���"��������� !����������� �������� ����"� ����"� !��� ��(������������� !������� �$���'�/����� !��)����� !������� �$���)��!�����View:Wizard Template��������������Edit���Run���� !�������(�����#2

/!��Edit��� ���������� !��"� ���� ����� ��� � !��$��� �������)���� !� %�������� ���$��"����� !���(!� !��"� ���������(��!��(��� �� !��� ��(�������&�����'�/!��Run��� ���������� !��"� ���� ����� ��� � !������$� !��"� ���)���� !� �%��������%������ ��������Start���� !��"� ��������(������������ ������� � !�������#�� �%'�*�����%��$��������� ������"����� !���(!� !��"� ���� ���������%��!��(���%�������'

�!���%�����������"� ����"!����%���!�+���� �������������� ����)�%������(�+��� !���� �����$���+��(� !��"� ���� ����� ��$���$� �������'

5.1.2 Wizard templates/!���� ��(�������������������� ����"� �������������+�������� ����� �$����� ������'�/!���������� ����%� ������� ���"� ��������������%���'

�$�%�����������"� �����$ ���!�+��(�������!��(��� �� !�� ����� �)�%��"�������(�+����������� ��� %� ����+��� 2

Application Wizards ________________________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

*��������������+�� !�� ����� ��$���� !��Menu��� ���� !� �����+���������������"� ���������(�����#���4����.�� �����'�5'��� ���� ����� ��������+����%���$��� �"� !�$���� %���'��"���� !��BIA Users\Templates�$�����'

/������ ����"� ���� ����� ��������+��� �$����� ������)�%������������!�����New:Application Wizard�$���� !��File�����'�/!���"��������"%��� ������� ���"� ��������� ��� !���(!�� )� !�����+�� !�� ����� �"!������������� ����������$����'

����+���"� ���� ����� ����� ����������� ��(����� ��������������(� !����� �� �"!��!�� �"�����+��)����� !������ ��(������������ ��������$��� "!��� !�� ����� ���������'

5.1.3 Common wizard functions/!��$��� ���������"������������ ����� �������� ����"� ����2

�������������������� �

/!��"� ������((�� ���� ������������������ �����$����������)����(�� �������� %�+�����4�$���������%5���������� !����&������� ���$�%���������� ���'�*��������!��(�� !��������(��$�+�������� !�������������%��%���((��(� !����������� ��$������+�������� ���'�*�������� ���+����+��� �������� ����"!��!�������� �!�+����$$����� �+������������ %'

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ���

7� �� !� � !��+���������� ������ !�� ������ � !�� ����$� !�������(�����#��%��!��(���$�%����!��(��+�������� ����'�/!��"� ���������� ���������+���������&������$���� �������+�����$������!������ %���������� ����4������ ������ !����������,����� ��� ���(��5'

*�������������!��(�� !������� %��4�5�$���� !���������"����� �����+� !������������ �� ����'��$�%����!��(��������� %��)��������� ���������������'�/������������������� !����"�����)��� !���������������������� ����� �������� !��������� !� ����!�(!��(! ������ !�� �����4 !�!�(!��(! ���+����� ��� �����%� !���(!� !�� ��������%������ !��5)����!�����Default Positions�$���� !��������� ���� � !���� ����$� !������(�����#'�/!����� ����"��������(��+����� �� !������$��� ����� ������� !����"�����'

�� ����� �

.�����$� !��������� ����"� ���������(�����#���!�+��������� �����Menu��� ���$�����#�����%�$��� ����2

Default Positions,����������������� !������$��� ����� �������� !�������� �%������ ������4�5'����%��+����������� !��Rack Positions������(�����#'

Clear Positions���������������������� �����$���� !�������'�*������ ������������������������� �������� !����������$����%���������� ����'����%�+����������� !��Rack Positions������(�����#'

Save Wizard Template (As).�+��� !�������� �"� ������ ��(�������"� ���� ����� ��$���'

Notebook������ !�������� ������"!����%��������� ��������� ����� !�"� �������:��� !�����'�.���.�� ����;'<�$������������ �����$� !������� �����'����%������� ���������� �������� �$�����%���WizardNotes�!������"���������+���"� !� !�� ����� �2����������� ��"��������+���"� !� !������� �$���'

Application Wizards ________________________________________________________________

��< ������������ ����� ���������

Dilution Calculator��������� ��� %�$���������� ��(�+���������&������$�����������(������ ����������'�/������ !������ ����������� ��)��� ���%����� ������� ���������� �� ����)�$����������� �� ���������$�������&�����+���������� !��$��� �������'�*�������������� ������ �������� ���������$��������2

������

/��������� ����&������+������)����������Next2

������

��� !�����������������%���������3�� � !��������� ���+������� ���������+����� �+�����������%��%� %���(���"�+������"!�����&�����'��������� ���+������������������� ����+��%� ����%���!��(����+����'�=����#�����)�%�����%�"��!� ����3�� � !��� ���+�����������"����� !����#������ ��;2� !����$$������� � ��+�������������3�� ����� ��� �����%� ��������8������� �+��%'*���"����������� ����$�%����� �����+������ !� ������ ���$$����� �$��%������&������� �'

7����� �����������$����$����� !��������� �� �������+�����2�� ����������� !� �����+������������ �������� !���������� �'

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ��>

7� �� !� � !�� � ���������� ���+��������� !�������$�%����$����+������������%����� ����������� � !� �����������$���$�� !������ �����4��� !���#�����)� !��$����������� �� ����8������������ ����$��� "������ ������������ �� ����)�������&�������� � ��+�������$�?;5'

���������Print� ������ � !������ ������� ����'

Print Wizard Template,��� ������������ ��� ��(��$��� !��"� ���'

Print Rack Positions,��� ����������%��$� !����������������������� �������&������$�� !������%���'

��������� ��������

/!����� ������(�����#���$����� �� ��(���"� ������� ����������������� ��� !������������&������$��� !���������� !�������� �������� !��� ��������'�/���� ���� ���!���� !���(!� !���������%� ����������� !� ����������������������������$����� �� ��(� !�����'

�����%��������!���� !��Prime Before Run���#� �������� !���%� ���4���.�� ����>'5���$���� !������� �� �)����� !��Standby Flow After Run���# ��� �� � !��Standby�"�����(� ����4����.�� ����>'5�"!��� !�������������� ��'

Application Wizards ________________________________________________________________

��@ ������������ ����� ���������

/!��������� ����"� ������������+�����"� !��# ����+����������!���)����������� !���$���� !��Help��� ������� !�������������������� �%�$��� !��"� ���������(�����#��'�/!����!�� ���������� �������� ����$�� ������$� !��������� ����"� ����2����� !����������!���� �������������� ������$�!�"� ������ !��"� ����'

/�������!����$���� !������)��!�����Help:Help on ApplicationWizards'�7�+�(� �� !���(!� !��!������������"� !�� ������������"� ��!��&���'

/!��Help��� ���������!�"� ���������(�����#������� !��!����� � !��������"!��!��������� �� !����#����&��� ���'

/��(� �!������������ ��������� ��(������"� ���������(�����#)��������� !��&��� ���������� � !����(! �!���������$� !�������(�����#� � ������ !������������ !���� ��('���������������%���������������"����"'

5.2 Getting help on wizards

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ��;

5.3.1 Surface preparation wizard functions/!�����$����������� ����"� �������+����������� �$��2

•�.��� ��(�$�������� ������������� � ������'

•��������� ��(���(��������(���$������������� � ��������� �������� ��������� � ��(� ���+��'

•�,�������(���$����������$�����$�������������$���������� ��� ���'

•�=�����(���� �������(����� ��������� ����'

•�/�� ��(�����% ��������(������� %�������(����� ��������� ����'

��$��"����(����$��� !�����$����������� ����"� ��������!�"����=�(�����'

������������ �� ����

�� �� �������

����� ���

������������������

���������

�� ������ ��� ���

���� �

����������� ��������

������������

������ �

������

������������

� ����� �

������������� ��

�����������

������

�����������������

�� ������ ��

�����������

�� �� ��

�����

����������

�������

�������

���� ���

�������

�������������

������

�������

���� ���

�������

������������ �

�����������������

������

� ��� ���������

����� � �

�������� �����

��

���� ���

������ �

�����

�����

���� ���

!����

� ��� ���������

����� � �

� ��� ���������

����� � �

������

������

� ��� ���������

����� � �

������

Figure 1. Flow chart for the surface preparation wizard.

5.3 The surface preparation wizard

Application Wizards ________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

5.3.2 Immobilization pH scouting/!��Immobilization pH Scouting�"� ������������ � �� ����(������������ �� ������������ �����$$���'�/!����������!������$��������� �� �+� ��)�������%���������$����������� � ����"!������ �������$$������� �����!�+��������� �����!��'���$$������� ������������������� � �����$$��������������%�����������2� !��������� �������� ���$���� !����� '*����������� !��Add�����Remove��� ���� ��������������+��%����"����$$���'

7� �2 �������� � ����������� ��(������������%� ���0���������������!���'

/!������������$�������"��!���"� !�������(���$$����� "������(�����3�� ����)�"!��!�����������%���$$����� � ������+����(���������������( !����������� �� ����� ��'�/��������� !� � !�����$��������������%���������$ ��������� �����$� !���������� � ����������� ��()������� "��"��!���"� !��������$��������� ������������$������� � !�������$� !�"� ������&�����2

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ����

����� ������������ ����� !����������+����%���� ��$� !����������� �� ���������(������������� ������$������������+����3�� ���$���� !�������$� !���(������3�� ���'

/!������� ���$��������� � ����������� ��(������� ���������(���������$����!������$��������� � ��������� ����)������!���������� ����� ����������(� �� !����&������� ���$� !���#������� �� �!���'�/%������%)�������������(�"��������� ������������ � ������+�����������<�@A��$ !����������� �� ������+���)��� !��(!� !���+�����+�������� "�������+��������(�������������(� �� !������ �+� %��$��������(�(��������� !���(�������� !������ �"!��!��������� � ����������$�����'

5.3.3 Immobilization

������������ ��������� �������������� ���������

�������� � �������.�������!����0������(��������������(��!���� �%�������.�������!���.������(������ �������(��$���� ��%�� �����(������������� �%������� ��'

������ ��� ��� �������� ��������

���������$�����$�������������$���������������%��������������%��!�����( !����������� ����#���� !�������(�����#2

Application Wizards ________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

=��"������������������������������������$�������$���$��"������)�����$��"�����8�$���$��"������9'���� !����#������$��"��������������������������$�������$���$��"������)�"!����$��"�������8�����9������� �����'

���������$����������������� !���"�%������� �+� ���"� !�7�.:�-��������� �+� ���"� !�� !���������)�"� !�� ��������� ��(���(���'� ����������!���"������������������� ����� ����!���������������#���

� ����!����� �����#���"���� �������������������������������������

������������� ��� ��$��#��� ����� ����� �������#� ����� �%�&�&

� ��� �� ��� �����'&�/���������� !���������$����������$���)�������� �� !��������+�� ���� ������� !����$����������������������� ����$����������� ����� ��2������ ��!���� !����$��������������#'

���� ���������������������� ����#��

/!����� ����������%��+��������$����������� � �������.�������!����0�'

�!���%������� !��Aim for Immobilized Level��� ���)� !��"� ������(����� !��$����"��(������ ����2

�'����3�� ����!�� ��������$���(�������� ����"� !�� ��� �+� ��(� !����$���)� ���� ������� !���� ���$�������(��$���(���� �� !�����$���'

'����3�� ����������$�"��!����� ����4�'('���0�� !�������������5� �����+���������� ������$���� !�����$���'�*������������$%���$$���� "��!����� �����$������!�$��"��!�����'

8'���$� !��������(��� ������� ������������ ����������� �����4�'�'� !�� ��(� ��+��������������!���"� !���������������� ����$����5)���� �����"� !� ���9'�� !��"�������� � !������������"� !������������� ������(�'

9'���� �+� �� !�����$����"� !�7�.:�-�'

�'����3�� ���(������������������(������ �� � ������������� !��������(�� ���� ��� ������� �������� !� � !�� ��(� ���+��� ����#��� ��� ����

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ���8

����!����$ �����$�"�������'�/!����3�� ������������������ ������"!�� !�� ��(� ���+����������!�������$2

•� !�������������������� %

•� !�� ��(� ���+�������� �����!���"� !������3�� ����������

•� !�������������+������������������(������3�� ���������'

<'����3�� �� !���������� �������� �� !���������� � �������������'

>'��-�����%� !������� �'

=��� !������������� ������������$��)�� ��������� �� � !� � !���� ���$��(����������(� �� !�����$�������"� !��� !�����(�� !� �"��������"� !� ��(� ���+��� ���������!��'��$� !��������(���+����+���!�� �� !�� ��(� ��� !��$��� ���3�� ���������)�������� !����(���������� �� �������:�������������� � ������$$���"� !������ !� �(�+�������� !��� !����#����������(��� �'������������$� !���)�������(���������� �� �������� !����(������B(:���$���!�(!��������� � ������+�����������B(:���$����"���+���'�6�����"��������� �� ������$� !������% ������������"��(! ���!�(!'

����� ��� ����������

����� ��$������������ � �������������� �������� ������$�����������+���'�7� �� !� � !���������� � ��������� ������������!�"������������(������� !����(�����������(����"����"'

�� %������������(����$������������ � ��������(�Aim for ImmobilizedLevel��������� �� �������"2

Application Wizards ________________________________________________________________

���9 ������������ ����� ���������

. ������� !���������� � ���������������������$����"�2

�'����3�� �����$���(���� ���� �������������(��� ��4���%�$���Aimfor Immobilized Level5'

'��.!�� ��������$�"��!����� ���� ������+����%��������� �������������(�$����� �����4���%�$���Aim for Immobilized Level5'

8'���� �+� ����"� !�7�.:�-�'9'����3�� �����$���(����4��%������+�������������� Aim for

Immobilized Level5'�'����3�� �����$�� !���������'

����� ����� �������� ����$����"��$���������� ��(� !������� ��$�������� �����(���2

�'�������������$����� �� ��$��������� � ��������������4���%�$��Aim for Immobilized Level5'

�'�������������$������ �+� ����"� !�7�.:�-�'�'�������������+����$ ����� �+� ����"� !�7�.:�-�'-'�������������+����$ �����3�� �����$���(���'�'�������������+����$ ������� �+� ����"� !�� !���������'

/!�������������+��������� ������ !��"� ��������� ���������$����"�2

�����������4�����5 -�$$��������� "��������� ����� ��-����������������4$����5 -�$$��������� "��������� ����� ���������

���Aim for Immobilized Level)� !����������� ��$� !����+�������!������������� !���������$�����������)�"!��!��������� �� !������� ��$��(���������� �� !�����$�����$ �����(������3�� ���'�7� �� !� � !���"����������%���$$���$���� !������� ��$���(������ ����%��������� ������ !����$���'����(������)�!�(!��������� � ������+������������������� �%�������� ����%����������)�"!������"���+��������������� ������������'

5.3.4 Regeneration scouting

�� � ������ ����� ������ �

/!����(����� �������� ��(�"� ������������ �!�����%��� ��$������ �������(����� ��������� �����$���%������(���'�/!��$��� ������(�����#�����$�������� �����$��� !��$��� �����% ����3�� ���)����������� �� !������

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ����

��� �������������� ����������(���'������ !���������� �� ��)� !��"� ������+�������������%��$� !������� ��$������!���3�� �������� !������ ��� %� ����3�� ���(����� �������� ���������"�����% ����� ��$����! !������ ��(����'��!������������ �)� !�������(�����#������������ �� !� �����"���3�� �����$�����% ����������������2

*����� ������� !����3�� ��������� �����$������!���"���3�� �����$��(����� �������� �����������% �2

��������� !���������"���������������� !��Position�$����� �������������������%�"!����%������������ � !������ ����$����"!��!� ����3�� ���� ���'�7� �� !� � !������������ ��� ��������� �$����!�����(� !� ��+������������� ���� !������� ������� ���)����$������� ����(� !��+�������$���� ������������(���� !��+���'���"�+��)� !������� ��$����� �����&������$��� !�������� ���3�� �������������%���������� !��Position�$����'

����� ��� ����������

/!������� ���$���(����� �������� ��(����������� �������� ������$�����% �������(���+����$������!���3�� ���2

Application Wizards ________________________________________________________________

���< ������������ ����� ���������

/!�� ������!�"�� !������% ����������(���� !�����$�����$ ������!��3�� ������� ������$��6����������� �(�'�/!�������� �(��������� � ��A����!� ������"�����% �������3�� ��'�/!�������������+���4A5������ ����%��� � �� !�������������$���� !��$��� �����% ����3�� ���)���������� ������"���+������%��$� !�������������$�����������% ����3�� ���������"�� !��� !�����+��������������4�'�'� !��Remaining Analyte�+���������(� �+�5'

���� ����� ������ ��� �������

/!������������ ���������"�����!����%��� ��(� � !����� ������ ��$��� !����(����� �������� ��(�"� ���2

•�6�������$��������% ���$���������)� ������������������� �����$�������������$���������(��$���������������� �� �� !�����$���'

•���3�� �����% ��� � !��!�(!�� ������� �� ����%����� ���� ������������%���'���������� ��$���(����� ������+���������������������"� !!�(!�����+�����$�����������% �'

•�,������� !������% ����� !����$$���%����� ���� ������$�������%���'������ ������)��+������"�������� ���( !���$$���� !� �������!��������������$���������(��$�����% �� �� !������������$���'

•�/�� ��������(����� ��������� �����$��� )���������������� !������ �� ������� !��!���!������$� !������� �����4�'('�������# �������)!�(!���������� ���( !�� �5��$� !��$��� � ������������ ����&�� �'

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ���>

/!������ ��(������������!����������(��������������(!��������!� �$�����(���(����� ��������� ����'�-���� �� ��� � ��$���� �����(����� ��������(� !������ ��(����������2��������� �����$�����% � !���(!������ ����%������$��������� ����(����� ����������3�� �����$��"�����% ������������� �������� ����� � ������$$���� '���� ���)�������((�� �������� �����!�+�������$���������(� !������ ��(����������) �� �����$���� ���� !����������"�%�������������$�����$���������'

�!������ �������(����� ��������� �����!�+�������$����)����� !�Surface Performance Test�"� ���� ���!���� !�����$���������$� !��������� �����(���� !���(!������ ����%������$�������(������(����� ���'

5.3.5 Surface performance test/!���"� ���� �� �����$�������$�������� !���(!������ ����%������$����% ��������(�������(����� ���'�/!�����$����������������������� �����$������� �������$���(����� ���������$��� �� �����$�����% ��������(������ %'

� ������ ���� ���� ��

=��� !�����$�������$�������� �� )�����������(������ ����� !� ������������������������� ��%��������%��������� ����'�������+������%�����4� ���� �8)��������������5���� !� ���%� ���������������(������(����� ������+�������������'

���� ����� ��� ���� �

��$����������(� !�����$�������$�������� �� )���(����� ��������� ������� ������ �����!��'�/!��"� ���������� ����(����� ����"� !������� "����������$� !������������$$���� ���(����� �������� ��������"��������(����� �����%��������� ���������$$���4$����� ���� �����"� !�������������� ������ ��5'

����� ��� ����������

/!������� ��$���� !�����$�������$�������� �� ������!�"����� �������(�����$�����+����$�����% ��������(����������������+����$ ����(����� ���'�������%)��� !�+�������!������������ �� � !���(!�� � !� �� ��%����'������&�� ����(����� ��������������������"���� �������� !������������+��)�"!����������$����$����������(������� %�(�+�������"�"��� �������� !�������������+��'����������� !���������������������%��� �������������+����� !� � !�������������+��������������� �� �4������ !������ �� ��������"5'

Application Wizards ________________________________________________________________

���@ ������������ ����� ���������

5.3.6 Troubleshooting surface preparation/!��Aim for Immobilized Level�����������"����� ��� � ����!��+�� !� ��(� ��������� �����+�������(� !����(�������� ����%������+���'��$� !������������� �������� !� � !���������� � ��������� �$�������)� !����$����"������ ������ �+� ���������%����������(���'

��������� ��$�"!� !��� !���������� � ��������������������� ����������� !���������$� !���� ���$�������(������(������3�� �����+��� !����� �+� ������$����4� �������� !������� �� �������.�� �����'8'85'��$�������� � �������3��(��� �����$�������)� !�����$��������� �+� ��������(���������3�� ��'�/!������� ������������(���(������3�� ������������������� ��� ���$� !������� � !� ������ ����%��������� ��2��$���(���������"� !�� �����(���+���� �%�������)� !����� ��� ����%�������������('

/!�������� !�������������$��� �� �����"!����Aim for Immobilized Level��%�(�+������ ��$�� ��%������ �'�.�((�� ��������� �+����������������� �������"'��$�������$� !�������������"����)�%�����%������ ��� ���������� ���������� ������������������ ����� ��#������� ����� !������� !��Specify Flow Rate and Injection Time��� ���� �+����� !����$����������� ����"� ���'

����� �������(�"!� !�������(������������ � ��������� ��$�� ��%)��������� !� � !����+����$��������� �����(����������� �����������%��$��� � !��$��� ������������ %��$� !�����$���'�/!������� �� ���� �������� !������% ��������(������� %�4"!��!���������� ��� �������(� !�����$������$�������� �� �"� ���5'

•� (����������� � ����������)����� ���� �� ��������

/!����� �� ������������$� !���!�� �� ���3�� ���� ����$�����(�������#��� ��� ���+���!�� � !�� ��(� ���+��'

/�%�����(�����"��������� �� �����$���(���'��$� !���������� �!���)��������� !������$� !���������� � ������$$����%�'��������� �'�4�$� !����������������"��� �����$������� ��� � ������������ �� ���)� !��

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ���;

����������%��� ����%���������� !��������(��� �'��$� !�����!�+�����������)���������� !�����$�� !����� ��� !��������(��� �������'5

•� (����������� � ����������)����� ���� �� ��������!

/!����� �� ������������$���(����������(� �� !�����$������������ ����� �� �������� �� ���3�� ���������� ������"� ������!� !�� ��(� ���+��"� !��� !����#�������� �� � ���'

�!���� !����(�������� ���2

•� /!������!��������'��������� ������"� !��������� �������� ��$� !���(����4���� ���+������� �������� ������� �����$������� ��� � ����������� �� �����$���(������� !�����$���5'

•� /!��������� ���( !��!�����������0������"���4��"�����$���� �� ���������%����� ��(���!�(!�������� ���( !���(����� ������� ������ ���������(���$$��5'

•� /!����(���������� �� �����!����� %������%��������B(:���$��!�(!��������� � ������+���������B(:���$�����"���+���'���(!�������� �� �������%������&���������������"!���� !���������� �� �����$$������%������"'

•� (����������� ��������������������#��� ���������

/!����� �� ���������������$���(���������� �� !�����$���������(��3�� ������ ��������+����%� !���������$�� !����������4�'�'������ ��+���� �%�������5)�����$� !���������� � ��������������� ������ ����$���� !�� ��(� ���+���!������������!��'

0���������%�������$���!�7�.������-������ ����'

/!������� ��$���(�������� ���� !� ����������3�� ���������� ����%� !������� %��$� !�������������'��$� !�������� ���$$����� � ����!��+�� !� ��(� ���+��)� �%��� ��� ��(� !���������� � �������������������(� !���(���������� �� ���'

/!����(������%���������� ��� � �����%� �� !�����$����4��������������� ����5��� ��� ������+���� �%��������4������������"5������� ��$�$���!�7�.������-������ ����'��� ���� �+���������� � ����!���� �%������� ����(���%������������������ �'

•� (����������� ��������������������#����*������

/!����� �� ���������������$��������� � �����$���(��������������(��$���� �%�$�� ��� !��� !������ ��� � ���������(������ ���� ��� � !����&��������3�� ���� ���'���������������� !��)�Aim for ImmobilizedLevel������ ���� ����2�����Specify Flow Rate and Injection Time��� ���'

Application Wizards ________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

/!��������(�����%����"� �������+����������� �$����� �������(� !��# �� ��$�������(��$���� ��$����������� �+������% ��� ������������� ����(���)������� ������%����� !� ��������� !������������$$���� �����% ��'/!������� ������������ �����������!�� ���$�������(���+���'�/!���"� �������� ��������� !��$��� �������$���%��:���������(� �� ���������(!��������� ��$� !���# �� ��$�������(�4"!��!���%����+����������(��$���� ����$���������(��$$��� ���������$���� ����������� �+������� �� ����)���������(����!�"� !������% ����������������������5'

�!����� !����������$���3�� ��������� !������� �����$������!���3�� ������ !��Injections������(�����#'�*��������� � !��������$� !������% �4�5�%��������(���� !���������&������ � !�� �����$ ��$� !��������$������!����% ��4 !����������� !���#���������+�������� � ��First Ab)�Antigen)Blocker�����Second Ab)������(! ���������$����#��������������� ���������(��#������� 5'

����% ����3�� ������������$�������������� �����������)�"� !�����(����� ������ "�����������'�������� ���)� !���������������������%�$����� �'������ ����� "������3�� ����)�������������(� �� !��� ���������������� ���� ����$����7C��/����������4����.�� ���9'9'<5'�/!��Wait After Injection���#�����"��%��� �������$%�����%�����������(��� !���'������ ��'

5.4 The binding analysis wizard

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ���

/!����3�� ��������� ����������$������� !��Injections������(�����#�����% �������%�������� !��������(�����%�������'�-� ������$� !������% ���$�����!��%�������������$������� !����# ������(�����#2

���!��������� !��Cycles� ������������� ����������%�����%����4"� !� !���������$�������� ��������$������� !��Repl�������5'�-�$$���� ��%������%����� !������������$$���� �����% ��'

��(����� ����������$�������$ ��� !����� ���3�� ����������!��%���'

����� ��� ����������

/!������� ���$�������(�����%�������������� �����������!�� ���$�����������+���)�(��������� !����%�����% ������%��%���'

Application Wizards ________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

�����������+������������������ � !��$����"��(������ ����� ��������!��3�� ����4�!�"��$��� "����3�� �������� !������� �� ���52

•�Baseline2��!�� �%��$ ��� !����(�����(��$� !���%���)���$���� !��$��� ��3�� ���

•�Resp12��!�� �%���$���� !�������$� !����3�� ����4�������� ��(� !������ ��$�����% �������������(���3�� ���5

•�Resp2����!�� �%���$���� !�������$� !��"�� ��������4�������� ��(� !������ ��$�����% �� !� ����������������$ ��� !��"�� �������5'

•�Regeneration2��!�� �%��$ ��� !����(����� ��������������4�������� ��( !���$$������%��$���(����� ���5'

/!������������ �Resp2�$���������3�� ��������������� !�����������$��� !���# ���3�� ���'�/!��Regeneration�������������������� ������� �+�� �Baseline'

7� �2 =������+���"!��!������� ���$���������� ��� ��)� !������������ Resp2�"������������ !���������$��� �+������#���� ���� ����$��� !����3�� ���������'

*�������� �"!��!������������+���� ��������%���� !��Cycles����Injections������(���'���3�� ������������� �$��������� )���)�8�������9 !)"� !� !����������������� !��Injections���� �$������� ��������� �$��� ���'�������(� !������������ ����+�����!�� �(���������!�"��� ���� ���"!��!�(�+���$������ ������$� !����3�� ����$��� !� �������'

*�������������%������ ��(��������%���3�� �����4$���������$���������(������������(���3�� ������� "�����%����5�����%��%�����4$���������$��������(�������������(��%�����$��� !���������3�� ���5��%������ ��( !����������� �� ������ !��������%�"����"'�/!��Baseline stability� ���!�"�� ��������� !��������������������4� � !����(�����(��$����!��%���5�����$��� �����$��%����������'

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ��8

5.5.1 Kinetic analysis wizard functions/!������ �������%����"� �������+����������� �$��2

•�����%��������(���+���� �%��������� ������������+���� �%���� ������(���'

•�-� ������ �����$����� ��������� ����$��������% �������� �� ���������'�������� ����� ������� �� ���������������������2��������(����������������� ������������� ����� ��� �����%'

•���� �����#������� � ����+��������� ����$������� � �������������������������$�������(����$��"��� �'

•���� �����#������� � ����+��������������� ������������ ��!� ���(���� %���������� !��������������$��������� ������ ���������� ���� ����� �� ���%�� � �'

��$��"����(����$��� !������ �������%����"� ��������!�"�����=�(��� �'

/!������ �������%����"� ������%���������"� !���%� %����$���������!�� !� ������� ������� ��������� � ���������� ����(��$���(���'�/!���������!��� %�������� ������$������� !��"� ������ ��(�'

5.5 The kinetic analysis wizard

Application Wizards ________________________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

�������

�������� ���

������

��������������

���������

���������������

������������

�����

����������

�������

���������������

�������

�������������

������

������������

���������

�������

����������

�������������

����

�������������

�������������

Figure 2. Flow chart for the kinetic analysis wizard.

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ���

�!���%���� �� � !������ �������%����"� ���)�%��������!����� ��������%��������$� !�������� �� ������������������ �����#������� ����������(��D�� �!E����'��!���� !���#������� ��%���"��!� �����$���'

��������������� ���)����� !�������� �� �����������$��� �"� !�� �!�����(���%���� �����#������� �'��!��� !������%�������$����!��)������Next���� !������� �������%�4��������"5�"� !�� �������(� !��"� ���)�������� !����� �����#������� �'��$�%���"���� !���"�%)� !��������� ���"� ����"�������� !������� ���$� !�������� �� ����������� ����((�� ����% �������� �� �����$��� !����� �����#������� �'

�$�%����!����� �������� !� !�������� �� ������������������ ����#������� ����������(����� �!)�����$�%��������� !��"� ������ "��������� ��(� !�������� �� ���������������������(� !����� ����#������� �)� !��"� ����"������ ��������� ����((�� �����% ������� �� �����$��� !����� ���������%������ ����+���� !����+�����%������$'�7� �� !� ��$�%���!�+���� �����%���� !���� ���� �������+�����%%�����%��� ��������� ���!�������� ����������� �� �����$��� !����� ����#������� �'������� �� ������!���������!��������$����"�2

•�$��� !������� ����$������ �����#������� )� !���� ���$�������(��!����������!� !� ���������%�������������������������� ������"� !�����3�� ���� �����$������ ��'��$� !��������(���� ���$�� ���� ������")� !������ ����%������$$���� � ���� ����� '������������$� !���)� !��������������!����$ �������� ����!������������� !����A��$� !����#��������% ��������(������� %��$� !�����$���'

•�$��� !������������� �������� ���)� !��������(��!�����������%��������!� ���%�� � ��"� !���������� ��'�=��&��� �%� !�������������(� !�!�(!�� �����% �������� �� �����+�������'��$� !��������(�������� �����!� ���%�� � �)�������������$� !���������� �����!��������������������('

Application Wizards ________________________________________________________________

��< ������������ ����� ���������

�� � ����#������ ������� �� ����

*��������� �����+�������$$���� �����% ������ !��������� �����$��� !����� �������%����"� ���2

7� ��!�"�+��� !� � !���������(����� ��������� �����"������������$�������%�������� !����������'��$�%���"�� � ��������$$���� ���(����� �������� �����$�����$$���� �����% ��)����� !������% ������������ ����������'

5.5.2 Notes on the kinetic analysis wizard

����������� ��������� ����

/!������ �������%����"� ���������� ������%��������(��� !�������� �%�������� ��������� �������(���'�/!����!��������������%���� � ����%� !���&������� ���$� !������%���'

�������������!������

*����!������$������������������ �������%��������(������������ ��� �����$����$�������$��"�����'�/!���"����������� ����� � �����$� !������� ���������%�������� ��(������������� ���� ��������!�����������$��� �+������#��� !���������'�������%)� !����$�������$��"�������!������������������%�������� ��(����������+�� �4����������(5���� ���� �� !���������+����� !����(���)� ���������� ��$�����%���+������$$�� �� !� ���(! �������$��� !������������$���� ������� !�����$���'�/!�����$$�� �������������$���%)�� ����������(��$���� ����+��%�����$������� �������%��������(���"�����������+���'��$������� �����������+�� ���� ��������+�������)�%��������������������$�������$��"�����'

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ��>

�� �� ���� �������

�!����� ����(��� ������$� !�������� �� ����������)�� ������� ����+����� ���� ��� !��!�(!�� �����% �������� �� ����$��� '�/!��"� ����"����� ��� �����%���((�� �+������$��� !����# ��������"�"!���%��������Enter� �������� ������� �%)���������������"� !� !��������� ���������"'*��������!��(����%���((�� ����� �%������%��%� %���(�����"�+����2

•� !������% �����������������$���� !����"����+�

•� !������% ������������"��(! �����������$���� !����"����+�2�$������% ��������"!��!�!�+����������������� �%)� !�����+�����%���������������"��(! ������((�� ��

•� !����������$�������� �������������$���� !����"����+�

•� !�������� �� �������������� ���$���� !����"����+�)��%���� ���%��(�%�'��$��� !�����������"�����%� !���� ����$� !�� "����������(���"�$��������&��� ���"�'�/!���������� ����%� ���� �������(��������� ���������'�/!��$�� ���������� � ��'��"!��� !������% �����������!��(��'

���

��������������� ���)�%����!�������"�%������� ����� �����$$���� ����% �������� �� ����)�"� !�� ����� ������$� !�������� �� �������������� �'�/!����$ "����"������+����%����$� !��������� ����������� $��$������"!���%������������Next� ����� �����"� !� !��"� ���'

� �����������+������� �������������������"� !� ��������% �������� �� ���4 !��������������3�� �����$�����% ����$$��5'�������%)� !����!���������� ���(! �����������$ ������ ��� �����$� !����$���������������2�!�"�+��)�����������$����!������������� !�������� �� ���������������$����� � ���������� ��$������������+�� �������� !��$������� �'

Application Wizards ________________________________________________________________

��@ ������������ ����� ���������

�� ���� ������� �������� ���� �����*����� �

=������ �����#������� �� �����+����)�� ��������� �� � !� � !������� �� ������������������ ������������$���������������� ��������� �����4�������������� ���)���$$��)��(���$��������� �5'�/!����� "�%� ����!��+�� !������ ������ !����� ���������� �%��$ ��� !������� �� �����������"� !�� �������(� !��"� ����"����"2� !��"� ���"���� !�����((�� ���� ���������� �����$������!���� ���'��$� !����� ����������������������� ����������)����������

•� !� � !���������������!��������������$��� !�������� �� ����������)���� !� � !����(������ �+� %�!����� ��� ������ ��

•� !� � !������%��������������������(����� ��������� ��������� !��������� !������������ !�������� �� �����������4 !�������� �+������"��������((�� ����$�%�������� !��"� ���� ����� ��$���� !������� �$���)����.�� �����'�5'

5.5.3 Intepreting results from the kinetic analysis wizard����� ��$���� !������ �������%����"� �������������� �������� ����������(�����#�"� !������� ��� ����$��� !�������� �� ����������������� �����#������� �'��$������ !�����������% ��!�����������)� !�����% �������������� ���$���� !���������"����� �� � !�� ����$� !�������%2

7� �2 �$�%������� !�������� �� ����������� ������� �����#������� ���������� ��"� �������������4������(� !��"� ���������(�����#�� "��������5)� !������� ���$����!���������"���������+����������� ��$����'�/!�� ������� !��"� ��������� ������� � ����������� ��#������� ������"� !��� !�������"� �����������'

�� �� ���� �������

/!������� ��$���� !�������� �� ����������������!�"���������+����%���� "� !� !��������(��������(����� � !�� �����$���3�� �������� !������������3�� ��� �� ������$������3�� ���'�/!������� �������+���� �����������( ������������2���� ���� ���������F��#������� ������+��������!�"������������$� ������+����������'�������� ����� ������� �� ����������(� � !���2��$� ��(�������� ��)� �(� !���"� !� !���� ��� �����#���������% �������(������� %�4�

���5'

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ��;

� ��������� �� � ���������� !� � !������ ������� �� ������� ������ !�"� ��������� ����������+���$���� !���+���� ������������(� �� !�������� �����������+���� ���������)��������������&��� �%�������� ���� �� ��"!��!���%���+�� ����(��$���� �%�$���� !�� �������� �� �$��� !���� ���� ���'�0��������$����+���� �����$� !������ ����� ������(����+���� ������$ "���������"�%�������������)���� �������%��$� !��#������� �������$� ������+�������� ������������� !��"� ��������� "����"'

/!���+���� ��������� ������ !��"� ��������� ��������$����������(� !��� ������3�� ���� �����$���� �� ������ ����$� !��������� �����!���)��������������� ����� !��������(����'��$� !���� ������+���� ���"� !����+���� ������$ "����"!������� ���$� !��������(�������%����#�������$��������%���)���(��$���� ���$$��������������� ���+��������%����� �������+����$� !��������� ���� ��������������������'

������ ���������

/!��Baseline Level� ���������%�� !�������������������� ������� ��%�$ �����(����� ���������$��� �����$��%����������'������ ������������ �������� ��%�$��� !��$��"��������������� !������%����4���������$���� !��������"����� 5)�����$��� !����$���������� ��� �����(�����$�������������$�������������������'������%��������������� ��)���������(���%���� ����#������� �2� !��+������������ ���� ��(���!�����������(� ������% �"!��� !�������������+���������% ��'

Application Wizards ________________________________________________________________

��8 ������������ ����� ���������

/!��������� � ����!�����%��� ��������� !����(����� �������$������������(� !������%���'�7� �� !� � !���������$� !�������� � ������%�(�+���$�����+������������������$� !������������ ����� %2���� !���#������!���) !������������!��(����%����� �9��6��+������%����)��������� !������6�����%���'

������� ������� �����*�����

/!������� ����$������ �����#������� �����%�������������� �� �����$����% ��� � !������$$���� �$��"��� ���4�)��������>��B�:���5)�����(������� ����3�� ���'��$� !���� ���� ������ ��������� ����%������ ����$��)� !������+���������(��� ��"����+��%�"� !�$��"��� ��4���� ����� ���� ������������������ ��$�$��"��� ��"!��������� ����$������������ ������ �� !��������� ��$� !��$��"��� �5'�/!����$� !��������� �����!������� !�� !������+��������� ������ !������� ����$������ ��������� ���!�"���(��$���� �%��$$���� �������)������ ����$������� � ���������� �����(�����'�/!��#����������"������� �����(��(���������� ����$������� � ���'�.��� !���������!����$���������#������'

________________________________________________________________ Application Wizards

������������ ����� ��������� ��8�

�$������ ����$������� � ����������������)� !��������� ����� ������ �� ������� ������ !��"� ��������� �"����"������������� ���� � !������ ������� �� ��$��� !���� ���� ����� ���$'

7� �� !� ��$�������(�� � !������% �������� �� ������������+��%�$�� ���+��%����")�� ���%������$$���� � ���������"!� !��� !�� !�������+����!�" !������������������ '��$� !������ !������)������ � !����� �����#������� ����(����������� ���������% �������� �� ���'

�$������ ����$������� � ���������������� )��� !��2

•������ � !������%��������(�����"�����+����$��������� �����(���� �������� !����(��$��������$������ ����$��)���

•��+���� �� !������� ������(�������� ����$������� ���������������+���� ������$ "���'

+� ���������� ���� ���

/!������������� �������� �����#������� ���������� !���������� ����� ���$�����������% �������� �� �����$ �����3�� ���� ������$��)�8��������� ��'�������%����� !����������(������!������������!�� ���%�� � �������('�/!������(���$� !����#������� ������������������ ���� ����������$� !�� %��

��?���GH����GH���I

"!������������ �����$���I����������� �����(��$���� �%���$$���� ��� �$������������ �����$���'��������(� !� � !���� ���$����+��������$���� ���I�������!� !� � !�������� �����$���I��!��(����� "�������������� ��)� !������� ������!����"����(�+����$$���� �%��!������������� ������$������$ �����$$���� ������� ���� ����'�/!���#����������"�������� ������ ������������� ����)������� !���������� �����!������������� �����%���� ����'�.��� !����������!����$���������#������'

Application Wizards ________________________________________________________________

��8 ������������ ����� ���������

7� �� !� ��������� �����!�����"!��!��������������� ��#���������� ���� �������!�������$� !��� %��2

•� �$� !���������� ������ ����$����������I������������)� !����$$������������������ �������$�����"�������+��%������

•� �$� !�����+���������� ����I��������� ����%������� ��"� !��������� �)���� !�������+���"������$��� ��������� �����$����%���I'

�$� !���� ���� ����������� ��������!�� ���%�� � ��������� !���������(����)��� ����� � �����$� !������� ������������������ ��)����� !�����+�� �����$���� !���2���� ���� ����������4�'('������ ����$������ � ����5�����(�+������� ����$$����������� !���������� �������$����'

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ���

6. Customized applications

��� �������������� �������������� ���� � !� !��!�����"� !����� ������������� ����#�����$�%������ !��� !���������� ���� ������&� !��������� ����'��������� �����"���������(��������"���������� ���$���� ���&� !�������� ���������"�������� ������"���"����)����� ��� ������������*�����$�+!�� ������ !���(������)�������� ��(������������������(�� ����� !���� ���������������������� �� ��(� !�����&�����(� !������������"������(�����,��������� !��� !���������� ���� ������-.�� ����/$�$01$

+!����� �������������� ���� ������ ����!��������� ��,������� ����*������� �� !� ������� ���'������)� !��� !���������� ���������"�� ������$�2��������� ����� �����"���� ����� ������ ���&�!� �'��&� !�3� !���4�"��� ����5��(��(��-3451���������(������(���'������� !� ��""������(��� �����(�����"�"��,����� )� !��� !����� ������������� ���� �����$�345����������� �����������������������2���� !��������$

������������ !����� �������������� ���� ���������'���������� �"��6

•�� ���������� ����� �"��� ��������!������ �� ��������&� ����"��&���,&��7�� ���������� ����� &

•�'���������������������� ���� !� ���)��������(������""���� �'�����"�����""���� ��)�������� !������)���

•������ ������-8�"� !��91���������� !� ���� ������� ����� ������ ������ !���������"�'����������������� ����� �'�����$

•�

6.1 Overview of the customized application wizard

Customized applications_____________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

6.1.1 Defining the command sequence. �� ��(� !����� �������������� ���� �������������� ���� � !����)����"���� !����*�������"���������� !� ����� � � �������)������� !�������� ���6

#!���"��� �������&� !�� ���� �������� )��,��� �"������������

�������� !� ��� �� !����""���"�� � ���:�;����� � !����(�����(��"� !����$�<���������� � !����������� ���!��(�� !��"�� ��� �&��� �)������� ����� ��� $�+!���,�������!� �����'���������������������������(��*�����$�+!�������� ����Detection�����Ligand�-������������� !������ �� �������'�&��!� ���������� �, ���� !��������)1�����'�������� !��!����� � !������������ ������*������ ����������"�����""���� ��(����������""���� �"�� ������� � !��������(������$

•�+��������������� �� !�������"� !����*�����&���������� !�� �������� ���"��� !����������)��� �� � �����$��� ���� �'��)�)�������!����� !����������"���� !��Menu��� ��&������(! ���������� !� ���� �����������!����� !����������"���� !����� �, �����$.!�� ��� ���)�������� �����"��� !������������������ ������ !������$������(������������������������(�����,� !����)����� ������ ����"��� !���������$

•�+������������������������,�� ��(���*�����&������ � !���������������� ��)��" ��� !������� �������� �����"���� � !������������"�������(����������$

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ��0

•�+��������������&����������������� !���������$�+!��� �������� !�������(�����,�"��� !���������������� ���$

•�+��� �����������&������ � !��������������������4������ !���)�����$

•�+���������������&������ � !�����������������(�� � �� !���� ���� ���$������ �������������������� ������'��&����� !���������� ��� ��������!� �)���������'����� ����� !������������-�$($ !������� ��� �)����������������������� !��"��� ���� ����� ����� ����� � !����(�����(��"� !����*�����1$

����������������� ��

������������ !����*���������������� ������������������������"��� ���$�+!�������"��� ���������������� !��345��)� �,-�������,�21&� � !���������� � �����"������ ��������������������)$�.��������������) �����!�'����������� ��� �������� ������� �������� ���� !����������"��� ����6�"����,����������� ����� ��������� �"����������� ��������� ����������(���� !� !��� !������� ���� ���"��������������������� $�.��� !����������!����"����� ������"� !�������)��)� �,$

�������������� ������)�������� �� ����'��������-����.�� �����$1$���� �� ������� ���������!� ����� !�� ���� ���������� �, �������*�� � ���������$�=�������������� ���������!� ���������� �, $�+!���������������������������"�'���������������� ��(���� )�'�����"�����,��(���� ����&��!� �����(����� �, $

����� ����� �������� �������� ���� ��� !������������-� ��������"��� ������"��������" ��1&���������8 ���9���� !��������)� �� !�������� �'��������� � !���'�� ���������$������ ����� ����'�� � !���������� !��� !���������������'��&������������� ����"� !���������������� ��$

+!��� ������������������ �)��������)��� �(� !��� � !��������������(�� ������ �$�+!���!����������� ������"��� ���&��� ���� ������� ����� �� ������� �������� ���� �� !�������"�����������7�� ���� � !�� �!�'��(� ��������� �� !����� �� � ������������ ����) !����7�� ���$

Customized applications_____________________________________________________________

��> ������������ ����� ���������

6.1.2 Assigning values to variables#!���)���!�'����"����� !����*�������"���������&����������Next� �(�� �� !��Cycles������(�����,6

�����)����� � !����������"�������� �������"������!��)��������'������"����)�'����������������� !������������*������-'������������� �)��� �������� ������)���������(� !���������*�������"���������1$�<������������!����� !� !��� !���)����� ��������������������������������� !��������� �������� !�� ����$

+!�� �������� !��������(�����,���� ����������������"��� !����������"������� �����������"������!�'���������������� !������������*�����$+!���,������!������"�����"�����)����&� �������������"������""���� ��(��������"�� ���������>������� �'��)$

�"�)��� �� � ���!��(�� !����������� !��!� !��������������������)��&��������� !��Menu��� ������������ �Set column order$�<�������� �!��(�� !��������"��� !��Repl�����Detection��������$

�"� !���� ����Use Separate Vials for Different Solution Variables����!�����&��� ����� !� �!�'�� !�������'�����������""���� �'��������������� �������������� ��'�������� !���� ��������������-�� ����� � ! !�������'����� � !������������������ !�������'���1$��"� !����� �������� ��!�����&��� ����� � !� !�������'����������""���� ��������� ������������� �� !�������'�������� ���$

�!���� !��Use Separate Vials for Different Solution Variables���,��")��� �� � ���������� ���������� !� ���(! ��� ����*���)����� �")��������&�"����,�������"�)������� !����������������� !��'������������������������ �� ������� !������ ������������ !�� ����$�%��!���� !���,��"�)������� !����������� ���������""���� ���� �, ������������)���&���!������� ����������(� !���� !��������� ����������)�����������

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ��/

"��� ������������� �������&������ �� ������ !��"���� ��(��,�����$�2������������ ���� � !� ����7�� ���������(�'���������Primary_Ab����Secondary_Ab&� !�� ����

� !�Use Separate Vials for Different Solution Variables��!������ ���(�'��"��������������� !��Rack Positions������(��6

�� �'��&� � !�Use Separate Vials for Different Solution Variables��� �!�����6

���)� ������������� ���������(����� ��������� !��'��������������Mab-123�����Mab-456����!����� �� !����������� ������(���������"� !�'������������������ !��!� !�)���������$

6.1.3 Assigning rack positions#!���'������!�'�����������(���� ������'��������&����������Next� ��(�� � !��Rack Positions������(�����,$�.���.�� ����/$�$0�"������������ �����" !��������(�����,$

Customized applications_____________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

6.1.4 Preparing the run���������Next���� !��Rack positions������(�����,� ��(�� �� !��Preparerun�������)$�+!��������(�������������� !������ ���������'������� �������*��������� !���� ����������-����.�� ����/$�$01$��������������-�"�)���!�'��������� ����������������)������*�����1���� )'����� ������������������������ ������������� ����$

?� �6� ��������������� �����&���� �������)������*���������'��'��(����� ��������������&� !����*������'�������"����� �������� ���������� ��)��� �������������'����$�+!��'�������!� ����� !��Prepare run������(�����,�����8 ��� �����9'������&�������� ������ !��(!�������������������,��� ����������)����$

+!����� �������������� ���� ���������� ��)��� �������� !������� �� ���'�������������� ����"������ ��"� !�������������� !����*�����6

•�%��������� �� ������� ����"� !��'�������� !�����������'��)��)�����"�������)���$�2����,�����&��"�)�������(���(� ����7�� � !�������'�������"�������������!��)���&�)��� ��������������� �� �'�����"��� !��������'�����$

3�� ����� �� ������� ���������� ��������� ���(! "�� ����'������-�$($89�"������������'�������"��:�1$�=������ !� ������������ ����� �������� !���� �������������&�!� �'���-���!�������������� �"��� ����"������� ������������1������� ��������������&� !��!���������� ��� � !������������ ������� !��Rack Positions������(�����,�� ������ !�� �����$

•�%�����'�������������� ���-�!����Vary by Cycle1��"�)��� �� � ��'��) !��'������� �����)����$�2����,�����&��"�)�������������(����������(�������� �������� �� � ����7�� �����""���� ��������������!�)���&�������'��������"��� !������������� �"��� ���$�<����� � !���������"��)�������������(����'����� �� !��'���������"������!��)������ !��Cycles������(�����,��� ������ !�� �����$

���(������&�����'�������������� �������������(�)������������$�.����'�����������������(������'�����"������!��)������� !������)���&�)��� ������� ������ ��"��� ���� �)� �����"�)�������'���������������������)$

?� �6� +!��To����� ����"����� ��������������� ����)����������������"�'�������� !��!����� ������� ���� )�'����"������!��)������������- !��������)������"��� ������� ������������,����������"�����7�� ���&����� !���"�� �������'�� ��)���"������������(��"���!���, ���������������������'���1$�+!����� )�'����'�������������� ����������� !��Cycles� ����&����������� ������������(������ ��� �����)$�<�������� ������ ���!����Vary byCycle���������(�����,���"������������������ �������������� ��������� !���������"�'�������$

6.2 Constant and variable command parameters

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ��@

��������������� ������ !����� �������������� ���� ������������������������"���� !�� ������$�3�� ��"� !�����������!�'����������� ����� ����� !�������������� ����������-�����!�� ����>�����A16

Cycle settings.� �� !�� ������ ����� � !��"�� ���������� !���� �� ���������"��� !������� ��)���$

?� �6�.� ��(� !���� �� ���������������� �� !��"�� ��� !$�.��.�� �����$>�"���!�� ���������(� !���� �� ��������� ����� ��'�� �(�$

Keywords4�"�������) ����� !� � �������������� !������� ����� � �����"��� !����$�<����� � !����) ����'����������'�������6� !��'������"� !�'��������"������!��)���� �������������� !����) �������������� !������ ����� � �����-����.�� �����$/1$

Flow.� �� !��"�� ��� �$

?� �6�#!���)������� ������ ���*�����&������(��������������� !� ��� �� !��"�� ��� �� ���:�;��������� ��� �����)������ ��� � !����(�����(��"� !����*�����$�<��������!��(�� !������� ����"��� !����������&��� �)�������� ����� ��� ����)�������� �������� !�������������,��� ��)������ ��(���������������"���� !��"��� �����$�+!����������� !� � !��"�� �� ������� ���"������)�� !�����������������,��� ������������)���$

Flow path.� �� !��"�� ��� !$

Inject��7�� ����������'��� !������������"���

Report point.� ������� ����� ��� ���"�,��� �������� �'�� �����!������������$

6.3 Customized application commands

Cyclesettings

Flow Inject

Mix Wait Conditional(if-then)

Keyword Flowpath

Reportpoint

Transfer ���� Comment

Customized applications_____________________________________________________________

��B ������������ ����� ���������

Transfer+����"�������� ����"���������� ���������'���� ����� !��&����"��� !����""��������'���� ����'���$

Mix3�,��� !����� �� ���"��������"����'���$

Wash#��!����� !��� !���� ������������������� !���2���!������$

Wait����� ��������)���������� ������������$

Comment����� ���������� ���� !������������*�����&�"���������� ��)��������$������� ������� ��""�� ��,��� �����"� !������������� !����*�����$

Conditional commands (if-then)���� ������� �������,��� �����"������������� ������ �����"� !��)����������&���������(���� !��'������"�������� ����� ����'�������$

+!����� ��������� ��""��������!�� �����!� � ������ ��� �������� ��������(� !�������������� !����� �������������� ���� �����$�2��������� ������������� ������"� !����������� !�����'��&����� !����������!���$

6.4.1 Detection mode+!���������� ������������Cycle settings��� ���� !� !���� �� ������������ !��"�� ��� !$�+!���� �� ������������������ � �������� �� '�������� ������"�"�� �������������"���������� ��� ������ ����&��!����"���� !��������� ����� ���� ����'��������������Detection$�-+!��'���������������������"�������������� �����!��(��$1

.� ��(� !���� �� ��������� ����'������������ ��)��� ���!��(��� �� �������������������������(�"�� ��� !��� �����)�������������$+!���,����������� �� ������.�� �����$�$���!� ��!� � !��������������� �������������""���� �"�� ������������!��)���$�?� �� !� � !���� �� ���������� ���������� !� !����� ����"�� ��� !����� !����������"������(�������'���������)��$

�"�)������� �����������������*������������� �������������������

�������&�)��� ������������� ���� � !���� �� ���������� � !���(�����(��"� !�����$�<����������)��!��������� �� ��������� !� �������� ����� � !� !�������������� !������������*�����$�2���,�����&��"�)������*�����������������������������������&�)���������)��!��������� �� ��������� !� ����������2�0$

6.4 Using detection mode and flow path

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ��A

6.4.2 Flow path+!����������������������� ��)��� ���!��(�� !��"�� ��� !� � !�� !������ � ������� ��)� !���� �� ��������$�2����,�����&��"� !���� �� ������������� � ��2���&�)����������)��!�����"�� ��������������� !�� ����

�����������$

<�������� �������'�������������� ��� � !� !������������������& !��!������� !� �)�������� ����� !����������� ���!��(�� !��"�� �� !��� �����)����$�%���������������)��"�)��� �� � ���!��(�� !�"�� ��� !���������)���$�%�����'���������� �� ����������"�)��� �� � ��!��(�� !��"�� ��� !��� �����)����$

6.4.3 Flow cell names���� �"���� !���������� ��������&�)���������"��� ��"�� ��������������������������� ������� � !��"�� �������� ������ ���������� ��� �������� ������������� !���������������������"����"�� �����$

�"�)���!�'����������������� ���!�������� �� ��������&�����"� !��� �� �������������� ������"���&�)��������!����� !����(�����"�� �����������Sample&�Reference&�����Subtracted�"����������������������

��������$�+!�� ��������� ���� �� !������������������� ������(����"�� ������������������ ����"�� �������"��� !����""���� ��� �� ���������$

4� �� �������� Sample Reference Subtracted

2�� 2�� �;� �;�

2� 2� �;� �;�

2�0 2�0 �;� �;�

2�> 2�> �;� �;�

2��&���"��� 2� 2�� 2���

2�0&>���"�>�0C 2�> 2�0 2�0�>

2��& 2�� �;� �;�

2��&&0&> 2�� �;� �;�

2��&&0&>���"���&�>�0 2� 2�� 2���

2��&&0&>���"���&0��&>�� 2� 2�� 2���

+!����� ���������� �������)����"���"��������� ���������&��������� �)��� ���� �������� ������������������������ � !�� ���� ��(�����'����� !��!�"�� ����������������-����.�� �����$���"����,������1$

Customized applications_____________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

D�) �����(����� ���������"���������������� !������� ����� � �����"�� !�����&� � !� !����) �������������������!�����($�+!�����������"����������'����������� !����� ���������*�����$�+!������������ �� ��� !��'��������'�����"������!��)��������� �������� !��Cycles� ����$

�"�)���������) ������" ����� ����(� !��� !��������������� !���*�����&� !��Keyword value�"����������� ����������� ����� ��"����'����������������� !����������&������(�� ����)� ������� � !���������� ��'������������$�+!������������������� ���"����!� �'���� �)���������� � !����(�����(��"� !����*�����$

6.5 Using keywords

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ����

������� ����� !� ����� !���� ��������������������� ������������� �������� !���� ���������'�����(�������)���*��������� �'����"���'��)��)���&� ���'��������)��'����""�� ���� �����)����$�+!�������(����,�"����� ������ ��� �����)�!������� !�����*������� 6

+!��To����� ����(����� ������� ���� )�'����"������!��)������� !�����-��� !����,������"�����������(�"���!�?�.;�4��"������!��)���1$�+!����� ���������"��� !��To����� ���������������������"�����,��(&��7�� ��(�� ���� �������� ����������� !��Cycles� ����$���� )�'������� �������������(������ ��� �����)�"������!��)�������������!� ����(�������� !������������*�����$�+!����*���������� ��!� ��!� �� ���&���������� ����������������)��������� ���������������7�� �?�.;�4�6

?� �6 +!��"��� �������������"� !������ ���������"�����To����� ������ !����*��������� ����������� �����������&������� !����� ������������ �������� ����)���� )�'���$�+!�� ������ ������ ����� ����(�������)�������������������� !����*�����$

6.6 Using empty mixing vials

Customized applications_____________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

+!����������������,��� !������ ��������������"������������� ����-���.�� ����A$@1$

�"�)����!���� !��Automix��� ���&� !�� ������ ������ ������� !��� �������,��(�'��������������(� �� !��'�������"���*���������� �)��� !��'���$�#� !� !����� �������!�����&�)��������")� !����,��(�'��������:��-�����(�������(��������&� !����!��������@/E��"� !��'�������"���*������ !��'���1$

������ ����� �������� �� ���"�,��� ������"��������" ���� !�����������$+���� �������� ����� &������ � !���������� �� !��!� !������� ����� ��"���&� !������������ !��Report Point��� ������ !�� ������$

<�������������� ������ ����� ���������� ������������ � !������ ������

���� ��� ����-����.�� �����$A1$�+����� !��&��� ������ ������ ������������(� !������������������ ���� �'�&������ � !��� �������� ����������������� �������� ����� $

6.7 Using MIX

6.8 Using report points

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ���0

����� ������������������� �)��� ����� ���� !����*�������"��������� !� ������� ����)��,��� �����������(���� !���� ������"� !�����)���$�+!��������� ��� �����"�������� ��������������������"���� �6

�2������ ����+��?����������*������?4��2��������

�"� !������� �������"��"�����&� !������������������� ����)8�����*�����9������,��� ��&�"���� ����)� !������������" ��� !�� ���������$��"� !������� ��������� �"��"�����&��,��� ������� ����������� �) � !� !����������� !� �"���� �� ����$

+!������� ������������"� !��"���� ��(6

RelResp ���� �'�����������"����������"��������� ����� �����������"���������(�������'�$�+!������� ����� ���� ���������� ���� ��"���� !������� ���������������������� ��&�������� �������������)������� ����������"���� !��!� ��������� ������� �'����������$

AbsResp ������ �����������"����������"��������� ����� �����������"���������(�������'�$�+!������� ����� ���� ������ ���"���� !������ ���������������������� ��$

Slope .�����"����������"��������� ����� �����������"����������(������'�$�+!������� ����� ���� ������ ���"���� !������� ��������������������� ��$

Variable +!��'�����"����������"����'��������-Detection��������� ���'�������������� ����������������� ��������������1$�+!�'����������� ������"�������"���� !������� ��������������������� ��$

�"���*�����&�������� ����������� ����������������&� � !� !����(��������� ���AND�-�� !������ �������� ����"��"�����1����OR�-���)��������� ���������� �����"��"�����1$

6.9 Using conditional commands

Customized applications_____________________________________________________________

���> ������������ ����� ���������

+!�������*��������)���������"� !��"���� ��(6

Exit cycle ���� !�������� ��)����������� ����� � !� !����, �)���$

Exit method ���� !�����&��(�����(���)��)����� !� ���)��� �!�'���������"�����$

Command block ���������"�������*�������"���������$

Command blockELSECommand block

+ ������������*������������� ����)����$���� !������ ��� ���&� !��"��� ���*����������,��� ����"� !������ �������"��"���������� !����������"� !������� �������� �"��"�����$������ !�������&��,��� ���� !����� �������" ��� !��� ���������$

�������� ���������������������� ���������

���������"� !����(�����������,� )� !� ���������� ���������)� !�������"����� ��������������&� !���������������� ��� ��������!� � !�������������������!���������� !����� �����������������*�����6

•�<�������� ���������� ������������������ !� �������)��,�� ��(������������������ �)������������� !������� �����������$�+��������,�� ��(�������������������� �����������&����� !������� �������������"��� ����� !������(� !��� !�������������� �� !�������$

•�<�������� ���'��������� �������������$�<�������!� �'������(����������� ��"�������� �������������$����� �)� ���""�� �����'���� ���� ������� ������ ����������������� !����*�������� ����� ����������(���)����������"���� !����������� ���� �� !���� ����$

•�<�������� ����� ��������� �������������� � !�� ����� ��(� !��������������-�1�������������� $�+������ ��������� ��������������� ��� ���� !������������������-�1&�"��� ����(� !������������� ���� !������� �������� !������� �� !������� ���$

•������)���!�'���� ������������ ���&�)�������� ��!��(�� !�� )����"�����*�����$��"�)��� �� � ���!��(�� !�������*�����&��� ������� ����� ������� � ���� ��������� �� !���������$���������� �����(���)���������)��� �� � ��������� ��"� !����������� ������"����)������ ��� $

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ���/

+!������������������� ��������)���������� ���������������� !���*�����$�+!������)�� �� �� !��� !������������������(� !�����

-��������(��� ��(���)������ ����� ��������� ��� � !� !���������1��������� ��&���������� !��� !����, ���������-�� �������)������ ���� �� !� ������� ���"���� !���������1������� �� ��$�2���� ����

����� ����&� !��� �� ��"� !����������������� ������ !�� ���� !��� !������ ������ ����)���(���&��,������(���)�������� ���� ���� !� ���(! ���������$�?� �� !� �������������������� ��)���������(����� ����

�������� ����!�'������""�� ��"� !������)������������!�� ��� !��� !��� ���������������� ���� ����-����.�� ����>$>$�1$

+!����������� �� ������ !�����(�������� 6

Diagram showing the time relationships of WAIT to other commands, usinga WAIT between the end of one injection and the beginning of the next forillustration purposes. The arrow at the left indicates the duration of the delayspecified in the WAIT command.

+!������ �����!� ���������������,��������"�!� �������� ������������������ !����� �������������� ���� �����$�+!���,��������!�������������������� �� ������"� !��������������"���� ���������*��������� !�� !������ �����(��,������� ��� ����� ��$

6.11.1 Inhibition assay+!����,����������� �� ��������!��� ��������)�"��������� �� ����� ������ �����"����� ����������� ��(! �����) �$�+!����*��������,��������� � !������ ������� ��"��� ����)�������7�� �� !����, �����'�������"������� !��!�����"��������) ����������������$�+!����������

6.10 Using WAIT

6.11 Customized application examples

Customized applications_____________________________________________________________

���� ������������ ����� ���������

��������� !������� ��"�"������ ����)���������(���� !��������&���������'�����)����� ��� �� !������� ��"�����) �$

+!����*������������� ������������������� ��������&���� !� � !��� �� �������������"�� ��� !������� �� � !����(�����(��"����!����$+!������� �� !����*������ ���������� � !���"�����!������"�"�� �����$

+!����) �����Sample�����Conc�������� !� ����������������������� !������ ����� � ������������*�� ��)����� �"����"����� ����'���� ���$�+!�'��������Sample���� !��������������������� !���������� !� ���� !�� ������������6� !��'��������Conc������������)��������) ���&� �������������� �� �������� !������� ����� � ����$

6.11.2 Conditional regeneration+!����,����������� �� ��� !�������"���������� ��������� ����(����� � !�����"�������)��"�����) ��!��������$�+!���������"����� ��� ������������������)�������� !�� � ��� ������*������"�������������"�����)���$

?� �� !� � !����*������������� ���� �������������� ��������&���� ��(�"�����!������"�"�� ������� � !����(�����(��"� !�����$������������(�)&� !�������� �����������"���� �� !������ �'�������������"�� ������Sample&� !��!� �������� �� !����������� ��"�� �������������(� �� !���� �� �������������������)�(�'�������-����.�� ����$>1$

____________________________________________________________ Customized applications

������������ ����� ��������� ���@

6.11.3 Conditional control experiments+!����,����������� �� ���!� ������� ���������������������� ���!��� !���� �'� )��"������"�����"��������) ��������(���������'��$�+!���*��������������������� ��������� ���!��������) ��������(���� !����������7�� ���6��"� !������������������� !�����%&������� �'����� ���������������7�� ��$���������������� ���������-��� ��� � !��� !��"��� 1 ������ ��� !�������"� !������ �'����� ����������� ��!� ���)�������(&��������� !� ������ !�����"����������� �'������ !�������������� ������ �����(� � !� !������)���$

+!������ �'����� ����-���� !�������*��� ������ ������ ������ �����" !�����1� ����������"���������)��"�����) ��������(�"���� !���������������� !�����%$

Customized applications_____________________________________________________________

���B ������������ ����� ���������

______________________________________________________________________Maintenance

������������ ����� ��������� ���

�. Maintenance

��������������� ��

•������������������������ �� �! "���!�� #"������"���� ��� "��������"� ����!�$

•�%�����&�"������'� ���&�" ��� ��#���#����"���#�(���������� ��!��$

•��'� #��"�� ����� �"��!�� ��"�� ����" #��"�#�(����)� ������!�� �! �������!����"�!����*���"!��*� �� �'���'�� #���"�'���� "������� ��!�� ��"�� "��� ��!������$

����������"� ����!�� ��!��������������!�"����"�� #"��!#� ��$��'������+ ���"�����"� ����!���������"!���'� #��"�� ����� �"����&�"���)� �����!�� �! ��������!����"�!����*���"!��*� �� $

����������"� ����!���'����������"������� "���'������"��������� �$�� �"��"� �� �� � ����� � #��"�� ����� �'����'����!�� ��"�� "����!#�����"!���"������� #�������������� �� �"���"�� #���"&�"��#����"����� ��$�,#�������"� ����!��-" ���!���������'�����������"�!�������������� "����.�+!� ��/�� #����0���&�"����'�����"� ����!�������� ��� �� �$

���� ������������� ��������

�������������� "���� $1/�.�2�0�*3*�"���� ��

�������������� "��� 1��4����!"���5���� ��6$1

��� ������� "������� "�� $1/�.�2�0��"�(��"�"��������)$1/�*��'�! �� �7�"���� ��

����"�"�'�! �� ����� "�� �/����"���#� �!#���" �

���������"("������� "�� �/�.�2�0����!�����"����"��"(����� ��

��� �� ����� "�� �1/�.�2�0���!�����"����*��7���''��

��*��7���''��

�������� "��������'"� ����� #����#���$�8��'"� ��$

5� �9 �'����� �� ����������������� "����'�����"� ����!�)��� �� "!�������!���'������� � #��!��!�� �� "�����'����!����������!�����"�� #������ "����'���������"(� "���������� ��� �� ��� �! "����$������! �!��!�� �� "�����'� #�������� "�������!�" "!���'��� #����"� ����!�� ��!������$

7.1 Regular maintenance

Maintenance ______________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

7.1.1 At the end of the day� � #�������'������:������)����� #������"��� ����Standby� ����� ��''���'���"���� ��������� �� #����#� #���;�$�3���� ������� #�"�� ����� ������"�# ������������" #�� � "��������''���"�� #��'����!����$,#��Standby� ������������ ������ ������ #���'����� ��� "!� ��� "����#��� #���� #���'"�"�#��$

�'�����"� ���� ������Standby�'�������+ ������ ��"��)����������� #� #����"����''"!"�� ���''���"�� #����''��� �!�$�Standby��"�������'���� � �<�����)��#"!#���&�"�������� �=������''��$��'� #����� ���"�� �������' '�������� #���<�����)�����Close����Shutdown "�� �����'�Standby�.���*�! "����$$�0$

�� ��!�� #������"�����''����" #��� ���"'��������''��� ����� � ��!" " � ������ ���"��$���� #"��!�� �+ )���������� #� � #�����"�� �� ��� ����������� ����"��� #���"�# $

7.1.2 System cleaning

������������������� ���

��!���"����'�$1/�*��'�! �� �7� ����� �����������"�����''���"���!��������� ���"�"�"(������� �!"'"!������ "����'��� ��"��� �� #� �� � ��"��������;��!#������$����� #������"��� ����Desorb� ��!���� #�� ��"��������;��!#�������� ����� ���!��������)����������' ���"'��������� ��������'�! �� �"����� �����������"�����''��$

;��������� �"!� "���)���!�� "����'� �� �"����� #�� ��"��������;�!#������������#�� �� ���"����� ����!"��������� �)����� #��'"�� �'��������' ���Desorb�������������"����$��'������������� #"����#��"���)����Desorb��#�������!#���������� �� �"����� ����� #��� #�����!��������$

,#����!���������!����"������� �'���Desorb�"������������*��� "��.$1/�*3*0�'���������"� ����!��-" $��'������"�#� ������� #��!����"������� �)�!����� � #��!#��"!������"� ��!�� ������"��� ���"+��$

���������� �������

4������''���)�"�!���"�����*)����� #��"����"!������ �!��!�� �� "���. � "!������1��4�5���0$�,�� ����� ���� ��� ��" ���!!����� "���"�� #��"&�"��#����"������ ��)����#� #����!���������!������ #����������" #��"��"(����� �����!��������$�.>" �� #���� �"����'� #����������" #���� � "�������������Command:Wash��" #�����! "���Needle� �����#� #�"��"��$0

������ ����������������� �

,�� ����� ��"!���"������� #�"�� #��"�� ����� )���� ���#"�#�� �������'�#��"����"�� #������ "��������$�* ������''����'��(������"�����'�"���� �������'"� ��� #����#���$�8��'"� �����'�������$

______________________________________________________________________Maintenance

������������ ����� ��������� ��?

���� #������"��� ����Sanitize�� ����� ���!������� #� ���������"!���"���!�� ��"��� �$�;������ ������ �)�����Desorb���'����Sanitize$

5� �9 ,#���������!#" ����'�!�������������������� #��Desorb����Sanitize� ��!������$�@���������� ���� �!"���!#" �'�������"�� #���� ����)��� ������#������� �����" �'�������� #��� �� ���$

���!#��������"������"������� #� �" �"�� "��� ������ #������"��� ����Sanitize����2���Desorb��#�������� #��� #����!���������"� ������#����� �����"�!�� #����� �! "�����"� ����!�� ����������� �����$�@������!#����� ������ #����"� ����!�� �������"������ #�����"������������� #� ����� ����� ����� �$��'�����"������ #�����"����)�" ��"�������� �� ����' ����������$

7.1.3 Other routines��� �! ������"�"�����"&�"��!����! "���)� �� ����"���������������)"�A�! "��� �� �����!����! ������!��'�����������!#����$��'���������������"�!������)�!��������� "�# ��� #��!����! "�������"'���!��������� ��!������$

�'��� ��"��� "���"�� ��'�����!��"����� �! ��)�����Test Tools:Systemcheck� ��!#�!�� #����� ��� ��'�����!������� �"����"��*�! "����$$$

Maintenance ______________________________________________________________________

��< ������������ ����� ���������

��������� ������������"������'���� #��Tools�����$�,#������������"(�������� #����!�������)�'�������"��� ����)� �� � �������������"!�� ������� �! "����$�,������������� ���)�!#����� #��� �� �"� ��!������)����! � #������� ��������'������ #��"�� ��! "������� #���!����$

,#�� ����!#�"!���"���������+�"�!�������#�� �"�'���� "��� ��"��� "'�� #�#"�#�"�# ��� ���$�,#���� ������#"!#� #������! ��� ����������� �����"��#����� � #���� ����'� #���"���������+$

7.2.1 Working tools,#������"��� ������������� ��'���� "����'���� �� "���� ������#� "������� #����� �������'���� �!"���!����"��� ��!������$

Close�� ��!������'����#� "�������� #����� ���'���� � ��1�����$�,#� ��!������'���#��� #���;������'����!������" #��"&�"��'������'"+���� ���� ���� ��" "���.�'?0)� #����� "��� #���;���'��"&�"�$� ��+"�� ����$1�����"&�"��"����&�"���$�3�"��"(�������"� "������� ��"����!������������'���#"����"&�"�$�,� ������� "���"������ �����"�� ��$

��&�"�������� "���9 3�"��"(����� ��$

7.2 User tools

______________________________________________________________________Maintenance

������������ ����� ��������� ��1

Desorb����������������� �� �"���'���� #���� ���� �������� #���;����'���#"����" #�*3*$����������������!������� "��)����� #"�� ��!�������!��������$�;��������� �"!� "���)���!�� "����'� �� �"����� #�� ��"�������;��!#������������#�� �� ���"����� ����!"��������� �)����� #��'"�� '���������' ���Desorb�������������"����$��'������������� #"���#��"���)�����Desorb��#�������!#���������� �� �"����� ����� #�� #�����!��������$�,� ������� "���"������ ���"�� ��$

���!#��������"���"����������"������ � #�����"��"����'� #�������"'����� #������������#������ �����"�!��Desorb�������� ����$��'� #����� ���"�����������" !#����''�� � #���!#����������"����� "��)� #�����"������"������"� ������� � #����+ � ���"����� �� ��" ��.�#��� #����� ���"�!����! ��� �� #��7������"���� �����0$

5� ��9 ,#���������!#" ����'�!�������������������� #��Desorb ��!�����$�@���������� ���� �!"���!#" �'�������"���Desorb)�� ������#������� �����" �'�������� #��� �� ���$��"���� #��!#" �' �����!#���������������������" �"��!�������'�������"���� "���" .������� �!#�������5� ���<0$

�������������� "�����������"������'�����"�!���������� �� ��'� #������"� ����!��-" $�3���� ����� #�� ��!������������B�)��"�!�� #"����� "���!�� �"���*3*��#"!#����� ��!" " � ��� ������� �� ��� ����$

��&�"�������� "���9 �������������� "����$�������������� "���$

Flush;���#��� #���;������'����!������" #���''��$�%��� #"�� ��!������'���'�� !����"����'� #���;������'����!����$�,� ������� "���"������ �$1�"�� ��$�Flush�������������� �����!�!����"������ #���.�� #��!�������FLUSH0$

��&�"�������� "���9 ����"�����''��$

Normalize5�����"(��� #���������!���"�����"������'����!����� ��!�� ���� ��'���������"''����!����� �����"��"�"������������!#" �$�%��� #"�� ��!������0��#��� #��� ��"� ��'�!��"��!#�����)��0��#��� #�� �� ��� ����"�!#�����)�����!0��#����������������!#" �"����!����������+"�������" "�" ��"����&�"���$�,� ������� "���"������ �<��"�� ��$ Normalize������������� �����!�!����"������ #���.�� #���!�������NORMALIZE�" #��� ����� ���'��� #��������"(� "������� "�����!�� ��" "��0$

5� �9 �'�Normalize�"��"�!������"������ #������� #��������"(� "��'�"��)� #���� #����"��� ���"�� �$

Maintenance ______________________________________________________________________

��C ������������ ����� ���������

,#��!��!�� �� "����'����!����������'���������"(� "���"��!�" "!��$���������"("������� "���"�����"������'�����"�!���������� �� ��'� #������"� ����!��-" $��'�����!���� � ��'��������!!���'��������"(� "��)� #��� ��"� ��'�!������������!#" ����������'�! "��$

��&�"�������� "���9 ���������"("������� "��$

Prime7�"���� #���"&�"����� ������'���#"��� �� �)��;�������� ���� �����" #��''��$�%��� #"�� ��!������� �� �� �� ������#��� #����''���"��!#�����)��������� ����������������"�����������#"!#������!!����� �����"��� ��� "���� �����'������ ���'�������� ��"���$�,� ������� "���"������ C��"�� ��$ Prime�������������� �����!�!����"������ #���.�� #��!�������PRIME0$

��&�"�������� "���9 ����"�����''��$

Rinse>��#��� #��"�A�! "��� �� � #�����#��)� #����"����� #���;������'���!������" #���''��$�%��� #"�� ��!������ ��!����� #���;�)�'����!����������!������!� $�,� ������� "���"������ �?��"�� ��$ Rinse������������� �����!�!����"������ #���.�� #���!�������RINSE0$

��&�"�������� "���9 ����"�����''��$

Sanitize������� �� �)��;�������� ���� ����'�����"!��������"���$����� #"� ��!��������!������� #$�;������ ������ �)�����Desorb���'���#���$,� ������� "���"������ �<1��"�� ��$

���!#��������"���"����������"������ � #�����"��"����'� #�������"'����� #���'����������#������� �����"�!��Sanitize�������� ����$��'� #����� ��"������������" !#����''�� � #���!#����������"����� "��)� #�����"�����"�������"� ������� � #����+ � ���"����� �� ��" ��.�#��� #����� ���"�!����! ��� �� #��7������"���� �����0$

5� �9 ,#���������!#" ����'�!�������������������� #��Sanitize ��!���$�@���������� ���� �!"���!#" �'�������"���Sanitize)��� �����#������� �����" �'�������� #��� �� ���$��"���� #��!#" �' �����!#���������������������" �"��!�������'�������"���� "���" .������� �!#�������5� ���<0$

��&�"�������� "���9 ����"�"�'�! �� ����� "��$��� ������� "������� "��$.���$1/�*��'�! �� �7�"����"��"(����� ��0$

______________________________________________________________________Maintenance

������������ ����� ��������� ���

Shutdown�� ��!������'����#� "�������� #����� ���'�������� #���1�����$�,#� ��!������'���#��� #���;������'����!������" #��� ��)��� "��� #���;��'��"&�"������ #���'���#��� #�� �� ������ ��"����" #��/�� #����$,� ������� "���"������ ����"�� ��$

���������

;������ #��"�� ��! "������� #���!�����!���'����$�,#���;��������� �" #� �����+ ������ ���/�� #����)�������� �����"�!����! ����'���� #�� �� ������'���#����" #�� #����$

��&�"�������� "���9 3�"��"(����� ��$�/�.�2�0�� #����$

Standby,#"�� ��!��������"� �"���������'�����'���''��� #����#� #���;�����'����!�����'���� � ��<�����$���''���!����� "���"��� ��+"�� ������2���$�,#�� ��!������������� #�!�� "������'���������� ���� ��� �� �� �����������!�������� ��$�Standby��������� ������ ����� #���.�� #���!�������APPEND STANDBY0$

��&�"�������� "���9 ����"�����''��$

5� �9 ,#�������� #���� �����'���'���#"��� #����� ����" #���''��$�,#������ "����"''����!����� ����� #��������������"(��������$

��� !����� ��� ���

Flush ;���#��� #��!�� "������'���� �� ������;���"�'���� ��������� ��'������ �$�%���Flush�"'������� � ��!����� #���;���� "������������ �#���� ���������" #��"���������$

$1��"�

Rinse ;���#��� �� �������;��!#�������� ���#"�#'������ ���������#��� #����!������!� $�,#�#"�#�'������ ��#�� �� ����������"��������� #� �������� �� ���"�� #����� ��$�%��Rinse�����������"'���������� �������'������ ��������� ��� �� ��� �����#�����"������������������ ������$

?��"�

Prime >��#��� #�� �� �)��� ���� ���� ��"�������;���" #���''��$�%���Prime��#���������� ��!#����� #����''���"�� #�� �� �$

C��"�

Maintenance ______________________________________________________________________

��= ������������ ����� ���������

7.2.2 Test tools,#�� �� � ������������� ��'���� "����'��� �� "��� #����� ��� ��'�����!�$

Signal quality check,#"�� ��!������!#�!��� #���"�����'���� #��'����!����$�,#�� �� �'"�"�#������"� ���"��� #��'����!����� � ��$

�'��"�����&���" ��"���!!� ����)� #��� � ���"��D�-E$��'� #��� � ���"��D�� �'������"!������E����D7�����"�����&���" �E� #������������"�)� �� "!��������#"�#���'��! "���"���+����� "���.�$�$����!����0�"�� #���;��!#������)��� #��� ��"� ��'�!������������$

�'� #���"�����&���" ��"���� ��!!� ����)� �������"���Working Tools9Prime��!�)� ��������''��� #����#� #���;�$��'� #"�������F �#�� )�����Normalize��!�$��'��"�����&���" ��� "���#���F �"� �����)�!�� �! ��"�!������!������"!���� �� $

System check,#"�� ��!������ ��'�������!�� ��#���"���!#�!���'���� �� ��'�����!�)���"������ ���������!��������� "����#"!#�"�� ���"����"� #�������"� ����!���" �'�����"�!������$�,� ������� "���"������ �<�"�� ��$

______________________________________________________________________Maintenance

������������ ����� ��������� ��6

@����#��������� #�� ��!������� �1°���" #���*�������#" ��41���������'��� #"�� �� ���)�����#"!#�����"�����#��������"����"�"(��$;�����+"�������"��"�" �������!������� #� ���������������*������#" ��41$

��&�"�������� "���9 ��� �� ����� "����*���''��)������� � �

,#������������������ "���'������� ���!#�!��"���"� ������"������� " ���������������"����$�@������������� �� #���������������������"��! ������2�������� #��������������" #�File:Save�'����� ���"�� �! "��$

System check evaluation,#"�� ��!������������ ������� �� ���� #������������� ���'���� ���!#�!�$�#����� #����� ���!#�!������� �'"���"�� #��Open��"���������+$�,#������� "��� �� �!���.� ����0�"���"� ��������� #���!������" #��!����"��'�!"�" "��)�����!������ �"� ����" #� #��Print��� ��$�,#�� �� �!��"�!������"�� ��! "����'���������"��� #����� ���!#�!������� �$

5� �9 %���������� ���!#�!������� ��!������������ ����" #� #������ ��!���������!#���"���Evaluate��#��� #����� ���!#�!� ��!������"��!�� �� �$

7.2.3 Service tools,#������"!�� ������������� ��'���� "����'������ �����"� ����!�$

Maintenance ______________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

Injection port����"��� �� #����"� ����!������� ��!���� ��'� #��"�A�! "��� �� ����!����! ������!�$

5� �9 ,#"�� ��!��������� ����'�������������������� ��" "��"��� �� .Needle replacement/positioning0$

Needle replacement/positioning����"��� ���� ��!���� ��'� #���� ���� ��������������������� ��" "��"��� �� $�5������ ��" "��"���!������!#�!�����" #�� ��������� ��!���� $

Software problem report��� "�" �� ��#�� �"��'������ "����� ��������� �� �"�� #������ ��'���'��! "��$��'� ���"���)����� #"��� "�" ����� #��7��!�� ����"��� #���� ������������� #��� "�" �� ��!����! �!�� � ������ ���"�'���� "���� ��� "!����$�,#���� �� ������� ������ #"��� "�" �������������" ���������"����� �"� ����� �����'�+��� ���"�!���$

Syringe/tip (left)����"��� ���� ��!"��� #�����"���� " ���� #����' �#���� �� $

Syringe/tip (right)����"��� ���� ��!"��� #�����"���� " ���� #���"�# �#���� �� $

Unclogging������� �� "��������!�����;��'����!������������ �����'���#"����" #��''���� ���#"�#�'������ �$�,� ������� "���"������ �<��"�� ��$Unclogging�������������� �����!�!����"������ #���.�� #���!������UNCLOG0$

��&�"�������� "���9 ����"�����''��$

___________________________________________________________________ Troubleshooting

������������ ����� ��������� ���

8. Troubleshooting

���������������� ����!" ��������������!" ����������� �#

������"�� �������� ����Test Tools:System check� ����"������ ������������$�%��������� ����$������������������$�"�������������"�&� �"����$�����%���� ������ ���$��$����� ������� �"��"$� �����"�� ����� ��� ���$ "��'�$��$�������� �����������&�� �$����� ����������"� ������$����������%

��������� �"�����(��$ ��������$$�� �� ��������&�������� �

�����)�$ "����%�%

������������$ ������$"�"$"�� ����� ��� ���$ "��

����� ����� ���� ���� *�+���)�$ "����%%

���������������� ����!" ������������ �� �)�� !���

�����)�$ "����%,%

�������$���� �"��� "������$����$ ���� ����!" �� ����� ����� ��"������ "�������

�� �������"�$��������"$��������� � "��%

8.1.1 Signal noise-���� ��"&�� ���"��� ��� ������.%,��/��0)�*.����/������ ������+�� �� ��$� �$ "����� �����1%��($���"�����"����������$��������#

•��"�������� "$ ���"�� ������� �����������%�2�&��������" ����� � "���%����Working Tools:Prime� ����������"��!�"$�������$$��� � ��"� ���� �!�$� �$����� �%

•���$���"$� ��"��� "��%�3���"�� ����� ����� ������ �$���������"�����$�%�2���� �� �$������" ���"��� "�&��4�"���� �*�%&%�������� ��$�����$��$�� �"��&�+���� �����������$�������������%

•�� �$ �"$� ���"��%�2���� �� �$�� ���"�� ����� �"�������������5�$ � �� ���&�� �$ �"$� ������&�� "$��"� ��%

8.1 Sensorgram problems

Troubleshooting ___________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

8.1.2 Low data quality6�!��� ��4�� " ��"��"��"$� �������� �"$�� "������ ���������&������������ ���"�� ����( ���������� � �&�*$������View:Extended Event Log+%

6�!��� ��4�� " ��"������� �"�� ����"&�� ��"�������������� �7'��/*$���������"�&� ������ �������$ "���"���(����8�%,9+%�3�"��������$���������"�5�$ "�������"��!�"$����"� �� ������� "������ �� � ����"&�� �"��� �"��� ��������"$����&����� ���"�� ����� %�6�!��� ��4�� " ���� �!�'��/��������$����������&&��&� "�������� ��"� ���� ���������$�"�������$�%���� �!��� ��4�� " ��"������� ���"��� ����$"�$��� ��$��'��$������!��������$�"����������Working Tools:Normalize%���� ������ �������"� �'�$� ��"�$��������"$�%

-� �# 3�������"�&����� �!��� ��4�� " ����� ���������&�����( ��������� ����"�� � �!�4�� " ����"� � �� ����"�� ������ �4�� " ���"� %���� ������������$�����"�������� ���'� �"���������� "���&"��� ���"������"��� �� � ����� ��4�� " ��"�� �!������� ������ ��������� ��� ��*���� ���" �� �� "��������+%�3������� � �&��$������ �� ���� �!��� ��4�� " ������ ����� ���� ������� ��� �4�� " ��$����$ �%

8.1.3 Spikes)�"����"�� ���������&�����������$��������#

•���� ��"������ ���"�� ���� �!�$� %�3�������������������!�����"�� ��������&���%

•� ����"�� ��� �"(�����$ ��*����)�$ "����%�+����$������� "��� �$���&��"�� ���"����" "1��� "&���%�3������������� � �����&"��"�&����:������������� ��"�5�$ "��%

-� �# ��������� ���� ���!����� ��"���"�� �������� ����$����'���"��� �� ������������� �������� �������� ����"� ������"��������� $�� �"��1������$ ���%�3������������$ ������$$��"��� ���������"�� ���������&����"����"� ���� ����� �4�� " �%

___________________________________________________________________ Troubleshooting

������������ ����� ��������� ��,

8.1.4 Drift)"&�� ���"� ��������$������������� ���"�����"��'�$����������������� �!" �����"������ ��� �������$ "���"���('��� �"(�����$ �����$������� "��� $���&���"�� ���"����" "1��� "&���%�3���"�"�"1���� �"(�����$ �'����� �$�����" "������� ��������$ �����������"� �� ������"�&�������%�6��&� ������"� ������ ������� ��������� �� �� ������ ����� � ���� �!�$� %

2�"� ������ ������$������������ ��"������ ������� ��"�&�"�� ���� �!$� �����&��!"�&�"���"1�%���� ����"������ �����������������"�&�������������� ��� �!'� �����"� �!" ������� ��$�����*������������� �!+%

�� ��������$��������� �� ������������ ��� ����" "$����!� ����� ���;�����"�&�������"����"�5�$ "���*�%&%���&����� "���!" ������"$��$"�+$���� ���$�������"� �����$ �%�������������$ � �� � �"��"��������"�&'�!��� ����;����������Working Tools:Prime%

/������"�� "����������$��$� �!���������"� �� ��$����$ �������� ��� "$��"� �����$ �%

8.1.5 Reproducible disturbances; �!���� ������� ����$������� ���"�&� ������� ������� ���"�5�$ "����� '����" "�&� �������'�� $�$���$�������� ��"� �����$���*≈<��/��� ���+�"��������&����%�3��"$� �'� ��������� ������$ �� ������������&����� � �������� "���"���� "$����� ���� ����%�3������"� �����$����������� "$��� ��"��������"&�����������$����� ����'����������� �����$����$ ��������� ��$ "�&� ����"&�� ���������"�� "����������$��$� %

)�� ��"� �����$������ �"���"���!�"$�������������$"� ������$"� ���!" ���� ������� ������ ���� ������&������������� ���$ "��#� ���������� �������� �$ "������ ���������"&������" "�" ����� ���"�� ����� %

Troubleshooting ___________________________________________________________________

��7 ������������ ����� ���������

8.1.6 Shifts)�"� ��"���"&�� ����� "����������$������������ ��"������ ������� ��"�&"�� ���� �!�$� ����� ���������"�&������"� �� ����������� �!%�)���)�$ "���%%������"������ ��$���"���� "���%

0�$���"$� �"�� ��" " ��$���� ���$�������"� ��"������ "��%

8.1.7 No response on injection���$�� ����� �$ ������"�5�$ "�������<=���$��������& �$��� �"��!� ���"��� "$����� �����%��������View:Scale������� � �������������$� ��*���("�+� ��Auto%���� �����"�������������'�$�� �$ ��"�$��������"$�%

-� �# ��������� �"�����������������"�5�$ "���"������ ����"���"�& �$����� �����'�$��$�� �� ������������ ��������2�3��3��-$�������"��0��-�������;6�>?�3��$�������"���?��@!" ���"������ �� �!�$� ��������%�)���)�$ "����%7%�%

8.1.8 Poor reproducibility�������� ���"�5�$ "������� ������������ ������� �&"��� ���������������#

•���� ������"��" " ��"����� ��� "$�!" ��"�$����"�&����������"�� � ��"�5�$ "���'�������� ��$��������"� �� ��� "�"�� ������ ��������� "��%)�� �$���&���"��$��$�� �� "������������ ����������� "�������������"� ��$���&"����� "$��� �����"� "����"����������%

•���� ������"��" " ��"����� ��� "$�!" �����&����"�� ����$����"�&���������"�� � ���"�5�$ "���'� ������������$�����������������"�&�������� �� ������ ���"� �"�� ����� ����� ��%�?����"�� ������� ��"�����"� �!" ������ �������� ��������� ���"�"�"1��$��������������$ ��*����������"(��+%� ���� "�� �'�"�� ������� �������$�� ��'�$������� "������ ���"��"����� ����"� �������" � �� ������� ��%

•�A��"� "������ !���� ����"�� ���!�"�5�$ "����"�������"����� �!�����$���"� �� ����� ��"�� ������ ���� ������"�������"��"$� ��$�������������� ��"� ���������������$ ���������� "�������%�0��������� �� � �� "4�"������ "�&���� ���"�������� ��$ �������� !���������*���������"(��+�����"���4�" "��� ���!" �� �������"�&������������ �������� �����*����Working Tools:Prime������ �!��������� �!�����<���"�� ����������� �� "�&� ����"�� �$�$ �+%���� �"��������� ��� �'��������!�������$�$ ���!" ������ ��"�5�$ "���������&����� "��� �$���" "��� ��������$�%

•���� ������"��" " ��"��������'� ����������������� �"�� ��� "4�"����� "�&���� ���*����)�$ "����%%+%������ ���"�5�$ "������������������������ �$�� �� ��������!���������"� "��� ��������� ��

___________________________________________________________________ Troubleshooting

������������ ����� ��������� ��<

�� ����$�$ ��'��� ����$����"�� ����� �������(�$ �� �������$���" "����������$��"�5�$ "��%

8.1.9 Sample dispersion)���������"(����������"�$���"���������� ���"�����"���� � �����&"��"�&�����������"�5�$ "���%�-���� ��"�����"��� ��� �������������� ����������������$���&�����BB=�!" �"������ �%<��C ��� ��� ���� �� ����������� ���"�5�$ "���������"�&���� �������������� �!�$� ��"�� ���� �!�� �%�����"�����"���"���($���"��'�$��$�� ����"����&��� �������� "�&���� ��������������"�� ����� ����� ��� ��"�&%

/������"�����"���"���� ����$�� �� ���������������$������������ �������� "�������� "����"�5�$ "��%�)���������"(��%

8.1.10 Other application problems3�����"������ ����!" ���������� "$� "����*"%�%� ������ ������$ "���$����$ ���� ��������� "$� "���D�����E �!���F+'������ �������� "$� "�����������������&����� �����$ ������������"(������ �"������ ���������$ �����$"�"$� ����������%

8.2.1 General failure��� �������������"��"$� ��� "&� ����� ������� ����� ���� ���"�� ����� '�!" $�� ���"�� ����� �����?�����'�!�" ����"�� �'� ������� �� � ����� ��%���� ������� �������"� �'�$� ��"�$��������"$�%

8.2.2 Liquid delivery

������ �����

;�� �� "4�"������ "�&�����$����������"� ��������� ����"�$ ��"�&"�$����$ �"�5�$ "����� ����'��� �����"�5�$ "���'���������"����&��� ����"�&�"�5�$ "��'�"�$����$ ��" � "�������� ������������� ������ $%�3�� "4�"������ "�&�!" ��"�5�$ "���������$��������& �$��� ��� � "����!�"$�&"�����!� ����"���������$ "���"���(��� ��%�3�� ��� ����� ������$ "���*�" � �'� �������������"(+����������"�&����"�����"( ����������$�������& �$��� ��� � "�������������%�3���� � ����������������"�&�"�5�$ "������ ������"��$ �������� "��� � �� ���$��$�� �� "��%

8.2 Instrument problems

Troubleshooting ___________________________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

;�� �� "4�"������ "�&�$�������$ �Dilute'�Transfer'�Mix'�Dipneedle'Inject������ ����"�5�$ "���$�������+'�Fractions�����Recover'�����������$��������#

•� "�$����$ ��� �����"��$������%����$�� ����� ����"�� �������� �"� �&�����(���� ����� ���%

•����� ����!" ���"����&��� ��*������ �!+%

•� "�$����$ ����� �����" "��"�&�*����)�$ "����%%,+%

•� ����&��"�� ��"�&�$����$ "���%�;���$����$ �"�5�$ "���'� ��������� �������� ����� !���� ���� �� ���� ���"�5�$ "��������$������"�� ������� � �&���� �����&"��"�&���� ������������"�� ����"�� �� �!�$� �$���������"�& ���� ������ ����%<�C � "4�"��*�%&%�����$����� �,�C :�"�+%�3����� ���� !��������������"���� "$����� ���������� ��$���������� ������ ��C � "4�"�%�6��&����� ���������� ��"��"$� �� ����&�%

Illustration of the normal delay between sensorgrams in multichannelmode. Note the enlarged time axis.

•��������" ���%���� �$ ��"�$��������"$��"�� �������������� ������ �%

•������ "�������"������ ���"���� � "���%

•�� �!���� ��$ "��%����$�� �� � ��� ��"�&�"���� ������ ����� ��� ������������� ����� ��$ � "4�"��� �!%���� �$����������&��� ��"�&%

•��"��"����������"�&�%��(��"��� �������������"������ ���"�� �����"�&�%�3����������"������ ��'� ��� ������"�&��&�� �����"�&���Prime����� "��%

___________________________________________________________________ Troubleshooting

������������ ����� ��������� ��G

���������������������

)�� ��"������ ������� ��"�&�"������ ������������$���&"����"��� �����"����"&�� �����"&�� ���"���%��"������ ���!�"$�������"�� ���� �!�$� ����&��!�"���"1��$����� ����"&�� � ����"� %��"������ ������� "���$�������� "$� �� ��������� ����"�&� ��&������*8<������+'�� �� ��� �� ������ ���������� � �!�� �!��� ���*.��C :�"�+%�3���"�"�"1����� ����!" ���"������ ������� "��#

•���&���������� �����&� ��� � ������ ����������� �������"�& ������ ����������������!���$���������� ����������)������������������%

•�������� ��������������"�� � ������ ���'���&��� ����������� �� ������ �����"&���� ���� ������ ��"�� ������ ���%�2���� ���&������ ��&����"����� �� ��� ��� ������ ����'��"�$�� �"������$�����"&�"�"$�� �������� "������!� �������� ���������%

•�$��$���" "�&������ ��"�&�$����$ "�������� ����&�%

•�����Working Tools:Prime�� ���&� ���"� ���� ��*�� !������$��$�$ ��"����� ���+%

•� "�$������ ���� �!��� �%

;����"������ ���"�5�$ ��� �&� ����!" �� ������� �'�����)�$ "����%%,%

8.2.3 Autosampler

�������� �����������������������������������

��� ����"����&��� �������� "�&����� ��������������"�� ����� ����� �� ��"�&����� ��� ��&������������ ����������'��"���������"�5�$ ������� ���������������$��&"�"�&����"&���"&�� ��� �"��� ��������"$����&����� ��"�� ����� %����� ������ ����� �������� "������$�����Dilute' Fractions'Recover+���� ���"����&��� ��$��� ���� ���� "��������"�$����$ ��� ����%

Sensorgram from amine coupling with air spike in the NHS/EDC injectionand air bubble at the beginning of the sample injection.

Troubleshooting ___________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

��� �"���������#

•�$��$�� �� � �����"������"$"�� ����� ��"�� ����"� ����� �� � ���� ����� ������� ��"��$����$ �����" "��������"�&����� �����"�� "��%

•�$��$�� �� � ����� ����� ��� ��"�&�"��$ ���������� �����&��%��� �$��"����$������%

•������"���"��� �� ��"������ ���$���� "$�� �� ���!� ������ �� "$��"� �����$���������"�� ��� �&� ����!" ������ �%

-� �# )�������&�� �'�"�$ ��"�&�-�):�2��*��"���$��� "�&����&�� +����$������������"���*�����"��� �������$��� "�&+�&����� �&���"����� �4��� " "��%�@������� ��������� �����������"�&"�5�$ "��������$�����&�� �%

���������������������

��� ������� �����" "��"�&�"������ "���$ �������� ���"�5�$ "������ '�!���� � "��'���$������$��������$�����" "����*"%�%� ����"&�'� ��� �!����"�� �$��� �� ����"��+#

�% ���$�� �� � ����� ����� �����$��"��$����$ ����� ������ �����$�����%

% ����Service Tools:Needle replacement/positioning%

��� ������� �������� �����"��� "����$�����" "��'�$��$�� �� � �����$������"�� ����� ����� ���"��$����$ �����"����"�� ���$�� �� ���� !���*Command:Define Rack Base+%

�������������

3��� ������ ����"�� ����� ����� ���$����� ��� ����� ���� �������� ����<�9H�����������"�� %���� �!��� ������ �����������4�"����������� ��� ��" " �'�$����$ �$�� �� � �� �����$���������"�&� ��� ��"�&$����$ ������� ����"������ ���"�� ����� %

3��� ������ ����"�� ����� ����� ���$����� ��� ������"���"�� �����"�"�����"$"�� ��"��$"�$� � "���������� ���"�� ����� %�2���� �� �$�� ��"�� ����� ��"��$ ������������� �%�����"��$"�$� � "���"�����4�� ������ �� ������ ����"�� ����� ����� ���$����� ��� �"������� ����<�9H����������"�� '�$�� �$ ��"�$��������"$�%

-� �# 3��� ������ ����"�� ����� ����� ���$����� ��� �������� ����$ � ��� ������ ����� � ����������$�"�������$�%�)��� ���4�" "��� �� �� ����� �$ ��� ������ �������"�&������&�� ����&� ����;�%

___________________________________________________________________ Troubleshooting

������������ ����� ��������� ��B

8.2.4 Connector block and IFC

������������������� ��������

� ���������� �$�� ���"�5�$ "������ ���� ���$����$ ���� �$��*ServiceTools:Injection Port+%

���� �� ������� ����

3����;���� ��������� "$��"�� �������� �� �$ ��������� ��&����"������ "��%�����Service Tools:Unclogging��� �!������Working Tools:Prime"�����������$ � �� ��� ���������� ����$ "��"�&������� �%

3����� �������� �� ������"�� �������� �� �������� � ��*!������������&����"������"�&+%�3���!���"�&� �� �Standby��!" $������ ����� "� ���� �� �������� �� "$�"�&%

8.2.5 Sensor chip�������$���� ���$���������$�����������$�"�'��!" $�� ���"�� ����� ������������ �� %���� ������� �������"� �'�$�� �$ ��"�$��������"$�%

��������� �� � ���$��������Dock�����Undock������� ����" �� ����"�&�������*"�$ ��"�&����"�&������ "������Standby+%

8.2.6 Temperature control���4�� ��$"�$� � "�������"��������� ���"�� ����� �"��"���� �� ����$����$ � ������ ����$�� �� %�3��������� ������ � ��� ��$��$ �����$����"������������� ���"�� ����� %�0��������� �� � �������"� � *�������� �� ���"�� ����� �� � ������� � �� �������"��+������� � �*�� �����$������ �� � ��� �� �������"��+������� ���� ��$ ��%�2���� ��� ������������� ���"�� ����� '���� "$� �� ��� � ��� �� �������"��%�?�����"����" ����$�����&�"�� � �������"� � '�� �$�"�&� ����"��"� ���%�0�������� �� � ������$���� !���� ����� ������ ���"�� ����� ����� ������$��"��� ���� ��$ ������ ����� �����4�"���� '��� �������� $%

!������������ ���������������

3���$�� "�&���" �!" ��� ���"� �"�� ������ ���������� ����H��� �!����"�� %�>" �� �"����� �"$ "��'�"�� ����� � ������ ����"���� ���$����!" �"������������ �� "���*��� "�&������("�� � ��������:<H�'$�� "�&�����!�� � ��&��+'�$� ��"�$��������"$�%

!�����������������

��� ��� ������ ����"���� �� �� �����"�&�������* ��� ������ ����6�2��� ������� ����� �� �����+'�$��$���"�� � �� � ������"�� � ������ ����"���� ���5�$ � �� ��&�����"� "����*�%&%������!"���!�'��"��$ ���� "&� �� $+%�3�� ������ ����$�� �� �"����������������� �$������� �����

Troubleshooting ___________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

�������$���&���"�����"�� � ������ ����*8�<H������� ���� �������� ��<�"�� ��+%

���"�$������"�� ������ ����!" �&"�������$������"������ � ����������%

3��$��$�� ��� ������ �������"�&������#

•�$��$�� ��� ������ ����� � �����&"��"�&��������������$��$�$ ������$������"�� ������� � �&%

•����� ���CURVE temp�$�������"�� ����� ���� ����$���� �� ������ ���� ����&��� � ������%

�����$��� �� � ������ ����"���� ���"� �"����"����" ������������� �$��� �� ����"�� �$���" "���'� ��� ������ � "�&���" ������������$ "��%��� �$ ��"�$��������"$�%

"�� ���� ����������������

3���"�� ��$���������������� �� �)�� !����!�"$������$�� �$ �!" � ���"�� ����� �"��"��� "�"������BIACORE 2000 on COM1:�"�� ��� " �������� ���!"���!%��������$���� ��� �� "���$�� �$ �!" �� ���"�� ����� #

•����$�� �� � ���$�� ��$����$ "�&� ���?�� �� ���"�� ����� �"�������� ���� ��%����$��� ��� �� � ���$�� ��"��$����$ ��� �� ����"&� ���� ��� ���?������ ���"�� ����� �*�������� ���,+%

•����$�� �� ���������� ��������� ����"�� ��$���������������� �� )�� !��������"�&%�� ����� �"�� ��$������ ���$�� �� ���� !���������� �� �" ������ ���>"���!��Start������*����� �� �� �������� ��$ "$�"�&�����������" ��"��>"���!���(� ����#�$�� �� ���� !����� �� ��"�� �"��!���!" ��� �$����$ � �� ���"�� ����� +%

•�� ��������������� �� �)�� !����������� ���!�� ���$���� ��%3�������� �����!��� ��������������� ������� �� � ������ ��%

����� ������������� ��

>" �� !��"�� ��$����������������� �� �)�� !��������'�����$������� ���������" ��"���� ��"�� ��$��%�������������$���&��� �� ����" �*�%&%���" ����� ���������������� ���"� �� ����������&���+�"�����"�� ��$����������� ���$���&��'� ��������� ����" ���&�"������� �����$���$�� �� ���� !����"�� ��$�'� ���$���&���!" ���� �� %�3�"��"����$����� ��$�� �� ���� !����!�����!" ����$������� ����" ��$�� �� ��"��������'����$���&���"������"�� ��$������� �����$ � ���!���"�&�$����"����� ���%

8.3 Software problems

___________________________________________________________________ Troubleshooting

������������ ����� ��������� ����

#�����������

;������� ������ � "�&� �� ���$���� �������!�������>"���!������ "��'������� �� ��������$ "��������$ ���$���� � "��%

;������� ����!" ������������� �� �)�� !����!�"$������� �����������" ��������� ��� � "��#

�% �������"� �'��������� �� �� ���� ���"���!�� ���� ������� ���"��������$"� �%

% ���� ���Software Problem Report�"��Service Tools�*)�$ "���G%%,+ ��$��� ��������� �"�$ ��"�&���� ������$"�"$�"������ "��%���� ������� '� ����� ������� ������� ���������!�����$����������$��" *���� ���� "�� ��!�� �����!������"�&�!����" ������+���� ������

�� ��� ����������'���������" � �������� ��������" ������(� ��"�$����* �����������"������"����"�� �� Software Problem Report� " " �+%

��� ������ !������ ���$ "��������� ���������������"�&� ��Software Problem Report������Service Tools'�"���� � ����"�$���)�� !�����2�"��������2���"��������"&� �$ "$����� �����"���"$���"�>"���!���(� ����%�3������ !�������� �������� �$�������$$���������� ���$�� �( ���������� ����2%

�������!�"$����"������"�&�������������$������"�� ������� � �&����� �����%

Troubleshooting ___________________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ���

9. BIACORE Control Softwarereference

��������� ������ �������!�""���!������� �� �������������� ��"#�! $����������� ��!����!�����������%���&���'����������������$� �� �����! $���������� ��� ���(�#������� ���)�!����������� ����"������� �����!���$� ������ �����! $���(

9.1.1 Starting from the Windows Start menu������ �� � �� �������������� ��"�#�! $���������� �""������������Programs���� ���Start�����(

� �������� ��� ���$�� ����*����$� ������ ������ ����� ����� �� � ����! $����!��� (��!�*���� �� � �����! $����!��� %� ���� � ���$����$�$�""����"�*� ��������&��Instrument Offline(������� ����$�""������ ��"�����$���� ������ ����� �����$� �������(

+�������&���� ��������� ���� ����� �� � ���$���� �����! $������� �� ��%�*���$�""��������� ���!��� ������������ ���� ������ ����,�(&(������������������%������� ����*� ��-(�#���#�� ����)(�!���!�� ����� ��"���!� ������� ����(

9.1.2 Starting from Windows Explorer����������� ��"�#�! $�������������� ������.����$���/�"�����$� �!�"���/ ��������(�"�%�(�"������(�"$%���� �� �����"���"�����&����!�"����! ����� *��������/�"�����$�""�� �� � ������ ��"�#�! $���(����������� ��"�#�! $����� �� ������ ����$�*���$� ���$�""��� ���������� ��� � ������ ����� %�����������"*���������!���$�� ��&�������� ��&��� ���������/������&�����" �!�"��(

9.1 Starting BIACORE Control Software

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

9.1.3 Multiple software instances0�������� �� ��� ���"���� �������!������������ ��"�#�! $���%��� ��"*� ���!��� ���� ������������������ ��� �� ������ ����� (��!�*���� �� ��" ��"����� �����%�*���$�""����$������ �� � �����! $��������"����*������&(

������� ��"���! $������� ����� �� ���������� ��� �� ������ ����� ������� �!�������BIACORE Control Software on COM1���� ���$����$� � "�����,������� �������� � "���!� ���$����$������������ ������������� ������ ��-(�� ������� �������������� �!��������"*����BIACORE ControlSoftware(

1� �� �� ���"*�������� ������!� �����! $����������������� ��� �� ����� ����� (

������������!���� ������*����������������������� ���.����$��*� �������������� ��"��"�����*��������� ��(�����!�""�$��&�����������&�����������&�� �� �� ������*������� �� �� ��*� ��������������������!!����� 2

•� Out of memory•� ConnectToBIACORE, unexpected error=20100•� Could not start communication server

�!�*�������� �������!� ����������&��%��"���������� �������"��� �������� �*��&���(

9.1.4 Recovering lost data�������&��Lost data found�����"�*���$����*���� �� � ������ ��"��! $���������� ��� �� ������ ���������$����� ������� "*��� ���, ��������������!����/���"���!� ������������$���!��"���������&������-(��!�*��������� ������ ��� ���"�� ��� �%� ����� ��$�""�������������������&���$����$�������������� �������������"�����" �!�"�(��!�*������������ � ����� ��� ����� ��$���� ������ ��"���! $����� �� �%� ���"�� ��� ��$�""�����"� ����������� "*���������� �������� ������ ���"� ����� �(

9.1.5 Start-up routines� �� �� ���%� ����*� �����*�����"�*������������ �� �� ���� ���� ����� ���$�����&� ��"��Sanitize����3���Desorb�,����#�� ����4(�(-(����������������������$��������� ���� ����������������� �� �"�����"������������ ��������� � �� ��"�$���"�� �����(�0�����*�������� ����� ������� ������� ��"�����&����� �������������������� ��� ��"�� ���"� ���� �(��!�*����&����� �����������%�� �$�""��������� ����! �������$���(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��5

������������������������� ������� ����/�����������2

•����������������� ������������ ������������������������(6��*��!� �����������������"��������������� ����&������ �� ���*�,����#�� �����(5-(

•��� ������� �����������"��� ��!��7��� "*�������������������!����������� ����� �������(

9.2 Screen display

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��) ������������ ����� ���������

•���������� ��������������"�*�� ������&������!� ����� ���� ��������������&���(������������"�������"�*�� ������������������(

•���������������������������������&������!���� ����� ���������� ����� (

•����������� �������������������� �� ������� ����� � ���� �� ���������!��������������� �� �� �������&� ������(

•��������������������"�*�� ��������� ���� ����� �� � ��%����"����&������ ���������%���� �������!"�$��� �%� ������ ���%��� ����""�� ����� �(�#*� ���� � ��������&�����������"�*���� � ����� ����!� ���$����$(

9.2.1 Menu bar

6�������������!�""�$�.����$��� ����������&�(�����!"*2

•������"�� �������%��"������� ���������������� ��������������������Alt�!�""�$����*� ��������"�����"� ������ �������(

•�����"����������%��"������*$������� ����� �����������������Esc(

•��������������������%���"�� � �������� �����"������� ������������������� ��������"�����"� ������ ����������(��" ���� � �"*%������ ������� �� ���*������*�������� ����,����#�� �����(5-(�0�������� ����� ����"�� � ����������������� ������ ������� �� ���*(

���������$��������������������� ������������ ��������� ������� ������,�(&(�*�������� �� �� ���������&������"����*����� ���������������������-(

#�����������������&����������&� �� ��������� �������� ������,�(&(Run Sensorgram�����&��� ��Stop Sensorgram�$������������&������� �� ��-(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��8

9.2.2 Toolbar���� ��"������� ������� ����!���������"*��������������(��"�������� ��"������ ��� ��������� ���������������&��������(��""��������������"���� ��"��"��!���� ��������(

�� ����$��������������������� ������������ ��������� ������� ������,�(&(�*�������� �� �� ���������&������"����*����� ���������������������-(

����Cycle�"�� ���/����$�� ��������� ��*�"�������&����� ������������""�$��*��� ����"�� �$������*�"�� ������"�*(�,������*�"�������������� ����APROG���� ����� ����,����#�� ����9(5-�������� ��������%� $����!����������&�������������&���� ����� �� ��������(-

����Curve�"�� ���/����� �!���������""�$��*��� ����"�� � ���:�� � �;��� �������" �������"�����(��������� ���!��� ����� � ����� ���������"�*������ ���� � ���$����$(�����&��&� ����� � ����� ��������� �!!�� ��� ����""�� ���(

9.2.3 Sensorgram window����������&����$����$�����"�*�� ������&������!� ��������� ����"*���(

��������"�*������ ��� ���""*����"����*���!��" � ����������� �� ��������&���,�-(�#��"��&���������� ������""*�$� ��View:Scale%�����<�� ��� ��!� � ��������� �������&���,�-�$� ��View:Adjust Scale(�#�� ������������������ ��������#�� �����(9�!���������� ��"�(

���'���� �������"�*%����&� ����������������� ��� �������� ������"��&��(������ ���� ���� �����������"�*%��������View:Unzoom�������"���"����$� �� ���"�! ��������� ������ ���������&����$����$(

����������&���,�-���*����$�� �� ���������, ����&"������/��/��-%����� ����� ��,�����������������&����$� �� �������� �$����$������ ��-���������"�������3�����!�������"����,����'�� �"����� �� ���""����������� � �"*-(�#���#�� �����(9�!���������� ��"�(

=�/�����"�������������� ����� ��&����� ���!"�$���""�!��������������&���2=��� ���=�� &����=��5 �"��=��) ��&�� �

��!���������� ��� �� �"���

=������ �����"�*��!� ���������&����$����$%����������� �� � ��$����$�����&��������"��������� � ��$�� ��, ������� ��������".����$���� ��&-(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

9.2.4 Report point table

��������� � ��"����������������&������!���� ����� ����������� ����� (=����� ��"����� ��� *����!���!���� ������������%�����#�� �����(8(

9.2.5 Event log window����� �� �"�&�$����$����������""�� �� ����� ��������� ��*�"�(�:� �� �;��*����!��� ����"���������� ������������<�� ������������&������ ��!"�$��� ������ � �����!���� ������������ ����� ���������� �� �� ������ ���(�1� �� �� �� �� ���� ������*�"�������� �����,�(�(���� ��MAIN��"���-�$�""��� ���������������� ���� �� �"�&(

����� �� �"�&���*��������"�*����������!�����/ ����������(�������View:Extended Event Log� �� �&&"���� $���� ����������(��������!����%���"*������ ��"�� �� ��������!���� ������������"�*��(����� ����"��!���� ��������"�*�������/ ���������������������!�"���� ����"������ ��&��� �� ����(�6����&���$������������������� ���� �� �"�&����������� �������������/�+(

����� �� �"�&�� �� ��$������������&�������� �� ��(�����!��� ��� ������� ���"�&��"$�*��������� ����� ������ ���%� ���!"�$���""� ������ ����� ���� �� ��!� ������%� ������ ��"�!"�$��� �%�!"�$��� ������ ����� ���!��� ���""�� ���(

>��� �������""����� ������""� ����&�� ���"�&(

�!� �����!�������"�����������"�*������ ���������&��������"�*%�*�������"���������"������� ���� �� �"�&� ����&�"�&� � ���� �� ������� �� ����!�������"���� �� ���������������&�� �� ��������,��� ����� �� � ��� �� ����$� ���� ��������� �������&��������"�*�$����$-(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��4

9.2.6 Status window����� � ���$����$����$�� ��������� ���� ����� �� � ��2

•� ����"������ �����������������!��� ����� � ��������&����$�����������&���,�-����������&(

•� ��������� �!"�$��� ������!"�$��� �(

•� ���!"�$���""� ������ ���(���!���� ��� ������ ����� � ���!"�$���""���� ��"�%� ��� ������ �����������"�*���������� �/ ����� �&&"����� $�������� ������� ��"� ������ ������������ �/ (������� ��"�%� �� ������ ����� � ���!"�$���""��������"�*�������"���� �/ (

•� ����� �� ���������,�����&������"�����-(

•��*� ��������&���,������� �������������/�+-(

������� ���2

•��!� �����!�������"�����������"�*��%� ����"������ ������������"� ����������� � �����!�������"�����������$��!��� ����� � ��������&���,����Curve�"�� ���� ��"����-(

•��!��� ����!�������"������������"������������"�*��%� ����"������ ���������"� � �����������,����"����?�-�� � �����!�������"�����������$�!��� ����� � ��������&���(

9.2.7 Method editor window������ ������� �����������!���$�� ��&�������� ��&��� ����(������ ���� ������� ���$����$�$� ���� ����File:New Method�!�������$��� ������File:Open�!������� ����� ����!�"�(�6�" ��"���� ������� ���$����$�����������������" ������"*(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��@ ������������ ����� ���������

1� �2 ������ ������� �������� ����������!���������&�������������&(# �� ���� ������� ������!� ������ ��"���! $�����!�*���$�� � ���� ��� �����$��"����������&�������������&(

=������������ �����!���$� ��$�� ���� �����$� �� ����� ������� ��%��!��� ���������/��(

#� ���"������������������������ ��������������&��� ������ ��� ��"����!���7�����������(��""��������������� ��"��"��!���� �������2����*��� ��������� �������� �� ���*���������" ���� � ��,���� �� ��*���������$���"��&����� ��������������� ���������$������������� �-(����� ��"����� �����/ ���&��"�� �� ��"������ ����������� �� ���*��!����������������(

���"������ �����������������"�*��������������"�&�����/���,�(&(�Inject- ����"�� ������ �!*� ������"�&�����/(���������"����������������/���,�(&(Dock-������� ��� �� ��������"������ ���������7�����2

������ ��������"������ ���(

9.3 Menus and buttons

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ���

Menu/Command Toolbar button Shortcut key

FileOpen Ctrl-O

Save Ctrl-S

Print Ctrl-P

Edit (sensorgram)Copy Graph Ctrl-HAdd Report Point

Edit (method)Undo Ctrl-ZCut Ctrl-XCopy Ctrl-CPaste Ctrl-VFind Ctrl-FReplace Ctrl-R

ViewUnzoom Ctrl-UReference Line F8

Baseline F9Notebook

Wizard Results Ctrl-R

CommandInject/Stop Inject

Transfer

Mix

Flow/Stop Flow

RunRun/Stop Sensorgram

Stop Sensorgram

ToolsEvaluation Ctrl-E

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

New Method����������$%���� *��� ������� ���$����$(

#����������/���!������������ �����!���$� ��$�� ���� �������� ���� ������� ��(

File:New Method������ �� ��"��"��$��"����������&�������������&(

New Application Wizard������ ������"��� ����.�'�������"�&���,�������� ���8-�!����$����*���������!��������$�$�'���� ���"� �(�>��� ������ ���� ����!���$�'���� ���"� ���$����*�������� ��� ���������� ���� �� ����� ����� �,�(&(���������������� ������!� ������ ��"���! $���-(

Open (ctrl-O)����������/�� ��&��� �����������" �!�"�(

����&�� ���!�"�����!���������*���� ���Look in�!��"�(�#�"�� � ���!�"�� ����������� ��� ���!�"���������� ���File Name�!��"�(

������&�������" �!�"��,��!��" ��/ �������(�A�-���������������&���$����$���� �����&� �������" �(���"*�����������&����$����$������������� �����(

������&����� ����!�"��,��!��" ��/ �������(�A6-����������� ������ ���$����$���� �����&� ����� ���(�#� ���"��� ������� ���$����$�������������������" ������"*�, �����/����������������������� ��� ��"��"��.����$���*� ������������-(

File:Open������ �� ��"��"��$��"����������&�������������&(

9.4 File menu

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ����

Close�"����� ����� � ��$����$�,������&��������� ������� ��-(��!� ��������� ��� �� ���!� ���$����$��� ���� �������� ��%�*���$�""����&� ���������� ��� *� ���� �� �������" ������� ���(

File:Close������ �� ��"��"��$��"����������&�������������&(

Save (ctrl-S)#� ��� ������ �� ���!� ��������� "*��� � ��$����$������!�"�(�������� �������7�� �"�� � ��File:Save As�$������!�"������� ���!��� ���!��� � ���(

����!�"������� ������������" ������ ����!�"����������&� ��$�� ���� �������� �$����$������������&��������� ������� ���$����$������ � �"*(����� �������" �!�"�����"�����������&������ �%������ ����� ��"�%�� �� �"�&%��� ������!��� ���������� �����(����� ����� ����!�"���� ������� �/ ��������� � �����!� ����� ���%����"����&���*�������������������&���,����Run:Prerun Method-(

0��������� ��������" �!�"��� ���*� ���������&�������$� ��� �� ����� ��&� ������(���������" �������� ���� � ������� �$����*��������� ����������(��!�Autosave������ � ��������Tools:Preferences%����" ��$�""������ ����� ��� ���""*�� ������ ��� �� �"�(

����" �!�"��������� ���������������!���� (�>���File:Export���� ��������&����$����$� ���/��� �������&������ �� ���� �/ �!�"��������"��*�� �������&����(

=�����!�"��$����������"����*�������� ��%� ���Save����������� ��� ���� ��$� �� ������&���"�!�"������%�� ��$�� ��&� ������&���"����*(�>��Save As��!�*���$�� � ���� �� ����� ��$� ������!!���� �!�"�������,�(&(��!*����� �����������&��� �� ����� ��������� �� ������$�� � ������� �����&���"�����" �!�"�-(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

Save As#� ��� ������ �� ���!� ��������� "*��� � ��$����$��������$�!�"�(�=����!�"��$����������� ���� ����"*�������� ��%�Save As�����7�� �"�� � �Save(

Export0��������/��� ��� ����������&������ ���������� ����� � ��"�� �� ��������� ��� �/ �!�"���!��� ����!��� ��� �������"��� ����(��������$���� *����!��� �� ���/��� �!���� ����������(

#�����&������ �������/��� ������ ��������� ��� ��"���!� ���������������� �"���(������" �������"�����%�������������������&���������/��� �����������&� �� ��������� �����"�*������,����View:Overlay����View:Plot Curve Classes-(�����$��"�� �������&���!� ���������&����� ������/��� ��%���&���"�����!� ������&�������� "*�����"�*������ ��������&����$����$(

����� ����� ��� �������/��� �������� ��������� ��� ��"�(������ ����� �!����*�"��������""�������&����������/��� �����&���"�����!� ��������� ����"�*�����(

�/��� ����� ����*��������� �������� "*��� ����� ����������� ���&�����,�(&(�6������! ��/��"�-������� ��!� ��&����&�����,�(&(���&��-��*��������&� ��������� ��� �/ �!���� �!��� �������� ����� ���(�1� �� �� ����� �"�� ������! $�������������(�A��!�"������� "*������������ ���7������� �� ������/��� ��(

����� �� �"�&������ �����/��� ��(�1� ��������� �� ������� ����/��� ��%��� ��������������� ��� �������"��� ���������&� ���.����$��"�������(

File:Export������"*�� ��"��"��$������������&����$����$������ � �(�0�������/��� �������&������ ��� ���*� ���������&������(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ���5

Show Info+���"�*����!���� �������� � ��������� �������&���(������������������"*�� ��"��"��$������������&����$����$������ � �(

������!���� ��������"�*������"����� ����� ������ ����$���� ��������&����$������%� �������������� ��"�#�! $���� ������%��� ����� �����������!�&��� ���%�����!�"���� ��"��!��� �������" �!�"�$��������"����"��,!�"���� ��"���������"������*� ��� �/ �#N/A�!��������&����� �� ��� ���� �������� ��-(

�"�������Print���� ������"�&�����/� ������ � ���������&�����!���� ���(

Print (ctrl-P)B��� �� ������ �� ���!� ����� � ��$����$(

����!�""�$��&��� ���������� ��"��"��!��� ���������&����$����$2

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

���) ������������ ����� ���������

System Information������ ������/� ������ � ���������&������!���� ����,���File:Show Info-(

Graph������ ������/� ������ � ������ �� ���!� ���������&����$����$(#�����&������������� ������������ "*�����"�*���$� �������� � �� ��"�*�����%��������%���!�������"���3����"��������'����� ��&�(��!�All Cycles�����������%��� ��!����""��*�"������ ������$�""�������� ��(�� ���$���%��� ��!��� ��������� ��*�"����"*������� ��(

Table������ ������/� ������ � �������� ����� � ��"�(�������*$������� ������� �������� ����� � ��"������ ���������"�*������ ���������,����View:Keywords-(

Event Log������ ������/� ������ � ���� �� �"�&(����������"�����/ ������ �� �"�&�������� �����������&� �� ��������� �� �� �"�&�����(

All Cycles������ ������/� ������ ��� ��!�����""��*�"����������" ���*�"�����(�!� ������/������ ��������%���"*� ��������� "*�����"�*����*�"��$�""������� ��(

Wizard results������ ������/� ������ � ���$�'��������" �(���"*�� ��"��"���!� ��������&����$����� �������*�������&�������"��� ����$�'���(

Fit To Page������ ������/� ������ �������������� ������������ ����&�(

Draft�������&� ������/��������� �����������!����� ������ ������ ��������&���(�>��� ����!�� �����!������*����� �&�����*�������� �����������!!���" *�������� ��&�������&�����$� ��"��&�����������!�� ������ �%�����!����� ��&� ������������"*�"��&� ���(

1� �2 B��� ��&�������! �������������������""*���������&"������ ���������� ���������&�����*��������&� ����� "�������� (�+���� �������! ��������"����*����� ������"�������� ��&���������"����(

�"�������Setup� ���� � ��������� ����� ��������� ����,���� ������ ��%��&������� � ���%������� ��*�� �-(

�"������� ���More>>��� ��� ���� � ������&�������� ����"�� �����������!�� ����������� ��!��� ������� �� (

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ���8

������������������ ��������

#�����&������������� ���� � ��������� �$�� ���!� �����&��,�� $���� �����&���-(�������� �� ������""���$�� �%���������� ������&����� ��&�(

�!�Fit to Page������ ��������%�������&������������� ���$� �� ���������������������� ��������� �������&����$����$���� ���������(�������! ���$����$���� �""����������$%� ������� �� �$�""��"������ �""���������$(�+��&�����������!� ���������&����$����$� ����<�� � ��$����$������� ����(

�!�Fit to Page�����������%�������&�����$�""�������"��� ��!� �$� ���� �����&�����!� ������� �����&�%���&���"�����!� ��������� ������!� ��������&����$����$���� ���������(��������&�� ������� ��������� ������� ��������%�����&�� ������&����� ��&���������&"*(

Exit�"����� ���������������"��� ���(�0��������"����"�������������*��������&��" �=)��������&� ���$����$���� ��"��������������!���� ����� ���� � ��� ���"�! ��������������!� ���$����$�, ��������� �������.����$���" ���� � ���!����"����&�������"��� ���-(�0������&� ����������� ��� *� ���� �� ����� �������*����� ���$����$����!����"����&� ������"��� ���(

0���$�""�����������!�*���$���� ����� ���$�� ������ ����� ���!����"����&� ������"��� ���(�=����������!���� ��������"����&���$�� ���*� ��%���!��� ��#�� ����)(4(

0�������� ��"���� ������"��� ����$��"����������&�������������&(

�!��� ���"���� �������!� ������ ��"���! $��������������&%� ������ ����$�""��"*��/� �!���� ����� � ����� �����������"*������ � ����� ���$�� ���*� ����!� ������ �������������� ��� �� ����*� ��(

1� �2 ���� �"�� ���������������"� �������"��� ����������� ��"�����*��/� ��&� ������ ��"���! $���%�� ����!� ��*�$����� �� ���!��� ������ ��"���! $����Tools�����(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

���9 ������������ ����� ���������

���������������"*�����"�*���$������������&��������� ������� ��$����$������ � �(������������ �������"� �� �� ��� *����!��� � �$����$(

9.5.1 Sensorgram window������ ����� �� �!�""�$���"� �� �� ���������&����$����$(

Copy Graph (ctrl-H)������� ��������� �������&��������"�*� �� ���.����$���"�������(���������������"�*����� ���������� ����� ����� ����.����$�����"��� ���%�(&(�.�������.�� �(

������� ����������� ����*� �������� ����� � ��"����� ���� �� �"�&(

Add Report Point�����������"�&�����/�!��������&�����$������ ����� � �� ��������� ������&����$����$(

�� ��� �"����!���Time�����Window������������ ����� ����� �!����!���Id(�!� �����!�������"��������� � �%� ��� ����� � �����!�������"���������&&�� ����� ��� ����!��� �������� ����� (���������� �"���������������� �������� ���� � ��"��$�""���� ���� ���&������������ ��� ��� ����$����$��� �������� �������� ����� � ���(

������Baseline��!� ��������� ����� ���� �������������������"����!�������7��� ����� �(�������Apply to all curves in window��!�*���$�� � ��������������� ����� �!����""�������&�������� ���$����$������" ��������"�����(��!� ������/������ ��������%� �������� ����� �$�""������������!��� ����� � ��������&������"*�,��������� ����*� ���Curve "�� ��/���� ��� ��"���-(

9.5 Edit menu

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ���4

������!���� ��������"�*������ �������� ����� � ��"������� ���������* ����� ��&��������View:Keywords(��������� ��&�������������&���� ��*� ���(

1� �2 0��������"������������ ����� �� ������ ����"���� ������� ��$� �� ���CURVE���������������� ���%��""�$��&������ ����� � ����������(&(� ������ ���������!!���!"�$�� ������!���� ���������&� ������"*���(

������ ������"� ��������� ����� %�����"���"������� ���������������&�"������ �������� ����� � ��"�(

�"�������Delete� ������ �� �������� ����� %��������&�� ����� ��&������"�������OK� ����� � �������� ����� ���!��� ���(

9.5.2 Method editor

Undo (ctrl-Z)�� ������ ���"�� ���� ��&��� ���(

Cut (ctrl-X)���� �����"�� ��� �/ ������ ������ ���� ���.����$���"�������%�!���$������ ����������� ��� ������$�"��� ������� ����� ������� ����� ����� ������!��� ���(��������� ��� �/ ����"�������*���� �������� �� ���! ����"�������(

�����"�� � �/ %����&�$� �� ���"�! ��������� ��������"����$��#��! ������ �� ����������$� �� �������$���*�(

Copy (ctrl-C)���������"�� ��� �/ ������ ������ ���� ���.����$���"�������%�!���$������ ����������� ��� ������$�"��� ������� ����� ������� ����� ����� ������!��� ���(������������ �/ ����"�������*���� �������� �� ���! ����"�������(

�����"�� � �/ %����&�$� �� ���"�! ��������� ��������"����$��#��! ������ �� ����������$� �� �������$���*�(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

���@ ������������ ����� ���������

Paste (ctrl-V)������� ������ �� ���!� ���.����$���"���������� �� ��������� �� ����!�"��� � ���"��� �����!� ���������(������*��!� ������ ��� �/ ����������� ����"���������� �"�����$���"�� ��������� �������������� ���� ����!�"������"����(

Delete+�"� ���������� �/ (

�����"�� � �/ %����&�$� �� ���"�! ��������� ��������"����$��#��! ������ �� ����������$� �� �������$���*�(

Adjust Method��<�� �� ����� ������!��� ���� ����������� ��������������� �������'��� �/ �"�*�� (�#�"�� � ��� ���������,��������������� ��-!���� ���Adjust Method��������(�����&��&� ��� ����������" ���� ��$�*� �������������"�*���$� ��� �����&��&� ����� ��"� �����,�(&(����� ���5����������������"�*������25�������� �������8�����������-(

1� �2 ����������!��� ������� ����������������$� ��������� �� ����������������������������(�����������!��� �����$�������� �������"������������������� ������ ���!���� �662##(����� ��"���"�$��""�� �� ��� �������" ���!���<�� ��&� ����������������� ������(

�������� �������������� ��������� �����

5 5 25

48 48 �2�8

25 5 25

�2�8 48 �2�8

�28 98 �28

�2�2 ) 42

�248 ������,�� �"����� �*�!���� -

����� �������'��� �/ �"�*�� ������ ���� ������������"����� �������� ����� ��� �����"����������� �� ���""���*$����� ������ �"�(B����� �������A��B����� ��� ����������"�&���� �� ���""*(�����/���"�������$����"�$(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ����

��!����Adjust Method

�! ���Adjust Method:Minutes

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

Find (Ctrl-F)#������!����������!���� �/ (������������������������!���� ���� ���$��"�$�������"*����3����� �������(

Replace (Ctrl-R)���"�����������!���� �/ �� ���&�$� ���� ����� �/ (�����������������������!���� ���� ���$��"��$�������"*����3����� �������(

Select All#�"�� ���""� ��� �/ ���� ���!�"��,!���Copy%�Cut�����Delete������ ����-(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ���

������������ �����������"� ���������"*� ��������&����$����$����"�*(

Scale#� �� ������"���!� ���������&��������"�*(�0��������"����� ����� � "��!�� ���������&���(����� � "���������"�*������ ���������&����$����$�,���������������� ��!�!�"������-(

#��"��&��� �������*������ ����������� "*�!��� ���/��/������� ���"�! ������&� �*��/���,�� �����!��� �����&� �*��/�����������"�*�����"*�!���� ������� ��""��������$��������� ���CURVE -o��������%�����������/�=-(

Auto #��"��� �������"�*��� ��� ���""*(�=�����������&���$����$�����"�*��&�����"� �������" ��,�(�(�$���� ��������&��������� �������&-%��� �����"��&���<�� �� ������"� ����������� �� ����� ����������&���(�+����&������%�� ��� ������"��&����"������"*� ���� ����""�� ����! ��� ���� ��&��������&��� ��Auto(������������� �� ����� ���������&���������&������%�����View:Adjust Scale(

Method #��"��� �������"�*���������&� �� ���SCALE����������� ����� ����APROG��*�$����� ���������&����$��&����� ���,�� �� ��"��"���!� ���APROG�������� ����"�����SCALE��������-(

Manual #��"��� �������"�*���������&� ����/���������������� �"������ �������� ������"�&�����/(

Logarithmic #� ����"�&��� �������� �����!���"���������"�(

1� ��2 .� ��"�&��� ��������"��&%� �����/���������������� �"������ �����!���Manual���!��� �� ������"� ���������������>%��� � �� ���"�&��� �����! ����� �"���(

C���������&� � �� �"��������� �����"� �������� "*������"�&��� ��������"�(

9.6 View menu

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

������!��" ��� ��&����Auto��/��� �!����� ������� ��""��������$���� ���SCALE����������������(�����&��&� ������"���!� ���������&�������"�*�������� ��!!�� � �����������!��� ������ ����""�� ���!��� ��������&���,�-(

����Scale����"�&�����/������"����������"�*����*�����"���"�����&�����*��!� ���������&�����/��(

Adjust Scale��<�� �� ������"���!� ���������&����$����$������ ��/������*������ ����� ������"�*� ����� ����������&���(

�������&�Adjust Scale�����7�� �"�� � ���� ��&�Scale� ��Auto�!����� ��/���$������������&��������� �������&(��������&�Adjust Scale�$��"���������&�������������&�!� �� ����� ������""�� ����� ����� �������"�*,���������� ��� ������"��&%�$�������<�� �� ������"�������������*�!���������&��� �-(

Unzoom (ctrl-U)��� �������'������������&��������"�*� �� ������ �����'����!�� ��(+���"���"�����&�$� �� ���"�! ��������� ������������ ��� � ��Unzoom(

��������"�*����:'�����;��*����&&��&� ����������� ��� �������� ������"��&��(�Unzoom�$�""���� ������� ������� �����'��������'��(�.��� ������&���"���'�������������� ����%� ���Unzoom������������&��*(

Reference Line (F8)��&&"�������"�*��!� �����!�������"������� ���������&����$����$(������!�������"�����""�$���/�� ��������� ���,�>������"������ ���-� ���������!���� ���������&���(������������� ����������$����� ���� � ��$����$�$���� �����!�������"�����������"�*��(��������������������$��������"� ���>��!� �������"��������� �����"�*�����������>���"� � �� �� ������"�����!� �������"�����������"�*���,����View:Baseline-(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��5

6� �� �����!�������"��������������������!� ���!�""�$��&�$�*�2

•����&� �����!�������"����"�! ������&� �$� �� ���������(

•������� �����������������*�� ���� �� �� �����&�����&���������!� ��������&����$����$������� � �"*(

•������� ���B�&�>������B�&�+�$����*�� ���� �������"*�"�! ������&� (

•������� ���"�! �������&� �����$���*��!���!�����"������ �,�������&�������$���*�������� ��� �����!�������"�����*������� ������ -(

•��"���������"������� �������� ����� � ��"������ �� �"�&� ���� �� �� ��������������&��������,��� ����� �� � �������������$� ���� �������� �����"�*-(������!�� ����������������� ����!� �������� ����� ���� �� ������������� �������!!(

������!�������"���������������� ���� ���� � �"*��� � ������� �����!����� ����� �������� ����������&���(�B"���� �����!�������"������� ������ ����$����� �������� ����� ������7�����������������Edit:Add ReportPoint(��������� �����!� �����!�������"����$�""������&&�� ������ ��� ���!��� �������� ����� (

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��) ������������ ����� ���������

Baseline (F9)��&&"�������"�*��!� �������"������� ���������&����$����$(������� ��������"*�� ��"��"��$���� �����!�������"�����������"�*��(��!� �������"����������"�*��%� ���� � ���$����$����$�� �����"� � ������������ � ����!�������"���(

����� ���� �����"� � ������������ ���&� ������� 2

�(� +���"�*� �����!�������"���(

(� 6� �� �����!�������"���� �������� � �����������������"���(

5(� +���"�*� �������"���(

)(� 6� �� �����!�������"���� �� ������� � ����������������������� ����"� � ����������(

1� �2 ������������� �"����������������"������������"�*���!��� ����!�������"������������ ����&"���� ������ �(���������������������� ����$�*����� �������<�� � �� ���� �����������&!������&��"����������������� �������������!����� ������ ����!�������&�"� �"�(������ �����������"���"�� �"������������� ��� ���&����&��"�� ��������� � ����������%���������� ����� ��$� ������ ��"�� �"���!��� �������� ����� �$����$�,����Edit:AddReport Point-(

Plot Single+���"�*����"*� ��������� "*��� � ����� ����� ���������&����$����$(>��� ���Curve�"�� � ������&�� ��������� ���� �(

Plot Curve ClassesB"� ���� �������&���"�������&�����,!�������� ����"�!"�$���""�-�����!���������� ��� ������ �����������&� �� ��� *����!���� �� �� ��������� "*��� � �(�#�"�� ��&�����!!���� � *����!���� ��!���� ���Curve�"�� $�""�����&�� ������ ���"���� �� �����"� ��(

1� �2 ���� ����"���� ������� ����*� ���CURVE���������������� ���!�������� ����"��"������!���Plot Curve Classes(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��8

Plot Overlay��&&"����� $��������"�*��!����������� ���"���� ������ ���������&���$����$(���������� ����� � ��"��"�� ������� ����� ��!��� ������ ��� �� ��������"�*��(

������&"��������&��������"�*�����%�������� ���������&���� ������"�*��� ���Curve�"�� ���� ��� ��"���(��!� �����*������!����������� ������ �"�� %�*��������$� ����� $������� �������&� �������$���*�(

Method Trace+���"�*������ ���� �����$����$�$����� ������&������!� ����� ����������!�""�$��(�#���#�� ����)(9()�!����� ��"�(

Method+���"�*�� ����� ����������� ���$� �� ��������� �������&����$����$(������������������"*�� ��"��"���!� ������"*����$�������!�������� ���(

Wizard results+���"�*�� ������"��� ����$�'��������" �(�������������������"*� ��"��"���!� ������"*����$�������!����������"��� ����$�'���(

Wizard templateB�� ������� �����!���������&����3������� ��&� ���$�'������ ��&������ ������ �� �������" �!�"�(�������������������"*�� ��"��"���!� ������"*���$�������!����������"��� ����$�'���(�#���#�� ����8(��!���������� ��"�(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

1� �2 � ������ ���������*� ���� �� ���$�'������ ��&���/�"��� "*����� ���"� ����������� ������ �����������(������� ��&�������� ����� �������" �!�"��������*�������������$� ��View:WizardTemplate�� ����!���������� �� ���"� ��$����� ��(

Notebook������ ����� ������!��� ��������� �������&���(

�!� ����� ������������ ���� ����"*�������������!��� ����������&���%*�����*�������� ������� ����� ������ ���"� ��,������"�$-�����������"������ �����(���� ����� �����%�*��������� ��7����"*� ���������!�����:!��"��;�����&� ��� ���,!��$����-����#��! � ���,����$����-��*�(���!��"�������!������*� ���!��� �������������!�����"���,2-������"���(

������ ������$����$����������������$� ��File�����Edit������(����File��������� ������� �����!����� ��&� ��������� ��� ���������� ���"� ���������� ��&� ����� �����(�����Edit��������� ������ ������

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��4

.����$�� �/ ���� ��&����������,Undo%�Cut%�Copy%�Paste%�Delete%Select All-(

����������� ������ ���"� ������ ��"��"��!����""�����(

�!�*���$�� � ������&�� ����� ������ ���"� �2

�(� # �� ��������"�������&���(

(� ����� ����� ��������������� �����7����������&��� �� �� ���"� �(

5(� �������File:Save As Template�!���� ����������� ����� ��������"�&�����/(

)(� # ��� ����� ���������������� ���������&���(

����&���*�������� �� ��� ���"� ������� ��!!�� � ����� ������!������� �� ��� ����� ����"*�������� ��(

Markers��&&"��� �������"�*��!������ ����� ������� �� ������������ ��������&����$����$(

���������������������"�*���������x���� ���������&����$� ���������� �����!� �������� ����� �$����$(�=���!�� ������!���� ����������� ����� �%���!��� ��#�� �����(8(�(

���������� ����������"�*���������"���� ����&"����� ���/��/��(�� �� ������������������ �� �������"�*�� �!��� ����"���������� ��,���������<�� ������������&������ ���!"�$��� �-(���������� �����!� ���� �� ��������������� ���� �� �"�&(

Extended Event Log��&&"��� ���� �� �"�&�����"�*��� $����� ������������/ �����(�����/ ������� �� �"�&����"��������� ����"�� �� ��$�������*�������!�"��� ����"����� ��&�������� ������� �/ �(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��@ ������������ ����� ���������

Keywords#�"�� �� �����*$����� �����"������������������ �������� ����� � ��"����� �����������!�������"������"�*���!�������� ����� � �"���(

������� �����$��""%�����������"�� �����*$����(��!�*����������None% �������� ����� � ��"�����������(

������*$������������!�""�$�2

SYSTEMdefined

Fc�,!"�$���""-�!����""������ ����� ������APROG,������!� ���APROG-�!�������� ����� ��&����� ����* ���RPOINT���������������� ���(

Time �����!��� �������� ����� %����������!���� ���� �� �!� ���������&���(

Window ���� ����$����$�!�����"��"� �����!��������� �"���(�����$����$��/ ������7��""*������ ���������!� �������� ����� � ���(�#� ��&� ���$����$� ����"�� �������&"���� ������ (

AbsResp ����"� ���������������>%���"��"� ������ ������� �"���� ��� ��� ����$����$(

SD # ��������� �� �����!��� ������ ����� ��� ���$����$%���"��"� �����

( ) ( )��

� �

� �

=−

−∑$�������?���������!����� �����*�?��������������>

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ���

Slope #"���������&� ����$����$�����>D���%���"��"� �����

( ) ( )( )( )

������ � � �

� �

�=

− −

∑∑

LRSD �"�&���� ��!��"���� ����� ���&� �"����,��&����������!!����� -%���"��"� �����

( )LRSD

Q

n 20=

−$����

( )( )( )( )

( )Q y y

y y x x

x x0 i

i i

i2= − −

− −

−∑ ∑

∑2

2

Quality OK�!��������"���&��"�7��"� *%�Bad�!��������� �(

Baseline 0�#�!�������� ����� ����!������������"���(� ���$����1�(

RelResp ��"� � �����������,��!!��������� $�������������������"���-�����>(�E13���!��������"��������������� (

Id ����� ����� ����, �/ �� ���&-(

APROGkeywords

=����� ������� ��""�������%����� ����"���*$������*������!�������� ����� ���(

Status��&&"�������"�*��!� ���� � ���$����$��� $���� ���!�""�$����$���������&"��� � ���"�������$��&� ���%��������������� � ��������&��(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��5 ������������ ����� ���������

Inject��<�� ������"��� ��� ������������������!���(

>��� ���!��"������ �������"�&�����/����!�""�$�2

Inject command������� ������������ ����<�� ���������!���� ���"�� ���/(������&���!��<�� ���������������� �����!�����!!���� ����"��� ������������%����������'������ ��� ��"����"�$(��""���<�� �����������/��� �6�1>�A�1F�������������������!���� �����<�� ������ ��� ���""*�����$���� ���=��� � ��������!� �����<�� ���(�#���#�� ����)()(9�!����� ��"���!������� ��������!�������&� �����!��� �����!!���� ���<�� � ����(

9.7 Command menu

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��5�

Command Comments Injectedvolume

Sampleconsumption

Max flowrate

INJECT General purpose inject. 5-325 µl Injected vol +30 µl 100 µl/min

KINJECT Low dispersion inject forkinetics and for samplessensitive to dilution withrunning buffer. Controlleddissociation time aftersample injection.

10-250 µl Injected vol +40 µl 100 µl/min

QUICKINJECT Low sample consumption.Less preparation time thanINJECT but more sampledispersion.

5-325 µl Injected vol +10 µl 100 µl/min

COINJECT Injection of second sampleimmediately following thefirst (e.g. for dissociation inthe presence of ligand).Variable contact times forfirst sample only. Recoveryof either first or secondsample, but not both.

Sample 1:10-100 µl

Sample 2:15-250 µl

Sample 1:injected vol +40 µl

Sample 2:injected vol +40 µl

100 µl/min

BIGINJECT Large volume inject.Direct inject up to 325 µl,sample loop between 326and 425 µl, direct between426 and 750 µl.

326-750 µl Injected vol +52 µl 50 µl/min*

MANUAL INJECT Manually controlled inject.See Section 4.4.8.

1-100 µl /loading

Loaded vol +30 µl 100 µl/min

*BIGINJECT cannot be performed at higher flow rates because the auto-sampler tubing must be refilled during injection from the sample loop forsamples larger than 425 µl.

Variable Contact Times������ ������/�!��� �����"����� �� � ������<�� ����������" �������"����(�������/������"*�� ��"��"���!��""�!����!"�$���""���������"������� ����� �� ���(�G�"����!��"����������!��� ���!"�$���""����� ��������� !"�$��� ��,�(&(��!�*����� ���� �!"�$��� �����5�)� �����$�""����!��� �"����!��"���!�������1F�����������-(������ �"������� ����"��� ��������7��"� �� ��� �"������� �����������&�!"�$���""(�=����/���"�%$� ��!����!"�$���""�2

B���� ��2 )��5�����)��)����)��8��8���

1� ������ ��2 )���������)��5������

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��5 ������������ ����� ���������

Position�� ��� ������������ ����!��� �������"�� �������<�� ��%������"�� � ������ ����!���� �����""���$��"�� (

Volume�� ��� ��� �"�����!�����"�� �������<�� ��(��������"�&�����/��"������"�*����� �� � �����!� �������"��$� �� �������������!����,��� �� ����?���<�� ��� �"���3!"�$��� �-����� �������"��������� ����!��� ����<�� ����,���� ��"����� �-(

����!��"������ ������"�&�����/�������<�� ��� ������������� �� �������� ���� �����!� ��������� "*���"�� �����<�� ���������,�(&(���1F������7������ $������"������ ����%�$� �� �����"����� �� � ��������� �����"*�!��� ���!��� ���<�� ���-(

����More>>��� ������������� ����"��� �����!��� �����<�� ���2

������Predip Needle������� �������������� ���� ������ �������"����� �������!�������� ������!���������� ��&�����"�(����������� �����"�������� �����H"�!���� �������������� ������ �� ����� �����"��� ����&� ���� �� � �������"��!���������&��� ����� �� �$� ��������&���!!��(�>�� ����!�� ���� ��������'������*�� ����� $��������"�� ��"�%��(&(�$�����"� ������!�$���"*���!!���� �������� ��������������������������%�����"���$����� ��������� �� � �� � �������"����� ��� ��"�������� ���������� ����� ���$� ��������&���!!��(�>����!�Predip Needle��������/ �� ��"��!�����"�������"�����"�� ��������'������"���������������� ����<�� �����*������ ��&� ��������� ������ $������<�� �������"�����������&���!!��(

������Extra Cleanup� �����!����������� ����"�$�����!� �������"������=���! ��� �����<�� ���(�>��� ����!�� ���� ��������'������*�� ���$��� �����/ ���<�� �������������"���!�$���"*���!!���� �������� ���(�,����=�������� ���"*�$������������ ��!� ���� ���������<�� ������7�����(Extra Cleanup�����"�����������!���� ���"�������������������*%��(&(��! ����<�� �����!���&����� ������"� ���(-

������Recovery����Fractions������� ��� �"������� ������������ ��!��"�� ���� � � ������"������ ��*����!��� ������""�� ����!��� �����<�� ���(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��55

���������

��!����� �� ��&������<�� ����$� ������ ��*����!��� ������""�� ���%���!������Wash�$� ��Recovery��� ���� ��$���� ������� ��*���������=������ ��*�������"�������� *� ������� ��*�������"(��!�*�������� ��� ���� ������� ���������"����*������"� ���$� ����� ���8��H"��!!���!���� ������� ��*�������"(

Recovery To Position���� ������������ ���� ��$����� ������� ��������"��$�""�������������(�Volume���� ��� �"�����!�"�7��� �� �$�""�������� �����!���� ������� ��*�����,���&�8�58�H"%�������������I8�H"�!������ ����������-(

Fractions Start Position���� ������������ ����!��� ���!��� �!��� ���(Volume���� ��� �"�����!������!��� ����,���&��8�58�H"%������������I8�H"�!������ ����������-(�No of fractions��� �����������!�!��� ����� �� �$�""������""�� ���,���&�����9-(�!� ��������!���������������������!���� ��������!�����������!�!��� ����������������""�� ��%�!��� ������""�� ������ ������ ������� ����!!"��� �&���� ��$�� �(

1� �2 =��� ����������������$� ��� �� ������������ ���������&���������� ���� �� �"�&(�����������������"������ � ��������� � ������ ���������&���%��� �������� ���������� �"� ���!��� �������� ��""*���""�� ���!���� ������� ��*����(�������"�*��������� � ����=��������"� �"������ $���� ���!"�$���""����� ������ ��*�����,���� ��8�H"-(�=����/���"�%�� ���!"�$��� ���!�5H"3���%� ���� �� ��������!�����!��� ������""�� ���� ��(���� ���$�""��� ���������� �"��(8����� ����� �$�""�����"����� � ��������� � �����!��(����� ������ ���������&���(

���������������������������

������<�� ���������6�1>�A��1F����� �� ������� ���� � ����<�� �������%�$����� �����<�� ������������������������������� ���*� ���(�#��#�� ����)()(@�!�����!�""�������� �����!������"���<�� ���(

����Inject��������������"*�� ��"��"��$��"���������""*���� ��""��������&�������������&(

Stop Inject# ���� ��������� ���<�� ����������� �"*(�0��������""�$� ����/��������"��$����������� �*� ��������<�� ��� ��&�� ��$�� ��������� ���� �������"�� ������������ ���2

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��5) ������������ ����� ���������

����Stop Inject�������������� �� ��"��"�������&�6�1>�A��1F���(��������������"���<�� ���%��"������� ���Exit��� ������ ���6�1>�A�1F�������"�&�����/�,����#�� ����)()(@-(

Transfer�����!��������"��!����������������� ���� ����� ���(

�� ������������ ��������� �"���� ����� ����!��������� ������������ �!��"��(

������Predip Needle������� �������������� ���� ������ �������"����� �������!�������� ������!���� ��� ����!�������� ���(������!��� �����"�������� �����H"�!���� �������������� ������ �� ����� �����"��� ����&� ���� �� � �������"��!���������&��� ����� �� �$� ��������&���!!��(�>�� ����!�� ���� ��������'������*�� ����� $��������"�� ��"�%��(&(�$�����"� ������!�$���"*���!!���� �������� ��������������������������%�����"���$����� ��������� �� � �� � �������"����� ��� ��"�������� ���������� ����� ���$� ��������&���!!��(

Mix6�/�������"������������� ���(�>��� ������������!����/���"���! �� ����!�����&� $����!!���� ���"� ����� ����������� ��"� ���������������&���������/ ���(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��58

�� ��� �����7��������������� ����������������� �� �"���� �������/��,��/�����)8�H"-%� �����"�������OK(������&�����"�&����"���%���/����&�48J��!� ��� � �"� �"������� ��� ��"(�������/��&���������������� ��� ��������!���� �"�����!�����"������ ��������������� � �� ������� ��"(������������!������ ����� ����(

������Predip Needle������� �������������� ���� ������ �������"����� �������!�������� ������!���� �����/������ ���(������!��� �����"�������� �����H"�!���� �������������� ������ �� ����� �����"��� ����&� ���� �� � �������"��!���������&��� ����� �� �$� ��������&���!!��(�>�� ����!�� ���� ��������'������*�� ����� $��������"�� ��"�%��(&(�$�����"� ������!�$���"*���!!���� �������� ��������������������������%�����"���$����� ��������� �� � �� � �������"����� ��� ��"�������� ���������� ����� ���$� ��������&���!!��(

Dilute����������������!����� ����7�� �"�� ��!�Transfer�!�""�$����*�Mix$� ����!�/���!���"� �"�����!��H"%�������*���������!�����"� ��&����"���$� ����!!������!�����������&�����!�������/ �����!� $������"��(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��59 ������������ ����� ���������

Sample 1 Position ��������� ����!��� �������"�� �������"� ��(

Sample 2 Position ��������� ����!��� �����"� ���� ����"� ��$� �(

Mix Position ��������� �������$����� �����"� �������"��$�""�����������(

Total volume ����!���"� � �"� �"�����!���"� �������"�����!�/��� ��H"(

Dilute Sample 1 to =���"������� �� �����!�����"�����/������������������ �&�(

�����/���"����� ����""�� �� ������� ��$�""�������������/ ���������� ��&�!�4�H"�����"��!�������� ��������K��5�H"���"� ����!�������� �����(�������/ ����$�""�������������������� ������5(

������Predip Needle������� �������������� ���� ������ �������"����� �������!�������� ������!���� �����"� ������� ���(������!��� �����"�������� �����H"�!���� �������������� ������ �� ����� �����"��� ����&� ���� �� � �������"��!���������&��� ����� �� �$� ��������&���!!��(�>�� ����!�� ���� ��������'������*�� ����� $��������"�� ��"�%��(&(�$�����"� ������!�$���"*���!!���� �������� ��������������������������%�����"���$����� ��������� �� � �� � �������"����� ��� ��"�������� ���������� ����� ���$� ��������&���!!��(

Wash�/ ���$�����!��� �����"�������"�%��=��������� ��*����(

=�������"��$���%�������&���!!������������� ����&�� �������"�� �$�� �(

=������� ��*�$���%� ������� ��*�������"���� ����=������ ������� ��*���������������$� ��"�7����!���� ��������!�������� ���(�������� ������ ����BUFFER� ��������$� ��������&���!!��(

1� �2 ����"�7��������"��&��*� ������$�������� ��� ���""*�����7������!��������"������ ���(�>��� ���Wash���������$������� ����"������� *��&���� ���������� ����� ���������7�����(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��54

Flow#� �� ���!"�$��� ��!���������&���!!��(

�� ��� �����7������!"�$��� �����H"3����,����� ������&�����H"3������� �����!���H"-(����� ��� ���!"�$%��� �����������Command:Stop Flow����� � ���!"�$� ���H"3����$� ��Command:Flow(

�!� ���Refill���/�����������%� ��������$�""������!�""�����!���� �����$!"�$��� ������� (�������!�""������ ���� ��������� �4��������(

������������������ �� ��"��"����"������������&�������������&(

Stop Flow# ���� ���!"�$��!�������&���!!��(������������������7�� �"�� � ��� ��&� ���!"�$� ���H"3���(

������������������"*�� ��"��"��$���� ���!"�$������ � ��������'��� �"��(�����!"�$����� �������� ��� ���""*�� � ��������!��������"������&��������� ������� ��""������(�����!"�$������ ����� ����������&������<�� ����,�/��� �6�1>�A��1F���-(

Flow path����&��� ���!"�$��� �������&���������&���(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��5@ ������������ ����� ���������

������� �����7������!"�$��� ����������� ����*� ��������(�0���������"*����&�� ���!"�$��� �� ��������� ��!� ������&���""*���"�� ���!"�$���""�,�(&(��!�*���� �� �$� ��=���%�*�����������&�� ��=������=���� � ����*�!� ���� ������ ����-(�����&��&� ���!"�$��� ��������� �����&�� ���� �� ��������(

������������������"*�� ��"��"��$������������&�������������&(

Set Temperature#� �� �����7������ ������ ����� � ���!"�$���""(

���� ������ ��������"�*���� ���� � ���$����$� �&&"����� $���� ����� ������ �������� ����� ��"� ������ ������ �"� ����������� ������ �������� ��"�(��� ������ ��������&���!�8L�� ��������� �9���� ��(

.�� ��� �"� ������������������!���� ������ �������� ��"����!������!�����&�������"*����,������$���*� ��� ������ ����A�+���� �����������&���� ����� ��� ������ ��������"�*���� �������������� ��"#�! $����� � ���$����$-(

Dock+����� ��������������(

����������&������ ���� �������!�$��������� ������"� �(��! ��������&%� ���Working Tools����"�&�����/����������� ��� ���""*�$� �Prime���&�"�&� ����������������� �� �*�������"������Prime��! ��������&�����$�����(�=������ �����" �%�*�������"���"�������WorkingTools:Normalize��! ���������&�����$�����(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��5�

Undock>������� ��������������(

�!� ���Empty flow cells���/�����������%� ���!"�$���""��$�""������� ����!�"�7������!���� ��������������������������(�������� ����������������*��!��" %���������"���"$�*������������"����*�������������������!��������� ���"��"*������ � �� ���/������� ������,�(&(�*����"�&������������"*�/���'���������-(

.���� �����������&������ �����������"� �%� ���Dock����"�&�����/�������"�*����� ��� ���""*����������� ����!���������&�����$������������(�!�*�������� �$�� � �����������$������,�(&(�*����� ���� ����� ���$� ������ ����� -%�����"*��������Cancel�!���� �������"�&�����/(

� �������

+���� �� ��� � ������ �� ���������������!���� ������ ����� ��� �" �����������&������ �����������"� �(

Rack Base+�!����� ��� *��������"����&��!���������� ����� �����"������������(

�������"�&�����/����$�� ��������� ��� ��&��!���������������������������,"�! �������&� ���� ����� �����"��������� � �"*-(�������� ���� ��&�� �� ������������ �� ���������*����� ���� �����(

������ ��&����� �������"�&�����/��� ������� ������� ������ ��"��"��!�������"���������� �� ����� ����� �����"���,�(&(�Inject%�Dilute%Transfer%�Mix-������"��� ��� �"������� �����!��� ���������������&

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��) ������������ ����� ���������

���������������� ���� �� �������� ����"������RACK��������(B��� ������������ ���������������������&��������(�#���#�� ����)(()�!���� ��"���!� �"������� ������������ ���(

1� �2 �������������� ��� ���������&��!������ *������ �����! $���(��!*����� � ���$���&������ *��%� ����� �����"�������"����*�������� ��� �� ���$���&���������/�� �� ����� ����(���������� ������!���� �����������������&� �������������!�*�������&�� �� *����!��������� ����� �����"��������&������"������ ���(

Command Queue# �� ������ ���� �����������7�������������&� �� ��������� �� � ����! ���7����(�������������������������!� ���7��������� �� ��(�������������������"*���������$��"����������&�������������&(

Run Sensorgram# �� ���������""*���� ��""���������&���(�����Detection�����Flow���"�&�����/��������� ��� ���""*�����"�*�����!���� ���������&���� �� �%� ��������� �� � ����� ��&������������ �!��� ����� ���������(��*��!��" %� ��������"�&�����/�������"�*� ������ ������ ��� ��&�(

�""��� ������� ���$����$��$�""�����"�������!���� ���������&���� �� �(��!���*��� ������� ���$����$���� ��������� �������&��%�*��$�""��������� ��� ���� �� ����� ���(�����&���$����������� ��� ���� ����� �&������"�� (

�����������������&��� ��Stop Sensorgram�$��"����������&������������&(

1� �2 +����&�������&����� �� %� ���� � ���$����$� ������� "*����"�*�� ��������� ��&��!���!"�$��� ������!"�$��� �%��&���"�����!� ����� ��&����7��� ���!��� ������(���������������"���� ��!� ���������&����� �� �������������(������7��� ����� ��&��$�""������ ��"��������!������ ����""�� ���� �� �(

Stop Sensorgram# ���� ��������� ������""*���� ��""���������&���(������*����� �� ��������������&����*�������� ����������������&��/��� ��������$������&���(

����"�7��������"��&��*� ������!"������$� ����!!������� ���!"�$��� ������ � ���� � ��������!� ���������&���(

9.8 Run menu

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��)�

����������������&��� ��Run Sensorgram�$������������&������� �����(

1� ��2 +����&�������&�������%� ���� � ���$����$� ������� "*�����"�*� ��������� ��&��!���!"�$��� ������!"�$��� �%���&���"�����!� ���� ��&������������&� ������(����������������"���� ��!� ��������&���� ������ �������������(

���� ������� ���%��������Command:Stop Method(

Start new cycle# �� ������$��*�"������������""*���� ��""������(�������������������"*� ��"��"��$��"���������"�������&�������������&(

Run Application WizardB����� ����"�� ��!����"��� ����$�'����� �� ���*�������(�#���#�� ����8(�!���������� ��"�(

Run Method��������� ����!���� ��������� "*��� � ���� ������� ���$����$���!������!�"���������(

�!����� ������� ���$����$���������� "*��� � �%� ���Run Method��������$�""�� �� � ����� ������� �� ���� ���$����$(�� ���$���%� ����������$�""������ �!������� ����!�"�(

B�������������!�������� ��� ���""*�$���� ������� ������������7��� ��%� ����� �� ��*� �� ���""*��������� ��� �����!����� �� ��&(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��) ������������ ����� ���������

��!���� ����� ����� �� �%�����������!����"�&�����/�����*���������������&���� ��������� ���� ����� �� � ������� ����� ������� �� �2

•��!�Autosave������ �!����� ���������,����View:Preferences-%�*���$�""��������� �������!*�������" �!�"�������!��� ����� ��� ��!�� ���(

•��!� ����� ����������� ���� ������DETECTION��������%�*���$�""��������� ����"�� � ����� �� �������������!"�$��� �(�6��������� �� *�����"�� ����� �� ��������� �� ��������� ��"��$� �� ����� ����������(��!�������� %��������FC1-2-3-4%������� ����$�""�������� �� �� ��������������!�����""�!����������"�(

•��!� ����� ����""�� ������ ����������� "*��� � ��Low����High%�*���$�""���&� ����������� ��� *� ������ � ����� �� ��Medium(

•�0���$�""����$�������!� ��������"��� ���������� ��"��"����� ������� ������������(�0�������"������������������� ��"��"����!���� �� ��&� ������%���� ���"��"*��!�Autosave������ � ����(��!� �������� ��������� ��!����������������������&������ ��� ������� ���%������&������ ��$�""�������"*����"�� (

•��!���������&����$����$������������� ������ �� ���� ���� ������� ��%�*���$�""����&� ����������� ��� *� ���� �� �������" �(�,1� � �� � ��������� ���!���� ������" �������� "*�����"�*������ ���������%�� � �� �������" ��$�����$�""����&����� ����*� ����� ��������&� �� ��(-���*������������&����$����$�$�""�����"�������!���� ���� ����� �� �(

•��!���*��� ������� ���$����$��������������� ������ �� ���� ���� ������� ��%�*���$�""����&� ����������� ��� *� ���� �� ����� ���,�-(�""��� ������� ���$����$��$�""�����"�������!���� ����� ����� �� �(��$� ��%��!� ����� �����������&�� �� ���!��������� � ���� ������ ���$����$%� ����$����$�$�""�������������$���� ����� ����������"� ��(�1� �� �� ����� ����� ����������� ����������������"� �����!����� ���� �� ��������!�������� ���!�"�(

Stop Method# ������������&��� ���(������� ����$�""�� ���� � ��������!� �������� ��*�"��,�(�(� ��������!� ��������� �APROG���� ����� ���-(�1� � �� � ����� ����$�""����� ������"� �����!�Stop Method������7��� �������&� ���"�� ��*�"����� ����� ���(�Stop Method��� ��� ���""*�$����� ����*� ������!����������"��� ��������"� ���(

���� ������� ����������� �"*%����� �������&���*�� ���� �"�������,���#�� ����)()(�)-(�0���$�""�����������!�*���$�� � ��$���� ���"�7�������"��&��*� ��(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��)5

Data Collection Rate+� �������� �����������!����� ����""�� ���������� � ���������&� ��������&���(������ ��"��"���� ��&������Low%�Medium�����High%������������&� ���� ��"��� ����""�� ������ �������������'�����"�$(

����������

��������������� ��� �� �����������

�� (������ 3� (������ 3�

������ �(����� 3� �(����� 3�

�� � �(����� �3� (����� �3�

1� �2 G�"���������" �������"��������!��� �� �����""�� ������ �����������"(

������!��" ��� ��&��!�Medium ������7�� ��!������ ���������(�#� � ���� �� ��High�!������"��� �������7�����&� ��*���&������"� ���(�#� � ���� �� ��Low� ��������� �����'���!� ���������&����!�"��!���"��&�����(����������������������!�*���� �� �������$� ��Data Collection Rate��� � �High����Low(

#�����&������ ���������������� ����""*������&��� ���!���/����59����� �(������� �����""�� ������ ���!������������� �3�%������&��� �$�""� ����59���?�9����� ��(�.��������&��� ����!�""%�� ��� ����� ������� �����������$�����*��������!���<���� ����� ������ ���&��� ���������� ������� ����""�� ������� ������� ���"!� ����� ������� �(�����$���&��� ����� �� ���$���� ��� ���Data CollectionRate������ �,� ����!� ��������� ��� ��&������ �����&��-(����� ������ ������ ���%� ����!���%��������Data Collection Rate����� "*���!���� �������!�����&��� (

+� ������� ����������������������� �� ���� ���� �� �"�&(

Prerun Method (ctrl-P)������� ����*� �/��!� ����� ������� ����� � ���� ������� ���$����$(�!��*� �/�������������� �� ���*���$�""����$�����%���������/�"��� ��*������ �$�""�������"��������*������ ���� ����"��*���!���� ��������(�����""�� �� ������"�$����$�����*� �/�����������" ��&�!�������������� "*����""�����*$���(�#���#�� �����(8�!���!�� ������ ��"�(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��)) ������������ ����� ���������

#*� �/������������&����������� ����� ��� ���""*�!���� ����� ���$����*��������� � ������������������ � ����������(

1� ��2 �!� ����� ����������� ���� ������RACK��������%� ���� �����"������� ���������!��� �������� ����� ����$�""������������&���� � ��������� �������� ��&�(�B��� ��������!��� �����$����������� ������ ��"��$� �� ��������� �� ��&����������� �������*� �/�������(

B�������������!�������� ��� ���""*�$���� ������� ������������7��� ��%� ����� �� ��*� �� ���""*��������� ��� �����!���� �� ��&(�0���������$� ����� ������ ����$� ���� ���*� �/������������*� �/������������&��(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��)8

BIAsimulationB�� ������������ �� ����������"� ������! $���%�$����������� "*��� �����!���"� ����!�������"� ��&2

•����� ������"*�����!�������� ���������������� ����������%�$� ���� ����"��&��"���������������"�������! �!������"�� �������"� ���

•����� ������"*����$� ���� ���&�������"�&����������"* �

•���" ��"��������&�� �����

•���� ����������&��� �����

•������� �� ������ ������ ���(

�������"� ������! $��������������������!�""���� ����������"� ���#�! $������������(

������������������ �� ��"��"���!��������"� ������! $���������� �������� �""��(

Evaluation (ctrl-E)�B�� ������������ ������ �"�� ������! $���%�$����������� "*���� ����!���"� ����!��2

•�� ��"�*��"� ��!���������������!�������&����

•�� �"�� �����!�������&��� ��

•����� � �����!����� ������� �� �

•�� �"�� �����!������ ����� � ��"���!��������� �� �������������� (

���� �"�� ������! $�������������������� ������� �"�� ����#�! $�����������(

������������������ �� ��"��"���!����� �"�� ������! $���������� �������� �""��(

Working Tools����$�����&� ��"���������� ��!���� �����!���� �� ��&����������� ��&��$�� ����*� �������!���������"��"�����&�����������(

9.9 Tools menu

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��)9 ������������ ����� ���������

���������$�����&� ��"%�������� ��� ��"�!���� ���"�� ������"�������Start(��� ��� �����!��������� ������ �������������������� �������� ���������(

����"�� � ���� �����&�"�&� ��� ��"�$���������������"�*���� � ����� ���!� ������"�&�����/(

#���#�� ����4((��!������������ �����!� ���$�����&� ��"�(

Test Tools���� �� � ��"���������� ��!���� �����!��� �� ��&� ����*� ������!�������(

��������� �� � ��"%�������� ��� ��"�!���� ���"�� ������"�������Start(��� ��� �����!��������� ������ �������������������� �������� ���������(

����"�� � ���� �����&�"�&� ��� ��"�$���������������"�*���� � ����� ���!� ������"�&�����/(

#���#�� ����4((�!������������ �����!� ��� �� � ��"�(

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��)4

Service Tools������� ���� ��"���������� ��!���� �����!����*� ������� ������(

������������ ���� ��"%�������� ��� ��"�!���� ���"�� ������"�������Start(��� ��� �����!��������� ������ �������������������� �������� ���������(

����"�� � ���� �����&�"�&� ��� ��"�$���������������"�*���� � ����� ���!� ������"�&�����/(

#���#�� ����4((5�!������������ �����!� ������ ���� ��"�(

Preferences#� �����!��������!������ ��"���! $��������� ���(�Preferences��� ��&����"*�!����""�������� �"� ����� ��&����������&��(

����Autosave�!��� ����$�""��� ������" ��� � ��������!������ �� �"������&�������"���������! ���� ��*��*�"��������� ������� ��""������%��� ����&�����!�&������&���� �"�����!��� ����� ���� �� ��!�����$��!��"������������ �����"!��� ���(������� ���������������&���/������ ����� ������ �� �"� �� ���� ���Autosave�!��� �������!��������"���3����� ������� ��""�������(�#� ��&�Autosave� ������������������%���� ���"��"*�!������ �������� ������� ��""�������(

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��)@ ������������ ����� ���������

1� �2 �!�Autosave���� ��������%�*���$�""����������!�����!�"��������$����� ���� ���� ����!���� ����������� �� ��(

New window����������$�������&����$����$%���� ����&�����$� ��$��!� �������� ��� �(�0��������� �����"�*������� ����,���"�%�� ��"�*�����%��!�������"������������"����� �(-����������� "*�!��������� ��������&���$����$�(�0��������"�������"�*���!!���� ��*�"���!���� ������������" !�"����������� ��$����$�����"��&���� ���������&��������� �������&�,*��������"*�����"�*� ��������� ��*�"�������&������-(�0�������� ���$� ������"�*���!!���� �����" �!�"��������!!���� �$����$��� � �������� ���(

�����!�� ���������� ���"��"*����!�"������" �������"��� �� ���������$� ���!���������""���� ��� ���%������� ������&���"��� ������ ������ ��� ����� ���!��7��� "*���7�������!!���� ����"���� ��&�(

Cascade, Tile Horizontal, Tile vertical�������������������� �������.����$����������� �� ���� ��"� ��$�*������� ��$����$�����������&��(����!��� �� ���.����$���8����"�����"��!������������ �����!� �����!��� ����(

Arrange Icons�����&���������!���������'���$����$����� ��������������"��� ����$����$(������������ �������.����$���������%������������!!�� ��!�$����$�������� �������'��(

<Open window list>��������������'���$����$������"�� ���� � ����� ����!� ���Window����(������� � ��$����$���������������(�#�"�� ���*����� � ��$����$ ���� � � ��� (

9.10 Window menu

__________________________________________________BIACORE Control Software reference

������������ ����� ��������� ��)�

Help on Application Wizards������ ������"������"��!������"��� ����$�'����(

About+���"�*����!���� �������� � ��� ��������!������������ ��"�#�! $��������� "*�����&���������$�""���� ������ ����� ��+��������!�&��� ���(

9.11 Help menu

BIACORE Control Software reference __________________________________________________

��8 ������������ ����� ���������

_______________________________________________________________System specifications

������������ ����� ��������� ���

A. System specifications

Measuring range��������������������������� �������� � ���������!"��������� ���� ���#������� �!� ���� �����$!��������%������������!�%� ����!�&�!'����!" ���%������ �� �� �� ���'���!������� �&������#����� ��� ()��������������!�*����� "�� �!�&�!���)����������"����������� �� !"�*������������&�����!�� ���� ����)

���������������� ������

+������!"���� �����,�-����� ��'���� �������≤-.��/�����0

�������!� �!���*���� ����!" ���$��������1��!�(���� �����"� "�� �!!"�����������2����*� ������"� "�� �!!"������������2

3�*���!� �!��*���� ����!" ���$�,-��1��!�(������ ��������"�� "�� �!!"�����������2

���������� ����������� ��� �

4�

"�� �!!"����������2��

��������� �������

�������!� �!���*���� ����!" ���$��������1��!�(��

"�� �!!"���������2������

��

"�� �!!"��������������

�����������������������

�� *�����!�*� �!!��������� �����5��� ��!��� ���� "�� �!!"�,�-.��/�����!��� ���� "�� �!!"�,�.��/

�� *����������� ���� "�� �!!"�,��.��/

A.1 System performance

System specifications_______________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

Processing Unit6����������$!��*���( 78��9-��8����

:� �*���� -���

2���������!"�$ "����(; ����/<�1��=�/<��*� ���=7�89��%'�->�/����#+������× Τ6.25Α / 2 × Τ3.15Α

2���������!"�$ "���(;� ��9�/<��� ������=7�89��%'�=�/����#+������× Τ5.0Α Η

2����"���� � ��� !� ������� ������ ��"

������ � ������ ��������� �-�9-?�

������ ������� " �>-.���

@��� "�� ������ �!� ���� ����������� �������5������� �

� ��� � �������!�&�!�$3�A( ,�8���$�(����������������� ��������� ������

Detection Unit3��� ����� � 3�6�$3��� ���� ����6����(

B�&�!��� � 78���

�����*�� � ,�-���

����� �&������#������ �)99��)98$�99'��C(

����!�������� � "�� �!!"�,�±)9��C1���� �

6� ���� �� �����!�*� �!! )�'������������������ �1��$)�����%( *���!�*� �!!� )�'������-����������� �1��$)����%(������!�*� �!!� )�'����������������� �1��$)��-��%(

:���� "�� �!!"�,�)9��C��2@�$���%(���,�)9��C��2@�$���%(

������� ��������� =���=�?��$�� �!�*��� �����?���!�*������� � ������ ���(

������� ����� ���!� " �� ��� ����±9�×����?�1���

������� ����� ��� " ,�±)-�?��$�� ���� ���)������(,�±)��?��� �-�?�

��������������������������������������������������

����������������� ������ ���������������������������������������������

� ��� ������������������ ����������� � ��� ������������ ��������

A.2 Technical specifications

_______________________________________________________________System specifications

������������ ����� ��������� ��9

������� �����5��!���� ���� ����� ���-�?��� �� "�� �!!"�,�8����� ���� �����?��� �� "�� �!!"�,������� ��

Pumps+!�*��� ������� ��-�D!1���

$����D!1��������� �� ��!!��(

�� ����� � @ ���������D!1���

+!�*��� ��� ��� "� ,�±.$����D!1���'�!�5����� �-?�(

+!�*��� ����� ����� ,��.$����D!1���'�!�5����� �-?�(

E������������� ,�)�2E�

��������!� �$�� �������(� E��4'��)�)�)7-����� !� �$ �� ��������!�*( E��4'��)�)�)-����� !� �$�� �����!��( ���%�!'��)�)�)>���

Autosampler6����������&�!��������� -�-�D!�$�� !���������������� (

�� ����� � @ ���������D!

� ��� "� ,��.���&�� ��������&�!�����≥-�D!E�� �����

-�D! ,�)=.��/-�D! ,�.��/

����"��&����� *����&��!�� "�� �!!"�,���D!�*� ��� ���� �� "�� �!!"�,�)��D!�*� ����� ��

@���!�� ��� � "������� �02� �� � ����!� �; F8�$)��!1*�!!(�� �� "���� -�&��!�'�������8����$=��!(

��&��!�'�����)�F����$�)-��!(=�&��!�'�����)�7����$)7��!(

�� �� "���� 8�&��!�'�����)�F����$�)-��!(�� �� "���� =�&��!�'�����)��)>����

$����������� "����)-���!(2�#�����&��!������ --���

�� ����!� ������ � ���0 GH� ���� ������#�������!� ����������)�2E�

;:� �0� ��!"������������������ �� � ����!� ������� ���� ��!��*� �� ���� �����!��)���!!�"������� ���� � ��� �!������� �������� � �&������������������ ���)

System specifications_______________________________________________________________

��= ������������ ����� ���������

Integrated �-Fluidic Cartridge (IFC)+!�*� �!!�

������ =

/�!&�� E����� � ����������&�!&��

��I� ����&�!���� ���!�*� �!! -��7-�D!'�� ���������D!

����"��&����������&�������I� ��� ,�)�.

@���!��!���� ��� � " ��D!$��#�������I� ����&�!������D!(

������!�����&�!&�� �������� �����!!�*��� ���� ���!�*� �!!��'�'�9'�='�J'��JJ9�����JJ9J=������!���������I� ������� )

+�����I� ����&�!�������������!�� ������ ��������@� ����=)=)8)

Sample recovery/�!��� -���9-�D!�$K-�D!�������� ���� �����(

6�!� ��������� �&���������!� ������ ��� �!���� ��� ������!�*

����"��&�� ,�)��.���������&������� �&���������!�

Fractions/�!��� -���9-�D!�$K-�D!�������� ���� �����(

2�#����������� ��� ��F8�$!��� ����"�����������&��!���������� �����!����� �(

_______________________________________________________________System specifications

������������ ����� ��������� ��-

������� ������� ������ � ��� �!����� �������������)����������� �������������� ���5���������������!���� ����� ����)

Fuses�# ����!�����������!� � ������ ��������� ���� ������ ���!�� ��������� ����� ����� �������"�������!� ����"� �������)�+�����5������������� ����'����@�� ��� � ��������&�)

�� ����!�����������!� � ���������� ������ ���������� )���������������"��!"�������!� ����"������&������ �������&� ����������!)

LED display����3�6����� ������ ����� ����� �����!����� � �� ������ ���������� � � ��������!!�*�0

•����6L�$�����(:��!��� E�*������@ ���"�!��� ������� ����� ��������"��������+!�������!��� ������� � ����*� ��E�����������

•�������$���(:��!��� �4������*������@ ���"�!��� C��� �&����!������*���������

•�������� ����$L�!!�*(:��!��� ������� ���� �� ��!������!��@ ���"�!��� 6� � ������� ����� ������� ��� � ������ ���+!�������!��� ������� �����5��!��������� ���� ���

•�@������ ����$�����(:��!��� :��������� ����������� ���@ ���"�!��� @������ ������ ������������"+!�������!��� @������ ����������� ���'����� ���

•�����$�����(:��!��� ��������� �� ����"������*������@ ���"�!��� ��� ��������!�*

Detection unit������ � �!��� � ������� ����������������� ��!����������"�����!��� ������ �&��������'����������� ���!�*� �!!)�������� ������ *���������� ����������� ������������ ����������#��� �!"�)�?������ ���� �!��� ���!�)������ ����!���� ������ ��� � �!!"� �! �!� �� ������!��� �*�� ������������!� ����� ����$ ���@E�����!�(�*� ��������!� ����������� ���?)

A.3 Technical description

System specifications_______________________________________________________________

��8 ������������ ����� ���������

���� �� � ������ ����� � ����� � ���������� �������"� �� ������ �� �!� ���������������� �����!!"�����!� �����#)����� ������ ����������!� ����"�E�! �����!���� �'�*�� ������ �� ��!!����"� ������ �������������� ����� � �!���� � !���� �� ����!�*� �!!��������� ��� �� �!� �����)

Flow cells����&�!��������� ���!�*� �!!�������� �)�D!)����� � �!�������� ������������� ���!�*� �!!�����)����)

������ ������� ���� �!��� ��!!����� ������������������������� ��)8����!���� ����!�*� �!!�$��� ������� ��������!�*()������� � �������"���������!� ���!��� ��������*�� �����)�8����� ����� ����!�*� �!!)

���������&�!������ *���� �����!� �&�!&������ ����!�*� �!!����≈)-�D!)��������!���I� ��������� ��������&�!�������≈)-�D!� ���!�*� �!!������������� ����!�)9�D!����������5��� ��!�*� �!!)��������&����� ������!�"����������������� *�����!�*� �!!�� ������������� ������ ������ �D!1����$�����!���@� ����>))()

Pumps���� *�������� �����!�&����!�*���� �����������-�D!1���)�C���� �� ��!!����!�*��� �������!��� ��� ������D!1���)���������!�*��� ��������������� �� �����"� ������ ����)��������������� �� ��!!����"��� �������� ���*�� ����!�&����9��!1� ���*� ����-�D!�������"�����)

������������������ ���&�� � �!!"� ����������&�!������������!���� � �� ���������!��� � �����)��������� ��������� ���&�!&��� � ��� ������� ���������� �����!� �����)������������� ������������ !����� ���� �� �� �����!� ������ �������)������� !� ������ ��� �� ��������!�*�����$!�� ��������� ���&�!&�(���� ���� ��� �� ��� ���� ����!� ����!� )������ !� ������ ����� �����!����������� ���� ��� �� �������!����� ����!�&��"�������� ����� �����!��)

2� ����!�������!� � ������ ���� �������������� !� � ����������� �� �� ��������!�*���������E��4'�*�� ����&����# ����!"�!�*������������!� ")��� !� � ����������� ����� �����!��������������%�!)

Autosampler���� �������� *��������!�����������$�6M�)>���(�������&�!������≈8�D!������ ������� �� ���������������� ���!�5���)�������#���������� ����&�!�������-�D!�$�� !���������������� �()������ ������������������-�=-�D!)�������������� �� ��!���� *��� ��������$�)�)��DILUTE'�TRANSFER'�MIX����� ���&�������INJECT�(������������� ������ ������9����������� ��������� �-�D!)

_______________________________________________________________System specifications

������������ ����� ��������� ��7

����&�!������� �������!�����,�8�D!�$�6�M�)9���()���������� ���&�������������������� ���*��!�������� ���1�����������!�5���� ������� ��� ������&��!'����������!� �����&����� � ���� �������!�)

��&��!����!��������� �������!������ ������������������� �� �&��!������� �!�� ����� �������� �����"���� ������ *���� �������!������ ���&��!��� ���*���� �������!�����������)

�������� �������*������� ������7���=��--����$!��*���(�$�)�)���&��!�'��� !������ ���'���"����������� ����--���()�2�#����� � �! ��&�!� ������ *������"� *������ �������������#��� �!"�9�=��)

+��� ������ � ���� ����� �����!����� ������'� �� �!� �� ������ ��� �� ��!!���!�5����$*� ������,.�� ����!����*� ��(� ������� �� ������ � ���!� ����� ������� �������������� ������ ����� )������#�������!� �������������� ������ � ���� ����� ��������������$)�2E�()

:� �0 � ������������ ������� "'� ������� ������"���� ���������!���� ��!������ �'�������� ��!� ��������!����� ����� ������!� � ���� ���� ���������� ���� ����)��������&��!������!��������� ���&���� ������� �����������!��)

Thermo-racks������ "������� �������� ��������&��!��!��*� ��&��!����� ��������!!�� �� �����!�*)�:� �� �� ���*������ �������� ����������!"�7���� ����)

@����� ����� �� � ����!� �����&��>���*��$���(���������� �����������*)

IFC3�5�����!�*�������� ��� ������� ����+�� �����!���"������� � ��� ����� ��&�!&�������� ����"������������������������ ����!� ���������)

System specifications_______________________________________________________________

��> ������������ ����� ���������

������!������� ����������� �� ����+��&�!&���������!!���*� ���!" ���!� ����&�� ����������������������� ������������� �� ����+�� �����!�)

�����+�� �����!���������!���������!� �����!�� � )��������!!�� � �����! ������� ����!���������)�-����'���� �� ���&�!�����!�*��� ������D!1���� ����������� ����!�������!�*��� �����≈�� �1�)

Recovery and fractions����&�!������� ����� �&��"� �����!��� *���� ����!�*� �!!����� ���� �&��"� �����������#��� �!"��-�D!)������ �����!������� �������������*������ �������)

B��������!���� �&��"������5��� ��'� �����I� �������!����� ����� ������� ����� �&��"� �����!�*� �������������������� �� � ���*��!���I� ���&�!������� ����������� �� ����� �&��"� ��)�@���!������������� � ����������"��� *��������!������ ��������������*�!!�����! ������!��� ���!� ������� ����� �&���������!��$�"����*�����������������������(�����!�����������!��$�"��� �*����������������������!�()�����# �� ���� ������������������� �*�!!���������������!"���� ����!�*��� �)����!� ����������������� �������������� ���������!�*��� ��)

B������ �&��"���� ���!� �'� ����� �&��"� �����!����*������ ��*�� ���� �����&��������� ����*� �������������� ����� �����!�������'����� ������ ���������������"��� ���� ��������*� �� ����� �����!�������)������ �&��"� ������*������*� ��������������������*� ����!� ������������������ �������� ������ ���)������!!�&�!��������������*�!!���������� ���*�!!����� ����� �&��"� ������� �����!�����*�!!� �� ���� �� ���!� ������� �����# ��� �&���������!�)������# �� ���� ������!� ����*�!!�������!����!"���� ���*� ���������� ������� ����� �&��"� ���*� �� �������������)

+������ ���� �!!� ����������� �������� �� ���������'� ������� ���� ���*�!!������!� ����"��������*� ���� ���*�!!����� ����� �&��"� �����!������ �&��"� ��)�6�!� ���������!!�*������� �����������!����!�)

Automatic preparation and finishing routines�� ��� � �������� ��������������������� �����*���� ���!�5��������!����"� ���� � �������������������������� ����'��� ���� " !��'������!!" �� ��!!���������������������I� ����)�����������"���!�*�������� �� !���� ���������� ��� ������ ����'��� ����������� ��������!�������������I� ��������EXTRACLEAN'�DIPNEEDLE'�FRACTIONS�����RECOVER����� ����)

_______________________________________________________________System specifications

������������ ����� ��������� ��F

�������������

@ �� ��� ���$MAIN(

+�����������������!�&����� ���+������*���� � ���)������!�*������ � ����D!1���������!!��+�&�!&�������������)

@ �� ��� ���� " !�$APROG(

���� �� ��������!�*�����������!!������� ������!��!������� ����+������������*� �������������)�+!�*��� �������!�*��� �������� )

@ �� ���I� ��� E�������������!!��������5������$����� ��� �������������� ������ ����������� �����I� ���()

������I� ��� ��������!�������+������!��!��������*�����)

������ ���� " !�$APROG(

�����+������!��!���������!�*� �!!������*�����*� ��������)

��"��!�*��� �� ���������5��� ���*� �FLOWPATH���� ���APROG�������� ����)

��������!�*������ � ����D!1���)

������ ���$MAIN(

�����+������!��!���������!�*� �!!������*�����*� ��������)�+!�*������ � ��%���������!!��+�&�!&�������������)

��� ���������

@ �� ����������� ������ ���!����������������������� ��������!!�!�*� �!!�)

��������!�����*�����)

@ �� ���I� ��� E�������������!!��������5������$����� ��� �������������� ������ ����������� �����I� ���()

������I� ��� ��������!�������+������!��!��������*�����)

�������������� �!!��+��&�!&�������������)

+!�*������ � ��%���������������������� � �� �� �������� ���)

�+�� �����!������*��������������I� ���������������������)

��������������

�� ��� � ���� ������������ � �����������������������!� �� ��!� ����� �� ��� ����� ��������������������� �� 1����������I� ����)�� ���� ������N������������!� "� ��������� �� ���������� ��*���� ������������#� � ��������������!����I� ���������������!� �� ��!)��������������� � �!��� ������������Wash�*� ��Recovery �� �������������I� ����*�� ������Fractions����Recover)���� ��������� ������ ����� �&��"�!���*�!!��� ������� �������� �������!����!�&������ �� ����� �&��"� ���*�!!�����!� ���*� ����� ���-��D!�������)

System specifications_______________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

_______________________________________________________________Application guidelines

������������ ����� ��������� ���

B. Application guidelines

�������������������� ������ !���� ��!����������"������ ����� ������#�����������$������ ������ �#� "��!���� ���� ���%������������ �� ����������������� ��&�������������������! �����" ������������� ���� ����'�����&����$ ������ �������������!���#���������� ���$ ��� !��� � �� ���� �� !��&���'�(!����!� �����#�������������������&���� ������� !����� � ��&��������&������������%�������� ��� !������� ��� �����&��� " ������ ���� ������ �� ����'

)������ !������������ �����������&������ ������ ������$ ������ ��!����!��!������ �#� "������*�����'�+� !���� ����� ����� ����%��������������������"��� �� ����� �#����� ����������� �����,����#��������'�������������%�!���#��%� !� ���� �� ���� �����������������#�� !������ ���&������ �#� "��&� !����� ����� %������������#�&���"����*�� ������� ���� !�� ��$ ����#�� �������&��$ ������ �� ����� ���'

(!�������&�� �����!��!���"��� ��&������ !������ �������������� ��&�� ���� ���� ���������������� ��������'�-������������&� !����&�� ������"���������#�� �&��������� ���� ����%��� ���������� !��� ���� ��� �� ���������$ ������ �������� ����'

•�-�� ������ ������%��'�'����� �����&���� ����"���$������ !���&&����� !���� ���� ���� ����������)����� ������ '�(!������������.����"� !��)������ ��� ����������/�� ���� ��!��*��%��� ���� ���� ������� ���������� ����&������ ������ ���� ����'�(!���&&�� ���&���� ����� ���������������� �� ������-�� �����'0'1'

•��������&��� �#������$��&&�� �%��'�'���&&�����������������&��� �#������$�� �������� �����������������&&��'��&� !����� ���!�����!��!����&��� �#������$� !��� !����&&��%� !����������#���� ��� �#����� �������������/�� �����!��!���"���������������������#�� '������� �#�������&&�� ���"����#�����"����������������'�����������&��������� ��� ����!�� �� ��������.�� !���&&�� ���&��������&��� �#������$�!�����'

•�2���� ����&����&&�� �%��'�'����� � �������� !���� ���&� ���� �� ��&����" ���� �������������� �������� !����������!� ����&���'�(!����&&�� ���������� ������� ������ ������������� ���� ����������������������� �� ��������"��3���� !������ ���� �������������%��!� ��45'

•�2� ��$��&&�� �%��'�'��!����������$ ��������&� !����$ ������ ��$���� !���������!� ����&�������������� ��&��!��������� ������������ ���� !'

B.1 General considerations

Application guidelines _______________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

(!���&&�� ��&� !����#���� ��������������"���������� ������&������� ���� ����%��� ���"���������&���� �����$ ������ ���!����!��!�� ����� �#� "������*�����'�2� ��$��&&�� ����"�!�#�� �������� �� ���������&������������3&����'�'��������!��������� ������������ ���� !5 ������ �������#���!�����3��������!���������&����$�� ���&���������������� ������ !��$ ���������� ����5'�2� ��$��&&�� �������������"����� �"����� ��� �� !������������� �� �����&���������.���������%�� !����� ����&&�� ��� �!��!��������� �� ����'

•����&���� �������!��������� !����������.��������������� ����&����!�����������&&������ ��� ���'�(!�����!��������"������������ ��$�&&�� �%��� �������������"��!��������� !����������� !��� !������ !���$ ������ ��$'

•�-�� ����� �� ������ �����&���������������� ��!������� ���� ����%��������������&����������&�������� �#������ ������������� �'

•�����"��#����&���� ����� �������/�� ����%��� �����#���������� ����&���������'

•�,���� ������������&�����" �� �� !�����&����3��#������&����� ��� �#��������5���� �� !���� ���� ���� ����������)���!������������3����� ��������� ����� �� ���5'

•�(�� ��� �������& %��!��!���"��������������������� �������������� �����#�� �'

� ���� ������������������"���#������� �� ������� �%��� !�����&���� �"���&&���� ���*������� ������$ ������ ���������6

•�� ���� ��������"����������� �#����� �������#���'���������������� �����!�����&���� !����/�� ���%����� !����� �������#���������������� ��&�$��� ������ !��������������& ��� !����/�� ���'��$�� �����&� !�� " ���&�� ���� ��������� � � ���� ���%����� �&��� �����&�������� �� ������������"������� �� ��������"�'�)��� !����� ���� ����%��� ������ �������� � !���������������������&� !����/�� �������������"������#�� '��&� !������ �#����� �������#��������������������& ��� !���/�� ����3�������� �����&�����������" ��&���� !�����&�����������5%�������&��� �#������$��&&�� ������������� ��'�2���� ����&����&&�� �������������"������#�� ����&��� !��� " ���&�����"'

•�� ���� ��������"����������������� ��&��� ���� ������ ��%� " �����"�� ������ �����&����� ��� ����� ����&��� !���� ���� ���������������� ��&��'�'���."�� ����� �#� "'�����%���� ������ �����������������&��� �#������$��&&�� ���!����������������������!���� �������%������ !�����&&�� ����������������� ����������������������� �����#�� �'2���� ����&������� � ��������������������%��$�� ������ ������������� �� �������������� %��!��������� ����&������� � �����������#�� ����3���� !������ ���� �������������%��!� ���45'

����"��#������������ ���&�������������������������������� !� " ����&� ���� ���'

B.2 Types of application

_______________________________________________________________Application guidelines

������������ ����� ��������� ��1

)������ � ��&�������%�����"����������"��������� ��� �������%��'�'�������� !������ �������&����� ���� ������.����'�(!�����������������&���� ��������������� !����������.�����3�'�'���*�����"� �����!�� � !�������&����!��"���5��!��!�!�� � ���������!��!� ��&������������!��!����������"��������������������������� ���'�)����$�� ��%�� ����� ����� ����������������&���/�� ������������������������������������������� ���%� !����"�������� !���� ��� ��������������� ������ ��������!��� !����"���'

������� ���%��� ��� ������ ���� ��#��������������� �� �������� � �����&� !�����%������� !���� !��������.���� �� �� ������#����� !� !������� �&���'

,������������� ����&�����#��� ��� �����%� �� ������������.� �������� ����%����������#������������'

2�� ��&� !������������ ������������������ !� �����"������� ��&�������������� !������ ���'

(!���� �&�� ����������������&�"����#���������������#�� �������� ���� ����"���� �������� �����$ ������ ���������������� ����� �'����#��%���� ��!����������"�����������������&&����� �����&����� ����&�������������� �����$ ������ �'

B.4.1 Gradient surfaces�"���������.������&&���� ���#�����&�������������#�����&�������������� !������"����� !���� ���� �����&�����" ����������������/�� �����#���������&����%������������� ���������������������� ������� ���� ������ ��&&���� ������������� ���'�����������&�&���������� �� �������� !�����"�����&������ ������������������� ��3� ����� ��� �"���� � �������� ����&��������� !�����&������������� ��������� ����� !��&���������5'

7������ ����&������������&������ ������ �$ �6

•����� ���.���� !�������������� "�&������� ������������� ������� !������"���'����������&������������� ���������������������� !�����������/�� �����&�����" �%���#������� ������� ���'

•���������������� ���� ������� !�������������������! �����" �����������������'�(!���������&���� !������ ���� ���������& ������������"��������&��� �#������$��&&�� �%��� !����������� !����� ������������������������ !�������� ���������������� ��������#��"��� ��'��� ��������&� !����� ������ ���&&���� ������������� ���������� ������!��� ������������������������&��� �#������$��&&�� �%������

B.3 Manual versus automated operation

B.4 Special features of BIACORE 2000

Application guidelines _______________________________________________________________

��8 ������������ ����� ���������

!��&������#�������� !� !�������������� "��!���� !���� �����"��� ������������ �� �������� ������� !���������&���&���!��������,'��� �������������&������������!���������������� �������& ����&&���� ����������&�������#���� �������� !����� ������� ������ ��� ����� �����/�� ����'�(!�������&���������� ����&���� ���� ��#� !���� �� �������� ������������������ ���� ����9� ��1:�&�������������'

B.4.2 In-line reference cell(!�����&�����������&������������� ��#��������&����������������� ��!����������"���'�(!�����&���������"�����������������&�������� �����&��������&��� �#������$��&&�� �%� �� ��� �������& %������ ���&������������ �%������;&��� �����������<������� ��������� ��� �� �������&�� �����&� !����������������� ���� ����������� �����'�����������&���������� ��� ���� ��#���������� ���� ��"��&� !�������������� �������� �'�-���-�� �����'0'0�&��� ��� �������������� �����������������&������������'

B.5.1 Sample preparation��� �� ������ !������" ����� ��%� �"� ��������� !����&&��������� ������� �����������������&&������ ��� ����������!���� �������'=�&&�������������&��� �#������$���#��������&&�� ���!��!�������������� ������������#�� �'�=�&&����������� ������������� ���� !�������#��� ��$��&&�� ���!��!���"� ����&������������ ��!����� ��� �����.�'�(!��$ �� ��&��� ��$��&&�� ��3�&���"5������#��"��� !� !���� ������������� �&� !����������.���������'

�&� !����� ������ ��������� �#������!������ ����� ���������������� �� ���%����� !������������� �� ���� �� !������������&&��'

�&���&&�������������� ��� ������ �������� �����������������&&������� �����#������������ ��$��&&�� ��������� �� ���3�������������� �#��"����� �������& ���� !��������5%�����������WAIT������������� !��APROG ���������������� �����.� ���'�>�����"��������������&������������ ���� ���� ��&��� !���� ��$��&&�� �'�������"%� !����&�������������!������� ��������� �������������������.���� � !���������#������ !�� ���������'�� ����� !���������&&���� � ����� ���� ��&���"�&����� ��$��&&�� �����������&������������������ !���$ �� ������� ���&��� ��$��&&�� ���������� �#�� �� !������� ��&���������.����� �����'

)������ ���� !� ����������� �&������� �#��"������ �������3?��!5���� !��� ���� ���%������� ���#����� ��������� ���� !���� ����#� ��� ��������������� ����������� !��#�����3 �� �������"��&� !���� ���� �������������������5'

B.5 Experimental considerations

_______________________________________________________________Application guidelines

������������ ����� ��������� ��0

B.5.2 Ligand immobilization

��������������� �������

(!��� �������#����&���������.������������ �������� !�� �� �����&� !�����"���'�����������%����� !������� ��������������#���&������� �������"��� ��������.�� !���&&�� ��&������ ����&������� � ����'�)��������� �� ������������� %� !��� ��������������#�������& ������� ��� �� !����*������"�������������&� !������"'�-������� ���� �������������%��!� ���0�����4�&���&�� !����� ����'

�� ���������� ��������� �

7������ ����&�����&������ ��!������� ���� ���������������#����� �" �� ������"�������#����������� �� � �����&����� !��� !�����&����� �#� ����� � ���� !������������������ � '�(!���!������&��!��!�� � � �#��"�������� ������� !���!���� ���� �����&� !����������.� ��� ��������6��� !�� ���������������� ����%�#��"���� !�����&����� �#� ���� ���������������"�������������&������ �������� !������� �&���������.���������'

� �����&������ ��%���� ����� �� ������ �����&�������������������������&���� '�)������ ����&��@�A�������!��!������������������������.� �������������������� ��������.����� ����� �� ���'

��������� ����&�������� ���������#����������� �� � �������� !���������.� ���� ���������!��� !��!��!�� �������������� �� ������� !�&��� �&��������'�� ���"������ !� � !��������������#� �� !�� ��������&��� ����� �� ����&������� ������������� �%��!���������� ������������&� !������" �������� �� ���������*�����'�����#��%����� ������������ ������!��!�&������ ��������������������#���%���� !� ���� ���� �� ������������"��� ������'��&�"��������� � ������ ����������� ���&������ !� !������� ���������.� ������#������� !��&��� �����%� ��&��� !����������.� ����������!�&����������� ��� ��"'

������������ � ����������������������� ������������

2�� ��!������� ���� �������"��������������� !���&&���� ����������������.��������&&���� �&���������%�&������� ��������� � �������" �������� ��$���� ���'���� �� ���������&������&� !�������%�� ��������� ���� ��#������� ����� �����&� !�����&�����&�����&����������� !��������&������ !���&��������'�(!�����&������!�������� �� ���������� ��� ���"����3�� !�������������������� ��� ��APROG��������� !��5%� !���� ��� ����������� ������������ ������"����������������� ������"��#��'���

����� ��������� � ���� ����� ����������������������� �������

���� ���������� ���� ����������� ���� ������� ���� � ���������

� ����� ���������� ���� �� ����� ��� � �������������������

�������� ������������ �� �������� ��� ����������!��� �� ���

�� ������������������������������ �� ��������������������

��� ��� �"#$� �� �������������� ������� ������"#$%&'(�� ��

������� ����

Application guidelines _______________________________________________________________

��4 ������������ ����� ���������

B.5.3 Flow rate(!��&������ ����&����������� ��������� ���%���� ������ �������� � !��������������������&� !����/�� ���%���� ����� �� ����������� !���/�� ������������� ����&����&�����" �� �� !�����&���'�(!��� �����&����� �������&��� �����&� !���� !����&�� �������������� ���'�����������6

•�,���!��!�&������ ���3?1�@�A���5�&������� ����$ ������ �� ����������� ����� �� ������������� ����&������� � ����'

•�,��������� ��&������ ���30��@�A���5�&�����������.� ��������&������"����������������� �#����� �������#���� ������������ �������� ���'

•�)������ ��!����������"���%�����!��!���&������ ��� !���&��� !������� ���������������!������� ���� ���%� ��������.����� ����� ������������� �� �����&&�� �'

•���������� !� �"��������!����� !��&������ ���������������3�� !�������������� !������ ������5��&���&&���� � �� ���&� !������!�#���&&���� �&������ ����*������� �'

$���� �����������

(!���� ���������&�� ���������"���/�� ���� �� ��������� !����� �� � ����&���� ����� !� !�����&���%��� ���������"� !����/�� ���#��������#�����"� !��&������ �'��&���� ���������� ���%�������&������ ����"�!�#�� ��������� ����!��#�� !����*��������� �� � ���'�+!����#�������� "��&���� ������� ���� ����%�!���#��%���� ��������� �����������������"��������� �������� !��&������ ���!���������!������� !���� �� � �� !�� !���&�� ��������������!���'�� ������������"��� ��� ������ �� !����� �������������������#����������!��!�&������ �� !��� ��������!��!������ �� ��������������&������ �'

$���� ���� ����

-�� ������ ���������&���� ����$������ �������� ���������&&���� � !��������������������&� !����/�� ���'�(!�������&����������� ���� ��� ������ ���&������&&���������.������ ���������� !���� ���� ���� ������������ ������ %����� !����������&� !���)��������.������#�� �#���$����� � !����������������������/�� ���'������ ��������� ��&��� ����������!���#������#�������%�������"���������&���� ���� ���� ������!��!���������&�� ����������� ��'�=�� ������������� � �����"���&���������"� !����������&����������� �%��!��!���&&����� �������&&���� ���/�� �������������3����-�� ����8'8'45'

=�� ���������"���������������� ������&� !��&��� �����������&���� ���������� ������ � !���������������������&������/�� �����&������ ����� !��!��!���&��� �#������$�3�'�'���"����������������5'����������&���� ����������������� �!��!���&������ ���3����)������0��5'

_______________________________________________________________Application guidelines

������������ ����� ��������� ��:

10000

8000

7000

9000

Response(RU)

0 10 20 30 40 50

t ime (s)

Rise t ime Fal l t ime

Figure 5-1. Illustration of sample dispersion. The values indicate the extentof dispersion that can be expected for an injection of sucrose at differentflow rates.

(!���&&�� ���&���� ������ �����������������&��� �#������$��!������������������� ����������������������� �����#�� ��� � !��������������������&� !����/�� ������� �� �#��"'�����������%� !���� ������ �� ����������� !���!�����&������&&��� ����� ��������� �������!��������� ����� �� �����&�� ��� !��� !���� ���� ������ ������ �� �&���������������� ������������ �'�(" �����"%� !�������� �� ��������!���BBC��&� !�� ���� #�������� !��&��� �&����������� !�����#�������&����� �'0�@�%���� !� � !���� ����� ����������������� ����������� ���&������ ���&��0�@�A���'������ �������"�&�� ����#�� ����������� �� ���� �!��!���&������ ��'������ ��!������� ���� ����%� !�����������&���� ������������������� !���� ��&���������%�����&������ ����&�1�@�A�������!��!�������������������&������ ���� ���� ����������� � ������&����'

-�� ������ ������������� ������"�#������.������ ������&���� �� �����&����&��� �#������$� ����%��� �� ������ �� �� � �������.�� !� ���� �������&&�� ������ ����� ��#����&� !����&��� �#������$������ �!����� ������&&���������� ��'��������&��� �#������$��!��������"� ��#�� ��� �����������#�� ��&����������#���������� !������������'�� ����� ����� �� �� �!���#������ !���&&�� ��&���� ������ ���������� !������" ������� �� ����� � !���������������������&� !����/�� ���%��!��!������� �� � !���� ���������������� �����"��&&�� ��������" �������� �� ���'

$���� �� �� ���

=� �� �����&�����" ��&���� !����� ������ !��&���������������������&���� � �����&������ �������!��!����&�������������� ��� ���'�=� �� ��������������� �!��!���&������ ��6��� !���� �������&����� �1�@�A���� !���� ������ !��&�������������� �����!���� ��$��� ��"��� ����A������'����������������������%���� ����� �� ����&����������" ���&��������������! �0%���� ����������� ��$�����8C� ���&���������� �1�@�A��'

Application guidelines _______________________________________________________________

��D ������������ ����� ���������

-�� ����� �� ������������"��� ������������������!������� ���� ����%�� ���"���������&���� ������� ��!����������"�����!���� !����� �� �������#�����#�����&���������������������� !� !���������������������.��'�����������%�����&������ ������#���@�A����&����� ��!������� ���� ����� ��������.�� !����&&�� '�-�� ���� �� ������ �� �� ������ �� ( )flow −2

3 '

)���������� �� �� ���

(!���� ���������&������#����� ���� ������ ����������� ����&����&����" �� �� !�����&������������ ��$�*��� �����!��!����������������������� ������� !����� ��!�����"���������%��!� ���0'���������������������6

•�)������� ���� ���� ������!��������� ����&������� � ��������� ����������.��%����������������������� "����� !��!��!�� �&������ �� !� ��������� �� ��� !����������������� ��������� ���'

•�)��������� �� ��������"���!��������� ����&������� � �����������������%��������!��!������������� "�������&������ �� !� ���#������� ����&������� ����������'�(!������"������ !���������� ����� ��&�������!������������������ �#� "%����� !���"���������������������� ����������� �"��"�#��"���� !����� �� � ���'

9� �� !� � !���&&�� ��&�&������ ���������� ����&���������� �#��"�������3���&����������������&������ ����#�������! �"������ !������&�������������������� ����&����� �5'�2�����.���������������� "���� !����� ��&&�� �#���"��&��������������� ����&������� � ����'

*�� ������� ������

=�������$ ������� ��� ����� �����&������ ���3E�0�@�A���5%��������������"���#��� ���� �� � �����������)���!������'�(!��� ��������������#� ����"��� �� ���� �� ��� ��������#������� �� ��� ���'���� !���������� ����Prime����Flush� ��������������������&���� !���"� ���& ��� ���������� ��� ����� �����&������ ��'�(!�� ���������������������� �!��!���&������ ��'�-���-�� ����D''�&���&�� !����� ������&!��� ��������.�� ���������� !������������'

B.5.4 Injection techniques����������&&�������������&�� ���� ��������� �����/�� ����������������������������-�� ����8'8'4'�(!���������������&&������� ��� "�3BIGINJECT5%�&��� ������ "�3COINJECT5����� !�����������& �� ��� ���� ����������/�� ���� ��&��������3QUICKINJECT%�KINJECT5',��� !���������� !� ���� ���� �� ��"����� ���� ���'

_______________________________________________________________Application guidelines

������������ ����� ��������� ��B

�� ��������� ���� �����

=���������� !��%���/�� ��������� �� ���������������� !���� ���� �������#�������%��#����&� !����/�� ������� ����� ��� �� �� ����� ��� ��� '�)���$�� ��%���� !���F��7������� !����/�� ������������������������������� !���F��7�� �� �%��� ����������������� � ���������� ��'

DEFINE APROG analyse FLOW 30 10:00 INJECT r1a1 30END

)���� ���� �������*�������!��!���/�� ���� ��&��������3������� ����� ������5� !�����������������#�� ���������� !����� ������ ����� !��� ���� ���� ������&������� ������� ���������� ������ �������������������'�(���#���� !��%� ��������� ������� ��������� ���� �����#�� 3�'�'����!� !���)���!������5�/�� ���&���� !����/�� ���6

DEFINE APROG analyse FLOW 30 10:00 WASH s INJECT r1a1 30END

+� !� !������� ��� ���%� !����/�� ����������� ���� �� ������� ��� !����!������� �� �'�(������� �����&� !���� ������/�� ����� �� �������� �������3 !����/�� ���������� �� �� ������� ���G� ����&������!�G� ���&��� �� ������ !����/�� 5%��� � !������������ �����&� !����� ������ !��� ���� ���� ����������� �����!�� ���� �������'�,��� !���#�� ����� ��� ������� !���� ���� �����&���/�� ����� �� '

9� �6 �� �����RPOINT�������������� ���������&��� !��� �� ���%������RPOINT�������� ����� "� !���� ���� �������� !���/�� ������������ �� ������ � !�������������&� !��APROG'

B.5.5 Using a reference cell2�� ��!�������� �� �������������������������������� �������������������������&������%� ����� ���� ��&����������&��� �#������$��&&�� �%����� ���&������������ �'��������������� ���� ������� !�����&����������� ����� ���� ��&����� �&�� �%������ !��&������������������ ������������6

•�,������������/���� � �� !������������������������&������'���/�� � !� �����$����&� !����&������������������ ������������� !� !����� ��������������#���� ���'��(!������"��� �������/���� ���������� !������� �������� ����� ��'1�@����*����3���������� ���@�A���5'

•��&� �������%���������.����;��� ���<������������� !����&������������� !���������#��������� !����� �������'��!������������������ !��������

Application guidelines _______________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

��������������! ������!������!���� ���� ���� �� !��������'�(!�������!�� ���������� !����&������������ ����� ���� ��&����� ��$��&&�� �'

B.5.6 Reducing carry-over(!�� ����;����"��#��<���������������������� � �� ������ �&�� �6

•� ����&����&���� ����� �������������#����/�� ����'

•� ����&����&���� ��������&&����� �������&&���� �#����'

•� ����&����&���� ����� �����&���������'

•� ����� �� ���������� �����&� !�����&���'

•� ���������&���� ������ ��&�������&�������� !����*����!���������"� ��'

����������%� !��&��� �&�������"�����"������� !����������&����������������� �#�� ������"��#�������;�����"��&&�� �<� !����� ����"������!�� !�����&����!���� �����.��'�� �����& �����#�� ������� ���������������������������"�����"�����3��� �� ���"����������������������� ����H������&&������ ������&���� ����&���� ������#�������5��& ��� �� ��������������&���'

(������� �� �� ���� �����

(!�����"�������������"� !�������� ��!������&���/�� ������������3�'�'����� �����QUICKINJECT��&��#���������&�����"��#����������� ���5'����"��#������ !���� ���� �������������"����&�� !������������"������ !��DIPNEEDLE����������� �������/�� ����'�(��������� ������"��#����������&���������������� ������ !���)���!������%�����������EXTRACLEAN����������& ������!���/�� ���'

(������� �� �� �������������������������� �

���� ���� ����� !� � ��&�������"���/�� �����&���� !�������#���%������ ����� ���#��������� ��&������DIPNEEDLE������#������� ������� !���� �����&&�����&�������!���/�� ���'

(������� �� �� �������� ���

(!��&������������� !������������)�������� � !"������"��� ��� ���"�#��#�������� !������%���� !� ���� ������/�� ����#�������� ��������� �����&����������������������"���&&������ �� !����/���� �&��������'�)������������������3E������ ���5%����� ��C�����"��#���!������������#����& ���1����� ��'���#������������������ �������"�������&��������������������� !���������&&���������� �� �'�(��������.�� !��&&�� ��&� !�����&&�����6

•�=���� �����#����������� �� � ������/�� ������� !������ !���1���� �����&&������������� �� � ������ �������/���� ������'

_______________________________________________________________Application guidelines

������������ ����� ��������� ����

•������������EXTRACLEAN�����������&�����!������� !��&���� � !� ����!������ ������ ����� ��&� !�������� �����!��������� �����&��������'

•��&�"�����������"���������$ ��� ������."�� ������� �������� !�����������&���%��#�����������&�������������"�����!���� !����/���� �&�������������!�����."�������� �#���� ��������������.��'�� ����#��"���&&���� � �������� ����&&�������&��� �#����#�����&���."����� �������/���� �&��������'

•���� ��������������������3�'�'�� !���������� !�������!���������������� �� ����5�� ���� ����&&����*�� �������"��� �����&���������'�=��� �����!��!��������� �� ����� !�����������"��&������������������! ���� �����'�+������� �������������� ��!������ ���� ������!��������� �#����������3�'�'��� ���� ��� ������!��!���"�������� ����"�� !����5�������������.��������#������!��������� ����".�����������!������� ��� ���'

(������� �� �� ������ �

����" ������"��#����� ���������"�����"�������������"������� ������&&����� ��������� �����&� !�����&���%����������������"���� ��� ��� ��������!�����"� ��!��*����&��������� �� �������������� '�9� �� !� ������ �� �������������� �� ��&����������������� ����&������� �������� ���������������� �#�� �� !������� ��&���������������� !���&����� ��&&�� ����"������������ ���&�����"��#����� ������"����'�� ���.� !���������� ��������� ����� ��������.������"��#���3���� !����� ���� �������������%��!� ���5'

(������� ��������+(������ ��

��� ������� ������ ���� ��������� �� !���)���!���������������������� ���������*��� ���/�� ����'������$�� ������&����������%��!��!������������������������ ���� �� �����'��&�"������ �� � !� �����"��#��&���� !�� ���������A����)���!������������ ������%����!� !���)���� !��WASH i������������� !���������WAIT��������� ����������&&���&����� ��� !��������������� ������& ����$ ������ �� !����� ��������*��� ���'����Desorb�� ����� ��#��"�������&��������������&������� ���������� �� !���)�������������� ��&������ !�����"���'

����������������"��#���&���� !���)���!������%� ��������& ��������� �� �� � !��� !�����!����#�����%�������������#����� �����������!�� �� ����!���� ���� ����� �'������&��� �� ��&�����"��#�����������������I.������/�� ���I%��'�'������ ���� ���� ����&���������/�� �����������&&������ �����&���� ��6

DEFINE APROG zero_inject FLOW 30 WASH n !wash needle TRANSFER B r1a1 450 ! 'B' is buffer INJECT r1a1 30END

Application guidelines _______________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

,���������������#������ !����� ���&��� !�� ����&���������/�� � ��� ���'+� !� !"�������������� ������� �� ������� !����&&��%������ ������&���� ����,�&������.������/�� ��������� ���������%����������� ������ ����� ��� ��� ����� !��������'

B.5.7 Temperature changes�� ���������� �� ��� ��������������&�0J�� ��������� ���!���� �� �����.�'�(!���*������� ���� ����&������������"� !��������� ��#�����"��������!� �������%������� ������������� !�������� � �� ��� ���'����������� !�� �� ��� �������#�������� ����������� ���������� !&���� �����&���������������������� !����&&���&���%� �� �������"�� ?1J�'������������������������ ���6

•�)��� �� ��� ������ ��������� ������������������ %�� �� �� � !������ � �� ��� ���� ��������.���*������� ���� ���'

•�)��� �� ��� ������ ��������� ���������#�������� %���������&&�� !�����!�"���&������������� �� �� � !��!��!�� � �� ��� ���� �������.������������� �������'

(!��TEMP���������������� !���������� !���"� ��� ����� ��� ��� !� �� ��� �������� �������&������� ������� !������"���'�(!��TEMP���������������"������������ !��MAIN�������������� !��%���� !� �� ��� �����!�������������"���� ������������ ������"����'�(!�&������ ������� � �����"� !���"� ����� ������"����'

)������ ������ ����������RINSE����PRIME�����NORMALIZE������ �"��& �� !��TEMP��������� ��������������������&���� !��&�����"� �������������.�� !������������ ����'

�&�����������������& ������ �� �� �&��� !��� ���� ���%����������� ����WASH���������� � !�������������&� !��APROG� ��������&��� �����.� �����&� !���������� � !������&������ �'

(!���$�� �������������� �� ��� !����&�� ������������ !���&�� �� ��� ������ ������������"���������������!����������'�9� �� !� � !�MAIN������������������PRIME��������� �������� !���"� ��� !�����!�"������NORMALIZE��������� ������ � !���� �� ���� ����!���� �� ��� ���'��"�� �� ���� !���� !����� !� !���� �� ��� �� ��� ��������� �� !���� ����&��� !��&��� ��"���%� !�� �� ��� �����*������� �������"���&���� !��&��� ��"�������������.��'

(!���� !������������ ��&�NORMALIZE�&����'

DEFINE APROG analyse FLOW 25 10:00 WASH s ! 10 minutes stabilization ...END

_______________________________________________________________Application guidelines

������������ ����� ��������� ���1

DEFINE LOOP temp_series LPARAM %degrees TIMES 1 5 10 15 ...END

MAIN ! Start method at 5°C or below LOOP temp_series STEP TEMP %degrees PRIME NORMALIZE r2f1 ! glycerol position APROG analyse ENDLOOPEND

B.5.8 Regeneration�&&�� �#���������� ���������������"� ��������� ������"��#����&�����" ��� ���������"�����"����'��������� ������������� ��������������������� !������ ���� �������������%��!� ���'

+� !� !����� ��!�������)������ ��� ���������������%�� ����� �� �� � �����!� !���)���!������� !�����!�"��& ����������� ���%� ��#��������"��#����&��������� �������� ���� �� !����$ ���/�� ���'�(�� ����� ��������������������6

•�F����� !���������� ������/�� ������� ���� !��APROG%���� !� � !��� ��� ��������������� ������ � !�������&����!��"�������!��� ���"����������������� �������� ���'

•������������EXTRACLEAN����������& ��� !���������� ������/�� ���&��������������� "'�(!������ �� �������"��� �� �� ��&� !���� ���� ���������� �������������� �#�� ������������ �� ������&��������� ������� ���'

�&�����"��#����&��������� �������� ������ ������"���������� ����� �� ����������� � ���&� !���� ����� ����%�����������PRIME������������ !�MAIN�������/�� ���&�������!�APROG'

��������� !� ��������� �������� ������������������� �#��"�������� ��$�&&�� ����� !������������&���%��!��!�����������������������& �� � !������������&����!��"���'��� ���������WAIT���������� � !������������&� !��APROG� ������������������ �����.� �����&� !�������� ������'

Application guidelines _______________________________________________________________

���8 ������������ ����� ���������

B.5.9 Washing the liquid handling system=�������������� ��� ���%� !����*����!���������"� ���������!���� ��� �����"�� � !�������&����!��"�����!���� !���� ���� �����������')���!��!� ��&������������%� !������������������&����� ���������!���&����� ���6

•�WASH n����!��� !���� ���� ����������'

•�WASH s����!��� !����/�� �����!��������� !���)�'

•�WASH l����!��� !����� ������ �3���"�����#�� ��� !�COINJECT5'

•�WASH f����!��� !��&����������������� !���)�'

•�WASH i����!��� !����/�� �����!�����%���� ������ �����&���������������� !���)�'�(!�� ��������&����!���� !��&����������������"������������������ ��������'

•�FLUSH�����PRIME����!� !�� �� � �����������)���!�������� ���!��!&������ �'�(!�������!�� � ������#�������������� �� ������ !���"� ��'

•�EXTRACLEAN� ��&������������ ���������!��&� !���)���!������������� ��"��& ��������/�� ����������"��������� ��������.������"��#����� �������/�� ����'

(!��WASH�����WASHREC������������������������ !������ !��MAIN���������������APROG�������� !��'�FLUSH�����PRIME���"����"�����������MAIN'�EXTRACLEAN���� ���� ������������� ��"��& ��������/�� ���������"����"���������������APROG'

________________________________________________________________Chemical resistance

������������ ����� ��������� ���

C. Chemical resistance andrecommended solutions

����������������� ������������ ������ �������!���� ����!������������������� �� �"� ����#� ����������������!!���������� � ����!������ ��� ����$

%�!� &��� ���� ����� ��!��� ���������� ����� ������������� ��"�'� ������� ����$

������� ������(�� �����#����������� ���� ��������� ���������������&���!�������� ������������� �)���"���������������!���������������*��"��� ������"�� ���� � �"���!����%�"���������� �������&)�% +����)�,�)�-%�$

Terminology����������������� �� � ������� ������������ ���� �� ����&� ��������&�����������"� �� &$

���������� �� ������������������������� �� ������� �����!������ ����������!� ���������� ����&���!!������#� ���#���$������ �������������(���!����!��� ����������������&���.�� ������!���� ��/��� �����!0���������!��� ����1���&�����������!������ ��0����� ��$

����������������� �� � ������� ���������� �������������!�������������������� ����� �$

%������ � ����������������� � �(� &�� �#��� �����!!�� ����� ��� �"������!���)�#������������������� �������! �� � �����"�����"��!�������&� �$�� ���������WAIT���������� � �����"�����"��!� ���APROG� ��� �#���� ����� ��� �2� �����!� ������������� ��$

Chemical resistance ________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

���� �� ���� �#� �� ��������!� ������ ���������� � ����������!�������������� ��� ���������!����$����� �� ����&�������������"�����!������"���!�� �������� ���������� ��� �� �������� �� ��$����� ����� ��������� ��� ���"���������� �� ����� ���� ����������!������ ��� �� ������� �"����� ���$

%�����"������!���"���������������� ���� �����"����� &������������$��#�(��)�!������������ ������� �� �������� ��34������ ���� �� ������ �� ������� ��34�������������������� ��� ���$

�������� ����������� � �������

��� ������� �4 ����� ����

��� ��� �� � /4 3$/ �� ��

����������� ��� � �, ��� ������

���2������� ���, 5$ ��� ������

���� ����!!�� ���, 6$/ ��� ������

�� ���������� $4 �� ��

�� ����� ��� $/4 �� ��

�� �� ����!!�� ���, 0$ ��� ������

*� �����& ��� � ������������������� �

���,7���, 6$6 �� ��

*,1 /4 �� ��

*,%� �4 ����� ����

*,%� /4 �� ��

*,%� �4 ��� ������

� ���� 34 �� ��

� ���� �4 ��� ������

� ���� �������&����� ������8��������&�������

��, 6$/ ��� ������

C.1 General chemical resistance

________________________________________________________________Chemical resistance

������������ ����� ��������� ��0

� �& ����" &�� /4 � �� ��

1���������� 34 �� ��

1�������� 94 ��� ������

1���������8��� ������ ��� �

/47�4 �� ��

1���������� 34 �� ��

:���� ���;�����<�%���!!��

$/47���, 3$/ ��� ������

: &������� �$/�, $/ �� ��

: &�����8 � ������ ��� �

$��,7$00�, $/ �� ��

: &�����8��������� �����

�$/�,70�, =$ ��� ������

: &���� �4 ����� ����>��"��(������ &?

: &���� /4 ��� ������

:���������&����� �����

5�, ��� ������

��%� 3$9 ��� ������

�&����� ��������� ���, �$ �� ��

��<�% ���, 3$/ ��� ������

��������������������������������������������������

;���������� &��(�� �� ���� � ����!������� �2� ���$�1� �#���� ��� ����!��������������������&� �������!�� ����$

�����,���<�%����3$9���� �����"�$�/�,�@�� )�0$9��,��*������$/4�(7(�%��!�� �� �<$%��!�� �� �<�������� &����� ���!���"��A�� � &������� &����������!������������ � �������$�� �����(�� �� ��!��������������$

Chemical resistance ________________________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

���������� �4 ����� ����

+� ����� ���& �� ��� �

$/4 ��� ������

,�% ���, 5$/ ��� ������

,� ���� �4 ����� ����

,� ���� /4 �� ��

<�������������� ���, �� ��

%��������� � ���!!��

���, 9$ ��� ������

%������������� � ���, �$ ��� ������

%�������� ����� ��, ��� ������

%�������&���"��������� �

���, =$ ��� ������

%�������&������� ���, �0$ �� ��

%�������&��������8��� ��� �� �

���,)�4 �� ��

%�������&������� $�, �0$ �� ��

%�������&���� ��� � /4 �� ��

%*%����#� �� $/4 �� ��

%����������� ��� � 5�, �� ��

-��� 6�, �� ��

________________________________________________________________Chemical resistance

������������ ����� ��������� ��/

������������!���!!����������������� ��� ��������������� ��������� ����!� ����� ���� �� ������#� �� ��������!� ������������ $��������� ��� �� ������� ����!���!!������� �� ��!�������#� ����������$���� �� ����&��������������"�����#��������"���"��� ����$

@� �B ��!!������� �����"�������&������������ ������(������!��� ������������ ��"����� ���$

�������� ������ �� ��� �� ����� ����

���% /��, 5$6 ��� ������

�*� /��, 5$5 ��� ������

����� � 8�@%8< 3/��,7��,7$/4

6$5 �� ��

��% /��, 3$� ��� ������

����@� /��, 6$0 ��� ������

��%����% /��, 5$/ ��� ������

��%����%�<��<�@� /��, =$ ��� ������

���� � ���, 6$6 ��� ������

��<% /��, �$9 ��� ������

���% /��, =$0 ��� ������

�� �� � /��, 0$ ��� ������

�<<% /��, 6$ ��� ������

: &���� /��, $0 �� ��

: &���� /��, =$5 ��� ������

��<�% /��, 3$/ ��� ������

,�% /��, 5$� ��� ������

,�<% /��, 3$ ��� ������

,�<%� /��, 5$= ��� ������

C.2 Buffer solutions

Chemical resistance ________________________________________________________________

��5 ������������ ����� ���������

<������ � /��, 3$/ ��� ������

<�<�% /��, 5$6 ��� ������

<�<%� /��, 3$6 ��� ������

��<% /��, 6$9 ��� ������

��<%� /��, 3$5 ��� ������

��* /��, 3$/ ��� ������

��% /��, 3$/ ��� ������

�����@� /��, 6$� ��� ������

���%��� 8�@%8< 3/��,7/��,7$/4

6$ ��� ������

���C,����%� /��, 6$� ��� ������

________________________________________________________________Chemical resistance

������������ ����� ��������� ��3

�������� ���� �� ����"����� ������ � �����#�������������� �� ��#� ���������$���"���� ��������� ��������� ������������#� ������� � �� ���������� ������� �����!� ��������� �2��� �"����>��������� ��� ��������������!���!�� ��������������?$

�������� ����������� � �������

��� ��� �� � /4 3$/ �� ��

��� ��� �� ������������&�������

47���, �$9 �� ��

�&����� ��������� ���, �$0 �� ��

� ���� 34 �� ��

� ���� /4 �� ��

� �& ����" &�� /4 � �� ��

1����������; 34 �� ��

: &���� �$/�, $/�0$/ �� ��

<�������������� ���, �� ��

%������������� � ��, ��$/ �� ��

%�������� ����� ��, ��� ������

%�������&���"��������� �

���, =$ ��� ������

%�������&������� /��, �� ��

%�������&��������8��������� �����

���,70�, �� ��

��������������������������������������������������

; 34�!�������������&������ (�� ���������"������� ����1�������� #� ������ ������� ���������A��� ���.�� ����$��!�!������������������!�����"����� ���)��������� ��#���� ����&� ����� � � ������� ������� �� ����!�������!�����"� ������ ���.�� ���$

C.3 Regeneration solutions

Chemical resistance ________________________________________________________________

��6 ������������ ����� ���������

%��� �2� �������� ��������!������!�������� ����� �����! ����������� ����!�� �� ��������!����� ����"� ����&� ��� �������� ���� ���� �"��# ������"�� ���"�$���������������!�� �� �#��������� ������ ��!!�� ���� �� &����!���� ����� ��"��� ���� �� �����$�����#���� �� � ������� �2� ���������������&���� ��&� ��������������$

�������� ����������� � �������

� ���� 34 �� ��

�� ���������� $4 �� ��

�� ����� ��� $/4 �� ��

:���� ��� $/4 �� ��

: &�����8� � ������ ��� �

$��,7$00�, $/ �� ��

%�������&������� $�, �0$ �� ��

%�������&���� ��� � /4 �� ��

C.4 Disinfectants

_______________________________________________________Status and event log messages

������������ ����� ��������� ���

D. Status and event log messages

�������� ������� ������� ���!�������"��##������� ���� � ���!����!����!�������$������%#���� �������������� ���&�'��(��)���� ������ �������Method running������� ���� ��&

Not Connected to Instrument�������� ������(� �����( !��������� ������� ��� �� ������ ����� &���������������(������������������$��� ���� �������(� �����( !���*����(������ ������� �� ���(���� ���+����!��,����-��� ���.���'�� ����/&�&0&

Instrument Offline������( !��������� ��# ��� �������� � �� ������ ����� ��� ����(�����&������ "#�����"���������(� ������ ����� ���� �������((���� ����������� ��������������� �#��#���"������� ��&������� ����!�������� ����������� ��� �����"��(� ������������ ���������������� �(���&

Instrument Disconnected������( !��������������� �����"���������� ���(���� ������ ����� ����!������ � �"� ���� �����������!������� ���&����������������"��������"�#������ �� ���������.���� 0������ ����(���� ��� ��������"�����)���������!�������(� ��� �������1�������� ����� &����������� �����������"�#���������"�����%#���� ��"������ ������������ ����%&

Performing Self Diagnostics���������� ���##�����!���� ������ ������( !�������� �� �������� ��������������� ����!� �� ������ ����� &

Instrument Self Diagnostics Failed2����� �����(���� ����� ���( !�����������(� ��� ������� �������� �� �� ��� ���#�� ���������� �(�����&��������"������������"���� ����� � �� �#�(����������3�����)�������� ����� ���( !���&�������( !���������������� ���� �� ������ ����� &

Initiating System+���������� ��������������� ���������������� ����� ���( !���)����� ��� �����( !���������� ���������������� � �� ��������� �"������ ������ ����� &��������� ������ �������������)���("�� � �� � ������!�������(� ��� ����.��� ���1�0�������#�����!� ����� ����� ���(� ��� ���&

Initialization failed������� ������( !������� ����4� ����(�����&�������( !����!������������ ��� �� ������ ����� *��� ��"� ������ ������"��������������&����#��������������������� �(�������������� �����(���� ����� ����� ��������&���������� ��!��������������#��"����� ��� ����( !������������������������� ��������������(���"���� ����4��&

D.1 Status window messages

Status and event log messages _______________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

�������� �����%#������ �������� ���!�������"������ �������� ����)�� �� &�-���� ���������� ��������#���� ����������&

Connection lost������ ��� �� � �������!��� ������ ����������������� ������ !��� ���1������ ������ ����� �!������ &

Data collection�������� ����� �������� ������ ������4�� � ����� ����� ��(� ���� �����"�������������������� ��������!���������� ������� ������� ������ �������$��� ��&

Data reduction in sensorgram������ ��� �� ��� ������� �������������������� ��������� ����(��� ����#���(����(��!�����&�'���'�� ����5&6�(�����������# �����(��� ������ ���&

Detection mode���� �(������� ���������� ����������� �� ��������&�7� �� �� � ����������#����� ��(� ���(��!�#� �&

Dilute: End������ ������#�� �����(������� ���#��� ���&

Dilute: Start������ ��� ���� �� ��(������� ���#��� ���&�����(����������� �� ��������������������� ��� ����#��� ������������������.�& &�Dilute: Start 30%RlA1+R1A2->R1A3������� ��� �� �#��� �������8�!������� �������% �����(�9�:��(��������������/�:��(�������0&

Dissociation: Ready������ ��� ��������(� ����������� ���� �����#���(���������KINJECT�������&

End OPERATION������ ������#�� �����(������;�� ������$��� ���(���� ������������ ������ ��(���*��������� � ���� ��� ����������#���� �����(����!�� �����;�� ���&�7� �� �� �End INJECT�������� ������� �� ��������(� ���� �������#�����;�� ����.����Inject: Ready0&

<Error messages>'�( !��������������������������� ����)�� ��� �!� �� ����##��#��� ���(���� ���&�������������� ���� ������ ����� ������#������������������� ����"��%� ������&�������������� ���� ������ ������( !������������������"��� �% ������ �&

Flow������ ��� ��������� �(��!��� ��(������ �������(��!&

D.2 Event log messages

_______________________________________________________Status and event log messages

������������ ����� ��������� ��8

Flow path������ ��� ��������� �(��!�#� �&�7� �� �� � �����������#����� ��(� ���� �� ��������&

Flowfill:Ready������ ��� ��������(���#��#���(�����#��� ���&�7������"�9�<���������( ���Flowfill:Start&

Flowfill:Start������ ��� ���� �� ��(���#��#���(�����#��� ���&

Fraction: Ready������ ��� ��������(��������� ���(��� ���&������� ����#����#��� ���(��� ���(��� ���������������&

Inject: Accumulated Volume�������� ����������� �����;�� ���)������(��������������;�� ���&���������� ����� ����� ���!����)��� ������#������������������ � �������(� �����;�� ���&

Inject: Ready������ ��� ��������(����#�����;�� �����)��� �������������(���&����)�������(����#�����;�� ��������������&����� "#���(���;�� �����������������������(�����;�� �����#��(��������������������� ���&

Inject: Start������ ��� ���� �� ��(����#�����;�� �����)��� �������������(���&����(��!������(���!����� �����;�� �����##����������� ����#����#��� ���(��� ������#���������������&�,�����)����������� �� � ������;�� ��������� �������������*����Inject: Start������ ������������������������������)��(��!����������!� ������� �� ���(��!�#� �&����� "#���(��;�� ������������������������(�����;�� �����#��(��������������������� ���&

Inject: Stop������ ��� �� ������;�� ����!���� �##����"� �������������������� ���&�����)�������(����#�����;�� ��������������&����� "#���(��;�� ������������������������(�����;�� �����#��(��������������������� ���&

Load Loop: End������ ������#�� �����(������#������� ��#��� ���&

Load Loop: Start������ ��� ���� �� ��(������#������� ��#��� ����.���������;�� ������"0&����������� �)������������ ����#����#��� ����������������.�& &�Load loop: Start 80 µl R1A10&

Status and event log messages _______________________________________________________

��/ ������������ ����� ���������

Low data quality������ �����!��� ��$���� "���� ��������� ����(���� ����#���(����(��!����&����������� ��������"����#��"������ ����% �������)�� ��� &

Mix: End������ ������#�� �����(�����%��#��� ���&

Mix: Start������ ��� ���� �� ��(�����%��#��� ���&�������%�� �)����������� ����#����#��� �����������������.�& &�Mix: Start 120 µl R1A10&

Normal data quality������ ��� �� ��� ��$���� "������� ������(������!� ������������ �������� ����(���� ����#���(����(��!�����&����������� ��������"���#��"������ ����% �������)�� ��� &

Run aborted������ ��� �� � ������������ ��� ��������"�#������ �� ���������.���'�� ����/&/&�/0&

Set temperature�������� �����$��� ����������� � ��#��� ����� � ��� ���� �����$��� �������&�7�������������� ������(� �����$��� ��� ��#��� ������� ���������� ����� ���� ��#��� ���&

Start <injection>������ ��� ���#��� �� �!����� ����������$��� ��������;�� ����������� ������������� ������ ��(���&����� "#���(���;�� ����������������������� �������� �&�7� �� �� �Start INJECT�������� ������� � ���� �� ��(� ����� �������#�����;�� ����.����Inject: Start0&

Temperature�������� ����� ������������ � ��#��� ����� � ����� ����� ���������(� ����� �����"�������������������� ���&

Temperature stable������ ��� �� � ����������� � ��#��� ���������������� ����&

Temperature unstable������ ��� �� � ����������� � ��#��� ������������������ ����&

Terminate run������ ��� �� � �������!��� ������ ������������� ��(������ �����( !���������&

Timestamp�������� ����� ������ ����� � ����� ����� ��(� ����� �����"������������������� ���&

Transfer: End������ ������#�� �����(��� ����(����#��� ���&

_______________________________________________________Status and event log messages

������������ ����� ��������� ��=

Transfer: Start������ ��� ���� �� ��(��� ����(����#��� ���&�����)������ ����(��������� ����������������� ��� ����#��� ������������������.�& &�Transfer:Start 80 µl R1A1->R1A20&

Wash: <item>������ ��� ���� �� ��(���!�����#��� ���&������ ��� �����!�����������������.�& &�Wash: Recovery R1A1������� ��� �� � �������)��"���#���!������!� ������ ����(����#��� ��������0&

Wash:Ready������ ��� ��������(���!�����#��� ���&

Status and event log messages _______________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-1

E. Writing BIACORE 2000methods

��� ����������������������������� ����������� ����� ������������������ ����� ����������� ���� ���� ����!������"� !#$�%������������&'��������� �����&���(������������������������ ���$

� ���'������� ���'� ) ����'��������*������ ��������������� ���*� ) ��� ��$������������ ����+�� ����������'���� ������ ���'������� ��,�����'�-� ����� ������ ���� ��'���) ����� ��''��������*��'����� ����������� ����� ���'$

!�.�����������������������'��� !��/���'�)�� �'*� �)".*����'���' ���'��������� �*������'���' ���'��� ���*'��'�����'����#$��'�������� ��� ����� ���'����� �� ����'����(���������� *����������.'� ���������� ��������'*� �)�����'��� ��� �� ����*���� ����������' ���� ���� ���$���� ��'���*��&������'���'�������' ���� � �������� �����' ��'����'�� ���'*� �� �����*�������� �� ���'$�� ���'��������*'����.�����'*� �)�����'������ �*�������$

%��'���� ���'����'����� ����� ��������������� ���'���� !$�����)�0���&��'�������������� ��� !$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-2 ������� 2��� Instrument Handbook

%��'�'� ������&�'� ����'����/����� '�������� ����� ���'���� !$����*�����������*���/���� ���� ������������� ����/�'� �'�������'�������������*���������� ��*��$����*��������� ���������������� ��� ������������� ��'�'� �����������*�1�� ��������*��� ���&�������*�����'����*����� ���'2

E.1.1 Language syntax�������'����� !����'�' ������������� � ������������������$

��������������'����������' ��� �*���������� �����������'�����'FLOW3� �*���' �����*'������ ���� ����������)�� �*��'�'������������)�0$�4*����'����������������� �*�'�������'���56�������7���������8������������� �����'�����$�4*����'������ ���������)�0��������'�� �'� ����� ��*� ����'�'������ � ����'��'������ ���'���'��� ��� �$

� � ����������&���'�������/�����*� ���� ������������������'�����'9:�9���� ��������� FLOW 30$������ �'�����*'�������� �.*��������� ���������� �������� �*���*$

+����������'���*���'����/���������*����������'�����'�9(�9���� ���������FLOW 30 -f�" ��'�� ���������'� ����������#$�� ���'������*�' ���������''��������*��'������ ���'$

���� ��&���'��������� �'�&��*����� �������� ��������'$+����������'����.�FLOW���/������������������� �3�� ��'���.�INJECT�" ���'� ���� ���� �'��������#��/�������� �'��������.��'� ����'������ �������������*��������$���� ��&���'����� ������ �'����������������������' ��������)�0$

�������������".*����'��� ������ �'#������� ������' ����� ���������������������� ������ ���*���� �����$�;��������&�����.����'�� ����������'����� ��������.'����*�����'�$,� ���������������.*����'��������� �'���' ���'��� ����������� ����*�� ���' ����'�(������9��� ('��9������� ��"�$$�'����� ����� ��������� �#$�� ���'��� ��� ���������*���� ('�������� �'�*����'$

E.1 Basic method programming

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-3

E.1.2 Constants and variables����� �'����&���'�'����� ���������'���'�)���������&$�� ��'��' ��� ����� ����&��� �'�&���'����� �*��'������'���������� �'/���'��'�����'�FLOW 30����INJECT r1a1 10$�%�'�&���'�������������� ���$

� ���'����������)�������� �� ���������'����' ���������' �� '$��&��������'������������������&������������'��''���������� ����&������ ������� ���� ) ���� ��� ���$�0�����' ����� ���������INJECT %sample %vol������%sample�����%vol����&������'��������<� ���&������������*� ��&��������� �*��''����� ��%vol����� ���'� ������� ������*� ��&��������� �*��''����� ��%sample$

� �� ����� ���

;�������'�*�����������'�����&������'���� �� ������������' ��� ���'3����'���*����� ��:�������� �'�������������� ������*��� ��"�����'�#�� �'��(7������(=�� ������ '��(>������ ��'���������� �'�?��@�����A$�-��'���*��� �������� �������� �������'���������� �$�-� � �� ����'���*��� ���� ����'��'$�6'����'���������� �'���' ������'��'�������'����.%mixing_position����%flow_rate$

��������.*����'����.�FLOW�����INJECT��'�������� ����'���'���'$

���'�������&� ���������������� ��'����������'� ��' �� �����&���������'��� ����'����������� ��'�����'�?$�%��'�'�&'� ������''3 ����'������'.� �� �*�������������'�.*����'�����&����������'�"��.*����'�������� ��?#������� ��'��'*� ��'������� �����������������'����&����������'$

E.1.3 Comments;���������������� '� ��*����� ���� �����*�������' ������� � ��'���� � ����$������ '������ ��������*����)����� �������."2#��������'�' �������������� �'������ ��)����� �������.� �� ������� �����$������ '���*������ ����� ��'��������'��������'������'��� ����'$

;���������'���'����)����� �������.� �����&��������' �������*��������� ���$������� �� ���� ���������� '�����"���� ������)�0����*������ � ������' ���� ��� ���'���� ���������������� ���'#3

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-4 ������� 2��� Instrument Handbook

...TRANSFER r2a1 r2b1 10MIX r2b1 200INJECT r2b1 25...

%���'���B��C��������'� �������B� ����B����)�������B��*��'��� ���������'�'��������C��� �����<� ��D�C�$

...TRANSFER r2a1 r2b1 10! MIX r2b1 200INJECT r2b1 25...

%���'���B��C��������'� �������B� ����B�� �����<� ��D�C�������� �*$%����E����������'������������ ������'��� ����$

����������� ����+�� ����� ���'������&������ ������������'��� �'� ���'����������$�%������D�����.� *'�������� ������������� ������� ��� ���3

����������� ��������

DEFINE ALERT F�&'� ���'���������� �� ����� ������ ���� ��� ���$

DEFINE APROG "����*'�'�������$#� ���'� ��'/��������� ���'��������������'��'�������'$��'�'��������'������ ����������*7�$

DEFINE LOOP ���'� ������ �'� �����'������ ��� ����� ���'������!��������.$

DEFINE MESSAGE �'��*'����''������ ��'���$

MAIN ���'� ��'/�����������.�)�� ��������� ���$

%��������������������.��'��������*���������� ������� ������..*�����������*����� �'� �� ���*����/����$�%���������������.��'���� ������*���������� ������� ��'�����.*����� END$����� ����������'���' ������ ���� ��������.'3����� �������'�� ����*����*�������� '����� *����'�� ��� ��END� ����� ����������.����� ������.�.*�����' �� ���� ���) $

%��MAIN�����.��'��/��������&�*�� �����������*����*����������$����� �������.'����� �������������*��������'����*� ��'��'�/����$� ����� �����.'���� ��'��� *������� ������*����'$

%��������������������.'������� �������� ������'��� ��� �$

E.2 Method blocks

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-5

%��'�'� ����'���'�*������� �����' ��� ������*�'����� ���'��'���� !�� ����&�*���������������� ����� �� ���'$�%��)���'�������)�������' �� ����� �� ���'��'��������������� !�������'$

E.3.1 The MAIN block%��MAIN�����.�����'� ��'/���������� ���'���� ������� ���$�%��'��'� �����*��/���������.������� ����������'� �����*����.���������*��� ����'������ �������$

%� MAIN�.*������'��� ����������*���*����� �'$�%�������� �MAIN�����.��'���� ������*� ��END�.*����$

��' ��������*�� ��MAIN�����.�����'���'��'����APROG'�"'�+� ����$:$�#����������' � � � ��5���*8���� ��� ���$�%��MAIN�����.������'��' � ��� � ������������ ������� ������� ������ ��APROG'�� �� ��DETECTION���������"'�+� �����$G���������� ���'#$

MAIN DETECTION 2 APROG immobEND

E.3.2 The analysis programThe DEFINE APROG block

������� � ���������� ��

%��'/���������� ���'���������*����'���� �������DEFINEAPROG�"�������������#�����.$���� ������*���� ������*���������DEFINE APROG�����.'$����������'���� ������*������/�����$

��&�*�'����)����' '� ��������� � �����C�H����������<� '����C�'����������'� �������B3

DEFINE APROG injection FLOW 20 INJECT r2a1 20END

���APROG��'����������� �� ���3�� ��'�)�� ������� ��MAIN����.��*���� ���� ����������APROG����������*� ����� ��*�������"'�+� �����$:$B#3

E.3 Constructing methods

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-6 ������� 2��� Instrument Handbook

MAIN DETECTION 1 APROG injectionEND

%������ �� �����'� �'� �������.'� �� ��3

DEFINE APROG injection FLOW 20 INJECT r2a1 20END

MAIN DETECTION 1 APROG injectionEND

-� � �� � ��DEFINE APROG�����.�' �� '��� ����FLOW���������� �' � ��������� $������APROG������������������� ��� ����������������������APROG�

�&�*�APROG�' �� '��� ������� ��� ������ �� ����'/���� �� ������' ����������������''��*�����' �� '�'�'�����������������������'�� ���� ����� ����'/���� �� ���'�'� ���� �'�������������0��������'������' '������0��&��&'$

��MAIN�����.�������������� �������APROG� ��������� �������*'�'�*��'$������APROG���'� '�����*������ ��� ������������ '����������'�'������'����������� ��� � �������$�%�)�����������������7'���������� �� ��'�'�������'�������'������������' �*�� �����<� '�����* �'�����&�� ���������'�����3

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-7

DEFINE APROG immob FLOW 10 DILUTE r1a1 r1a2 r1a3 50 !Mix EDC/NHS * INJECT r1a3 70 !Inject EDC/NHS -0:30 RPOINT Baseline -b DIPNEEDLE r1b1 !Ligand buffer INJECT r1b2 70 !Ligand * INJECT r1c1 70 !Deactivation EXTRACLEAN 8:00 RPOINT immob !ImmobilizedlevelEND

DEFINE APROG injection FLOW 20 INJECT r2a1 20END

MAIN DETECTION 1 !Sensorgram in flow cell 1 APROG immob APROG injectionEND

������ �� ����

%����.� ��APROG�������)�����*��������'�&������'���' ��������' �� �&���'�����$�$�'�����'� ���'�����&����'$�%��&������'����������*�&���'����� ��APROG��'��������������MAIN�����."'�����#$

%���'�&������'���� ��DEFINE APROG�����.��*�������� �����' �� ���� ��&���'��� ��&����������'$�� � ��'��� ����*�����' ��������������PARAM��������'������� �*��� �� ��DEFINE APROG����� �� ��� ��'�� ����������&����������'�*���������'���� �����*'�'�������$�0���)���3

DEFINE APROG injection PARAM %position %volume FLOW 20 INJECT %position %volumeEND

-� � �� ������' �� ��'��'������ ��������� ���� ��'�)���������&������'�����'������'�����'� ��������&����$

%���'��������*'�'���������� ��&������'������ ��&���'� �� �*����� � ����&� ��&������'� �� ��APROG���������������� �� �������� ��������$�0�����' ������'���� ������������� �����������<� ���' ����C��������'� �����B�B�� ���:D�C��������'� �������D3

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-8 ������� 2��� Instrument Handbook

DEFINE APROG injection PARAM %position %volume FLOW 20 INJECT %position %volumeEND

MAIN DETECTION 1 APROG injection r1a1 20 APROG injection r2a5 35END

!������������������������������ � ������� ������������APROG������������� ��� ������������������������ ��������������������PARAM���� ��"�#�������DEFINE APROG��%�����' �&�����'��''����� �� ����' �&������������ ��'�����&���� �� ��'�����&��������������'����$

;��������'� ��'���&����������'����'&���������� �APROG'�� ���� ��'���� ���$�%�����'����� ��� �� ��APROG$�;������� ���� ��� ���������'� ��'����������� ��������� &������'��� ���� ��'���APROG$

�������������������� ��� �����

%��CAPTION��������������'�*��� ��' ����� ���� ) �����*���'�'������$�;��������'���&������������'��� ���� ���� ����"����' ��������� ������������� #$�%��)���������' '� �� ) 5��<� �������$$$�C�8��'� ��'�'��������� ������� �� ���'� �&'����&����������������������'�'������3

DEFINE APROG injection PARAM %position %volume CAPTION Injection of %volume µl FLOW 20 INJECT %position %volumeEND

MAIN DETECTION 1 APROG injection r1a1 20 APROG injection r2a5 35END

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-9

!��������������� � ���������� ��

+������� ��APROG�)���'���&�)�� ���������'�����' ����� ��������'/���$������������' �� '��'�'�����'� ���&���'���������'����� �$

;�������'���*� �� �����������&���������������' �� ����� �&� ��� �� �������������� ������*'�'����������� ��'����������� ��� ���� ��������$�;������ ��'��*�� ������ ���'������ �������� ���������3

DEFINE APROG injection FLOW 20 ! time 0 0:50 INJECT r1a1 20 ! start at 50 s 6:00 INJECT r1a2 30 ! start at 6 minEND

��� ��'�APROG�� �� �����<� ���'���������������D��'����'�����I���� '��'� �&�*��� �� ��' �� ���� ��APROG$

������������ ���� ���'������ �����'�)�� ��� � �� ���'�������� ������� ���������������� ����$���� ��APROG����&������)����� ����' ���<� ���������'� ���� �'������������� �G����� '$���� �'�������<� ������� ���� ��' �� �� �:����� '�"���''����'���� ��� �'������'�������#�� ��'�������<� ��������������������''�����'� �����' ���'����� �$�%���'������ ���'����APROG'���� ��'�������� ��'����������� ���''����*���'� � �� ������)�� ������ ���������$�%���� ���� ������� �����������'�)�� ���'���������� ��&� ����$

%��' ������<� ����� ���'��������)���� ����'������7��� ������ �� ��������������� �����' ��'.�"J#������ �� ���'������ ���$�$��������� ��� �������������� �������� �������������������� �����

DEFINE APROG injection FLOW 20 ! time 0 *0:30 INJECT r1a1 20 ! start at 30 s 5:00 INJECT r1a2 30 ! start 5 min after ! first injectEND

K�� ��'�������<� �����'� ���� ��' �� �D����� '��� �� ������������� �����' ���<� ���$

;�������� ��'�&������'����� ���'������ ���'$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-10 ������� 2��� Instrument Handbook

%�� ������������� ����

� !���&'�*�������������������� ������� ���� � ���'�"��' '���+���'�������&�'�� �'������ ��'�1�'�+� ����>$�$G#�����'�'������'$�;���'���*� ����� � '����*������� � ���� �������������'���� ������*'�'�������$

��� ���� '����' ��� �� ��RPOINT����������������'����������*'��������*��� ���'������ ����"� ����'� ��'�� ������'��� .�������� ��' � ����� #$�%����������.*������'����������*������ ����� ��������������'���� ��5��8����������� ����� ���� ���$����������*��'��� ������ ��RPOINT��'�-b��������' '�������'����� � ����� ���� $���'����)����������'3

DEFINE APROG report FLOW 20 * INJECT r1a1 10 ! set this as time 0 -0:15 RPOINT baseline -b ! set baseline 0:30 RPOINT plateau ! record plateau levelEND

-� � ����� �&� ���'������ �������� �����' �RPOINT��' ���� ���� ���� � ��BD�'������ �����' ���<� ���$�%��'��'��� ������&��� ���*� ��' ���� ���� '���� �&� �����&� $

����� ���� � �������������*'���� ��������������' �������' ���������'$�;�������'���*����� ������������'��� �� ��KEYWORD����������������/���'������������ ���������������&���� ����������� ��������$�%��APROG��������������� ������ ���� ������ ��������� ������������������5�� ����*8���� ������� �&����5���(GDB8$�������� ����� ��.*�����5�� ����*8����������������'���'�����.*���� ���'�� ����$

DEFINE APROG report KEYWORD Antibody MAb-451 FLOW 20 * INJECT r1a1 10 ! set this as time 0 -15 RPOINT baseline -b ! set baseline 30 RPOINT plateau ! record plateau levelEND

%��RPOINT�����KEYWORD��������'������'�&������'� ������������� � ������� ����� ���� � ���$

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-11

E.3.3 Repetitive analysesThe DEFINE LOOP block

� ����������������������

%��LOOP�����������������'�������DEFINE LOOP�����.�������*�� �����' ��� �� ���'�����'��'����� � �&�����*''$

%������������� ��������*''������������ �'���'���������� �1�� � ������L����'$�,��''��� �� ����������'��&���'�*���������� � ��'�'�������'�����3

DEFINE LOOP cycle LPARAM %sample %position %volume TIMES 2 Sample1 r1a1 10 Sample2 r1a2 15 Sample3 r1a3 10 Sample4 r1a4 20END

DEFINE APROG analyse PARAM %sample %position %volume KEYWORD sample %sample FLOW 20 * INJECT %position %volume -0:15 RPOINT baseline -b 2:00 RPOINT plateau 5:00 INJECT r2a1 10 ! regenerateEND

MAIN DETECTION 1 LOOP cycle STEP APROG analyse %sample %position %volume ENDLOOPEND

%��''� ������ ��'���� ��'����' ��� ��������'�������'3

•�M������'������������ �� ��LPARAM������������ ��DEFINELOOP�����.$�%��'�����.�' ����'�'�' '����&�������&���'�"G�' '����:&������'�������� ��'�)���#$�%��TIMES 2������������DEFINELOOP�'����'� �� � �������������� ������� ��&�������' '� ���$

•�%��'���&����������'����' ����'����� �'�����APROGanalyse��'���� ��PARAM������������DEFINE APROG$

•���� ��MAIN�����.�� ��LOOP cycle...ENDLOOP����' ��� ���)�� '� ���������'�� ���LOOP�����ENDLOOP���������&�*&�������' ����DEFINE LOOP��*��$���� ��'�)����� ���������'

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-12 ������� 2��� Instrument Handbook

��������� ��L� ��'�"G�&�������' '��� ����TIMES 2��� #$M������'���������� ��DEFINE LOOP�����.��������'���'���� �'�������*������������ ��LOOP...ENDLOOP����' ��� ���"��� ��'���'� �*�����''�� ��APROG analyse#$

%��LOOP������������ ��MAIN�����.�'����'������� ��.*����'STEP��ORDER����RANDOM$�%�'�� ����� ���������������� �����'���DEFINE LOOP�������''�3

STEP� ��'� ������� �����' ���������� ��� ��'����������������'����� �� ������ ����� '� ���*���"'���'�B����:��G��B�����:��G#$

ORDER� ��'� ������������� '���� �����' ������������ '���� �'��������������'����� �� �����"'���'�B��B��������:��:�G��G#$

RANDOM� ���'''� �����'�����������������$�%��'��'��� �������*�'���������&�������'*' �� ������ '����) �'�&�'��'$

;�������&��*� ���������������� �����*''��� ������DEFINE LOOP'���*��*������������TIMES��������'$�%��TIMES����������' ������'��'/�� ����'���� ��DEFINE LOOP��� ��������TIMES��'�' 3

DEFINE LOOP cycle LPARAM %sample %pos %vol TIMES 2 ! do the following rows twice Sample1 r1a1 10 Sample2 r1a2 15 Sample3 r1a3 10 TIMES 1 ! do the last row only once Sample4 r1a4 20END

&��� ������������������ ���

��� ��)���'����&�� ��LOOP����������� �&� '�<�' ��������*'�'������$�;����������&�����������*����������������'���� ����MAIN��� ���������$�%���������������'/����� ���LOOP����ENDLOOP���������� ������ �����'����DEFINE LOOP$�%�)����������''����������' ��� ���� ��������'���� ������������ ���������'���������'��� ���<� ���'��� ���������� ���<� ���&��������������������3

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-13

DEFINE APROG analyse PARAM %volume FLOW 20 INJECT r1a1 %volume ...END

DEFINE LOOP flowcells LPARAM %cell %volume TIMES 1 1 10 2 20 3 30 4 40END

MAIN LOOP flowcells STEP DETECTION %cell APROG analyse %volume ENDLOOPEND

'�� �����())���������������

!������' ��� ���'��������������� �� ��'������������������������� ������� ������$�%��'� ����/���'��� �������*��'������������ ���'� �� ����.��� ������ ��)����'���'�� ' �����������(��'������� ���'�"$�$�� �������#$�%��)������������'���:×:�� ��)���� �� ��'���'����������������'� ���'��B�B(�B�:$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-14 ������� 2��� Instrument Handbook

DEFINE LOOP cycle1 LPARAM %s1 %p1 A r1a1 B r1a2 C r1a3END

DEFINE LOOP cycle2 LPARAM %s2 %p2 A r1a1 B r1a2 C r1a3END

MAIN DETECTION 1 FLOW 20 LOOP cycle1 STEP LOOP cycle2 STEP APROG analyse %s1 %s2 %p1 %p2 APROG regenerate ENDLOOP ENDLOOPEND

%��'����.'��'�������'3

B$� � �LOOP�cycle1�STEP��&���'�����%s1�����%p1���� �.������� ����' ��������DEFINE LOOP cycle1�"5�8�����5�B�B8�'� �&�*#$

�$� %��� ���� ������'� ����������� ������'����DEFINE LOOPcycle2��'���� ��&���'�5�8�����5�B�B8�����%s1�����%p1$�%��'���'� ��������� ���'��(����(�������(�$

:$� ,���LOOP cycle2��'����� ��� ���) �' ����LOOP cycle1�'�)�� ��� �.����5�8�����5�B��8�����%s1�����%p1$�LOOPcycle2��������'������������ ���� ��������� ���'��(����(������(�$

G$� ��� ��'�����*�� ����' �' ����LOOP cycle1����� '� �������� ���'��(����(�������(�$

%��'�)�����'����*���:×:��� ��)���� � �������*�����' ��������' ��� ���'��'������*����� ����*������'��������)������B� ×B��� ��)��� ��B���������� ���'$

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-15

E.3.4 Communicating with the userThe DEFINE ALERT and DEFINE MESSAGE blocks

%�� ����������'�ALERT�����MESSAGE���� �� ��������'������DEFINE ALERT�����DEFINE MESSAGE�����.'������'�� ��������� ��'����� ������''������� ���$�ALERT��� �&� '����������������������������'� ���'�� ������ ������� ���� ��� ���$�MESSAGE'���*���'��*'��� ) �������$�%����������BEEP�'����'����� ������ ����� ��N'�� � ��������������� ���������� �������� ������ ��ALERT����MESSAGE$

%����' ���� �������'������.�����&�����ALERT���������'��'��*�����&���� ���'�����''� �� ���� �'���������� �� ����$�$���'� ����'���'����������������.'$�%��������'��(���.����� ���'����.������'� ���������������� ���'��� �� ��� ���$

0����� ��DEFINE ALERT�����DEFINE MESSAGE�� ) ��''��'������ ��������'������ ��G�������� �'$�%���������'�LTEXT��CTEXT����RTEXT����� ) ��''��'�� ����� (<�' �������� ���������� (<�' ������'� �&�*���� �����$�%�� ) ���*��������&����������'������������������������������PARAM��������'���������������&��&���'����� ��ALERT����MESSAGE��'������������ ��MAIN����.�����)�� �*� ��'�����*��'����� �'�����''�� ��APROG�"'+� �����$G$�#$����� ���������� ���'�'������ �� �� ��� *'���������� ��������.���3

•�DEFINE ALERT�����.�'��������&���GO�������������������� '������������)��� ���������� ������� ��� ���$�%��STOP������������ '���'��������� ����������� ���� ��� ���$��������������/���'������� ���������'� �� ) � ����'�������� ���� ��$

•�DEFINE MESSAGE���*����������CLOCK������������������'��*'������ (����� ������� ��������� (�������������� ��MESSAGE������$�%������.��'������������ �������*��������'��� ����� � ������� ���������*���*$�%����'���LIFETIME����������������*����'���������� �����&���� � ��������� ��������������''� �.'� ������ �� ����&���'�� ����' �� ����&�������CLOCK$

���ALERT�������������'���'��*���� ��� ���'���'''� ��GO���STOP��� ��$���MESSAGE�������������'���'��*���� ��������� ���������������� ���'��'�� 3

•���� ���MESSAGE��������������ALERT���������'���'��*�

•� ����������'����&���*��''����� ����������MESSAGE��� �������� �'

•� ��� ������'$

%������������)��������' �� '� ���'����ALERT������� ������������' ����'�����'� ���� ����������� �*�������'3

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-16 ������� 2��� Instrument Handbook

DEFINE ALERT insert_sample TITLE Unstable sample BEEP LTEXT LTEXT Continuation of this method requires LTEXT sample in position r2a1. Make sure that LTEXT the sample is completely thawed before

LTEXT placing it in the autosampler rack.LTEXTLTEXT Close the door and click on ContinueLTEXT when you are ready.

GO Continue STOP CancelEND

MAIN RACK 1 thermo_A RACK 2 thermo_B ALERT insert_sample APROG cycle1 ...END

E.3.5 Additional data curvesThe CURVE command

������*����'��� ��� �����*���� ������&�*�APROG������� ���$,� �� ��CURVE����������*�������������' � �'�������� �����'����'������������� �� ��'�'������$������ ��'���������� � ������������� ��APROG3�� ���*����*���������*�PARAM��MODE�CAPTION��SCALE����KEYWORD$

%��' � �'�� �'� �� ����������������������������������������&�������� ����� �����'������������� ��� ������ ��� � ������ �"'�����)�0#$�6'���������������� ��� ��� �����.����' ����� *� �������� ���� ���$����� ���������&������������� ����&���� � �����.����� ����'������������ ���'��� �� �����������'��� �������� ������ �������� ���� ��'�'������$

%����������CURVE���� '���' � �'����&���� ��� ��� �� ���� "�6#��)�'��'������ ���� ������ �������)�'���� ������ ���� �'�'������$�%������������)������ '� ��� ������������������'��&���*'���� ��'�'���������� �� �� ��� ����)�'���� ������ 3

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-17

DEFINE APROG monitor CURVE TEMP -o ! use right-hand axis CURVE bufflow ! use default axis FLOW 20 ... ...END

;�������' ���� ���� '����' � �'����&'��'���� ��-c�� �������� �RPOINT��������$

E.3.6 Closing downThe APPEND command

%���- ���������� � ��������&�*�APROG�������'��� ��� ������ ���'�������'����� ���0��������������'��� �������$�;���������� �����.���� ����Standby� ����� ������� ����' ���� ��'��� ������ �����'�������� ��G���*'��� ������ ������� ��� ���$�%��'��������'�� ���0���������� ��������������������������� ��G���*'�"'+� ����O$�$B#$�0���)���3

DEFINE APROG analyse ...END

DEFINE APROG regenerate ...END

MAIN DETECTION 1 APROG analyse APROG regenerate APPEND standbyEND

-� 3 0������� ����� *��� ��������&�'���'����� !�� ���������APPEND continue��'�/��&��� � ��APPEND standby$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-18 ������� 2��� Instrument Handbook

%��'�'� �������'���'�'����� ��'����� �������������������� �&����� ��������� �����/����� '$

E.4.1 Detection mode and flow path

$�������������

���������������� '����'����������� ��������� � ���������� ���� ������� ������������� �������������������'$

;���' � ��� � ������������ ����� ���������� ���� ���DETECTION������������ ��MAIN�����.���� ��� ���$�;������������ ��� � ��������� ���APROG'���� ��MAIN�����.$

MAIN DETECTION 1 ! single channel mode APROG single DETECTION 1,2,3,4 ! multichannel mode APROG multiEND

��� ����'����DETECTION�������������� �����' �APROG���� ��MAIN����.�� ��'�� ������������ ������ � ������������ ��� ����'����3

%��'�� ������� ��'�����������)�����'���'����� �*� �� �DETECTION������������ ��MAIN�����.$�%��'�'�������������� �' �� �� ���*�������.����OK���� ��'�����������)$

� ���'���� ���� ��� ���DETECTION��������������)������� �� *��������'� ��'���� ������������*'�'���������� ���������'$

%��DETECTION�����������*����*����'����� � MAIN�����.$

E.4 Method techniques

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-19

����� ��

%�������� ��' ��*� ��DETECTION��������������'������ �������� �����������������'3

•������DETECTION����������'��''������ ��MAIN�����.

•���FLOWPATH����������'��''���������APROG�"'�����#

•����INJECT����������'��''���������APROG��� �������������/����� ������� ������ ������� ������� �$

;��������'� ��FLOWPATH���������������APROG� �������� ������ ��������� ���*��$�;�����*�������' ������'�� �����������* �� �����������������������������'����� ��� ' � ����������������������� �'������*�������'��������������������3

MAIN DETECTION 1,2,3,4 APROG epitopeEND

DEFINE APROG epitope PARAM %pos1 %pos2 %pos3 %pos5 %pos5 FLOW 5 FLOWPATH 1,2,3,4 INJECT %pos1 5 ! first Mab INJECT r1c1 5 ! analyte ... ... FLOWPATH 1 INJECT %pos2 5 ! second Mab 1 ... FLOWPATH 2 INJECT %pos3 5 ! second Mab 2 ... FLOWPATH 3 INJECT %pos4 5 ! second Mab 3 ... FLOWPATH 4 INJECT %pos5 5 ! second Mab 4 ... FLOWPATH 1,2,3,4 INJECT r1d3 15 ! regenerate ...END

%��FLOWPATH�����������*����*����'��������APROG�����.$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-20 ������� 2��� Instrument Handbook

*+�)&!',!

%��DETECTION ��������' '��� �� ��� � ������������ ����� ��������� �$�K��&��� ��FLOWPATH�����������'��� ����� � �� � �������$�%�.������� � ��' � �������� �� ������������'������ ���'��� ����������� ���$�$

MAIN DETECTION 4 ! single channel detection in Fc4 APROG missing_dataEND

DEFINE APROG missing_data FLOW 20 FLOWPATH 1,2,3 ! sample flow through Fc 1-2-3 ! detection only in Fc 4 ...END

%��'�����' �.������'��*��������� ����&���������� �� � ����<� �����������' '� �������� �������� �*�"'�+� �����$G$:#$

%���'������� ��Detection�����Inject�����������)'��&� '� ��'��' �.���������������� ������� � ����'����/��&��� �'����������� ���'$�%���&������''������ ������ �������'3

•�6'�FLOWPATH��� �����$�0������� ���'��/���������'��������� ������������APROG$�� ��'��� ��������� ���'�'��� �APROG'�' ���� �������� ��������������� ����DETECTION�����������MAIN$

•�+ �DETECTION 1,2,3,4�� � �������������� ��MAIN�����.����*�������'������ ���/����� '����*����APROG'$�%��'������' ���� �(�������� � ������������������ �����������' $

)�-�������������������� �����

%���'���(����������'�� ��� ������'������� ��������������� �'��� �� ��DETECTION��������3

����� � � ������� 0����� ������'�� ��� ���

�(B B�� B�� �(B

�(B�G(: B���:�G B���:�G �(B��G(:

�(B�:(B�G(B B���:�G B���:�G �(B�:(B�G(B

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-21

���)�����'���&������

MAIN DETECTION 2-1,4-3 ! single channel mode APROG subtract_referenceEND

E.4.2 Sample injection types�����������������'�����������'������<� ���� *'����������� ����� �������''$�%�'�����&������������ ������������ ����� �����"'�+� ����G$G$I#����������)� ����������<� ���������������������� ���'$

%����.�'��� �� ������<� ����������� �����' ������*�������������� ������''����FLOW����������� �� ��-f�� ����<�' ������ �INJECT����������$�$

DEFINE APROG smooth_inject FLOW 35 10:00 WASH n FLOW 35 -f ! refill pump KINJECT r1a1 140 240END

��*�INJECT����������''������� ��������� ��'�7������''������( �������$�%��'�'� �� �����'��� �� � ���*�� �����(���$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-22 ������� 2��� Instrument Handbook

Command Comments Injectedvolume

Sampleconsumption

Max flowrate

INJECT General purpose inject. 5-325 µl Injected vol +30 µl 100 µl/min

KINJECT Low dispersion inject forkinetics and for samplessensitive to dilution withrunning buffer. Controlleddissociation time aftersample injection.

10-250 µl Injected vol +40 µl 100 µl/min

QUICKINJECT Low sample consumption.Less preparation time thanINJECT but more sampledispersion.

5-325 µl Injected vol +10 µl 100 µl/min

COINJECT Injection of second sampleimmediately following thefirst (e.g. for dissociation inthe presence of ligand).Variable contact times forfirst sample only. Recoveryof either first or secondsample, but not both.

Sample 1:10-100 µl

Sample 2:15-250 µl

Sample 1:injected vol +40 µl

Sample 2:injected vol +40 µl

100 µl/min

BIGINJECT Large volume inject.Direct inject up to 325 µl,sample loop between 326and 425 µl, direct between426 and 750 µl.

326-750 µl Injected vol +52 µl 50 µl/min*

*BIGINJECT cannot be performed at higher flow rates because the auto-sampler tubing must be refilled during injection from the sample loop forsamples larger than 425 µl.

E.4.3 Variable contact time injections%��'����&��������� ������INJECT��������'�������� ����'�����&������������' �������:����G�&����'�'��� ���*������'$

+�����&���� ���'����������������� ��'��'� ��'����&������<� �� ������� ������� �*�'�� ����������$������ ������������� ��'�&��������������<� ���&�������������'���� ������� �*�'�� �������� �$

M�������' ����' ����&����'�'����'�&���������� �� � ��'������ �����������$�%�����' ��'������ ������������� �&����'���*� ����������'�B�����:�����G��'� �&�*$

�����&�������� ��&�������' ���' ����''� ������� ��'����'� ��������&����$�%��'�INJECT 35,25,20,10�����INJECT35,25,25,10����&�������� �INJECT 35,20,25,10��'��� $

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-23

���INJECT����������� ����&�������' �' '� �������� ���'��/�������� ������ ������� ����<� ���$�,��� ����<� �����'����� �� ������� ���'��' ���� �� ���&���'�' ���3

MAIN DETECTION 1,2,3,4 ! All four flow cells in flowpath APROG immobEND

DEFINE APROG immob FLOW 5 ... INJECT r1a1 35,25 ! Flow cells 1 and 2 for INJECT ... ! Back to all four flow cellsEND

������ ���'�DETECTION 1,2,3,4���� ��MAIN�����.� ��' ���� �(�������� � �������*����'�&���������� �� � ��'����INJECT�������'$����*���' �'������������� � ���������*����������<� '�����&����� �����������'��� ��&���������� �� � ��'���� �*������������� ��'�'����������������������*�"'��� ����&#$

-� 3 ���INJECT����������� ����'�����&��������� ����'�� ����� � �������� �$

E.4.4 Sample recovery and fraction collection%���������'�������&�*�������� ��������� ��������� ��RECOVER���FRACTIONS������������� �*��� �� ��INJECT��������� �������� ����'$�;����������&��� ��������� �������EXTRACLEAN��������� ��� ��INJECT����� ��RECOVER����FRACTIONS�������$

E.4.5 The EXTRACLEAN command�� ��� ������ ��'���'�� ����/�������������'*' ���� ������INJECT�������������� ������APROG$�������� �����������������'��/������'� ��EXRACLEAN���������"����'������� ��Extra Cleanup���� �Inject�����������)���� ������������ ������ ����#$�+�����)�������������� ���'��������������� ���'� ��) ����������� ��'$

%��EXTRACLEAN�����������' ������������ �*��� �� ��INJECT�������� ��������� ����'$�;����������&��� ��������� �����FRACTIONS����RECOVER���������� ��� ��INJECT����� �EXTRACLEAN��������$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-24 ������� 2��� Instrument Handbook

E.4.6 User tools in methods%�����.���� ���'�Flush, Normalize, Prime���� Rinse����� ��'�&�� ����Unclogging��������'��� ����*��'������� ���$��� �� �����'������������������ ��MAIN�����.�"'�����)�0������������� ���'#$

%���'�� ����Standby���*��������� � ����������� �����'���� �APPEND������������ ��MAIN�����.$�%��'�� '� ����' ���� ���' ����*��������� ��� �����'����� �$

%��'�'� �����'����'�'������ ����' ����������' �.'�*���������.�������� ����� ���'��������������������� ����+�� ��������'�������� �� ���'$

E.5.1 General error handling����� ���'���� ' ����� ������������������ ����+�� �������������� *������ �*�������$�;�����*�����'� ����� ��'�)���� �*�� ��*�' ��3��� ��� �&�*��*�����*� �*� ������ ��� �������� �*������������'� ��������'������� ��� �����*������ ��� �����'�� ����*��� �&� �$

%������������� *����.'� ��'*� �)��������'�' ��*����*����� ���$��� ��������*�����'��������''��'������� ����� �������� ���'���� ���� ����� �������$����������''����'���� ������*� � ��������� �'�5PP8�� � �������������� �����$����''������&� ��������� ���'� ���� ������ ����������������������� ���������'����� �"Q#���� ���� �� ��������� �����3

...>> Invalid vial position * INJECT r4a1 20>> ^

! r4 is not a valid rack number...

���*�������� �����'������� ������ ���&� ��������''��'���������������'������������ ��5PP8����' ������ ���� ��� ��������� � ��) ��(���$�;�������� ���� �����&� ��������''������'�������*$�;���������'���'�Edit:Adjust Method� �����&������''��'������ ��� ���$

E.5 Common errors and error handling

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-25

E.5.2 Syntax errors������ ����' ������������'����'*� �)�����'�����.���� �����'���� !$�0�����' ��������� ���� ��END�� � ����������DEFINEAPROG��'���'*� �)�����$

;�����*���.�'*� �)�����'� �������������� ��'���"������' ���� �*���� ��� ���RACK��������������DEFINE APROG�����.)���� ������ *������' �.'�"������' �������� ����APORG ��' ������APROG#$-������*������������� ����+�� ��������� ���' �����'��� �� �'�'� �� ���'�1��� ����&����56�������7���������83

DEFINE APROG test FLOW 20>> Unrecognized command RACK 1 Thermo_a>> ^

! RACK cannot be used in APROG

MAIN>> Unrecognized command APORG test>> ^

! APORG should be APROG

-� � �� �'�������'���*����'��'������� ����'/��������&���'��' �.'��&�� ������ ��'*� �)����� '����'������ $���� ��)��������� ��END����������'���''��������� ��DEFINE APROG���� �� ��'�� � �� � ��'*� �)����.����'��������� *��� �� ���� ��"����� �*��� �#�MAIN�����.3

DEFINE APROG test FLOW 20 INJECT r1a1 10

! END missing

>> Expecting keyword ENDMAIN>>^ DETECTION 2>> Characters outside DEFINE-END or MAIN-END blocks APROG test>> ^END

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-26 ������� 2��� Instrument Handbook

%����.��� �� � ����������'/�� ��������'��'�������*�����&'&����������''��'�������� ���������� � ������'����� ��� ��' �� ����� � �������������� ��� ����������� �Prerun��� ���������� ���$

E.5.3 Incorrect variable names��''��������&��������������''������������ ������ ) '3

•�,� ������DEFINE�����.�"��������ALERT��APROG����MESSAGE#�� �&����������'����������� ��PARAM�����������' ��� ��'����' ��'��'������������'��� ���� ������.$

•�%��&����������'����������� ��LPARAM��������������DEFINELOOP���' ��� ��'����'� ��'��'������������'��� ���� ��LOOP���' ��� ���$

��' �.'���� �'�'� �� ���'����� � ������������������''��'3

DEFINE APROG test PARAM %flow %pos %vol>> Expecting an integer value, min=0 max=100 FLOW %folw>> ^

! variable name should be %flow

INJECT %pos %volEND

DEFINE LOOP cycle LPARAM %flow %pos %vol 5 r1a1 10 10 r1a1 10END

MAIN DETECTION LOOP cycle STEP>> Expecting an integer value, min=5 max=325 APROG test %flow %pos %volume>> ^

! variable name should be %vol

ENDLOOPEND

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-27

E.5.4 Incorrect parameter values���*����� �'���&����' ��� ����������&���'$�;�������� ������' ����'�� ����������������D�" ���������*�G���������'#������& ���� �'��������� ���'� �����G�B�" ���'� ������'��� �)�' #$���� ������'������&����� ��� ������'��� ���'����������������"����)�0#$������������ ����+�� ��������'�*������������� ����� ��&���'3

...>> Invalid vial position * INJECT r4a1 20>> ^

! r4 is not a valid rack number...

5��&�����&�����'� ���8��'���'�������'����� �� � �������� ��'� ���'���&��������������� ����.'$���� ��� ������'��� ���� ������RACK��������� ��'*� �)�����������.����� ����� ) ���� ������� ���.�' ���$

E.5.5 Incorrect parameter ordering����� �'�"&���'����&����������'#���' �����&����� ������ ���������*�����������APROG��ALERT����MESSAGE������ ��MAIN�����.$�%��������' ��� �� ���&����� ��PARAM������� ���$

���*�����.�����' �.���� ����������� �������'���� �� �*����������� ���'*� �)�����$�%������������������� �� ����������' ��� ��'� ���'� ��&����B�������� �'������'� ���������B�B�����&����3

DEFINE APROG test PARAM %vol %pos FLOW 20 INJECT %pos %volEND

MAIN DETECTION 1>> Expecting a value value, min=5 max=325 APROG test r1a1 10>> ^

! APROG test is defined with volume before position

END

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-28 ������� 2��� Instrument Handbook

���'�����''��������� ����� �������������� ������� � ���*����������� ����+�� ���$�%������������� �����'�'*� �� �����*&����3

DEFINE APROG test PARAM %flow %pos %vol FLOW %flow INJECT %pos %volEND

DEFINE LOOP cycle LPARAM %vol %pos %flow 10 r1a1 5 20 r1a1 10END

MAIN DETECTION 1 LOOP APROG test %vol %pos %flow ENDLOOPEND

%������ ��������'��&�'��� ��� ��APROG���������� ��PARAM������ ������� � ��� �����'''���� �*�&��������� ��&���'� � ��APROG���� �� ���'�� � �� �D�C���'���<� ��� �B��C�H������' �����B��C��� �D�C�H���$������'���� ��'�.����������� � ���*���'� ������ ��&� ��������� �����$

E.5.6 Incorrect number of variables;�����' �����������&������'��'�������������$����������'�� '� ����'3

DEFINE APROG test PARAM %pos %vol>> Expecting an integer value, min=0 max=100 FLOW %flow>> ^

! variable %flow not declared

INJECT %pos %volEND

;�����*�����������&������'� ����*����'�1�������' ������������&���� ����.�*�����*�5����� ��� 8��������'��������'&������'���� �*�������� ���� �����&� ��&����������'������ ������� ���3

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-29

DEFINE APROG test PARAM %sample %mix %vol FLOW 20 ! TRANSFER %sample %mix %vol ! MIX %mix 100 INJECT %mix 10END

! parameters %sample and %volume not used

��� ��'�����*������ ��&���'���' ���'�������������&������'�'�������������$����*�������� �'��*�������&���'����������'�� '3

DEFINE APROG test PARAM %flow %pos %vol FLOW %flow INJECT %pos %volEND

MAIN DETECTION 1>> Missing parameter APROG test 25 r1a1>> ^

! APROG test requires 3 parameters.! No value given for %vol

END

E.5.7 Prerun error messages%��'�'� ������' '� ��������''��'� �� ���������'� ���� �� �� ���������������������� �'���'*� �)�����$

�������� ����������������� ������������������������ �������

M������������� ���'�"PARAM����APROG��LPARAM����LOOP#���' �� �����' ��������'���� ������.$�KEYWORD��MODE��CURVE�����FLOW��' ������ ����������'����APROG$

����� �� ��� �����������

;�����&��� ��������RECOVER��FRACTIONS����EXTRACLEAN�� �������<� �����������$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-30 ������� 2��� Instrument Handbook

�������������������������� ���������

RACK���' ��� �����' ������������MAIN���� �� ��)� ������ALERT���������������RACK$

�������� ������ �����'���,$

-���������'���*������ ���� ��APPEND���� ��MAIN�����.$

�������� �������������

;�����&��'����������� ��������������'��������'��� ��� �3RECOVER������ ����'���� ��FRACTIONSRECOVER����FRACTIONS������ ����'���� ��BIGINJECTFRACTIONS������ ����'���� ��COINJECT$

��������������

%��'�������������'������������� ��� ��������� ����)��'��DD������ �'$

%� � ��������������$��*,�-�,$����+'*,-�,$�������

���������� �'������� ����������' ����� ����� ��������� �������.'$����������'�������� ��'�������'����''�������DEFINE�� ��������������������.$����'/�� ����������''��'������'��*���'��'����'�� $

%�����������(�'&'+����

-' �����'��'����� �����'����������$�%��������''����� '� �� �������LOOP��������$

�,$())���������� �������())�

%��LOOP�����������' ������������� �����ENDLOOP��� �� ��������'� ������ ���*� �����$���� ���� ��LOOP���&' ��'�������''��$

�.����������

��������� ����� ) ���� �������� ��'*� �)����.����*������ ��'���' ����)� ��.*������&������������� �$

�.�������� ��� ��������/����0����� .0���

%�����������/���'�������������"�$$��� ������������&���#��'������� �$�%��'��''����������'������&������������'������� ��'�� �� � ������ ��&����'����� �� �����������'�� ���������������� ������� �����$

�.�������� ������� ���/����0����� .0���

�� ������� ����'������&����&�����������'��� '��� ��������� ����� ����� ) �"����)������ ����������'������ ����:I���'#$

�.�������� ����������� ���/����0����� .0���

%�����������/���'������ ���&�����'������� �$�%��'�''����������'������&������������'�������� ��'�� �� � �

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-31

���� ��&����'����� �� �����������'��� ������ ������ ������ �����$

�� ����� �������������� �����

%��'��''������'�������������� ����'�'�������������*�� ��� ���'������ ���'�����������"$�$�WAIT#$

*����� ������� � ������

;�����&��'����&���������������� ���� ) '������������ ���� ������ ������� ��$�%��'��''�����'�����'����*����' ��'���&����������� ��&������� ��BIGINJECT�������� ����<� �����������$

*�� ����������� ��

;�����&��'���������������'��� �&������'� ����������� ��������� ��������.$�-��'���*���� ����� �'������ '���� ��'����������� �'�A�@�����?���� ���*��� �������� �������� �������'���������� �$

*�� ����� ������

%������ ��*�����&���&�������� ��RACK����������'��� ��&��������.� *$�M����� *'����THERMO_A��THERMO_B��THERMO_C����MICRO$

*�� ��������

;�����&��'�������&����� ���'������ ���$�F�&� ��'���'����'�"''''#������ '�����'����'�"���3''#��������'������ '����'����'�"��3��3''#$�%��'������ ����B3O��"B����� �����O�'����'#��'���&����$

*�� ����� �� ����� ��

;�����&��'���������������'��� �&������'� ����������&������$�-��'���*���� ����� �'������ '����� ��'���������� �'�A�@�����?���� ���*��� �������� �������� �������'���������� �$

*�� ������ ����������

;�����&�'�����������.��'� ���� �� ��'��� �&��������� ������� ���.� *$���'� ���'����5&����8���� ����� ) ���� ������� ����.����� ���$����.� ���'� ����'������ �������� �����.� *����� �*����������Command:Define Rack Base$

+�������������������

;�����&��'��APPEND��� ������������ �� �������$����*� ��� ������ ����STANDBY���*����������� ��APPEND$

+�������1

R�� � �������.'�������� ) �"$�$����LTEXT��CTEXT��RTEXT�CAPTION��������'#���' ����� ���$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-32 ������� 2��� Instrument Handbook

+�������� � �����

;�����&�������������.��� ���������� �'� ���������������� ������'�����������.������ ���$

+���������������������

;�����&�'����������� �&� ����������RPOINT�����������APROG��� ������������J(���.���������� ��' � ������� ��$

, ��������� ���

;�����&��'�� ��'������� ������� ��'������ ) $�%������.'���� ��'��� *���*��� ���&� ��'�����������&������'���������� ��PARAM���' ������/���� �����������.$6'� ��Edit:Find������������ ��� ������ ��� ������������� ��������'���� ��'������$

)������������ �� �����

%��'��''������'��������� ���������������'�'����������������� �� ����*�'��� '����������$

)�������+'*,� �����

��� ������*��� ���� �������� �������MAIN�����.������ ���$

)�������������� ���

;�����&��'������������� ������ ��� �'���*������&�����������'��/����������)����CURVE� ��($

���������������

;�����&��'����' ������������)������TITLE��CTEXT��LTEXT���RTEXT��������� �� ��'������� ���� ����)�������� ���� �$

��� .������

%����'������������ ��� ��������� ���� �� � ��'*� �)����.������ ���� ��*$

!�������� ���� ������������� �� ����������������

;����������*�' ������������ ����� ����&� '�������APROG��$$����� ���������'�BIGINJECT��COINJECT��DILUTE��INJECT�KINJECT��QUICKINJECT��MIX�����TRANSFER$

!�������� �������������������� ���� ��������

;�����&��'��������������� ��������������������$�%������������/�' ������' ������������ �*��� �������<� �������$�%��'��������*��������� �� ���������'�RECOVER�FRACTIONS�����EXTRACLEAN$

!����� ������.����������

%����)����� ��������������B��*����'�B$D×B���'�"���� �BO��*'#$�;�����&�������*���������' �.������ ���'������ ���$

______________________________________________________Writing BIACORE 2000 methods

������� 2��� Instrument Handbook E-33

!������������������������ ��

;����������*�' � ���'������ ���'�������APROG����� ��������'�FLOW��BIGINJECT��COINJECT��INJECT��KINJECT�QUICKINJECT��RPOINT��MIX��TRANSFER�����WASH$

-� 3�%�����' �FLOW���������������APROG������ ��� ���$

!���������������������2�����

%����&� '�������APROG���' ������ ������������������'/���$

!���� ��� � ������

������������'������� ���� ���������� �'� ���� �'*� �)�����'�������� ��������.���'������������ ��������� �'� ����������������� ������'�������DEFINE�����.$

!���� ��� �� ����

%�����������&������'���������� ��PARAM��������'������APROG���*��� �)�����$

���������� ��

;�����&���������� ��������.��'���������� �� ��'��� ������$���.� �� � ������.��'�����*����������� �� � �������'����� �*�'� $

��������3������� ��

;�����&��'������������������ ��������� ��������.������ �'��� ������������*�����&�'� �����������.*����������� �*$

��������3���������

;�����&�'���������� �����������'��� �&��������� ���������$

� �� �������� �����

;�����&��'����&��������������� ) ������ ��'��� �������$%�����' ����� ��'����� �� ����������KEYWORD���*��� ����&������$

Writing BIACORE 2000 methods _____________________________________________________

E-34 ������� 2��� Instrument Handbook

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ���

F. Method language reference

��������� ������������ � ����!������� �� ����� ������� �����������"

•�#�$%���������%�� ����������������"

•�&����� ������� �!���������%�� ������ �%��������� � ���"

•��� ���� ��������� ��������� ���������'����������� ��()"""*+"

•����� ������("""+��������� �������� �� �� ��� �� ��!��������� ����$����, ����������!��� � $"

•��� ���������������� $�!��������� ���������-������������� ���������� �� ��� ����"�� ������������.����!�� ��� ������ ��/��%����������� �� ��!�������� ���� ��� ����"

•� �01�!�� �.� ���2�����.� ���� �� �%� ���������!��������� ��������� ������!����� ����.� �����������!���"�������!�� �.� ������� $��.���!� ����� ���������� ���!���� ����������"

Command summary���� �� ����� �%� �� � ������������%��������������������������� ���� ���� �/� ����%� ��������!������� �����!� ������������������"���������������!� �������� ������������� ����������������� �� -� �� ������ ����� ��� ������"

������������� ��

BEEP 3������������� ��� �� � �������� ��

CTEXT 4�� ��� �, ���� ���������5�� � $������,

GO 1��� �$������ ���!���0��� ����2�!��� ���

LTEXT 4�� ��� �, � �! �� �/���������,

PARAM 1�� �����.����� �����������ALERT

RTEXT 4�� ��� �, ���/� �� �/���������,

STOP 1��� �$������ ���!���0���� 2�!��� ���

TITLE 3� �� ��� � ������ �, �!��� ���ALERT���,

Method language reference __________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

�������������� ��

BIGINJECT 6��/��.� ������7�� ����89���:;�< � �����

CAPTION 3� ����� ����!���������/����������.�

COINJECT 1�� ���7�� ���� �����

CURVE & � ��.� ����!������ � ���� ��

DILUTE 1� � ����������� ��%� ����� ���

DIPNEEDLE &����������� �����.��

EXTRACLEAN �, ���%���������������! �����7�� ���

FLOW 3� ��! �%��� �

FLOWPATH 1�!�����! �%��� �

FRACTIONS ����.������������ ��/����� �������/���!!���! �%

INJECT ��7�� ������ �� �����

KEYWORD 1�!������� ������������ ����� � �� �

KINJECT 6�%��������������7�� ���

MIX =�,������� �

MODE 3� ���� ���� �� ���������� ���

PARAM 1�� �����.����� �����������APROG

QUICKINJECT >�������7�� ���� �����

RECOVER ����.������7�� ������� ��������/��

RPOINT 3� ������� �����

SCALE 3� ����!�� ���� ��!���������/��������� � ������.��

TRANSFER �����!�������� ���� %������ ����� ���.�� �

WAIT 4�� ���������!���� ���

WASH 4���������������� �����?����� ����� ������� �

WASHREC 4����������.��$����

�������������� ��

LPARAM 1�� �����.����� �����������DEFINE LOOP

TIMES 3� �� �������� ����� �!����� ���!�.����� ��

����������������� ��

BEEP 3������������� ��� �� � �������� ��

CLOCK 1��� �$������ ���%�� ����

CTEXT 4�� ��� �, ���� ���������5�� � $������,

LIFETIME 3��%�� ����!���%����������/��������������� �$��

LTEXT 4�� ��� �, � �! �� �/���������,

PARAM 1�� �����.����� �����������MESSAGE

RTEXT 4�� ��� �, ���/� �� �/���������,

TITLE 3� �� ��� � ������ �, �!��� ���MESSAGE ��,

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��8

������� ��

ALERT 1��� �$�����ALERT���,

APPEND ������� ������ ������� �����! ��� ����� ���

APROG ����������� $�������/����(APROG+

BEEP 3������������� ��� �� � �������� ��

DETECTION 3� �� ���� �� ���������������� �� �! �%��� �

DILUTE 1� � ����������� ��%� ����� ���

ENDLOOP ������� ������!��� ���

FLOW 3� ��! �%��� �

FLUSH ����� ���%�����/� �� �FlushLOOP ����� ����������������������

MESSAGE 1��� �$����MESSAGE���,

MIX =�,������� �

NORMALIZE ����� ���%�����/� �� �NormalizePRIME ����� ���%�����/� �� �PrimeRACK 3� �� ������������� $��

RINSE ����� ���%�����/� �� �RinseTEMP 3� �� ����� �� ���� ������ ���

TRANSFER �����!�������� ���� %������ ����� ���.�� �

UNCLOG ����� ���%�����/� �� �UncloggingWAIT 4�� ���������!���� ���

WASH 4������ �'�������� ��/��$� ����������� �

WASHREC 4����������.��$����

Method language reference __________________________________________________________

��@ ������������ ����� ���������

ALERT name [parameter ...]

1��� �$�����ALERT���,"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B ����� C�����!� ���ALERT���,���������!������DEFINE ALERT"

��������� &����� ������� ���� �� ���ALERT���,"

&����� �������� ���� �� ���ALERT���� ��������������'��� �� $� �� ��.����� ������ �������� ���PARAM������������DEFINE ALERT"

4� ������LOOP����� ��� ���-������� ������$�������� ��������� ������� �� �.� �������.����� �������"�D����� ����������� ���� ���������� �������� �������� ���������������/�DEFINE LOOP"��� �������LOOP-������ ������� �������� ����������� �� �.� ���"

�,��� �B DEFINE ALERT check_solution PARAM %pos LTEXT Place test solution in position %pos GO OKEND

MAIN ALERT check_solution r1a1END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��;

APPEND standby

����� ���%�����/� �� �Standby��! ��� ����� ���"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B ������ C�����!� ��� �� � �������! ��� ����� ���"�� ������ -��� $� ���Standby� �� ��������� ��"

����APPEND������������ ���� ��� �� ������������ ���MAIN�� ���"

C� �B ����%�����/� �� �Continue����.�����������.�����.��������!������������ �� ���! %��������������������� �Standby"���������%��������� ��� � $-� ��������Continue��$�� � ���������%� �� ���APPEND��������"

�,��� �B MAIN DETECTION 1 APROG immob APROG analyse ... APROG regenerate APPEND standbyEND

Method language reference __________________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

APROG name [parameter ...]

����������� $�������/����(APROG+"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B ���� C�����!� ������/������������!�������DEFINEAPROG"

��������� &����� ������� ���� �� ���APROG"

&����� �������� ���� �� ���APROG���� ��������������'��� �� $� �� ��.����� ������ �������� ���PARAM������������DEFINE APROG"

4� ������LOOP����� ��� ���-������� ������$�������� ��������� ������� �� �.� �������.����� �������"�D����� ����������� ���� ���������� �������� �������� ���������������/�DEFINE LOOP"��� �������LOOP-������ ������� �������� ����������� �� �.� ���"

�,��� �B DEFINE APROG injection PARAM %position %volume FLOW 20 INJECT %position %volumeEND

MAIN DETECTION 1 APROG injection r1a1 20 APROG injection r2a5 35END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��:

[*] [time] BIGINJECT position volume

6��/��.� ������7�� �����(89���:;�< +"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

� ���� � ��������� �����!����� �"

� ���� D� ���� �������7�� ��-������ �� ��!���� ��!���.� ����������� ����$��������!���.����� ���� �� � ������7�� �����(����3�� �����"@"8+"���/��89�:;�< "

BIGINJECT�!��� � ����� ����������� �� ����%� ����< ����� �"����!��� �8;�< ��!� �����7�� ����������7�� �������� $-�!� �%����$���� ���< �!���� ��� ���-� ����!� �%����$������ ���7�� ���� ������ � �� ��.� �����!���������$"�3 �/� ���� ������������ ���������/������$���������� ���� �����7�� �����%� ������� %��������� ����� ������7�� ��������"

������,�����! �%��� �������/�BIGINJECT����;�< ?���"����� ��� � ���������������$���� �� � ����� ����� ������� ���� �����!� � �� ����/�!��� ��������������� ���7�� ���������/� ��� ������7�� ���"

RECOVER�����FRACTIONS������ ���������%� ��BIGINJECT"

3��� ��������� ���������7�� ���.� ����F�;�< "

�,��� �B DEFINE APROG large_vol FLOW 50 *0:30 BIGINJECT r1a1 500 4:00 RPOINT response !rpoint 4 min !after injection startEND

Method language reference __________________________________________________________

��G ������������ ����� ���������

BEEP

3�������������!���� �������� ��� ��� �� � �������� ��"

A��/�B�DEFINE ALERT-�DEFINE MESSAGE�����MAIN�� ����"

&����� ���B �C���"

�,��� �B MAIN APROG immob BEEP APROG analyseEND

DEFINE MESSAGE box BEEP BEEP LTEXT Don't miss this message!END

CAPTION text

3� �� ������ �����!� ��������� �/����"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� ��, � ���������������� ���"

�,��� �B DEFINE APROG temp_check CAPTION Temperature check CURVE temp FLOW 10 INJECT r1a1 10END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��H

CLOCK time [option]

1��� �$������ ���%�� ����"

A��/�B�DEFINE MESSAGE�� ���"

&����� ���B ����� 3 �� ��/� ����!��� ����"������ ���B==B33-===B33����333"

�� ���B �� 1��� �$� ����������� ����� $"

�,��� �B DEFINE MESSAGE countdown RTEXT minutes remaining CLOCK 5:00 -mEND

Method language reference __________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

[*] [time] COINJECT position1 volume1 position2 volume2

6�%��������������7�� �%� �� %������� �!� �%��/���7�� ����-��"/"�!������� ��/� �/���������/��������� ���������"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

� ���� �� ��������� ����!������� ���"

� ����� D� �����!����� ���-������ �� ��!���� ��!���.� ����������� ����$��������!���.����� ���� �� � ������7�� �����(����3�� �����"@"8+"���/������< "

� ���� �� ��������� ����!������� ��"

� ����� D� �����!����� ��-����/���;�;�< "

3��� ���������7�� ���!���� ����������� �� ���"�3��� ��������7�� ���������� ���7�� �����"�D����� ����� �� � ����������� $���������!����!������ ���"

FRACTIONS������ ���������%� ��COINJECT"�RECOVER�������������!���� �������� ����������� ����� ��� ��� �"

3��� ��������� ���������7�� ���.� ����F�@�< �!����� ������ ����������� ��"

�,��� �B DEFINE APROG double_inject FLOW 50 *0:30 COINJECT r1a1 50 r1a2 150 0:50 RPOINT resp1 !rpoint 1st inject 3:50 RPOINT resp2 !rpoint 2nd injectEND

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ����

CTEXT [text]

4�� ������ ����� �, �������ALERT����MESSAGE���,"

A��/�B�DEFINE ALERT�����DEFINE MESSAGE�� ����"

&����� ���B ����� ��, ���� �����/���� ��@������� ���"��� ���� ������������ ������ ���MESSAGE���,��!����������� ��"

�,��� �B DEFINE MESSAGE demo TITLE DEMONSTRATION BOX LTEXT This text is left-adjusted CTEXT This text is centered RTEXT This text is right-adjustedEND

Method language reference __________________________________________________________

��� ������������ ����� ���������

CURVE item [option ...]

& � �� ���.� ����!���� � ���� ������ ���������/����%����%"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� C�����!� ���� � ���� ��� ��� � B

���� �� �� ������� � ������ ���

���� � ��!!���! �%��� ��(��� ������! �%�����+

���� � .� �����!���!!�����������/��� ������ �������! �%�����

�� ���� �� �� ���� �� � "��� � ��.� ���� �� �����/� �������,��"

��� &����� �������� �!�����$��B � ��� G /��$� � �� H �/� �� �� /���� � �/� �/����8 �$�� �� �/� ��$��@ ��� � �/� ����; ��/�� � �8 �/� ���/�� �9 $� �% �@ �/� �$� �%: %�� � �; ���/� �%�� �

��� ������/��� ���� ��.� "�D� ����!��������������"����/��"�9;��"�1�!�� �.� �������8�!��������������!������� ���������� �"

�,��� �B DEFINE APROG temp_check CURVE temp -o FLOW 10 INJECT r1a1 10END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ���8

DEFINE ALERT

1�!���������� �/�����,������ ��/�%� ��0��� ����2�����0���� 2�� ���"

A��/�B�� ������!��� ���"

3$� �,B� DEFINE ALERT name [PARAM variable ...] other commandsEND

����GO�����STOP���������������� �.� $������������� ���DEFINEALERT�� ���� �������!$� �, ���� ���0��� ����2�����0���� 2��� ������ ���ALERT���,"

�!� ���� ������� �������� ����STOP�����GO���������-�� �����,�%� ��� ������0��� ����2��� ���%� �� ��� �, �Continue��������0���� 2�� ���%� �� ��� �, �Abort"���!� ���� ������� ������� ����STOP����GO��� �� ��� �-� �����,�%� ���� ���������� ��������������� ���� ��� � ��� ���"�C� �� �� ���DEFINE ALERT�� ����%�������� ������� $���STOP��������%� ����� �$������ �/�����,�%����� ����� $��� ������� ����� � ����� ���"

������� ����� ����������� ���������� ����� ��������������%�� �� ��� �� ���,�������� �$��"�� �����/���� ���0��� ����2��� ������������ ��������� ���"�� �����/���� ���0���� 2��� ���� ���� ����� ���������� � $"

Method language reference __________________________________________________________

���@ ������������ ����� ���������

DEFINE APROG

1�!���������������!������ �������������� $�������/���"

A��/�B�� ������!��� ���"

3$� �,B DEFINE APROG name FLOW flowrate other commandsEND

�����APROG���� ���� ������FLOW��������"�����FLOW������������ ��� ���!��� ������ ���� ������������ ���APROG"���������� �� ��!!�� �� ��/��(��������CAPTION-�MODE-�CURVE+������ �������!���� ���FLOW�������"

DEFINE LOOP

3� ������� �� ���!�.� ����!������� � �.����� $���"

A��/�B�� ������!��� ���"

3$� �,B DEFINE LOOP name LPARAM variable ... [TIMES count] value ... ... ...END

3���3�� �����"8"8�!����� �� ���!� ������!��� ���"

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ���;

DEFINE MESSAGE

1�!������������/����,"

A��/�B�� ������!��� ���"

3$� �,B� DEFINE MESSAGE name [PARAM variable ...] other commandsEND

�������/����,����� �$����!���� ����!��� �������� ��"����������/������������� �$����� � �����%�MESSAGE������������������-����ALERT��,�������� �$������ ����� ��������"

1��� �$��/��������/����,�������� ��� ����� � ����� ��������� ���� ����� ����� ������(��������DEFINE ALERT+"

�������/����,������ ����� ������� ���� �.� $������/��� �������� ���"��!�$���%�� � ����!�����������/�� ����������% ��/����$� ������� ��-�������DEFINE ALERT�� ����������� ������GO����������� ���� ���"

Method language reference __________________________________________________________

���9 ������������ ����� ���������

DETECTION fc

3� ���� �� ���������������� �� �! �%��� �"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B ��� =������ ��/�"D� ���B����� �� ���� �%"

����DETECTION����������� ���� �� ��������-�! �%��� �������!���������� ��� ������������/� �� ���!� �%��/� �� �B

���.� �� 1� �� ��� � �%��� ���!��������� ��� ���

� � � �� ���� ���� �

�� ���� ���� �

8 8 8 �� ���� ���� �

@ @ @ �� ���� ���� �

�- �- �- ����

�� �- �- ��

�--8-@ �--8-@ �--8-@ ����

��-@�8 �--8-@ �--8-@ ��-�@�8

��-8��-@�� �--8-@ �--8-@ ��-8��-@��

� ����������� ������!�! �%��� ������������ ������������ ��������.� ��"

����! �%��� ��(�� ��� � ����� �� ��������������!���������� ��� ���+���������'��� $��������/���%� �� ���FLOWPATH��������������APROG"�����INJECT���������%� �� ��� �������� $��� � ���! �%��� ��!���'�����"�3���3�� �����"@"��!���������� �� �"

DETECTION���� ����� ���FLOWCELL�������������������� ����.��������!� �����! %���"�FLOWCELL����� � ������ ���!�������� ��� � $�%� ��� �����%�� ��������� ����.�������"

�,��� �B MAIN DETECTION 1,2,3,4 APROG immob APROG analyseEND

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ���:

[*] [time] DILUTE position1 position2 mixpos percent

=�,��� %������ �������� ��������� ���"�A����!����� � ��/�������,��/"

A��/�B�DEFINE APROG�����MAIN�� ����"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

� ���� �� ��������� ����!������� ���"

� ���� �� ��������� ����!������� ��"

���� � ��������� ����!��� �����,��������� "

������� ���� ������� �/�������� �� �����!����� ���"���/��;�H;I"

����!��� �.� �����!���,��������� ����!�,���� ��< "������DILUTEr1a1 r1a2 r1a3 20� �����@�< �!��������������9�< �!�������������,��� ����������� �������8"

��DILUTE����������������� �� $��'��.� �� � �� %��TRANSFER���������!� �%����$���MIX��������"�DILUTE������%�.����� ���5��!������ ����!��������%� �� ���!�,���!��� �.� �����!��< "

DILUTE�������������MAIN�� ����%� ��� ���������������� ����.�� � �/"

������ � �����������$���$�������������!� ��� %���� � ���������/���,����.����/��!���� $���!!���� �.������ ���"

�,��� �B DEFINE APROG incubation FLOW 25 *0:30 DILUTE r1a1 r1a2 r1b1 50 5:00 INJECT r1b1 50 ! inject 5 min after ! mixing sampleEND

Method language reference __________________________________________________________

���G ������������ ����� ���������

DIPNEEDLE position

&����������� ���������� �����!�����.�� � ���������������$��.����!!�� �"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B �� ���� � &��� �������%��������� ����� �����������"

��< ��� � ������������� ����� �� ������� ��!���� �������������� ���� ������� ������� �"�A��� ��������������������� ����%� ������� ������ ��/�!������������ ����%����� ������� ���� � ������!!����/��� $!������!!��������!��� �.������,-���-�������� ���/ ��� �"

�,��� �B DEFINE APROG predip FLOW 25 DIPNEEDLE r1a2 !sample buffer INJECT r1a1 50END

END

1�!����� ��������!���� ���"

A��/�B�� ������!��� ���"

&����� ���B C���"

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ���H

ENDLOOP

1�!����� ��������!��� �������� ��� ������� ���MAIN�� ���"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B C���"

EXTRACLEAN

&��!������, ���� �����/��!� ������"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B �C���"

4��������-�EXTRACLEAN���� �� %�$������ ���������� $��! ��� ����7�� ������������ ��%������ ���!���"�J���������%�.����� ���������� ������RECOVER����FRACTIONS ���������� %���� ���INJECT���� ���EXTRACLEAN��������"������ �����/�����������%� ����,��� �������� $��! ��� �����7�� ���"

�,��� �B DEFINE APROG injection FLOW 20 INJECT r1a1 30 EXTRACLEAN !extra clean-up after injectionEND

Method language reference __________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

[*] [time] FLOW flowrate [option ...]

3� ��! �%��� �"

A��/�B�DEFINE APROG�����MAIN�� ����"

&����� ���B� ���� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

�� ����� � �%��� �����< ?���"����/�����< ?���"

�� ����B �! �� ���� �������! �%��������!����� �� ��/! �%"

����FLOW�������������� �/� ��$������DEFINE APROG�� ���-�������$�� $��������������$� ������������CAPTION-�CURVE-�KEYWORD-�MODE,PARAM�����SCALE"

���� ���������!��� ��������� ������� ����$�FLOW�����������MAIN�� �������$� ���!��� �FLOW���������������APROG"

�� %����APROG����� ���MAIN�� ���-� ���! �%��� ������� � ����< ?��������!�� "�A�����FLOW������������ ���MAIN�� �����!�����!!���� �! �%��� ������'�����"

�,��� �B DEFINE APROG sample_inject FLOW 10 INJECT r1a1 10END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ���

[*] [time] FLOWPATH fc

3� �� �����!!���! �%��� �"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

�� � �%��� �� �������� �������� ����� �"�D� ���K�K-�KK-�K8K-�K@K-�K�-K-�K�--8K����K�--8-@K"

FLOWPATH������ ����!!���! �%� ����/�� ��������!����! �%��� ���� ������� ��!!�� � ����� �� ��������"�A���DETECTION���� ���MAIN�� ���� ���� �� ���� �� �������������! �%��� �"

�������FLOWPATH�������� �� ��� ����� �� ����������� ��$�DETECTION���MAIN"�������/ �������� ��� �� ��������-�� ���������� �� ���� � ���! �%�� �� ���� ��%������� ������� ��� �� ��"�3���3�� �����"@"��!��������� �� �"

� �%��� ������/������� ��� � �� ��������� �APROG"�4���� ���APROG������� � ��-� ���! �%��� �������� ����� �� ����� ��/� �� ���� ����� � ��� �� ��!� ���APROG"

����! �%��� ���� ��/�������� �������� $��.����������$���.����� ���� �� � ����INJECT��������"�����! �%��� ������� � �� ����'������� ���!� ���INJECT���������!��� ������� �����!� ������� ���7�� ����(����3�� �����"@"�+"

�,��� �B DEFINE APROG analytes FLOW 25 FLOWPATH 1 INJECT r1a1 50 !from r1a1 to Fc1 FLOWPATH 2 INJECT r1a2 50 !from r1a2 to Fc2 FLOWPATH 3 INJECT r1a3 50 !from r1a3 to Fc3END

MAIN DETECTION 1,2,3,4 !multichannel mode APROG analytesEND

Method language reference __________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

FLUSH

����� ���%�����/� �� �Flush�(����3�� ����:""�+"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B �C���"

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��8

FRACTIONS startpos volume no

����.������������ ��/����� �������/���!!���! �%"����� ����������� $����� �� ��������/��������� ���������"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ������� � ��������� ����!��� ���!��� �!��� ���"

� ���� ���� ����.� ���"����/��;�8;�< "

� C�������!�!��� ����"����/����H9"

���������������� �� %�$��!� �%������ $��! ��������!� �����7�� ������������INJECT-�KINJECT����QUICKINJECT"�J���������%�.���� ����������� �������EXTRACLEAN����������� %���� ���INJECT���� ���FRACTIONS��������"�FRACTIONS������ ������� ���!��BIGINJECT����COINJECT"

������������ ���� ���� �� �����!��� �����������(;�!��� ����?���+"��! �����'��� ���!��� ������5�������� ��� ���� ���.� ������ �.�������� ��� ���-� ����� �� �!��� ������5��%� ���� ������ �� � �� ���������� �� ��� � ��������� �! �%��� �"������,��� �-���'��� ��/�;�< �!��� ������ ��! �%��� ���!���< ?����%�� ����'������!��� ����?���B� ����� �� !��� ������5��%� �����< "

�!� ������������ ����!��� ���!��� �!��� ������������!������� �� � ���������� �����/������ �����!���� �!��� ����-� ���!��� ������ �� ����%� �� ��� � ��� �� ����� ������� ��������������������/��!! ��� �%� ���� �� � �%�� �"

�,��� �B DEFINE APROG collect FLOW 20 INJECT r1a1 50 FRACTIONS r2a1 20 5 !collect5 fractions !of 20µl EXTRACLEANEND

Method language reference __________________________________________________________

��@ ������������ ����� ���������

GO name

1��� �$������ ���!���0��� ����2�!��� ����������ALERT���,"

A��/�B�DEFINE ALERT�� ���"

&����� ���B ����� ��, ��!���� ���������� ����%�����%� ������� �$������ ���������!� ����� ��"

�,��� �B DEFINE ALERT demo LTEXT This text is left-adjusted CTEXT This text is centered RTEXT This text is right-adjusted GO OK STOP CANCELEND

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��;

[*] [time] INJECT position volume

L����� ������������� ����7�� ���"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

� ���� � ��������� ����!������� �"

� ���� D� ���� �������7�� ��-������ �� ��!���� ��!���.� ����������� ����$��������!���.����� ���� �� � ������7�� �����(����3�� �����"@"8+"���/��;�8;�< "

3��� ��������� ���������7�� ���.� ����F�8�< "

�,��� �B DEFINE APROG immob FLOW 5 DILUTE r1a5 r1a6 r1b1 50 !NHS/EDC INJECT r1b1 35 !NHS/EDC * INJECT r2a1 35 !ligand 5:00 INJECT r1c1 35 !ethanolamineEND

Method language reference __________________________________________________________

��9 ������������ ����� ���������

KEYWORD header value

1�!������� �����������������$%������������ ����� � �� �"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ������ ��, �!��� ����� ����������/���� �������� ���� � �� �"

����� �� ������� �� -������!���������.����� ���������� �� � �, �.� ��"

����������������� �����$��� �������� ���������.����� �"

������������������������� ��������������� �� �����!����.� �� ���"

�,��� �B DEFINE APROG report PARAM %conc KEYWORD Antibody Mab-451 KEYWORD Conc %conc FLOW 10 * INJECT r1a1 10 -15 RPOINT baseline -b 30 RPOINT plateauEND

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��:

[*][time] KINJECT position volume disstime

6�%���������������� �������� ���7�� ����!������� ������ ��� ����"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

� ���� � ��������� ����!������� �"

� ���� D� ���� �������7�� ��-������ �� ��!���� ��!���.� ����������� ����$��������!���.����� ���� �� � ������7�� �����(����3�� �����"@"8+"���/����;�< "

������� 1������� ���� ����(!�����!!���! �%� ����/�! �%��� +"����/��������"

����KINJECT�������������� �����������/��� �������� ��/����� �!������!!������ ����� ����� ��� ����/� ��������5������ ���������������������.����7�� �������!�������"������ �� ����������� ���� �����������!�����! ��� �����7�� ���-������/�%����� ���������/����%� ��� ������ �������$� ����� ��� ���%�����/������ ����!� �%��/� �����7�� ���"

3��� ��������� ���������7�� ���.� ����F�@�< "

�,��� �B DEFINE APROG kinetics 1 FLOW 10 * KINJECT r1a1 30 240 !4 min dissociation -20 RPOINT baseline INJECT r1a3 5 !RegenerationEND

Method language reference __________________________________________________________

��G ������������ ����� ���������

LIFETIME

1��� �$�� ��� ����!���%������������/����,������������ �.�"

A��/�B�DEFINE MESSAGE�� ���"

&����� ���B �C���"

����������������������������!�����.� ����� ������������ $"�� ���$�������� ���� ���������� �� ��� �� ��/�.� ����!��� ���CLOCK��������"

�,��� �B DEFINE MESSAGE develop LTEXT This process has been running for LIFETIMEEND

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��H

LOOP name ordercommand[...]

ENDLOOP

����� ������'�������!���������������������-�����/������� �����������!�������DEFINE LOOP"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B ����� C�����!� ���LOOP���������!�������DEFINELOOP"

��� �����!� �����$%�����STEP-�ORDER���RANDOM"������������ �����!����� �����������%�������%�����DEFINE LOOP�%� �������� ��(����� ���3�� �����"8"8+B

STEP � ��� ����/�� ���.����� ���� ����� ��������� ���������/� �� ���TIMES�������"

ORDER ����� � ���!��� �.����� ���� ��������/� �� ���TIMES��������- ���� ������������ ����������"

RANDOM %���� ����/�� ���.����� ���� ����������������"

� ���� ��$���������%��������.� ���%� ���� ��MAIN�� ���"

���������%� ���� ���LOOP����� ��� ������'����������� ������� ��!�����!�.����� �������"������������������� ���MAIN�� ������� ���� ���������� �������� �������� ���������������/�DEFINE LOOP"

�,��� �B DEFINE LOOP cycle LPARAM %sample %pos %vol TIMES 3 Sample1 r1a1 10 Sample2 r1a2 15 Sample3 r1a3 10END

MAIN DETECTION 1 LOOP cycle RANDOM APROG analyse %sample %pos %vol ENDLOOPEND

Method language reference __________________________________________________________

��8 ������������ ����� ���������

LPARAM variable ...

1�� �����.����� �����������DEFINE LOOP"

A��/�B�DEFINE LOOP�� ���"

&����� ���B �������� C�����!� ���.����� ���������� ���DEFINELOOP�� ���"�3���3�� �����"�"�!���.����� ������/��� ��"

����LPARAM������������ �� %�$����� ���!��� ��������������DEFINELOOP�� ���-�������$��� �������������� ����������������� ���"

�,��� �B DEFINE LOOP cycle LPARAM %sample %pos %vol TIMES 3 Sample1 r1a1 10 Sample2 r1a2 15 Sample3 r1a3 10END

MAIN DETECTION 1 LOOP cycle RANDOM APROG analyse %sample %pos %vol ENDLOOPEND

LTEXT [text]

4�� ��� �! �� �/���� �, �������ALERT����MESSAGE���,"

A��/�B�DEFINE ALERT�����DEFINE MESSAGE�� ����"

&����� ���B ����� ��, ���� �����/���� ��@������� ���"��� ���� ������������ ������ ���MESSAGE���,��!����������� ��"

�,��� �B DEFINE MESSAGE demo TITLE DEMONSTRATION BOX LTEXT This text is left-adjusted CTEXT This text is centered RTEXT This text is right-adjustedEND

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��8�

MAIN

1�!����� ����������/��!�APROG���������������������� ���"

A��/�B�� ������!��� ���"

3$� �,B MAIN other commandsEND

������� ������� ���� �������������� $�����MAIN�� ���"

������������ ���MAIN�� ���������� ������������� ���������/������ ����.�� � �/"�3�����/���������.�� � �/���������/������� �.���� $�����/��,��� �����!����APROG�%���������� ���!���� ���MAIN�� ���"

Method language reference __________________________________________________________

��8 ������������ ����� ���������

MESSAGE [name] [parameter ...]

1��� �$����MESSAGE���,"

A��/�B��MAIN�� ���"

&����� ���B ����� C�����!� ���MESSAGE���,���������!������DEFINE MESSAGE"

��������� D� ���!������� �$���� ���MESSAGE���,"

&����� �������� ���� �� ���MESSAGE���� ��������������'��� �� $� � ���.����� ������ �������� ���PARAM������������DEFINE MESSAGE"

4� ������LOOP����� ��� ���-������� ������$�������� ��������� ������� �� �.� �������.����� �������"�D����� ����������� ���� ���������� �������� �������� ���������������/�DEFINE LOOP"��� �������LOOP-������ ������� �������� ����������� �� �.� ���"

���������/����,������������ ������������ � �����%������/����,������� �� ���,�������� �$������ ����� ��������"���MESSAGE���������%� ���������� ����%� ���������$��,�� ��/������/����,�!���� ���������"

�,��� �B DEFINE MESSAGE no_break LTEXT Do not interrupt this cycle!END

MAIN MESSAGE no_break APROG unbroken MESSAGE !clear message box ...END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��88

[*][time] MIX position volume

=�,������� ������� ����� ���.�� "

A��/�B�DEFINE APROG�����MAIN�� ����"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

� ���� � ��������� ����!�����,��/"

� ���� D� �������< � ����,"����/���;�@;�< "

MIX�������������MAIN�� ����%� ��� ���������������� ����.�� � �/"

�,��� �B DEFINE APROG sample_mixing FLOW 10 TRANSFER r1a1 r1a2 60 TRANSFER B r1a2 30 MIX r1a2 75 INJECT r1a2 40END

Method language reference __________________________________________________________

��8@ ������������ ����� ���������

MODE option [...]

3� �� ����� ���� �� ���������� ����!������APROG"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B �C���"

�� ����B ��� ������/��� ���� ��.� �!��������������/�������������"����/��"�M���"

� � =�,�������������!��� �� ����� ������ �� � ��������� �������/��� ���� ��.� �(���3�� ����H"G+"����/���M�;"�1�!�� �"

�!�MODE������ ����APROG���$��� ��/�������!����%� �� ���Run:Datacollection rate�������������������.��������"��!�MODE������� ��-� ���� ��/�������!����%� �� ������������������� $"�A���/���MODE��������� � �����/�����/��!����APROG�%� �������� �� � ���������/�� ����������� �!��� ����� ���"

MODE���$��� $��������������$� ������������CAPTION-�PARAM-SCALE�����KEYWORD"

�,��� �B DEFINE APROG low_resolution MODE -d10 ! reading rate 1 point/10 s FLOW 10 INJECT r1a1 10END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��8;

NORMALIZE position

����� ���%�����/� �� �Normalize�(����3�� ����:""�+"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B �� ���� � ��������� ����!��� ���/ $���� ��� � ���(�������� �5��/��� � ���+"

�!������ �5� ����������� ��������-� ����� ����%� ���� ������ ��"

PARAM variable ...

1�� �����.����� ��������������ALERT-�APROG����MESSAGE�� ����"

A��/�B�DEFINE ALERT-�DEFINE APROG-�����DEFINE MESSAGE�� ���"

&����� ���B �������� C�����!� ���.����� �"�3���3�� �����"�"�!��.����� �������/��� ��"

��� ������$���� ����������$�PARAM���������������'�����"�� PARAM�������������� ������������$�� ���������������� ���� ���"

����.����� �������������DEFINE LOOP�� ���-�����LPARAM"

�,��� �B DEFINE APROG injection PARAM %position %volume FLOW 5 INJECT %position %volumeEND

MAIN DETECTION 1 APROG injection r1a1 20 APROG injection r2a5 35END

Method language reference __________________________________________________________

��89 ������������ ����� ���������

PRIME

����� ���%�����/� �� �Prime�(����3�� ����:""�+"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B �C���"

[*] [time] QUICKINJECT position volume

��� ���7�� �%� �� �%����� ��������� ���"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

� ���� � ��������� �����!����� �"

� ���� D� ���� �������7�� ��-������ �� ��!���� ��!���.� ����������� ����$��������!���.����� ���� �� � ������7�� �����(����3�� �����"@"8+"���/��;�8;�< "

�������7�� ��������������/ ��������/��� ������� ��/� ������� ��!�����!!��� ������������� ��������� ����������������� �����7�� ����������"�1���� �����QUICKINJECT������� ��� �����%������.��������!����� ������������������� ��� "

3��� ��������� ���������7�� ���.� ����F���< "

�,��� �B DEFINE APROG quickie FLOW 20 QUICKINJECT r1a1 500END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��8:

RACK base type

3� �� ����� ����� �������� $��"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B ���� ��N� �! ����� ����N���/� ����� ��� ���� ��������N� ����������� $������������N� ����������� $�������������N� ����������� $����������N������ � ���� � �����RACK�����������!����� ����������� ����� �� ���������� �������� �����������"��!����RACK���������������-����� �������������� �����������/� �� ��������� ��� ��/�������Command:Define Rack Base���� �������� ���� �� ��� ��!����(���3�� ����@""@+"�������������� �� � ��������� ��� ��/������.� ���!��� ���� ���"

����RACK��������������������� ��� ����!����� ���� �.������� �������"�������������� ���������� �������� ������������%� ���%�.�� ���������� ��� ��� �� ������� ����� �� ������������ �� ��������!��������"������,��� �-�%� �� ������������RACK 1 THERMO_A�����RACK1 MICRO-� ������� ������!������� �.� ���(!���,�� ������������ � ��� � ���� ��� ���� ������������+"

�!���RACK����������������-�� ������� �� �������!����������� ����� ������ ���������!����(�"/"��!� ���MAIN�� ������� ������� $�RACK 1THERMO_A-����� ��������������%� ��� ����.� ��+"

�!� ��������� �������� ��/��%���� ����� �������� �� �������� ����������� �� ����� ��/����'��� ������ ���RACK��������-� ����� ���%� ������ �!���������� ��/������/� ���Define Rack Base ��� �/�����,!���� �������� ���� �� ��� ��!����(����3�� ����@""@+"��!�$���������Cancel�!���� ������� �/�����,-� ����� ����%� �������� ��"���������� ����.����������������� �� � �����������$������ ���������/��B ����� $��� ��/��%�������������� �������� ������ �/�����,����� ���������!������� ���RACK��������"

����RACK�����������$��� $��������������$����ALERT��������%� ���� ���MAIN�� ���"������$�������� �����/��������� ��/���� %���APROG��������� ���"

�,��� �B MAIN RACK 1 thermo_A RACK 2 thermo_B APROG analysis ...END

Method language reference __________________________________________________________

��8G ������������ ����� ���������

RECOVER position volume [option]

����.������7�� ������� ��������/�� "����������������� ���������� $�! ��������7�� ��������"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B �� ���� � ��������� ���� ��%����� ������� ��%� �������.����"

� ���� D� ���� ���������.����"����/��;�8;�< (��8;��! ���COINJECT+"������������O;�< �!������ ������������������.����.� ���"

�� ����B ��� 3��� �� ������.���(COINJECT��� $+"&���� ���.� ����!�����������(!��� ����� �+�����(����������� �+"�1�!�� �.� ����"

RECOVER���$��� $���������%� ��COINJECT-�INJECT-�KINJECT����QUICKINJECT"�J���������%�.����� ����������� �������EXTRACLEAN���������� %���� ���INJECT����� ���RECOVER��������"�RECOVER����� ������� ���!���BIGINJECT"

����RECOVER������������ ����� ������������ � $��! ��� ���INJECT�������� ��%������ ���� ���"��!�$���%�� � �����������!�����.����/�� �����7�� ������� �-������!$����� ���< ������ ���� ���.� �����!���� ����7�� ��"

4� ��COINJECT-� ����� ���������$��������� �������!$�����.��$��!� �����������7�� ������� �"�������� ��������� �.� ���%� ��� ����INJECT��������"��!������ ������������!����%� ��COINJECT-� ���!��� ����� ��������.����"

RECOVER�����FRACTIONS���$��� ���������%� �� ��������INJECT�������"

����.� ���������!����!���RECOVER���� ���.� ����%�����%� ���� ����!���� �������.��$����"����������� ���������� $� ����������� �����7�� ��.� ���B��"/"��!� �������.��$���������������%� ����!!��������� ���,��� ���� �%-� �������.�����.� �������� ����� ��������!� ��������/�.� �������� �����7�� ���.� ���"

�,��� �B DEFINE APROG recovery FLOW 10 TRANSFER r1b1 R 200 !prime recovery cup INJECT r1a1 100 RECOVER r2a1 310END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��8H

RINSE

����� ���%�����/� �� �Rinse�(����3�� ����:""�+"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B �C���"

Method language reference __________________________________________________________

��@ ������������ ����� ���������

time RPOINT id [option ...]

3� ��������� ����� "

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"

� ���� �!��� ����(��� ��8������� ���-� ������������������������+"�������� �!��� ������������������� �������� ����� �� �"

�� ����B �� ���� ����� �������� ���"�3����'��� ����� �%� ������ �� � ����� � �.�� �� �������� "

�%� �����%����%�!����� �� � �����!�� ���-���������� ���������.�� ���"�D� ��������!���� �B==B33-����/���HBB"�1�!�� �.� ��BB;�(;��+"

��� 3� ������ ����� �������.����������"����.���������� �!�����$����������� ����������!� �������� ���B

��N���B��������/�����N����B��!��� �� � ������.���N���B���������� � ������.����������"

�� ����%����%��!��/�.���������� ����� �%� ��.� ����!���������/ ���� ����� "������/ ���� ������ ����� ���������!� ���%����%�������� ���� ���� � ��� ������� ������ ������ ����������!� �������� ����� ����� ���"

����� ����� �������� ����� �������/���������� ������� �����"

�,��� �B DEFINE APROG report KEYWORD Mab-451 FLOW 10 * INJECT r1a1 10 -15 RPOINT baseline -b 30 RPOINT plateauEND

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��@�

RTEXT [text]

4�� �����/� �� �/���� �, �������ALERT����MESSAGE���,"

A��/�B�DEFINE ALERT�����DEFINE MESSAGE�� ����"

&����� ���B ����� ��, ���� �����/���� ��@������� ���"��� ���� ������������ ������ �����,��!����������� ��"

�,��� �B DEFINE MESSAGE demo TITLE DEMONSTRATION BOX LTEXT This text is left-adjusted CTEXT This text is centered RTEXT This text is right-adjustedEND

Method language reference __________________________________________________________

��@ ������������ ����� ���������

SCALE axis min max [option ...]

3� �� �����!�� ���� ��!�����������/����������.�"

A��/�B�DEFINE APROG�� ���"

&����� ���B ����� �,��� ����� �"�&���� ���.� ���B, ��������$ �! ������������ �� ��/� ������(�� ���� +������� �

��� =�������.� �������,��"

��� =�,�����.� �������,��"

�� ����B � ���� A����������� ��� �����,��"

� ����� 3� � ������ ��� ��.� ������"

�� �� ���� �"

�����$� ���%����� ���SCALE����������������-� ����� ��/����!���� ����!�� ���� ���� �������/� �����������%���� ������� �!� �����������"�! �������/��/� ������ �-� ����� ������� ������������ ���������/� ��Method��� ������� ���View:Scale���� �/�����,"

�����$� ���%�����SCALE������ �����-� �����!�� ���� ���� ��/����Auto.

������/� ������(�� ���� +������� ����������!������.����� �.� ���%� �� ������� ������� ����A�D���������"

�,��� �B DEFINE APROG fix_scale SCALE y 10000 20000 FLOW 10 INJECT r1a1 10END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��@8

STOP name

1��� �$������ ���!���0���� 2�!��� ����������ALERT���,"

A��/�B�DEFINE ALERT�� ���"

&����� ���B ����� ��, ��!���� ���������� ����%�����%� ������� �$������ ���������!� ����� ��"

�,��� �B DEFINE ALERT demo TITLE DEMONSTRATION BOX LTEXT This text is left-adjusted CTEXT This text is centered RTEXT This text is right-adjusted GO OK STOP CancelEND

Method language reference __________________________________________________________

��@@ ������������ ����� ���������

TEMP degrees

3� �� ��� ������ ����� � ���! �%��� "

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B ������� ��'������ ������ ����(P�+"����/��@�@�P�"

����TEMP���������������� ����� ���� ��%�� ��� � � ��� ������ �������� ��� �5���� � �����'��� ���.� ��"������ ����� $���� $����� �������!���������/���!�;�P�"�������� ��������/��������� $������'��� ���!��� ���MAIN�� ����(�� %����APROG�+"���!!���! �%���� ������� ���< ?��������/� ��� ������ ����� ��� �5� �����������"

1���� ��� � ��� ������ ���� �� �%��� ����P���� �%������� "������� ����� ������ �/����� ���� ������ ������ ������ ������ ��.� /��� ��� ����P�-�������'��� ��/��� �%��� ������ ������������ ����������!��� ��%�� � ���"����� ��� ����� ���������/� ������ ���� ��� �5� ���-�$������ ����� �������/���$�� ���� � �������(����3�� ���@"@"�@+"

����TEMP���������������� ��!!�� � ��� ������ ������� ���� ����� ��������� ��� "�3��� ���������!!�������!� $��'�� ���� ��� � ���! �%��� � ������ ���������/������/�� ����/�� ������"

�,��� �B ������,��� ���������LOOP����� ��� ���� ������� ������ $����� �����������!� ������ ����"

DEFINE LOOP temp_series LPARAM %degrees TIMES 1 10 15 20 25 END

DEFINE APROG analysis ...END

MAIN LOOP temp_series STEP TEMP %degrees NORMALIZE r2f2 APROG analysis ENDLOOPEND

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��@;

TIMES count

3� �� �������� ����� �!����� ���!�.����� ��"

A��/�B�DEFINE LOOP�� ���"

&����� ���B �� ��� ����� ����� "�D� ������;�(��!�� ��+"

��������� ����� ���� ���� �������'��� ���%�����.����� ���%� ���� ��DEFINE LOOP��� � �����%������ ����� ������ "���������� ����� ���$����� �������$� ����������'�����������DEFINE LOOP"

3� ��/�������� ����� ��!�8������� �� ������'��� ���%��%� ������������� ����� ����"

�,��� �B DEFINE LOOP cycle LPARAM %sample %pos %vol TIMES 3 Sample1 r1a1 10 Sample2 r1a2 15 Sample3 r1a3 10END

MAIN DETECTION 1 LOOP cycle RANDOM APROG analyse %sample %pos %vol ENDLOOPEND

TITLE text

3� �� ��� � ������ �, �!������ALERT����MESSAGE ��,"

A��/�B�DEFINE ALERT�����DEFINE MESSAGE�� ����"

&����� ���B ����� ��, ���� �����/���� ��@������� ���"���� � ����$��� ���� �! �� ���"

�,��� �B DEFINE ALERT demo TITLE DEMONSTRATION BOX LTEXT This text is left-adjusted CTEXT This text is centered RTEXT This text is right-adjusted GO OK STOP CANCELEND

Method language reference __________________________________________________________

��@9 ������������ ����� ���������

[*][time] TRANSFER from-pos to-pos volume

�����!�������� ���� %������ ����� ���.�� �"

A��/�B�DEFINE APROG�����MAIN�� ����"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"������ ������(E+���!���� �� ���������!��� ������ �� �����.�� � ��������5���� ������!�������!��������'��� � ��������!��� ����"

�� ��� � ��������� ���� �� ����!���!���"

� �� � ��������� ���� �� ����!��� �"

� ���� D� �������< � �� ����!��"����/��;�@;�< "

���������� �.� �����!��� ����� ��� �������� ��� ����!���� �'����!��� ���� ��� �.���� "

���������� �.� �����!��� ���� �� �������� ��� ����!���� �'���� �� ������.��$����"

TRANSFER�������������MAIN�� ����%� ��� ���������������� ����.�� � �/"

�,��� �B DEFINE APROG recovery FLOW 10 TRANSFER r1b1 R 200 !prime recovery cup INJECT r1a1 100RECOVER r2a1 310END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��@:

UNCLOG

����� ���%�����/� �� �Unclogging�(����3�� ����:""�+"

A��/�B�MAIN�� ���"

&����� ���B �C���"

WAIT time

4�� ��!����������!���� ���"

A��/�B�DEFINE APROG�����MAIN�� ����"

&����� ���B ����� 4�� � ������� ���!���� ���B==B33-==B33����333"

� �%���� �����������/���%�� "

4� ������LOOP����� ��� ���-������� ������$�������� ��������� ������� �� �.� �������.����� �������"�D����� ����������� ���� ���������� �������� �������� ���������������/�DEFINE LOOP"��� �������LOOP-������ ������� �������� ����������� �� �.� ���"

�,��� �B DEFINE LOOP wait_time LPARAM %delay TIMES 2 5:00 10:00MAIN DETECTION 1 WAIT 2:00 !2 minute delay LOOP wait_time STEP WAIT %w !vary wait time APROG analyse %sample %pos %vol APROG regenerate ENDLOOPEND

Method language reference __________________________________________________________

��@G ������������ ����� ���������

[time] WASH item

4��������������� ����� ������� �"

A��/�B�DEFINE APROG�����MAIN�� ����"

&����� ���B ����� ����������!��� �������!���� ���B==B33-===B33����333"

���� � ��� ��%���B �N�! �%��� �����

� ��N�� ����������� ���N��������� �� �����N����� ���N��������� �� ���

WASH f�����WASH i���'�����������5����! �%��� �"����� ��� � ��,��� �� ��������������%� �� ���! �%��� ���� � ��5�������� ����������� ���������"

�,��� �B DEFINE APROG immob FLOW 5 DILUTE r1a5 r1a6 r1b1 50 TRANSFER r1a6 r1b1 70 MIX r1b1 115 INJECT r1b1 35 WASH n ! extra needle wash INJECT r2a1 35 INJECT r1c1 35END

__________________________________________________________ Method language reference

������������ ����� ��������� ��@H

WASHREC [option]

4����������.��$����"�4� ������� ���� �������� �����������%�����/ �'����!������.�� ����� ���"

A��/�B�DEFINE APROG�����MAIN�� ����"

�� ���� ���� � 3����!$���������� ����!���%�����/��� � ���"

�!� �������� ��������� ������!���� �������.��$�����%� ����%������%� �� ��� ���!!��"

Example: DEFINE APROG recovery FLOW 25 2:00 WASHREC -pr2a1 INJECT r1a1 50 RECOVER r2b1 55END

Method language reference __________________________________________________________

��; ������������ ����� ���������

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� �

Index

�� �������������������Add Report Point��������������� � !����"!���������������� �� #��$������ �%"���������&�� �&��� ��� � !Adjust Method�����������������"'Adjust Scale��������������� � ��������������& ���� ���(���#����)���*�����""����+���������)�,���)���)����"

����) �����" ��������)��

� �)�-�+)�-��� ������'������������)�����#�+ ���'� �����������+ ��'�%���������&������'���� #��+)�-���))��'�������,����&���)�����'�*

���������)� �����'������������ ����%����

�����++���� ���.�� �������������� �"���)�$����#���)�����'�*

ALERT��)������� ����"�ALERT��� #������������(�

�����)�������"����)/����&������0�����APROG���)/ ���"�"

��,���������"�"�&&���� ����� ������� �� ������APPEND��� #��������������"*��(���&&)��� ���

�����)��������"&���)�����'�� /&������-�,������ �"����"

�&&)��� ����-�,��������������&&)��� ����-�,���� ��&)� �������&&)��� ����-�,������ �"����"

�����������)/�������������)�,� ����&������ �������"�������) �+�)������%�� �������������)����#�)&����'�������� ��������������� �������� �������" ���&)��&��� ���������� �� ����������+����&��+�������� �� ����"*���+����&��&��� ��������

APROG��)�������

Index____________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

�� ��� ������ �� �������� ������ ������$����������!APROG���/-���������APROG��� #������������(�!�� ��� ��

��������$������ ���� ������� ������� %+����#������� ��������'&��&��� ������� ��������'���)�������"

�� ����&)�����%��)� �������&)���� �"%����&�������)������������ ���'�*��)+��� �����'�!��1�������&)���� �"&��� �����������)���'�'&��&���%������������ ��������%������&��� ������ �"'����*������� �*��&)����������)���*�" ��&��� ������� ��)��'�' ����+����������&)���� �"

�� ������� �*����""���� ���� *�����)�������������� �" �� #��������� �%�

�����������&��������

��� ����)���� ����� �����*�����)����� � ������

+�����&�� �&��� ��� � !����"!������������������ �#�+ ���'�

Baseline��������������� � ����� ����)����� ���)� /�����BEEP��� #��������������"���(�'��������

�/� ���������& ������"������������ ��)�2�+ -���0�������� ��)���+ -���������)�� ������"%�� � �������� ��������� ��*�"�������)� ������" BIAsimulation����������������� �Biginject�� �"'����%"����BIGINJECT��� #������������(�*�����������)/���������������&�� ������"����������� �����"%��������� �����

����)� ������� ����#�,������*�"�)������� ��� ����� �"�

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� ���

�)�������+��������"�)����

����� #�����+��� �������� �3��+�)���� �*��++������������� �����������)���++�� �����"

�����))�����)�� ����������������&)�/�����"�CAPTION��� #��������������'��(�'����/���������"

�� -�������)/�����/�)������""�� -������++����������)�����"�� -����+)�-���))�����"�� -������.�� ��������"

�#�������+)�-�&� #����"��#������� #�� ��&��� ������������������'�"�#�����)������ ��������"�)��������(���#����)���*�"CLOCK��� #��������������"���(��Close�����������������""Close�-������� ��)��*� �)�����

���������� ��-����-����""��� ��)���+ -����� � "����"�

�)��������-��� � "����"*�)������ #����������$������ �%%Coinject������ �"'����%"COINJECT��� #����������������(�"��))�� ������ ��� �" ��))�� ����+��� ��������%%0�����+��� ������))�� �����)����������

������ ���,�������������$��������!�%Command�����

Define Rack Base����%�Dilute����%�Dock����%'Flow����%*Inject����%Mix����% Set Temperature����%'Stop Flow����%*Stop Inject����%%Transfer����% Undock����%�Wash����%!

��������$��������������������� �%"�)������ #��$������ �%%��������� � ���� �%"��)� �������������� �%

Index____________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

��� �������������� �%������ ������ #����� �% ����� �������������� �%%�� #������������� �%"� �� ���� #��$������ ��� �&&���� #��$������ �%%-����-�� �%

��������$�����-����-������� �%���������������� ���,����&&)��� ������!�*����������� �����)��)����� ������

������ ���,�������������$��������!�'����� #�����+��� ��������%

������ ������ ��� #���������������%��������� ����-� #� #����� ����� ��'�"���&� ���&�� ������� ������%������� �� �������������� ��"����"%���"

����)� ������� ������ ����)���������

������ ���,�������������$��������!�'��!�"%���+��������-� #���+� /�� ���������"� ���+���� ����)��#��������������� ����)���������

)��������'����&)�������*�"

�����$��� ��)������������� #�����+��� ������������� �� ������� #���������������%��� �� � ����� �"'��� ����� ����-� #����#�,������*�"Continue�-������� ��)������Standby��� �������+)�-�&��&������ ��)��1&������ ��+������� ������)/����������� ��)���+ -������"

�)������� � "����"���� �))� �����%���) �&)����� �������'�"��������"����������������� �����%������������������ �

��� ��)���+ -����&���)�����'�"���)����+��

���������� )� ��'�����)���� #���� ����&)������&�� ��� ��'�'Copy Graph��������������� � '����"!Copy�����������������"*���� ���-�� ������(������ ��������-��� #���� �%!����"CTEXT��� #��������������"���(�""� �)�������� �'���� ������� � %�������)������� � %Curve�)�� ���� ��)��������CURVE��� #��������������"!��(�"

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� �

��� ���,����&&)��� ������!�"����������$���������&)�/��!�%����������!�*����� ����)�����������!�"%��+����������������$��������!��� �� ����������!�'��& /����)��+�����1�����!�""�1��&)����!�"�+)�-���))��������!��+)�-&� #��!��If-Then�����������!�"%��/-������!�"��1��!�"��&�� �&��� ���!�"-�� ��!�"�������)����!� ��!�!Vary By Cycle��!�!

��� ���,�������������$��������!���)������������!�%

Cut�����������������"*�� ����������� �1 ����"*�/�)��� � %����!Cycle�)�� ���� ��)��������

�� ����))�� ������ ��� �" Data Collection Rate����������������� %�� ��$��)� /��'��� ������� ������� %�������)�������!DEFINE�ALERT��� #������������(�"%DEFINE�APROG �� #������������(�" DEFINE�LOOP��� #������������(�" DEFINE�MESSAGE��� #������������(�"�DEFINE�RACK�BASE��������������� �'����%���+��������� ���,�������������$��������!���+������������� �*����%���)�/��� -���������������������) ��#����)�������'�!Delete�����������������"'��)� �������������+���� #��$������ �%��)� ������&�� �&��� �����"*Desorb�-������� ��)��*���*���� �� ���

&�����&)���"�"��� ���"

DETECTION��� #������������(�"!�� �� ���������� �"�����"'

� ��� #���� �� ���� ������ ���,�������������$��������!�'�&���+/����� ��� #���� �� ����"'

�� �� �������/���"������� ����� �����

Index____________________________________________________________________________

�� ������������ ����� ���������

���)�������1����������'���)�������1��

����� #�������"�Dilute��������������� �"%����%�DILUTE��� #������������(�"*��)� ������)��)� ������!�������� �� ��������DIPNEEDLE��� #������������(�"'����� ���.�� ������������+�� �� ���*�!����'���&����������"����!���&)�/������ ���������������� � �������&)�/����������������"�Dock��������������� �!����%'��������&���)�����'���������� #����������#�&������ ������%'�����)��������%���� �""�� �%!

����� #�������"��/�����������

���� ������� �� �����"

Edit�����Add Report Point����"!Adjust Method����"'Copy����"*Copy Graph����"!Cut����"*Delete����"'Find����Paste����"'REPLACE����Select All����Undo����"*

��� ���������������� #��$������ �%��� ������ �������� ��������*��� ������&�� �&��� ��� � *��������/�� �&�� �'���� ��& /����)��+�����1�����!�""��& /����+)�-���))�����%���& /���� #���������/��#����)�� � �� ���� �*����%%END���/-������� END��� #������������(�"'ENDLOOP��� #������������(�"���(����,/�� ���&����������"��&� �&����&&�����"����"

����)� ������� �������#���)��������� #������ ������ ������������ ����'�������������������������&��������� ������"�

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� ���

���)�� ���������������� ����"%���� ��/� ����#�����*��

Evaluation��������������� � ����� ����� �)���� � '

���&)�/������1 ��������������� � '+��� ������))�� ������ ������ �!��������� � *����������4�-����-�� �����!

���� �����������������*+���+��� ��������%%

�1��� ����APROG������Exit�����������������"�Export�����������������"�1&�� ������ ��� �'����"�1&�� ������ ��������� �� �����"�1 ���������� �)���� � '��'�Extended Event Log�����������������!����*Extra Cleanup�� �����%EXTRACLEAN��� #��������������%��(�"�

+��)�������� ���������!+�)��������� ��������5����-���1&)��������"File�����

Close����""Exit����"�Export����"New Method����*����"Open����*����"Print����"%Save����""Save As����"Show Info����"%

+�))���� #��&��&��� �"*����"Find�����������������+��������������� ��������� ��������" Fit To Page����"�+)�-

������ ���,�������������$��������!�*+)�-���))������

������ ���,�������������$��������!��+)�-���))��������'

��)������������������������������)�������!��������������!

Flow��������������� �"!����%*FLOW��� #��������������!��(�+)�-�&� #�� �"�����%'

� ��� #���� �� ����

Index____________________________________________________________________________

���� ������������ ����� ���������

������ ���,�������������$��������!�*��!�����������)����� �� � ������.�� ��������%��)�� �������%*

+)�-��� ��� �"!����%*�++�� �������&)�����&����������!���������� ��������!

FLOWCELL��� #����������+���������)����� �� � ������.�� ��������%

Flowcell�����������������%*FLOWPATH��� #��������������"���(�"

������ �� ������������FLUSH��� #������������(�Flush�-������� ��)��*����*�*+��� ������))�� ����� ������%

�� ����&)���&��� ������ �!���� �������� �!-� #�Stop Inject�� �

Fractions����%FRACTIONS��� #������������(�%+������%������

������ ������ #����+���� #����������$������ �% GO��� #��������������"���(� ������� ����+��������%�����

#���-�����������'��#�,������"�%��2���++���� ��Help��������� �#� ������������� ���� ����

����)� ������� �#��#������ ��� /����"

������������)�������1������'���� �+����+�����&�� �&��� ��� � !���� �+/�������� ���������������������!�(����

� �����/���)���&��� ������'����)�����)+��� �����'��

�(����)�������'If-Then�����������!�'

������ ���,�������������$��������!�"%������)�,� ����&������ �������"������)�,����)�����������&)�� �+)�-�&� #��� �������%��������

�� ����&)��������&��� ��������*��������+�������)������'&����� ���������������*

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� �1

&����� �����)�������*������)�����������!

��� �� ����)�$������)����/��/� ���� �!Inject�� �"'����%"

������ ���,�������������$��������!�*INJECT��� #����������������(����.�� �������&)�0��������&)����.�� �����.�� ���������������.�� �����+������'�*��.�� ����&��

)��������'��Injection Port��������� ��)��*�"��.�� ���� ��#��$�������'���)������+���������))�����""���� ���������� ��������������#�&��������� ���������������� #��$������ �%%��� �))� �����%�"��� �))������� ��)���+ -�����%���� ����� ��++)����� �"����"��� ����� �&���)�����'���� ���� ���6�+)��������� �����0������(�����)��������&��� ������'�'������� ���� #���++�����������

KEYWORD��� #��������������"��(�!��/-����

������ ���,�������������$��������!�*��!�"����� #�����+��� �������������&�� �&��� � ��)������"

Keywords�����������������'���� ������)/�����"����"%

����)� ������� ����� ������)/����-�,�������%

����)����� ���)� /�������� ��)��1&������ ����������) �����'

���� ������� �� ������Kinject�� �"'����%"KINJECT��� #����������������(�*

)�������)������.�� ��������)�/��

�� #�����+��� �������)�������� � #�������� ����)�����'��)������� #����� ����� ��������# �� � "3�4������� ������""�����LIFETIME��� #������������(�')�������"�"

������)�,� �������)��# ����������"

Index____________________________________________________________________________

1 ������������ ����� ���������

)������+)�-��� �����')���������� �������� ��)��1&������ ����%")�$������)����/��/� �����

� �� �&��%��)������� #�����&)��)��&�� �%)��������%���� �""�� �%!

����� #�������"�)����� #�������)��� � ����"LOOP��)������� ����""LOOP��� #��������������""��(��

��� ���)��&�����"%)��&����� ��� ��������"")��&���.�� �������)��&����������"Lost Data Found����)�-��� ��$��)� /��'�

��������'������������������������'�

LPARAM��� #��������������""��(�%LTEXT��� #��������������"���(�%

MAIN��(�%"MAIN��)������� �����MAIN��� #������������(�%"������+������%��������������) ������ �����%����� ������

����)����*�"��+� /���$������� ���*�"

���� ��������� ��*�"�����)���� ��)����%�����)���� ��)��� ��+����� �""Manual Inject�� �"'�� �����%"

�����)������� �%� �&&���� #����.�� ����� � ��)���������� �%

�����)���.�� ������������)����)�������"�����)����������

� �&������������� �'�����)������������� �"

&��&��� ����� �" ���������) ��� �*

���������&�� �&��� ���������� �)���� � *

Markers�����������������*����� ����+������ ��)��1&������ �����%����� ����&�� ����"����'�� ��1��++�� ���'�����"���������� �+��$����/���"�����/��++�� ���'�

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� 1�

���������� ����� MESSAGE��)������� ����"�MESSAGE��� #������������(�%�� #��

��.�� ��� ����"'������� ���-� #���������+�)��+���� ����"�&��� ����� �%!&�����������������)��� � ����"� � ����� -�����/�)���� �%�� ��� �������� ������������"'����������� ��)�����

�� #����)�������� �� #�����������

ALERT����"���(� APPEND����"*��(��APROG��(�!BEEP����"���(�'BIGINJECT��(�*CAPTION����'��(�'CLOCK����"���(��COINJECT��(�"������ ������ ����%���� �� �����%CTEXT����"���(�""CURVE����"!��(�"DEFINE�ALERT��(�"%DEFINE�APROG��(�" DEFINE�LOOP��(�" DEFINE�MESSAGE��(�"�DETECTION��(�"!DILUTE��(�"*DIPNEEDLE��(�"'END��(�"'ENDLOOP��(�"���(��EXTRACLEAN����%��(�"�FLOW����!��(�FLOWPATH����"���(�"FLUSH��(�FRACTIONS��(�%GO����"���(� �����������$������ �%"INJECT��(��KEYWORD����"��(�!KINJECT��(�*LIFETIME��(�'LOOP����""��(��LPARAM����""��(�%LTEXT����"���(�%�& ����������(�"

Index____________________________________________________________________________

1�� ������������ ����� ���������

PARAM����*��(�%�&����� �������PRIME��(�%!QUICKINJECT��(�%!RACK��(�%*RECOVER��(�%'RINSE��(�%�RPOINT����"��(� RTEXT����"���(� "SCALE��(� STOP����"���(� %TEMP��(� TIMES����""��(� �TITLE��(� �TRANSFER��(� !UNCLOG��(� *WAIT��(� *������)������%WASH��(� 'WASHREC��(� �

�� #������ ��)����%�� #�����+��� ���

������ �����%����������������� �����$��� ��)���������������)�������1������"��/� �1���� �1 ���1������"� �1 �)�/�� ����

�� #�����+��� ����)�����������"�� #������ ��

�#��������� #����/� �1���� %���� ��������-��� #������"������#���)������� �1 �)�/�� ����"'����������������������'-����-����*

Method�������������������� #��� ������ �%��������������)����- #��*������ � ���&)� �����%������,������������)��&���)�����'�*������,�������&)�����&������������1��(�%%

������ ���,�������������$��������!�'��!�"Mix��������������� �"����% MIX��� #������������(�%%MODE��� #������������(�% ������� #����� ����� ��%�"������� #����+�������)�������%��) ��#����)��&&)��� �����������) ��#����)��������'

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� 1���

��)�/��� -����������������� �"���'�!��) �&)�����������"����" ��) �&)����� �������+���� ��)���+ -�����'�"������) �&)��)�������������) �&)�������������-����-��� �

�������������)������%����)����%

��&)����������&��� ��������*�"����)��&��� ��������'�'Needle Replacement/Positioning��������� ��)��*�"��� ���)��&�����"%New Method�����������������"New Window��������������� � ����������������������'�"������&�������)������) ���'�

�+ ���Desorb��*�NORMALIZE��� #������������(�%�Normalize�-������� ��)��*�������)�,���

�& ���)��/� ���� �'�����)�,����������� #����*���� �����

�&&)��� ����-�,���������+��)������! ��&)� �����*

Notebook�����������������!���)�����������"�

���)����#�)&����'Open�����������������"�&����������������������������"�&������ #���� #������ ������*�& ���)��/� �������& ���,����)������������)�,� ���������& ��������

����� #�������������(�"�& ���� ��+�������ORDER�)��&����������"Overlay��������������� � %�����

PARAM��� #��������������*��(�%�&����� ���������������*&����� ���

����� #���������������&����� ���������� ���,�������������!�!Paste�����������������"'&���� �����������

���DEFINE�ALERT��(�"

Index____________________________________________________________________________

1�� ������������ ����� ���������

���DEFINE�APROG��(����DEFINE�LOOP��(����DEFINE�MESSAGE��(����MAIN��(�%

&����++����������� &)� ��������)������� � %Position�+��)���������)�������1���� �"'&��� ������� #���� ����&)�������)���*�"&�-����&��%��Predip Needle�� �""����%

������&)����.�� ������ �Preferences����������������� *&��&�������)�������+��������"&��&������������� ����+���������&��&���������&)����.�� ����� �&��&��������)� ������ ��&������� �%*����

�������������������Prerun Method����������������� %PRIME��� #������������(�%!Prime�-������� ��)��*�!&������� #���������/���&�� ��&������� #���/� ���� �!Print�����������������"%&��� ���

#����������+�� ������" ������+ ���������" �����������&��� ���,�����"�

&��� �����&&)��� ����-�,���� ��&)� ������*&��� ������ ����&)��������&��� ��������*&��� ������ �����"%&��� ����������������� � '&������������� ���"&����� ���/��%�%&������������� #�������&��&���+�))�� �"*����%*

�������������� ����������'�%&��&� ���������!&��&����

��������/�������'�!��)+��� �����'����+�))�� �"*��&)�������/������ �&��*�"

Quickinject�� �"'����%"QUICKINJECT��� #����������������(�%!

������������%��+������� �'����%�

�������� �������&&)��� ����-�,��������

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� 1�

RACK��� #������������(�%*�����&��� ������'�'����� /&���� �*�� �'RANDOM�)��&����������"random������ ������'� �� ������������ ��������������)� �������&������ � ������� �� #� ������� �������'�'���)� ���������"�"

�&&)��� �����������"�"��������������)� ��������"RECOVER��� #������������(�%'�����������)�� ��� �������������������&)�0��������&)���������/Recovery����%�������/���&��� ������ � �������������/���������"��+���������))���� �����

������ ����+������+ ��'�%������ ����+�����&�������)����� ����������'�%

��+�������)����� � ������������� �+/�������� �����!��&�� �&��� ��������� �)������������ � *�����������������&�� �&��� �����%

Reference Line��������������� � ������+���������� ��� ����� �"���+������� ����������+�))���� #��&��&�����%*����"��+��� ��������1��+���)����)� �������"�������� �������"%�������� �������� �������" �������� ������)� ��������*��������������++����� ���������)������� ��������*�"��)� �������&������ � �����*���� ������������������+���Sanitize�����Desorb��*�%������������������������������� ��&�� ����)��&�����"��&� � �������)/�������""Replace�������������������&)�����

�� ����&)�������)���*�"������ ����)�����*�"��.�� ����&�� ��*�"&��&��/������ �&��*�"

��&�� �&��� ����)�������"!��)��)� �����)�������'���� �+�������"!����� ��)�����!����"��(�!-����-����'-����-����"!

Index____________________________________________________________________________

1�� ������������ ����� ���������

��&�� �&��� �����������������*��&�� �&��� � ��)��� ��� � !

���������&�� �&��� �����"!���������&�� �&��� ���� ���� ���)/����%��)� ������&�� �&��� �����"*�1&�� �������"��/-��������'

��&�� �&��� �����)����� � !��� ����� � *�4�� � !������ ���,�������������$��������!�*��!�"����� #����� � !��������� � *���� � �������������"*-����-�� � !

��&�������)����� ����������'�%���������-��������%��� ������,���������&)�/��������) �+�)������""������������������#�&����RINSE��� #������������(�%�Rinse�-������� ��)��*�!��*�*Rpoint���� ��� ����� � !RPOINT��� #��������������"��(� RTEXT��� #��������������"���(� "Run�����

Data Collection Rate���� %Prerun Method���� %Run Application Wizard���� Run Method���� "Run Sensorgram���� Start New Cycle���� Stop Method���� Stop Sensorgram����

������������ #���� �%'����������++���� ��

��+� /��+���� �����"�%��$������� ���"�

��+� /���$������� ��+������� ��������*�"��) �����������*����&)��������& �������!���&)����� �� � ����� �"'���&)����&)� �������*

�������)������������)�,� �����������&)�����&������������'������"����!���&)����.�� ����� �"*����%

��������)����'�*���������� ������� �"

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� 1���

����.�� ����Extra Cleanup�� �+����#���� ������ �")�������)�������������)���.�� �������������&������'� Predip Needle�� �&��&��� ������!�� �

���&)����.�� ����������������&)��)��&�������&)��&��� ������������&)��&��&��� ������� ���&)���������/�� � ����%%����%

&������� #���������/���&�� ��������� ����� ��� ������ � -� #�Stop Inject�� �

Sanitize��*�%Sanitize�-������� ��)��*�!����

+�)���#�������� ��������'�"Save As�����������������"Save�����������������""������

�������������� �"��� �*����) ���+��/� ����#�����*��

�����������) �����""Scale��������������� � ���������"SCALE��� #������������(� ���)������������������&)�/����"���)���� #�����&)�/�� � ��#���)���+���Sanitize�����Desorb��*�%����Select All�������������������)�� �������������� ��)�� ��������������������� ��������#�&����

������������� ������%'����� ������������)�,���� #�������)��*��&���)�����'������������������������ ������%�

��������#�&������ ���������������

�� ������������������)������� ����)�����#�+ ���'� ��& �������'��)�����������&/����&#�� � '����"!�� ������� ������� %�1&�� �������"

Index____________________________________________________________________________

1���� ������������ ����� ���������

+�)����,����� %��+���� �������"%������&����������.�� �����'� &��� ���,�����"�&��� ����� � '����"%&���)�����'�"������������ ������'� ��&�������)����� ����������'�%���# �#�����1������"!�������� �*����""���)����� � ���������"�&������'�� �� ������������)���� ��)���� � �&&������� �/� ��� �������� ������'� -����-�� � ,����� � �����

�����������-����-�� ������������-����-����������)�&�� �������� ������%��������� ��)�0����� ��)�Service Tools����������������� *Set Temperature��������������� �"����%'�� ����+)�-��� ��� �"!����%*�#�� �� ���/��� � ����'�����Show Info�����������������"%Shutdown�-������� ��)��*�*�#� ������-��� � "��*� �����)��������'�"Signal Quality Check��*�'����)� ������������������" ����)���#����)��������'�� ���� #����� ����� ��%�"Skip Inject��������������� ��)�&��������+ -������� �))� �����%�Software Problem Report��'�""�&����

��������'����&)�/��'��� ��#�-�����&��� �� ����"

27���"�"27�������)

�����)�,� ����� �'� ������������ �������'� �������

���+��������-� #��"� Standby�-������� ��)��*���*�*����"*

��++�����$������� �� � "� �� �����������)��������������� � �� �������� #������ "� �� �����&&)��� ����-�,��������

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� 1�1

� � �� ���)�&����� �������'� � �������������"!� � ���� ���

���� � �������������"!��(�"Status������������������� � ���-����-�� �����*

���&)�/���������������4�"

STEP�)��&����������"Stop Flow��������������� �"!����%*Stop inject

���Manual Inject�� � -� #�����.�� �� �

Stop Inject��������������� �"����%%STOP��� #��������������"���(� %Stop Method��������������� � ���� Stop Sensorgram��������������� �'���� � �&&���

���� #���� � ��������� �������������� �'���� ��������������� �% #����������$������ �%%

��� ��� ������+����������&������ �"����+���������� �� �����"�"���+����&��+�������� �� ����"*

����) �����"*���+����&)���������������0�����27����+����&��&��� ����-�,��������

���)������+���������))�����""2��+�� �� �7�� ���/� �1

������& �����(�"�����������&�������� #������ %

�/� �1��������������������������

�/������ �&��&)�������*�"

Syringe Tip��������� ��)��*�"System Check Evaluation�-������� ��)��*��System Check� �� � ��)��*�'�/� ������ ��)���"�/� �����/-��������'�/� ���&��+�����������"�/� ��� �������� ������'�

��#����)��&���+��� ��������TEMP��� #������������(� ��&��� ���

������ ���,�������������$��������!�*

Index____________________________________________________________________________

11 ������������ ����� ���������

�� �������%' ��&��� �����#���������"

�++�� �������&�����)���)��'�" ��&��� ������� ��)���"�� �"

�� ����&)�����%�� ����&)������������*�� �� ���� ��&��� �����'������!����� ����&)������&�� ��� ��'�'-����������*

��&��� ����� ���)� /���" �� � ��)�0����� ��)�Test Tools�����

Signal Quality Check��*�'Test Tools����������������� ! �1 ���1��

����� #�������"� #�������������%����* ���������+����� #�������"' ��������)� ������" �����&���+��� ���������� #�������"' ������� ��))�����.�� ��������� ��������� ������

���� ���� �����&���+��� �������"��+������� ��������

TIMES��� #��������������""��(� �TITLE��� #������������(� � ��)����� ������ ��)������ ����� � ����'����� ��)�

Close��*� Continue��*���*�*Desorb��*���*��Flush��*����*�*Injection Port��*�"Normalize��*��Prime��*�!Rinse��*�!��*�*Sanitize��*�%��*�!�������� ��)���*��Shutdown��*�*Software Problem Report��'�""Syringe Tip��*�"System Check��*�'System Check Evaluation��*�� �� � ��)���*�'Unclogging��*�"���������������� *-������� ��)���*�

Tools�����BIAsimulation���� �Evaluation�� � ���� �Preferences���� *

____________________________________________________________________________Index

������������ ����� ��������� 11�

Service Tools���� *Test Tools���� !Working Tools���� �

��������� #����&��� ����� �%� ����+��

������ ���,�������������$��������!�'Transfer��������������� �"����% TRANSFER��� #������������(� ! ����)��#�� �����'�"

UNCLOG��� #������������(� *Unclogging��������� ��)��*�"Undo�����������������"*Undock��������������� ������%����������

&���)�����'����������������������#�&�� ������%���)������� #�������������� #������"���� ��)�� ��&��� �����'��Unzoom����������������������������������� ��)����� *����� ��)���*�

����� #������� ������ #���� #������ �������������������'

������)����� �� � ������ �"'����%"�����������&)���� � ����� �"�

������)�����������%���������*

������)��������������)�������'�����& ��������'������ ���,�������������$��������!� ��!�!���KEYWORD�������������"����� #���������������%���Rpoint�������������")���)�� � ������'���������APROG���))����*

���/��/��/�)������� ���,�������������$��������!�!

���)����)��������%View�����

Adjust Scale�� � ���������Baseline���� Extended Event Log����!����*Keywords����'Markers����*Method�����Method Trace�� �%�New Window�� �

Index____________________________________________________________________________

11�� ������������ ����� ���������

Notebook����!Overlay�� � %�����Plot Curve Classes�� � %Reference Line����Scale�� � ���������"Status�����Unzoom���������

������&�� �� ����&���������%�

Wait������ ���,�������������$��������!�'��!�"�

WAIT��� #������������(� *-��#

�� ��� ������ ��������'�� ����&)�������)��� �!������)����������� ������ �!�(���#����)��� �!������ ���,�������������$��������!�'�� #������������& ��������" ����)��� �!����%!�������/���&�� ���� �!�� �*����%!�������/���&/�� � ����%%

Wash��������������� �!����%!WASH��� #������������(� 'WASHREC��� #������������(� �-���)/����� ��������*�%-#� ���&�����#���� �������-����-�+�����&�� �&��� ��� � !5����-�

�)�&���������"*�1&)��������"�/� ����������������

5����-�� ��#��$����� �"-�,����0������&&)��� ����-�,����-������� ��)����� �0����� ��)�Working Tools����������������� �

,��������,���������������� � �����

Bia

core

® is

a r

egis

tere

d tr

adem

ark

of B

iaco

re A

B.

Cop

yrig

ht ©

Bia

core

2006

BR

-10

02

-31

INSTRUMENT HANDBOOK