aspects épidémiologiques de la maladie à virus ebola en ......ÉpidÉmiologie / epidemiology...

ÉPIDÉMIOLOGIE / EPIDEMIOLOGY

Aspects épidémiologiques de la maladie à virus Ebola en Guinée(décembre 2013–avril 2016)

Epidemiological Aspects of Ebola Virus Disease in Guinea (December 2013–April 2016)

R. Migliani · S. Keïta · B. Diallo · S. Mesfin · W. Perea · B. Dahl · G. Rodier

Reçu le 2 mai 2016 ; accepté le 3 mai 2016© Société de pathologie exotique et Lavoisier SAS 2016

Résumé Le virus Ebola de l’espèce Zaïre variant Makona,entre son émergence en décembre 2013 et avril 2016, a pro-voqué en Guinée une épidémie d’une importance et d’unegravité sans précédent, avec 3 814 cas notifiés, dont3 358 ont été confirmés (88,0 %) et 2 544 (66,7 %) sontdécédés. L’épidémie a évolué en plusieurs phases : unephase silencieuse sans identification des cas qui sont tousdécédés jusqu’en février 2014 ; une première recrudescenceà partir de mars 2014, où l’alerte est lancée et le virus iden-tifié, qui va durer jusqu’en juillet 2014 ; une deuxième recru-descence, qui va être la plus intense, à partir d’août 2014jusqu’à janvier 2015 centrée principalement sur la Guinéeforestière et une dernière recrudescence à partir de février2015 centrée sur la Basse-Guinée et la capitale Conakry.L’adaptation en 2015 des stratégies de lutte (initiative « ZéroEbola en 60 jours », recherche active de cas et de décèssuspects et sensibilisation des préfectures actives, microcer-clage des dernières localités touchées et ratissage autour deces localités) et la vaccination des contacts en ceinture autourdes cas confirmés ont permis de contrôler progressivementl’épidémie principalement en octobre 2015. Mais un survi-

vant excrétant du virus a été à l’origine en zone forestièred’une résurgence entre mars et avril 2016, avec dix cas donthuit sont décédés. Cette épidémie a plus particulièrementtouché la région de la Guinée forestière (44 % des cas et48 % des décès guinéens), les femmes les plus âgées(≥ 50 ans) et les professionnels de santé (211 cas dont115 décédés), et près du tiers des malades (32,6 %) n’ontpas été pris en charge dans les centres Ebola. L’épidémieest marquée actuellement par la résurgence de petits foyersà partir de sujets guéris excrétant du virus, qui ont été contrô-lés jusqu’à présent avec succès. Les survivants font l’objetd’une attention particulière. Il est nécessaire de tirer tous lesenseignements de la riposte afin de mieux préparer l’avenir,d’améliorer les connaissances sur l’histoire naturelle de lamaladie à virus Ebola et de repenser la communication avecla population et ses leaders.

Mots clés Ebola · Épidémie · Létalité · Épidémiologie ·Guinée · Afrique intertropicale

Abstract Ebola Zaire species variant Makona between itsemergence in December 2013 and April 2016, resulted inan epidemic of Guinea importance and unprecedented gra-vity with 3814 reported cases of which 3358 were confirmed(88.0%) and 2544 were died (66.7%). The epidemic hasevolved in phases: a silent phase without identification ofall fatal cases until February 2014; a first outbreak fromMarch 2014, when the alarm is raised and the virus detected,which lasted until July 2014; a second increase, which wasthe most intense, from August 2014 to January 2015 focusedprimarily on the forest Guinea; and a final increase fromFebruary 2015 centered on lower Guinea and the capitalConakry. Adapting strategies in 2015 (initiative “Zero Ebolain 60 days” active case search and suspicious deaths andawareness of active prefectures, microbanding the last affec-ted communities and raking around these localities) and ringvaccination of contacts around confirmed cases has allowedto gradually control the main outbreak in October 2015. But

R. Migliani (*)École du Val-de-Grâce, 1, place Alphonse-Laveran,F-75230 Paris cedex 05, Francee-mail : [email protected]

R. Migliani · S. KeïtaCoordination nationale pour la lutte contre le virus Ebolaen Guinée, Conakry, Guinée

B. Diallo · S. MesfinOrganisation mondiale de la santé, Camayenne corniche Nord,Dixinn, BP 81, Conakry, Guinée

W. Perea · G. RodierOrganisation mondiale de la santé, avenue Appia,CH-201211 Genève 27, Suisse

B. DahlCenters for Disease Control and Prevention,1600 Clifton Rd, Atlanta, GA 30333, États-Unis

Bull. Soc. Pathol. Exot. (2016) 109:218-235DOI 10.1007/s13149-016-0511-4

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a survivor was originally resurgence in forest areas betweenMarch and April 2016 with 10 cases including 8 deaths. Theepidemic has particularly affected the forest Guinea region(44% and 48% of Guinean cases and deaths), elderly women(≥ 50 years), and health professionals (211 cases including115 deaths); however, almost one-third of the patients(32.6%) was not provided supportive care in the Ebola cen-ters. The epidemic is currently marked by the resurgence ofsmall foci, from excreting subjects cured of the virus whohave been controlled so far successfully. The survivors arethe subject of special attention. It is necessary to learn les-sons from the response to better prepare for the future, toimprove knowledge about the natural history of the Ebolavirus disease, and to rethink communication in this regardwith the public and its leaders.

Keywords Ebola · Outbreak · Case fatality · Guinea · Sub-Saharan Africa

Introduction

La maladie à virus Ebola (MVE), anciennement dénomméefièvre hémorragique à virus Ebola, est une zoonose grave àtrès mauvais pronostic chez les primates. L’homme se conta-mine par le contact avec le sang ou les liquides biologiquesde chauves-souris frugivores ou d’autres animaux de forêttropicale (singes, antilopes des bois) porteurs du virus,vivants ou trouvés morts. La transmission est ensuitehumaine par contact direct avec le sang et les liquides bio-logiques des malades ou des défunts, par contact indirectavec des surfaces et des matériaux (literie, vêtements) conta-minés, par injection parentérale avec du matériel contaminéou par voie maternelle. Les rites funéraires, pratiqués enAfrique, sont très favorables à la transmission du virus chezles parents et les amis par le contact étroit avec le défunt etses effets personnels [3,18,36,43].

Après une incubation non contagieuse de 2 à 21 jours, laMVE, non prise en charge, évolue en quelques jours avecune phase pseudogrippale fébrile suivie d’une atteinte mul-tiviscérale, associant troubles cutanéomuqueux, digestifsavec vomissements et diarrhées profuses, respiratoires etneurologiques, qui se termine par un tableau clinique oùprédominent des signes neurologiques d’encéphalite et desmanifestations hémorragiques internes et externes. L’évolu-tion fatale est la règle dans la grande majorité des cas. Ledécès survient dans un état de choc favorisé par les perteshydroélectrolytiques liées aux vomissements et à la diarrhéeavec, dans la moitié des cas, une coagulopathie diffuse.Dans les formes non fatales, la MVE évolue vers la guéri-son, au fur et à mesure de la disparition du virus dans le sangsous l’effet de la réponse immunitaire. La prise en charge

thérapeutique symptomatique précoce améliore le pronosticvital. La convalescence est marquée par une asthénie pro-longée avec des séquelles rhumatologiques, neurologiqueset oculaires et par des épisodes de rechute de la MVE parréactivation virale à partir notamment du compartiment neu-rologique. Ces éléments sont de mieux en mieux documen-tés avec les survivants de l’épidémie d’Afrique de l’Ouest[16,18,41,43,72,77].

Lors de son émergence chez l’homme en 1976 au Zaïre,actuelle République démocratique du Congo (RDC), laMVE était due au filovirus Ebola de l’espèce Zaïre ebolavi-rus (EBOV), responsable d’une létalité très élevée, la plusforte parmi l’ensemble des cinq espèces connues de filovirus[7,32,63,76]. Durant cette première épidémie, en effet,318 malades furent recensés, dont 280 décédèrent (88 %)[63]. Quatorze épisodes épidémiques (1 à 318 cas) avec l’es-pèce EBOV sont survenus au total en Afrique centrale avantl’émergence en 2013 en Guinée d’un variant de la mêmeespèce dénommé Makona (EBOV/Mak) [32]. Trois paysétaient concernés par ces épidémies : la RDC, le Gabon etle Congo. Le cas d’Afrique du Sud était lié à un maladeévacué du Gabon ayant contaminé une infirmière[5,19,20,23,25,28,31,36,44,49,51,62,63,78-82] (Tableau 1).La létalité moyenne de ces épidémies était de 79,2 %(médiane : 78,0 % ; extrêmes : 46,9 à 100,0 %), malgrédes mesures de lutte de mieux en mieux codifiées mises enœuvre au fil du temps et une extension géographique limitéedes foyers épidémiques. La proportion moyenne de casconfirmés pour ces 14 épisodes était égale à 16,9 % (extrê-mes : 6,3 à 100,0 %). Le délai moyen d’alerte était de39 jours, et le délai médian de 23 jours (extrêmes : 9 à115 jours).

En Guinée, 3 814 cas ont été déclarés durant l’épidémieentre son émergence en décembre 2013, dans le village deMéliandou près de la ville de Guéckédou en Guinée fores-tière, la fin de la principale flambée le 29 décembre 2015 etla résurgence de mars-avril 2016 [8,43,85,87]. La létalitéglobale était égale à 66,7 % (2 544 décès) malgré toutes lesmesures mises en œuvre, confirmant la gravité de la MVEdue à l’espèce EBOV, même s’il s’agissait d’un variant [2].Elle était toutefois inférieure à la létalité moyenne observéeen Afrique centrale de plus de 10 %. La proportion de casconfirmés était beaucoup plus élevée que celle des épidémiesprécédentes, égale à 88,0 % [43,87]. La MVE était inconnueen Guinée lorsqu’elle a émergé. L’alerte par les autoritéssanitaires locales a été lancée le 10 mars 2014, deux moiset demi (74 jours) après le début de la maladie chez le casindex (Tableau 1) [43].

Les objectifs de cet article sont de décrire l’importance,l’évolution et les principales caractéristiques épidémiolo-giques de l’épidémie en Guinée entre décembre 2013 et avril2016. La résurgence de la MVE survenue en mars 2016 dansla préfecture de N’Zérékoré, en Guinée forestière, était liée

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au virus ayant circulé dans cette région entre fin 2014 etdébut 2015. La transmission était très probablement liée àun sujet guéri excrétant du virus. Cette résurgence a été enGuinée, à la date du 28 avril 2016, à l’origine de dix cas,dont huit sont décédés [8,85, 87]. Par ailleurs, une femme,ayant participé aux funérailles d’un des cas de Guinée, estmorte de la MVE à Monrovia. Deux de ses enfants ont éga-lement été contaminés [85].

Matériels et méthodes

Guinée

La Guinée est un pays d’Afrique de l’Ouest de 245 857 km2

avec environ 11 millions d’habitants, dont 1,7 millionen 2014 dans la capitale Conakry située à l’ouest sur la côteatlantique du pays [47]. On distingue quatre zones ourégions naturelles : une zone côtière ou Guinée maritimesur la façade atlantique à l’ouest, une zone montagneuse ouMoyenne-Guinée, qui comprend le massif du Fouta-Djalon,une zone de savane au nord ou Haute-Guinée et une zone deforêt au sud-est ou Guinée forestière. Le pays est subdiviséen 34 préfectures administratives dont la capitale qui se com-pose de cinq communes. La Guinée est limitée au nord-ouestpar la Guinée-Bissau (lusophone), au nord par le Sénégal(francophone), à l’est par le Mali (francophone), au sud-estpar la Côte-d’Ivoire (francophone) et au sud par le Liberia(anglophone) et la Sierra Leone (anglophone). Les principa-les religions sont l’islam (84,4 %) et le christianisme(10,9 %).

Surveillance épidémiologique

La notification des cas et des décès confirmés et probables estun élément important pour suivre l’évolution de l’épidémie etguider la riposte. Elle s’appuyait en Guinée sur un systèmed’alerte par la communauté et les structures de santé face à descas suspects ou probables, un système de confirmation par leslaboratoires et un système numérisé de recueil, de contrôle etd’analyse des informations collectées sur les cas de MVEdans les centres de prise en charge spécialisés Ebola : centrede transit (CDT), centre de traitement Ebola (CTE) et centrede traitement des soignants (CTS) [43].

Trois niveaux de définition standardisée des cas, s’ap-puyant sur des critères cliniques, épidémiologiques et biolo-giques, élaborés par l’Organisation mondiale de la santé(OMS), ont été utilisés pour surveiller l’épidémie : cas sus-pect, cas probable et cas confirmé [43,53]. Tous les cas cli-niquement suspects ou probables ont été testés en Guinéepour être confirmés biologiquement dans les laboratoiresdes centres de traitement (CTE, CTS). Ces laboratoires ontutilisé comme technique de confirmation sur sérum, pour les

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cas suspects et probables vivants et sur écouvillonnage buc-cal (« SWAB ») pour les sujets décédés, la RT-PCR avec lekit Filovirus, et à partir de 2015 le kit Zaïre ebolavirus [70].En Guinée : les décès non testés biologiquement ayant unlien épidémiologique avec un cas confirmé ont été considé-rés comme des cas probables ; les cas testés non confirmésbiologiquement ont été définis comme non infectés et n’ontpas été comptabilisés dans le total des cas de l’épidémie(~24 500 cas suspects et décès testés négatifs pendant toutel’épidémie) ; pour les communautés, l’alerte rapide vers leséquipes préfectorales de coordination était essentielle, avecdes critères de définition des cas et des décès suspects adap-tés et simples [43]. Des lignes téléphoniques dédiées, dont lenuméro « 115 » au niveau national, ont été mises en place àcet effet [34].

Suivi des personnes contacts

La surveillance épidémiologique des cas et des décès confir-més et probables était complétée par le suivi médical quoti-dien à domicile des sujets contacts (contact tracing) pendant21 jours, durée maximale d’incubation de la MVE. Lesobjectifs de ce suivi étaient de prendre en charge, dans uncentre spécialisé Ebola, un contact dès qu’il présentait lespremiers symptômes de la maladie et donc devenait conta-gieux, afin de confirmer le diagnostic et, point capital, d’évi-ter la transmission du virus à ses proches en cas de positivité.Dès qu’un cas ou un décès confirmé ou un décès probableétait identifié, une enquête était réalisée. Elle permettait derecueillir les informations sur l’exposition de toutes les per-sonnes ayant eu un contact avec ce cas ou ce décès et leursfluides corporels [43,58]. Les informations sur l’expositiondevaient être vérifiées, puis leur cohérence et leur exhausti-vité revérifiées lors des visites ultérieures, les enquêteurss’exposant à deux biais potentiels dans leur recherche :l’oubli ou biais de mémorisation et la dissimulation ou biaisde prévarication, la MVE étant particulièrement stigmati-sante et la population souvent réticente à accepter les métho-des de lutte. Ces deux derniers éléments avaient égalementun effet délétère sur la qualité du suivi des contacts.

Analyse des données

Les analyses des cas notifiés ont été réalisées à partir de labase nationale de données, validée le 28 avril 2016. Aprèsune phase de vérification de la base, les variables utiliséesont été les principales caractéristiques démographiques (âgeen années, sexe), l’appartenance à un métier de santé et letype de métier de santé, le lieu de résidence et celui de sur-venue de la MVE (préfecture, sous-préfecture), les principa-les variables descriptives de la MVE (date de début de laMVE [8,6 % de dates estimées], date de décès, résultat dela PCR Ebola Zaïre, catégorie épidémiologique [quatre caté-

gories : sujet confirmé guéri, sujet confirmé décédé en centrede prise en charge, sujet décédé confirmé non pris en charge,sujet décédé dans la communauté non pris en charge en lienépidémiologique avec un cas confirmé]). Les dates de débutde maladie et de décès prises en compte dans cet article sontcelles figurant dans la base nationale. Pour les sous-préfectures de début de la MVE non indiquées dans la basenationale (~10 %), la sous-préfecture de résidence a été uti-lisée lorsqu’elle était indiquée dans la base, car les sous-préfectures de début de maladie et les sous-préfectures derésidence étaient les mêmes dans la grande majorité descas (~92 %). Les sous-préfectures de début de la MVE nonidentifiées étaient au total peu nombreuses (1 %). L’erreurintroduite par cette méthode a été sans doute très faible.Deux groupes ont été générés pour les besoins de l’analysede la létalité : les malades pris en charge dans les structuresde soins spécialisées (CDT/CTE/CTS) et les sujets décédésdans la communauté témoins d’un échec de la prise encharge (décès communautaires confirmés et décès probablesavec lien épidémiologique). De même, la variable concer-nant les régions naturelles a été générée à partir des préfec-tures de survenue de la MVE. La létalité mensuelle cumuléecorrespond à la proportion de décès cumulés rapportés auxcas cumulés chaque mois depuis le début de l’épidémie.

Les données démographiques pour le calcul des tauxd’incidence sont issues du recensement de la population gui-néenne de 2014 [47]. La répartition de la population selonl’âge et le sexe a été obtenue à partir du site des Nationsunies en charge de la démographie mondiale [71]. L’effectiftotal des personnels de santé (public et privé), fin 2011,était de 11 529 travailleurs dont 84 % de professionnels.La répartition des catégories professionnelles utilisée pourle calcul des taux d’incidence a été fournie par le ministèrede la Santé [45].

Les logiciels Excel, PowerPoint et Épi-Info™ 6 ont étéutilisés pour la réalisation des graphiques, de la carte et descomparaisons statistiques. Le seuil de signification des testsstatistiques a été fixé à 5 %.

La description des activités et des stratégies développéestout au long de l’épidémie a été faite à partir des rapportsquotidiens de la situation épidémiologique et des comptesrendus de la Coordination nationale de Guinée et de l’OMS,complétés par des publications scientifiques.

Résultats

Importance de l’épidémie de MVE en Guinée

Le 28 avril 2016, date de fin de la résurgence de MVE enGuinée, la coordination nationale avait recensé 3 814 cas,avec 3 358 cas confirmés (88,0 %), dont 1 270 sortis guérisdes centres de prise en charge Ebola, 1 300 décédés dans


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ces centres, 788 cas décédés dans la communauté et456 cas probables en communauté tous décédés par défi-nition (Tableau 2). La létalité globale était égale à 66,7 %(2544/3814), la létalité des cas confirmés à 62,2 %(2 088/3 358) et la létalité dans les centres de prise encharge à 50,6 % (1 300/2 570).

Description de l’épidémie et des stratégies de ripostede 2013 à 2016

La Figure 1 montre l’évolution mensuelle des cas confirméset probables de MVE de décembre 2013 à avril 2016, ainsique les principaux événements et activités de riposte misesen œuvre qui seront décrits dans ce chapitre pour plus defacilité.

On constate qu’après une phase où l’épidémie a évolué defaçon silencieuse et où tous les cas identifiés rétrospective-ment étaient décédés (cas probables), l’alerte a été lancée le10 mars 2014 par les autorités sanitaires régionales de laGuinée forestière [43]. Le virus Ebola a été identifié le

21 mars par le laboratoire P4 Jean-Mérieux–Inserm de Lyon[2,84]. Les cas suspects vont être pris en charge à partir demars dans trois centres spécialisés mis en place par l’organi-sation « Médecins sans Frontières-Belgique » (MSF-B),avec un CTE dans la capitale, un CTE à Guéckédou et unCDT à Macenta en zone forestière (localisation des chefs-lieux de préfecture sur la Figure 3). La confirmation deMVE des cas et décès suspects était réalisée par le labora-toire de l’institut Pasteur de Dakar à Conakry et le labora-toire mobile européen à Guéckédou. Les volontaires de laCroix-Rouge guinéenne ont été en charge durant toute l’épi-démie des prélèvements et des enterrements dignes et sécu-risés (EDS) dans la communauté (> 26 000 EDS depuis mars2014). Le 30 mars, l’épidémie s’étendait au Liberia dans ledistrict frontalier de Lofa et le 30 avril en Sierra Leone dansle district frontalier de Kailahun [14,22,33,75].

Sous l’effet des mesures de lutte, l’incidence de la MVEdiminuait de mai à juillet, faisant croire à tort à la fin del’épidémie en Guinée. En fait, c’est à partir de ce momentque la phase qui a été la plus intense et la plus longue a

Tableau 2 Distribution des cas et des décès de maladie à virus Ebola notifiés dans la population de Guinée et chez les professionnels

de santé entre décembre 2013 et avril 2016 selon le statut biologique, le statut vital, le sexe (Coordination nationale contre Ebola) /

Distribution of cases and deaths of Ebola virus disease among population and healthcare workers in Guinea from December 2013

to April 2016 according to biological status, vital status, gender (National Coordination against Ebola).

Classification Cas (%) Décès (létalité en %)

Cas confirmés pris en charge en CT/CTE/CTS

- Sexe féminina

- Sexe masculina

- Population de 15 ans et plus (hors santé)

- Professionnels de santé

2 570 (67,4)d

1 328 (51,7)

1 242 (48,3)

2 083 (67,1)d

184 (87,2)d

1 300 (50,6)

649 (48,9)*

651 (52,5)*

1 049 (50,4)***

88 (47,8)***

Décès communautaires confirmés

- Sexe féminin

- Sexe masculin



788 (20,7)

425 (54,3)

359 (48,7)

648 (20,9)

12 (5,7)

788 (100,0)

425 (100,0)

359 (100,0)

648 (100,0)

12 (100,0)

Décès probables (lien épidémiologique)

- Sexe féminin

- Sexe masculin



456 (11,9)

254 (55,9)

200 (44,1)

374 (12,0)

15 (7,1)

456 (100,0)

254 (100,0)

200 (100,0)

374 (100,0)

15 (100,0)

Total des cas et décès notifiés

- Sexe fémininb

- Sexe masculinb

- Population de 15 ans et plus (hors santé)c


3 814 (100,0)

2 007 (52,7)

1 801 (47,3)

3 105 (100,0)

211 (100,0)

2 544 (66,7)

1 328 (66,2)**

1 210 (67,2)**

2 071 (66,7)****

115 (54,5)****

a Pourcentages calculés sans les données manquantes ; b Six informations manquantes sur le sexe ; c 59 informations manquantes

sur l’âge ; d Pourcentages calculés sur le total des cas, sur le total de la population de 15 ans et plus (hors santé) et sur le total des pro-

fessionnels de santé atteints de MVE.

*p = 0,07 ; **p = 0,50 ; ***p = 0,50 ; ****p < 10–3.


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débuté ainsi qu’au Liberia et en Sierra Leone où elle vaexploser, notamment dans les deux capitales Monrovia etFreetown. De nombreuses introductions du virus vont avoirlieu en Guinée forestière à partir de malades libériens àcompter de juillet 2014 [22]. La Coordination nationale dela lutte en Guinée a été restructurée avec la nomination d’uncoordinateur national sous l’autorité directe du chef de l’Étatet renforcée avec l’aide des partenaires techniques et finan-ciers internationaux et nationaux après la déclaration d’ur-gence de santé publique de portée internationale (USPPI)le 8 août 2014 par l’OMS [52]. Treize centres de prise encharge ont été construits et six laboratoires supplémentairesmis en œuvre entre octobre 2014 et février 2015 en Guinée[43] (Fig. 1).

En janvier 2015 enfin, une forte diminution de l’incidenceétait constatée, en particulier en Guinée forestière (Fig. 2),comme au Liberia et à l’est de la Sierra Leone. Profitant decette inflexion de l’épidémie, la Coordination a lancé dès le10 janvier l’initiative « Zéro Ebola en 60 jours ». L’objectifétait de renforcer les stratégies de lutte (mobilisation sociale,prise en charge précoce des cas, EDS, surveillance descontacts) pour diminuer l’incidence de la maladie à unniveau suffisamment bas pour être plus facilement contrô-lable ensuite. Mais dès février, l’épidémie a changé d’épi-centre en Guinée pour s’amplifier en région maritime, prin-cipalement dans la capitale Conakry et dans la préfecture deForécariah. Dans cette préfecture, la recrudescence était laconséquence de la levée des réticences communautaires,

qui duraient depuis plusieurs semaines, gênant, voire empê-chant l’ensemble des activités de riposte. Le 19 janvier, aprèsquatre mois de fermeture, les écoles et les universités dupays étaient ouvertes, avant celles du Liberia et de la SierraLeone.

En Guinée forestière, les deux derniers cas sont sortisguéris du CTE de Macenta le 10 mars 2015. C’est à cemoment que le ministère guinéen de la Santé, aidé parl’OMS, MSF, Epicentre et l’Institut norvégien de santépublique, a mis en œuvre l’essai avec le candidat-vaccinrecombinant constitué du virus de la stomatite vésiculeuseexprimant la glycoprotéine du virus Ebola Zaïre (rVSV-ZEBOV-GP) de Merck-Sharp-Dome. La vaccination étaitréalisée en ceinture (ou anneau ou ring) dans la populationchez les contacts exposés et les contacts des contacts dechaque cas et décès confirmé de façon immédiate ou retar-dée de 21 jours, après tirage au sort. Les résultats prélimi-naires sur 90 ceintures (7 651 contacts inclus) dans septpréfectures de Guinée maritime (Boffa, Boké, Coyah,Dubréka, Forécariah, Fria, Kindia) et dans la capitale mon-traient que ce vaccin était très bien toléré et que l’effica-cité vaccinale au dixième jour de la vaccination immédiatevariait de 76,3 % chez les contacts en intention de vaccina-tion à 100,0 % (IC 95 % : 74,7–100,0 %) chez les contactséligibles et consentants [15,27,57]. Un essai, dont l’investi-gateur principal était MSF-B, était également réalisé, princi-palement dans la capitale, chez les travailleurs de santé depremière ligne [57].

Fig. 1 Incidence mensuelle des cas confirmés et probables et stratégies de lutte en Guinée de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination

nationale contre Ebola) / Monthly incidence of confirmed and probable cases and control strategies in Guinea from December 2013

to April 2016 (National Coordination against Ebola)


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À la fin de l’initiative « Zéro Ebola en 60 jours », la Coor-dination nationale a réalisé jusqu’en juin, dans les préfectu-res de Forécariah, Coyah et Dubréka où persistaient toujoursdes chaînes de transmission, des « campagnes de sensibili-sation et de recherche active » de cas et de décès suspectsdans l’ensemble des ménages. Les cas ont continué à dimi-nuer en nombre, malgré quelques cas notifiés dans les pré-fectures de Boké, Dubréka, Coyah et Fria, se concentrant finjuillet à Conakry et dans la préfecture de Forécariah. À partirde ce moment, la coordination nationale a mis en œuvre unedernière stratégie de lutte, le « microcerclage » autour desderniers cas sporadiques. Cette stratégie consistait au main-tien à domicile des habitants des localités des derniers caspendant trois semaines, qu’ils soient contacts ou non, avecsurveillance médicale quotidienne, associé à la fourniture dedenrées alimentaires (riz, haricots, huile, etc.) et d’un péculefinancier (« prix de sauce »), à des activités de sensibilisa-tion, au renforcement des mesures d’hygiène et à une aidescolaire aux enfants. Il s’agissait au total d’une véritablemise en quarantaine autour des dernières chaînes de trans-mission. Une recherche active de cas et de décès suspects,également appelée « ratissage », complétait cette stratégie decerclage dans un périmètre de 5 à 10 km autour des localitésen quarantaine.

La dernière chaîne de transmission de la principale flam-bée épidémique était survenue dans la sous-préfecture deKaliah, préfecture de Forécariah, en octobre 2015 à partird’une jeune femme résidante de cette sous-préfecture, décé-

dée dans la capitale, sans que l’alerte ne soit donnée (casprobable). L’une de ses sœurs faisait partie des contactsexposés, sans avoir été identifiée. Elle va développer laMVE et consulter un guérisseur de Kaliah. L’alerte n’étaitdonnée qu’au moment de son décès. Au total, dix personnesont été infectées dont trois sont décédées : le guérisseur, lacoépouse de l’aide-guérisseur et une amie de ce dernier. Lacoépouse de l’aide-guérisseur était enceinte. Elle a donnénaissance avant de décéder, au CTE de MSF-B à Conakry,à un bébé de sexe féminin qui va guérir, bénéficiant, à titrecompassionnel, d’une bithérapie par Zmapp et GS 5734[12,74]. Ce bébé, dernier cas de l’épidémie, est sorti duCTE le 16 novembre 2015. L’OMS a déclaré la fin de latransmission interhumaine de la MVE en Guinée, 42 joursplus tard, le 29 décembre 2015 [60]. Une période de sur-veillance renforcée de trois mois débutait à partir de cettedate. Onze jours avant la fin de cette période de surveil-lance, une résurgence est survenue à partir d’un survivantexcrétant du virus, dans la sous-préfecture de Koropara(préfecture de N’Zérékoré). Cette résurgence a été à l’ori-gine de dix cas, dont huit sont décédés (sept à N’Zérékoréet un dans la sous-préfecture de Kouankan [préfecture deMacenta]), et deux sont sortis guéris du CTE de N’Zérékorédirigé par l’association Alima (un malade de Koropara etun de Kouankan). Le dernier cas est sorti guéri le 19 avril.La fin de la résurgence a été déclarée le 1er juin 2016,aucun nouveau cas n’étant survenu pendant les 42 joursde surveillance.

Fig. 2 Incidence mensuelle pour 100 000 des cas confirmés et probables par région naturelle en Guinée de décembre 2013 à avril 2016

(Coordination nationale de lutte contre Ebola) / Monthly incidence rate per 100,000 of confirmed and probable cases by natural region

of Guinea from December 2013 to April 2016 (National Coordination against Ebola)


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La Figure 2 décrit l’évolution de l’incidence mensuellepour 100 000 de la MVE dans chaque région naturelle etdans la capitale. La MVE a été la plus intense en Guinéeforestière, avec un pic épidémique en septembre 2014(16,2 pour 100 000). Dans la capitale, l’épidémie a débutédès mars 2014, puis elle a évolué jusqu’en octobre 2015 enplusieurs vagues successives peu intenses (pic le plus élevéen décembre 2014 égal à 6,0 pour 100 000). La Guinée mari-time a été la plus touchée après la région forestière. Le pre-mier cas y a débuté sa maladie en avril 2014. Ensuite, l’épi-démie est restée peu intense pour augmenter à partird’octobre 2014 et se terminer en octobre 2015 dans la pré-fecture de Forécariah. Deux pics épidémiques ont été obser-vés l’un en décembre 2014 (8,4 pour 100 000), l’autre enmars 2015 (7,7 pour 100 000). En Haute-Guinée, après quel-ques cas sporadiques de mars à juillet 2014, l’épidémie aconnu un pic en novembre 2014 (5,3 pour 100 000) avantde se terminer en mars 2015.

La Figure 3 montre la répartition spatiale des cas de MVEen Guinée dans les sous-préfectures et les communes de lacapitale après le 19 avril 2016 (carte), et indique l’incidencecumulée des cas et des décès, la létalité et le taux d’incidencepour 100 000 dans les préfectures et les régions naturelles

(tableau joint à la carte). Deux épicentres épidémiques peu-vent être décrits dans lesquels la MVE a diffusé dans unegrande partie, voire dans la totalité des sous-préfectures. Lepremier épicentre s’est développé en Guinée forestière dansles préfectures de Guéckédou, Macenta, N’Zérékoré et Lolade décembre 2013 à mars 2015. Le foyer de résurgence de2016 est resté localisé à deux sous-préfectures. L’autre épi-centre s’est développé dans un deuxième temps en Guinéemaritime, principalement dans les préfectures de Forécariah,Coyah, Dubréka et Kindia de décembre 2014 à octobre2015. Dans la capitale, dont le premier cas est survenu dèsle 12 mars 2014 (cas probable), la MVE a touché les cinqcommunes de la ville, et des cas et des décès ont été notifiéstout au long de l’épidémie jusqu’en octobre 2015 (cas pro-bable originaire de Forécariah). En dehors de ces deux épi-centres, la MVE a diffusé le long des axes routiers avecapparition de cas sporadiques ou de foyers limités le plussouvent dans des chefs-lieux de préfecture, diffusant peuou pas du tout dans les autres sous-préfectures. LaMoyenne-Guinée (région administrative de Labé dans leFouta-Djalon et région administrative de Mamou) a été trèspeu touchée par l’épidémie. Aucun cas n’a été déclaré dansces deux grandes capitales régionales.

Fig. 3 Incidence cumulée des cas de maladie à virus Ebola [carte] par sous-préfecture et incidence cumulée des cas et des décès, létalité

et taux d’incidence pour 100 000 par préfecture et par région naturelle [tableau] en Guinée de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination

nationale contre Ebola) / Cumulative incidence of cases of Ebola virus disease [map] per sub-prefecture and cumulative incidence

of cases and deaths, case fatality and incidence rate per 100,000 per prefecture and natural region [table] in Guinea from December

2013 to April 2016 (National Coordination against Ebola)


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Le taux d’incidence pour 100 000 de la MVE a été le plusélevé en Guinée forestière (87,2) et en Guinée maritime(65,8), intermédiaire dans la capitale (36,6) et le plus bas enHaute-Guinée (12,5) et en Moyenne-Guinée (1,2).

Caractéristiques de la MVE selon le sexe et l’âge

Les proportions de cas de MVE selon le sexe égales à 52,7 %chez les femmes et 47,3 % chez les hommes n’étaient pasdifférentes des proportions de femmes et d’hommes durecensement de la population 2014 (p = 0,20) (Tableau 2) ;de même que l’incidence pour 100 000 égale à 36,58(± 1,60) chez les femmes et 35,02 (± 1,62) chez les hommes(p = 0,18).

La Figure 4 décrit l’évolution des taux d’incidence pour100 000 de la MVE selon le sexe, l’âge et la prise en chargeou non (décès communautaires confirmés et probables) dansles centres spécialisés Ebola. L’évolution était différenteselon que les malades avaient été pris en charge ou non.

Chez les malades pris en charge, l’incidence pour100 000 n’était pas différente selon le sexe (24,18 chez lesfemmes et 24,11 chez les hommes) [p = 0,98]. L’incidencepour 100 000 était la plus basse chez les enfants de moins dedix ans (inférieure à 10), puis elle augmentait régulièrementjusqu’à 40 ans pour atteindre 40-45. Ensuite, l’incidence res-tait stable jusqu’à 60 ans à environ 45-50. Enfin, l’incidencediminuait après 60 ans pour être inférieure à 25 chez lesmalades de 70 ans et plus.

Chez les malades non pris en charge avant leur décès,l’incidence pour 100 000 différait significativement selonle sexe. Elle était supérieure chez les femmes (12,37) parrapport aux hommes (10,87) (p = 0,02). L’incidence pour

100 000 dans ce groupe était la plus basse chez les sujetsde moins de 20 ans stable entre 1 et 3. Ensuite, chez leshommes, l’incidence augmentait régulièrement jusqu’à50 ans pour atteindre 13 et marquait ensuite un plateau stableautour de 11-12 au-delà. Chez les femmes, l’incidence aug-mentait également, mais jusqu’à 60 ans pour atteindre16 puis marquait un plateau stable jusqu’à 70 ans avantque l’incidence ne diminue légèrement au-delà. Au total,dans ce groupe de malades non pris en charge, donc tousdécédés, l’incidence pour 100 000 était la plus élevée chezles femmes à partir de 50 ans (184 femmes).

Caractéristiques de la MVE chez les professionnelsde santé

Parmi l’ensemble des cas notifiés, 211 ont concerné des pro-fessionnels de santé, dont 115 sont décédés (54,5 %)(Tableau 2). C’est dans la capitale que l’incidence a été laplus élevée, avec 81 professionnels infectés, puis par ordredécroissant en Guinée forestière, en Guinée maritime et enHaute-Guinée, avec respectivement 58, 50 et 21 profession-nels infectés. En Moyenne-Guinée, dans la préfecture dePita, un seul professionnel de santé décédé de la MVE aété déclaré. La létalité chez les personnels de santé, préfec-ture de Pita exclue, a été la plus élevée en Haute-Guinée(71,4 %) et en Guinée forestière (69,0 %) et la plus basseen Guinée maritime (44,0 %) et dans la capitale (45,7 %)[p = 0,07]. Le CTS a pris en charge, de janvier à juillet2015, 26 professionnels de santé, dont huit sont décédés(30,8 %).

Les médecins et les infirmiers ont été les plus infectés(49 % des professionnels de santé infectés), ainsi que les

Fig. 4 Incidence cumulée pour 100 000 des cas de maladie à virus Ebola selon l’âge, le sexe et le mode de prise en charge en Guinée

de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination nationale contre Ebola) [62 données manquantes] / Cumulative incidence rate per

100 000 of cases of Ebola virus disease according to age, gender and healthcare management in Guinea from December 2013 to April

2016 (National Coordination against Ebola) [62 missing data]


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agents techniques de santé (18 %). Le dernier cas était ungarçon de salle d’une clinique de la capitale pris en chargeet décédé le 30 août 2015. Les professionnels de santé ontété, avec un taux d’incidence de 21,8 pour 1 000, près de44 fois plus infectés que le reste de la population de 15 anset plus (hors santé), dont le taux était égal à 0,5 pour 1 000.Ce sont les techniciens de laboratoires (neuf infectés) et lesmédecins (53 infectés) qui ont présenté les plus forts tauxd’incidence avec respectivement 39,0 et 32,8 pour 1 000.

Quatorze guérisseurs traditionnels figuraient parmi lesvictimes d’Ebola dans les cas notifiés, sans aucun doute endessous de la réalité. Dix exerçaient en Guinée maritime,dont quatre de la préfecture de Forécariah, trois en Guinéeforestière et un dans la capitale. Douze sont décédés (létalité85,7 %), dont cinq sans avoir été pris en charge avant leurdécès.

Autres caractéristiques de la létalité de la MVE

La létalité globale était différente selon la région naturelle.Elle était la plus élevée en Guinée forestière (72,5 %[1230/1697]), en Haute-Guinée (68,0 % [225/331]) et enGuinée maritime (65,8 % [757/1151]) et la plus basse dansla capitale (52,7 % [322/611]) et en Moyenne-Guinée(41,7 % [10/24]) [p < 10–6] (Fig. 3). La létalité des maladespris en charge dans les centres spécialisés Ebola était égale-ment la plus élevée en Guinée forestière (56,8 %[614/1 081]) et en Haute-Guinée (56,2 % [136/242]), et laplus basse en Guinée maritime (48,5 % [371/765]), dans lacapitale (37,7 % [175/464]) et en Moyenne-Guinée (22,2 %

[4/18]) [p < 10–6]. Ces létalités ne reflètent pas strictementles létalités spécifiques de chaque centre qui pouvait prendreen charge des malades de différentes régions.

La létalité chez les femmes égale à 66,2 % (1 328 décès/2 007 cas) n’était pas différente de celle des hommes égale à67,2 % (1 210 décès/1 801) [p = 0,50] (Tableau 2).

La Figure 5 décrit la létalité due à la MVE selon l’âge et lesexe de l’ensemble des cas notifiés en Guinée. La létalité,comparable chez les femmes et les hommes, variait en fonc-tion de l’âge (p < 10–6). Elle était la plus élevée aux âgesextrêmes de la vie, proche de 80 % chez les moins de cinqans et de 90 % chez les plus de 70 ans. Elle était la plus basseentre 10 et 20 ans, légèrement inférieure à 50 %.

La létalité globale était significativement inférieure chezles professionnels de santé (54,5 %) par rapport à celle de lapopulation comparable de 15 ans et plus (hors santé)(66,7 %) [p < 10–3] (Tableau 2). La létalité chez les profes-sionnels de santé pris en charge en centres spécialisés Ebola(47,8 %) n’était pas significativement différente de celle enpopulation comparable (50,4 %) [p = 0,50] (Tableau 2).

La Figure 6 compare l’évolution mensuelle de la létalitécumulée globale et celle des structures de prise en chargeEbola chez les professionnels de santé et dans la populationde 15 ans et plus (hors santé). On constate dans les deuxgroupes que la létalité globale, qui prend en compte l’ensem-ble des sujets décédés, était plus élevée que celle des seulsmalades pris en charge et qu’elle diminuait au fil du temps,passant de 100 % en février 2014 à 67 % dans la populationet à 50 % chez les professionnels de santé en septembre2014. Ensuite, la létalité globale ne variait plus dans la

Fig. 5 Létalité des cas de maladie à virus Ebola selon l’âge et le sexe en Guinée de décembre 2013 à avril 2016 (Coordination nationale

contre Ebola) [62 données manquantes] / Case fatality rate of Ebola virus disease according to age and gender in Guinea from December

2013 to April 2016 (National Coordination against Ebola) [62 missing data]


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population jusqu’en avril 2016. Par contre, chez les profes-sionnels de santé, elle augmentait jusqu’à décembre 2014pour atteindre 58 % avant de redescendre en mars à 55 %puis rester stable jusqu’à la fin de l’épidémie chez ces pro-fessionnels en août 2015.

Sur cette figure, on constate que la létalité mensuellecumulée dans la population générale de 15 ans et plus, priseen charge par les structures spécialisées Ebola, diminuait endébut d’épidémie, passant de 62 % en mars 2014 à 50 % enseptembre 2014 puis restait stable jusqu’à la fin de l’épidé-mie. Par contre, la létalité mensuelle cumulée chez les pro-fessionnels de santé pris en charge évoluait différemment.Elle diminuait peu de mars 2014 à juillet 2014 passant de40 à 35 %, puis augmentait de façon importante jusqu’endécembre 2014 pour atteindre 50 %. Elle diminuait ensuitejusqu’en mars 2015 pour atteindre 47 % et restait stable jus-qu’en août 2015.

Discussion

Les analyses réalisées portent sur des données d’observationimparfaites et incomplètes. Le nombre de cas et de décès estprobablement sous-déclaré, comme cela a été constaté auLiberia [21]. Il est donc important d’en tenir compte afinde nuancer les constatations faites dans cet article.

Cette épidémie a été la plus importante de celles surve-nues en Guinée au XXI

e siècle non seulement par sa durée,plus de deux ans à la fin de la résurgence épidémique en avril2016 (Fig. 1), mais également par son étendue géogra-phique, puisqu’elle a touché à des degrés divers les cinqcommunes de la capitale et les quatre régions naturelles et

par sa gravité avec le décès de deux cas notifiés sur trois,malgré la forte mobilisation internationale à partir de sep-tembre 2014 (Fig. 2, Tableau 2). Le virus Ebola responsableétait un variant très proche des souches du virus EBOV deRDC et du Gabon (97 % d’homologie) et aussi virulent. Latrès forte similarité des souches analysées sur les premiersmalades suggérait une introduction unique dans la popula-tion humaine [2]. Le contact du cas index, un enfant de deuxans, avec des chauves-souris a été évoqué pour expliquerl’introduction du virus chez les hommes sans toutefois êtreformellement prouvé. De plus, contrairement aux travauxantérieurs qui incriminaient les chauves-souris frugivoresen Afrique centrale, les études réalisées dans le village dupremier cas semblent incriminer des chauves-souris insecti-vores [6,36,65].

La MVE a émergé en Guinée forestière dans une zonedensément peuplée proche des frontières de la Sierra Leoneet du Liberia (région dite du « Bec de Perroquet »). La pro-pagation dans les trois pays a été favorisée par plusieursfacteurs synergiques : la sous-estimation de l’importanceréelle de l’épidémie et de son potentiel de diffusion jusqu’enjuillet 2014 ; les insuffisances des structures sanitaires avecdes postes et des centres de santé non préparés et armés pourrépondre à une telle maladie ; le recours fréquent aux méde-cines traditionnelles par les populations ; les rites funérairesau cours desquels les défunts sont lavés et touchés (lovetouch) favorisant la transmission virale ; la peur face à unemaladie mortelle inconnue à l’origine de fausses rumeursdésignant les personnels de santé comme responsables del’épidémie et de ses morts, du rejet parfois très violent deséquipes de riposte avec « leurs pulvérisateurs qui inoculentle virus » et de la fuite hors des villages et des quartiers

Fig. 6 Évolution mensuelle des létalités cumulées globales et en centres de prise en charge (CDT/CTE/CTS) des cas de maladie à virus

Ebola dans la population (15 ans et +, hors santé) et chez les professionnels de santé (Coordination nationale contre Ebola) [59 données

manquantes sur l’âge des malades de 15 ans et +] / Monthly evolution of global cumulative lethality and cumulative lethality in support

centers of Ebola virus disease among population (15 years and over, excluding health) and healthcare workers (National Coordination

against Ebola) [59 missing data on patient age of 15 years and +]


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urbains touchés par l’épidémie ; la forte mobilité habituelledes populations locales favorisée par la porosité des frontiè-res, sur lesquelles plusieurs ethnies sont établies de partet d’autre, par la libre circulation et l’existence d’un réseaudense de circulation et de commerce dans cette sous-région,contrairement aux zones d’émergence forestières d’Afriquecentrale [24,37,38,82,83]. Le village de Méliandou n’estsitué qu’à 10 km de Guéckédou par une piste praticable.Des routes permettent ensuite de se déplacer plus ou moinsrapidement vers les autres chefs-lieux de préfecture de larégion forestière, la capitale Conakry et les deux pays fron-taliers et leurs capitales. Ainsi, en avril 2016, étaient recen-sés près de 29 000 cas et 11 309 décès dans les trois paysépidémiques, la Guinée (22,5 % du total des décès), le Libe-ria (42,5 %) et la Sierra Leone (35,0 %), un nombre total dedécès sous-évalué [21,26,59,86].

Du point de vue temporel, l’épidémie a évolué en Guinéeen plusieurs phases pendant plus de deux ans (Fig. 1) [43].La première correspondait à l’émergence du virus chezl’homme. Cette phase est restée totalement silencieuse pen-dant deux mois et demi, malgré les décès de plusieurs per-sonnels de santé de première ligne, avant que l’alerte ne soitlancée. Ce fut également le cas dans plusieurs épidémiesd’Afrique centrale où les délais d’alerte étaient du mêmeordre ou supérieurs à celui de la Guinée (Tableau 2). Le délaid’alerte initiale doit être le plus court possible. L’alerte apour objectif de prévenir les autorités sanitaires pour l’orga-nisation de la riposte. Cela afin de contrôler le foyer initialavant que l’épidémie ne diffuse sur un plus large territoire, larendant plus difficilement maîtrisable. Ce retard de l’alerteinitiale en Guinée confirmait l’impréparation du système desanté et des communautés à une telle éventualité et les caren-ces des structures sanitaires de première ligne et de leurspersonnels. Il est à noter que l’alerte lors de la résurgencede 2016 n’a été donnée que 25 jours après le début de lamaladie du premier décès probable.

Les alertes par les communautés villageoises et urbaineset par les structures de santé, face à la survenue d’un cas oud’un décès suspect, devaient se poursuivre ensuite pendanttoute la durée de l’épidémie pour isoler rapidement les mala-des confirmés et sécuriser les décès. Malgré les moyens misenœuvre, avec retard au début, des malades atteints de MVEsont restés cachés en Guinée. Beaucoup de ces maladescachés n’ont été identifiés ou confirmés qu’après leur décès,quelques-uns ne l’ont sans doute jamais été. Ainsi, la pro-portion des cas probables et des cas confirmés après le décèsreprésentait près du tiers (32,6 % [1 244/3 814]) de l’ensem-ble des cas notifiés (Tableau 2). Ces cas, non pris en chargedans les structures spécialisées Ebola, ont été notifiés tout aulong de l’épidémie (Fig. 1). Cela était la conséquence desréticences profondes d’une partie de la population qui préfé-rait cacher les malades et les morts d’Ebola et témoignaitégalement des difficultés et des insuffisances de la commu-

nication communautaire de la riposte. Ces cas et décès dis-simulés ont grandement participé à la persistance de la trans-mission du virus aux familles, aux amis et aux voisins, parexposition au virus pendant la phase de maladie et après ledécès lors des rites funéraires. Le dernier décès confirmé,non identifié comme contact lors de la principale flambéeépidémique, est d’ailleurs survenu le 14 octobre 2015 dansla préfecture de Forécariah. Ce décès a été à l’origine de dixcas secondaires, dont le dixième a été le dernier cas de l’épi-démie en Guinée. Lors de la résurgence de 2016, malgré plusde deux ans de lutte, quatre cas sur les dix notifiés n’ont pasété pris en charge (trois décès probables et un décès commu-nautaire confirmé).

Au total en Guinée, le système d’alerte a fonctionné avecbeaucoup de retard lors de l’émergence et est resté imparfaittout au long de l’épidémie. Ce constat souligne la nécessitéimpérieuse d’une remise en état des structures d’offre desoins à tous les niveaux de la pyramide sanitaire. Il met enexergue d’une part l’importance face aux phénomènes épi-démiques, émergents ou non, de l’amélioration du systèmede surveillance et d’alerte pour une riposte rapide et d’autrepart de la mise en œuvre de stratégies de mobilisation et decommunication efficaces pour l’engagement et l’adhésioncommunautaire à la lutte contre ces phénomènes. Le minis-tère de la Santé a d’ores et déjà initié ou programmé desactions en ce sens [43]. Malgré ces insuffisances, le foyerforestier, hors résurgence de 2016, s’est tout de même éteintpeu de temps après ceux du Liberia et de Sierra Leone enmars 2015 [56].

Du point de vue spatial, l’épidémie a touché 27 préfectu-res sur 34 avec plus ou moins d’intensité. La Moyenne-Guinée et les préfectures du Nord du pays ont été peu, voirepas du tout, touchées par l’épidémie, tout comme la préfec-ture de Mandiana frontalière du Mali à l’Est (Fig. 3). On peutdécrire schématiquement plusieurs dynamiques spatiales del’épidémie. La première a concerné les deux épicentres suc-cessifs de Guinée forestière et de Guinée maritime où la dif-fusion intrapréfectorale de la MVE a été forte. Cette diffu-sion était en général centrifuge à partir des chefs-lieux depréfecture et par contiguïté à partir des préfectures frontaliè-res comme ce fut le cas à Macenta par exemple. La deuxièmedynamique s’est développée rapidement entre les épicentresen suivant les principaux axes routiers. La MVE n’y aconcerné, sous forme de cas sporadiques ou de foyers limitésen nombre, que des sous-préfectures proches de ces axesroutiers et des chefs-lieux de préfectures (Fig. 3). La dernièredynamique a été celle de la capitale où l’épidémie s’est déve-loppée dans les cinq communes par vagues successives, don-nant une image en « crête-de-coq » de la courbe épidémique,de mars 2014 à octobre 2015 (Fig. 2). Mais l’épidémie àConakry n’a jamais atteint les intensités observées à Monro-via et à Freetown, où les incidences cumulées ont été cinqfois plus élevées dans chacune d’elles sur des périodes plus


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courtes [86]. La capitale a probablement servi, de façoncontinue, à la fois de « refuge » pour des contacts et descas suspects venant des préfectures de « l’intérieur » et depoint de départ de contacts et de cas suspects vers les autrespréfectures. La ville de Mamou, important carrefour des dif-férentes régions du pays, a été par exemple mise en alertepour le suivi de 13 contacts venant de la capitale en novem-bre 2014. Aucun de ces contacts n’a développé la MVE.

Les déplacements de personnes contacts, de malades etparfois de sujets décédés ont également concerné plusieurspréfectures guinéennes entre elles, ainsi que le Liberia et laSierra Leone, parfois vers les pays frontaliers. Le seul casconfirmé du Sénégal était un jeune homme, contact d’uncas confirmé, arrivé de Guinée par la route et qui a déve-loppé un tableau de MVE [54]. Tous les cas d’Ebola notifiéspar le Mali étaient liés à deux malades venant de Guinée. Lesecond malade venait de la ville frontalière de Kourémalé. Ila été à l’origine de plusieurs décès de soignants d’uneclinique de Bamako [29,55]. Différentes études portant surles souches de virus Ebola ayant circulé en Guinée, en SierraLeone et au Liberia ont bien démontré l’existence d’intro-ductions multiples entre les différents pays [22,33,67].

Globalement, la MVE en Guinée a infecté dans lesmêmes proportions les femmes et les hommes. Par contre,parmi les sujets non pris en charge par les structures spécia-lisées Ebola (décès communautaires confirmés et décès pro-bables), les femmes les plus âgées ont été significativementplus touchées (Fig. 4). Ces femmes ont sans doute été plusexposées lors des soins aux malades comme c’est une pra-tique courante dans les sociétés traditionnelles africaines et/ou lors de la pratique des rites funéraires auxquels les fem-mes ménopausées peuvent prendre part, en particulier lelavement des corps [11,61]. Leur décès avant toute prise encharge est probablement d’origine multifactorielle et peuts’expliquer à des degrés variables par l’intensité de leurexposition au virus lors des contacts avec les malades et lesmorts, leur degré d’immunosénescence pour lutter contre lamaladie, leur degré de malnutrition et leur possibilité àentendre et accepter les messages préventifs.

L’augmentation du taux d’incidence de la MVE en fonc-tion de l’âge s’explique sans doute par le degré d’expositionaux virus présents dans les fluides corporels des malades etdes morts d’Ebola (Fig. 4). Les enfants sont moins exposésau virus que les adultes et les personnes âgées, notammentles chefs de famille, les femmes, les leaders communau-taires, les guérisseurs traditionnels et les personnels de santé.

La létalité ne différait pas selon le sexe (Tableau 2). Parcontre, la létalité différait selon l’âge. Elle était significative-ment plus élevée aux extrêmes de la vie, supérieure à 80 %chez les enfants de moins de cinq enfants et chez les sujetsâgés de 70 ans et plus (Fig. 5). Ces fortes létalités s’expli-quent sans doute en grande partie par la capacité du systèmeimmunitaire des malades, immature chez les plus jeunes et

immunosénescent chez les plus âgés, par le risque accru dedéshydratation en cas de diarrhées et de vomissements etl’état nutritionnel de ces deux classes d’âge. L’évolution dela létalité selon l’âge chez les sujets pris en charge dans lescentres spécialisés Ebola était strictement identique [17].

La létalité cumulée en population (Fig. 6), indicateur de laqualité de la prise en charge globale de l’épidémie, a évoluédans un premier temps à la baisse jusqu’en septembre 2014,passant de 100 à 67 %. Par contre, malgré le renforcementdes moyens de lutte par les partenaires techniques et finan-ciers à partir d’octobre 2014, cet indicateur n’a plus variéjusqu’à la fin de l’épidémie. Les efforts consentis ont sansdoute permis que la létalité cumulée globale ne se dégradepas, mais n’ont pas pu l’améliorer. Cela confirme la gravitéde l’infection à virus EBOV et les limites de la communica-tion communautaire qui n’a pas réussi à inciter les malades àavoir, le plus rapidement possible, recours aux soins, amé-liorant leurs chances de survie. Un délai de prise en chargesupérieur à sept jours multipliait par trois le risque de décès[17]. Chez les professionnels de santé, si la létalité cumulée aévolué dans le même sens en début d’épidémie, cet indica-teur a de nouveau augmenté, progressant de près de 15 %,chez ceux pris en charge dans les centres spécialisés Ebola,entre juillet et décembre 2014. Cette aggravation traduit lesdifficultés rencontrées par la riposte pour obtenir dans lacapitale l’adhésion des professionnels de santé et de la popu-lation aux activités de lutte au plus fort de l’épidémie. Lalétalité cumulée baissait à nouveau entre janvier et mars2015 pour atteindre 47 % chez les professionnels pris encharge puis est restée stable jusqu’en août 2015. Cette baissecorrespond à la mise enœuvre du CTS par le service de santédes armées françaises à Conakry. Le CTS, avec des moyensd’évacuation aérienne, a pris en charge 26 professionnels desanté dont huit sont décédés (37,8 %) [9,30,39,43].

La létalité variait significativement en fonction desrégions naturelles de 42 à 72 % sur l’ensemble des cas etde 22 à 57 % chez les sujets pris en charge dans les centresspécialisés Ebola. Hors Moyenne-Guinée où les cas ont étépeu nombreux, la létalité a été la meilleure chez les maladespris en charge dans la capitale (38 %), égale à celle du CTSpendant son temps d’activité. L’offre de soins était la plusimportante et la plus accessible à Conakry dès le début del’épidémie. C’est en Guinée forestière et en Haute-Guinéeque la population a payé le plus lourd tribut à l’épidémied’Ebola avec des létalités globales et en centres spécialisésEbola plus élevées qu’en Guinée maritime et dans la capi-tale. Pour l’ensemble de la Guinée forestière et de la Haute-Guinée, le CTE de Guéckédou et le CDT de Macenta ont étéles seuls centres de prise en charge jusqu’en novembre 2014pour une vaste étendue géographique où le réseau routiern’est pas parfait, allongeant les temps d’évacuation. Parmiles malades considérés comme non pris en charge par lescentres Ebola dans cette vaste zone, quelques-uns sont


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décédés lors de leur évacuation en ambulance. À partir denovembre 2014, deux CTE, l’un à Macenta dirigé par laCroix-Rouge française et l’autre à N’Zérékoré dirigé parl’organisation Alima, ont participé avec celui de Guéckédouà la prise en charge des malades de ces régions. Deux CTEouverts en 2015 à Kérouané et à Beyla et un CDT dirigé parMSF-France à Kankan n’ont pas servi du tout, l’épidémieétant terminée dans ces préfectures lors de leur ouverture.Dans la préfecture de Siguiri, un CDT dans le chef-lieu etun centre communautaire dans la ville frontalière de Kouré-malé ont complété l’offre de soins, après l’épisode malien deBamako, à partir de fin 2014. La moindre létalité en Guinéemaritime s’explique sans doute en partie par l’augmentationde l’offre de prise en charge à partir de fin 2014 avec latransformation du CDT de Forécariah dirigé par la Croix-Rouge française en CTE, l’ouverture d’un CTE à Coyah,aux portes de la capitale, dirigé par une équipe du ministèrede la Santé guinéen et une équipe cubaine, d’un CTE à Kin-dia dirigé par une équipe russe et d’un CTE à Boké dirigé parMSF-B.

Les réticences communautaires face à une maladie incon-nue et meurtrière, en général intenses lors de l’apparition despremiers cas dans un village et dans une zone, parfois trèsviolentes comme à Womé près de N’Zérékoré où huit per-sonnes de la riposte ont été tuées par les villageois, ont gênéla riposte pendant toute l’épidémie. Elles empêchaientnotamment les équipes de lutte d’évacuer les malades sus-pects, l’identification et le suivi des contacts. Ces réactionscommunautaires, connues depuis longtemps comme cellespar exemple observées lors de l’apparition de la peste àDakar en 1914 en tout point identiques à celles d’Ebola,décrites et analysées depuis l’apparition d’Ebola en Afriquecentrale, étaient donc prévisibles [5,42]. Des anthropologuesont apporté à la Guinée leur expertise pour guider la ripostedans la résolution de ces phénomènes complexes, véritables« réactions aux difficultés quotidiennes et au passé trauma-tisant » [1,48]. La coordination nationale a ainsi développéavec leur aide une approche associant négociation préalableauprès des leaders crédibles, des associations de femmes etde jeunes et usage mesuré en dernier recours de la dissuasionavec l’aide des forces de sécurité de la gendarmerie natio-nale. Cependant, une fois la situation calmée, ces réticencespouvaient prendre la forme de résistance passive avec dissi-mulation des malades et des morts contre laquelle la com-munication communautaire restait inopérante. Ces réticen-ces ont eu au total un impact à la fois sur la persistance deschaînes de transmission et sur la létalité de l’épidémie.

Conclusion

Cette épidémie d’une importance et d’une gravité sans pré-cédent a touché à des degrés divers une grande partie de la

Guinée, mais plus particulièrement les populations de larégion forestière, les femmes les plus âgées et les profession-nels de santé. Elle a mis en exergue les insuffisances et lacu-nes préexistantes du système de santé. La forte mobilisationinternationale qui a permis de renforcer les moyens humainset matériels de la riposte à partir de septembre 2014, l’emploide nouveaux moyens de lutte, en particulier les tests de diag-nostic rapides et la vaccination des contacts, et enfin l’adap-tation permanente des stratégies de lutte par la coordinationnationale à partir de 2015 ont permis de contrôler progressi-vement l’épidémie. Dans les centres de prise en chargeEbola, un patient sur deux a pu être sauvé et même près dedeux sur trois chez ceux de la capitale, avec toutefois deschances de survie moins bonnes chez les patients admis avecretard ainsi que chez les jeunes enfants et les vieillards. Mal-gré tous ces efforts et tous les moyens déployés, un maladesur trois est tout de même décédé tout au long de l’épidémiesans avoir été pris en charge. La létalité cumulée a ainsiatteint un « plancher de verre » de deux morts sur trois per-sonnes infectées dès septembre 2014 sans varier ensuite jus-qu’à la fin de l’épidémie. Outre la virulence de l’agent patho-gène, la situation de mal-développement chronique, la fortemobilité des populations et le défaut de coordination dans lapremière phase de la lutte, c’est sans doute les insuffisancesde la communication, notamment avant et au début del’introduction du virus dans les communautés villageoiseset urbaines, à l’origine de fortes réticences parfois violentes,qui ont contribué à l’ampleur humaine et territoriale de cetteépidémie et qui expliquent une grande part des limites desrésultats de la riposte.

Le temps est maintenant d’en finir avec cet épisode épi-démique, de continuer à prendre en charge l’ensemble des« survivants », de tirer tous les enseignements de la riposteafin de mieux préparer l’avenir pour contrôler les inévitablesphénomènes épidémiques émergents ou non dans le futur etenfin d’améliorer encore les connaissances sur l’histoirenaturelle de l’infection par le virus Ebola.

L’épidémie est marquée actuellement par la survenue,dans les trois principaux pays épidémiques, de petits foyerssporadiques de résurgence à partir de sujets guéris excrétantdu virus, en particulier dans le sperme des hommes (quatrerésurgences au Liberia, une en Sierra Leone, une en Guinée)[10]. Cette excrétion virale peut persister entre 9 et 12 moischez quelques sujets [13,40,68,69]. L’expérience acquise,les moyens encore disponibles avec le soutien des partenai-res et l’emploi de la vaccination, qui prévient efficacement lasurvenue de la MVE chez les contacts avec des incubationssupérieures à dix jours (durée de développement de laréponse immunitaire vaccinale), ont permis jusque-là decontrôler rapidement ces résurgences. Aucune n’a atteintl’ampleur de certains foyers de 2014, comme celui survenudans le village de Ouendéro de la préfecture de Kissidougouen décembre où les funérailles non sécurisées de l’assistant


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d’une sage-femme furent à l’origine de 85 cas, dont 62 sontdécédés [73]. La résurgence en avril 2016 en Guinée fores-tière ainsi que celle liée de Monrovia sont contrôlées. LaCoordination nationale en Guinée développe une stratégiede prévention de ces résurgences en mettant en place une« surveillance active en ceinture » (SA_Ceint) autour dessujets guéris, en identifiant ceux parmi les hommes quiexcrètent du virus dans le sperme et en vaccinant les contactsn’ayant pas été inclus dans l’essai vaccinal.

Les survivants d’Ebola font l’objet d’une attention parti-culière. Les sujets guéris en Guinée, dont certains sont orga-nisés en associations, bénéficient d’un soutien et d’un suivimédicopsychosocial, dans le cadre notamment du projet« Postebogui » [16,43]. Les orphelins ont été évalués à unpeu plus de 6 200 par l’Unicef qui leur apporte son soutien.Des aides sont également apportées et envisagées pour lesveuves et les veufs, dont certains sont des sujets guéris.

Plusieurs travaux et retours d’expérience ont permis detirer les premiers enseignements de la riposte en Guinée etdans les autres pays où Ebola s’est développé avec des pro-grès dans tous les domaines de la lutte contre la MVE, que cesoit les stratégies et les méthodes de prise en charge et deriposte et, grâce aux efforts accélérés de recherche, lesmoyens de diagnostic, de traitement et de prévention vacci-nale [43,46]. Il reste sans doute à exploiter et à analyserdavantage la masse d’informations accumulées pour mieuxcomprendre l’évolution et la dynamique de cette épidémieet pour identifier parmi les nombreux facteurs contributifspotentiels ceux ayant favorisé et ceux ayant fait obstacle àla diffusion de l’épidémie. La comparaison avec les épidé-mies survenues en Afrique centrale compléterait utilementles connaissances acquises. Il est également important derepenser, avec l’aide de socioanthropologues, de mobilisa-teurs sociaux et de spécialistes de la communication sanitaire,la communication avec les communautés et leurs leaders pourprévenir les réticences et obtenir un climat favorable à l’en-gagement communautaire face à des phénomènes infectieuxgraves et mortels comme Ebola ainsi que la communicationavec les professionnels de santé [19,43,66].

De nombreuses recherches pourraient être encore initiéeset poursuivies pour notamment : mieux comprendre l’originedu cas index, qui n’est pas encore parfaitement élucidée ;étudier l’évolution et la dynamique des souches virales iso-lées ; évaluer la survie du virus dans différents environne-ments géoclimatologiques ; estimer l’importance et l’influ-ence sur la dynamique de l’épidémie des formes pauci- ouasymptomatiques de la MVE, dont l’existence a été biendémontrée en Afrique centrale et confirmée lors de premierstravaux en Sierra Leone, et décrire les cycles zoonotiquesforestiers du virus Ebola en Afrique de l’Ouest, en particulierchez les chauves-souris [4,6,35,64,65].

Le ministère de la Santé en Guinée a décidé de mettre enœuvre différents projets avec l’aide de ses partenaires, dans

le cadre de la relance du système de santé sans attendre la finde l’épidémie [43]. Un de ces projets concerne l’améliora-tion de la surveillance, de l’alerte et de la riposte aux épidé-mies à tous les niveaux de la pyramide sanitaire depuis leniveau communautaire jusqu’au niveau régional. Des cen-tres de prise en charge des maladies épidémiques ont étéou vont être construits dans l’ensemble des chefs-lieux depréfecture. Les laboratoires vont être renforcés pour le diag-nostic des maladies épidémiques dans les structures hospita-lières. Un projet de création pour fin 2016 d’un institut Pas-teur à Conakry est en cours.

Remerciements Les auteurs remercient les soignants, lesépidémiologistes et les gestionnaires de données qui ontcontribué au recueil des informations sur les cas de maladieà virus Ebola déclarés en Guinée.

Liens d’intérêts : les auteurs déclarent ne pas avoir de liensd’intérêts.

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