approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to space explorer

39
Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer Michael Schroeder a, * , David Gilbert a , Jacques van Helden b , Penny Noy a a Department of Computing, City University, Northhampton Square, London EC1V 0HB, UK b Service de Conformation des Macromolecules Biologiques, Universite Libre de Bruxelles, Belgium Received 10 September 1999; received in revised form 24 February 2001; accepted 1 April 2001 Abstract With the data explosion in biology visualisation techniques are of paramount im- portance for further progress. In this paper, we present a framework to characterise the visualisation process. We identify two main data types and introduce structure com- parison data and gene expression data as representatives, which serve as running ex- amples throughout. Next, we review various distance measures and develop a design methodology for distances. We critically review the classical approach of clustering and visualisation through trees, in particular dendrograms, and pinpoint shortcomings of this technique. In order to tackle these shortcomings, we survey information visuali- sation techniques and discuss an alternative approach and system: Space Explorer, which maps the relationships of objects to distances and visualises these distances in a 3D, interactive space. We evaluate three layout algorithms for the two data types and apply them to our case studies. Ó 2001 Elsevier Science Inc. All rights reserved. Keywords: Visualisation; Gene expression data; Structure comparison data; Sequence comparison data; 3D; Spring embedding; Principal component analysis Information Sciences 139 2001) 19±57 www.elsevier.com/locate/ins * Corresponding author. E-mail addresses: [email protected] M. Schroeder), [email protected] D. Gilbert), [email protected] J. van Helden), [email protected] P. Noy). 0020-0255/01/$ - see front matter Ó 2001 Elsevier Science Inc. All rights reserved. PII:S0020-025501)00156-6

Upload: michael-schroeder

Post on 02-Jul-2016

212 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

��������� � �� ������� �� ����������������� ���������� � ����� ��������

������� ��������� ���� ����� ������ ������ � ��� ����� �� !���" #�" �

� ���������� ����� ��� � �� �� ���� ��� ���������� ������� ���� ���� ���� � � ���� !� �� ������ � ��� "�!��#�!�#�� � #� ����� �� ���� �� � $�� �� ���%�##��� ��#� ��

$������� %& �������� %'''( �������� �� ������ ���� )* +��� ��" )&&%( ������� % ����� )&&%

��������

,�� �� ��� �������� �� ������" �� ������� ������ � ��� �� ������ � ��-

������� ��� � ���� ������. /� �� ������ 0� ����� � �����0��1 � ���������� ��

�� ������� �����. ,� ������" 0� ���� ��� "�� ��� ����� �� � � �� ���-

������ ��� ��� ���� �������� ��� � ������������ 0���� ���� � � ����� ��-

����� ��� ��� . #��� 0� �����0 ����� ������ ��� �� ��� ������� � �����

���������" ��� ������. ,� ��������" �����0 �� ������� �������� �� �� ����� ���

�� ������� ��� �� ���� �� ����� ��� ����������� ��� ������� ��������� ��

�� ������ �. /� ����� � ��1�� ��� ���������� 0� ���" ���������� �� ���-

���� ������ � ��� ��� �� ��������� �������� ��� "��� ����� ���������

0���� ��� �� ���������� �� ��2�� � ������ ��� �� ���� ��� ������ �� �

3�� ��������� ����. ,� ���� �� ���� ��"� �������� ��� �� 0� ��� "�� ���

����" ��� � � � ��� ���. � )&&% ������� ������� /��. ��� ���� �������.

��&���' 4� �������( ���� �������� ���( �� � �� ��������� ���( ��� ����

��������� ���( 3�( ������ ���������( !�������� �������� ����"�

/��������� ������� %3' 5)&&%6 %'789000.�������.���:�����:��

�;����������� � ���.

�(�� # ���������' ���<��.��".��. 1 5�. ���������6� ���<��.��".��. 1 5�. ������6�

2�������< ���. ��.��.�� 5�. ��� �����6� �.�.��"<��.��".��. 1 5!. #�"6.

&&)&-&)88:&%:= - �� ���� ���� � )&&% ������� ������� /��. ��� ���� �������.

!//� �&&)& -&)88 5&% 6&&%8> ->

Page 2: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

� ���� ������

������� �� ����� ��� ��� � � ��� ������" ���� �� ��� �� � ����� � �� ���������� ���� 0���� �� ���� ���� ��������� �� ��?���� � ���������� 5�0����� ��@A:������1� !�@6. @������ ���� 0�� � ����"���� ������ �� ����� � ������� �� ���������� ��0��� �� ��� ����" ������. B�� ��������� �������� �� ���� � ������� ���� �����" ��-�������� ��0��� ���� �� ������ �" ����"��� ���� �� ���� ��� � � �����������. ���� ������"� ������ ����� ���� ���� ������� � �������� ������� ���������� ��0��� ���� �" ��������� ���� ������������ ��-���� � ������������ ����C�����. /� ����� ���� ���������" ������������� ����� �� � "��������" ��� �� �� ������������ ������ �� 0���������� � ��������� �� ��. B�� � ���" �� � ���� ��� � ��������� ��-���������" ��� ���������� �� ����� ��� ����"��� ��� �����"��� ������ �������� �� ������ � ���������. D ���"� ���������� ��0��� ��2����� ��������� � ����� �� ������ ��� �����0��� � ����-�� ������%. !������ �� ��� ����� ��� ����0�� ��������� �� �� ��2�� ���� �����-������.

). ;� �� �� ��2��.3. �����" �� �� �� �� ��� �� ���" �������� � 0�"� �.�. � � ����� �� �-����� ���.

B�� ����� � �������� � �����0. @��� �� 0� ����������� � ����� ��-������ 0� ����� �� �� "�� �� ��� ������� 0�� � ����"� ��� 0�������" �� � ���� ��" 0�� � ��0�� ���� �� ���. #��� 0� �� �� ������� ��� ��� 0���� ���� �� ��� �� ����"�� ��� �����0 �� � �����"��������� ����� � ��0�� � ����� ������������ �� ����� ��� ������-���� E%7*F. ,� ���� � ��������� �� �� �������� ��� ���� ���������0 ���� ������ � ��������� �� ���������� �� ������� � ������� ���������. � � �� �� 0� �����" �� ��������" ��?���� ���������� � ��-���������� ������ 5�.�. E%�)�*7>F6� 0���� �� ���� ��� ������" ������. ,� ��� ���� �������� ��� �� �1� ���� �� ��� �� �� � �-���� ������� ��� ������� ��� �� �������. +�����"� 0� ����� �� �������������� � �� ������� ���� 0���� �������� � � ����� �������� �������0 ������� � ����������" ������� ���� ��� �� � 3� ��� �� �������-���.

� ��� ������������� �������

;������ +��. %. B�� �� ������� ����� ������� ���� ����� ��0 ������������� ��� �� �������. B�� ��0 ��� � �� ������� ��� "������" �� 0�"���

)& ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 3: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

� B�� ��� ��� � ��-������ ��� ���� �� ���� �� ��� �. ���� ����������� ��� �� ������� �� �� ���.

� B�� ��2�� ���� ����������� ���� ������� � � ����� ��������� -��� ��� �������" ��� ��. �� ������� ��� �� "�� �� ��� ��� �� ������ � ��� �� ���� �������� ���.

����� �� ���� �� ��� ���� ������ �� ���. � �������� ������ � ������������� �� ����� E%78F� 0���� ��� � �� �� ������ ��2�� ������. ��� �� ����� � ������������� �� �������� ������ � � �� �����" �� ������� �� ��� ���� � � ���. ����������"� �� �� �������� ����� � ��-��-�������� ������ 5�� �.�. E%�)�*7>F6 � �������� 0���� ������� �� ��2��������" �� � %� )� 3� �� ������-���������� ����� �� �� ������ ��0�����2�� ��G�� ���� ����������. +�����"� �������� ��� �� �� �� �� ���" ������� �� ��� ��� ���� �� �� ������� ������" 0��� ��" �����������������.B�� �� �� �� ����� � � � ��� ��������� � +��. %. /� �� ��� ��-

���� 0� �������� �� �� 0� ��� "�� ��� ����� �� �� 0� � ������������.

+��. %. B�� �� ������� ����� E9F.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 )%

Page 4: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

� ���� ������ ���������� �� ������������� ���

B�� ��0 ��� � �� ������� ��� �� ����� ��� �� ��� ��� 0� ��?����"���%. / � � � �� ��2�� �� ��� �� �������� 0�� ���� ���� �� �� ��� ����� ��C��� ������ �� �������" ��� ��( �� � "������" �� ��� �� ���-������� ��� �� ���� �� � � ��.

). / � � ���� �� ��������� ���� �� � � �� ��2�� ������� � � � �����-��� ��������� �� ��� ��2��� �� � ������ ���� �������� ��� ��-��� ��� �������.

B�� C� "�� �� ��� 0��� �� ��� ���� �" �� ������� �� ������ ������"���������� ��� �� ����� �" ��� ���� �������� ���.

,)�) 4 ��� !��� �����' ���� � ��#�� !���� ���

�� � ��� ��������� ��0��� ������ ��� ������ ������� ������������� ���� ���� �����" ��� � ������� ����������. B�� BH!� ������� � �� ��������� "�� EI�'F ������� ������"-���� � � ��� �����-��� ��� � � ����0�� ������ ��� ��������" ������ � � ��� ��-���. ,� �� �� "�� � ������� )93 ����������� ������ �� ��;�B ������������ ������ ����C����� E%&F �������� ��������").>&.*&.%&. 5��� ������ ���-��1�6� �� ���� �� �)93� )9)��) � 39%)I ����-0�� ���������( ����� �" �� ��� � �� ��� ��� ��� � ���� �������� ������� � ���������� � � � ��. +��. ) ��0 � ������� �� �� �� ���������� �����. /������� �" � ������ �� &� �� ���� ������ ��� ������� �������� %���&) 5� ��� ;�)6 ��� %����) 5�� ;�)6 ��� ������� �( �� �����" ���� ������� B �"�����"� ������� �� � ��� ��� ��� ���������". %��5� ��� B���6 ������ � �� �������" � ��� �0�" ���� ��� �� ����������� ��� � �� ��� � � ��� ������ ����� ��� �� ��� ������ ���.

+��. ). � ������ �����. ���� ���� ������� �� ������ ��0��� 0� ��2��. @" ��C������ ��

������ �� �� ��2�� � ���� � &� 0���� ��� �� ��� �� �� ��������. 4�� � ����0 �� �������� ���

����� � ����� ��� �����"� ���� �� ����� � "������.

)) ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 5: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

����� �� �J� �� �� ������� ������ � ��������� ����������� �� ��������� � ������� 0���� ������� �� �� ���� ��������� �� �� ��� ���� �������� � � ��. /� �������� 0� 0� �� ��1� � 1��0 ��0 �� ������ ��������� 5�.�. �� 0�� ��� � ��� ��0 �� ��� � ��� ����������6( ����C�� ���� �� �� ���� ��� ��� �� ��� ������ ���� ��� ��� ����� �� �� ��� �� � 0�� ��� ������� �� ��� �� ��K ,� 0� �� ��1� � �� �� �� �� �� ��� ������ ��� )3 �-��� � 0���� ������� ).>&.*&.%&. B�� ����� ��� �� �������� ��� �-��� � ��

� ��� ���� ��" � ���� ������� ��� �� � 0���� ��� ��"K B�� ����� �0���� �� �� ���� �-��� � ��� ��� �0�" ���� �� ������ �� �� �� ))*������. B�� ��0�� � ��� � ���� 0��� ������ � ���� �� �� ����-������ ��0��� �� ���������� ������ ��� �� ��� �� ����� �"0���� �� ;�B ��� � 0��� ���� ���.

,)/) ��!�� !��� �����' ���� �%����� � ����

@��������� ��2�� ��� �� ���" ��C��� �" ���� � � ��� �������� � ����" � ������� ���������� E%%F. ���� �� �� �� ���� ��" �� ���� ��-�����"� �� ������ 0��� ��" � � ��� �������"� ��� ��������� �������" ������ �" �����������" �������. � "����� ������� � �� � ������ �������� �� � ������ �������� ���0�". H���� � ��������" ���������� ��� ��-�������. B�� ����� �� �#� ���� ��������" E%)F ����0 ���� �� "��������" �� ����� �� �������� �� ������ �� ��� �� ����.;������ +��. 3. ,� ������ �� ������� ���� �� ����"� �� �� ���� �"��� ��

"�� E%3F. B�� � ��� ������ I&& ���� 0��� ����� �� �������� G � �������������" � ���� �� ���� �"���. ���� ���� � ����������� �" � ���� ��

# ���� �� ��������� �-��� �

% ) 3 8 9 ' ))*

# ���� �� �-��� �

%3 3 3 % % % %

+��. 3. +������ �� � � �������� ��� ����. $�0 ��������� � ����� ��� ��� �� � �����-

����. B�� ����� �� �������� �� ��. >&&& ���� 0� ��� ��� � )I ������ ��� ���� E%3F.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 )3

Page 6: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

�������� ��� ����� �1�� � ������ ��� �������. B�� ����� ������������� ������ %I ������ ��� ����� �� �� ��� ���� ��� �����.,� ��� � ������� 0�� � �������� ����"�� 0�� � ��� ����� �� I&& ��05�����6 ��� %I ��� �� 5��������6.B� ������� �� ���� ������� 0�� � �� ���� � 0�� � ��� �� ��-

��� � ���� 0�� ������ ���C�� �� ��������� �� ����� � ���� �� �� ������ 0���� ��� ��� ����" �������� �� � ������ �����. ��������" �����C�� ��� �� ��C��� �� ����� 0�"� �� � �.�. ���� �� �������� �� ���-����"�� �������". ���� � 0� �� �� �������� � ���� � ��� ���-��C��� ��� ���� 0��� ������ � 0��� ������������ �� ����� � ���� ���� �����-�� � �� ��� ��1��" � ��������� �� �� ��� �����.

� ����������� ��������

5)�) 6 !���#��� � ����!� ��� � �*� � #�� �� ��������

;������ �� �� ������� ����� ������� �� +��. % �����. ������ ���� ����0 ��� �� �� C� ��� �� ������� �� � � ��C�� � ������ 5���-����"6 �� ���������" ��� ��. B�� 0��� ��������� 0���� ��2�� ��� ���-������ ������ ��� � ��G ���� �� 0���� ��� �� ����"�. B� ��C�������� ��� ��� �� ������� ���� 1��� �� ���� ������ �� ��� ����.� �� �������� ������� �� ��� ���� �� ���� �������� ���� 0���� ��������� �� � �� �"������ ���� ��� � � �� ���������� �� ���� �� �����0���� ��� ����. B�� �����0��� ������ ��� �� 5� � ���������� �� �.�. E%*F6��� �� �.

5)�)�) ��!���@����� 0� ��C�� �� ������ �� ��C�� �� ����� ���� � ��� �� � -

������� ����. A� �� � � �� �� �����. B��� ��� �� � ����% ���� � ������ �����

���� � ��� ����� � �������������������% �

)�

�� ������� ����.

%. �!�#�� ����!�� ����� �� ���

��%����.

). "�% ��� �!�#�� ����!�� �������� �� � ������

��%������� ��� �� �.

3. � ��!� � !� ���� ������ �� � �� � � ��� ������������� ��� ����� 5��� ��� ��-����6� ��������� �� � � ��������� ���.

*. ��!# ���� � ����!�� ����� �� � ���� ��� ��������������������������������

��% ��� � ���)�

.

8. " �7&�7 � ����!�� ����� �� � �����% ��� � �����%��� � � �.

>. 8�� �� � � #�� �� �������� �B��� �� � ��� ���������) � �����) � ��� ���.9. "���#��$ � � ����!�� ����� �� �

������������������������������������� ��B���� ��

�0���� � � �� ������ ��

�� ���������� ����� �� % ��� �.

)* ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 7: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

5)�)/) ����A� 6 ��� � �� �.

%. B������ �������" ��� ��� �B ��� � � ��� � �.). ;��������" �� "������ � ��?������� �������� � �L�.

5)�),) ��� ��� � �����% � �% � � � �� � � �� ���� �� ����� �. B�� ����� � � ��� ������ �"

��. B�� ���" �� ���� � ������ �" �. !��C���� � � ����� �� �� ������% � � � ��. A� � �� ����.%. ���� �� � ����!�� ����� � � � ��� �� ��� %� �� ���.

/ ��� ��� �� ��C��� � �� ������� � ���� �� �������� ���������� �������� �� ���� 6 ��� �.

). �� � � ����!� E%8F�

����� �� � ������� � ������� � � � � � � ��� ����� � � � � %� ����� � �� � %� ������ � %�

������ �� � � ������ ������ ��� ��� �� ��C��� � ����� � � ���� �� ������ ���� ���������� �������� � ������ �� ���� 6 ��� �. / ��� �� �M�����" ��-�������� ��� �"����� ����������� 5�� �.�. E%>F6.

3. ����# ��� �� � � ����!� E%9F� ������� � ��������%�������� ����.� ���������� �� �� ���� ��� ������ � �� � � �� ���������. �

��������" ���� ���� �� 0� ���" ���� ���� ��" ��� ��� �������� � �������� ��� � ������� ������ �� 0� ���� ����. � � �� � � 0� ����������� ��� ������ �" �������� �" �� ������� ����� �� �� 0� ����./��������"� ���� �������� ����������� 0�� �� ������� ����� �� �� � �� �� 0� ����� ��� �� 0��1. B�� ������ � �� � ����������� ���� � ��� ��� ����� ���� & ��. B�� ���� � ��������� ���� � � ������������� ��0��� � ���� ���� �� �� ��� ����� "���� &.8 0����� � ��-���� ��0��� � ���" ��� ��� ���" ���� ���� ���������� %.B�� ������ �� �� ���������� ������ � �� �� �� ���� �� �� �� �� -

������� ������ ��� ��� �?�� ��������" �� � ���" �� �� �� �. +��. * ��-� ��� �� 0�� � ����� �������� 0���� ��?���� ������ ��� �� �� ��� ����������" �����������.

5)/) 4 ��� !��� �����' ���� � ��#�� !���� ���

BH!� E'F 5��.���.��. 1:��6 ������� ������ � � �� ���� �" ���-������� � � � ��� �������� �� ���� ���������� ����������� ��� ������� ��������� ����� ��� ��� ���� ��� � ��� �� ���� �� ���������.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 )8

Page 8: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

B�� BH!� ������ ������� ������ � � �� � � ����� ��� ��� 0����� � �%� � � � � �� � � �� ���� �� ����� 7 �� �������" � � �� ������ 5���6��� � ��� � ��� ������� ���� �� ���� ������ �"������-���� 5�� ��� -����6 ��� ���������� ���������". �� ��� � � �������� ���� �� ������� �� �� ������ ��� ����� ��� ����� ���������".B�� ��������� ������ � ����� �� �� ���� �� �� 0� ������

��� 1�" ��� �����C�� �" �� ������ ������ ��� ������� ���� ������1 �� ���� ��� 0���� ��� �� ��0��� ��� � �� � ��� �� �� 1�"������ 5�� +��. 86. � �������" ���� � ���� �� ���� �� �� ��������� ���� ��� ������� ����1 0��� ������ ��� � ������ �� ������ �� ������ ��� ���� �� -���� ��� �������" � �� �� 0�� � ��.�����C����"� �� ������ ��� �� �BH!����%� %��%�� ��)� )��)�� ��0���

0� � � �� � ����� �"

+��. 8. ��1��� �� ��������.

+��. *. B�� ������ �� ������ ��G ���� ��� ����"�. H� �� ��� ��� ���� ����� 6� �� � ��� ��

�� ���� ���� ��� ���� 6� �� �. /� ��� ���� � � ���� 5���6 � � 566 ��� � ������� ������� �

� � ���� 5���6 � 6 5�6 ��� ��� ��� ������.

)> ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 9: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

�BH!����%� %��%�� ��)� )��)�� ��&� �� � ������%�� �)��

� � % � � %L )�� % )�

� ��%L�)���% �)� �

B�� � ����� ����� � � �� ��������� ��� ������ ��0��� 0� ���� ��-������ ����� ��� �� ���� ��� �� �� ���� ���� ��� �������� 5������� �" 7� ��� ���� �� ��� �� �� �����6. -���� ��� ��������� ��1� � �� �����������" �� "������ �-��?������. + ��������� 0��� ���������� �� ���-�"-��� ����0�� ��������� �� � � �� ������ 0� ��� �� ��� �� �" �������� ��� �� 7 �� ����� � ����� ����-����� ����� �� ���� ���� ���������� ����� �������� � ��� ���� ����� �����.

5),) ��!�� !��� �����' ���� �%����� � ����

+�� ���� �������� ���� ��� �� ������ ��� �� ��� ����� ��� � ����������������. �0����� ��" ��� ��� ���� �� ������� ��� �� ������" �� ��"����������� �� �����" ������ �� �� ������ �� �� ���������� �����. +���������� � ������� ������ �� �� �� �������� ���� � � ������ �� ������ � ����� �� �������� 5�� +��. >6. / � ���� �� � C�� ���� 0���� �����-��� ����� �� �� ��� �� ��" ������ � �� ��� ������������ ���-������ � 0�� ���" ��?���� ���� � ����� �� ��������. B�� �������������M���� � � ���� ������� �� ��-��� �����. �0����� �� ����� ?������ �� ������ 0��1��� � � ����" ���������� �� �� ���� � �����.;���� ���"� ���� ���������� ���� �� �������� ��0��� ���� 0��������� ���" ���� �������� �� �������� 5��� ��� � �� ��� ���� � ���6�� ��� 0����� �" ������� �� ������ G � ���� ��� ���������. B�� ������ �� �� ���� ���� �� ��-��������� ��� ���� ���������� � ��G�� ����-��� ����� �� 0� ���� 0��� ����-������� �� 0��1�" ��� ���� ����.

+��. >. D��� � ������� ������ � ������� �� ��� ���� �� �� �������� ������� � � �

��� ���� �� ������ � � ���" ���� �� � � ��������. ��� ��� ������ ��� �������� ��-

� ���� 0�� ��������� �������� ����"� 5�� ������ 96 ����� �� �������.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 )9

Page 10: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

5)5) � ����!� ���� !� ��� � ��� �� �����#�� � !��� � �

B���� ��� ���� �������� � ������ ��� �� �� �� ���� � ��� �� � ��� ���� �� ���� ��� � ��C�� � ������ ����� �� �� ���������� ���.

�� ������ � �������� ����6. � ����� � � ����� � ���� � � ������ �����%. �� � � ���-�������� �.�. ��� � & �� � �� � ��� ��� � &�). �� � � "������� �.�. ��� � ���� ���3. �� � ��C� �� ������� ���� ���"� �.�. ��� � ��� � ���� 0���� �� �� ������� ������ � �� ����.

/� �������� � � ������ �� ������ � ���" ��� ��� ��� ������ �����"�0���� � ��������� �� ��" ��� ������� � ��� �����������". B�� �����0��������� ��� �� ��� ������

!���� � � ������� ���� ������ ��������� ����������� �� ������ �� ��������� ����� �������� ��� �������� ��� �������� ��� ������� �� �������� �����.

H��� � � �������� � ������� � ������ ����� ����� �� ����� ������"� �� �������. +�� �������� ��� ��" ����" 0�� � ��-���� ������ �" ������ �����. H� ��� ��" 0�� � ����- � �� ��� � ��� ����� �� ��������� �� �� ����� �.�. ��� ������ �� �� �� �������� ������������" ������� ��� ������.

������� � �� ���� ������� �� ������� ��� ������ ��� ������� ������� ��������� � ������� ���� ���� � ������� ���� �������� � �������� ��� ������ � ������ �� � ����.

A������� ��� � ��� ��� ��� 0� ������� �� �������� ��� �������� ������ 0���� ��� �� � � NN�������OO �� �� � ������� �� +��. 9. /� -�����"� � � ����� � � ������� �? �� ����� �� �� � ����� � ����0 � �����(�������"� �� ���� �� � � & ��� � � &.

" ���������� �� �� �������

;������ +��. % �����. ����� � ������ ������ 0���� ��" �� ������� ����� ��-������ ��� �� �� ���� �� � � �� ���������� �� ����� �����C������� ��2�� ��� �� �� ��� ������.;� ����� ���� �� �������� � � �� ��2�� ��� ������ �� �� ��

��� �� ���� ���������. B�� ������� � �� ������ ��� ����� ���������

)I ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 11: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

���� ���� ��������� � ������ �� �� ����� �� � ����� �� ��� �������. B�� �����"��� ���� � ��������" � ��C�� �� �� �� ������� ����-�� �� ����-�����" 0���� ��������� ����-�� �� ������. H�� ����� ��� ��������� ��-���������� �� ����� E%78F� � ���� �� �" �������. ;������ +��. I. B�� C��� � � ������" �� 0� ��2�� 0�� �� ���� ��������. B�� ���� � ����� C� �� ��. B�� ��� ���� � ��� �������� � �� ��� � ���� ��� �������� �" 2������ ����� 0� ��2��� �� �� ��2�� ��� �� �� ��. B�� ������ ��� ������� ��������"� �" ������� � �� �� ���� �� ���� �� ���� ��-2��:�� ��� ��� ��� �� ��� ��� �������� ������� � ����� ���. B�� �� -����� ����� ��� ��� � ��C�� ������ �� ���" ��0��� ��2��� � �����0��� �� ��2�� ��� � �� �� �� ��0��� 0� �� ��. ������� ����� ��� �� �� ��� �� �� �� �.�. �������� ������� �� ������� ������ E������ ���-����� �� ����: �0������ ���� ��� � ����� ��� �������� �������5D!���6 E%IF ���1���� ���������" 5�� E%�)�*F6F. B�� ������ �� �� ������� �� �� �� ��������� ��� ��" ���� � ��?���� ����������� 5�� �.�.E%�)�*�8F6. B�� ��� �� ���� ���� �� ����� � ��� �� ����� � � �����������" ��������� �� ��� ����-C� ���0��� ����� �� � ��� ���� ��� �����

+��. I. ����������� �� ����� ��� ����� ���1��� ��� �� �� ���� ���������� ����0.

+��. 9. /� � ������� � ����� �� ����� � ��� �� � � ����� � ����0 � ����� � ���. A������� ��� ������� �� � ������� � ������ 0���� � �� � � NN���0- �OO �� ��� � ������� �� �� ����

��� ������ ��� �������� ���� ��� ���� ������.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 )'

Page 12: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

���� � � ����� ���� �� ��� ���� �� �� � �� ������ �� �� ��� ��� ���������. ��� +��. I ��� �� �������.

2)�) 4 ��� !��� �����' ���� � ��#�� !���� ���

;������ +��. '. /� � � C� ��� �" 0� C�� �� ��� ������� ���1����%����) ��� %���&) ��� �� ��� �� �� � ������ &. ;��������� �� C� ���������� 0� �� ��1� � �������� �" �������� �� � ���� �� �� ��� �� � �� � �������� �� �� ��� � � � �� ����� ��� � �� ���. /� ��� ���� ������� � ����� � ��� �� ��� �� �� ��������� ����� �������� �� ������� ��+��. 33.

2)/) ��!�� !��� �����' ���� �%����� � ����

;������ +��. %&. +�� ���� �������� ���� 0� ������ �� �� ��� ���� E%3F./� ������� � �� ������ ���� ���� �� �� ��� ��� �� ������� 0�� � �������������������� �� �� � �������� ������ ��0��� �� ����� �� �������� ������� ���� � ���� �� ��� �� ��. B�� ���� � 5����� �� ���6 ������� �� "���� ��� ����� 5��0� �� �6. B�� ���� �����" ������� �� ����� �� ��� ��-���.

2),) ���#��� � !#����� �� ��� ���������� ��� ���� ������� � �#������ ���

B���� ��� �� � ���� ������� ������� 0�� �� ����� ��� ��� � ����� �� �� ������ ����������.%. B���� ��� ��������� �� �� ��������� ������� � "������. ;������+��. %%. @������ �� �� ���������� ��� �� 0������ ������� �� �� ���������������� 0�� � ��?���� ����� �� ����. B� �� ����� ������ ��-0��� ���� � �� ������" ������ � ���� ������� ������. B�� ��1�� �����" �������� � 2 ��� 0����� 0� ����� ��������� ������������� ������ ���������.

). B�� ��� �� �� ���� � 0��� ��� ����� ��� � �� ���. ;������ �.�.+��. '.

3. � ����� ����C����� � ����� � ������C�����. ;� ����� ��������� ������� ���������� ��" �������"� �� ���� ������ � ��?���� �� -�� ���� �� ��" ��� ���� � ���� ���� E%'F. ;������ +��. %). B�� � ����"� ���������" �������� 0� ���� 6 ��� �� 0����� �� ���������� �� -�� ���� �� �� 0� ����� 0���� ��" ������.

*. ���������� ��� ������� � ������� �������������" �������� ���� ������ �� ���������� ��� �����"��� �� �� � �� ���-������������ �� ����������. ��������"� ��� ����� ��� �� ����� ��� ����"��� ��� 0����� �� ��������" �������������" ��������.

3& ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 13: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

+��.'.������������ ����������� � ��������������.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 3%

Page 14: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

����� �� ��������� �� ����������� �� ���� ��� ��� ������ � ����������� �� ������� ������ ��%. ����� $ # ��� B�� ��0 ������ � �� �� 0��1 ������ 0�� �� ������������������.

). �!�#�$ # ��� / � �� ������ � �� ���� ����� ����. / �� �� �� ��-���� � ��� �� ����� �� � �� �� �� ���� "� ��� ������� �� ������������0.

3. 8�� �����( �(���(#�� /���� �� � ����� ����C������ 0���� �������� ���-��C��� ����C����� ��������� ����C����� �� �� �� ��� � � -��� ��.

*. +�����!� ������� B�� �� ������� � �� 0��-������� ��� ����0 � ���1�� ���� ������ ���������� � ���. B�� �� �� �� �� ���� � ���������� ��?���� ���� �� �� ��� ����������" ���� ������ ��� �������-���.

+��. %&. ���������� �� ������� E%3F ��� ���� �������� ���.

+��. %%. /�������� �� ����������.

3) ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 15: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

B� ��� ��� ��� ������ 0� 0��� �����0 �� ������� ������ � �� ���������� ������� � � ��������� �������� ����� �������� �������� ���� ������ 9��0���.

# ������������ �� ��$�������� �������������

/� �� ������ 0� ���� �� �������0 �� ��?���� ��������� ��������� ������������ �� ������� 5��� �� ����� ���� �� �.�. E)&F6 ��� �� 0� "�� ����� ��������� 5�� ������ 36. ,�� �� ����� ��� � �� ��� � �� �� ������ �� ��� �������� ��1� � �� � ������-���������� ����. @ ��0 ���"�������� ��� �� ������K

+��. %). ������C����� �� ����������. ;� ����� ������ � ���" �� �� � ����� �� ��-

2��� 0���� ��� ���� � ���� ���� ������" ������ ������. @ �� �� ������� �� ������ ����

� � �� 2 �C� � ������ 6 ���� � ���� �� ��" ��� ����.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 33

Page 16: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

9)�) ���$�� � ���� �� ���� � � ���# ��� �

������ ���� �� ���� �������� �������� �" ������ ���������� N������� ���O � � 0�" �� ��������� �� � �������� 5 � �� �� �� �������� ����6. ,� ��� ��� ��� �������� � ���� �� ����� ���������� ����� �� �������� ������ ��� ����1 ������. �0���� �� � ���� �� ��������� ����������� ��� ���� �� ��� ��" �� ����. B��� ������ 0�� �� ��� �� ����� ��� ��� ������������ 5�� ��7���� �� ����17�����6� ���� �� ������������ ��� �������" �� ����� � �� ��� �� ������ ������" E)%F. ��-������� � @�����1 E))F ��� 0� ��� � �� �������� ��� ������ ���������� �������. B�� ������� �������� ��� �� ��2�� � � ���� ��� � ��-���� ��2�� ���������� � ����� ������. B�� ������� �������������" �J�� ����� ���� �� �� ��� ��.

9)/) � ���# ��� � ����#� ��

,� �� �� ���� �� �� ������ 0���-1��0� )� ���� �� � ��� ���� ��������. B��� ��� ���" ��0��� � �� ������� �� ���� �0� ���� � � ���-������ �" ���� ������� �. ���� �� �� �� ������� �������� ���� ���������� �� ���.

9)/)�) 8�� ��� �� ! �����!�' ���� % � �&���,� 0��� �� 0�� � ��������0��� �� �������. ;������ +��. % �����.

@���� ��������� ������ �� �������� ��" �� � ����� ��-���������� ���� ��� ��� � ����� �� ������� �" � ����� ���0��� 0���� ��1� � �� ��������� �������� �" ������� ��� � �������� �� � ���� �� �� �������� ��.

9)/)�)�) �#�� ���. � ��0��� � ������ � � ����� ����� ��� � �� ������ ������ ������� ��� � � ���� �� � ������" ��������� �� 0���-����0���-��� � ��� �� �� "��. D�� �����" ���� � ��������������� �� �� ��� ����� ���. ;������ �.�. +��. %3� 0���� ��0 ������������ ���.

9)/)�)/) "��� �� �� $:�!��. ��� ��� �� ������ ��� �� ����� �� ����2�� � ��0� �� +��. %*. /� �� ��������� 0���� ��� ��� ������ ��� ��"���������� �� ���� ������ 0���. ������ ��� ���0�� ��� � � ���. /� ������� �������� ��2�� ��� ������ ��� � ����� 0�� �����" ������ ��2������� ������. B�� ���� � 1��� �� �� ��� C�-�"� 5�� ����06. ������ ��"�� ���� � ����0 ���� � ��?���� ����� �� ���������� 50���� ���� ����� �� ��� ������"6.

3* ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 17: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

9)/)�),) ;#����. � ��"�� � � ��������� ��2�� ������� � �����" � ����� ������ �. / ��� �� �� � ������� � � �������� ��� ��2��. B�� � �� ��������� � �� �� ��� ������ ���� �J�� ����� ���� �� ��. � �������� �������� >.%. +��. %8 �� ���� � ����� ��� � �� ��� �������� ��� 0�� ��.���� � �J�� ����� ��.� ��G�� � ���� �� ����� � ���� �� ���1 � �������� ��.

9)/)�)5) ���� �#��. � �������� �� �� ������� ��"��� ���� ��� ��� � � ���-������ �" � ���� ����� �������� � ���� � ������ ����. ,��� �� ���

+��. %3. ���� �������� ��� �������� ��$�� � ��. E%)F 5��. E)3F6 5� �� "�� ������6� ����������

����� ��� ����� E)*F.

+��. %*. � ��������� 0��� 5 ��� P���� !�$;O /��������� 4� ����� E)8F6 ��� � ����� �� -

������� E)>F.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 38

Page 18: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

�� ��� ���� ����� ����� 2����� �� ��� ��� ������ 0��1�� ���. �� ��-����� �� ��� � ��0� �� +��. %>. B��� ���� �� � �� �� C��� 0��� ������ ���� ��� �����"��.

9)/)�)2) +����� � #����!��� 1 ������#. �� ���������� �������� � )� ���C�� � ����� ��� �� ���� �������� � ������� ��� ����C� ��� � �� ��- �����. ,�� �� ����� � � ��� �� �� �� �������� �� ��� G" ���� ���������� ��� ������ �� ��� �� �� ���� ��������. � ������� ������������������ � ������� �� +��. %8 ��� � ��� � � �� 5�� ��� ������ >.).3.>6 ���0� �� +��. )>.

+��. %8. ,���� ��� E)9F.

+��. %>. � �� ��� E)IF.

3> ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 19: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

9)/)�)9) ����!� �#�. � ����� ������� �� �� �������� )� ������ ����� ������ ���� ��� �" ������ ��� ����� ��� �� ���� ��-������� ��� ������".B�� ���� ��� ��� ���� ��� � ��� �� ����� 5�� +��. %96.

9)/)�)3) � ���!���. �������� �� ���� �� ��� ����� ��� ��� ������ � ��������. +��. %I � � ��� �� �1�� ���� �� �0��� "��( ���� ��� ��" � ����� � �� �� �������� � �������� �" � �� ���� �.

9)/)/) 8�� �%�� �� ! �����!�' ��#� (� ���� ��# �!�# ��/� � ��-���������� ������ 5�� �.�. E*F6 ��2�� ���������� ��� ������ �

� ������ ��0��� �� ��2��� 0���� ������� � �� ������� ��������.@���0 0� ���" ����G" ������ ���-��������� ��� ��� �������. ,� 0���

+��. %9. � ����� ��� ��� ����� E)'F.

+��. %I. � ��"���� ���� �� ��� �����O �,��� "�� E3&F.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 39

Page 20: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

�������� �� ���� ������ � �� ����� �� ������ 9� 0���� 0� 0��� ����� ������� �������� ��� ��0 ��0 � ��� ��� � � ����� ����� ��� �������.

9)/)/)�) �!������#�. � ������� ��1� � �� �� ������� �� ������� ��-������ �� �� � ��� ��� ��2�� � � ���� �� �� �� ������ ��0�����2�� ��G�� ���� ����������. ,� 0��� ������� �� ������ � �� ����� �������� 9. � �� ��������� � � � �0� �������� ������� +��. %'.

9)/)/)/) ��#(���� � �� ���. ����-��������� ��� ��� �� ��� ��0��1 �������� � ������� �������� E%*F. B��" ������� ��� �� � ����� � �� ������

+��. %'. ��������. B�� C� � ������ �" ������� ������� ����� E3%F. B�� ����� 5D����

/��������� �"��O ������� 4� ������� ������� �� E3)F6 ��� ���� 5���������� E)*F6 ��0

���� �������� ���.

3I ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 21: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

��2�� ������ ���� � ���� ����. +��. )& ��0 � ���-��������� ��� ��� �������� 0�� ���� 50���� ������ � �� � �?������" ���0� �� ����� ���-������6 ��� � ���-������J��� ��� �� ���� �������� ���.

9)/),) 8����B��� ��� ������ ���� �� ������� �� �������� 0���� � ����� ����"

����� ��� �������������" � � ��� ���.

9)/),)�) �#��� !�# #�����. ���������� ��� ���� 0���� ��" �� ����� �� ������ � ������� �� +��. )%. ���" ������� ��"� ���� ���� ������������ ���� ������ 0�� � �����" �� 3� ������. B��� �������� ��� ��� ��-��������� � ��" ������ �� �� ����� �� ��� ���. D ���" ������� �����"� ������ �������� ���� ����0 ���� ����� 5�� +��. )%6.

9)/),)/) � �!�#�� �����. /���� �� ������� � ���O ��� � �� �� ��� ���������0� ������� ��� ������ ���� �� ��� ��� ��� �������� 5�� +��. ))6.

+��. )&. ����-��������� ���. � ��������� �� � ������� 0�� ���� ���� ,���� E33F ��� ����

�������� ��� 5���������� E)*F6.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 3'

Page 22: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

9)/),),) ��� �����. ;��� ��� ��� 3� ������� � )� ��� � � ��. B����� � ������ � �� �� 5�� ���6 ��� � ���� �� ���� �� � ����. B�� ��� �������� ��" �� ����� � ����� ���� ���������� ��� ���0 5�� +��. )36. ;������ ��� �� ���2���� � )�� 0���� � �������� � � � ������� ���0 5�� +��. )3�� �� ����6.

+��. )%. B��� ��"� � �� ������ ��� ����� ���������� ��� �� �������� ���0�� E3*F ��� �

��� ���� ��� 0�� A�� � E38F.

+��. )). ;��� ��� ��� ��� �� B�� ��0"�� �������� ���1� E3>F.

*& ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 23: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

9)/),)5) 8��� ����. /� ��� ��� �� ������������ � � �� � ������ ��������� �J� ��� ���� � 5+��. )*6. / � ���� ��� �" ��� ���� ���������� �� ������ �������� ���� �� ��� ��� �� �� �J� �� �� ��� ����0 ������. B�� �������� �� �������� �������� ����� ����J�����" �� �����.

9)/),)2) +����� � !�$��. B�� ���������� � �� 5�� +��. )86 � � 3� ������ ��� )� ����� 0���� � ���� ���� � ������� ������������ ����������.B��" ���� ��0����� ���" ��M� � � �������.

9)/),)9) +����� � #����!��� 1 ����. ������� ���������� �������� �������� ����� ��� �����. � ����� ��� �-������" � �� ����� � ���0 � ���� � ��. +��. )> ��0 �� �� ���������� �������� ���.

+��. )3. � ���� ��� E39F ��� � ������� ���0 E3IF.

+��. )*. � ��� ��� E3IF.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 *%

Page 24: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

9),) � <� ��� ��� ��� �

� ��� � �� � ���� �� ����� ������ ���� ��� � ��0 ��J��� �� �J�� � ����. ,��� ���� ��� �������� � � ���������� ��������� ��� ��"� �M�����"� ���� �� ��O ���� �� ���0 ���� � � ����� � ������� ����������������� � ��� �� �� �� �������0 ������� 0���� ����� ���� � J��� �� ��� �����. B�� ���� ��� ������� 0�" � ���� 0�� �� � 0�� ������� ���������" ��� ��� �� 0����0� � ���� ��� ��� ������ "�� ����"�������� ������" ��� NC�-�"�O �����C����� E)&�3IF. #�������� � �������� ��������� � � ������� � �������� �� ��O ������ 1��0����� ������������ ����" � ���� 0���� �� �� �������.

+��. )8. �� ���������� � �� E3'F.

+��. )>. �� ���������� �������� ��� ������ 0�� ������ E3%F. B�� ��� � �� ����� ���

���������� � ���� ��1� � �� �� ���� ��������.

*) ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 25: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

9),)�) �����$# ! � �&�+��. )9 ���� ������� �� �"�������� ���. B�� ��� ��� ������ ��� �

����� ��� �"�������� 5����� �� � �������6 ������". � �� � ���0�� ��-���� ��������" � �� ��2�� ��� ������ �� ����� ��" ��� � �� ��� . B�� �� ��� ���� �� ���� � ������ �� ��� �� ������.

9),)/) 4 ��(���!��� ��� � ����� �� �?�� �� � ���" 0��� ����� C�-�"� ���� �� ��-

�������� �� � ��� �� �� ����� � ��0� �� ������ ������ 0��� ��������"��� �� 0����� �" �� � �� � ������� � �����. � ����� ���� ������� 0���� �� ���������� � ��� ���� � �� ��0� �� ������ ������ ����� ������ �� ���� � �� ��� � ��� ������ �" � � �����. � ������������ � ����� � ���� � �� � %���� � �%����� ����� �� +��. )I ��� ���- � �� � �� ) ��� *.

+��. )9. "�������� ��"� ���� /�����O ���A�� E*&F� ;����O �1��� E*%F� ��� �@/ 4� �������

� ���� "�������� 4��0�� E*)F.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 *3

Page 26: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

% &������ ��'���� ���� � (���� ��� �����

@������ �� ���� �� �����" �� �� ������� ������ � ������� ����� �� ��-������� �� ��������� �� �� ����� ��� ���������� � ����� �������� 8.3� 0���� 0� ����� ��� �� �� ��������� �������� ���� � ���������������"� ��������"� �� � ���-��-��-����� ��� �����������. /������ �� ����� ��� ����������� �� � � ���������� ����� ��������� 0� ����"�������� ��� ���� �� � ��������� �������� ����"� ��� � ��-�����-����� ������ � �� ��� ��� ������" ������� ��2�� � ������� �� � %� )�3� �� ������ ���������� ����� �� �� �� ������ ��0��� �� �� �������2�� ��G�� �� ������ ������ � 0��� � ������. B� ������� ��� 0� 0���

+��. )I. A��� +��-�"� � ����� ��� �?�� �� ����. $���� �?�� �� ��� E3IF.

** ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 27: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

������� ���� ��������� ��� ���������� � � ��-������ ��� ���"� �� ����0� ���������� � ���. A� �� 0�� �� � ��-������ ���. B�� ����� ����� ������ ��� ����� ����0 ��� �� �� �� �� ���� �����1 �� ��.�. E*F.

3)�) =� �! ��# !������ ���#�� �

� � �������� ���� 0�� � ��� �� ��� �� ��� � � ������� �� ��2����� �� �-���������� ����. ��������� ����������� ��� ��0���� �������� %� ) �� 3 ����� �������� ��� � � I �������� ������� � ��������� �������� >.%. B�� ������� � � � ��� �� �� � �������� ���� � �� ������������� ��������. B�� � �����" �� � ���� �� ��������� ������������"� 5!;�6� 0���� ������� �� � �������� ��� � ������ ���� ���������� � ������ ���������� �� �������� 5�� +��. )'6. B�� � ����� ��� ��������" ���������� �� C� ����� ������� � � �� � ������ �� �� ��?����������� ��2��� �� ����� ����� � � �� � ������ �� 0�� ����� �� ��-������� �" �� C� ������ ��� � ��. � ����� )� ������� � ��0� �� +��. )'.B�� �������� ��� ��� ����� �� 0���� �� ���� �� �� �������� ��� �. !;���� �� ��� � � ������ �� �� ��������� "��� �� ����� �� % ��� ������� ��2�� ���� ��� �� � ��� ����� �� ����� ��� �� �� ������. B�� ������������ � ���-���������� ����������� �� �� ��� ���� �" ����" �-������ �� % ��� � ��� � ��������. B�� ������� ��� �� ���������� � ������� ��������� 0���� �� ) �� 3 �� ������� ����� ��� �����"�� �� � )��� 3� ����.+������"� 0� ��� ���� ��� �� ������� � �����0.

)������ � ����� -���������� � ��-������ ��� ��� � ��2�� ����������" � ����� � � ��%� � � � � ��� � ����. ,� ���� � C�� � ������ � ��%� � � � � ��� � ���� �� � ��� ��� �������� � � �� �� �� ������ ���������� ��� � �������.

+��. )'. !�������� �������� ����"�.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 *8

Page 28: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

B� ��� �� �� �������� ��� � � ��������� �������� 0� �����" ��� ���-��� � �����������.

������� � 5���� ��� ��� � ������������ �.�. E*�*3F6. � ���� � �������� ��� ���� ���������� ������ � � ���� ��� � � ���� � �� ���� � ��� B

��� � � ���� �� � ����� ���� �� ���� ��� ��� � �� �������� ����� ��� ��������� ��� !��� ������

,� ��� ������� �� ������ �� O �������� � ��� ���-������� �� �� ��-�����" �� � ������ �����C���.

�� ������ � �"������ ��������6. � ����� � ������ �����C��� �� ��� �������� � �� & �� �������� ����� & ����.

��������� � �E*�*3F6. #� �� & �� ������� ��������� ��� � � � ��� � � ����

�� � ����� ���� �� ���������� ������ � ��� � �� �������� ����� ����������� ��� !��� ������

��������� � /�� � � ��-������ ��� � � ����. B��� � B� � "������ ��������� ���-��C���. B�������� ����"��� ��� ��� ��� � ����������� 0� ��

� B� � �B�� � ��%� � � � � ���B�% &

� � �& ��

��

����%� � � � � ���

0�� �% � �) � � � � � ��. B��� �� ������ �� ��� � � � ���� � ����% �����

B� .

3)/) "�#� � ���� ��# �!�# ��' �� � ����!�� � !�� �����

!�������� �������� ����"� � ������� � � �������� ���� ��� � � �� ���������� ��� �� ���� ��� 0���� �� ���" ���������� � � ����������� 5��� ������� �� ���� �� � � �� ���������6. B�� ���� � C������ �� ���� 0���� ���" ��� ����� ������ ��� ���1 � �� ��� %'>&E**F� ��� � �������� � � � ������������ ������ E%�)�*7>F. B���� ��� ����� ��������� � �� ������� �� � ������������ ������� ��� 0� 0��� �������0� ��������� �����. @������ �� ���� ��� �� ������� �������"�

)������ � ,� ���� � ��C�� �� �������� 0���� ���� � � ������ � ��%� � � � � ��� � ���� ��� � ������ ����� � � ����� � ���� �� �������� ��� � ���� �.�. �� � ������� ������ ��� � ��0��� �� ��� �� � ���.

� �� ��� ��C� ��� ������� ��������. / �� ��� �������� �������� ���� ������ ��� ������. A���� ) �� �� ������ � ����� � ��� �� ���

*> ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 29: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

����� � ��� � �� ��� ��� A���� 3 �� ������ �� ����� ��� �� �?������ ����� � �� ���.

!���� � $��� � � ���� ��� � � ���� � �� ���� ������ ��� � ��� ��� � � �� �������� � �� �� � �� � ����

� ������ � � ����� 0���� � ���������.

!���� � 5$�����6. %� � � ���� ��� � � ���� � �� ���� ������ ��� � ���� #�� � ���� �� ���������� ��� � � �B� � ���� ��� ������ ��� � ����

����� �" A���� ) ������ � �� ��� � ��� � �� ���� 0� ��� C�� � �-� ��� ������� ��� �� �� ������.

!���� � %� � � ����� #� ��� �� � � ���� � �� ���� ������ ��� � ���� ��� ����� � � ���� � �� ���� ������ ��� � ��� ���

����% �

� � &�

@����� 0� ��0 ��0 � ���� � � �� ��� ��� ������� )� �� ��� ���������. ����� � ������ ����� � ��" �� �� ������ � C�� � �� ��� �������� ) � ���.

3)/)�) � � ��#� ����" ������ ����� ��� �� �� ����� �� � ������� ����. ;������

�.�. �� C� �� ����0�

0���� �� @� ��� ; ���� ��� �� ��� ������ ��� � � �� �� ������ �� ��������� ������. � � ��� �� ���0��� � � ������� 5����0�� 0� �� �� �����0 �� C� ��Q6. @ ��0 ������� � ������ ������ 0���� �� @� ; ��� ����� �-����� � �� ������ �� �� @� ��� ; � � � �����" �� ��� �� �����0��� �����. � �� � ������ ����� ��C� ��� �� �� ��� ������ �� ������ 5��C����� %6� "� � � �������� � ���0 ��� ������ �� ��" � -������� ����.,�� ��� ������� �������� �� ������ �� �� � 0� ��"� ��������

��� ������� ).

3)/)/) =� �! ��# !(�� ���� ���#�� �/� �� ��������� ��-������� ����"� 5!;��6 �������� E*8�*>F � � ��

�� ���� �� ����� ������ � ��������� � �����. /� �� ���� ������

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 *9

Page 30: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

��� 1��0� ��� �� ��������� ��� �� �������� � �� ���������. +�� �������� 0�� � ��2��� ���� ��� ���� %��) ������ ��� �� ���� � � �� ���0� ��� �����" � �� �� �� % ���������� ����. +��. 3& ��� ��� �� ���-� ���� �� � �� ��� ��� ���� ���� �� � )� ����� ��������� � �����C���������. /� �����"� �� ������ ��� �� ���� ��� 0�� � �����. +��������� �� ���� ���� �� +��. 3& 0� �� �" ������� �� C� ���� �������"��� ���0��� � ������ 0�� ���� �%) ��� �� �. ,� ����� ���� ) ��"0���� ���� ������. B��� 0� ����� ���� 3 �" ���0��� � ������ 0�� ���� �%3 ��� ������ % ��� ���0��� � ������ 0�� ���� �)3 ��� �� ���� ). #��� 3 � ����� ��� ��������� �� ������ �%3 ��� �)3. B�� ����� �������� �� ���� � ��� ��� � �� ������� ��� ���� � � �� ������". /� 0� ����� ���� ���������� ���� ����� � �� � �� 0� �� ���" ���� � ������ �� ����.��� ����� �� ������ ��� ��������"� 0� ��� ���� ��� �� ����� �". B������ � �����" ������-���������� �� ���� 0���� 0� ��� ��� �� � 0� ������ !;�. /.�. �� !;�� �������� ���� �� �� ��� �� ����� � � �� ������� �� �� �������� � �� C� ���� � � �� � ������ �� 0�� � ��� ��� ����� ���� ��� � ��. B�� �����" �� % ���������� ���� �� ��� ������ �� ��� ��� � �� ���������� )� �� 3� �� ��� �" ������� �� ) �� 3C� ���� ���������"./� �� �� �� 0� ������� �� �������� ��� �� ���� ���� ��� �� �������

��� �� � ���� ��� � ��������� 0���� �� � ������ �� ���� ��� ������� ��������" � 1����� ������ � �� ����� �".B�� �������� 0��1 � �����0� ������ � �������� %� 0� ����� � �-��-

�������� 5� � �6 �� ��� � � ���� ���� �� �-���������� �� ��� � � ����

�" ����"��� ��� ���-��� � ����������� � � B� . @ ��0 ��� 0� �� � B� �� � �� �����K ��� ���� �� ������ 0� ��� ����� � B� �� ��� �� �� �����

+��. 3&. � ��-���������� ������ 0�� ��������� ��-������� ����"� 5!;��6.

*I ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 31: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

������ ����� �. B� ����� � �� ���� 0�" ��� ��� 0� �� 0�� �� ��-���� ����� � ��� ������� � ��� �� ����� � B� � 0���� 0� ��� �������" ��� ���-��� � ����������� ������ �� ������ �� ���.B�� �� ���� ���1 ��0��� � ��� � B� � ����� �" �� ���" � �� � �� �� �����

� B� ����� �� �� � �%)��� �� � ���� ������ ��� �� ������� � ����

������ � ���� ��� : �� �� ������� ������� � ���� ������. H� �������".

������� � %� � � ����� � � ���� � �� ���� ������ ��� � ��� �����

��% �� � &� %�

�� � %��

��%�)���

� � %

�)�

��%

��%�)���

��� � � %)��)�� � �� � �� � ���

��� � ����� � � B� �

B������ 3 ������ �� �������� ������ ����� � � � �� ��� & ��� ��� �������"� �� 0� ��� C�� � �� ��� & �" ���� ��� �� NN� ��� ���OO�� 0���� � ���� ���" �� �� ����� ������ �����. � ��C��� ��� ����-���� % 0� ��� ������� �� �" ��� ���-��� � ����������� 5�� �.�. E*�*3F6.��� �� 0� ��� C�� � �� ��� �� �� ����� ��� 0� 1��0 �� � ������ ���-��C��� ��� 0� ��� ����" �� ��C��� ������ �� ��� ���-��� � ���������������� ��� �� ;�������" %.

!���� " #� � � ���� �� ���� ��� ����� ����� �� ���� 3 �� ����������������

B� � � ��� B������ ) ��� 3 ��� ;�������" % ������� 0� �� �� ���-��0��� ��������� ����� �� ������ ����� � 0� ���� � �� ����� . B������������� � ��� B �" B������ ) ��� ���� ���� � ������ ��� �� �� �������� � ��� ������� �� �������� �� 0���� ��� � � �� ��-���� � C�� � �� ��� � �� ������� �� � � ������� ���� �� ��" ��������5�� �.�. ������ 9.).%6.

� /� ��� � ������ �����C���� 0� ����1 0����� ���� ��� ���� ����� 3 �������� � ������ J���. B�� ���� 0� �� �� � �� ��� �� ��. B�1-��� ��� ���� � �� ���� ����� �������� � 0� �� � ������� ���� �� -���������� �� ��� � �3. ;��������� �� ���� ������ �������� � ��-���� �� 0� ����� �� ��������� 0�� �� ����� ����� �� �� ��������� � �� �� ������ ������� ���� �� � �3.

� /� ��� �� 3� 0� �� �� � ������ �� ���.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 *'

Page 32: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

��������� � B�� � �� �������� 0��1 � �����0�%. ����� � ������ ����� �� ���� � � ��C��� �����. /� � �� �����������C��� ��� ���.

). ;��� � � ���B �" ��� ���-��� � ����������� 0�� � ������ �� ��-������ � �� �� ��������� ����� �� � ��������.

3. � � � ������%

��B% �

������)

��B) �

������3

��B3 �� 0���� � � ��%� � � � � ���.

*.*.%. /� �% � � � � � �� � & ��� ���% � � � � � �� � &� ��� ���� � ���" � �� -

��� �� �� ��� & ������ � ������� � �3 0���� � �� ���� � � ������ �� ����� �������� � �% ��� �3.

*.). ��� & � �� �� ���� �.�.� ������ ��� � ���.

3)/),) ��� �� ��$��� ���� ��������� � �� ����� ��"� �������� � ����� ��������� E*9�*IF.

,� � �� ��"���� ������� �� ����� ��������� �� ��2�� 5�� +��. 3%6��� ������� � ������� ��� ��� ���� ����� ���� �� �� ������ ��������0��� ���. B�� �������� �� 0�� � ������ ��"� ��� ��� ���� ���� � � ���� �� ������� �� ����� ��� ���� ��2�� ��� ���� � ��� ���������� �� �� ������� ����� ��� � �� �� ������� �����" � �������.

��������� � ����� � ������ ����� �.%. �� ��� ���� � �� ������ ������� �.�. � � ��%� � � � � ��� � ���� � ��� ����0�� ������ ��� �.

). A���� +�� ��� %� �� � ���� � �� � �� ������� ��� ��� ���� �������� � � ��� � � ���� � 0����

� ��� ��

��%

��� � ������ ���3������ ��� ��� � ����

� ���

� ��

��%

�� � �������� ��� �

+��. 3%. � ��-���������� ������ 0�� ����� ���������. #��� ��� ����� ��� �� �������� ��

�� � �� �����.

8& ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 33: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

� ���� � )� ���� ����� ���� � &��3. +�� ��� %� �� �� %� ��� �� ��� �� ��� ���� �8���� ����� 8��.

B�� �������� �� �� �������� � �� � � � G������ ��"���-��������0���� ���� � 0�� �� ������������ �� � �� ��� 0�� ��" ��� ��������. �0����� � � ��M� � � ����������" ���� �� �� � ���" �� �� ��� ��� ��������" ��2 �� ����� � ��������". B�� ����� � ��� ��� � ���� ���� ����������� �1�� ���� � ����� ��"� ���������� 5����1 �� ���� NN�����-A�"� OO �������� 0�� � �O ���� ���������� B���1�6. B��� ����� �������� ��C����� ��������� ��� ���� ��� �� ���� ��� � ������ �.�.� �� E*'F. �0����� �� ����� ��C����� ��� ���������� �������� ��� � ��M� � �C��./� �� ��� ������ 0� ������� �� ���� ��������.

3),) ����� �� ��� ����� �����!���

B���� ��� ���� ���� ������� ����� 0���� � ���� �� �� ���� ���������� ��� �$ # �� ��� �#�� ��. / � ������� � 1��0 ��0 �������� �� ��"� �.����� �� ����� �������� �� 0�� �� ������ ������ ��"� � � ��� �� �1 � � ����� ���� �� ��� �� �� ������ ���� �. $ ����� � �����-���" ��� � ��������" �� � �� ���" ��?���� ��"� . �0����� �� �����-��� � �� � 0��� ��� � �� ���" ����� � �� ������� ����� ���� ���������. /� ������ !;� ��� !;�� ��� ���������� ��� ��0�" ���-� � �� ��� �� �. ���� ��-�������� �� ������ ��� ���" 5 ������� � �� �� �! ��# ��������6 �� ������ �� ��"� � � � � ���� �� ����-����� ��������. @ ��� �� ������ �� ����� ����� ��� �" ��� ���� ���� ��� � � 3� ���� � ���" �� �� ���" ����� �� ���� ��� ��-����.

� 6!!���!�� /� �������� ��������� !;�� ��� ����� ��������� �������-��� �� ��� 0�� ������ ������� � �� ��� ���" 0��� ������ ���� ����� ����� �������. B�� ��� ���" �� �� !;�� �������� � ���������� ����� ����� �� ���� ���� � ��� ��� � �� C� ���� �������� ��� �� ��-���" � ���C��. B� � ����" �� ����� ��� �� C� ��� �" �.�.� ������� +��.3)� 0���� ������� �� �� C� ���� ��������� �������� ���� � �����" ��-� ��� ��� �� �� �� 0���� ���. /� ����� � !;� ��� !;��� �� ������������� ���� �� ������� �� ����� �1 �� � ������" ������ �� ����0���� ��" �� ��� � �� 0��� ��� �� �������" �� �� ���.

� =������!�. !;� � ������ �� �� � ���� �� ��2�� ��� � ������ �� ��� ���� �� ��������� !;�� �� � ��� � ���� ������� � ��� �� ������������� � � ������ � 0�� �� ��������� ������ ����� ��� �� � ������ ��� � ��2 �� �����. /�� ��0����� �� � ���� �� ��2�� � ��������� �� ������ !;�� ��� !;� ��� ����.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 8%

Page 34: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

/� ����"� !;� � ��������" ���������� ��� � �������� ��� ��� !;�� ���������� ���� � ���� ��� ���" � ���������� ��� ���� � �� ���������" �� ����"� . /� ��� ���� ��0����� ��������� ����� ��" �� ��������� 0�����" ������� � ����������� �� C ���� 0�� �� � ��� �� ����.

3)5) 4 ��� !��� �����' ���� � ��#�� !���� ���

+��. 33 � � ������� �� �� ������ ��������� ��� ����� 0�� !;����� ��� ������ ��� 3� ���� ��� ����� ��������. /� ����� � ������������ �� +��. '� �� ���� � ���� ��� �� ������" �����C�� ��� ����������� ��������� ��� �� �� �( ��" ��� %2�� )� )��2 ) ��� %��. B��

+��. 3). ��� ���" �� ��������-��� ���� 0�� �������� ) 5!;��6 �� ��� �� C� ��� �".

+��. 33. ����� �������� �� ������� ��� � � �� ��������� ���.

8) ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 35: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

C� 0� ���� ���� �������� ���� ���� ��� ��� 0��� %�� � � � ��������� 0���� �� ���� 0�����" �������� � �� ��� � �� ��� ������ ���5+����� !���� ;�B ������ � ����� ������� ���� �������6. ,� ��� �� � � !;�� ������ � � ����"� BH!� ��������� �� ���� �� )%& ;�B -����� �������� ���������� ��� ���� �� ���� ������. +�� ���� ��� �0� ����"�� �� ���������" ��0�� �� �� �������� �� ��� �� ������� ����� � � ����� ������ ���. B��� �� � ��� �����"�� �� +��. 3)� 0���� ��)%& ���������� ��� ��� ��� ��� ��� �" �J�. B�� �� � ������" ������� ���� ������� ���� ���������� � �� �" ��� ���� �� � ���� �� ��������( ���������� ���� �� �� ����� ��� � 5�J� ' ��� ����6� I>L �� �� ���������� ��������� 0���� ���� ��������.

3)2) ��!�� !��� �����' ���� �%����� � ����

+��. 3* ������� �� ���� �������� ��� �� � � ������� ���� 5������������ � �����"�� �� +��. %&6. ������ ��0��� ���� 0��� ���� ���� ��� ����� ����� � ��� �� ��� ��� ��"� ����� ��������� �� )� 0� ��.,�� ��� ����� ���� ������ ������� ����� � ������� 0���� � �������" ���� �� ���� ����������� �� �� ���� �"���. ,� ������� ���� � � ��� ���� �� �� ��C��� �" E%3F. ���� ��������� � �� ��� �� �� ��������� ��� �� �� ��� ��� �� �� ������.

+��. 3*. ����� �������� �� ������� ��� ���� �������� ���.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 83

Page 36: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

* ���������� �������������

,�� �� ��"� ������� ������ 0� ��� �� ���� �������� � �� ����-��� 5�� +��. %6. /� ����� � �� ���� � �� ������ �� ��� �������� �" ���������� �������� ������ 0� � �� ��� �� �����" ��������� ���� ���54$�A6 0���� ����� ��� �� ������� ��� ������� �� ������� ��������� �� �� �� �� ��� ����������. 4$�A � � ���1- � ���� ���� 0���� ����0��� � �����" 3� 0����� 0���� ��� ��� �� �����"�� ��� �������� �� ��"0��-���0�� 0�� � 4$�A �� �-��. /� ���������� 0�� E8&F� 0� ��� � �� �� 3� ��� �� 0���� ��� ��� ���� G������ ��� )� �������� �� � ��-������� ���������� E%7*F� ����� ��" ��� ������� 5�� ���� � ��C���� ��� �������� ����� ��� �������� � �� ���6�

� ��" ������� ����� � ����� ��� ������ ���0 5�� �� ��� ��� �� �������� �� �� ��� ��� �� � �� ��� ���6�

� ��� ��" ������� ��������� ��� ���������� ��� 5������ ����C� ���0-����� � ���� � �� ���������"6.

@���� 4$�AO �������� �� ������� �������� ��� � ������" ���� ��-����� ��"� � �� �� ������� � ���� � � ���� ����C ���� ������� ��� ��./� �� ��� �� ���� �������� ��� ��� �������� � � �������� � ����������"���� � �������� � ������� ������� �� �� ��� ���� � 5�� �.�. +��. 3*6. B����� �� ����0 �� �� � ����1 0����� �� ������ ��� �� ����� ��-G�� �� � ������� �������� �� �� ��2��. �������� ��2�� ��� �� ���1��� 0�� ����� � �� ����1��� �� �� ��2�� �����" ��������� �� �� �����-�����.,� ���� ������� � ������� ������ �� ������� ��������� �� �

���������� 0�� �� ����� ���� ����� ���� �� �� 4$�A-���� ���������� ����� � �� ���� � �������� �� �� ����� ��� � ������ ���� �� �����������0��� �� ��������� ��� � � ������� �� ����C � �� ��. � ��C� ����"�� 0� ���� ������ ����� ��������� � 0��-������� ��-������������ ���� ����������� � � ����� 3� �� �������� �� � � ��� �".

+ ����������

;���C����� �� ������� 0��� ���������" ���� �� ������������� ������������ �������� � 0�� �� ����� �� ����� ��� ������"� �� �������������� � ���� �� ��������� �� ������ �� ���� ��� � � ��. ,�� ����������� �� � ������� ������� E%%F� � ������ � ��� ��������� � ����������� �� �� ��� �� ���� � ������� ��������� ����� ��� � � ��� ��� ��.B�� ���������� �� �����-���� ���� �������� ��� ����� ����� ���� ��� �� �� ���� � ����"� ��� �� ���� � ��-���������� ��� 5�.�. ������� �� �� ������ � ������� 0�� ���� ��� ��� ���� �6� ��� � �� ��

8* ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 37: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

�?�� � � �����" ����� � ��� �� ���������� �� �������� �� ����� ����� ������� ��� E%3F. /� �� ��� �� "��� >&&& ���� ��� ���������� ��� ������� �� ���� �� � ���� �� �������� ��� ����� ���� ��?���� �����-��� � ������" ���0���. ������� � ����� �� ��� ����� ��� ������" � �-����" ���������� ��� �� � ���� � ������� � ������� ������". +�� �������������� �� ����� �� ����� �� � �� �����������" %&&�&&& ����. ����������1��� ���� ���� ��������� � ����"� ��� �� ���� ��� ��� E%3F./� �� ������ 0� ����� � ������� �� ��������� �� ������� ������ � �

����������. ,� ���� ��������� � ����� � ���������� �� �� ������������. @��� �� 0� ���� ��� "��� 0� ���� ���"�� ����� ��������� �� ��� ��������� � ����� ���������". + ��������� 0� ���� ����-�C�� ��������� �� �� ��������� �������� �� �� ����� ��� ����������.��� ���1�� � �" � ���" �� ���������� �� ������� ������ � �� ��������0� ���� ������� � � ��������� ����� ��������. ,� ���� ��������� ������"� �������� ��� �� 0� ��� "�� ��� ������� ��� � � � ��� ���.� �� ������ �������� ��� ������� 0� ���� ��� � ����� ��0 � ���� ����C����� ��� � ��� �� ��"� . +�����"� 0� ���� �������� � � ���������������"�� ����� ��������� 0���� ���� ��� ��������� ����������. ������������� � ������ � 000.��.��".��. 1:����:���:���:�

��,��-�� �������

,� 0� �� ��1� � ���1 R��J���� S���� ��� ������� � �� �� ��� ��-���� ������ ��� �� �� ����� �� � � ������� ����. ���� � ��� ����� 0�� ���� �" �� � ������ ;������� ;����� TA$/-;B-%'''-&%333 ���!���" #�" �" �� �!�$; ���� ;��''I&3&8).

.�$�������

E%F @.�. ������ ��������� B������ � ��� � �������� ���� �������� �� ������� @��1�

A������ %'9I.

E)F �.�. ������� ;���C������ ;������ ��� ���� A������ %'I%.

E3F ;. � ����� �. ���"� �. R�� ��� �. �������� @��������� ��� ���� ����"�� ;D!� #�0

U��1� %''I.

E*F �. ,���� ������� !���� $���������� ������� !���� %'''.

E8F �. R� 1��� B�� ���������� ��0��� � ������������ ������ ��� �� ������ ��� ;���C�����

��� ;� ������ �������� !��� #�0 U��1� %'99.

E>F R.4. ������� �.B. R��� �.�. @���"� � �������� ����"�� �������� !��� #�0 U��1�

%'9'.

E9F �. ������� �. ���������� �. ��� ������ /�������� �� ������� �� ���������� �� ����������

��2��� B���� �� @����������" %I 5%)6 5)&&&6 *I97*'3.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 88

Page 38: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

EIF �.$. ������� �.$. ,������ #. #������ �.�. B������� ����-���� �������� �� ��

������ ������" ������� @����������� %8 5*6 5%'''6 3%973)>.

E'F �. ������� �. ,������ �. 4�1��� �. B������� B������"-���� ������ � � ��

��������� ��� � ����� �������" ������ �� ��� !��������� �� �/�@-&& �"���� � ��

�/ �� @������������ �����" ��� �� � �" �� ���C���� /���������� ��� �� ��� ����� ��

@������ �� )&&&.

E%&F ;.�. H������ �.�. ������� �.B. ����� �.@. �0������� �.�. B������� ;�B 7 � ����������

����C����� �� ������ ������ � � ��� �� � �� 8 5I6 5%''96 %&'37%%&I.

E%%F !. ����� �. @�� 1�� + ������� �������� �O ��� ��0 "� ���� �� ������� )9I 5%''96

>&%7>&).

E%)F �. ��$��� 4.$. /"��� !.H. @��0�� ��������� �� �������� ��� ������ ������ �� ����

�������� �� � ������� ����� ������� )9I 5%''96 >I&7>I>.

E%3F �.@. ����� !.B. ��������� !.H. @��0�� �. @����� ;� �� ����"� ��� �����" �� ������-

0��� �������� ������ !#�� '8 5)86 5%''I6 %*I>37%*I>I.

E%*F B. R������� ����-��������� ���� ����� ��.� ��������� @������ %''9.

E%8F 4. A��������� @����" ���� ������� �� ��������� ������� ������� ��� �������� ��1���"

�1������ �� 1 ���$ %>3 5*6 5%'>86 I*87I*I 5�� $ ���6� ��� �� ;"������� ��� ;�����

B����"� ���. %& 5I6 5%''>6 ��. 9&979%&.

E%>F �. � C���� �������� �� ������ B��� ��� ��� ����� ;D!� #�0 U��1� %''9.

E%9F �. ������� �. ���������� +D$U� � JJ" ��C����� ��� ���� ��� ���� �� ��� ������� ���

!��������� �� @/@�)&&&� )&&&.

E%IF $.$. ��1��� ;.�. ��������� � ������ ����� ��� ���� ���� "����� �����������

D������" �� R��� ������C� @ ����� )I 5%'8I6 %*&'7%*3I.

E%'F �.-;. � � ;.- . ;�� � � 7-���� �������� 0�� � ����� ���-����� ������� ��� !���������

�� ���� ;��������� �� /��������� �������� �������� ��� /�������� ��������"� ������

;�"� D�� )&&&� ��. *%97*)&.

E)&F ;. ;���� /��������� 4� ������� ��� 4�� �� ����������� ��������� @������ %'''.

E)%F ;. ,���� /��������� 4� ���J����� !�������� ��� ������ ������ R� ������ A� ����

;�� )&&&.

E))F �. @�����1� ;"�������� ��� �������� ��� �. @�����1 5��.6� ;"�������� +�� ����

�/B !��� ;��������� ��� %''%� ��. )9373&).

E)3F ���::��������. ��.�� :�����.���.

E)*F �.-�. ���������� ���.

E)8F ���::000.����.�����.���:��:���2��: ��:���2��:/���������4� ���J����.���� P����

����O ���������� �� ���J��.

E)>F !. U� ��� B���� ���������� ���������� �� �������� B�������� ������ ;���� ��� ���0���

���������� �������� �� ;��� �� �������� D������" �� � ����� %''>.

E)9F B. @��"� ��� ���� �� 0��� ��� +��� /���������� ,���� ,��� ,�� ;���������� !����

+������ %''>.

E)IF �.�. +�������� ��������� ����� �� ����� �������� �������� 33 5%'9'6 %>87%9I.

E)'F ���:: �.��. 1.�� :� ����:�����:���.���� ����� �������.

E3&F ���::20���.���.���:����:20���V����:��:;�?��.���� 4� ��� �����O 20��� ����.

E3%F ���::000.��.���:�������:��� ���:������ ������� ������� ����� �����.

E3)F ���::000. �����.���:���� D���� ���������� "��O ������� �� ���J���� ������� ��.

E33F ���::0����.� .C:0����:� ,����� ���-������J��� ���.

E3*F ���::000.�����.��. 1:D��:���:2���:��������@��0��:B��B �����.���� ��������

���0��.

E38F ���::000.�0�.��:/���4� :!�.���� A�� �� ��� �� ���J���� ���1�.

E3>F ���::000.���0"��.���:���� �.���� B�� �0"�� �������� ���1�.

E39F �.�.�. $������� �.R. ;���� /��������� �� ���J���� ��� 3� ��������� ���������

;��� ������� �� �� �;� 3> 5*6 5%''36 8979%.

8> ") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123

Page 39: Approaches to visualisation in bioinformatics: from dendrograms to Space Explorer

E3IF /. ������ �. ��������� �. �������� ����� �� ���J���� ��� ��������� �� ����������

�� �������� � ���"� /��� B�������� �� 4� ���J���� ��� ;��� �� ������� > 5%6

5)&&&6 )*7*3.

E3'F �. $�1����� �. ������ B�� ���������� ����� ��� ���������" �� 3� ����������

�� �������� ��� !��������� �� �� B���� ,��1��� �� /��������� B���������� ���

�"�� ,/B�'3� %''3� ��. %)87%3).

E*&F ���::000.�����.���� /�J���� ������.

E*%F ���::000.�����.���� ;����� �1���.

E*)F ���::��� �".���.��. 1:����:@��,����:��@A:� ��� �� ���J���� ���� �"�������� ���0��.

E*3F �.A. ��������� ����� B����" 0�� ����������� �����0- ���� #�0 U��1� %''%.

E**F �.,. ������� � ��������� ������� ��� ��� ����"�� /��� B�������� �� ;��� �� ;

5%I6 5%'>'6 *&%7*&'.

E*8F �.;. ��0��� ���� ������ �������� �� ���� ��� ��� ����� ����� �� �� � ��������

����"�� @������1� 83 5%'>>6 3)8733I.

E*>F �. ���������� D��� ��� ��� ��� � ����������� � �� ���� ������� 0���� � ��-����

"��� ��� !��������� �� �� B���� ;��������� �� � ����� ����� �;� !��� ������

D��� %'''.

E*9F �. R� 1��� � ������������ ������ �" �����J��� ������ � C � ���-����� �"������

!"�������1� )' 5%'>*6 %7)9.

E*IF #.$. T ���� �.�. @�� ��� � ����� ������� �������� �������� ������ �� ��� ������ ���� �

������ /��� B�������� �� ;��� � ��� "�� ;��-)> 5>6 5%'9'6 39973II.

E*'F �. ������� ����� ��"� ��� ���������� �� �������� ���� ����� B�������� ������

D������" �� ������� �1��� ������"� ��. �:&%:'>� ���::000.�. ��-�.��:������:� %''>.E8&F ;. ,���� �. +����1� 4��0��� � ����� �� ��� �� �����" �����" � 3 ��� � ���� � � )�

�������� ��� !��������� �� 4� �� A��� ���� /��� !��� #�0 U��1� %''*� ��. %I)7%I3.

") �!������ �� �#) * +����� � �! ��!�� �,- ./���0 �-123 89