appendix a. primers used in this study€¦ · mimulus guttatus aquilegia coerulea sorghum bicolor...
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Purpose Name Accession number of gene Sequence (5′-3′)
qRT-PCR
MdASN1 F MDP0000292272 CCATGAACATTGATCCAGA
MdASN1 R MDP0000292272 AACACCATCACTGAACTG
MdASN2 F MDP0000096208 AAGCACATTCTGTATAGGC
MdASN2 R MDP0000096208 TTCAGCATTCATCATCATCT
MdASN3 F MDP0000119630 TGGTAGGGCTATACTTGAA
MdASN3 R MDP0000119630 TTCATCTGAGGTACATTGTC
MdASN4 F MDP0000302187 TATAATAAGGAATAGACCAGAGTG
MdASN4 R MDP0000302187 CATGGCATAGAATTGAGGA
MdASN5 F MDP0000319314 CTTCTTGTTGGTTCAGGT
MdASN5 R MDP0000319314 CAATTTCATTTCATCGTTTAGTG
Appendix A. Primers used in this study
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ASN number
Manihot esculenta
Ricinus communis
Linum usitatissimum
Populus trichocarpa
Medicago truncatula
Thellungiella halophila
Carica papaya
Gossypium raimondii
Theobroma cacao
Citrus sinensis
Citrus clementina
Eucalyptus grandis
Vitis vinifera
Solanum tuberosum
Solanum lycopersicum
Mimulus guttatus
Aquilegia coerulea
Sorghum bicolor
Zea mays
Setaria italica
Phaseolus vulgaris
Glycine max
Cucumis sativus
Prunus persica
Malus domestica
Fragaria vesca
Arabidopsis thaliana
Arabidopsis lyrata
Capsella rubella
Brassica rapa
Panicum virgatum
Selaginella moellendorffii
Physcomitrella patens
Chlamydomonas reinhardtii
Volvox carteri
Coccomyxa subellipsoidea
Micromonas pusilla CCMP1545
Ostreococcus lucimarinus
Oryza sativa
Brachypodium distachyon
Micromonas pusilla RCC299
3
3
6
4
3
4
8
4
3
5
2
4
4
4
5
4
2
7
4
3
3
3
2
3
3
2
3
3
5
5
5
3
4
2
4
2
1
2
2
3
4
146Total
Chlorophyte
Panicoideae
Grass
Embryophyte
Tracheophyte
Angiosperm
Eudicot
Asterid
Malvidae
BrassicalesMalvales
Brassicaceae
Rosales-Cueurbitales
Nitrogen-fixing
Fabidae
Papilionoideae
Malpighiales
Rosid
Viridiplantae
Appendix B
Appendix B. The numbers and phylogenetic relationships of ASNs in 41 species via MEGA5Phylogenetic tree indicating the presence or absence of ASN family members in the indicated species. ASN members showed higher similarity between apple and Prunus persica.
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76AtASN1 76AtASN3 76AtASN2 76MdASN1 76MdASN2 120MdASN3 93MdASN4 91MdASN5 91AtASN4
Consensusm
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150AtASN1 150AtASN3 150AtASN2 150MdASN1 150MdASN2 194MdASN3 170MdASN4 211MdASN5 191AtASN4
Consensus
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377AtASN1 377AtASN3 377AtASN2 377MdASN1 377MdASN2 421MdASN3 382MdASN4 431MdASN5 412AtASN4
Consensus
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488AtASN1 488AtASN3 488AtASN2 486MdASN1 488MdASN2 532MdASN3 483MdASN4 547MdASN5 514AtASN4
Consensus
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NNNNNNHNN
584AtASN1 578AtASN3 578AtASN2 582MdASN1 586MdASN2 630MdASN3 603MdASN4 643MdASN5 610AtASN4
Consensus
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PPPPPPPPP
SSSSSSKKK
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HHHHHHHRR
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GEEEKKSNN
KDDAQQSRR
NKKGGGSKK
VTADAAMNN
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LDAELVNGG
T..NTTGSS
I..GSSNNN
P..NGGXRR
P..VIIXAA
L..LPPKAA
K..SEEENN
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IRASIIWAA
DPKKDDRSS
NEAKNNAAA
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PLSRPPDSS
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MdASN4MdASN3
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MdASN2
MdASN5
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MdASN4MdASN3
AtASN1AtASN3
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MdASN4MdASN3
AtASN1AtASN3
MdASN2
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AtASN2
AtASN4
MdASN1
MdASN4MdASN3
AtASN1AtASN3
MdASN2
MdASN5
AtASN2
AtASN4
MdASN1
MdASN4MdASN3
7676767676
120939191
150150150150150194170211191
266266266266266310280317307
377377377377377421382431412
377377377377377421382431412
584578578582586630603643610
76AtASN1 76AtASN3 76AtASN2 76MdASN1 76MdASN2 120MdASN3 93MdASN4 91MdASN5 91AtASN4
Consensusm
MMMMMMMMMc
CCCCCCCCCg
GGGGGGGGGi
IIIIIIIII
LLLLLLAAA
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VVVVVVIIV
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CCCCCCGGG
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SSSSSSPSE
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FYYYYYIVY
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KKKKKKKAE
TTTTSSNGT
IIVVII.XT
VAAVVV.ES
VVVVVV.GL
TTTTTT.DG
VVVVVV.EE
NNNNNN.GL
GGGGGG.KH
150AtASN1 150AtASN3 150AtASN2 150MdASN1 150MdASN2 194MdASN3 170MdASN4 211MdASN5 191AtASN4
Consensus
EEEEEE.CF
IIIIIIIFI
YYYYYYLSG
NNNNNNVLS
HHHHHHYET
EKKKEENNL
EAIQEE.XQ
LLLLLL.RL
RRRRRR.TR
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