ankara Ünİversİtesİ fen bİlİmlerİ enstİtÜsÜ...

ANKARA ÜNİVERSİTESİ

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

DOKTORA TEZİ

Cr, TUZ VE KURAKLIK STRESİ ALTINDA GELİŞTİRİLMİŞ AYÇİÇEĞİ

(Helianthus annuus L.) BİTKİSİNDE HÜCRE DÖNGÜSÜ GENLERİNDEN

RETİNOBLASTOMA (RB), MYELOCYTOMATOSİS (MYC) VE E2F

GENLERİNE AİT mRNA İFADE SEVİYELERİNİN BELİRLENMESİ

Esin BAŞARAN

BİYOLOJİ ANABİLİM DALI

ANKARA

2016

Her hakkı saklıdır

i

ETİK

Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü tez yazım kurallarına uygun olarak

hazırladığım bu tez içindeki bütün bilgilerin doğru ve tam olduğunu, bilgilerin

üretilmesi aşamasında bilimsel etiğe uygun davrandığımı, yararlandığım bütün

kaynakları atıf yaparak belirttiğimi beyan ederim.

11.02.2016

Esin BAŞARAN

ii

ÖZET

Doktora Tezi

Cr, TUZ VE KURAKLIK STRESİ ALTINDA GELİŞTİRİLMİŞ AYÇİÇEĞİ

(Helianthus annuus L.) BİTKİSİNDE HÜCRE DÖNGÜSÜ GENLERİNDEN

RETİNOBLASTOMA (RB), MYELOCYTOMATOSİS (MYC) VE E2F GENLERİNE

AİT mRNA İFADE SEVİYELERİNİN BELİRLENMESİ

Esin BAŞARAN

Ankara Üniversitesi

Fen Bilimleri Enstitüsü

Biyoloji Anabilim Dalı

Danışman: Prof. Dr. E. Sümer ARAS

Ayçiçeği (Helianthus annuus L.) papatyagiller (Asteraceae) familyasına ait olup

çekirdekleri ve yağı için yetiştirilen önemli bir tarım bitkisidir. Bitkisel üretimde stres,

bitkilerin yaşadığı ortamda bir veya birden fazla biyotik ve abiyotik etkenin, büyüme ve

gelişmeyi olumsuz yönde etkileyerek, verim düşüklüğü ile sonuçlanan bir dizi

gerilemeye neden olmaktadır. Bitkilerin yaşamları sürecinde karşılaştıkları abiyotik

stres faktörlerinden en önemlileri tuz ve kuraklıktır. Ağır metal kirliliği de verimi

sınırlayan etmenler arasında yer almaktadır Bitkilerin büyüme süresince etkisi altında

kaldıkları abiyotik stres faktörleri hücre döngüsünde, hücrenin geleceğini belirleyen

kontrol mekanizmalarında birçok genin ekspresyonunda değişikliğe sebep olmaktadır.

Tuz, kuraklık ve Cr(VI) stresi altında yetiştirilmiş 4 farklı ayçiçeği çeşidinde (08-TR-

003, TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018) hücre döngüsünün temel mekanizmalarında

görev alan, Retinoblastoma (Rb), Myelocytomatosis (Myc) ve E2F genlerinin mRNA

ifade seviyeleri Real Time PCR ile belirlenmiştir. Ayrıca MDA analizi ve Bradford

protein analizi yapılmıştır.

Tuz ve kuraklık stresi uygulanan tüm çeşitlerde, stres uygulama sürelerinde artışla

beraber genellikle total protein miktarında artış, MDA düzeyinde azalma görülmüştür.

Cr(VI) stresi uygulamasında ise artan Cr konsatrasyonlarında total protein miktarında

azalma, MDA düzeyinde artış gözlenmiştir. Rb, Myc ve E2F genlerinin mRNA ifade

seviyelerinde stres faktörleri ve bitki çeşitlerine göre farklılıklar gözlense de genel

olarak bu stres faktörlerinden etkilendiği söylenebilir. Sonuç olarak, MDA analizi,

Bradford analizi ve çalışılan genlerin ifade seviye farkları bir bütün olarak

değerlendirildiğinde, çalışılan ayçiçeği çeşitlerinin tuz ve kuraklık stresine karşı

toleranslı olduğu söylenebilir. Elde edilen sonuçlar, hücre döngüsü genleri ile yapılacak

ileriki çalışmalara yol gösterici olacaktır.

Şubat 2016, 239 sayfa

Anahtar Kelimeler: Ayçiçeği, Retinoblastoma (Rb), Myelocytomatosis (Myc), E2F,

Real Time PCR, Cr stresi, tuz stresi, kuraklık stresi

iii

ABSTRACT

Ph.D. Thesis

DETERMİNATİON OF MRNA EXPRESSİON LEVELS OF CELL CYCLE GENES

RETİNOBLASTOMA (RB), MYELOCYTOMATOSİS (MYC) AND E2F İN SUNFLOWER

(Helianthus annuus L.) PLANT GROWN UNDER Cr, SALİNİTY AND DROUGHT

STRESSES

Esin BAŞARAN

Ankara University

Graduate School of Natural and Aplied Sciences

Department of Biology

Supervisor: Prof. Dr. E. Sümer ARAS

Sunflower (Helianthus annuus L.) is an important agricultural plant which belongs to

Asteraceae family is being grown for the seeds and seed oil. Biotic and abiotic stress on

plant growth causes a series of regression resulting yield loss in sunflower plants by

affecting growth and development in a negative way. The most important abiotic stress

factors that plants encounter are salinity and drought. Heavy metal pollution is also

another yield limiting factor in sunflower plants. Abiotic stress factors may cause many

changes on the cell cycle, expression of developmental control gene mechanisms of the

cells during plant growth.

mRNA expression levels of Retinoblastoma (Rb), Myelocytomatosis (Myc) and E2F

genes which are responsible from basic mechanisms of cell cycle were studied by Real

Time PCR in four different sunflower plant samples (08-TR-003, TR-3080 SARAY and

TARSAN 1018) to be grown under yield limiting abiotic stress factors such as drought,

salinity and Cr(VI). In addition to that analysis MDA and Bradford protein analysis

were performed. Total protein levels of the stress treated plant samples under increasing

exposure time periods showed increase while MDA levels showed decrease at same

conditions. Increasing stress Cr(VI) application results showed decrease in total protein

amount and increase in MDA concentrations. Although some differences were observed

according to the types of plant and stress factors, mRNA expression levels of Rb, Myc

ve E2F genes were affected by abiotic stress factors.

According to the results of gene expression level differences of studied genes, MDA

and Bradford analysis, it can be concluded that studied samples of sunflower species are

tolerable to the salinity and drought stress conditions. The results of the current study

will shed valuable insight to the future studies on cell cycle genes.

February 2016, 239 pages

Key Words: Sunflower, Retinoblastoma (Rb), Myelocytomatosis (Myc), E2F, Real

Time PCR, Cr stress, salt stress, drought stress

iv

TEŞEKKÜR

Beni bu konuda çalışmaya yönlendiren, tez çalışmamın her aşamasında değerli bilgi,

öneri ve yardımlarını esirgemeyerek, sonsuz destek ve sabır gösteren, akademik

ortamda olduğu kadar beşeri ilişkilerde de engin fikirleriyle yetişme ve gelişmeme

katkıda bulunan danışman hocam, Ankara Üniversitesi Biyoloji Anabilim Dalı Öğretim

Üyesi Sayın Prof. Dr. E. Sümer ARAS’a,

Doktora tez izleme komitemde yer alan ve her konuda bana desteklerini esirgemeyen

Ankara Üniversitesi Öğretim Üyeleri, Sayın Doç Dr. Demet CANSARAN DUMAN’a

ve Doç. Dr. Nur KOÇBERBER’e,

Tez çalışmam süresince Gazi Üniversitesi Yaşam Bilimleri Uygulama ve Araştırma

Merkezi’nin olanaklarını kullanmama imkân sağlayan, Gazi Üniversitesi Tıbbi Biyoloji

ve Genetik Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Sayın Doç. Dr. Turgay TEKİNAY’a,

Doktora eğitimim süresince bana her konuda desteklerini esirgemeyen Başkent

Üniversitesi SHMY çalışanlarına,

Her konudaki destekleriyle varlıklarını her an yanımda hissettirerek bana güç veren,

sevgili arkadaşlarım Dr. Bio. Çiğdem VARDAR, Dr. Bio. Esra GÜNDÜZER, Uzman

Bio. Çiğdem DÖNMEZ, Uzm. Bio. Nur ARSLAN, Uzm. Bio. Hatice KARABODUK

ve Dr. Bio. Şeyda FİKİRDEŞİCİ’ye

Her konuda gösterdikleri karşılıksız özveri ve maddi manevi her türlü destekle beni

bugünlere getiren canım aileme,

Doktora eğitimimde 2211 Yurtiçi Doktora Bursu ile bana maddi destek sağlayan

Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu Bilim İnsanı Destekleme Daire

Başkanlığı (TÜBİTAK BİDEB)’na,

Bu tez çalışmasına, Lisansüstü Tez Projesi kapsamında, 15L0430003 proje numarası ile

destekte bulunan Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü’ne

en derin duygularla teşekkür ederim.

Esin BAŞARAN

Ankara, Şubat 2016

v

İÇİNDEKİLER

TEZ ONAY SAYFASI

ETİK………………………………………….…………………………………….……i

ÖZET……………………………………………………………………………......…..ii

ABSTRACT…………………………………………………………………….….…..iii

TEŞEKKÜR…………………………………………………………………….….…..iv

SİMGELER DİZİNİ………………………………………….………………..…...…ix

ŞEKİLLER DİZİNİ……………………………………………………………..……...x

ÇİZELGELER DİZİNİ……………………………………………………………....xiv

1. GİRİŞ……………………………………………………………..…...………..…….1

1.1 Ayçiçeği (Helianthus annuus L.)……………………………..…………………….3

1.1.1 Tarihçe……………………………...……………………………………………..3

1.1.2 Sınıflandırılması………………………………...…………………………….…..3

1.1.3 Ayçiçeğinin toprak ve iklim istekleri……………………………………..……..4

1.1.4 Ekonomik önemi ve Türkiye’deki üretimi…………………………………...…5

1.1.5 Ayçiçeği çeşitleri……………………………...…………………………….…….7

1.1.5.1 08-TR-003…………………………………………………………………….…8

1.1.5.2 TR-3080………………………………………...………………………….……8

1.1.5.3 SARAY……………………………………...…………………………….…….8

1.1.5.4 TARSAN 1018……………………………………………………..……………9

1.2 Bitkilerde Stres…………………………………………..………………...……….9

1.2.1 Kuraklık stresi……………………………………………………………...…….9

1.2.2 Tuz stresi…………………………………………………..…………….………10

vi

1.2.3 Ağır metal stresi………………………………………..………………………..11

1.2.3.1 Krom (Cr) stresi…………………………………………………....………….12

1.3 Hücre Döngüsü……………………………………………………………...…….13

1.3.1 Bitkilerde temel hücre döngüsü mekanizması…………………………...…....14

1.3.2 Bitkilerde hücre döngüsü kontrolü…………………………………………….15

1.3.2.1 Hücre döngüsü düzenlenmesinde transkripsiyonel kontrol…………….….18

1.4 MYC Ailesi…………………………...……………………………………………21

2. KAYNAK ÖZETLERİ………………………………..…………………………....23

3. MATERYAL VE YÖNTEM……………………………………………………....33

3.1 Bitki Materyalinin Temin Edilmesi……………………………...……………....33

3.2 Hoagland Besi Ortamının Hazırlanması……………………...…………………34

3.3 Bitki Stres Koşulları…………………………………………………..………......36

3.3.1 100 mM ve 150 mM Tuz (NaCl) Stresi…………………………….…….…….36

3.3.2 100 mM ve 150 mM Kuraklık (PEG) Stresi………………………………..….36

3.3.3 Cr(VI) stresi…………………………………………………………..………....38

3.4 Lipid Peroksidasyonunun Belirlenmesi (MDA Analizi)…………...………..….40

3.5 Total Protein Analizi…………………..…………………………………….........41

3.6 Total RNA İzolasyonu ………………………………………………………........42

3.6.1 TRIGent RNA İzolasyon Protokolü ……………………………………...…....42

3.7 DNaz Uygulaması…………………………………………………………………43

3.8 cDNA (Komplementer DNA) Sentezi…………………………………………...43

3.9 Primer Dizaynı………………………………………………………………..…...45

3.10 Real-time PCR Uygulaması……………………………………………….…….46

3.11 Normalizasyon ve İstatistiksel Hesaplamalar……………………...…………..48

vii

4. BULGULAR……………………………………………………...…………….…...50

4.1 Ayçiçeği Bitkisinde Stres Uygulamaları…………………………………….…...50

4.1.1 Tuz stresi………………………………………………………………….......…50

4.1.2 Kuraklık stresi………………………………………………………………......50

4.1.3 Cr(VI) stresi…………………………………………………………………......50

4.2 Lipid Peroksidasyonunun Belirlenmesi (MDA Analizi)………………...…..….64

4.3 Total Protein İzolasyonu……………………………………………………….....68

4.4 Total RNA izolasyonu………………………………………………………….....72

4.5 DNaz Uygulaması……………………………………………………………..…..72

4.6 cDNA sentezi……………………………………………………….…………..….72

4.7 Real - Time PCR Reaksiyonu………………………………………………….....76

4.8 Normalizasyon ve İstatistiksel Analiz…………………………………………....81

4.8.1 100 mM tuz (NaCl) stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel

analizi..….…………………………………………………………..…………...82

4.8.2 150 mM tuz (NaCl) stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel

analizi………………………………..…………………………………………100

4.8.3 100 mM PEG stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel analizi…...118

4.8.4 150 mM PEG stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel analizi…...136

4.8.5 Cr (VI) stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel analizi……..……154

5. TARTIŞMA VE SONUÇ…………………………………………………………190

5.1 Total Protein Miktarının Belirlenmesi (Bradford Yöntemi)……………….…190

5.2 Lipid Peroksidasyonunun Belirlenmesi (MDA Analizi)………………………196

5.3 E2F Geni İfade Seviyesinin Belirlenmesi……………………………….………201

5.3.1 100 mM ve 150 mM NaCl stresi ile E2F seviyesinde meydana gelen

değişim.…………………………………………………………………………203

viii

5.3.2 100 mM ve 150 mM PEG stresi ile E2F seviyesinde meydana gelen

değişim………………………………………………………………………….205

5.3.2 Cr(VI) stresi ile E2F gen ifade seviyesinde meydana gelen değişim…...…...206

5.4 RBR Geni İfade Seviyesinin Belirlenmesi...........................................................208

5.4.1 100 mM ve 150 mM NaCl stresi ile RBR seviyesinde meydana gelen

değişim………………………………………………………………………….211

5.4.2 100 mM ve 150 mM PEG stresi ile RBR seviyesinde meydana gelen

değişim………………………………………………………………………….212

5.4.3 Cr (VI) stresi ile RBR seviyesinde meydana gelen değişim………………....214

5.5 MYC2 Geni İfade Seviyesinin Belirlenmesi........................................................216

5.5.1 100 mM ve 150 mM NaCl stresi ile MYC2 seviyesinde meydana gelen

değişim……………………………..…………………………………………...217

5.5.2 100 mM ve 150 mM PEG stresi ile MYC2 seviyesinde meydana gelen

değişim…………………...……………………………………...……………...220

5.5.3 Cr(VI) stresi ile MYC2 seviyesinde meydana gelen değişim……….……….222

6. SONUÇ…………………………………………………………………….………223

KAYNAKLAR……………………………………………………………...………..224

ÖZGEÇMİŞ……..………………………………………………………………..….238

ix

SİMGELER DİZİNİ

°C Santigrad

dH2O

µg

Distile su

Mikrogram

µl Mikrolitre

µM Mikromolar

Ca (NO3)2. 4H2O Kalsiyum Nitrit

Ca+2

Kalsiyum

Cl- Klor

CuSO4.5H2O Bakır Sülfat

H3BO3 Borik Asit

K Potasyum

K2SO4 Potasyum Sülfat

KCl Potasyum Klorür

KH2PO4 Potasyum Hidrojen Fosfat

MgSO4.7H2O Magnezyum Sülfat

mM Milimolar

MnSO4 Mangan Sülfat

Na Sodyum

NaCl Sodyum Klorür

NH4Mo Amonyum Molibdat

ZnSO4.7H2O Çinko Sülfat

Kısaltmalar

A Adenin

ABA Absisik asit

ACT Aktin

APC Anafaz ilerletici kompleks

C Sitozin

CDC Siklin bağımlı kinaz

cDNA Tamamlayıcı DNA

CYC Siklin

DEPC Dietil pyrokarnonat

DP Dimerizasyon partneri

E2F Adenovirus E2 promotor bağlanma faktörü

FeEDTA Demir Etilen Diamin Tetra Asetik Asit

G Guanin

MDA Malondialdehit

MYC Myelocytomatosis

PEG Polietilen Glikol

Rb Retinoblastoma

RBR Retinoblastoma ilişkili protein

T Timin

x

ŞEKİLLER DİZİNİ

Şekil 1.1 Türkiye bitkisel ham yağ üretimi(binton)…………………..…………….…...7

Şekil 1.2 Hücre döngüsünün evreleri………………………….…...….………….........14

Şekil 1.3 Bitkilerde temel hücre döngüsü mekanizması…………………………..........14

Şekil 1.4 Bitki hücre döngüsünün şematik görünümü ……..……………………..........16

Şekil 1.5 Durgun durumdan bölünme fazına girişte kromozom modellemesinin

olası rolü ………………………………………………...…...……………...17

Şekil 1.6 Bitkilerde hücre döngüsü ilerlemesi sırasında kilit kontrol

noktalarının modeli………………………………..……………………..….18

Şekil 1.7 Hücre döngüsünde transkripsiyonel kontrol………………………..…….......19

Şekil 1.8 Hücre döngüsü kontrolü………………………………………….………......20

Şekil 3.1 SANYO MLR-351H bitki büyütme kabininde bitkilerin geliştirilmesi...........33

Şekil 3.2 Her gün Hogland besin solüsyonu ile sulanarak on beş gün geliştirilen

ayçiçeği çeşitleri…………………………………………...……………...…35

Şekil 3.3 SANYO MLR-351H bitki büyütme kabininde yetiştirilen bitkilere

Hoagland besi ortamı içerisinde tuz (NaCl) ve kuraklık (PEG)

stresinin uygulanması…………………………………………………...…...37

Şekil 3.4 Farklı derişimlerde hazırlanan Cr(VI) çözeltileri……………….........……...38

Şekil 3.5. SANYO MLR-351H bitki büyütme kabininde yetiştirilen bitkilere

Hoagland besi ortamı içerisinde Cr(VI) stresinin uygulanması……….......39

Şekil 4.1 100 mM ve 150 mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidi…...51

Şekil 4.2 100 mM ve 150 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidi……..52

Şekil 4.3 100 mM ve 150 mM NaCl stresi uygulanmış Saray ayçiçeği çeşidi………....53

Şekil 4.4 100 mM ve 150 mM NaCl stresi uygulanmış Tarsan 1018 ayçiçeği

çeşidi…………………………………………………………………….......54

Şekil 4.5 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidi.,,,....55

Şekil 4.6 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidi….......56

xi

Şekil 4.7 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulanmış Saray ayçiçeği çeşidi…………57

Şekil 4.8 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulanmış Tarsan 1018 ayçiçeği

çeşidi………………………...………………………………………………58

Şekil 4.9 Cr(VI) stresinin 24 saat uygulanmasının ardından bitkilerin genel

görüntüsü…………………..………………………………………………...59

Şekil 4.10 08-TR-003 ayçiçeği çeşidine 24 saat süreyle farklı derişimlerde

Cr(VI) stresi uygulanan örnekler…………………….……...……………..60

Şekil 4.11 TR-3080 ayçiçeği çeşidine 24 saat süreyle farklı derişimlerde Cr(VI)

stresi uygulanan örnekler……………………….………………………….61

Şekil 4.12 Saray ayçiçeği çeşidine 24 saat süreyle farklı derişimlerde Cr(VI)

stresi uygulanan örnekler……………..……...………………………….....62

Şekil 4.13 Tarsan 1018 ayçiçeği çeşidine 24 saat süreyle farklı derişimlerde

Cr(VI) stresi uygulanan örnekler…………………………………………..63

Şekil 4.14 100mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde MDA düzeyleri….....64

Şekil 4.15 150mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde MDA düzeyleri…….65

Şekil 4.16 100 PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde MDA düzeyleri………....66

Şekil 4.17 150 PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde MDA düzeyleri,,,,,...........66

Şekil 4.18 Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanmış ayçiçeği

çeşitlerinde MDA düzeyleri……….…………………….………………...67

Şekil 4.19 100mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait total

proteinlerin değişimi…………………...…………………………….…….68

Şekil 4.20 150mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait total

proteinlerin değişimi…………………………………………………..…...69

Şekil 4.21 100mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait total

proteinlerin değişimi……………….………………...………………..…...70

Şekil 4.22 150mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait total

proteinlerin değişimi…………………………………………………….....70


çeşitlerine ait total proteinlerin değişimi……………..……………………71

Şekil 4.24 İzole edilen RNA örneklerinin DNase enzimi uygulaması öncesi

%1,2’lik agaroz jel görüntüsü……………………..…………………….....72

xii

Şekil 4.25 Çalışılan bazı örneklerde E2F geninin erime eğrisi analizi…………..…......77

Şekil 4.26 Çalışılan bazı örneklerde MYC2 geninin erime eğrisi analizi……………...77

Şekil 4.27 Çalışılan bazı örneklerde RBR geninin erime eğrisi analizi…………..…....78

Şekil 4.28 Çalışılan bazı örneklerde ACT geninin erime eğrisi analizi…………..…....78

Şekil 4.29 Çalışılan bazı örneklerde E2F geninin Real Time PCR pik profilleri……....79

Şekil 4.30 Çalışılan bazı örneklerde MYC2 geninin Real Time PCR pik

profilleri…………………………………………………………….…….....80

Şekil 4.31 Çalışılan bazı örneklerde ACT geninin Real Time PCR pik profilleri……..80

Şekil 4.32 Çalışılan bazı örneklerde RBR geninin Real Time PCR pik profilleri……..81

Şekil 4.33 100mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı

E2F gen ifade düzeyleri…………………………………………….……...84


RBR gen ifade düzeyleri…………………………………………………...90


MYC2 gen ifade düzeyleri……………………...………………………….96


E2F gen ifade düzeyleri……………………………………….……….....102


RBR gen ifade düzeyleri………………………………………..………...108


MYC2 gen ifade düzeyleri……………...…………………..…………….114

Şekil 4.39 100mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı

E2F gen ifade düzeyleri……………………………………..…………....120


RBR gen ifade düzeyleri……………………………………..…………...126


MYC2 gen ifade düzeyleri……………………………………..………....132


E2F gen ifade düzeyleri…………………………………………...……...138

xiii


RBR gen ifade düzeyleri…………………………………..……………...144


MYC2 gen ifade düzeyleri…………………………………..…...……….150


çeşitlerinin zamana bağlı E2F gen ifade düzeyleri………..…….………..159


çeşitlerinin zamana bağlı RBR gen ifade düzeyleri ……………….…..…171


çeşitlerinin zamana bağlı MYC2 gen ifade düzeyleri …………….......….183

xiv

ÇİZELGELER DİZİNİ

Çizelge 1.1 Ayçiçeğinin Sınıflandırılması……………………………………………….4

Çizelge 1.2 Türkiye İstatistik Kurumu verilerine göre bölgelere göre 2014 yılında

yağlık ayçiçeği üretimi...................................................................................6

Çizelge1.3 Türkiye İstatistik Kurumu verilerine göre yıllara göre yağlık

ayçiçeği üretimi…………………………………...………………………...6

Çizelge 3.1 Hoagland besi ortamı makro besin çözeltisi içeriği……………………….34

Çizelge 3.2 Hoagland besi ortamı mikro besin çözeltisi içeriği………………………..34

Çizelge 3.3 Hoagland besi ortamında bulunan iyonların son konsantrasyonları……….34

Çizelge 3.4 Total RNA - primer karışımı……………………………………................43

Çizelge 3.5 Ters Transkripsiyon (RT-PCR) Reaksiyonu Komponentleri………...…....44

Çizelge 3.6 Ters transkripsiyon reaksiyonunun gerçekleştirildiği program……………44

Çizelge 3.7 Çalışmada kullanılan gen bölgeleri için tasarlanan primer dizileri………. 46

Çizelge 3.8 Real Time PCR reaksiyonu komponentleri………………………………..47

Çizelge 3.9 Real Time PCR reaksiyonunun gerçekleştiği program…………………....48

Çizelge 4.1 100 mM ve 150 mM NaCl (Tuz) ve 100mM ve 150 mM Polietilen

glikol (PEG) stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinden elde edilen RNA

örneklerinden sentezlenmiş cDNA’ların saflık ve miktar tayinleri………..73

Çizelge 4.2 Farklı derişimlerde Cr(VI) stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinden

elde edilen RNA örneklerinden sentezlenmiş cDNA’ların saflık ve

miktar tayinleri……………………………………………………………..75

Çizelge 4.3 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanmış örneklerin E2F genine ait

normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri…………….………………....82

Çizelge 4.4 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin E2F genine ait

normalize edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata

ve standart sapma değerleri……………………………………………......83

Çizelge 4.5 100 mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F

genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri.…….85

xv

Çizelge 4.6 100 mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F

genine ait Post Hoc Testi verileri………………………………..…………85

Çizelge 4.7 100 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F

genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri……..85


genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………….………….86

Çizelge 4.9 100 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F

genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri……..86


genine ait Post Hoc Testi verileri……….……………..….………………86

Çizelge 4.11 100 mM NaCl stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin

E2F genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi)

verileri........................................................................................................87


E2F genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………………87

Çizelge 4.13 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanmış örneklerin RBR genine ait

normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri…………………………...…88

Çizelge 4.14 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin RBR genine ait

normalize edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalama, standart

hata ve standart sapma değerleri……………………………….………...89

Çizelge 4.15 100 mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin

RBR genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi)

verileri…………………………………………………………………....91


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………..………91

Çizelge 4.17 100 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin


verileri………………………………………………………………...….91


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri……..…………………………....92

Çizelge 4.19 100 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin


verileri…………………………………………………………...……….92

xvi


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri…..………………………………92



verileri…………………………………………………………...……….93


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri………………………..…………93

Çizelge 4.23 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanmış örneklerin MYC2 genine ait

normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri……………...................……94

Çizelge 4.24 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin MYC2 genine ait


hata ve standart sapma değerleri …………………………….…………..95


MYC2 genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi)

verileri………………………………………………………………...….97


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………...…97



verileri……………………………………………………...…………….97


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………...…98



verileri……………………………………………………….………..….98


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………..……98



verileri………………………………………………………………...…99


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri……………….………….……99


normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri………………...…………..100

xvii

Çizelge 4.34 150 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin E2F genine ait


hata ve standart sapma değerleri……………………………………….101



verileri…………………………………………………………………..103


E2F genine ait Post Hoc Testi Verileri………………………………….103


genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri…..103


E2F genine ait Post Hoc Testi Verileri………………………………….104




genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………...…….….104



verileri…………………………………………………………………..105


E2F genine ait Post Hoc Testi Verileri………………………...………..105


normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri…………………….……....106

Çizelge 4.44 150 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin RBR genine ait


hata ve standart sapma değerleri…………………………….………….107



verileri………………………………………………...………………...109


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri……………………….………..109

Çizelge 4.47 150 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR

genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi)

verileri…………………………………………………………...….…..109

xviii

Çizelge 4.48 150 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR

genine ait Post Hoc Testi Verileri………………………………...…….110

Çizelge 4.49 150 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR


Çizelge 4.50 150 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR

genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………………….110



verileri…………………………………………………...……………...111


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri……………….………….……..111


normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri……………………...……..112



hata ve standart sapma değerleri…………………………………….….113



verileri………………………………………………………………......115


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri……………………...………..115

Çizelge 4.57 150 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin MYC2

genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi)

verileri………………………………………………………...………...5


genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………………….....116

Çizelge 4.59 150 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2

genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri......116

Çizelge 4.60 150 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2

genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………………...…..116



verileri………………………………………………………...………...117

xix


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………….117

Çizelge 4.63 100 mM PEG stresi uygulanmış örneklerin E2F genine ait normalize

edilmiş gen ekspresyonu verileri…………………………….……….....118

Çizelge 4.64 100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin E2F genine ait normalize

edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata ve standart

sapma değerleri………………………………………………………….119

Çizelge 4.65 100 mM PEG stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F



genine ait Post Hoc Testi verileri…………………...…………………..121

Çizelge 4.67 100 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F




Çizelge 4.69 100 mM PEG stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F



genine ait Post Hoc Testi verileri…………………..…………………...122

Çizelge 4.71 100 mM PEG stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin


verileri…………………………………………………………………..123


E2F genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………………..123

Çizelge 4.73 100 mM PEG stresi uygulanmış örneklerin RBR genine ait normalize

edilmiş gen ekspresyonu verileri………………………...……………...124

Çizelge 4.74 100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin RBR genine ait normalize


sapma değerleri………………………………………………………….125

Çizelge 4.75 100 mM PEG stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin RBR



genine ait Post Hoc Testi verileri…...…………………………………..127

xx

Çizelge 4.77 100 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR




Çizelge 4.79 100 mM PEG stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR






verileri…………………………………………………………………..129


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri……………………..…………..129

Çizelge 4.83 100 mM PEG stresi uygulanmış örneklerin MYC2 genine ait

normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri……………………..……...130

Çizelge 4.84 100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin MYC2 genine ait


hata ve standart sapma değerleri……….……………………………….131

Çizelge 4.85 100 mM PEG stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin


verileri……………………………………………………………...…...133

Çizelge 4.86 100 mM PEG stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin MYC2

genine ait Post Hoc Testi verileri………………….………………..…..133

Çizelge 4.87 100 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin MYC2



genine ait Post Hoc Testi verileri………………...……………………..134

Çizelge 4.89 100 mM PEG stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2



genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………………….…134

xxi



verileri…………………………………………………………………..135


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………...…..135


edilmiş gen ekspresyonu verileri………………………...……………...136


edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata ve

standart sapma değerleri………………………………..……………….137




genine ait Post Hoc Testi verileri…………………...…………………..139




genine ait Post Hoc Testi verileri………………………………...……..140




genine ait Post Hoc Testi verileri…………………...……………..…..140



verileri……………………………………………………..……..……141


E2F genine ait Post Hoc Testi verileri………………………….……..141

Çizelge 4.103 150 mM PEG stresi uygulanmış örneklerin RBR genine ait

normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri…………………………...142



standart sapma değerleri……………………….…………...………….143

xxii



verileri………………………………………………………….……...145


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri………………………………..145


genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri....145


genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………….……..146




genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………….………..146



verileri………………………………………………………………....147


RBR genine ait Post Hoc Testi verileri………………………………..147

Çizelge 4.113 150 mM PEG stresi uygulanmış örneklerin MYC2 genine ait

normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri…………………………...148

Çizelge 4.114 150 mM PEG stresi uygulanan örneklerin MYC2 genine ait


hata ve standart sapma değerleri……………...……………………….149



verileri………………………………………………………………....151


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri………………….…………..151


genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri…151


genine ait Post Hoc Testi verileri…………………………….………..152



xxiii


genine ait Post Hoc Testi verileri………………………….…………..153



verileri………………………………………………………………....153


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri……………………………..153

Çizelge 4.123 Cr (VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F genine

ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri………………………..154

Çizelge 4.124 Cr (VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine


Çizelge 4.125 Cr (VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine


Çizelge 4.126 Cr (VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin E2F

genine ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri……………......157

Çizelge 4.127 Cr (VI) stresi uygulanan örneklerin E2F genine ait normalize


standart sapma değerleri…………………………………………….....158

Çizelge 4.128 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F genine

ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri…...…....160

Çizelge 4.129 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine

ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri…...……160

Çizelge 4.130 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F genine

ait Post Hoc Testi verileri……………………………………………...161

Çizelge 4.131 Cr(VI) NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F


Çizelge 4.132 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine


Çizelge 4.133 Cr(VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin E2F


Çizelge 4.134 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine


xxiv

Çizelge 4.135 Cr(VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin E2F


Çizelge 4.136 Cr (VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin RBR genine

ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri……………………..…166

Çizelge 4.137 Cr (VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Çizelge 4.138 Cr (VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Çizelge 4.139 Cr (VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin RBR

genine ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri………….…….169

Çizelge 4.140 Cr (VI) stresi uygulanan örneklerin RBR genine ait normalize


standart sapma değerleri……………………………………………….170

Çizelge 4.141 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Çizelge 4.142 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR genine

ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri………...172

Çizelge 4.143 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin RBR genine

ait Post Hoc Testi verileri…………………………………………...…173

Çizelge 4.144 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR genine

ait Post Hoc Testi verileri…………….………………………………..174

Çizelge 4.145 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR genine

ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) Verileri………...175

Çizelge 4.146 Cr (VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin RBR


Çizelge 4.147 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Çizelge 4.148 Cr(VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin RBR

genine ait Post Hoc Testi verileri…………….………………………..177

Çizelge 4.149 Cr (VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin MYC2

genine ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri………………..178

Çizelge 4.150 Cr (VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin MYC2


xxv

Çizelge 4.151 Cr (VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2


Çizelge 4.152 Cr (VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin

MYC2 genine ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri………..181

Çizelge 4.153 Cr (VI) stresi uygulanan örneklerin MYC2 genine ait normalize


standart sapma değerleri……………………………………………….182

Çizelge 4.154 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin MYC2


Çizelge 4.155 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin MYC2


Çizelge 4.156 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin MYC2

genine ait Post Hoc Testi verileri…….………………………………..185

Çizelge 4.157 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin MYC2

genine ait Post Hoc Testi verileri…….………………………………..186

Çizelge 4.158 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2


Çizelge 4.159 Cr(VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin MYC2


Çizelge 4.160 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2

genine ait Post Hoc Testi verileri…………….………………………..188


genine ait Post Hoc Testi verileri………………………….…………..189

1

1. GİRİŞ

Bitkisel üretimde stres, bitkilerin yaşadığı ortamda bir veya birden fazla biyotik ve

abiyotik etkenin, büyüme ve gelişmeyi olumsuz yönde etkileyerek, verim düşüklüğü ile

sonuçlanan bir dizi gerilemeye neden olmaktadır. Kuraklık, yetersiz beslenme, tuzluluk,

düşük ve yüksek sıcaklık, toprak ve atmosfer kirliliği, radyasyon gibi etmenler bitkisel

üretimde verimi sınırlandıran abiyotik streslerdir (Lawlor 2002).

Abiyotik stres faktörleri özellikle ekonomik değeri olan bitkiler için en önemli

sınırlayıcı stres tipidir ve kuraklık bu stres tipinde en çok zarar veren faktördür (Bray

2007, Foolad 2007). Ülkemizdeki su kaynakları ve tarım sektörü son yirmi yılda

tekrarlanan kuraklık dönemlerinden büyük zarar görmüştür (Sönmez vd. 2005).

Özellikle bitkilerin büyüme evrelerinde oldukça etkili olan kuraklık, önemli miktarda

tarımsal ürün kayıplarına neden olmaktadır (Bray 2007). Kuraklık ve tuzluluk stresi,

dünya çapında ekilebilir alanların %10 azalmasına ve %50 ürün kaybına neden

olmaktadır (Bray vd. 2000).

Ağır metaller bitkilerde göze çarpan abiyotik stres kaynaklarından biridir. Ağır

metallerin çoğu biyolojik yapılarda birikme, protein ya da nükleik asitler gibi

biyomoleküllerle bağlanma eğilimlerinden dolayı oldukça zararlıdır (Yu 2005).

Stres etkenleri bitki gelişimini eş zamanlı olarak etkileyebilirken, bu stres etkenlerine

karşı tolerans ya da hassasiyet oluşumu anlaşılması güç olaylardır (Chinnusamy vd.

2004). Ayçiçeği bitkisinde çalışmada konu olan hücre döngüsü genleri Retinoblastoma

(Rb), Myelocytomatosis (Myc) ve E2F’dir.

E2F bir çeşit transkripsiyon faktörüdür. Abiyotik strese karşı tolerans oluşumunda

transkripriyon faktörlerinin rollerinin de olduğu tespit edilmiştir. E2F metabolik yolu

bitkilerde ve hayvanlarda korunmuş durumdadır (De Veylder vd. 2003, Dewitte ve

Murray 2003, Inze 2005). Heterodimerik E2F-DP transkripriyon faktörleri DNA

2

replikasyonu ve hücre döngüsü için gerekli genlerin transkripsiyonunu düzenleyerek

hücre döngüsünü kontrol ederler (Helin 1998, Lavia ve Jansen-Dürr 1999).

Bitki retinoblastoma proteinleri nükleerdir ve CDK fosforilasyon bölgeleri ile

karakterize edilirler. Hem hayvanlar hem de bitkilerde Rb proteinleri birçok E2F

transkripsiyon faktörü ailesi ile etkileşime girer. Rb proteini, hücre döngüsü kontrolü ve

hücre farklılaşması arasında bir bağlantı bulunmaktadır (Dewitte ve Murray 2003).

Myelocytomatosis ilişkili gen aile (MYC), bütün ökaryotlarda mevcut olan bir basic-

Helix-Loop-Helix (bHLH) domain içeren transkripsiyon faktörleri alt gen ailesini temsil

eder. Myc hücre döngüsü sırasında G1 fazında ortaya çıkmaya başlar ve G1/S kontrol

noktasındaki çeşitli anahtar hücre döngüsü genlerini hedef alır (Eilers 1999).

Çalışmada kullanılan bitki, Ayçiçeği (Helianthus annuus L.), dünyada ve ülkemizde

günümüzün en önemli yağ bitkilerinden biridir. Ülkemizin bitkisel yağ ihtiyacı, artan

nüfusla beraber artış göstermektedir. Ülkemizde genellikle ayçiçeği yağının tercih

edilmesi ve gerekli bitkisel yağın önemli bir miktarının dışarıdan ithal edilmesi,

ayçiçeğinin önemini daha da arttırmaktadır (Kaya 2004).

Ayçiçeği yağı yemeklik kalitesi yönünden en çok tercih edilen bitkisel yağdır.

Dolayısıyla Dünya’da birçok ülkede ekonomik düzeyde tarımı yapılmaktadır.

Yurdumuzda da yıllara göre değişmekle beraber yaklaşık 550-600.000 hektar arasında

ayçiçeği ekilmektedir. Ayçiçeği bitkisinde strese karşı hücre döngüsündeki

mekanizmalar çözüldüğünde tarımsal anlamda verimin artırılması kaçınılmaz

görülmektedir (Süzer 2014).

Bu çalışmada, ekonomik değeri olan bitkiler için en önemli sınırlayıcı stres tipleri olan

abiyotik stres faktörlerinden Cr(VI), tuz ve kuraklık stresi uygulanmış ayçiçeği

(Helianthus annuus L.) bitkisinde Retinoblastoma (Rb), Myelocytomatosis (Myc) ve

E2F genlerinin mRNA ifade seviyesinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu arada total

protein tayini ve MDA analizi gibi fizyolojik parametreler de incelenmiştir.

3

Bu çalışma ile abiyotik stres faktörleri uygulanmış ayçiçeği bitkisinde, hücrenin en

temel yaşamsal olayları arasında yer alan, hücre döngüsündeki düzenleyici

mekanizmaların aydınlatılmasına, ayçiçeğinin ilgili stres koşullarına karşı olan savunma

mekanizmalarının ortaya çıkarılmasına katkı sağlayacak veriler elde edilmiştir.

1.1 Ayçiçeği (Helianthus annuus L.)

1.1.1 Tarihçe

Arkeolojik kanıtlar, Amerikan Kızılderilileri arasında ayçiçeği kullanımını ortaya

koymaktadır (Heiser 1955). Çalışmalar ayçiçeği ekiminin yaklaşık olarak M.Ö. 3000

yıllarında Arizona ve New Mexico’da başladığını gösterir (Semelczi- Kovacs 1975).

Coğrafik yayılım alanı genişlemiştir. Ürün Arkansas’tan Dakota’ya, Ontario’nun

doğusuna, Kanada ve Pensilvanya’ya yayılmıştır. Birçok kanıt evcilleştirilmiş

ayçiçeğinin Kuzey Amerika Kızılderili kültüründe tarih öncesi dönemde var olduğunu

göstermektedir. Whiting (1939) ayçiçeğinin mısırdan önce evcilleştirilmiş olabileceği

görüşündedir. Lees (1965), arkeologların, radyokarbon tarihleme yöntemi kullanarak,

2800 yıl önce Mississippi-Missoniuri Havzası’nda ayçiçeği kanıtlarını oluşturduklarını

belirtmektedir.

1.1.2 Sınıflandırılması

Ayçiçeği (Helianthus annuus), papatyagiller (Asteraceae) familyasından çekirdekleri ve

yağı için yetiştirilen sarı çiçekli bir tarım bitkisidir. Sistematik sınıflandırılması çizelge

1.1’de verilmiştir (Lınnaeus 1753).

4

Çizelge 1.1 Ayçiçeğinin sınıflandırılması

Domain: Eukarya (Ökaryotikler)

Alem: Plantae (Bitkiler)

Bölüm: Magnoliophyta (Kapalı tohumlular)

Sınıf: Magnoliopsida (İki çenekliler)

Takım: Asterales

Aile: Asteraceae (Papatyagiller)

Cins: Helianthus

Tür Helianthus annuus

İkili adı: Helianthus annuus L.

1.1.3 Ayçiçeğinin toprak ve iklim istekleri

Ayçiçeği yetişeceği toprak tipi yönünden çok seçici olmamasına rağmen organik

maddece zengin, derin ve su tutma kapasitesi iyi topraklarda yüksek verim

potansiyeline sahiptir. Kumlu topraklardan ağır yapıdaki killi topraklara kadar her türlü

iyi drenaj sağlanmış topraklarda tarımı yapılabilmektedir.

Ayçiçeğinin tuzluluğa karşı toleransı azdır. Tuzlu topraklarda yetiştirilen ayçiçeğinin

tohumlarının yağ yüzdesinde azalmalar görülmüştür. Ayrıca ayçiçeği yetişecek toprakta

%1-2 düzeyinde bulunacak tuz konsantrasyonunun çimlenmeyi önemli oranda

düşürdüğü belirlenmiştir (Süzer 2014).

Ayçiçeğinin en iyi yetiştiği pH aralığı, 6.0 ile 7.2 arasındadır. Ayçiçeği yüksek ve düşük

sıcaklıklara gelişme dönemine bağlı olarak oldukça toleranslıdır. Tohumlarının en iyi

çimlenebilmesi için 8-10oC’lik toprak sıcaklığı gerekir. Ayçiçeği bitkisi fideleri

kotiledon devresinde -4oC sıcaklığa dayanabilir. Ayçiçeği için en iyi yetişme sıcaklıkları

21 ile 24 oC arasıdır. Genellikle vejetatif dönemde serin, generatif dönemde ise açık ve

güneşli havalar ister.

5

Toprakta kök derinliğinde bitkilerin kullanabileceği faydalı rutubetin bulunup

bulunmaması, ayçiçeğinde tane ve yağ verimini etkileyen en önemli faktördür.

Ayçiçeği bitkisi kazık kök yapısı ile kurağa toleranslı bir bitki kabul edilse de yazlık bir

bitki olması ve bu mevsimde de yeterince yağış düşmemesi sonucu oluşan kuraklık

dekardan alınan verimi oldukça düşürmektedir.

Ayçiçeği yapraklarının ışığa yönelme özellikleri sayesinde fotosentez için gerekli ışığı

rahatlıkla alabilir. Bu ışığa yönelme özelliğinden dolayı ayçiçeğine Trakya ve Marmara

Bölgesinde “günebakan” veya “gündöndü” denilmektedir (Süzer 2014).

1.1.4 Ekonomik önemi ve Türkiye’deki üretimi

Ayçiçeği sağlıklı beslenme açısından önemli bir bitkidir. Ayçiçeği yağı, içerdiği

doymamış yağ asitleri oranının yüksek (% 69) olması nedeniyle de beslenme değeri en

yüksek olan bitkisel yağlardan birisidir. Küspesindeki protein içeriği nedeniyle, yem

olarak hayvan beslenmesinde de kullanılmaktadır. Ayçiçeği yağ, sabun ve boya

sanayinde, sapları da yakacak olarak kullanılmaktadır. Ayrıca ayçiçeği çerezlik olarak

da tüketilmekte olup, ayçiçeği üretiminin % 2,6’sı çerezlik olarak tüketilmektedir

(http://koop.gtb.gov.tr. 2015).

Ayçiçeği, ülkemizde ekimi yapılan yağlı tohumlu bitkiler arasında ekim alanı ve üretim

bakımından birinci sırada yer almaktadır. Ülkemizde yağlık ayçiçeği en fazla Trakya-

Marmara Bölgesinde (% 47,2) üretilmekte olup, Orta Anadolu Bölgesi, % 29,2’lik payla

ikinci sırada yer almaktadır. Geriye kalan ülkemiz ayçiçeği üretiminin % 12’si

Karadeniz, % 8,7 si Akdeniz ve % 2,8’i Doğu ve Güneydoğu Anadolu Bölgelerinde

gerçekleştirilmektedir. Hemen her bölgemizde yetişebilen ve tanelerinde yüksek oranda

ve kaliteli yağ içeren ayçiçeği, ülkemizde yağ bitkileri ekim alanında pamuktan sonra

ikinci sırayı almaktadır.

6

Türkiye İstatistik Kurumu (TÜİK) verilerine göre 2014 yılında yağlık ayçiçeği

üretiminde en fazla paya sahip olan bölge Batı Marmara’dır (Çizelge 1.2).

Çizelge 1.2 Türkiye İstatistik Kurumu verilerine göre bölgelere göre 2014 yılında yağlık

ayçiçeği üretimi (http://www.tuik.gov.tr .2015)

Bölge Ekilen

alan(dekar)

Hasat edilen

alan(dekar)

Üretim(ton) Verim(kg/da)

Kuzeydoğu Anadolu 5.787 5.787 1.069 185

Güneydoğu Anadolu 42.807 42.455 9.106 214

Batı Marmara 2.962.131 2.949.936 748.847 254

Ege 68.011 68.011 14.120 208

Doğu Marmara 245.158 244.772 64.046 262

Batı Anadolu 726.349 717.919 292.159 407

Akdeniz 442.341 442.337 111.434 252

Orta Anadolu 206.177 206.177 61.749 299

Batı Karadeniz 650.373 643.916 139.025 216

Halkın genelde bitkisel yağ olarak ayçiçeği yağını tercihi ve özellikle Trakya

Bölgesinde ekim nöbetinde temel bitki oluşu (Buğday-Ayçiçeği), geniş adaptasyon

kabiliyetine sahip vb. nedenler ayçiçeğini, ülkemiz açısından en önemli yağ bitkisi

haline getirmektedir.

Türkiye İstatistik Kurumu, Bitkisel Üretim İstatistikleri Veri Tabanından alınan verilere

göre 2014 yılında 5.524.651 dekar ekili alandan 1.480.000 ton yağlık

ayçiçeği üretilmiştir (Çizelge 1.3).

Çizelge 1.3 Türkiye İstatistik Kurumu verilerine göre yıllara göre yağlık ayçiçeği

üretimi (https://biruni.tuik.gov.tr. 2015)

Yıl Ekilen alan(dekar) Hasat edilen alan(dekar) Üretim(ton) Verim(kg/da)

2010 5.514.000 5.513.890 1.170.000 212

2011 5.560.000 5.559.221 1.170.000 210

2012 5.046.160 5.046.160 1.200.000 238

2013 5.202.600 5.201.381 1.380.000 265

2014 5.524.651 5.496.827 1.480.000 269

7

Ayçiçeği, tohumunda içerdiği yüksek orandaki (% 22-50) yağ miktarı nedeniyle bitkisel

ham yağ üretimi bakımından önemli bir yağ bitkisidir. Ayçiçeği yağı beslenme değeri

en yüksek olan yağlardan biridir. Dünya bitkisel ham yağ üretiminin % 11’i

ayçiçeğinden karşılanmaktadır. Türkiye’de ise bitkisel ham yağ üretiminin % 47’si

ayçiçeğinden karşılanmaktadır. Türkiye’de bitkisel ham yağ üretiminin yıllara göre

değişimi şekil 1.1’de verilmiştir.

Şekil 1.1 Türkiye bitkisel ham yağ üretimi(binton) (Anonim 2015)

Türkiye, dünyada ayçiçeği yağını en çok kullanan ülkelerden biridir. Türkiye’de

ayçiçeği yağı tüketimi yıllık yaklaşık olarak 900 bin tondur. Ancak ülkemizde

yetiştirilen ayçiçeği yıllık tüketilen miktarın yaklaşık olarak 400-450 bin tonunu

karşılamaktadır. Ortaya çıkan bu açık ithalat ile karşılanmaya çalışılmaktadır. Bu

nedenle ayçiçeği, ülkemizin önemli ithal ürünlerinden biri olup, Türkiye, Avrupa

Birliği’nden sonra en büyük ithalatçı ülke konumundadır (http://koop.gtb.gov.tr. 2015).

1.1.5 Ayçiçeği çeşitleri

Bu tez çalışmasında Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nden temin edilen TR-3080,

08-TR-003, Saray ve Tarsan-1018 ayçiçeği çeşitleri kullanılmıştır.

8

1.1.5.1 08-TR-003

2008 yılında Türkiye’de ıslah edilmiştir. 2012 yılında tescil edilmiştir. Ortalama % 50.1

yağ oranı ile standart çeşitlerin yağ oranı ortalamasının % 5 üstünde yer almıştır. Orta

erkenci, yüksek verim potansiyeline sahip bir çeşittir.

İri ve dış bükey tablalıdır. Tabla eğimli gövde üzerinde ve kuş zararını azaltacak şekilde

hafifçe aşağı kıvrıktır. Bitkileri orta boya sahip olup sulamaya izin verecek şekildedir.

Orabanşın yeni ırklarına yüksek derecede toleranslı olduğundan, Trakya dahil tüm

ayçiçeği ekilen alanlara önerilmektedir. Pasa karşı, doğal koşullardaki gözlemlere göre

toleranslıdır. Mildiyöye karşı hassastır. Kurağa toleransı iyidir. Yağ oranı yüksek olup

iri tanelidir (http://www.betaziraat.com.tr. 2015).

1.1.5.2 TR-3080

2453-A X 01001-R melezinden geliştirilmiş, hibrit yağlık ayçiçeği çeşididir. Orta boylu,

tablası tam eğik, kuş zararlarına karşı dayanıklıdır. Stres koşullarına dayanaklıdır. Farklı

çevresel koşullara karşı adaptasyon kabiliyeti yüksektir. Çok yüksek yağ içeriğine

sahiptir (%48-50). Optimum bitki yoğunluğuna sahiptir (50,000-55,000 bitki/ha).

Verimi kuru şartlarda 180 - 320 kg/da, sulu şartlarda 360 kg/da’dır. Orobanşın eski

ırklarına dayanıklıdır. Tane verimi ve oranı yüksektir (http://arastirma.tarim.gov.tr.

2015).

1.1.5.3 SARAY

Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü ve Macaristan Szeged Enstitüsü tarafından 2013

yılında ortaklaşa geliştirilen MO1A X 9758 R melezinden geliştirilen, orta oleik tip

hibrit ayçiçeği çeşididir.

9

İri ve dış bükey tablalıdır. Tabla gövde üzerinde aşağı doğru kıvrık olması nedeniyle,

güneş yanıklığı ve kuş zararına toleranslıdır. Erkenci, yüksek yağ ve tane verim

potansiyeline sahip olup, değişik çevre koşullarına adaptasyonu oldukça yüksektir.

Orobanşın yeni ırklarına yüksek derecede toleranslıdır. Mildiyöye dayanıksızdır. Ayrıca

herbisitlere karşı duyarlıdır. Kurağa toleransı iyidir. Taneler iri ve yağ oranı çok yüksek

olup, orta oleik asit içeriğine sahiptir (http://arastirma.tarim.gov.tr. 2015).

1.1.5.4 TARSAN 1018

2517-A X 0539-R melezinden geliştirilen, hibrit yağlık ayçiçeği çeşididir. Orta boylu,

tablası tam eğik olup erkenci bir çeşittir. Orabanşın eski ırkına dayanaklıdır. Kuraklık

stresine dayanıklıdır. Farklı çevresel koşullara karşı adaptasyon kabiliyeti yüksektir.

Yüksek ürün potansiyeline sahiptir. Çok yüksek yağ içeriğine sahiptir (%45-48).Kuru

şartlarda 160-330 kg/da, sulu şartlarda 360 kg/da verim elde edilmektedir. Marmara,

Karadeniz, Ege, Akdeniz’de kuru şartlarda, İç Anadolu bölgesinde sulu şartlarda

önerilmektedir(http://arastirma.tarim.gov.tr. 2015).

1.2 Bitkilerde Stres

Bitkisel üretimde stres, bitkilerin yaşadığı ortamda bir veya birden fazla biyotik ve

abiyotik etkenin, büyüme ve gelişmeyi olumsuz yönde etkileyerek, verim düşüklüğü ile

sonuçlanan bir dizi gerilemeye neden olmaktadır. Kuraklık, yetersiz beslenme, tuzluluk,

düşük ve yüksek sıcaklık, toprak ve atmosfer kirliliği, radyasyon gibi etmenler bitkisel

üretimde verimi sınırlandıran abiyotik stres faktörleridir (Lawlor 2002).

1.2.1 Kuraklık stresi

Kuraklık stresi, bitkilerde belirli bir süre içerisinde kaybedilen su miktarının çevreden

alınan su miktarından fazla olması durumunda oluşmaktadır. Dünya üzerindeki

kullanılabilir alanlar stres faktörlerine göre sınıflandırıldığında doğal bir stres faktörü

10

olan kuraklık stresi % 26’lık payıyla en büyük dilimi içermektedir (Blum 1986).

Kuraklık stresi büyümeyi ve verimi etkileyen en yaygın çevresel streslerden biri olup

bitkilerde birçok fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler cevabı uyarmakta ve buna bağlı

olarak bitkiler, sınırlı çevresel koşullara adapte olmayı sağlayacak tolerans

mekanizmaları geliştirebilmektedir.

Stres durumunda turgor yitmesi, hücre büyümesini olumsuz şekilde etkileyerek

hücrelerin küçük kalmasına ve hücre duvarı sentezinde azalmaya yol açmaktadır

(Pugnaire vd. 1994). Kuraklık etkisi ile bitkilerde yaprakların nisbi nem içeriğinin ve

yaprak su potansiyelinin düşmesi fotosentez oranını azaltmaktadır (Lawlor ve Cornic

2002). Yaprakların absorbe ettiği ışık miktarı ve yararlanılan ışık arasındaki dengenin

bozulması nedeniyle de fotosentez aktivitesi engellenmektedir (Foyer ve Noctor 2000).

Kuraklık durumunda fotosentez oranının azalmasının temel nedenlerinden birinin de

genellikle stoma işlevlerinin sınırlanmasından kaynaklandığı kabul edilmektedir (Cornic

2000). Stomaların kapanması bitkilerin beslenme durumlarını da olumsuz

etkilemektedir (Oren vd. 1999).

1.2.2 Tuz stresi

Bitkilerin yaşamları sürecinde karşılaştıkları stres faktörlerinden biri de aşırı

tuzluluktur. Toprakta bulunan çözünebilir tuzların miktarı, bitkinin büyüme ve

gelişmesi için gerekli olan miktarın üzerine çıktığında sorunlar ortaya çıkmaya başlar.

Toprak çözeltisindeki tuz konsantrasyonu arttığında ve su potansiyeli azaldığında, bitki

hücrelerinin ozmotik potansiyeli düşer ve bitki hücrelerinin bölünmesi ya da uzaması

birden yavaşlar. Bu stres koşulları altında genellikle stomalar kapanır ve sonuç olarak

fotosentez azalır. Stres koşullarının devam etmesi halinde bitki büyümesi tamamen

durabilir (Ashraf 1994).

11

Tuzluluk bitki gelişmesini üç temel prensip çerçevesinde engellemektedir:

1) Su eksikliği (su stresi),

2) Na+ ve Cl

- iyonlarının fazla miktarda alınması nedeniyle oluşan iyon toksisitesi,

3) İyon taşınımında ortaya çıkan dengesizlik nedeniyle hücre içindeki sıvının mineral

yapısının ve Ca+2

dengesinin bozulması (Marschner 1995).

Tuz stresi kurak ve yarı kurak bölgeler ile sulama yapılan alanlarda önemli bir abiyotik

stres faktörüdür. Dünyanın yaklaşık %7’si, kültüre alınmış alanların %20’si ve sulama

yapılabilen alanların neredeyse yarısı tuzluluktan etkilenmektedir (Szabolcs 1994).

1.2.3 Ağır metal stresi

Ağır metaller bitkilerde göze çarpan abiyotik stres kaynalarından biridir. Ağır metallerin

çoğu biyolojik yapılarda birikme ve protein ya da nükleik asitler gibi biyomoleküllerle

bağlanma eğilimlerinden dolayı oldukça zararlıdır. Bazı ağır metallerin kanseri

başlattığı öne sürülmektedir (Yu 2005).

Pozitif yüklü metal iyonlarının, DNA’nın her iki zincirinde bulanan fosfat gruplarındaki

negatif yüklü oksijen atomları ve bazların azot ve oksijen gibi elektron donörü olan

atomları ile reaksiyona girebileceği bildirilmiştir. Buna göre metaller DNA’daki olası

bölgelere direk veya dolaylı olarak sıkıca bağlanabilmektedirler (Anastassopoulou

2003).

Metallerin DNA’ya bağlanmasının genellikle baz eşleşmesini sağlayan hidrojen

bağlarının kırılmasına ve çift zincirli yapının kararlılığının bozulmasına sebep olduğu

bilinmektedir. Nükleik asitlerin yapısında oluşan değişimler metal iyonunun çeşidine

bağlı olarak farklılık göstermektedir (Theophanides 1981).

12

1.2.3.1 Krom (Cr) stresi

Krom (Cr), dünyada en fazla bulunan yedinci elementtir (Katz ve Salem 1994). Yer

kabuğunda en çok bulunan, toksik ağır metallerden biridir (Kabata-Pendias ve Pendias

2001).

Kromun trivalent [kromik formu; Cr(III) veya Cr+3

] ve hekzavalent [kromat formu;

Cr(VI) veya Cr+6

] olarak adlandırılan formları bulunur. Kromun hem trivalent hem de

hekzavalent formları fitotoksiktir (Dixit vd. 2002). Cr(VI), en toksik form olup; kromat

(CrO4-2

) veya dikromat (Cr2O7-2

) şeklinde iki oksianyon formu halinde bulunmaktadır.

Buna karşın daha az mobil ve toksik olan Cr(III); oksitler, hidroksitler ve sülfatlar

şeklinde veya toprakta ve sucul çevrelerde organik bileşiklere bağlı halde bulunmaktadır

(Zayed ve Terry 2003).

Krom yer kabuğunda en çok bulunan, toksik ağır metallerden biridir. Toksik olmasına

rağmen kromun besleyici olmak gibi bir özelliği de vardır (Kabata-Pendias ve Pendias

2001). Bütün bunların yanında kurşun, civa, kadmiyum ve alüminyum gibi ağır metaller

çok uzun zamandır ve fazlaca çalışılmasına rağmen krom bilim insanları tarafından pek

dikkati çekmemiştir (Shanker vd. 2005).

Bitkilerde krom toksisitesi büyüme ve gelişmeyi etkileyip, çimlenme sürecinde

değişiklikler ortaya çıkmasına, bunun yanında kök, gövde ve yaprakların etkilenmesine

de neden olmaktadır. Ayrıca krom fitotoksisitesi pigment, beslenme dengesi,

antioksidan enzim bozulmasına neden olmakta ve oksidatif stresi uyarmaktadır (Panda

ve Khan 2003). Filizlenmenin erken gelişme evreleri krom gibi ağır metallerin toksik

etkilerinin belirlenmesinde çok önemlidir (Sharma vd. 1995, Pandey 2008).

13

1.3 Hücre Döngüsü

Hücre döngüsünün en temel işlevi, kromozomlarda büyük miktarda DNA’yı doğru

olarak eşlemek ve kopyaları genetik olarak eş iki yavru hücreye tam olarak dağıtmaktır.

Hücre döngüsü iki ana evreyi içerir. DNA eşlenmesinin gerçekleştiği S evresi ve

kromozom ayrılması ve hücre bölünmesinin gerçekleştiği M evresi.

Birçok hücre, DNA’sını kopyalamak ve bölünmek için ayırdığı zamandan çok daha

fazlasına, protein kütlesi ve organellerini iki katına çıkarmak ve büyümek için

gereksinim duyar. Büyümeye daha fazla zaman ayırmak için, çoğu hücre döngüsüne

ilave aralık evreleri yerleştirilmiştir. M evresi ve S evresi arasına bir G1 evresi, S evresi

ile mitoz arasına bir G2 evresi. Dolayısıyla ökaryot hücre döngüsü G1, S, G2 ve M

olmak üzere geleneksel olarak 4 ardışık evreye bölünmüştür. G1, S ve G2 bir arada

interfaz olarak da adlandırılır (Şekil 1.2).

G1 evresinin uzunluğu dış koşullar ile diğer hücrelerden gelen hücre dışı sinyallere

bağlı olarak büyük bir değişkenlik gösterir. Eğer hücre dışı koşullar elverişsizse,

hücreler G1’deki ilerlemeyi geciktirir ve hatta G0 (G sıfır) olarak da bilinen özel bir

durgunluk evresine girerler. Bu evrede yeniden çoğalmaya başlamadan önce günler,

haftalar, hatta yıllar boyunca kalabilirler. Eğer hücre dışı koşullar elverişli, büyüme ve

bölünme sinyalleri mevcutsa erken G1 veya G0’daki hücreler G1’in sonunda başlangıç

veya kısıtlama noktası olarak bilinen adanma noktasına doğru ilerlerler. Bu noktayı

geçtikten sonra, hücre büyümesi ve bölünmesini uyaran hücre dışı sinyallerin

yokluğunda dahi, hücreler DNA tıpkıyapımına adanır (Alberts 2008).

14

Şekil 1.2 Hücre döngüsünün evreleri (Alberts 2008)

1.3.1 Bitkilerde temel hücre döngüsü mekanizması

Bitki genomları birçok farklı siklin bağımlı kinazı (CDKs) ve siklinleri (CYCs) kodlar.

Arabidopsis thaliana, 12 farklı CDK ve 49’dan fazla farklı sikline sahiptir. Siklin

bağımlı kinazlar ve siklinler, sekanslarına dayanarak sınıflara ayrılmakta, işlevsel

farklılıkları ile uyumlu olarak sınıflandırılmaktadır.

A ve B tipi CDK’lar bitki hücre döngüsünün önemli yürütücüleridir. A tipi CDK’lar

(CDKA) memelilerdeki CDK1 ve CDK2 ile yakından ilişkilidir. Bunlar G1- S ve G2-M

geçiş noktalarını kontrol etmektedir. B tipi CDK’lar (CDKB) bitkiler için spesifiktir.

Hücre döngüsünün evresine bağlı olarak biraraya gelir. G2-M geçiş evresinde

maksimum değere ulaşır. Bu evredeki aktivitesi gereklidir (De Veylder vd. 2007).

Şekil 1.3 Bitkilerde temel hücre döngüsü mekanizması (De Veylder vd. 2007)

15

CDK’lar ile farklı tipteki siklinlerin sırasal birlikteliği hücre döngüsünün ilerlemesi için

gereklidir. D-tipi siklinler (CYCD), G1-S geçişini düzenler. Bunun yanında G2-M

geçişinde de rolleri olabilir. A-tipi siklinler (CYCA), çoğunlukla S fazından M fazına

geçişte bulunurlar. B-tipi siklinler (CYCB), G2-M geçişinde ve M fazı boyunca en üst

düzeyde bulunurlar (Şekil 1.3).

CDKA-CYCD komplekslerinin aktivitesi, stres uyarıcılar veya gelişimsel sinyallere

yanıt veren CDK inhibe edici proteinlerle (ICK/KRP ve SIM) ilişkileri sayesinde inhibe

edilebilirler. Anafaz ilerletici kompleks (APC) tarafından CYCA ve CYCB’nin seçici

yıkımı mitozdan çıkışı gösterir. Bitki dışındaki türler için tanımlandığı gibi, CDK aktive

edici kinazlar tarafından CDK alt biriminin fosforilasyonu, CDK aktivasyonu için

gereklidir (De Veylder vd. 2007).

1.3.2 Bitkilerde hücre döngüsü kontrolü

Farklı siklin tipleri, farklı substratlarda hedef potansiyeli ve düzenlemenin özgünlüğünü

sağlayan hücre döngüsünün farklı aşamalarının kontrolüne katılmaktadır. Spesifik

olarak, farklı siklinler karakteristik olarak ifade edilir ve G1 fazında, G1’den S fazı ve

G2’den M fazına geçişlerin kontrolünde önemlidir.

Bitkilerde, G1 siklinler, memelilerde mevcut olanlara göre genlerin çok daha büyük

grubu tarafından temsil edilir. Tüm yüksek bitkiler CYCD1-CYCD7 olarak

isimlendirilen siklin D genlerinin altı korunmuş alt grubuna sahiptir. CYCD2 ve

CYCD4 alt grupları dizi homolojisine göre ayırt edilemez (Menges vd. 2007).

16

Şekil 1.4 Bitki hücre döngüsünün şematik görünümü (Scofield vd. 2014)

G1 fazından ilerleme D-tipi siklinlerin (CYCD) bağlanması ile aktif hale gelen CDKA

tarafından RBR proteininin fosforilasyonu yoluyla başlatılır. KRP proteinleri, CYCD ve

CDKA alt birimlerine bağlanabilir ve kompleksin kinaz aktivitesini inhibe edebilir.

A-tipi siklinler S fazı boyunca CDKA ile ilişkilidir. Mitoz özgü CDKB (iki tip CDKB1

ve CDKB2) B-tipi siklinler (CYCB) ile birlikte mitoz için gereklidir. KRP proteinleri,

CDKB kinaz aktivitesi tarafından fosforlanabilir ve inaktive edilebilir, ayrıca mitozda

CDK aktivite seviyeleri artar (Şekil 1.4)(Scofield vd. 2014).

Bitki morfogenezi hücre çoğalması ve farklılaşmasının sıkı kontrolüne dayanır. Diğer

ökaryotlarda olduğu gibi, bitki hücre döngüsü boyunca ilerleme, siklinler (CYCs) olarak

adlandırılan kendi aktivatör proteinleri ile ilişkili sikline bağlı kinazlar (CDKler)

tarafından yönetilir ve CYC-CDK’nın etkinliği transkripsiyonal ve translasyon sonrası

düzeylerde modüle edilir. Hayvanlar ve mayalar ile karşılaştırıldığında, bitkiler, genel

olarak ana hücre döngüsü düzenleyicilerini kodlayan daha çok gen içerirler ve bunların

gelişmede veya çeşitli çevresel değişikliklere yanıtta nasıl fonksiyon gösterdikleri

karmaşıktır (Komaki ve Sugimoto 2012).

17

Hareketsiz veya G1’de durdurulmuş hücrelerde, retinoblastoma ilişkili (RBR) proteini,

G0 veya G1’den S fazına geçiş için gerekli olan düzenleyici genlerin promotorlarında

histon deasetilazları (HDACs) hedef almaktadır.

RBR, E2F-DP transkripsiyon faktörlerinin aktivitesini engeller. Kromatin, E2F-DP

hedef genlerinin transkripsiyonunu önlemek ve transkripsiyonal regülatör proteinlerin

erişilebilirliğini engellemek suretiyle, HDAC aktivitesinin bir sonucu olarak yoğunlaşır

(Şekil 1.5 a) (De Veylder vd. 2007).

Hücre döngüsü girişi, A-tipi siklin bağımlı kinaz (CDKA)- D-tipi siklin komplekslerinin

aktivasyonu ile karakterize edilir. Bu kompleks RBR proteinini fosforile eder ve

dolayısıyla E2F–DP transkripsiyon faktörlerinden HDAC ve RBR serbest bırakılır.

HDAC’ların yokluğunda, hala tanımlanamamış histon asetilazların aktivitesi baskın olur

ve histonların asetilasyonuna sebep olur. Sonuçta, daha az yoğun nükleozomal

konformasyon oluşur. Bu gevşek kromatin yapısı, kromatin kalıba, transkripsiyonal

regülatör proteinlerin bağlanmasına izin verir (Şekil 1.5b).

Şekil 1.5 Durgun durumdan bölünme fazına girişte kromozom modellemesinin olası rolü

(De Veylder vd. 2007)

Çevresel ve içsel sinyaller, Cdc2a ile ilişkili CycD artışına neden olur. Kompleksin

aktivitesi olasılıkla ICKs ve CDK aktive kinazlar (CAKs) tarafından düzenlenir. Geç

G1’de pRb’ı fosforilize eden CycD–CDK’nın artan seviyeleri, pRb tarafından

18

baskılanan E2F traskripsiyon faktörlerini serbest bırakır. E2F bağımlı genlerin

aktivasyonu, S fazına ilerlemeyle sonuçlanır (Şekil 1.6 a) (Meijer ve Murray 2001).

Başlangıçta, wee1 kinaz tarafından fosforilasyonu nedeniyle inaktif olan CycB–CDK

kompleksleri, Cdc25 fosfataz tarafından aktive edilir. Bu da hücrelerin mitoza girmesine

neden olur. Mitozdan çıkış APC ve muhtemelen ccs52 tarafından mitotik siklinlerin

yıkımını gerektirir (Şekil 1.6 b) (Meijer ve Murray 2001).

Şekil 1.6 Bitkilerde hücre döngüsü ilerlemesi sırasında kilit kontrol noktalarının modeli (Meijer

ve Murray 2001)

a. G1 ilerlemesi ve G1 → S kontrolünün aktivasyonu, b. G2→M geçişi.

1.3.2.1 Hücre döngüsü düzenlenmesinde transkripsiyonel kontrol

Bitki hücrelerinde iki önemli periyodik düzenleyici tanımlanmıştır. Bunlar; E2F–DP ve

MYB3R transkripsiyon faktörleridir. Bitki E2F’leri siklin bağımlı kinaz (CDK) – D tipi

siklin (CYCD) kompleksleri tarafından Retinoblastoma ilişkili proteinin (RBR)

fosforilasyonunu takiben aktive edilir (Şekil 1.7 a).

19

G1’den S fazına doğru ilerleme genellikle, E2F-dimerizasyon ortağı (DP)-

retinoblastoma ilişkili (RBR) yolu ile kontrol edilir. G1 ve S fazında, birçok CYCD ve

CYCA3 genleri transkribe edilir ve bunların gen ürünleri CDKA lar ile tercihli olarak

bir araya gelir. Hücrelerin G1’den S fazına geçişinde, CYCD-CDKA kompleksi E2Fa-

DPA ve E2Fb-DPA’yı serbest bırakmak için RBR’yi fosforile eder. Bu E2F-DP

kompleksleri sonuç olarak, şekil 1.8 a’da kara kutuyla işaretlenmiş hedef genlerin

promoter dizisinin içinde E2F bağlanma bölgelerine bağlanır ve bunların

transkripsiyonunu aktive eder (Komaki ve Sugimoto 2012).

Arabidopsis thaliana’da hücre döngüsünün transkripsiyonel aktivatörleri ve pozitif

regülatörleri olarak iş gören E2Fa ve E2Fb, memelilerdeki E2F1, E2F2 ve E2F3’e

benzerdir. Buna karşılık, E2Fc, hücre bölünmesinin transkripsiyonel represörü ve

supresörü olarak rol oynar.

E2F hedef genleri, promotorlarında E2F cis acting elementine sahiptir. E2Fa, E2Fb ve

E2Fc, DNA replikasyonu, hücre döngüsü ilerlemesini ve kromatin dinamiklerini içeren

genlerin ekspresyonunu ayarlayarak G1-S geçişinde çok önemli rollere sahiptir.

Şekil 1.7 Hücre döngüsünde transkripsiyonel kontrol (De Veylder vd. 2007)

20

MYB3R proteinleri, transkripsiyonal aktivatörlerdir ve onların spesifik hedef genlerinin

promotor bölgesindeki M-spesifik aktivatör (MSA) kutularına bağlanırlar. (Şekil 1.7b)

(De Veylder vd. 2007).

G2 ve M fazı boyunca, promotorlarında, M fazı spesifik aktivator (MSA) elementleri

içeren genler ifade edilir (Şekil 1.8b). G2 ve M fazında, CYCA2, CYCB1 ve CYCB2

genleri fazlaca ifade edilir ve bunların gen ürünleri ve CDKB1’ler ve CDKB2’ler ile bir

araya gelir. CYCD3; 1 geni M fazında da transkribe edilir ve gen ürünleri CDKA ile bir

araya gelir. MYB3R1 ve MYB3R4 transkripsiyon faktörleri, şekil 1.8 b’de kara kutuyla

işaretlenmiş hedef genlerin promotor dizisinin içinde MSA bölgesini tanır ve onların

transkripsiyonunu aktive eder. G1, S, G2 ve M fazında biraraya gelen genler, pembe,

sarı, mavi ve yeşil ile işaretlenmiştir. Hücre döngüsü boyunca ifade edilen genler, mor

ile işaretlenmiştir (Komaki ve Sugimoto 2012).

Şekil 1.8 Hücre döngüsü kontrolü (Komaki ve Sugimoto 2012)

a. G1’den S fazına geçiş, b. G2’den M fazına geçiş

G2-M spesifik gen transkripsiyonunun sürmesi için MSA kutuları gereklidir. Tütün

bitkisinde tanımlanan üç MYB3R proteini (MYB3RA1, MYB3RA2 ve MYB3RB),

hayvan c-Myb proteinleri ile yapısal olarak ilişkilidir. MYB3RA1 ve MYB3RA2 hücre

döngü fazı bağımlı transkripsiyon profilini gösterirken, MYB3RB düzeyleri hücre

döngüsü boyunca sabit kalır ve MYB3RB MSA içeren promotörleri aktive edemez.

21

MYB3RB ve diğer MYB3R proteinleri G2-M spesifik genlerinin ekspresyonunun aksi

yönünde kontrol ederler. MYB3RA2 tarafından, MSA içeren promotorların

transkripsiyonel aktivasyon derecesi, CDK için hedef olan C-terminal domaine ve hücre

döngüsü fazına bağlıdır. Bu, MYB3R proteinleri tarafından indüklenen siklinlerin,

CDK’lar ile kompleks oluşturması MYB3R aktivitesini üst düzeyde etkinleştiren geri

beslemeli mekanizmalar (feedback-loop mechanisms) anlamına gelir. Benzer şekilde,

siklinlerin proteoliz kontrolü, MYB3R proteinlerinin, hızlı inaktivasyonu ile

sonuçlanabilir. Her iki mekanizmada, hücre döngüsü boyunca, mitoza özgü siklinlerin

doruğa ulaştığının gözlenmesiyle sonuçlanabilir. Bu geri bildirim mekanizması MYB3R

transkripsiyon faktörlerinin promotorlarındaki MSA elementlerinin varlığı ile

güçlendirilir. MYB3RA1 ve MYB3RA2 kalıntılarının başlangıçtaki transkripsiyonel

aktivasyon nedeni bilinmemektedir (De Veylder vd. 2007).

1.4 MYC Ailesi

Myelocytomatosis ilişkili gen ailesi (MYC), bütün ökaryotlarda mevcut olan bir basic-

Helix-Loop-Helix (bHLH) domain içeren transkripsiyon faktörleri alt gen ailesini temsil

eder. N-terminal bölgesinde temel (basic) DNA bağlanma bölgesine sahip olmasıyla

karakterize edilir. C-terminal bölgesindeki hidrofobik kalıntılar proteinin dimerizasyon

kapasitesini belirleyen, bir döngü ile ayrılmış iki alfa heliks oluşturur. bHLH domain,

MYC’nin ait olduğu bHLH transkripsiyon faktörlerinin büyük ailesine karakteristiktir

(Toledo-Ortiz vd. 2003).

bHLH proteinleri, ağırlıklı olarak antosiyanin biyosentezi, fitokrom sinyalizasyonu,

tohum globulin ifadesi, meyve açılması, ve karpel ve epidermal gelişme işleviyle

karakterize edilmektedir (Buck ve Atchley 2003).

Myc hücre döngüsü sırasında G1 fazında ortaya çıkmaya başlar ve G1/S kontrol

noktasındaki çeşitli anahtar hücre döngüsü genlerini hedef alır. c-Myc, G1/S kontrol

noktası için uygun proteindir ve mitotik uyarı oluşmadığı durumlarda S fazındaki

hücreleri olumlu yönde uyarır (Eilers 1999).

22

Myc, sırasıyla Rb proteinini (pRb) fosforile eden, E2F aktivasyonuyla sonuçlanan,

Siklin E/Cdk2 kompleksin aktivasyonunu yönlendiren fonksiyonlara sahiptir. Bunun

yanında, Myc, Cdk aktivitesinden bağımsız olan E2F1, E2F2 ve E2F3 genlerinin

ekspresyonunu da aktive edebilmektedir. pRb ve E2F’nin indüksiyonu için Myc

bağlanma bölgeleri gerektiğinden Myc nin ortaya çıkardığı E2F2 ve E2F3 indüksiyonu

direk gerçekleşmektedir (Sears vd. 1997, Leone vd. 1997, Adams vd. 2000). İlginç bir

şekilde, E2F2 ve E2F3, Myc’nin S fazı girişini indüklemesi için gereklidir (Leone vd.

2001).

23

2. KAYNAK ÖZETLERİ

Bitkilerde büyüme, gelişme ve metabolizmayı etkileyen ya da engelleyen durumlara

stres adı verilmektedir. Stres faktörleri, orijinlerine göre abiyotik ve biyotik stres

faktörleri olmak üzere iki grupta incelenmektedir. Abiyotik stres faktörleri soğuk, sıcak,

kuraklık, tuzluluk, su fazlalığı, radyasyon, çesitli kimyasallar, oksidatif stres, rüzgar ve

toprakta besin yetersizliği gibi çevresel faktörlerdir. Biyotik stres faktörleri ise virüs,

bakteri ve fungusları içeren patojenler, böcekler ve herbivorlardır (Mahajan ve Tuteja

2005).

Abiyotik stres faktörleri özellikle ekonomik değeri olan bitkiler için en önemli

sınırlayıcı stres tipidir ve kuraklık bu stres tipinde en çok zarar veren faktördür (Bray

2007, Foolad 2007).

Ülkemizdeki su kaynakları ve tarım sektörü son yirmi yılda tekrarlanan kuraklık

dönemlerinden büyük zarar görmüştür (Sönmez vd. 2005). Özellikle bitkilerin büyüme

evrelerinde oldukça etkili olan kuraklık, önemli miktarda tarımsal ürün kayıplarına

neden olmaktadır (Bray 2007). Kuraklık ve tuzluluk stresi, dünya çapında ekilebilir

alanların %10 azalmasına ve % 50 ürün kaybına neden olmaktadır (Bray vd. 2000).

Stres etkenleri bitki gelişimini eş zamanlı olarak etkileyebilirken, bu stres etkenlerine

karşı tolerans ya da hassasiyet oluşumu anlaşılması güç olaylardır (Chinnusamy vd.

2004). Ayçiçeği bitkisinde çalışmada konu olan hücre döngüsü genleri Retinoblastoma

(Rb), Myelocytomatosis (Myc) ve E2F ‘dir.

E2F bir çeşit transkripsiyon faktörüdür. Abiyotik strese karşı tolerans oluşumunda

transkripriyon faktörlerinin rollerinin de olduğu tespit edilmiştir. E2F metabolik yolu

bitkilerde ve hayvanlarda korunmuş durumdadır (De Veylder vd. 2003, Dewitte ve

Murray 2003, Inze 2005).

24

Heterodimerik E2F-DP transkripriyon faktörleri DNA replikasyonu ve hücre döngüsü

için gerekli genlerin transkripsiyonunu düzenleyerek hücre döngüsünü kontrol ederler

(Helin 1998, Lavia ve Jansen-Dürr 1999).

pRb/E2F metabolik yolu bitkilerde de korunmuştur. S fazındaki spesifik genlerin

ekspresyonunu kontrol eden E2F transkripsiyon faktörleri G1 evresindeki genleri

susturmak için Rb proteine bağlı korepressör RBR ile birleşir. Geç G1 evresinde,

CYCD/CDKA, RBR’yi fosforile eder, E2F’yi serbest bırakır ve S-fazı genlerini aktive

eder (De Veylder vd. 2007).

G1’den S fazına doğru ilerleme genellikle, E2F-dimerizasyon ortağı (DP)-

retinoblastoma ilişkili (RBR) yolu ile kontrol edilir. Arabidopsis genomu üç tipik

E2F(E2Fa, E2Fb ve E2Fc) transkripsiyon faktörünü kodlar. Bu formlar, kendi

transkripsiyonel hedef genlerin promotorlarında spesifik E2F bölgelerine bağlanmak

için DPa veya DPb proteinleri ile dimerler oluştururlar. E2Fa ve E2Fb; DNA

replikasyonu, DNA tamiri ve kromatin korunması için gerekli genleri de içeren,

bunların muhtemel hedef genlerinde G1’den S fazına geçişi teşvik eden transkripsiyonel

aktivatörler olarak görev alırlar (Ramirez-Parra vd. 2003, Vlieghe vd. 2003, Vandepoele

vd. 2005, Naouar vd. 2009). G1 fazı boyunca, CYCD-CDKA kompleksleri RBR

fosforile eder ve böylece, G1’den S fazına geçişte gerekli genlerinin transkripsiyonunu

sağlamak için E2Fa–DPa ve E2Fb–DPa serbest bırakılır (Boniotti ve Gutierrez 2001).

Öte yandan, E2Fc-DPb dimerleri transkripsiyonel baskılayıcılar olarak fonksiyon

gösterirler (del Pozo vd. 2002, 2006, de Jager vd. 2009).

MYC transkripsiyon faktörleri, jasmonat (JA) sorumlu genlerin ifadesini düzenleyen,

yara direnç genlerini pozitif yönde düzenleyen ve patojen savunma genlerinin ifadesi

sırasında negatif düzenleyici olarak davranan, önemli transkripsiyonel düzenleyicileridir

(Van Verk 2009, Lorenzo 2004).

RNA pol-I transkripsiyonundaki rolünün yanında, c-Myc ribozomal DNA düzenleyici

bölgesindeki E-kutuları ile birleşir (Arabi vd. 2005). Ayrıca, Myc Pol III tarafından

25

transkripsiyonu yapılan genlere bağlanır ve aktivitesini indükler (Gomez-Roman vd.

2003).

Abe vd. (1997, 2003) Arabidopsis thaliana ile yaptıkları çalışmalarda dehidrasyon

cevap geni olan Rd22 geninin ekspesyonunda Myc ve Myb proteinlerinin

transkripsiyonel aktivatörler olarak görev aldıklarını rapor etmişlerdir.

Zeid (2001) Phaseolus vulgaris ‘te krom (Cr) uygulamasının α- ve β-amilaz aktivitesini

azaltarak embriyo ekseninin gelişimi için gerekli şekerlerin taşınmasını engellediğini ve

tohum çimlenmesini inhibe ettiğini, kromun düşük konsantrasyonlarının ise α-amilaz

aktivitesini arttırdığını rapor etmişlerdir.

Mariconti vd. (2002) Arabidopsis thaliana’daki E2F transkripsiyon faktörleri ailesini

konu alan çalışmalar yapmışlardır. Arabidopsis’te 6 tane fonksiyonel E2F geni

göstermişler, bunların hücre döngüsü işlemi sırasında farklı ekspresyon paternleri

gösterdiklerini öne sürmüşlerdir. 6 tane E2F grubunun, yapısal ve fonksiyonel

özelliklerine göre kendi içinde ikiye ayrılmış olduğunu, bunlardan ilk üçünün (AtE2Fa,

AtE2Fb ve AtE2Fc) diğer bitki ve hayvanlarda da korunmuş domainlere sahip

olduklarını rapor etmişlerdir.

Dewitte ve Murray (2003) tarafından, mısır bitkisinde yapılan çalışmalarda Rb proteini

sentezinden sorumlu iki gen bulunduğu bu genlerin bütün dokularda eksprese edildiği

fakat en güçlü ekspresyonun filiz uçlarında olduğu ortaya konmuştur. Gelişen mısır

yapraklarında Rb proteini fazlalığı tespit edildiğinde yaprak laminasında dereceli

uzamanın, Rb en yüksek düzeylere çıktığında arka yaprak sonunda hücre döngüsünün

uyarılarak hücre farklılaşmasının uyarıldığı, en düşük düzeylere indiğinde yaprak

tabanının proliferatif zonunun etkilendiği görülmüştür.

Ebel vd. (2004)’e göre Rb proteini yüksek bitkilerde bulunur ve korunmuştur.

Arabidopsis, sadece tek bir retinoblastoma-ilişkili gen (RBR) içerirken, hayvanlar, iki

26

akraba gene (p107 ve p130) sahiptir. Protein olarak, hem dişi ve hem de erkek gametofit

gelişimi için gereklidir.

Ramirez-Parra vd. (2004)’ye göre E2Ff/DEL3 proteini, hücre uzamasının kontrolü için

kendi promotoruna doğrudan bağlanarak, üç ekspansin geni (bitki hücre duvarında

bulunan ve büyüme ile ilgili birçok fonksiyona sahip genler) de içine alan birkaç hücre

duvarı biyosentez geninin ve UDP-glikoz-glikozil transferaz geninin ekspresyonunu

doğrudan baskılar.

West vd. (2004) yaptıkları çalışmada, tuz stresinin Arabidopsis’te birincil kök

büyümesinden sorumlu tepkiye aracılık eden hücre döngüsü düzenlemesinin önemi

üzerinde durmuşlardır. Tuz stresi, bitki büyüme ve gelişimini engellemiş, fideler artan

konsantrasyonlardaki NaCI ortamına transfer edildiğinde, kök büyüme oranı aşamalı

düşmüştür. Fidelerin 0.5% NaCl içeren büyüme ortamına aktarılmasının 3. gününde,

birincil kökleri transferden önceki sabit hızda büyürken, kontrol ortamına transfer

edilenlerin büyümeleri hızlanmıştır. Kinematik analizler, stresli köklerde büyüme

azalmasının, hücre üretiminde azalma ve daha küçük olgun hücre uzunluğuna bağlı

olduğunu ortaya koymuştur. Ortalama hücre döngüsü süresi etkilenmemiştir.

Dolayısıyla, bölünen hücre sayısının azalması nedeniyle hücre üretimi azalmıştır. 3 gün

önceki meristem boyutu adaptasyon mekanizmasını analiz etmek için, tuzlu ortama

transferi takip eden kısa vadeli hücre döngüsü olayları araştırılmıştır. Doğrudan siklin

bağımlı kinaz (CDK) aktivitesi ve CYCB1;2 promotor aktivitesi geçici olarak

azalmıştır. Çünkü CDKA;1 and CDKB1;1 her ikisinin de protein seviyeleri

etkilenmemiştir. Araştırmacılara göre, mitotik aktivitenin geçici inhibisyonu, CDK

aktivitesinin post translasyonel kontrolü aracılığıyla stres koşullarına uyumu olanak

sağlar. Bu nedenle tuz stresine adaptasyon iki aşama içerir. Birincisi meristemde daha

az hücrenin kalmasıyla sonuçlanan hücre döngüsünün geçici inhibisyonudur.

Meristemler verilen koşullar için uygun boyuta ulaştığında, hücre döngüsü süresi

varsayılana geri döner.

Santos (2004) Helianthus annuus L. var. SH222 fidelerinde, farklı tuz

konsantrasyonlarının (0–100 mM NaCl) klorofil içeriğindeki değişimini araştırdığı

27

çalışmada 21 gün süreyle 25 mM NaCl uygulamasının yalnızca klorofil b içeriğinde

önemli düzeyde bir artışa neden olduğu, 50 ve 100 mM NaCl uygulamalarının klorofil a

ve b içeriğinde önemli düzeyde azalmalara neden olduğunu rapor etmiştir. Araştırmacı,

50 ve 100 mM NaCl uygulamalarında klorofil sentezindeki azalmanın klorofilaz ilişkili

degradasyondan ziyade klorofillerin öncüsü olan ALA miktarındaki azalmadan

kaynaklandığını ileri sürmüştür.

Katerji vd. (2004), mısırda tuz ve kuraklık stresinin verim üzerinde oluşturduğu

etkilerini inceledikleri çalışmalarında, her iki stresin de verim ve yaprak su

potansiyelinde azalma meydana getirdiğini, verim üzerinde kuraklık ve tuzluluk

streslerinin benzer etki yaptıklarını bildirmişlerdir.

Park vd. (2005) Nicotiana benthamiana’da, Rb’nın hücre döngüsündeki düzenleme

rolünü virüs indüklü gen susturma ile inhibe ederek açıklamışlardır. Gen susturma

sonucu yaprak ve gövde hücrelerinde farklılaşmanın geciktiği, hücre proliferasyonunun

uzadığı görülmüştür. Çiçek oluşumunda da gecikmeler gözlenmiştir.

Vandepoele vd. (2005)’e göre hücre döngüsünün S fazına girişi, hücre döngüsü

ilerlemesi ve DNA replikasyonu için gerekli genlerin transkripsiyonunu teşvik eden,

E2F transkripsiyon faktörleri ile kontrol edilir. E2F yolu yüksek ökaryotlarda oldukça

korunmuştur. Yapılan çalışmada bitki E2F genlerini tanımlamak için mikroarray analizi

yapılmıştır. E2Fa ve DPa transkripsiyon faktörlerinin Arabidopsis thaliana fidelerinde

ektopik ifade genlerinin transkripsiyonel düzeyde promotor bölgelerini uyardığı tespit

edilmiştir. E2F hedef genlerinin G1 ve S fazları boyunca özel olarak ifade edildiğini ve

hareketsiz hücrelerin yeniden aktive edilerek hücre döngüsüne girdiğini göstermişlerdir.

Arabidopsis E2F hedef genleri için verilerin sağlamlığını test etmek için, ortolog pirinç

(Oryza sativa) genlerinin promotorlarında E2F cis etkili elementlerin varlığı da

araştırılmıştır. Bu yaklaşım kullanılarak, 70 potansiyel korunmuş bitki E2F hedef geni

belirlenmiştir. Bu genler, hücre döngüsü regülasyonu, DNA replikasyonu, kromatin

dinamikleri ile ilgili proteinleri kodlamaktadır. Ek olarak, potansiyel yeni S fazı

düzenleyici proteinler için birkaç gen tanımlanmıştır.

28

Magyar vd. (2005) oksine bağlı hücre bölünmesinin düzenlenmesinde E2FB

transkripsiyon faktörlerinin rolünü Arabidopsis bitkisinde araştırmışlardır.

Araştırmacılara göre E2FB’nin biriktirilmesi ve stabilitesi oksin tarafından pozitif

olarak düzenlenmektedir. E2FB, bitkiye özgü mitotik düzenleyicinin (CDKB1;1)

aktivasyonu ile M ve S fazlarına girişi düzenler. Artan E2F seviyeleri, kısa hücre döngü

süresine, hücre sayılarında artışa ve oldukça küçük hücre boyutlarına yol açmıştır.

Oksinin yokluğunda, hücrelerde poliploidi seviyesinde artışa eşlik eden uzama

görülmüştür. Ancak her ikisi de E2FB tarafından güçlü bir şekilde inhibe edilmiştir.

E2FB’nin hücrelerin çoğalmakta olduklarının mı yoksa hücre döngüsü, büyüme ve

DNA larının endoreduplikasyondan çıktıklarının mı belirlenmesinde oksin için bir

anahtar hedef olduğu sonucuna varmışlardır.

Kaya vd. (2006) ayçiçeği bitkisinin çimlenmesinde tuz ve kuraklığın etkisini

araştırdıkları çalışmada, tuzluluk ve kuraklık koşullarında çimlenmeye alınan ayçiçeği

tohumlarında çimlenmenin, her iki ortamda da geciktiğini ortaya koymuşlardır. Düşük

NaCl ortamında çimlenme ile kök ve gövde uzunluğunun daha fazla olmasına karşın,

çimlenme zamanının olumsuz etkilediğini belirtmişlerdir. Tohumların tüm NaCl

ortamlarında çimlendiğini, ancak -1.2 MPa PEG uygulamasında çimlenme olmadığını

gözlemlemişlerdir. Araştırıcılar, çimlenme süresinde ozmotik etkinin tuz toksisitesinden

daha etkili olabileceği sonucuna varmışlardır.

Lammens vd. (2008)’e göre, Arabidopsis’te üç atipik E2F, E2Fe/DEL1, E2Fd/DEL2 ve

E2Ff/DEL3, transkripsiyonel baskılayıcılar olarak işlev görürler. Ancak bunların

hiçbirinin bugüne kadar hücre döngüsü genlerinin sentezlenmesini doğrudan kontrol

ettiği gösterilmemiştir. Tüm bu atipik E2F’ler iki DNA bağlayıcı bölgeye sahiptir ve

monomerler olarak hedef promotorlara bağlanabilirler. E2Fe/DEL1 proteini, anafaz

teşvik edici kompleks/cyclosome (APC/C)’un aktivatörü olan CCS52A2 geninin

promotoruna bağlanır ve döngüye girişi baskılar.

29

Karuppanapandian ve Manoharan (2008) Cr(VI)’un fitotoksik etkilerinin kökler kadar

gövde dokusunda da oldukça belirgin olduğunu; Cr(III)’un ise sadece kök dokusunda

toksik olduğunu bildirmişlerdir.

Moussa ve Abdel-Aziz (2008), mısırda PEG solüsyonu ile oluşturdukları kuraklık

stresinde genotiplerin MDA düzeylerinin artış gösterdiğini, tolerant olan Giza 2

genotipinde ise MDA birikiminin daha düşük düzeyde görüldüğünü ifade etmişlerdir.

Day vd. (2008)’nin bazı çerezlik ayçiçeği çeşit ve genotiplerinin çimlenmesi üzerine

NaCl konsantrasyonlarının etkilerini araştırdıkları çalışmada, 10 farklı ayçiçeği

genotipine, 0, 5, 10 ve 20 dS/m konsantrasyonlarında NaCl stresi uygulamışlardır.

Ekimden itibaren 10. günde çimlenme yüzdesi (%), ortalama çimlenme zamanı (gün),

kök uzunluğu (cm), fide uzunluğu (cm), fide yaş ağırlığı (mg) ve fide kuru ağırlığı (mg)

ölçümleri yapılmıştır. Araştırma sonucunda, genotiplerin NaCl konsantrasyonlarına

farklı tepkiler gösterdiği belirlenmiştir. Artan NaCl seviyeleri çimlenme yüzdesinin

azalmasına, ortalama çimlenme zamanının uzamasına ve fide gelişiminin

engellenmesine neden olmuştur. Ayrıca tohumların kabuk oranının, tuz

konsantrasyonlarına bakılmaksızın, su alımı ve çimlenmede önemli bir etken olduğu

sonucuna varılmıştır.

Parvaiz ve Satyawaki (2008) yaptıkları çalışmada, arpa, ayçiçeği, çeltik gibi bitkilerin

tuza toleranslı genotiplerinin daha yüksek çözülebilir protein içeriğine sahip olduklarını

gözlemlemişlerdir.

Sozzani vd. (2010)’nin fonksiyon kazanımı ve fonksiyon kaybı çalışmalarına göre,

E2Fd/DEL2 proteini, hücre çoğalmasının kontrolünden sorumludur, ancak çalışmada

doğrudan hedef genler tespit edilememiştir.

Borghi vd. (2010) post embriyonik organ gelişiminin başlatılmasının ve devam

etmesinin düzenlenmesinde görev alan birçok genin varlığından söz etmişlerdir. Tümör

repressör retinoblastoma’nın bitki homoloğu olan retinoblastoma’nın hücre döngüsünün

30

anahtar düzenleyicisi olduğu ortaya koymuşlardır. Arabidopsis thaliana’da hücre

döngüsünde RNAi ile farklı gelişme evrelerinde retinoblastomanın ekspresyon

seviyelerinin azaldığını ve meristem aktivitesinin kökte, gövdede değiştiğini tespit

etmişlerdir. Bu çalışmada retinoblastomanın hücre döngüsü, proliferasyonu ve

gelişimindeki önemli rolleri gösterilmiştir.

Hichri vd. (2010) asma bitkisinde Myc geninin flavanoid biyosentez yolunun

düzenlenmesini konu alan çalışmalarında, Myc1 geninin flavanoid metabolik yolu

genlerinin promotörüne bağlanarak kontrolü sağladığını ortaya koymuşlardır.

Costas vd. (2011) bitkilerde hücre proliferasyonunda epigenetik modifikasyonları

tartışmış, hücre döngüsü süreçlerini incelemiş, hücre sinyalleri dışında transkripsiyonal

faktörlerin hücre döngüsünün yönetiminde önemli rol aldıklarını belirtmişlerdir.

Radziejwaski vd. (2011) E2F transkripsiyon faktörleri ile ilgili yaptıkları çalışmalarda,

bitkilerin zor çevre şartlarına uyabilecek biçimde evrimleştikleri ortaya koymuşlardır.

Strese uyum sağlamada dikkati çeken en önemli olaylardan birinin optimum gelişmeye

ulaşmak için hücre döngüsündeki yeniden programlanmalar olduğunu ve E2F

transkripsiyon faktörlerinin en önemli düzenleyiciler olduğunu savunmuşlardır.

Dudits vd. (2011) bitkilerdeki hayat döngüsünün hücre bölünmesi ve hücre genişlemesi

gibi gelişimsel olaylara dayalı olduğunu belirtmişlerdir. Hücresel döngüler, çevresel ve

hormonal faktörlerin etkisi altındadır. Aynı zamanda hormonal ve gelişimsel kontrol ile

hücre döngüsü işlemi arasında bağlantı sağlayan moleküler olaylar sınırlıdır.

Çalışmalar, organ gelişiminde hücre bölünmesi parametrelerinden, hormonal sinyal

ağları ile organ gelişimindeki hücre döngüsü genleri proteinlerinden etkilenen birçok

alternatif yol olduğunu göstermiştir. Araştırmacılar, hücre döngüsü işleyişinde

RBR’lerin ana rolünün fosforilasyona bağlı olduğunu ve RBR ve fosfo-RBR

proteinlerinin interfaz ve mitotik evrelerde var olduğunu ortaya koymuşlardır.

31

Kurzbauer ve Schlögelhofer (2011) Arabidopsis bitkisinde Rb’nın mayozdaki rolünü

çalışmışlardır. Fosforile olmuş Rb’nın kromozom yoğunlaşmasında, sentromerik

fonksiyonlarda ve kromozom stabilitesinde önemli rolleri olduğunu, ayrıca bu genin

yüksek bitkilerde korunduğunu ifade etmişlerdir.

Polit vd. (2012) Vicia faba’ nın kök meristem hücrelerinde Rb tipi proteinlerin hücre

döngüsüne bağlı değişimlerini incelenmişlerdir. Bu proteinin fosforilasyonundaki artışın

G1-S faz geçişiyle korelasyon halinde olduğu bulmuşlardır.

Hem bHLH hem de ZIP motiflerini içeren Myc genleri, Absisik asit (ABA)-duyarlı

genlerin düzenlenmesinde önemli rol oynayan transkripsiyon faktörleri grubudur. Ji vd.

(2012)’de yaptıkları çalışmada, NaCl, osmotik ve ABA stres koşulları altında MYC

genlerinin rolünü araştırmak için Tamarix hispida’dan dokuz MYC geni

klonlamışlardır. (RT)-PCR analizi kök, gövde ve yaprak dokularında dokuz MYC

geninin de ifade edildiğini, ancak bu genlerin ifade düzeylerinin çeşitli dokularda farklı

olduğunu göstermiştir. ABA, NaCl ve ozmotik streslerinin 3 saat uygulanmasından

sonra, Myc genleri köklerde yüksek derecede uyarılmıştır. Bununla birlikte bu streslerin

6 saat süreyle uygulanmasıyla gövde ve yaprak dokularında MYC genleri yüksek

derecede uyarılmıştır. Buna ek olarak, bu MYC genlerin çoğu en çok yapraklarda ve

gövdeleri ile karşılaştırıldığında köklerinde yüksek derecede ifade edilmiştir. Ayrıca,

MYC genleri köklerde, yaprak ve gövde dokularından daha çok uyarılmıştır. Bu

durum, bu genlerin stres cevabında gövde ve yapraklardan ziyade köklerde rol

oynayabileceğini göstermektedir. Bu çalışmanın sonuçları MYC lerin tuz ve ozmotik

stres toleransında rol oynadığını ve ABA sinyal transdüksiyon yolu tarafından kontrol

edildiğini göstermektedir.

Jasmonatlar (JAS) bitki büyümesi ve biyotik ve abiyotik streslere tepkileri arasındaki

dengeyi düzenleyen bitki hormonlarıdır. Son çalışmalar, Arabidopsis thaliana’da JA

kaynaklı yanıtlar için mekanizmaları ortaya çıkarmasına rağmen, hangi mekanizmaların

JA kaynaklı yanıtları azalttığı belirsizdir. Nakata vd. (2013) yaptıkları çalışmada, basic

helix-loophelix-tipi transkripsiyon faktörü, ABA-İNDUCİBLE bHLH-tipi transkripsyon

32

faktörü / JA-ASSOCIATED MYC2-LIKE1 (JAM1), transkripsiyonel baskılayıcılar

gibi davrandıkları ve JA sinyalizasyonunu olumsuz düzenlediklerini rapor etmişlerdir.

Fonksiyon kazanmış transgenik bitkiler, JA-kaynaklı kök büyüme inhibisyonu,

antosiyanin birikimi ve erkek fertilitesini içeren JA yanıtlarında önemli bir azalma

sergileyen JAM1 için kimerik represörü sentezler. Bu bitkiler aynı zamanda, böcek

otçul (herbivor) Spodoptera exigua tarafından saldırıya karşı direnmede tehlikededir.

Bunun aksine, jam1 fonksiyon kayıp mutantları böcek saldırısına karşı arttırılmış

dayanıklılığı da içeren, geliştirilmiş JA yanıt göstermiştir. JAM1 ve MYC2, MYC2’nin

hedef sekansına rekabetçi bağlanması, JAM1 tarafından MYC2 fonksiyonlarının

baskılanması ve JA sinyalizasyonunun negatif düzenlenmesi için mekanizma sağlıyor

olabilir. Bu sonuçlar JAM1’in JA sinyalini olumsuz düzenlediğini, böylece JA-aracılı

stres yanıtlarının ince ayarında ve bitki büyümesinde önemli bir rol oynadığını

göstermektedir.

Kaya ve Yiğit (2014) flurokloridona maruz kalmış ayçiçeği üzerinde salisilik asitin

fizyolojik ve biyokimyasal etkilerini inceledikleri çalışmalarında MDA içeriğindeki

değişimini araştırmışlardır. MDA içeriğinde Salisilik asit (SA) uygulaması ne olursa

olsun kontrol grubuna göre artış gözlenmiştir. En yüksek MDA düzeyi 72 mM salisilik

asit uygulanan grupta görülmüştür.

33

3. MATERYAL VE YÖNTEM

3.1 Bitki Materyalinin Temin Edilmesi

Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nden 08-TR-003, TR-3080, SARAY, TARSAN

1018 olmak üzere 4 farklı ayçiçeği (Helianthus annuus L.) çeşidi temin edilmiştir.

08-TR-003, TR-3080, SARAY, TARSAN 1018 çeşitlerine ait tohumlar yüzey

sterilizasyonunun ardından, plastik kaplardaki perlit içine ekilmiştir. Her gün Hoagland

besin solüsyonu (Hoagland ve Arnon 1938) ile sulanarak, SANYO MLR-351H bitki

büyütme kabininde, 16 saat gündüz, 8 saat gece fotoperiyodunda, 125 µE/ m2.S ışıkta,

22 OC’de on beş gün süreyle geliştirilmiştir (Şekil 3.1).

Herbir ayçiçeği çeşidi, üç ayrı kaba ekilerek üç biyolojik tekrar yapılmıştır (Şekil 3.2).

Şekil 3.1 SANYO MLR-351H bitki büyütme kabininde bitkilerin geliştirilmesi

a. Kabin, b, c. Bitkilerin kabinde gelişim aşamaları

34

3.2 Hoagland Besi Ortamının Hazırlanması

Hoagland besi ortamını hazırlamak için, 10 L 10X makro besin çözeltisi içine 50 ml

mikro besin çözeltisi eklendikten sonra hazırlanan bu çözelti 1/10 seyreltilmiştir. Elde

edilen 1L 1X konsantrasyonundaki çözeltiye 1 ml 1000X FeEDTA çözeltisi

kullanımdan hemen önce eklenerek kontrol çalışma ortamı olarak kullanılmıştır. 1000X

FeEDTA; 365 g FeEDTA 1 L dH2O içerisinde çözdürülerek hazırlanmıştır.

Hoagland besi ortamı içeriği aşağıdaki gibidir:

Çizelge 3.1 Hoagland besi ortamı makro besin çözeltisi içeriği

Makro besin çözeltisi

K2SO4 15.7 g

2 L saf su

içerisinde

çözülür

KH2PO4 2.7 g

MgSO4.7H2O 24 g

Ca (NO3)2. 4H2O 47.23 g

KCl 0.0746 g

Çizelge 3.2 Hoagland besi ortamı mikro besin çözeltisi içeriği

Mikro besin çözeltisi

H3BO3. 0.124 g

2 L saf su

içerisinde

çözülür

MnSO4 0.066 g

CuSO4.5H2O 0.100 g

NH4Mo 0.048 g

ZnSO4.7H2O 0.1553 g

Çizelge 3.3 Hoagland besi ortamında bulunan iyonların son konsantrasyonları

Çözelti içerisinde iyonların son konsantrasyonları:

Ca 2 mM Mn 10-6

M

NO3 4 mM Cu2+

10-7

M

Mg 1 mM NH4 10-8

M

K 2 mM Zn 10-6

M

P 0.2 mM Fe 10-4

M

B 10-6

M

35

Şekil 3.2 Hergün Hogland besin solüsyonu ile sulanarak on beş gün geliştirilen

ayçiçeği çeşitleri

36

3.3 Bitki Stres Koşulları

3.3.1 100 mM ve 150 mM tuz (NaCl) stresi

1/10 Hoagland besi ortamına NaCl son konsantrasyonu 100 mM ve 150 mM olacak

şekilde NaCl eklenmiştir. 15 günlük bitkiler, her kap içerisinde 5 fide olacak şekilde

100 mM ve 150 mM NaCl içeren kapların içerisine alınmış, SANYO MLR-351H bitki

büyütme kabininde tutularak 0., 3. ve 27. saatlerde örneklem alımı gerçekleştirilmiştir

(Şekil 3.3). Her iki farklı konsantrasyondaki NaCl stresi bitkilere her çeşit için 3 farklı

kapta toplam 15 örnek olacak şekilde uygulanmıştır. Stres uygulama süreleri sonunda

örnekler alınarak RNA izolasyonuna kadar -80 derecede dondurucuda muhafaza

edilmiştir.

3.3.2 100 mM ve 150 mM kuraklık (PEG) stresi

1/10 Hoagland besi ortamına PEG 6000 son konsantrasyonu 100 mM ve 150 mM

olacak şekilde PEG 6000 eklenmiştir. 15 günlük bitkiler, her kap içerisinde 5 fide

olacak şekilde 100 mM ve 150 mM PEG içeren kapların içerisine alınmış, SANYO

MLR-351H bitki büyütme kabininde tutularak 0., 3. ve 27. saatlerde örneklem alımı

gerçekleştirilmiştir (Şekil 3.3). Her iki farklı konsantrasyondaki PEG stresi bitkilere her

çeşit için 3 farklı kapta toplam 15 örnek olacak şekilde uygulanmıştır. Stres uygulama

süreleri sonunda örnekler alınarak RNA izolasyonuna kadar -80 derece dondurucuda

muhafaza edilmiştir.

37

Şekil 3.3 SANYO MLR-351H bitki büyütme kabininde yetiştirilen bitkilere Hoagland

besi ortamı içerisinde tuz (NaCl) ve kuraklık (PEG) stresinin uygulanması

38

3.3.3 Cr(VI) stresi

Hoagland besi ortamı içerisinde yetiştirilmiş 15 günlük ayçiçeği fideleri stres

uygulaması amacıyla sırasıyla Hoagland, 80, 160, 320, 640 ve 1280 µM Cr(VI)çözeltisi

içeren, her bir derişimden üçer tane olmak üzere kaplara alınmış ve 24 saat SANYO

MLR-351H bitki büyütme kabininde tutulmaya devam edilmiştir (Şekil 4, 5). Farklı

derişimlerdeki Cr(VI) stresinden 24 saatin sonunda örneklem alımı gerçekleştirilmiştir

Alınan örnekler RNA izolasyonu aşamasına kadar saklanmak üzere -80oC’de muhafaza

edilmiştir.

Şekil 3.4 Farklı derişimlerde hazırlanan Cr(VI) çözeltileri

39

Şekil 3.5 SANYO MLR-351H bitki büyütme kabininde yetiştirilen bitkilere Hoagland

besi ortamı içerisinde Cr(VI) stresinin uygulanması

40

3.4 Lipid Peroksidasyonunun Belirlenmesi (MDA Analizi)

Lipid peroksidasyon olayı, hücre zarı fosfolipitlerinin doymamış yağ asitlerinde

meydana gelen tepkimelerdir. Bu olayın temel mekanizması, oluşan toksik aldehitlerin

proteinler ve protein yapısında olmayan yapılarla etkileşmesi ve hücre zarlarına yönelik

istenmeyen etkiler meydana getirmesidir (Yarsan 1998).

Oksidatif stres sonucu oluşan serbest radikallere bağlı olarak hücre zarındaki lipidler

peroksidasyona uğramakta ve bunun son ürünü olarak malondialdehid (MDA) ortaya

çıkmaktadır. Oluşan MDA, hücre membranlarında gerçekleşen iyon alışverişi sırasında

membrandaki bileşiklerin çapraz bağlanmasına, hücre içi ve dışındaki protein, nükleik

asit gibi birçok biyomoleküle etki ederek geri dönüşümü mümkün olmayan hasarlara

neden olmaktadır (Rio vd. 2005). Plazma MDA düzeyinin belirlenebilmesi dokulardaki

lipid peroksidasyonunun ve dolayısıyla oksidatif stresin hassas göstergelerinden biridir

(Knight vd. 1988).

Bitkide stres oluşumunu göstermek amacıyla malondialdehit (MDA) analizi ile lipit

peroksidasyonu belirlenmiştir (Hodges vd. 1999).

1. 100 mg yaprak örneği %80’lik 1 ml alkol ile homojenize edilir. 3000 g de +4 oC’de

10 dk santrifüj edilir.

2. Santrifüj sonrası elde edilen süpernatant ikiye bölünür;

a. 1 hacim alınır + 1 hacim %20’lik TCA (trichloroaceticacid) + 1 hacim

%0,01’lik BHT (butylated hydroxytoluene) eklenir. (-TBA)

b. 1 hacim alınır + 1 hacim %0,65 TBA (2-thiobarbituric acid) içeren %20’lik

TCA + 1 hacim %0,01’lik BHT eklenir. (+TBA)

3. a ve b şeklinde ayrılmış ve yukarıdaki şekilde hazırlanmış olan tüpler 95 oC’de 25

dk inkübasyon sonrası ani bir şekilde soğutma amacıyla buza alınır.

4. Soğuyan örnek 3000 g’de 10 dk santrifüj edilir ve süpernatant alınır.

5. Birinci aşamada 532-600 nm’de, ikinci aşamada ise 532-600-440 nm’de ölçülür.

41

Spektrofotometrede okunan değerler ile yüzde MDA seviyelerinin hesaplanmasında

aşağıdaki formüller kullanılacaktır.

ABS=Absorbans

MDA=Malondialdehit

1- [(ABS 532+TBA)-(ABS 600+TBA)-(ABS 532-TBA)-(ABS 600-TBA)]= A

2- [(ABS 440+TBA)-(ABS 600+TBA)x0,0971]=B

3- nmolMDA/ml= (A-B)/157000x106

3.5 Total Protein Analizi

Cr, tuz ve kuraklık stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinde Bradford metoduna

(Bradford 1976) göre total protein analizi yapılmıştır.

1) 0.08 g bitki örneği, kum yardımıyla havanda ezilir.

2) 700 µl fosfat tamponu (0.2 M, pH 7.0) ile homojenize edilir.

3) 14.000 rpm’de 20 dk. santrifüj edilerek süpernatantlar yeni tüplere alınır.

4) 2000 μl 1X Bradford çözeltisi ve 200 μl örnek çözeltisi ~10 saniye vortekslenerek

karıştırıldıktan sonra 10 dakika oda sıcaklığında bekletilir. Kör olarak 200 µl PB ve

2000 μl 1X Bradford karışımı kullanılır.

5) Absorbans değerleri 595 nm dalga boyunda SpectraMax M5 spektrofotometrede

ölçümler her örnek için 4 tekrarlı olarak gerçekleştirilmiştir.

Örneklerin Toplam Çözünür Protein Konsantrasyonunun Hesaplanması:

42

3.6 Total RNA İzolasyonu

Cr, tuz ve kuraklık stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinden total RNA izolasyonu

TRIGent protokolüne göre yapılmış ve RNA miktarı spektrofotometrik ölçümlerle

belirlenmiş ve %1,2’lik agaroz jelde yürütülerek teyit edilmiştir.

3.6.1 TRIGent RNA İzolasyon Protokolü

1. Her 50 ~ 100 mg doku başına 1 ml TRIGent eklenir.

2. Örnekler 2 ila 8 °C sıcaklıkta 10 dakika boyunca 12,000´g santrifüj edilir.

3. Yağlı dokularda üstte toplanan tabaka uzaklaştırılmalıdır. Temiz süpernatan yeni

bir tüpe alınır.

4. Örnekler 15 ~ 30 °C ‘de 5 dakika inkübe edilir.

5. Her 1 ml TRIGent için 0.2 mL kloroform eklenir. Tüpler 15 saniye boyunca elle

kuvvetli bir şekilde çalkalanır ve 2 ila 3 dakika boyunca 15 ~ 30 °C’de inkübe

edilir.

6. Örnekler 2 ~ 8 °C sıcaklıkta 15 dakika boyunca 12,000´g santrifüj edilir.

7. Süpernatan yeni bir tübe alınır.

8. Her 1 ml TRIGent için 0.5ml izopropil alkol eklenir.

9. Örnekler 15 ~ 30 °C’ de 10 dakika inkübe edilir.

10. Örnekler 2 ~ 8 °C sıcaklıkta 15 dakika 12,000´g santrifüj edilir.

11. Her 1 ml TRIGent için 1 ml %75 lik etanol eklenir.

12. Örnekler vortekslenir ve 2 ~ 8 °C sıcaklıkta 7500 g’de 5 dakika santrifüj edilir.

13. Üst sıvı dökülür ve 5-10 dakika oda sıcaklığında kurumaya bırakılır.

14. RNA’nın çözülmesi için 50 µl DEPC ile muamele edilmiş su eklenir.

15. 10 dakika 55-60 °C’de inkübe edilir.

16. -80 °C’ de saklanır.

43

3.7 DNaz Uygulaması

Thermo Scientific EN0521 kodlu DNase enzimi kullanılarak izole edilen tüm RNA

örneklerinde olması muhtemel DNA kontaminasyonu minumum düzeye getirilmiştir.

1. Aşağıda yer alan bileşenler RNase free tüpe eklenir.

Bileşenler Kullanılan miktar

RNA 1 µg

10 X Reaksiyon tamponu (MgCl2 ‘lü) 1 µL

DNase I RNase free 1 µL (1 U)

DEPC ile muamele edilmiş ultra saf su ile toplam hacim 10 µl’ye ayarlanır.

2. 37 oC’de 30 dakika inkübe edilir.

3. 1 µl 50 mM EDTA eklenir.

4. 65 oC’de 10 dakika inkübe edilerek DNase inhibe edilir.

3.8 cDNA (Komplementer DNA) Sentezi

cDNA sentezi, RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit (Thermo Scientific)

kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Retinoblastoma(Rb), E2F, Myelocytomatosis (MYC)

ve Actin (ACT) gen bölgeleri anchored-oligo(dT)18 ile çalışılmıştır. Çizelge 3.4’de

cDNA sentezinin ilk aşamasında hazırlanan total RNA – primer karışımı içerisinde

bulunan bileşenler ve final konsantrasyonları verilmektedir.

1. Çizelge 3.4’te yer alan bileşenler buz üzerinde tutulan nükleaz free tüpe sırasıyla

eklenir.

Çizelge 3.4 Total RNA - primer karışımı

Komponent Final Konsantrasyon

Total RNA 0.1 ng – 5 µg total RNA

Anchored-oligo(dT)18 Primer,

50 pmol/µl

1 µL

Saf su Toplam hacim 12 µl’ye ayarlanır

44

2. Total RNA – primer karışımı ısı döngü cihazında, 65 oC’de 5 dakika bekletilerek

RNA’nın ikincil yapısının denatürasyonu sağlanır.

3. Ters transkrpsiyon reaksiyonunun (RT-PCR) gerçekleştirilmesi için çizelge 3.5 ‘de

yer alan komponentler sırasıyla eklenir.

Çizelge 3.5 Ters Transkrpsiyon (RT-PCR) Reaksiyonu Komponentleri

Komponent Miktar

5x Reaksiyon tamponu 4 µL

RiboLock RNase İnhibitör (20 U/µL) 1 µL

10 mM dNTP karışımı 2 µL

RevertAid H Minus M- MuL V Ters Transkriptaz (200 U/ µL) 1 µL

Toplam hacim 20 µL

4. Pipetle hafifçe karıştırılıp, santrifüj edilir.

5. Ters transkripsiyon reaksiyonu çizelge 3.6’da belirtilen programda, ısı döngü

cihazında gerçekleştirilir.

Çizelge 3.6 Ters transkripsiyon reaksiyonunun gerçekleştirildiği program

Primer Hedef

mRNA

RT Reaksiyonu İnkübasyon

Süresi

Oligo(dT)18 primer 4 kb a kadar 42 oC’de 60 dk

70 oC’de 5 dk

6. Elde edilen cDNA’lar Real time PCR reaksiyonu gerçekleştirilene kadar -80 oC’de

muhafaza edilmiştir.

45

3.9 Primer Dizaynı

Çalışmada housekeeping gen olarak kullanılan Actin(ACT) ve MYC2 gen bölgerine ait

primerlerin sentezi, gen bankasında (NCBI) yer alan ayçiçeği (Helianthus annuus L.)

bitkisine ait diziler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Ayçiçeği genomunda E2F ve

Retinoblastoma (Rb) genlerine ait diziler gen bankasında (NCBI) yer almadığından, bu

bölgeler için primerler model organizma olan Arabidopsis thaliana üzerinden

sentezlenmiştir. Çok sayıda primer sentezlenmiş olup en uygun primerin tercih

edilebilmesi için erime eğrisi (Melting curve) analizi yapılmış ve primer dimer oluşumu

ve özgül olmayan amplifikasyon ürünleri gibi hatalar gözlemlenmiştir. Bu analiz

sonuçları değerlendirilerek çalışma için en uygun primerler seçilmiş ve çizelge 3.7’de

dizisi verilen primerlerden * işaretli olanlar çalışmada kullanılmıştır.

Çalışmada kullanılan primerler için, Retinoblastoma ilişkili protein (RBR) genine ait

3561 baz uzunluğundaki, NM_112064.4 GenBank numaralı dizi, E2F genine ait 1643

uzunluğundaki AJ271597.1 GenBank numaralı dizi, MYC2 genine ait 465 baz

uzunluğundaki HQ428989.1 GenBank numaralı dizi ve Actin (ACT) genine ait 1134

baz uzunluğundaki FJ487620.1 GenBank numaralı dizi belirlenmiş ve bu dizilere uyan

primer dizileri tasarlanmıştır.

46

Çizelge 3.7 Çalışmada kullanılan gen bölgeleri için tasarlanan primer dizileri

Primer Sekans (5’→3’) Primer

uzunluğu (bç)

Bağlanma

Sıcaklığı (Tm)

*E2F-F ACCTCCGTTTCATCCTTCCG 20 60.5 oC

*E2F-R ACAAGTAGCAATCGAAATCCCC 22 60.3 oC

E2FB-F CAGGTTGTCTCTGACGCGAT 20 57.1 oC

E2FB-R GTTCCATGCGGTGCCTTTAC 20 56.9 oC

E2F-F CACCATCCACCGTCATCTCC 20 57.7 oC

E2F-R TACGTCGTTTCTGCACCTCC 20 57.1 oC

E2FA-F ACAGCTGCAGGCAGAAATTG 20 56.3 oC

E2FA-R TGGAGTACTCACGTCGGCTA 20 57.3 oC

*RBR-F AGAAGCGGATGGTCTGTC 18 56.1 oC

*RBR-R CCTCCTTTGCCTGAAGTCTG 20 60.5 oC

RBR1-F GGATGCGTTACAATGTCGCC 20 56.8 oC

RBR1-R GTTGCTGCTGCTGTTGTTCA 20 56.7 oC

*Myc2 F GACAAGGCGTCACTCTTAGG 20 60.5 oC

*Myc2 R TCCCAGCCAATGACTTTCAC 20 58.4 oC

MYC2-F GGAAGCGGAGAGACAAAGAA 20 54.6 oC

MYC2-R CGCATGGTGCACTTCTAAATC 21 54.4 oC

*AKTİN-F CAATGTTCCCGCCATGTAT 19 53 oC

*AKTİN-R CGACCACTGGCATAAAGAGAA 21 54.8 oC

*Çalışmada kullanılan primerler

(F: Forward/İleri, R: Reverse/Geri)

3.10 Real-time PCR Uygulaması

Real-Time PCR uygulaması ABI 7500 Fast Real Time cihazı aracılığıyla SYBR Green I

Master boyası kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Çalışılması hedeflenen genlere ait diziler

NCBI veritabanında araştırılıp çıkarılmış ve bölgeye özgü primerler tasarlanarak

sentezlettirilmiştir. Ayrıca ekspresyon çalışmaları için gerekli şartlardan birisi olan

normalizasyon işleminde bir housekeeping gen olan Actin (ACT) geni kullanılmıştır.

47

Real-Time PCR yöntemi ile kantitasyon (miktar belirleme = gen ekpresyonu miktarı

belirleme) çalışması SYBR Green I boyası kullanılarak gerçekleştirilmiş ve

kantitasyonu takiben PCR’ın etkinliğini saptamak ve herhangi bir dimer oluşumu olup

olmadığını gözlemlemek amacıyla Erime Eğrisi (Melting curve) Analizi yapılmıştır.

Kontrol grubu ile E2F, Myc ve Retinoblastoma (Rb) gen bölgesi için tasarlanan bütün

primerlerin, Real time PCR reaksiyonları denenerek optimizasyonu sağlanmıştır. En iyi

sonucu veren E2F, Myc2 ve RBR primeleri ile çoğaltma işlemi gerçekleştirilmiştir.

Kontrol örnekleri ile gerçekleştirilen primer optimizasyonu çalışmaları sonrasında bütün

örneklerin Real time PCR reaksiyonu yapılmıştır. Stres uygulamaları sonrasında seçilen

örneklerin real time PCR reaksiyonları üç tekrarlı (teknik tekrar) olacak şekilde

gerçekleştirilmiştir.

Real Time PCR reaksiyonu çizelge 3.8’de verilen komponentler ile hazırlanmış olup saf

su ile toplam hacim 20 µl’ye ayarlanarak ABI 7500 Fast Real-Time cihazında çizelge

3.9’da verilen programda çoğaltılmıştır.

Çizelge 3.8 Real Time PCR reaksiyonu komponentleri

Komponent Son Konsantrasyon

cDNA 2 µg

İleri (Forward) Primer 10 µM

Geri (Reverse) Primer 10 µM

SYBR® Green Master Mix 1X

Toplam hacim 20 µl’dir.

48

Çizelge 3.9 Real Time PCR reaksiyonunun gerçekleştiği program

Primer Sıcaklık Süre Döngü sayısı

Ön denatürasyon 95 oC 7 dk 1

Denatürasyon 95 oC 10 s

40

Bağlanma 58-60 oC 30 s

Erime

Eğrisi Analizi

58-95 oC

Sürekli okuma 1

ACT, E2F, RBR ve MYC2 genlerinin tuz ve kuraklık stresi (100-150 mM) ve Cr(VI)

uygulamalarında farklı zamanlarda alınmış örneklerin Real time PCR reaksiyonu ABI

7500 Fast Real Time cihazında, Relative Standard Curve’de gerçekleştirilmiş ve gerçek

zamanlı olarak izlenerek pik profilleri kaydedilmiştir. Cycle Treshold (Ct) değeri

polimeraz zincir reaksiyonuna ait pik profilinde logaritmik artışa geçilen ilk noktayı

belirtmektedir. Real time PCR reaksiyonları sonrasında elde edilen pik profillerinden

her bir örneğe ait Ct değerleri belirlenmiştir.

3.11 Normalizasyon ve İstatistiksel Hesaplamalar

Herbir çeşide ait bitkiler on beş gün süreyle 3 bağımsız kapta yetiştirilmiştir. Stres

uygulamalarında örnekler her kapta 5 örnek olacak şekilde 3 ayrı kaba alınmıştır.

Herbir stres için 15 bitki stres uygulama süreleri sonunda alınarak bir havuz

oluşturulmuş, daha sonra her bir parametre için seçilen 1’er örnekten RNA izolasyonu

yapılmıştır. Seçilen bu örneklerden de 3’er tekrarlı (teknik tekrar) olacak şekilde real

time PCR reaksiyonları gerçekleştirilmiştir.

Farklı süre ve miktarda tuz, kuraklık ve Cr(VI) stresi uygulanmış bitkilere ait

transkript profilleri kontrol profilleri ve housekeeping gen olarak seçilen aktin ile

karşılaştırılmıştır. Elde edilen verilerin istatistiksel olarak değerlendirilmesi Livak ve

Schmittgen’in 2-ΔΔCT

metoduna göre ve One Way ANOVA (Dunnett) ile yapılmıştır

(Livak ve Schmittgen 2001). Araştırmacıların bir kontrol grubunu birden fazla deney

49

grubu ile karşılaştırması gerektiğinde Dunnet testini kullanmaları önerilmektedir

(Dunnet 1955). Post-Hoc testi ise (Multiple Comparisons Dependent Variable:

Expression Dunnet T3) eğer varyans analizi sonucunda gruplar arasında bir fark

bulunmuşsa, farklılığın hangi gruplardan kaynaklandığını tespit etmek için

kullanılmaktadır (Roscoe 1975).

Konsantrasyon ve Ct değeri olarak belirlenen gen ekpresyonu sonuçları housekeeping

gen olarak çalışmada kullanılan ACT (aktin) ve kontrol şartları dikkate alınarak

normalize edilmiştir (Livak ve Schmittgen 2001). Bu verilerin ortalama, standart

sapma, standart hata ve istatistiksel olarak anlamlılık dereceleri istatistik programı

(SPSS 17) ile hesaplanmıştır. Bu şekilde tuz (NaCl), kuraklık (PEG) ve Cr(VI) stresi

uygulanmış örneklerde RBR, E2F ve MYC2 geni mRNA ifade seviyeleri tespit

edilmeye çalışılmıştır.

50

4. BULGULAR

4.1 Ayçiçeği Bitkisinde Stres Uygulamaları

4.1.1 Tuz stresi

On beş gün süreyle geliştirilen bitkilere, NaCl (100, 150 mM) aracılığı ile tuz stresi

uygulanmıştır. NaCl stresi 27 saat süre ile uygulanmış ve her bir farklı molaritedeki

NaCl stresinden, her bir çeşit ayçiçeği için 0., 3., 27. saatlerde örneklem alımı

gerçekleştirilmiştir (Şekil 4.1-4.4).

4.1.2 Kuraklık stresi

On beş gün süreyle geliştirilen bitkilere, Polietilen Glikol (PEG) (100, 150 mM)

aracılığı ile kuraklık stresi uygulanmıştır. PEG stresi 27 saat süre ile uygulanmış ve

her bir farklı molaritedeki PEG stresinden, her bir çeşit ayçiçeği için 0., 3., 27.

saatlerde örneklem alımı gerçekleştirilmiştir (Şekil 4.5-4.8).

4.1.3 Cr(VI) stresi

15 günlük ayçiçeği fideleri stres uygulaması amacıyla sırasıyla Hoagland, 80, 160,

320, 640 ve 1280 µM Cr(VI) çözeltisi içeren kaplara alınmış ve 24 saat SANYO

MLR-351H bitki büyütme kabininde tutulmaya devam edilmiştir. Farklı

derişimlerdeki Cr(VI) stresinden 24 saatin sonunda örneklem alımı gerçekleştirilmiştir

(Şekil 4.9-4.13).

51

Şekil 4.1 100 mM ve 150 mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidi

52

Şekil 4.2 100 mM ve 150 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidi

53

Şekil 4.3 100 mM ve 150 mM NaCl stresi uygulanmış Saray ayçiçeği çeşidi

54

Şekil 4.4 100 mM ve 150 mM NaCl stresi uygulanmış Tarsan 1018 ayçiçeği çeşidi

55

Şekil 4.5 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidi

56

Şekil 4.6 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidi

57

Şekil 4.7 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulanmış Saray ayçiçeği çeşidi

58

Şekil 4.8 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulanmış Tarsan 1018 ayçiçeği çeşidi

59

Şekil 4.9 Cr(VI) stresinin 24 saat uygulanmasının ardından bitkilerin genel görüntüsü

60

Şekil 4.10 08-TR-003 ayçiçeği çeşidine 24 saat süreyle farklı derişimlerde Cr(VI) stresi

uygulanan örnekler

61

Şekil 4.11 TR-3080 ayçiçeği çeşidine 24 saat süreyle farklı derişimlerde Cr(VI) stresi

uygulanan örnekler

62

Şekil 4.12 Saray ayçiçeği çeşidine 24 saat süreyle farklı derişimlerde Cr(VI) stresi

uygulanan örnekler

63

Şekil 4.13 Tarsan 1018 ayçiçeği çeşidine 24 saat süreyle farklı derişimlerde Cr(VI)

stresi uygulanan örnekler

64


100 mM tuz (NaCl) stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde kontrol ile

karşılaştırıldığında MDA düzeyinde azalma görülmektedir (Şekil 4.14).

Şekil 4.14 100mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde MDA düzeyleri

150 mM tuz (NaCl) stresi uygulanmış 08-TR-003, TR-3080 ve SARAY ayçiçeği

çeşitlerinde kontrol ile karşılaştırıldığında MDA düzeyinde azalma görülürken,

TARSAN 1018 çeşidinde MDA düzeyinde 3. saatte kontrole göre azalma, 27. saatte 3.

saate göre bir artış gözlenmiştir (Şekil 4.15).

0.45

0.5

0.55

0.6

Kontrol 3. saat 27. saatMD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)

Örnek Alım Zamanı

08-TR-003 100mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8


A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


TR-3080 100 mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8


A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


SARAY 100mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8


A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


TARSAN 1018 100mM NaCl

65

Şekil 4.15 150mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde MDA düzeyleri

100 mM PEG (kuraklık) stresi uygulanmış 08-TR-003, TR-3080 ve SARAY ayçiçeği

çeşitlerinde kontrol ile karşılaştırıldığında MDA düzeyinde azalma görülürken,

TARSAN 1018 çeşidinde MDA düzeyinde 3. saatte kontrole göre azalma, 27. saatte 3.

saate göre bir artış gözlenmiştir (Şekil 4.16).

150 mM PEG (kuraklık) stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde kontrol ile

karşılaştırıldığında MDA düzeyinde azalma gözlenmiştir (Şekil 4.17).

0

0.2

0.4

0.6


A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


08-TR-003 150 mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8

Kontrol 3. saat 27. saat

MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)

Örnek Alım zaamanı

TR-3080 150 mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8


A D

üze

yi (

nm

ol m

l -1)


SARAY 150 mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8


A D

üze

yi (

nm

ol m

l -1)


TARSAN 1018 150 mM NaCl

66

Şekil 4.16 100 PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde MDA düzeyleri

Şekil 4.17 150 PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde MDA düzeyleri

0

0.2

0.4

0.6


MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


08-TR-003 100 mM PEG

0

0.2

0.4

0.6

0.8


MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


TR-3080 100mM PEG

0

0.2

0.4

0.6

0.8


MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l -1)


SARAY 100 mM PEG

0

0.2

0.4

0.6

0.8

Kontrol 3. saat 27. saatM

DA

Dü

zeyi

(n

mo

l ml -1

)


TARSAN 1018 100 mM PEG

0

0.2

0.4

0.6


A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


08-TR-003 150 mM PEG

0

0.2

0.4

0.6

0.8


MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


TR-3080 150 mM PEG

0

0.2

0.4

0.6

0.8


A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)


SARAY 150 mM PEG

0

0.2

0.4

0.6

0.8


MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)



67

Şekil 4.18 Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde

MDA düzeyleri

Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinde MDA düzeyinde 80 ppm’de

kontrol ile karşılaştırıldığında azalma görülürken, 160 ppm’den itibaren artış

görülmekte, 1280 ppm’de 640 ppm’e göre bir miktar azalma görülmektedir (Şekil 4.18).

Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinde MDA düzeyinde 160 ppm’e

kadar kontrol ile karşılaştırıldığında azalma görülürken, 320 ppm’den 640 ppm’e kadar

artış görülmekte, 1280 ppm’de 640 ppm’e göre bir miktar azalma görülmektedir. Cr(VI)

stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinde MDA dalgalanmalar görülmekte,320

ppm’den itibaren artış eğiliminde olduğu gözlenmektedir. TARSAN 1018 ayçiçeği

çeşidinde MDA düzeyinde 80 ppm’de kontrol ile karşılaştırıldığında azalma görülürken,

160 ppm’den itibaren artış görülmektedir (Şekil 4.18).

00.10.20.30.40.50.6

MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)

08-TR-003

00.10.20.30.40.50.60.7

MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)

TR-3080

00.10.20.30.40.50.60.7

MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)

SARAY

00.10.20.30.40.50.60.7

MD

A D

üze

yi (

nm

ol m

l-1)

TARSAN 1018

68

4.3 Total Protein İzolasyonu

Cr, tuz ve kuraklık stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinde Bradford metoduna

(Bradford 1976) göre herbir örnekten dört tekrarlı olacak şekilde total protein analizi

yapılmıştır. Stres faktörlerine göre ayrılan örneklere ait sonuçlar kullanılarak grafikler

oluşturulmuş, total protein değişimi tayin edilmiştir.

100mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003, TR-3080 ve SARAY ayçiçeği çeşitlerinde

total protein düzeyinde 3. saatte kontrole göre bir azalma görülürken, 27. saatte, 3. saate

göre artış görülmüştür. TARSAN 1018 çeşidinde ise 3 saatte kontrole göre artış, 27.

saatte ise azalma görülmektedir (Şekil 4.19).

Şekil 4.19 100mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait total proteinlerin değişimi

0.800

0.850

0.900

0.950

0. saat 3. saat 27. saat

08-TR-003 100 mM NaCl

1 mg/ml

0.650

0.700

0.750

0.800

0.850


TR- 3080 100 mM NaCl

1 mg/ml

0.820

0.840

0.860

0.880

0.900

0.920


SARAY 100 mM NaCl

1 mg/ml

0.780

0.800

0.820

0.840

0.860



1 mg/ml

69

150mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003, TR-3080 ve SARAY ayçiçeği çeşitlerinde

total protein düzeyinde 3. saatte kontrole göre bir azalma görülürken, 27. saatte, 3. saate

göre artış görülmüştür. TARSAN 1018 çeşidinde ise 3. ve 27. saatlerde kontrole göre

artış görülmektedir (Şekil 4.20).

Şekil 4.20 150mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait total proteinlerin değişimi

100 mM PEG (kuraklık) stresi uygulanmış 08-TR-003, SARAY ve TARSAN 1018

ayçiçeği çeşitlerinde total protein düzeyinde 3. saatte kontrole göre bir azalma

görülürken, 27. saatte, 3. saate göre artış görülmüştür. TR-3080 çeşidinde ise 3 saatte

kontrole göre artış, 27. saatte ise azalma görülmektedir (Şekil 4.21).

150 mM PEG (kuraklık) stresi uygulanmış TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018

ayçiçeği çeşitlerinde total protein düzeyinde 3. saatte kontrole göre bir azalma

görülürken, 27. saatte, 3. saate göre artış görülmüştür. 08-TR-003 çeşidinde ise 3 saatte

kontrole göre azalma görülmekte, 27. saatte ise bu düzey korunmaktadır (Şekil 4.22).

0.700

0.750

0.800

0.850

0.900

0.950


08-TR-003 150 mM NaCl

1 mg/ml

0.700

0.750

0.800

0.850


TR- 3080 150 mM NaCl

1 mg/ml

0.880

0.890

0.900

0.910

0.920

0.930

0.940


SARAY 150 mM NaCl

1 mg/ml

0.750

0.800

0.850

0.900

0.950

1.000



1 mg/ml

70

Şekil 4.21 100mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait total proteinlerin değişimi

Şekil 4.22 150mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait total proteinlerin değişimi

0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000


08-TR-003 100 mM PEG

1 mg/ml

0.7400.7600.7800.8000.8200.8400.860


TR-3080 100 mM PEG

1 mg/ml

0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000


SARAY 100 mM PEG

1 mg/ml

0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000



1 mg/ml

0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000


08-TR-003 150 mM PEG

1 mg/ml

0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000


TR- 3080 150 mM PEG

1 mg/ml

0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000


SARAY 150 mM PEG

1 mg/ml

0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000



1 mg/ml

71

Cr(VI) stresi uygulanmış tüm ayçiçeği çeşitlerinde değişen Cr konsantrasyonlarında

artış azalışlar görülse de genel olarak artan Cr konsantrasyonuyla beraber total protein

düzeyinde azalmalar görülmekte ve 1280 ppm Cr konsantrasyonunda kontrol örneğiyle

karşılaştırıldığında total protein düzeyinde önemli derecede azalma olduğu

görülmektedir (Şekil 4.23).

Şekil 4.23 Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerine ait

total proteinlerin değişimi

0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000

08-TR-003

1 mg/ml0.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000

TR- 3080

1 mg/ml

0.0000.2000.4000.6000.8001.000

SARAY

1 mg/ml 0.0000.2000.4000.6000.8001.000

TARSAN 1018

1 mg/ml

72

4.4 Total RNA izolasyonu

Cr, tuz ve kuraklık stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinden total RNA izolasyonu

TRIGent protokolüne göre yapılmış ve RNA miktarı spektrofotometrik ölçümlerle

Thermo Scientific Nanodrop 1000 Spectrophotometer cihazında belirlenmiştir.

İzole edilen RNA’lar % 1,2’lik agaroz jelde yürütülerek kontrol edilmiştir (Şekil 4.24).

Şekil 4.24 İzole edilen RNA örneklerinin DNase enzimi uygulaması öncesi %1,2’lik

agaroz jel görüntüsü

4.5 DNaz Uygulaması

Thermo Scientific EN0521 kodlu DNase enzimi kullanılarak izole edilen tüm RNA

örneklerine DNaz uygulaması gerçekleştirilmiş, olması muhtemel DNA

kontaminasyonu minumum düzeye getirilmiştir.

4.6 cDNA Sentezi

RNA örneklerinden cDNA sentezi, RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit

(Thermo Scientific) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Çizelge 4.1-4.2’de RNA

örneklerinden sentezlenmiş cDNA’ların saflık ve miktar ölçümleri yer almaktadır.

73

Çizelge 4.1 100 mM ve 150 mM NaCl (Tuz) ve 100mM ve 150 mM Polietilen glikol

(PEG) stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinden elde edilen RNA

örneklerinden sentezlenmiş cDNA’ların saflık ve miktar tayinleri

No Örnek Stres türü Saati ng/ul A260 A280 260/280 260/230

K1 08-TR-003 Kontrol Kontrol 2043,4 40,868 24,049 1,7 1,94

K1 08-TR-003 Kontrol Kontrol 2089,73 41,795 24,586 1,7 1,94

K2 TR- 3080 Kontrol Kontrol 2024,3 40,486 23,8 1,7 1,94

K2 TR- 3080 Kontrol Kontrol 2068,19 41,364 24,355 1,7 1,94

K3 SARAY Kontrol Kontrol 1950,21 39,004 22,914 1,7 1,94

K3 SARAY Kontrol Kontrol 1986,37 39,727 23,348 1,7 1,95

K4 TARSAN 1018 Kontrol Kontrol 1786,65 35,733 20,92 1,71 1,88

K4 TARSAN 1018 Kontrol Kontrol 1825,44 36,509 21,391 1,71 1,88

1 08-TR-003 100 mM NaCl 3. saat 1927,76 38,555 22,751 1,69 2,03

1 08-TR-003 100 mM NaCl 3. saat 1977,07 39,541 23,391 1,69 2,02

2 TR- 3080 100 mM NaCl 3. saat 2079,66 41,593 24,586 1,69 2,02

2 TR- 3080 100 mM NaCl 3. saat 2106,87 42,137 24,947 1,69 2,01

3 SARAY 100 mM NaCl 3. saat 2017,45 40,349 24,071 1,68 1,95


4 TARSAN 1018 100 mM NaCl 3. saat 2594,51 51,89 31,179 1,66 1,98


5 08-TR-003 100 mM NaCl 27. saat 2083,41 41,668 24,582 1,7 2

5 08-TR-003 100 mM NaCl 27. saat 2105 42,1 24,843 1,69 1,99

6 TR- 3080 100 mM NaCl 27. saat 1995,78 39,916 23,62 1,69 1,99

6 TR- 3080 100 mM NaCl 27. saat 2026,06 40,521 23,956 1,69 2





9 08-TR-003 150 mM NaCl 3. saat 1969,55 39,391 23,198 1,7 1,95

9 08-TR-003 150 mM NaCl 3. saat 1995,84 39,917 23,502 1,7 1,96

10 TR- 3080 150 mM NaCl 3. saat 2000,43 40,009 23,736 1,69 1,97

10 TR- 3080 150 mM NaCl 3. saat 2032,33 40,647 24,111 1,69 1,96

11 SARAY 150 mM NaCl 3. saat 1964,34 39,287 23,095 1,7 2

11 SARAY 150 mM NaCl 3. saat 2008,42 40,168 23,58 1,7 2



13 08-TR-003 150 mM NaCl 27. saat 2033,86 40,677 24,072 1,69 1,87

13 08-TR-003 150 mM NaCl 27. saat 2057,94 41,159 24,302 1,69 1,87

14 TR- 3080 150 mM NaCl 27. saat 2039,01 40,78 24,197 1,69 1,92

14 TR- 3080 150 mM NaCl 27. saat 2075,48 41,51 24,646 1,68 1,91





74

Çizelge 4.1 100 mM ve 150 mM NaCl (Tuz) ve 100mM ve 150 mM Polietilen glikol

(PEG) stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinden elde edilen RNA

örneklerinden sentezlenmiş cDNA’ların saflık ve miktar tayinleri (devam)

No Örnek Stres türü Saati ng/ul A260 A280 260/280 260/230

17 08-TR-003 100 mM PEG 3. saat 1905,22 38,104 22,666 1,68 1,95

17 08-TR-003 100 mM PEG 3. saat 1937,28 38,746 23,079 1,68 1,95

18 TR- 3080 100 mM PEG 3. saat 2042,95 40,859 24,189 1,69 1,98

18 TR- 3080 100 mM PEG 3. saat 2078,1 41,562 24,712 1,68 1,99

19 SARAY 100 mM PEG 3. saat 2014,5 40,29 23,89 1,69 1,99

19 SARAY 100 mM PEG 3. saat 2047,34 40,947 24,368 1,68 1,99

20 TARSAN 1018 100 mM PEG 3. saat 1994,8 39,896 23,655 1,69 1,98


21 08-TR-003 100 mM PEG 27. saat 2057,75 41,155 24,303 1,69 2,01

21 08-TR-003 100 mM PEG 27. saat 2105,04 42,101 24,947 1,69 2,01

22 TR- 3080 100 mM PEG 27. saat 2005,49 40,11 23,736 1,69 1,99

22 TR- 3080 100 mM PEG 27. saat 2037,19 40,744 24,119 1,69 2

23 SARAY 100 mM PEG 27. saat 1898,97 37,979 22,634 1,68 1,96

23 SARAY 100 mM PEG 27. saat 1933,29 38,666 23,011 1,68 1,96



25 08-TR-003 150 mM PEG 3. saat 2122,88 42,458 25,138 1,69 1,98

25 08-TR-003 150 mM PEG 3. saat 2147,17 42,943 25,506 1,68 1,98

26 TR- 3080 150 mM PEG 3. saat 1979,11 39,582 23,286 1,7 1,99

26 TR- 3080 150 mM PEG 3. saat 2002 40,04 23,61 1,7 1,99

27 SARAY 150 mM PEG 3. saat 2049,27 40,985 24,293 1,69 1,98

27 SARAY 150 mM PEG 3. saat 2090,36 41,807 24,752 1,69 1,98



29 08-TR-003 150 mM PEG 27. saat 2004,84 40,097 23,641 1,7 2

29 08-TR-003 150 mM PEG 27. saat 2043,92 40,878 24,131 1,69 2

30 TR- 3080 150 mM PEG 27. saat 1862,05 37,241 22,169 1,68 1,94

30 TR- 3080 150 mM PEG 27. saat 1898,66 37,973 22,649 1,68 1,94

31 SARAY 150 mM PEG 27. saat 2014,22 40,284 23,787 1,69 1,97

31 SARAY 150 mM PEG 27. saat 2051,8 41,036 24,222 1,69 1,97



75

Çizelge 4.2 Farklı derişimlerde Cr(VI) stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinden elde

edilen RNA örneklerinden sentezlenmiş cDNA’ların saflık ve miktar

tayinleri

No Örnek Stres türü ng/ul A260 A280 260/280 260/230

Cr K1 08-TR-003 Kontrol 2077,63 41,553 24,431 1,7 1,95

Cr K1 08-TR-003 Kontrol 2108,62 42,172 24,866 1,7 1,96

Cr K2 TR- 3080 Kontrol 2043,54 40,871 24,062 1,7 1,96

Cr K2 TR- 3080 Kontrol 2089,61 41,792 24,661 1,69 1,96

Cr K3 SARAY Kontrol 2013,77 40,275 23,715 1,7 1,92

Cr K3 SARAY Kontrol 2046,09 40,922 24,158 1,69 1,93

Cr K4 TARSAN 1018 Kontrol 1976,66 39,533 23,322 1,7 1,92

Cr K4 TARSAN 1018 Kontrol 2032,06 40,641 23,956 1,7 1,93

33 08-TR-003 80 ppm Cr(VI) 2013,99 40,28 23,887 1,69 1,99

33 08-TR-003 80 ppm Cr(VI) 2056,42 41,128 24,385 1,69 2

34 TR- 3080 80 ppm Cr(VI) 2079,57 41,591 24,36 1,71 1,99

34 TR- 3080 80 ppm Cr(VI) 2100,64 42,013 24,785 1,7 1,98

35 SARAY 80 ppm Cr(VI) 2004,25 40,085 23,665 1,69 1,97

35 SARAY 80 ppm Cr(VI) 2054,36 41,087 24,293 1,69 1,97

36 TARSAN 1018 80 ppm Cr(VI) 2000,4 40,008 23,663 1,69 1,97

36 TARSAN 1018 80 ppm Cr(VI) 2022,79 40,456 23,971 1,69 1,97

37 08-TR-003 160 ppm Cr (VI) 2004,17 40,083 23,533 1,7 1,98

37 08-TR-003 160 ppm Cr (VI) 2042,62 40,852 24,069 1,7 1,98

38 TR- 3080 160 ppm Cr (VI) 2678,3 53,566 32,047 1,67 1,94

38 TR- 3080 160 ppm Cr (VI) 2709,56 54,191 32,446 1,67 1,94

39 SARAY 160 ppm Cr (VI) 1959,95 39,199 23,059 1,7 1,99

39 SARAY 160 ppm Cr (VI) 1997,48 39,95 23,508 1,7 1,99

40 TARSAN 1018 160 ppm Cr (VI) 2131,38 42,628 25,161 1,69 1,97

40 TARSAN 1018 160 ppm Cr (VI) 2181,19 43,624 25,874 1,69 1,96

41 08-TR-003 320 ppm Cr(VI) 2005,36 40,107 23,551 1,7 1,96

41 08-TR-003 320 ppm Cr(VI) 2017,31 40,346 23,759 1,7 1,96

42 TR- 3080 320 ppm Cr(VI) 2013,17 40,263 23,703 1,7 1,96

42 TR- 3080 320 ppm Cr(VI) 2037,78 40,756 24,019 1,7 1,96

43 SARAY 320 ppm Cr(VI) 1926,55 38,531 22,577 1,71 1,97

43 SARAY 320 ppm Cr(VI) 1960,32 39,206 23,022 1,7 1,95

44 TARSAN 1018 320 ppm Cr(VI) 1854,91 37,098 21,757 1,71 1,97

44 TARSAN 1018 320 ppm Cr(VI) 1886,29 37,726 22,146 1,7 1,98

45 08-TR-003 640 ppm Cr(VI) 1942,28 38,846 22,819 1,7 1,97

45 08-TR-003 640 ppm Cr(VI) 1970,17 39,403 23,126 1,7 1,96

46 TR- 3080 640 ppm Cr(VI) 1930,45 38,609 22,649 1,7 1,95

46 TR- 3080 640 ppm Cr(VI) 1952,06 39,041 22,917 1,7 1,95

47 SARAY 640 ppm Cr(VI) 2001,44 40,029 23,558 1,7 1,97

47 SARAY 640 ppm Cr(VI) 2041,19 40,824 24,075 1,7 1,96

48 TARSAN 1018 640 ppm Cr(VI) 2019,65 40,393 23,778 1,7 1,96

48 TARSAN 1018 640 ppm Cr(VI) 2071,56 41,431 24,382 1,7 1,96

76

Çizelge 4.2 Farklı derişimlerde Cr(VI) stresi uygulanmış ayçiçeği bitkilerinden elde

edilen RNA örneklerinden sentezlenmiş cDNA’ların saflık ve miktar

tayinleri (devam)

No Örnek Stres türü ng/ul A260 A280 260/280 260/230

49 08-TR-003 1280 ppm Cr(VI) 2014,67 40,293 23,691 1,7 1,96

49 08-TR-003 1280 ppm Cr(VI) 2067,82 41,356 24,322 1,7 1,96

50 TR- 3080 1280 ppm Cr(VI) 2035,97 40,719 24,091 1,69 1,86

50 TR- 3080 1280 ppm Cr(VI) 2057,26 41,145 24,229 1,7 1,95

51 SARAY 1280 ppm Cr(VI) 1945,45 38,909 22,756 1,71 1,95

51 SARAY 1280 ppm Cr(VI) 1965,86 39,317 23,036 1,71 1,93

52 TARSAN 1018 1280 ppm Cr(VI) 2034,54 40,691 23,871 1,7 1,95

52 TARSAN 1018 1280 ppm Cr(VI) 2087,1 41,742 24,496 1,7 1,94

4.7 Real - Time PCR Reaksiyonu

Real Time PCR reaksiyonu üç tekrarlı olarak 7500 Fast Real Time PCR System

(Applied Biosystems) thermal cycler cihazında gerçekleştirilmiştir.

Model organizma olan Arabidopsis thaliana üzerinden sentezlenen E2F ve RBR

primerlerinin güvenilirliğini test etmek için erime eğrisi (Melting curve) analizi

yapılmış ve primer dimer oluşumu ve özgül olmayan amplifikasyon ürünlerinin önüne

geçilmeye çalışılmıştır. Analiz sonucunda tek pik veren primerler tercih edilmiştir.

Çalışılan tüm genler için bazı örneklere ait erime eğrisi analiz sonuçları şekil 4.25-

4.28’de yer almaktadır.

77

Şekil 4.25 Çalışılan bazı örneklerde E2F geninin erime eğrisi analizi

Şekil 4.26 Çalışılan bazı örneklerde MYC2 geninin erime eğrisi analizi

78

Şekil 4.27 Çalışılan bazı örneklerde RBR geninin erime eğrisi analizi

Şekil 4.28 Çalışılan bazı örneklerde ACT geninin erime eğrisi analizi

79

Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi, 100 mM ve 150 mM tuz (NaCl) stresi ve 100

mM ve 150 mM kuraklık (PEG) stresi uygulanmış ayçiçeği (Helianthus annuus L.)

bitkisinin dört farklı çeşidinden çalışmada planlanan zamanlarda örneklem alımı

gerçekleştirilmiştir. Alınan örnekler hemen -80 oC’deki derin dondurucuya

kaldırılmıştır. Daha sonra bu örneklerden RNA izolasyonu, cDNA sentezi ve real time

PCR reaksiyonu yapılmıştır. Her bir PCR döngüsünde ürün artışına bağlı olarak oluşan

floresans ışığın şiddetine göre örneklerin Ct (Cycle threshold - PCR ürünlerinin

miktarındaki ilk önemli artış olan değer) değerleri belirlenmiştir. Çalışılan tüm genler

için bazı örneklere ait Real time PCR pik profilleri şekil 4.29, şekil 4.30, şekil 4.31 ve

şekil 4.32’ta yer almaktadır.

Şekil 4.29 Çalışılan bazı örneklerde E2F geninin Real Time PCR pik profilleri

80

Şekil 4.30 Çalışılan bazı örneklerde MYC2 geninin Real Time PCR pik profilleri

Şekil 4.31 Çalışılan bazı örneklerde ACT geninin Real Time PCR pik profilleri

81

Şekil 4.32 Çalışılan bazı örneklerde RBR geninin Real Time PCR pik profilleri

4.8 Normalizasyon ve İstatistiksel Analiz

Farklı sürelerde tuz (NaCl), kuraklık (PEG), Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003, TR-

3080, SARAY ve TARSAN 1018 ayçiçeği bitkilerinde E2F, RBR ve MYC2 hedef

genlerine ait ifade profilleri, çalışmada housekeeping gen olarak kullanılan aktin (ACT)

ve kontrol şartları dikkate alınarak 2-ΔΔCT

metoduna göre normalize edilmiştir (Livak ve

Schmittgen 2001). Normalizasyon ile elde edilen gen ekspresyonu verilerinin ortalama,

standart sapma, standart hata ve istatistiksel olarak anlamlılık dereceleri SPSS 17

istatistik programında yer alan One Way ANOVA (Dunnett) testi ile hesaplanmıştır.

Çalışmada kullanılan tüm örneklerin E2F, RBR ve MYC2 genlerine ait normalize

edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalaması ve standart hataları alınarak elde edilen

veriler ile her bir gene ait ifade düzeyini gösteren grafikler çizilmiş ve mRNA ifade

seviyelerindeki değişimler tespit edilmeye çalışılmıştır.

82

4.8.1 100 mM tuz (NaCl) stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel analizi

Çizelge 4.3 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanmış örneklerin E2F genine ait normalize

edilmiş gen ekspresyonu verileri

Örnek Alım

Zamanı

08-TR-003 Çeşidine Ait E2F Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 4,222215 3,939466 3,698653 4,497116

3 saat 6,113506 5,704103 5,355421 6,511545

3 saat 5,000249 4,665397 4,38021 5,325806

3 saat 5,16225 4,81655 4,522122 5,498355

27 saat 3,46775 3,235525 3,037743 3,693529

27 saat 2,39828 2,237674 2,100889 2,554428

27 saat 2,677711 2,498392 2,34567 2,852051

27 saat 3,105876 2,498392 2,720742 3,308093

TR 3080 Çeşidine Ait E2F Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 16,20088 16,25712 15,49789 16,99455

3 saat 12,57948 12,62315 12,03363 13,19574

3 saat 16,65635 16,71417 15,9336 17,47233

3 saat 12,23549 12,27797 11,70457 12,8349

27 saat 5,112397 5,130146 4,890561 5,36285

27 saat 6,117745 6,138984 5,852285 6,417449

27 saat 5,660777 5,680429 5,415145 5,938094

27 saat 5,525098 5,680429 5,285354 5,795769

SARAY Çeşidine Ait E2F Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 3,149232 3,745089 2,637187 4,472247

3 saat 5,411393 6,435267 4,531536 7,684759

3 saat 3,412904 4,05865 2,857988 4,846691

3 saat 4,993322 5,938094 4,18144 7,091054

27 saat 10,26741 12,21007 8,597993 14,58082

27 saat 11,33726 13,48235 9,493894 16,10013

27 saat 11,71269 13,92881 9,808279 16,63327

27 saat 9,938306 13,92881 8,322402 14,11346

TARSAN 1018 Çeşidine Ait E2F Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 4,222215 5,67256 4,123873 5,807833

3 saat 4,639599 6,233317 4,531536 6,381962

3 saat 3,898719 5,237942 3,807912 5,36285

3 saat 5,02457 6,750526 4,90754 6,911505

27 saat 26,20917 35,21212 25,59872 36,05182

27 saat 26,7043 35,87731 26,08231 36,73288

27 saat 34,46356 46,30192 33,66086 47,40607

27 saat 20,30833 46,30192 19,83532 27,93496

83

100 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin E2F hedef genine ait ifade profilleri,

çalışmada housekeeping gen olarak kullanılan aktin (ACT) ve kontrol şartları dikkate

alınarak 2-ΔΔCT

metoduna göre normalize edilmiştir (Çizelge 4.3). Normalizasyon ile

elde edilen gen ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata ve standart sapmaları

hesaplanmıştır (Çizelge 4.4). Normalize edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalaması

alınarak, elde edilen veriler ile her bir çeşit için 100 mM tuz stresi uygulaması

sonucunda zamana bağlı E2F gen ekspresyon düzeyindeki değişimleri gösteren grafik

çizilmiştir (Şekil 4.33).

Çizelge 4.4 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin E2F genine ait normalize


sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma

1 Kontrol Kontrol 0.saat 1 - -

2 08-TR-003 100 mM NaCl 3. saat 4,96331028 0,193005219 ,7720209

3 TR-3080 100 mM NaCl 3. saat 14,45073751 0,537160688 2,1486428

4 SARAY 100 mM NaCl 3. saat 4,715428365 0,371717971 1,4868719

5 TARSAN 1018 100 mM NaCl 3. saat 5,106863476 0,250293772 1,0011751

6 08-TR-003 100 mM NaCl 27. saat 2,795796621 0,116920074 ,4676803

7 TR- 3080 100 mM NaCl 27. saat 5,625219624 0,104210716 ,4168429



84

Şekil 4.33 100mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı E2F gen

ifade düzeyleri

100 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan E2F gen ifade

seviyelerinin istatistiksel olarak anlamlı olup olmadığı One Way ANOVA (Dunnet)

metodu kullanılarak tespit edilmiştir. ANOVA tablosunun çalışmada kullanılan tüm

çeşitlerde Sig. (Anlamlılık) sütunundaki değerin ,00 olduğu görülmektedir (Çizelge 4.5,

4.7, 4.9, 4.11). Sig değeri 0,05’den küçük olması, 100 mM NaCl stresinde zamana bağlı

olarak E2F gen ekspresyonu seviyesinde meydana gelen değişikliğin p<0,05 düzeyinde

istatistiksel olarak anlamlı olduğunu ifade etmektedir.

100 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan grupların tek yönlü varyans analizi (One Way

ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı E2F geni ekspresyon

seviyesinde meydana gelen değişikliklerin anlamlılık dereceleri karşılaştırılmıştır

(Çizelge 4.6, 4.8, 4.10, 4.12).

0

1

2

3

4

5

6


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


08-TR-003 100 mM NaCl

0

5

10

15

20


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


TR-3080 100 mM NaCl

0

5

10

15


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


SARAY 100 mM NaCl

0

10

20

30

40


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri



85

Çizelge 4.5 100 mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F genine

ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri

Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 126,031 2 63,016 232,033 ,000

Gruplar içi 12,221 45 ,272

Toplam 138,252 47

1 F, verilerdeki sistematik varyans miktarını sistematik olmayan varyansla karşılaştırmaktadır.

2 sig. değerinin 0,05’ten küçük olması karşılaştırılan grupların ortalamaları arasında anlamlı bir fark

olduğunu ifade etmektedir. 3

Gruplar arası ifadesi ile anlatılmak istenen, 100 mM NaCl (0s, 3s, 27s) verilerinin kendi içinde

değerlendirilmesidir.


ait Post Hoc Testi verileri

(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık

95% Güven Aralığı

Üst Sınır Alt Sınır

1

(kontrol)

2 -3,9633103* ,1930052 ,000 -4,478451 -3,448170

3 -1,7957966* ,1169201 ,000 -2,107862 -1,483731

2

(3 saat)

1 3,9633103* ,1930052 ,000 3,448170 4,478451

3 2,1675137* ,2256575 ,000 1,591464 2,743563

3

(27 saat)

1 1,7957966* ,1169201 ,000 1,483731 2,107862

2 -2,1675137* ,2256575 ,000 -2,743563 -1,591464

* Ortalama fark 0,05 düzeyinde anlamlıdır.

Çizelge 4.7 100 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait

One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri

Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 1494,425 2 747,213 467,942 ,000

Gruplar içi 71,856 45 1,597

Toplam 1566,282 47

86

Çizelge 4.8 100 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait

Post Hoc Testi verileri

(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -13,4507375* ,5371607 ,000 -14,884446 -12,017029

3 -4,6252196* ,1042107 ,000 -4,903363 -4,347076

2

(3 saat)

1 13,4507375* ,5371607 ,000 12,017029 14,884446

3 8,8255179* ,5471759 ,000 7,376720 10,274316

3

(27 saat)

1 4,6252196* ,1042107 ,000 4,347076 4,903363

2 -8,8255179* ,5471759 ,000 -10,274316 -7,376720


Çizelge 4.9 100 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 1032,159 2 516,079 170,976 ,000

Gruplar içi 135,829 45 3,018

Toplam 1167,988 47

Çizelge 4.10 100 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine


(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -3,7154284* ,3717180 ,000 -4,707562 -2,723295

3 -11,1534966* ,6540499 ,000 -12,899188 -9,407805

2

(3 saat)

1 3,7154284* ,3717180 ,000 2,723295 4,707562

3 -7,4380683* ,7523002 ,000 -9,363625 -5,512512

3

(27 saat)

1 11,1534966* ,6540499 ,000 9,407805 12,899188

2 7,4380683* ,7523002 ,000 5,512512 9,363625


87

Çizelge 4.11 100 mM NaCl stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin E2F

genine ait One Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri

Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 9540,491 2 4770,246 184,545 ,000

Gruplar içi 1163,189 45 25,849

Toplam 10703,680 47


genine ait Post Hoc Testi verileri

(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -4,2196536* ,2502938 ,000 -4,887700 -3,551607

3 -31,7925988* 2,1872299 ,000 -37,630423 -25,954775

2

(3 saat)

1 4,2196536* ,2502938 ,000 3,551607 4,887700

3 -27,5729452* 2,2015044 ,000 -33,431708 -21,714182

3

(27 saat)

1 31,7925988* 2,1872299 ,000 25,954775 37,630423

2 27,5729452* 2,2015044 ,000 21,714182 33,431708

* Ortalama fark 0,05 düzeyinde anlamlıdır

88


normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri

Örnek Alım

Zamanı

08-TR-003 Çeşidine Ait RBR Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 0,365008 0,339857 0,319746 0,387965

3 saat 0,416677 0,387965 0,365008 0,442884

3 saat 0,432269 0,402483 0,378667 0,459456

3 saat 0,351842 0,327598 0,308213 0,373971

27 saat 0,043075 0,040107 0,037734 0,045784

27 saat 0,030607 0,028498 0,026812 0,032532

27 saat 0,033262 0,03097 0,029137 0,035354

27 saat 0,039637 0,03097 0,034722 0,04213

TR 3080 Çeşidine Ait RBR Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 0,195603 0,225782 0,187115 0,236023

3 saat 0,227195 0,262247 0,217336 0,274143

3 saat 0,201102 0,232129 0,192376 0,242659

3 saat 0,220982 0,255076 0,211393 0,266646

27 saat 0,216434 0,249827 0,207043 0,261159

27 saat 0,236843 0,273384 0,226565 0,285785

27 saat 0,23965 0,276624 0,229251 0,289172

27 saat 0,213899 0,276624 0,204617 0,2581

SARAY Çeşidine Ait RBR Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 0,118257 0,109348 0,099029 0,130579

3 saat 0,119328 0,110338 0,099926 0,131761

3 saat 0,128158 0,118503 0,107321 0,141512

3 saat 0,110109 0,101813 0,092206 0,121582

27 saat 0,322194 0,297921 0,269807 0,355766

27 saat 0,343885 0,317978 0,287972 0,379718

27 saat 0,367547 0,339857 0,307786 0,405845

27 saat 0,301452 0,339857 0,252438 0,332863

TARSAN 1018 Çeşidine Ait RBR Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 7,3564 8,07801 7,185059 8,270646

3 saat 5,411393 5,942212 5,285354 6,083915

3 saat 6,79277 7,459092 6,634556 7,636968

3 saat 5,860403 6,435267 5,723906 6,588728

27 saat 2,086377 2,291036 2,037782 2,34567

27 saat 2,926142 3,213176 2,857988 3,2898

27 saat 2,743467 3,012581 2,679567 3,084422

27 saat 2,2253 3,012581 2,17347 2,501858

89

100 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin RBR hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT



hesaplanmıştır (Çizelge 4.14). Normalize edilmiş gen ekspresyonu verilerinin

ortalaması alınarak, elde edilen veriler ile her bir çeşit için 100 mM tuz stresi

uygulaması sonucunda zamana bağlı RBR gen ekspresyon düzeyindeki değişimleri

gösteren grafik çizilmiştir (Şekil 4.34).

Çizelge 4.14 100 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin RBR genine ait normalize


sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 100 mM NaCl 3. saat 0,378725647 0,011062894 ,0442516

3 TR- 3080 100 mM NaCl 3. saat 0,227987959 0,006764809 ,0270592

4 SARAY 100 mM NaCl 3. saat 0,114985706 0,003413808 ,0136552

5 TARSAN 1018 100 mM NaCl 3. saat 6,671542493 0,231316247 ,9252650

6 08-TR-003 100 mM NaCl 27. saat 0,035083118 0,001431934 ,0057277

7 TR- 3080 100 mM NaCl 27. saat 0,246561016 0,00718078 ,0287231

8 SARAY 100 mM NaCl 27. saat 0,326430331 0,010090802 ,0403632

9 TARSAN 1018 100 mM NaCl 27. saat 2,655076105 0,105083806 ,4203352

90

Şekil 4.34 100mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı RBR gen

ifade düzeyleri

100 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan RBR gen ifade



çeşitlerde Sig. (Anlamlılık) sütunundaki değerin ,00 olduğu görülmektedir (Çizelge

4.15, 4.17, 4.19, 4.21). Sig değeri 0,05’den küçük olması, 100 mM NaCl stresinde

zamana bağlı olarak RBR gen ekspresyonu seviyesinde meydana gelen değişikliğin

p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu ifade etmektedir.


ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı RBR geni ekspresyon


(Çizelge 4.16, 4.18, 4.20, 4.22).

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


08-TR-003 100 mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


TR-3080 100 mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2

Kontrol 3. saat 27. saatRB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


SARAY 100 mM NaCl

0

2

4

6

8


R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri



91

Çizelge 4.15 100 mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin RBR


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri (df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 7,654 2 3,827 5766,469 ,000

Gruplar içi ,030 45 ,001

Toplam 7,684 47



olduğunu ifade etmektedir. 3 Gruplar arası ifadesi ile anlatılmak istenen,

100 mM NaCl (0s, 3s, 27s) verilerinin kendi içinde




(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,6212744* ,0110629 ,000 ,591747 ,650802

3 ,9649169* ,0014319 ,000 ,961095 ,968739

2

(3 saat)

1 -,6212744* ,0110629 ,000 -,650802 -,591747

3 ,3436425* ,0111552 ,000 ,313979 ,373306

3

(27 saat)

1 -,9649169* ,0014319 ,000 -,968739 -,961095

2 -,3436425* ,0111552 ,000 -,373306 -,313979


Çizelge 4.17 100 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 6,208 2 3,104 5979,980 ,000


Toplam 6,231 47

92



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,7720120* ,0067648 ,000 ,753956 ,790068

3 ,7534390* ,0071808 ,000 ,734273 ,772605

2

(3 saat)

1 -,7720120* ,0067648 ,000 -,790068 -,753956

3 -,0185731 ,0098654 ,191 -,043462 ,006316

3

(27 saat)

1 -,7534390* ,0071808 ,000 -,772605 -,734273

2 ,0185731 ,0098654 ,191 -,006316 ,043462


Çizelge 4.19 100 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 6,835 2 3,418 5647,134 ,000


Toplam 6,863 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,8850143* ,0034138 ,000 ,875903 ,894126

3 ,6735697* ,0100908 ,000 ,646637 ,700503

2

(3 saat)

1 -,8850143* ,0034138 ,000 -,894126 -,875903

3 -,2114446* ,0106526 ,000 -,239285 -,183604

3

(27 saat)

1 -,6735697* ,0100908 ,000 -,700503 -,646637

2 ,2114446* ,0106526 ,000 ,183604 ,239285


93

Çizelge 4.21 100 mM NaCl stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin RBR


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 272,201 2 136,100 395,336 ,000

Gruplar içi 15,492 45 ,344

Toplam 287,693 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -5,6715425* ,2313162 ,000 -6,288937 -5,054148

3 -1,6550761* ,1050838 ,000 -1,935550 -1,374602

2

(3 saat)

1 5,6715425* ,2313162 ,000 5,054148 6,288937

3 4,0164664* ,2540666 ,000 3,359882 4,673051

3

(27 saat)

1 1,6550761* ,1050838 ,000 1,374602 1,935550

2 -4,0164664* ,2540666 ,000 -4,673051 -3,359882


94



Örnek Alım

Zamanı

08-TR-003 Çeşidine Ait MYC2 Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 0,309712 0,261159 0,271307 0,298127

3 saat 0,345079 0,290982 0,302289 0,332171

3 saat 0,366783 0,309283 0,321302 0,353064

3 saat 0,291385 0,245705 0,255253 0,280486

27 saat 0,624165 0,526316 0,546768 0,600818

27 saat 0,620284 0,523042 0,543367 0,597082

27 saat 0,481965 0,406408 0,4222 0,463937

27 saat 0,803294 0,406408 0,703684 0,773246

TR 3080 Çeşidine Ait MYC2 Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 1,005561 1,053361 0,961927 1,101142

3 saat 0,890076 0,932386 0,851454 0,97468

3 saat 1,033831 1,082975 0,988971 1,132099

3 saat 0,865737 0,90689 0,828171 0,948027

27 saat 0,646624 0,677362 0,618566 0,708088

27 saat 0,588453 0,616426 0,562919 0,644387

27 saat 0,715984 0,750019 0,684916 0,78404

27 saat 0,531448 0,750019 0,508387 0,581963

SARAY Çeşidine Ait MYC2 Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 3,810552 3,215404 3,190981 3,839717

3 saat 3,729546 3,14705 3,123146 3,758091

3 saat 4,129594 3,484617 3,458149 4,161201

3 saat 3,441411 2,903917 2,881859 3,46775

27 saat 3,351949 2,828427 2,806943 3,377604

27 saat 4,727246 3,988925 3,958627 4,763427

27 saat 3,823781 3,226567 3,202059 3,853048

27 saat 4,143931 3,226567 3,470155 4,175648

TARSAN 1018 Çeşidine Ait MYC2 Geni Normalize Edilmiş Ekspresyon Verileri

3 saat 8,362881 8,15113 8,168097 8,345509

3 saat 6,830542 6,65759 6,671448 6,816353

3 saat 7,722136 7,526609 7,542276 7,706095

3 saat 7,397306 7,210004 7,225012 7,38194

27 saat 0,23586 0,229888 0,230366 0,23537

27 saat 0,228458 0,222673 0,223137 0,227983

27 saat 0,310142 0,302289 0,302918 0,309498

27 saat 0,17374 0,302289 0,169693 0,173379

95

100 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin MYC2 hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT





uygulaması sonucunda zamana bağlı MYC2 gen ekspresyon düzeyindeki değişimleri



normalize edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata ve

standart sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 100 mM NaCl 3. saat 0,302130501 0,008834533 0,0353381

3 TR- 3080 100 mM NaCl 3. saat 0,972330397 0,022930469 0,0917219



6 08-TR-003 100 mM NaCl 27. saat 0,565186497 0,03028427 0,1211371

7 TR- 3080 100 mM NaCl 27. saat 0,648100362 0,02040015 0,0816006



96

Şekil 4.35 100mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı MYC2

gen ifade düzeyleri

100 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan MYC2 gen

ifade seviyelerinin istatistiksel olarak anlamlı olup olmadığı One Way ANOVA

(Dunnet) metodu kullanılarak tespit edilmiştir. ANOVA tablosunun çalışmada

kullanılan tüm çeşitlerde Sig. (Anlamlılık) sütunundaki değerin ,00 olduğu

görülmektedir (Çizelge 4.25, 4.27, 4.29, 4.31). Sig değeri 0,05’den küçük olması, 100

mM NaCl stresinde zamana bağlı olarak MYC2 gen ekspresyonu seviyesinde meydana

gelen değişikliğin p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu ifade

etmektedir.


ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı MYC2 geni ekspresyon


(Çizelge 4.26, 4.28, 4.30, 4.32).

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

D

üze

yle

ri


08-TR-003 100 mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

D

üze

yle

ri


TR-3080 100 mM NaCl

0

1

2

3

4

5


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

D

üze

yle

ri


SARAY 100 mM NaCl

0

2

4

6

8

10


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

D

üze

yle

ri



97

Çizelge 4.25 100 mM NaCl stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin MYC2


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 3,975 2 1,987 374,444 ,000


Toplam 4,214 47




100 mM tuz (0s, 3s, 27s) verilerinin kendi içinde




(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık


Üst Sınır

Alt Sınır

1

(kontrol)

2 ,6978695* ,0088345 ,000 ,674290 ,721449

3 ,4348135* ,0302843 ,000 ,353983 ,515644

2

(3 saat)

1 -,6978695* ,0088345 ,000 -,721449 -,674290

3 -,2630560* ,0315466 ,000 -,345876 -,180236

3

(27 saat)

1 -,4348135* ,0302843 ,000 -,515644 -,353983

2 ,2630560* ,0315466 ,000 ,180236 ,345876




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 1,225 2 ,613 121,938 ,000


Toplam 1,451 47

98



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,0276696 ,0229305 ,555 -,033533 ,088872

3 ,3518996* ,0204001 ,000 ,297451 ,406349

2

(3 saat)

1 -,0276696 ,0229305 ,555 -,088872 ,033533

3 ,3242300* ,0306916 ,000 ,246757 ,401703

3

(27 saat)

1 -,3518996* ,0204001 ,000 -,406349 -,297451

2 -,3242300* ,0306916 ,000 -,401703 -,246757


Çizelge 4.29 100 mM NaCl stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2 genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 71,504 2 35,752 209,683 ,000

Gruplar içi 7,673 45 ,171

Toplam 79,176 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -2,4839365* ,0989013 ,000 -2,747909 -2,219964

3 -2,6828065* ,1489565 ,000 -3,080379 -2,285234

2

(3 saat)

1 2,4839365* ,0989013 ,000 2,219964 2,747909

3 -,1988699 ,1788002 ,611 -,653675 ,255935

3

(27 saat)

1 2,6828065* ,1489565 ,000 2,285234 3,080379

2 ,1988699 ,1788002 ,611 -,255935 ,653675


99

Çizelge 4.31 100 mM NaCl stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin MYC2


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 506,708 2 253,354 2302,682 ,000


Toplam 511,660 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -6,4821830* ,1431041 ,000 -6,864135 -6,100231

3 ,7576449* ,0122894 ,000 ,724844 ,790446

2

(3 saat)

1 6,4821830* ,1431041 ,000 6,100231 6,864135

3 7,2398279* ,1436308 ,000 6,857108 7,622547

3

(27 saat)

1 -,7576449* ,0122894 ,000 -,790446 -,724844

2 -7,2398279* ,1436308 ,000 -7,622547 -6,857108


100

4.8.2 150 mM tuz (NaCl) stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel analizi



Örnek Alım

Zamanı


3 saat 25,8842 24,15082 22,67452 27,56948

3 saat 22,61174 21,0975 19,80784 24,08395

3 saat 25,03718 23,36051 21,93252 26,6673

3 saat 23,37671 21,81124 20,47796 24,89873

27 saat 0,859161 0,801625 0,752623 0,915099

27 saat 1,177723 1,098854 1,031683 1,254402

27 saat 1,070289 0,998615 0,937571 1,139973

27 saat 0,945402 0,882091 0,828171 1,006956


3 saat 20,90824 20,98083 20,001 21,93252

3 saat 18,13871 18,20168 17,35164 19,02731

3 saat 19,04051 19,10661 18,2143 19,97329

3 saat 19,91799 19,98714 19,05371 20,89376

27 saat 881,612 884,6727 843,3572 924,8015

27 saat 830,0187 832,9003 794,0026 870,6807

27 saat 867,0672 870,0774 829,4436 909,5442

27 saat 843,942 846,8719 807,3218 885,2861


3 saat 1,02669 1,220947 0,859756 1,458009

3 saat 1,155887 1,374589 0,967947 1,641483

3 saat 0,895646 1,065108 0,750019 1,271913

3 saat 1,325007 1,575708 1,109569 1,881652

27 saat 5,180172 6,160297 4,33791 7,3564

27 saat 4,853414 5,771715 4,064281 6,892369

27 saat 5,660777 6,731836 4,740371 8,038911

27 saat 4,441355 5,281691 3,71922 6,307201


3 saat 10,18236 13,68003 9,945197 14,00626

3 saat 12,02529 16,15602 11,74521 16,54129

3 saat 9,57983 12,87053 9,356701 13,17746

3 saat 12,78163 17,17216 12,48393 17,58167

27 saat 179,5199 241,1856 175,3386 246,9371

27 saat 151,3768 203,3752 147,851 208,2251

27 saat 236,0584 317,1453 230,5603 324,7082

27 saat 115,1204 154,6647 112,4391 158,353

101

150 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin E2F hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT





uygulaması sonucunda zamana bağlı E2F gen ekspresyon düzeyindeki değişimleri


Çizelge 4.34 150 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin E2F genine ait normalize


sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 150 mM NaCl 3. saat 23,46513722 0,550348607 2,2013944

3 TR- 3080 150 mM NaCl 3. saat 19,545578 0,312818037 1,2512721



6 08-TR-003 150 mM NaCl 27. saat 0,981264903 0,035587142 0,1423486

7 TR- 3080 150 mM NaCl 27. saat 857,6000017 8,885217771 35,5408711



102

Şekil 4.36 150mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı E2F gen

ifade düzeyleri

150 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan E2F gen ifade





zamana bağlı olarak E2F gen ekspresyonu seviyesinde meydana gelen değişikliğin



ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı E2F geni ekspresyon


(Çizelge 4.36, 4.38, 4.40, 4.42).

0

5

10

15

20

25

30

Kontrol 3. saat 27. saatE2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


08-TR-003 150 mM NaCl

0

200

400

600

800

1000


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


TR-3080 150 mM NaCl

0

2

4

6

8


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


SARAY 150 mM NaCl

0

50

100

150

200

250


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri



103



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 5387,772 2 2693,886 1660,705 ,000

Gruplar içi 72,996 45 1,622

Toplam 5460,768 47




100 mM Tuz (0s, 3s, 27s) verilerinin kendi içinde



ait Post Hoc Testi Verileri

(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -22,4651372* ,5503486 ,000 -23,934045 -20,996230

3 ,0187351 ,0355871 ,934 -,076249 ,113719

2

(3 saat)

1 22,4651372* ,5503486 ,000 20,996230 23,934045

3 22,4838723* ,5514980 ,000 21,013296 23,954448

3

(27 saat)

1 -,0187351 ,0355871 ,934 -,113719 ,076249

2 -22,4838723* ,5514980 ,000 -23,954448 -21,013296


Çizelge 4.37 150 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar

arası

7661027,833 2 3830513,916 9086,240 ,000

Gruplar içi 18970,788 45 421,573

Toplam 7679998,621 47

104

Çizelge 4.38 150 mM NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine


(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -18,5455780* ,3128180 ,000 -19,380505 -17,710651

3 -8,5660000E+02 8,8852178 ,000 -880,315085 -832,884919

2

(3 saat)

1 18,5455780* ,3128180 ,000 17,710651 19,380505

3 -8,3805442E+02 8,8907227 ,000 -861,777470 -814,331377

3

(27 saat)

1 856,6000018* 8,8852178 ,000 832,884919 880,315085

2 838,0544238* 8,8907227 ,000 814,331377 861,777470




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 214,891 2 107,445 195,992 ,000

Gruplar içi 24,670 45 ,548

Toplam 239,560 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -,2237457* ,0772729 ,032 -,429991 -,017501

3 -4,5961200* ,3111573 ,000 -5,426614 -3,765626

2

(3 saat)

1 ,2237457* ,0772729 ,032 ,017501 ,429991

3 -4,3723744* ,3206087 ,000 -5,217454 -3,527295

3

(27 saat)

1 4,5961200* ,3111573 ,000 3,765626 5,426614

2 4,3723744* ,3206087 ,000 3,527295 5,217454


105



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 399060,546 2 199530,273 148,738 ,000

Gruplar içi 60367,145 45 1341,492

Toplam 459427,691 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -12,0803484* ,6689560 ,000 -13,865825 -10,294872

3 -1,9917866E+02 15,8455757 ,000 -241,471281 -156,886041

2

(3 saat)

1 12,0803484* ,6689560 ,000 10,294872 13,865825

3 -1,8709831E+02 15,8596902 ,000 -229,411365 -144,785260

3

(27 saat)

1 199,1786610* 15,8455757 ,000 156,886041 241,471281

2 187,0983126* 15,8596902 ,000 144,785260 229,411365


106



Örnek

Alım

Zamanı


3 saat 3,605002 3,356599 3,157976 3,831741

3 saat 3,123146 2,907945 2,735871 3,319578

3 saat 3,487033 3,246758 3,054635 3,706352

3 saat 3,228804 3,006323 2,828427 3,431882

27 saat 0,328508 0,305872 0,287772 0,34917

27 saat 0,469111 0,436786 0,41094 0,498616

27 saat 0,409235 0,381036 0,358489 0,434974

27 saat 0,376573 0,350625 0,329877 0,400257


3 saat 4,334904 5,003716 4,146804 5,230685

3 saat 4,260433 4,917755 4,075565 5,140825

3 saat 3,947666 4,556734 3,77637 4,763427

3 saat 4,678351 5,400152 4,475348 5,645103

27 saat 12,9421 14,93888 12,38052 15,61651

27 saat 14,12325 16,30226 13,51041 17,04173

27 saat 12,72858 14,69242 12,17627 15,35887

27 saat 14,36016 16,57572 13,73705 17,3276


3 saat 0,132311 0,122343 0,110798 0,146097

3 saat 0,112189 0,103737 0,093948 0,123879

3 saat 0,115423 0,106727 0,096656 0,12745

3 saat 0,128603 0,118915 0,107693 0,142004

27 saat 0,031467 0,029097 0,026351 0,034746

27 saat 0,031207 0,028856 0,026133 0,034458

27 saat 0,034387 0,031796 0,028796 0,03797

27 saat 0,028557 0,026406 0,023914 0,031533


3 saat 1,427015 1,566994 1,393777 1,604362

3 saat 1,580083 1,735077 1,54328 1,776454

3 saat 1,342573 1,474269 1,311302 1,509426

3 saat 1,679463 1,844206 1,640346 1,888185

27 saat 5,296356 5,81589 5,172996 5,954581

27 saat 6,940309 7,621104 6,778659 7,802844

27 saat 6,964405 7,647563 6,802193 7,829933

27 saat 5,278032 5,795769 5,155099 5,93398

107

150 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin RBR hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT







Çizelge 4.44 150 mM Tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin RBR genine ait normalize


sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 150 mM NaCl 3. saat 3,251754487 0,077988982 0,3119559

3 TR- 3080 150 mM NaCl 3. saat 4,647114972 0,136493935 0,5459757



6 08-TR-003 150 mM NaCl 27. saat 0,382989987 0,014689857 0,0587594

7 TR- 3080 150 mM NaCl 27. saat 14,61327073 0,414331095 1,6573244



108

Şekil 4.37 150mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı RBR gen

ifade düzeyleri

150 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan RBR gen ifade








ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı RBR geni ekspresyon


(Çizelge 4.46, 4.48, 4.50, 4.52).

0

1

2

3

4


R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri

Örnek Alım Zamanları

08-TR-003 150 mM NaCl

0

5

10

15

20


RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


TR-3080 150 mM NaCl

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


RB

R G

en

leri

nin

İfad

e D

üze

yle

ri


SARAY 150 mM NaCl

0

2

4

6

8


R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri



109



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 72,965 2 36,482 1086,119 ,000


Toplam 74,476 47




100 mM NaCl (0s, 3s, 27s) verilerinin kendi içinde




(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -2,2517545* ,0779890 ,000 -2,459911 -2,043598

3 ,6170100* ,0146899 ,000 ,577802 ,656218

2

(3 saat)

1 2,2517545* ,0779890 ,000 2,043598 2,459911

3 2,8687645* ,0793604 ,000 2,658546 3,078983

3

(27 saat)

1 -,6170100* ,0146899 ,000 -,656218 -,577802

2 -2,8687645* ,0793604 ,000 -3,078983 -2,658546




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 1589,050 2 794,525 782,831 ,000

Gruplar içi 45,672 45 1,015

Toplam 1634,722 47

110



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -3,6471150* ,1364939 ,000 -4,011424 -3,282806

3 -13,6132707* ,4143311 ,000 -14,719141 -12,507401

2

(3 saat)

1 3,6471150* ,1364939 ,000 3,282806 4,011424

3 -9,9661558* ,4362349 ,000 -11,107252 -8,825059

3

(27 saat)

1 13,6132707* ,4143311 ,000 12,507401 14,719141

2 9,9661558* ,4362349 ,000 8,825059 11,107252




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 3 9,204 2 4,602 57433,583 ,000


Toplam 9,208 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,8819518* ,0037580 ,000 ,871921 ,891982

3 ,9696454* ,0009492 ,000 ,967112 ,972179

2

(3 saat)

1 -,8819518* ,0037580 ,000 -,891982 -,871921

3 ,0876936* ,0038761 ,000 ,077481 ,097906

3

(27 saat)

1 -,9696454* ,0009492 ,000 -,972179 -,967112

2 -,0876936* ,0038761 ,000 -,097906 -,077481


111



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 283,777 2 141,889 423,797 ,000

Gruplar içi 15,066 45 ,335

Toplam 298,843 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -,5823007* ,0430987 ,000 -,697333 -,467268

3 -5,4243569* ,2468159 ,000 -6,083121 -4,765593

2

(3 saat)

1 ,5823007* ,0430987 ,000 ,467268 ,697333

3 -4,8420562* ,2505506 ,000 -5,506405 -4,177708

3

(27 saat)

1 5,4243569* ,2468159 ,000 4,765593 6,083121

2 4,8420562* ,2505506 ,000 4,177708 5,506405


112



Örnek

Alım

Zamanı


3 saat 0,130038 0,109652 0,113913 0,125173

3 saat 0,144586 0,121919 0,126657 0,139178

3 saat 0,125782 0,106063 0,110185 0,121077

3 saat 0,149477 0,126044 0,130942 0,143886

27 saat 0,104241 0,0879 0,091315 0,100342

27 saat 0,14896 0,125608 0,130489 0,143388

27 saat 0,129857 0,1095 0,113755 0,125

27 saat 0,119576 0,10083 0,104748 0,115103


3 saat 3,711494 3,887924 3,550445 4,064281

3 saat 3,617518 3,78948 3,460547 3,961371

3 saat 3,379946 3,540615 3,233283 3,701218

3 saat 3,97237 4,161201 3,800002 4,349954

27 saat 1,606588 1,682959 1,536875 1,759298

27 saat 1,586668 1,662092 1,517819 1,737484

27 saat 1,580083 1,655194 1,51152 1,730273

27 saat 1,613284 1,689973 1,54328 1,76663


3 saat 19,34649 16,32487 16,20088 19,49456

3 saat 20,96629 17,69169 17,55731 21,12677

3 saat 16,87716 14,24121 14,13304 17,00633

3 saat 24,03392 20,2802 20,12616 24,21787

27 saat 8,633826 7,285359 7,230022 8,699907

27 saat 10,33166 8,718017 8,651798 10,41073

27 saat 9,434853 7,961278 7,900807 9,507065

27 saat 9,454492 7,97785 7,917253 9,526855


3 saat 11,87619 11,57548 11,59957 11,85152

3 saat 8,450285 8,236321 8,253465 8,432731

3 saat 11,17343 10,89051 10,91318 11,15022

3 saat 8,981771 8,75435 8,772573 8,963114

27 saat 0,789494 0,769504 0,771105 0,787854

27 saat 0,82645 0,805524 0,807201 0,824734

27 saat 1,038139 1,011853 1,013959 1,035983

27 saat 0,628507 0,612593 0,613868 0,627201

113

150 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin MYC2 hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT








normalize edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata ve

standart sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 150 mM NaCl 3. saat 0,126535832 0,003246362 0,0129854

3 TR- 3080 150 mM NaCl 3. saat 3,761352984 0,074603016 0,2984121



6 08-TR-003 150 mM NaCl 27. saat 0,115663372 0,004382718 0,0175309

7 TR- 3080 150 mM NaCl 27. saat 1,636251216 0,021645417 0,0865817



114

Şekil 4.38 150mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı MYC2


150 mM tuz (NaCl) stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan MYC2 gen

ifade seviyelerinin istatistiksel olarak anlamlı olup olmadığı One Way ANOVA

(Dunnet) metodu kullanılarak tespit edilmiştir. ANOVA tablosunun çalışmada

kullanılan tüm çeşitlerde Sig. (Anlamlılık) sütunundaki değerin ,00 olduğu

görülmektedir (Çizelge 4.55, 4.57, 4.59, 4.61). Sig değeri 0,05’den küçük olması, 150

mM NaCl stresinde zamana bağlı olarak MYC2 gen ekspresyonu seviyesinde meydana

gelen değişikliğin p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu ifade

etmektedir.




(Çizelge 4.56, 4.58, 4.60, 4.62).

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

D

üze

yle

ri


08-TR-003 150 mM NaCl

0

1

2

3

4

5


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

D

üze

yle

ri


TR-3080 150 mM NaCl

0

5

10

15

20

25


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

D

üze

yle

ri


SARAY 150 mM NaCl

0

2

4

6

8

10

12


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri



115



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 8,241 2 4,120 25970,761 ,000


Toplam 8,248 47




150 mM Tuz (0s, 3s, 27s) verilerinin kendi içinde




(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,8734642* ,0032464 ,000 ,864799 ,882129

3 ,8843366* ,0043827 ,000 ,872639 ,896034

2

(3 saat)

1 -,8734642* ,0032464 ,000 -,882129 -,864799

3 ,0108725 ,0054541 ,156 -,002950 ,024695

3

(27 saat)

1 -,8843366* ,0043827 ,000 -,896034 -,872639

2 -,0108725 ,0054541 ,156 -,024695 ,002950




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 66,912 2 33,456 1039,581 ,000


Toplam 68,360 47

116



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -

2,7613530*

,0746030 ,000 -2,960472 -2,562234

3 -,6362512* ,0216454 ,000 -,694024 -,578479

2

(3 saat)

1 2,7613530* ,0746030 ,000 2,562234 2,960472

3 2,1251018* ,0776797 ,000 1,921136 2,329068

3

(27 saat)

1 ,6362512* ,0216454 ,000 ,578479 ,694024

2 -

2,1251018*

,0776797 ,000 -2,329068 -1,921136




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 2527,601 2 1263,800 376,283 ,000

Gruplar içi 151,139 45 3,359

Toplam 2678,740 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -17,7265472* ,7545149 ,000 -19,740385 -15,712710

3 -7,7276109* ,2458719 ,000 -8,383855 -7,071367

2

(3 saat)

1 17,7265472* ,7545149 ,000 15,712710 19,740385

3 9,9989363* ,7935652 ,000 7,922416 12,075456

3

(27 saat)

1 7,7276109* ,2458719 ,000 7,071367 8,383855

2 -9,9989363* ,7935652 ,000 -12,075456 -7,922416


117



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 881,082 2 440,541 603,706 ,000

Gruplar içi 32,838 45 ,730

Toplam 913,919 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -8,9921695* ,3680120 ,000 -9,974412 -8,009927

3 ,1897519* ,0372956 ,000 ,090208 ,289296

2

(3 saat)

1 8,9921695* ,3680120 ,000 8,009927 9,974412

3 9,1819215* ,3698971 ,000 8,196923 10,166920

3

(27 saat)

1 -,1897519* ,0372956 ,000 -,289296 -,090208

2 -9,1819215* ,3698971 ,000 -10,166920 -8,196923


118

4.8.3 100 mM PEG stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel analizi



Örnek Alım

Zamanı


3 saat 1,447938 1,350974 1,268391 1,542211

3 saat 1,597704 1,49071 1,399586 1,701727

3 saat 1,680628 1,568081 1,472227 1,79005

3 saat 1,376496 1,284316 1,205808 1,466117

27 saat 0,369079 0,344363 0,323312 0,393109

27 saat 0,387428 0,361483 0,339386 0,412653

27 saat 0,393381 0,367038 0,344601 0,418994

27 saat 0,363493 0,339151 0,318419 0,38716


3 saat 138,237 138,7169 132,2386 145,0091

3 saat 157,3682 157,9145 150,5397 165,0775

3 saat 166,4563 167,0342 159,2335 174,6109

3 saat 130,6896 131,1433 125,0187 137,0919

27 saat 12,05032 12,09216 11,52744 12,64066

27 saat 10,67379 10,71084 10,21063 11,19669

27 saat 11,95051 11,992 11,43195 12,53595

27 saat 10,76294 10,8003 10,29591 11,29021


3 saat 75,95116 90,32165 63,60199 107,8588

3 saat 118,5211 140,9461 99,25033 168,3127

3 saat 88,21793 104,9094 73,87427 125,2789

3 saat 102,0406 121,3475 85,44949 144,9087

27 saat 0,904379 1,075494 0,757333 1,284316

27 saat 0,765779 0,91067 0,641268 1,087488

27 saat 0,958599 1,139973 0,802737 1,361314

27 saat 0,722465 0,859161 0,604997 1,025978


3 saat 52,0202 69,88931 50,80857 71,55596

3 saat 89,38743 120,0923 87,30546 122,9561

3 saat 54,56863 73,31315 53,29765 75,06144

3 saat 85,2129 114,4838 83,22817 117,2139

27 saat 3,861068 5,187358 3,771138 5,311061

27 saat 4,055838 5,449032 3,961371 5,578975

27 saat 3,041958 4,08688 2,971106 4,18434

27 saat 5,147957 6,916298 5,028053 7,08123

119

100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin E2F hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT




ortalaması alınarak, elde edilen veriler ile her bir çeşit için 100 mM PEG stresi





sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 100 mM PEG 3. saat 1,477685215 0,041049635 0,1641985

3 TR- 3080 100 mM PEG 3. saat 148,5237538 3,919406261 15,6776250

4 SARAY 100 mM PEG 3. saat 106,9244106 7,115450752 28,4618030

5 TARSAN 1018 100 mM PEG 3. saat 82,52469146 6,238705533 24,9548221

6 08-TR-003 100 mM PEG 27. saat 0,366440551 0,007597101 0,0303884

7 TR- 3080 100 mM PEG 27. saat 11,38514384 0,192068734 0,7682749

8 SARAY 100 mM PEG 27. saat 0,931372101 0,054875662 0,2195026


120

Şekil 4.39 100mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı E2F gen

ifade düzeyleri

100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan E2F gen ifade




4.65, 4.67, 4.69, 4.71). Sig değeri 0,05’den küçük olması, 100 mM PEG stresinde



100 mM PEG stresi uygulanan grupların tek yönlü varyans analizi (One Way ANOVA

Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı E2F geni ekspresyon seviyesinde

meydana gelen değişikliklerin anlamlılık dereceleri karşılaştırılmıştır (Çizelge 4.66,

4.68, 4.70, 4.72).

0

0.5

1

1.5

2


Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


08-TR-003 100mM PEG

0

50

100

150

200


Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


TR-3080 100 mM PEG

0

20

40

60

80

100


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri



0

20

40

60

80

100

120


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


SARAY 100mM PEG

121

Çizelge 4.65 100 mM PEG stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 9,944 2 4,972 534,903 ,000


Toplam 10,362 47




100 mM PEG (0s, 3s, 27s) verilerinin kendi içinde




(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -,4776852* ,0410496 ,000 -,587249 -,368122

3 ,6335594* ,0075971 ,000 ,613282 ,653836

2

(3 saat)

1 ,4776852* ,0410496 ,000 ,368122 ,587249

3 1,1112447* ,0417467 ,000 1,000635 1,221855

3

(27 saat)

1 -,6335594* ,0075971 ,000 -,653836 -,613282

2 -1,1112447* ,0417467 ,000 -1,221855 -1,000635


Çizelge 4.67 100 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 216949,907 2 108474,953 1320,835 ,000

Gruplar içi 3695,673 45 82,126

Toplam 220645,579 47

122


ait Post Hoc Testi Verileri

(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol

)

2 -1,4752375E+02 3,9194063 ,000 -157,984842 -137,062666

3 -10,3851438* ,1920687 ,000 -10,897785 -9,872503

2

(3 saat)

1 147,5237538* 3,9194063 ,000 137,062666 157,984842

3 137,1386099* 3,9241096 ,000 126,670709 147,606511

3

(27 saat)

1 10,3851438* ,1920687 ,000 9,872503 10,897785

2 -1,3713861E+02 3,9241096 ,000 -147,606511 -126,670709


Çizelge 4.69 100 mM PEG stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 119757,385 2 59878,692 221,739 ,000

Gruplar içi 12151,836 45 270,041

Toplam 131909,221 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -1,0592441E+02 7,1154508 ,000 -124,915898 -86,932923

3 ,0686279 ,0548757 ,527 -,077838 ,215094

2

(3 saat)

1 105,9244106* 7,1154508 ,000 86,932923 124,915898

3 105,9930385* 7,1156624 ,000 87,001245 124,984832

3

(27 saat)

1 -6,8627899E-02 ,0548757 ,527 -,215094 ,077838

2 -1,0599304E+02 7,1156624 ,000 -124,984832 -87,001245


123

Çizelge 4.71 100 mM PEG stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin E2F


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 67800,700 2 33900,350 162,932 ,000

Gruplar içi 9362,878 45 208,064

Toplam 77163,578 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -81,5246915* 6,2387055 ,000 -98,176103 -64,873280

3 -3,7271039* ,3009044 ,000 -4,530233 -2,923975

2

(3 saat)

1 81,5246915* 6,2387055 ,000 64,873280 98,176103

3 77,7975875* 6,2459579 ,000 61,135671 94,459504

3

(27 saat)

1 3,7271039* ,3009044 ,000 2,923975 4,530233

2 -77,7975875* 6,2459579 ,000 -94,459504 -61,135671


124



Örnek

Alım

Zamanı


3 saat 0,01503 0,013994 0,013166 0,015975

3 saat 0,014408 0,013415 0,012621 0,015314

3 saat 0,017446 0,016243 0,015282 0,018543

3 saat 0,012413 0,011558 0,010874 0,013194

27 saat 0,408951 0,380772 0,35824 0,434672

27 saat 0,57995 0,539988 0,508035 0,616426

27 saat 0,435879 0,405845 0,381829 0,463294

27 saat 0,544121 0,506628 0,476649 0,578344


3 saat 1,51152 1,744725 1,445932 1,823866

3 saat 1,555092 1,79502 1,487614 1,876442

3 saat 1,820078 2,100889 1,741101 2,196186

3 saat 1,291457 1,49071 1,235419 1,558329

27 saat 5,641192 6,511545 5,39641 6,80691

27 saat 5,080604 5,864467 4,860147 6,13048

27 saat 5,594464 6,457609 5,35171 6,750526

27 saat 5,123039 5,91345 4,900741 6,181684


3 saat 0,189596 0,175312 0,158769 0,209352

3 saat 0,224222 0,20733 0,187765 0,247586

3 saat 0,220217 0,203627 0,184411 0,243164

3 saat 0,193044 0,1785 0,161656 0,213159

27 saat 0,112578 0,104097 0,094274 0,124309

27 saat 0,118668 0,109728 0,099373 0,131033

27 saat 0,119328 0,110338 0,099926 0,131761

27 saat 0,111956 0,103521 0,093752 0,123621


3 saat 0,254899 0,279903 0,248962 0,286578

3 saat 0,231487 0,254194 0,226095 0,260255

3 saat 0,267387 0,293615 0,261159 0,300617

3 saat 0,220676 0,242322 0,215536 0,248101

27 saat 4,756828 5,223439 4,646035 5,348002

27 saat 3,680751 4,041806 3,595021 4,13819

27 saat 3,747686 4,115307 3,660397 4,213444

27 saat 4,67187 5,130146 4,563055 5,252485

125

100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin RBR hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT









sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 100 mM PEG 3. saat 0,014342307 0,00052445 0,0020978

3 TR- 3080 100 mM PEG 3. saat 1,667148832 0,066959379 0,2678375

4 SARAY 100 mM PEG 3. saat 0,199856875 0,006532423 0,0261297


6 08-TR-003 100 mM PEG 27. saat 0,4762266 0,02004147 0,0801659

7 TR- 3080 100 mM PEG 27. saat 5,78531123 0,161034386 0,6441375

8 SARAY 100 mM PEG 27. saat 0,111766419 0,003049338 0,0121974


126

Şekil 4.40 100mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı RBR gen

ifade düzeyleri

100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan RBR gen ifade








Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı RBR geni ekspresyon seviyesinde


4.78, 4.80, 4.82).

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


08-TR-003 100 mM PEG

0

2

4

6

8


RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


TR-3080 100 mM PEG

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


SARAY 100 mM PEG

0

1

2

3

4

5


RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri



127



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 7,782 2 3,891 1815,212 ,000


Toplam 7,879 47








(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,9856577* ,0005245 ,000 ,984258 ,987057

3 ,5237734* ,0200415 ,000 ,470282 ,577265

2

(3 saat)

1 -,9856577* ,0005245 ,000 -,987057 -,984258

3 -,4618843* ,0200483 ,000 -,515386 -,408383

3

(27 saat)

1 -,5237734* ,0200415 ,000 -,577265 -,470282

2 ,4618843* ,0200483 ,000 ,408383 ,515386


Çizelge 4.77 100 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 214,952 2 107,476 662,547 ,000


Toplam 222,252 47

128



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -,6671488* ,0669594 ,000 -,845867 -,488431

3 -4,7853112* ,1610344 ,000 -5,215120 -4,355503

2

(3 saat)

1 ,6671488* ,0669594 ,000 ,488431 ,845867

3 -4,1181624* ,1744008 ,000 -4,570511 -3,665814

3

(27 saat)

1 4,7853112* ,1610344 ,000 4,355503 5,215120

2 4,1181624* ,1744008 ,000 3,665814 4,570511


Çizelge 4.79 100 mM PEG stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 7,664 2 3,832 13824,512 ,000


Toplam 7,676 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,8001431* ,0065324 ,000 ,782708 ,817578

3 ,8882336* ,0030493 ,000 ,880095 ,896372

2

(3 saat)

1 -,8001431* ,0065324 ,000 -,817578 -,782708

3 ,0880905* ,0072091 ,000 ,069481 ,106699

3

(27 saat)

1 -,8882336* ,0030493 ,000 -,896372 -,880095

2 -,0880905* ,0072091 ,000 -,106699 -,069481


129

Çizelge 4.81 100 mM PEG stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin RBR


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 158,147 2 79,073 638,143 ,000


Toplam 163,723 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,7442633* ,0063800 ,000 ,727235 ,761292

3 -3,4240288* ,1522917 ,000 -3,830503 -3,017555

2

(3 saat)

1 -,7442633* ,0063800 ,000 -,761292 -,727235

3 -4,1682921* ,1524253 ,000 -4,574960 -3,761625

3

(27 saat)

1 3,4240288* ,1522917 ,000 3,017555 3,830503

2 4,1682921* ,1524253 ,000 3,761625 4,574960


130

Çizelge 4.83 100 mM PEG stresi uygulanmış örneklerin MYC2 genine ait normalize


Örnek

Alım

Zamanı


3 saat 0,082298 0,069396 0,072093 0,07922

3 saat 0,093493 0,078836 0,0819 0,089996

3 saat 0,095524 0,080548 0,083678 0,09195

3 saat 0,080548 0,067921 0,07056 0,077535

27 saat 71,45683 60,25462 62,59606 68,78395

27 saat 69,98627 59,0146 61,30785 67,36839

27 saat 76,16203 64,22219 66,71781 73,31315

27 saat 65,6626 55,36875 57,52033 63,20646


3 saat 0,110261 0,115503 0,105477 0,120742

3 saat 0,138408 0,144987 0,132402 0,151564

3 saat 0,13277 0,139081 0,127009 0,14539

3 saat 0,114944 0,120408 0,109956 0,125869

27 saat 564,9581 591,814 540,4435 618,6587

27 saat 488,766 512 467,5575 535,2244

27 saat 560,2784 586,9118 535,9669 613,5342

27 saat 492,8484 516,2765 471,4628 539,6948


3 saat 0,153148 0,129229 0,128247 0,15432

3 saat 0,156909 0,132402 0,131397 0,15811

3 saat 0,177883 0,1501 0,14896 0,179244

3 saat 0,135091 0,113992 0,113126 0,136125

27 saat 491,1432 414,4344 411,2865 494,9023

27 saat 508,4634 429,0494 425,7905 512,355

27 saat 520,5886 439,2809 435,9443 524,5731

27 saat 479,7038 404,7816 401,7071 483,3753


3 saat 0,144286 0,140632 0,140925 0,143986

3 saat 0,144386 0,14073 0,141023 0,144086

3 saat 0,151354 0,147522 0,147829 0,15104

3 saat 0,137643 0,134158 0,134437 0,137357

27 saat 32,20025 31,38493 31,45026 32,13336

27 saat 30,63269 29,85706 29,91921 30,56905

27 saat 25,36909 24,72674 24,77821 25,31639

27 saat 38,88118 37,89669 37,97558 38,80041

131

100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin MYC2 hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT







Çizelge 4.84 100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin MYC2 genine ait normalize


sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 100 mM PEG 3. saat 0,08096854 0,002132868 0,0085315

3 TR- 3080 100 mM PEG 3. saat 0,127173262 0,003534699 0,0141388

4 SARAY 100 mM PEG 3. saat 0,143642706 0,004899291 0,0195972


6 08-TR-003 100 mM PEG 27. saat 65,1838678 1,462463841 5,8498554

7 TR- 3080 100 mM PEG 27. saat 539,7747386 11,84849453 47,3939781

8 SARAY 100 mM PEG 27. saat 461,0862195 11,19277978 44,7711191


132

Şekil 4.41 100mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı MYC2


100 mM PEG stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan MYC2 gen ifade





zamana bağlı olarak MYC2 gen ekspresyonu seviyesinde meydana gelen değişikliğin



Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı MYC2 geni ekspresyon seviyesinde


4.88, 4.90, 4.92).

0

20

40

60

80


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

dü

zeyl

eri


08-TR-003 100mM PEG

0

100

200

300

400

500

600

Kontrol 3. saat 27. saatMY

C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


TR-3080 100 mM PEG

0

100

200

300

400

500


C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


SARAY 100 mM PEG

0

10

20

30

40


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri



133



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 44580,272 2 22290,136 1954,082 ,000

Gruplar içi 513,313 45 11,407

Toplam 45093,585 47








(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,9190315* ,0021329 ,000 ,913339 ,924724

3 -64,1838678* 1,4624638 ,000 -68,087256 -60,280480

2

(3 saat)

1 -,9190315* ,0021329 ,000 -,924724 -,913339

3 -65,1028993* 1,4624654 ,000 -69,006289 -61,199509

3

(27 saat)

1 64,1838678* 1,4624638 ,000 60,280480 68,087256

2 65,1028993* 1,4624654 ,000 61,199509 69,006289


Çizelge 4.87 100 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin MYC2 genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 3101325,203 2 1550662,601 2071,058 ,000

Gruplar içi 33692,840 45 748,730

Toplam 3135018,043 47

134

Çizelge 4.88 100 mM PEG stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin MYC2 genine


(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,8728267* ,0035347 ,000 ,863392 ,882261

3 -5,3877474E+02 11,8484945 ,000 -570,398953 -507,150525

2

(3 saat)

1 -,8728267* ,0035347 ,000 -,882261 -,863392

3 -5,3964757E+02 11,8484951 ,000 -571,271780 -508,023351

3

(27 saat)

1 538,7747386* 11,8484945 ,000 507,150525 570,398953

2 539,6475653* 11,8484951 ,000 508,023351 571,271780


Çizelge 4.89 100 mM PEG stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2 genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 2262123,317 2 1131061,658 1692,823 ,000

Gruplar içi 30066,802 45 668,151

Toplam 2292190,119 47

Çizelge 4.90 100 mM PEG stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2 genine


(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,8563573* ,0048993 ,000 ,843281 ,869434

3 -4,6008622E+02 11,1927798 ,000 -489,960299 -430,212140

2

(3 saat)

1 -,8563573* ,0048993 ,000 -,869434 -,843281

3 -4,6094258E+02 11,1927809 ,000 -490,816658 -431,068496

3

(27 saat)

1 460,0862195* 11,1927798 ,000 430,212140 489,960299

2 460,9425768* 11,1927809 ,000 431,068496 490,816658


135

Çizelge 4.91 100 mM PEG stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin MYC2


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 10122,671 2 5061,335 624,069 ,000

Gruplar içi 364,960 45 8,110

Toplam 10487,631 47

Çizelge 4.92 100 mM PEG stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin MYC2


(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,8574130* ,0013106 ,000 ,853915 ,860911

3 -30,3681932* 1,2331522 ,000 -33,659537 -27,076849

2

(3 saat)

1 -,8574130* ,0013106 ,000 -,860911 -,853915

3 -31,2256062* 1,2331529 ,000 -34,516951 -27,934261

3

(27 saat)

1 30,3681932* 1,2331522 ,000 27,076849 33,659537

2 31,2256062* 1,2331529 ,000 27,934261 34,516951


136

4.8.4 150 mM PEG stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel analizi



Örnek

Alım

Zamanı


3 saat 4,284123 3,997228 3,752885 4,563055

3 saat 3,874473 3,615011 3,394032 4,126733

3 saat 4,310933 4,022242 3,77637 4,59161

3 saat 3,850378 3,592529 3,372924 4,101069

27 saat 0,597082 0,557097 0,523042 0,635957

27 saat 0,602904 0,562529 0,528143 0,642158

27 saat 0,571173 0,532923 0,500347 0,608361

27 saat 0,630252 0,588046 0,552099 0,671286


3 saat 18,76536 18,83051 17,9511 19,68466

3 saat 18,16387 18,22693 17,37571 19,05371

3 saat 18,66159 18,72638 17,85183 19,57581

3 saat 18,26488 18,32829 17,47233 19,15966

27 saat 0,128603 0,12905 0,123023 0,134904

27 saat 0,100342 0,100691 0,095988 0,105258

27 saat 0,141023 0,141512 0,134904 0,147931

27 saat 0,091505 0,091823 0,087535 0,095988


3 saat 151,5868 180,2681 126,9397 215,2695

3 saat 240,5178 286,0255 201,4112 341,5611

3 saat 178,7749 212,6003 149,7072 253,8795

3 saat 203,9399 242,5267 170,7806 289,6165

27 saat 2,205338 2,622604 1,846765 3,131817

27 saat 1,214195 1,443929 1,016775 1,724287

27 saat 2,049114 2,436821 1,715941 2,909961

27 saat 1,306765 1,554015 1,094294 1,855747


3 saat 387,4859 520,5886 378,4608 533,0031

3 saat 355,0799 477,0511 346,8096 488,4273

3 saat 269,4736 362,0387 263,1971 370,6722

3 saat 510,5824 685,9692 498,6902 702,3274

27 saat 5,767715 7,748946 5,633377 7,933734

27 saat 6,016815 8,083612 5,876675 8,276381

27 saat 5,216203 7,007987 5,09471 7,175105

27 saat 6,652977 8,938297 6,498019 9,151448

137

150 mM PEG stresi uygulanan örneklerin E2F hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT









sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 150 mM PEG 3. saat 3,951599637 0,09259287 0,3703715

3 TR- 3080 150 mM PEG 3. saat 18,50578793 0,169224686 0,6768987

4 SARAY 150 mM PEG 3. saat 215,3378283 14,48769148 57,9507659


6 08-TR-003 150 mM PEG 27. saat 0,581462414 0,012193699 0,0487748

7 TR- 3080 150 mM PEG 27. saat 0,115629985 0,005314393 0,0212576

8 SARAY 150 mM PEG 27. saat 1,883022941 0,159521949 0,6380878


138

Şekil 4.42 150mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı E2F gen

ifade düzeyleri









Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı E2F geni ekspresyon seviyesinde


4.98, 4.100, 4.102).

0

1

2

3

4

5


Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


08-TR-003 150 mM PEG

0

5

10

15

20


Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


TR-3080 150 mM PEG

0

50

100

150

200

250


E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


SARAY 150 mM PEG

0

100

200

300

400

500

600


Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri



139



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 107,973 2 53,987 1160,551 ,000


Toplam 110,066 47








(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -2,9515996* ,0925929 ,000 -3,198735 -2,704465

3 ,4185376* ,0121937 ,000 ,385992 ,451083

2

(3 saat)

1 2,9515996* ,0925929 ,000 2,704465 3,198735

3 3,3701372* ,0933923 ,000 3,121824 3,618451

3

(27 saat)

1 -,4185376* ,0121937 ,000 -,451083 -,385992

2 -3,3701372* ,0933923 ,000 -3,618451 -3,121824




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 3442,307 2 1721,154 11258,107 ,000


Toplam 3449,187 47

140



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -17,5057879* ,1692247 ,000 -17,957457 -17,054119

3 ,8843700* ,0053144 ,000 ,870186 ,898554

2

(3 saat)

1 17,5057879* ,1692247 ,000 17,054119 17,957457

3 18,3901579* ,1693081 ,000 17,938368 18,841948

3

(27 saat)

1 -,8843700* ,0053144 ,000 -,898554 -,870186

2 -18,3901579* ,1693081 ,000 -18,841948 -17,938368




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 488023,671 2 244011,835 217,952 ,000

Gruplar içi 50380,476 45 1119,566

Toplam 538404,147 47

Çizelge 4.100 150 mM PEG stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine


(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -2,1433783E+02 14,4876915 ,000 -253,006189 -175,669468

3 -,8830229* ,1595219 ,000 -1,308795 -,457251

2

(3 saat)

1 214,3378283* 14,4876915 ,000 175,669468 253,006189

3 213,4548054* 14,4885697 ,000 174,785176 252,124434

3

(27 saat)

1 ,8830229* ,1595219 ,000 ,457251 1,308795

2 -2,1345481E+02 14,4885697 ,000 -252,124434 -174,785176


141



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 2092613,560 2 1046306,780 188,683 ,000

Gruplar içi 249539,651 45 5545,326

Toplam 2342153,211 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -4,4586607E+02 32,2434911 ,000 -531,925529 -359,806605

3 -5,9419999* ,3253071 ,000 -6,810261 -5,073739

2

(3 saat)

1 445,8660674* 32,2434911 ,000 359,806605 531,925529

3 439,9240674* 32,2451321 ,000 353,862235 525,985900

3

(27 saat)

1 5,9419999* ,3253071 ,000 5,073739 6,810261

2 -4,3992407E+02 32,2451321 ,000 -525,985900 -353,862235


142



Örnek

Alım

Zamanı


3 saat 0,778625 0,724973 0,682074 0,827597

3 saat 0,671752 0,625465 0,588453 0,714002

3 saat 0,783497 0,72951 0,686342 0,832776

3 saat 0,667574 0,621575 0,584794 0,709562

27 saat 0,168755 0,157127 0,147829 0,179369

27 saat 0,159652 0,148651 0,139855 0,169693

27 saat 0,161432 0,150309 0,141414 0,171586

27 saat 0,166894 0,155394 0,146198 0,17739


3 saat 0,389852 0,450001 0,372936 0,470413

3 saat 0,396392 0,45755 0,379192 0,478304

3 saat 0,387697 0,447513 0,370874 0,467812

3 saat 0,398596 0,460094 0,3813 0,480964

27 saat 0,155178 0,17912 0,148445 0,187245

27 saat 0,226723 0,261703 0,216885 0,273573

27 saat 0,170164 0,196418 0,162781 0,205328

27 saat 0,206756 0,238655 0,197784 0,249481


3 saat 3,625048 3,351949 3,035639 4,002774

3 saat 4,429058 4,095388 3,708922 4,890561

3 saat 4,275224 3,953143 3,5801 4,720697

3 saat 3,755487 3,472561 3,144869 4,146804

27 saat 0,296273 0,273953 0,248101 0,327145

27 saat 0,236843 0,219 0,198333 0,261521

27 saat 0,275285 0,254546 0,230526 0,30397

27 saat 0,254899 0,235696 0,213454 0,28146


3 saat 98,29186 107,9336 96,0025 110,5075

3 saat 64,04438 70,32667 62,55269 72,00374

3 saat 68,35619 75,06144 66,76407 76,85142

3 saat 92,09175 101,1253 89,9468 103,5368

27 saat 0,78187 0,858565 0,763659 0,87904

27 saat 0,715488 0,785673 0,698823 0,804408

27 saat 0,707107 0,776469 0,690637 0,794985

27 saat 0,791137 0,868742 0,772711 0,889459

143

150 mM PEG stresi uygulanan örneklerin RBR hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT









sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 150 mM PEG 3. saat 0,701785643 0,019210826 0,0768433

3 TR- 3080 150 mM PEG 3. saat 0,424343056 0,010621378 0,0424855

4 SARAY 150 mM PEG 3. saat 3,886763955 0,132615683 0,5304627


6 08-TR-003 150 mM PEG 27. saat 0,158846635 0,003131088 0,0125244

7 TR- 3080 150 mM PEG 27. saat 0,204764916 0,00944976 0,0377990

8 SARAY 150 mM PEG 27. saat 0,256937842 0,008742118 0,0349685


144

Şekil 4.43 150mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı RBR gen

ifade düzeyleri

150 mM PEG stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan RBR gen ifade








Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı RBR geni ekspresyon seviyesinde


4.108, 4.110, 4.112).

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


08-TR-003 150 mM PEG

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2


R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


TR-3080 150 mM PEG

0

1

2

3

4

5


R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


SARAY 150 mM PEG

0

20

40

60

80

100


RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri



145



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 5,820 2 2,910 1440,182 ,000


Toplam 5,911 47








(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,2982144* ,0192108 ,000 ,246940 ,349489

3 ,8411534* ,0031311 ,000 ,832796 ,849510

2

(3 saat)

1 -,2982144* ,0192108 ,000 -,349489 -,246940

3 ,5429390* ,0194643 ,000 ,491287 ,594591

3

(27 saat)

1 -,8411534* ,0031311 ,000 -,849510 -,832796

2 -,5429390* ,0194643 ,000 -,594591 -,491287




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 5,397 2 2,699 2503,553 ,000


Toplam 5,446 47

146



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,5756569* ,0106214 ,000 ,547308 ,604006

3 ,7952351* ,0094498 ,000 ,770013 ,820457

2

(3 saat)

1 -,5756569* ,0106214 ,000 -,604006 -,547308

3 ,2195781* ,0142166 ,000 ,183692 ,255464

3

(27 saat)

1 -,7952351* ,0094498 ,000 -,820457 -,770013

2 -,2195781* ,0142166 ,000 -,255464 -,183692




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 117,660 2 58,830 624,491 ,000


Toplam 121,899 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -2,8867640* ,1326157 ,000 -3,240722 -2,532806

3 ,7430622* ,0087421 ,000 ,719729 ,766395

2

(3 saat)

1 2,8867640* ,1326157 ,000 2,532806 3,240722

3 3,6298261* ,1329035 ,000 3,275450 3,984202

3

(27 saat)

1 -,7430622* ,0087421 ,000 -,766395 -,719729

2 -3,6298261* ,1329035 ,000 -3,984202 -3,275450


147



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 74940,726 2 37470,363 396,426 ,000

Gruplar içi 4253,416 45 94,520

Toplam 79194,142 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -83,7122897* 4,2097878 ,000 -94,948420 -72,476159

3 ,2138267* ,0158891 ,000 ,171418 ,256235

2

(3 saat)

1 83,7122897* 4,2097878 ,000 72,476159 94,948420

3 83,9261164* 4,2098178 ,000 72,689943 95,162290

3

(27 saat)

1 -,2138267* ,0158891 ,000 -,256235 -,171418

2 -83,9261164* 4,2098178 ,000 -95,162290 -72,689943


148

Çizelge 4.113 150 mM PEG stresi uygulanmış örneklerin MYC2 genine ait normalize


Örnek Alım

Zamanı


3 saat 1,840375 1,551862 1,612166 1,771535

3 saat 1,742308 1,469169 1,526259 1,677136

3 saat 1,851892 1,561573 1,622254 1,782621

3 saat 1,731473 1,460032 1,516768 1,666706

27 saat 0,989657 0,834509 0,866938 0,952638

27 saat 0,964598 0,813379 0,844986 0,928517

27 saat 0,946714 0,798298 0,82932 0,911301

27 saat 1,008352 0,850274 0,883315 0,970634


3 saat 0,483303 0,506277 0,462332 0,529242

3 saat 0,580352 0,60794 0,555169 0,635516

3 saat 0,48063 0,503478 0,459775 0,526316

3 saat 0,583579 0,61132 0,558256 0,63905

27 saat 2,368543 2,481135 2,265768 2,593679

27 saat 3,448574 3,612506 3,298934 3,77637

27 saat 2,597277 2,720742 2,484577 2,844155

27 saat 3,144869 3,294364 3,008408 3,443797


3 saat 25,47482 21,49605 21,33278 25,6698

3 saat 24,88147 20,99538 20,83591 25,07191

3 saat 30,0439 25,35151 25,15895 30,27384

3 saat 21,0975 17,8024 17,66718 21,25897

27 saat 18,66159 15,74694 15,62734 18,80442

27 saat 21,02451 17,74081 17,60606 21,18542

27 saat 17,33962 14,63144 14,52031 17,47233

27 saat 22,62742 19,09337 18,94835 22,8006


3 saat 1,640346 1,598812 1,60214 1,636938

3 saat 1,213354 1,182631 1,185093 1,210833

3 saat 1,140764 1,111879 1,114194 1,138394

3 saat 1,744725 1,700548 1,704088 1,741101

27 saat 5,704103 5,559673 5,571246 5,692254

27 saat 5,059518 4,931409 4,941675 5,049008

27 saat 5,158673 5,028053 5,03852 5,147957

27 saat 5,594464 5,45281 5,464161 5,582843

149

150 mM PEG stresi uygulanan örneklerin MYC2 hedef genine ait ifade profilleri,


alınarak 2-ΔΔCT







Çizelge 4.114 150 mM PEG stresi uygulanan örneklerin MYC2 genine ait normalize


sapma değerleri

No

Örnek

Stres türü

Stres

Uygulama

Süresi

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 150 mM PEG 3. saat 1,649008109 0,032082115 0,1283285

3 TR- 3080 150 mM PEG 3. saat 0,545158459 0,0150393 0,0601572

4 SARAY 150 mM PEG 3. saat 23,40077391 0,928886683 3,7155467


6 08-TR-003 150 mM PEG 27. saat 0,899589444 0,016935379 0,0677415

7 TR- 3080 150 mM PEG 27. saat 2,961481036 0,119925161 0,4797006

8 SARAY 150 mM PEG 27. saat 18,36440733 0,645195104 2,5807804


150

Şekil 4.44 150mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin zamana bağlı MYC2


150 mM PEG stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan MYC2 gen ifade





zamana bağlı olarak MYC2 gen ekspresyonu seviyesinde meydana gelen değişikliğin



Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı MYC2 geni ekspresyon seviyesinde


4.118, 4.120, 4.122).

0

0.5

1

1.5

2


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


08-TR-003 150 mM PEG

0

1

2

3

4


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri


TR-3080 150 mM PEG

0

5

10

15

20

25

30


C G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


SARAY 150 mM PEG

0

1

2

3

4

5

6


MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri



151



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)1

Anlamlılık

(Sig.)2

Gruplar arası 3 5,296 2 2,648 377,230 ,000


Toplam 5,611 47








(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -,6490081* ,0320821 ,000 -,734637 -,563379

3 ,1004106* ,0169354 ,000 ,055209 ,145612

2

(3 saat)

1 ,6490081* ,0320821 ,000 ,563379 ,734637

3 ,7494187* ,0362777 ,000 ,656269 ,842568

3

(27 saat)

1 -,1004106* ,0169354 ,000 -,145612 -,055209

2 -,7494187* ,0362777 ,000 -,842568 -,656269




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 52,762 2 26,381 338,607 ,000


Toplam 56,268 47

152



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,4548415* ,0150393 ,000 ,414701 ,494982

3 -1,9614810* ,1199252 ,000 -2,281567 -1,641395

2

(3 saat)

1 -,4548415* ,0150393 ,000 -,494982 -,414701

3 -2,4163226* ,1208645 ,000 -2,737791 -2,094854

3

(27 saat)

1 1,9614810* ,1199252 ,000 1,641395 2,281567

2 2,4163226* ,1208645 ,000 2,094854 2,737791




Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 4419,639 2 2209,819 323,930 ,000

Gruplar içi 306,986 45 6,822

Toplam 4726,625 47



(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -22,4007739* ,9288867 ,000 -24,880018 -19,921530

3 -17,3644073* ,6451951 ,000 -19,086465 -15,642350

2

(3 saat)

1 22,4007739* ,9288867 ,000 19,921530 24,880018

3 5,0363666* 1,1309762 ,000 2,164177 7,908556

3

(27 saat)

1 17,3644073* ,6451951 ,000 15,642350 19,086465

2 -5,0363666* 1,1309762 ,000 -7,908556 -2,164177


153



verileri

Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 180,933 2 90,466 1757,775 ,000


Toplam 183,249 47


MYC2 genine ait Post Hoc Testi verileri

(I)

Zaman

saat

(J)

Zaman

saat

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -,4166150* ,0668411 ,000 -,595017 -,238213

3 -4,3110230* ,0719877 ,000 -4,503162 -4,118884

2

(3 saat)

1 ,4166150* ,0668411 ,000 ,238213 ,595017

3 -3,8944080* ,0982342 ,000 -4,142265 -3,646551

3

(27 saat)

1 4,3110230* ,0719877 ,000 4,118884 4,503162

2 3,8944080* ,0982342 ,000 3,646551 4,142265


154

4.8.5 Cr(VI) stresi sonuçlarının normalizasyon ve istatistiksel analizi

Çizelge 4.123 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait


Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

08-TR-003 Çeşidine Ait E2F Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 2,956725 2,758722 2,590086 3,149232

80 2,608101 2,433445 2,284692 2,77791

80 2,584706 2,411616 2,264198 2,752991

80 2,983488 2,783693 2,613531 3,177738

160 4,893952 4,566219 4,287094 5,212589

160 6,025162 5,621675 5,278032 6,417449

160 5,664702 5,285354 4,962269 6,03352

160 5,205367 4,85678 4,559893 5,54428

320 3,443797 3,213176 3,01676 3,668016

320 3,031433 2,828427 2,65553 3,228804

320 3,778988 3,525921 3,310387 4,025031

320 2,762549 2,577549 2,419988 2,942413

640 0,809442 0,755236 0,70907 0,862144

640 0,707597 0,660211 0,619854 0,753667

640 0,812252 0,757858 0,711532 0,865137

640 0,705149 0,657927 0,617709 0,75106

1280 2,971106 2,77214 2,602684 3,164549

1280 2,42839 2,265768 2,127265 2,586498

1280 2,629886 2,45377 2,303775 2,801113

1280 2,743467 2,559745 2,403272 2,922089

155

Çizelge 4.124 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait


Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

TR 3080 Çeşidine Ait E2F Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 6,254957 6,276673 5,983543 6,561383

80 6,368705 6,390815 6,092355 6,680703

80 6,13048 6,151763 5,864467 6,430808

80 6,498019 6,520579 6,216058 6,816353

160 4,623547 4,639599 4,422923 4,850051

160 3,056753 3,067365 2,924115 3,206501

160 4,534678 4,550421 4,33791 4,756828

160 3,116658 3,127479 2,981421 3,269341

320 6,935501 6,959579 6,634556 7,275266

320 7,407568 7,433285 7,08614 7,77046

320 8,07801 8,106055 7,727491 8,473747

320 6,359882 6,381962 6,083915 6,671448

640 11,21999 11,25895 10,73314 11,76965

640 12,52727 12,57076 11,98369 13,14097

640 14,00626 14,05489 13,3985 14,69242

640 10,03522 10,07006 9,599771 10,52684

1280 51,26847 51,44646 49,04384 53,78008

1280 50,10907 50,28304 47,93475 52,56388

1280 53,96679 54,15415 51,62507 56,61059

1280 47,60364 47,76891 45,53803 49,93571

156

Çizelge 4.125 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait


Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

SARAY Çeşidine Ait E2F Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 1,124279 1,337 0,941478 1,596597

80 1,117287 1,328686 0,935623 1,586668

80 1,091264 1,297739 0,913831 1,549712

80 1,151089 1,368884 0,96393 1,634671

160 1,095812 1,303147 0,91764 1,55617

160 1,107265 1,316767 0,927231 1,572435

160 1,054822 1,254402 0,883315 1,497961

160 1,150292 1,367935 0,963262 1,633538

320 0,220523 0,262247 0,184667 0,313166

320 0,286976 0,341273 0,240315 0,407536

320 0,293006 0,348444 0,245365 0,416099

320 0,215985 0,25685 0,180867 0,306721

640 4,613942 5,486933 3,863745 6,552294

640 5,656854 6,727171 4,737086 8,03334

640 6,395247 7,605273 5,355421 9,081937

640 4,081219 4,853414 3,417639 5,795769

1280 0,322864 0,383953 0,270369 0,458502

1280 0,488354 0,580754 0,408951 0,693515

1280 0,40388 0,480297 0,338212 0,573554

1280 0,390393 0,464258 0,326918 0,5544

157

Çizelge 4.126 Cr(VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin E2F genine

ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri

Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

TARSAN 1018 Çeşidine Ait E2F Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 1,726679 2,319799 1,686462 2,375119

80 1,64376 2,208398 1,605475 2,261061

80 1,550786 2,083487 1,514666 2,133172

80 1,830198 2,458878 1,78757 2,517514

160 8,230614 11,05786 8,038911 11,32155

160 11,37662 15,28453 11,11164 15,64902

160 9,835511 13,21404 9,606427 13,52916

160 9,520254 12,79049 9,298513 13,09551

320 6,241964 8,3861 6,096579 8,586082

320 5,035029 6,764578 4,917755 6,925893

320 5,840128 7,846232 5,704103 8,03334

320 5,381469 7,230022 5,256127 7,402435

640 0,59791 0,803294 0,583984 0,82245

640 0,859756 1,155086 0,839731 1,182631

640 0,802181 1,077733 0,783497 1,103434

640 0,640824 0,860949 0,625898 0,88148

1280 0,714992 0,960595 0,698339 0,983502

1280 0,545254 0,73255 0,532554 0,750019

1280 0,421323 0,566049 0,41151 0,579548

1280 0,925304 1,24315 0,903753 1,272795

Farklı konsantrasyonlarda Cr (VI) stresi uygulanan örneklerin E2F hedef genine ait

ifade profilleri, çalışmada housekeeping gen olarak kullanılan aktin (ACT) ve kontrol

şartları dikkate alınarak 2-ΔΔCT

metoduna göre normalize edilmiştir (Çizelge 4.123,

4.124, 4.125, 4.126). Normalizasyon ile elde edilen gen ekspresyonu verilerinin

ortalama, standart hata ve standart sapmaları hesaplanmıştır (Çizelge 4.127). Normalize

edilmiş gen ekspresyonu verilerinin ortalaması alınarak, elde edilen veriler ile her bir

çeşit için Cr (VI) stresi uygulaması sonucunda konsantrasyona bağlı E2F gen

ekspresyon düzeyindeki değişimleri gösteren grafik çizilmiştir (Şekil 4.45).

158

Çizelge 4.127 Cr(VI) stresi uygulanan örneklerin E2F genine ait normalize edilmiş gen

ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata ve standart sapma

değerleri

No

Örnek

Stres türü

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma

1 Kontrol Kontrol 1 - -

2 08-TR-003 80 ppm Cr(VI) 2,695679552 0,069320064 0,2772803

3 TR- 3080 80 ppm Cr(VI) 6,327353847 0,063872615 0,2554905

4 SARAY 80 ppm Cr(VI) 1,246171157 0,063195267 0,2527811

5 TARSAN 1018 80 ppm Cr(VI) 1,981439116 0,087058859 0,3482354

6 08-TR-003 160 ppm Cr (VI) 5,275895972 0,147256999 0,5890280

7 TR- 3080 160 ppm Cr (VI) 3,841599347 0,196143593 0,7845744

8 SARAY 160 ppm Cr (VI) 1,225124586 0,062620009 0,2504800

9 TARSAN 1018 160 ppm Cr (VI) 11,43504014 0,58065832 2,3226333

10 08-TR-003 320 ppm Cr(VI) 3,151798195 0,11413992 0,4565597

11 TR- 3080 320 ppm Cr(VI) 7,211554099 0,1741578 0,6966312

12 SARAY 320 ppm Cr(VI) 0,282502562 0,017717217 0,0708689

13 TARSAN 1018 320 ppm Cr(VI) 6,602989757 0,304465163 1,2178607

14 08-TR-003 640 ppm Cr(VI) 0,734740406 0,019100867 0,0764035

15 TR- 3080 640 ppm Cr(VI) 11,97427337 0,396231076 1,5849243

16 SARAY 640 ppm Cr(VI) 5,766080287 0,392147285 1,5685891

17 TARSAN 1018 640 ppm Cr(VI) 0,85130245 0,048263002 0,1930520

18 08-TR-003 1280 ppm Cr(VI) 2,608469684 0,069667855 0,2786714

19 TR- 3080 1280 ppm Cr(VI) 50,85203107 0,730829239 2,9233170

20 SARAY 1280 ppm Cr(VI) 0,446198499 0,028343037 0,1133721

21 TARSAN 1018 1280 ppm Cr(VI) 0,765077461 0,065986638 0,2639466

159

Şekil 4.45 Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinin

zamana bağlı E2F gen ifade düzeyleri

Cr(VI) stresi uygulanan örneklerin konsantrasyona bağlı farklılaşan E2F gen ifade




4.128, 4.129, 4.132, 4.133). Sig değeri 0,05’den küçük olması, farklı

konsantrasyonlarda Cr(VI) stresinde konsantrasyona bağlı olarak E2F gen ekspresyonu

seviyesinde meydana gelen değişikliğin p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı

olduğunu ifade etmektedir.

0

1

2

3

4

5

6

E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri

08-TR-003

0

10

20

30

40

50

60

E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri

TR-3080

0

1

2

3

4

5

6

7

E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri

SARAY

0

2

4

6

8

10

12

14

E2F

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri

TARSAN 1018

160

Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanan grupların tek yönlü varyans analizi

(One Way ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile konsantrasyona karşı E2F geni

ekspresyon seviyesinde meydana gelen değişikliklerin anlamlılık dereceleri

karşılaştırılmıştır (Çizelge 4.130, 4.131, 4.134, 4.135).



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 216,166 5 43,233 362,400 ,000

Gruplar içi 10,737 90 ,119

Toplam 226,902 95




Cr(VI) (80 ppm, 160 ppm, 320 ppm, 640 ppm, 1280 ppm)

verilerinin kendi içinde değerlendirilmesidir.

Çizelge 4.129 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait One

Way ANOVA (Tek Yönlü Varyans Analizi) verileri

Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 27808,337 5 5561,667 2729,900 ,000

Gruplar içi 183,358 90 2,037

Toplam 27991,695 95

161



(I)

Konsant

rasyon

(J)

Konsant

rasyon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -1,6956796* ,0693201 ,000 -1,931986 -1,459373

3 -4,2758960* ,1472570 ,000 -4,777883 -3,773908

4 -2,1517982* ,1141399 ,000 -2,540892 -1,762704

5 ,2652596* ,0191009 ,000 ,200146 ,330373

6 -1,6084697* ,0696679 ,000 -1,845962 -1,370977

2

(80 ppm)

1 1,6956796* ,0693201 ,000 1,459373 1,931986

3 -2,5802164* ,1627572 ,000 -3,110584 -2,049849

4 -,4561186* ,1335410 ,031 -,884927 -,027311

5 1,9609391* ,0719035 ,000 1,720654 2,201224

6 ,0872099 ,0982796 ,998 -,223306 ,397726

3

(160 ppm)

1 4,2758960* ,1472570 ,000 3,773908 4,777883

2 2,5802164* ,1627572 ,000 2,049849 3,110584

4 2,1240978* ,1863130 ,000 1,532645 2,715550

5 4,5411556* ,1484906 ,000 4,037454 5,044857

6 2,6674263* ,1629056 ,000 2,136728 3,198125

4

(320 ppm)

1 2,1517982* ,1141399 ,000 1,762704 2,540892

2 ,4561186* ,1335410 ,031 ,027311 ,884927

3 -2,1240978* ,1863130 ,000 -2,715550 -1,532645

5 2,4170578* ,1157271 ,000 2,025711 2,808405

6 ,5433285* ,1337218 ,006 ,114058 ,972599

5

(640 ppm)

1 -,2652596* ,0191009 ,000 -,330373 -,200146

2 -1,9609391* ,0719035 ,000 -2,201224 -1,720654

3 -4,5411556* ,1484906 ,000 -5,044857 -4,037454

4 -2,4170578* ,1157271 ,000 -2,808405 -2,025711

6 -1,8737293* ,0722389 ,000 -2,115176 -1,632283

6

(1280 ppm)

1 1,6084697* ,0696679 ,000 1,370977 1,845962

2 -,0872099 ,0982796 ,998 -,397726 ,223306

3 -2,6674263* ,1629056 ,000 -3,198125 -2,136728

4 -,5433285* ,1337218 ,006 -,972599 -,114058

5 1,8737293* ,0722389 ,000 1,632283 2,115176


162

Çizelge 4.131 Cr(VI) NaCl stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin E2F genine


(I)

Konsantras

yon

(J)

Konsantras

yon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -5,3273538* ,0638726 ,000 -5,545091 -5,109617

3 -2,8415993* ,1961436 ,000 -3,510237 -2,172961

4 -6,2115541* ,1741578 ,000 -6,805244 -5,617864

5 -10,9742734* ,3962311 ,000 -12,324994 -9,623553

6 -49,8520311* ,7308292 ,000 -52,343370 -47,360692

2

(80 ppm)

1 5,3273538* ,0638726 ,000 5,109617 5,545091

3 2,4857545* ,2062814 ,000 1,800812 3,170697

4 -,8842003* ,1855011 ,002 -1,496819 -,271582

5 -5,6469195* ,4013462 ,000 -7,004874 -4,288965

6 -44,5246772* ,7336151 ,000 -47,019816 -42,029539

3

(160 ppm)

1 2,8415993* ,1961436 ,000 2,172961 3,510237

2 -2,4857545* ,2062814 ,000 -3,170697 -1,800812

4 -3,3699548* ,2623037 ,000 -4,199591 -2,540319

5 -8,1326740* ,4421214 ,000 -9,569197 -6,696151

6 -47,0104317* ,7566926 ,000 -49,541357 -44,479506

4

(320 ppm)

1 6,2115541* ,1741578 ,000 5,617864 6,805244

2 ,8842003* ,1855011 ,002 ,271582 1,496819

3 3,3699548* ,2623037 ,000 2,540319 4,199591

5 -4,7627193* ,4328164 ,000 -6,178612 -3,346826

6 -43,6404770* ,7512938 ,000 -46,162381 -41,118572

5

(640 ppm)

1 10,9742734* ,3962311 ,000 9,623553 12,324994

2 5,6469195* ,4013462 ,000 4,288965 7,004874

3 8,1326740* ,4421214 ,000 6,696151 9,569197

4 4,7627193* ,4328164 ,000 3,346826 6,178612

6 -38,8777577* ,8313305 ,000 -41,564556 -36,190959

6

(1280 ppm)

1 49,8520311* ,7308292 ,000 47,360692 52,343370

2 44,5246772* ,7336151 ,000 42,029539 47,019816

3 47,0104317* ,7566926 ,000 44,479506 49,541357

4 43,6404770* ,7512938 ,000 41,118572 46,162381

5 38,8777577* ,8313305 ,000 36,190959 41,564556


163

Çizelge 4.132 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait One


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 336,427 5 67,285 154,977 ,000

Gruplar içi 39,075 90 ,434

Toplam 375,502 95



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 1523,181 5 304,636 257,221 ,000

Gruplar içi 106,590 90 1,184

Toplam 1629,772 95

164

Çizelge 4.134 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin E2F genine ait Post

Hoc Testi verileri

(I)

Konsantrasyon

(J)

Konsantrasyon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 -,2461712* ,0631953 ,019 -,461599 -,030743

3 -,2251246* ,0626200 ,035 -,438591 -,011658

4 ,7174974* ,0177172 ,000 ,657101 ,777894

5 -4,7660803* ,3921473 ,000 -6,102879 -3,429281

6 ,5538015* ,0283430 ,000 ,457182 ,650421

2

(80 ppm)

1 ,2461712* ,0631953 ,019 ,030743 ,461599

3 ,0210466 ,0889658 1,000 -,260044 ,302137

4 ,9636686* ,0656319 ,000 ,744474 1,182864

5 -4,5199091* ,3972067 ,000 -5,863863 -3,175955

6 ,7999727* ,0692602 ,000 ,573655 1,026290

3

(160 ppm)

1 ,2251246* ,0626200 ,035 ,011658 ,438591

2 -,0210466 ,0889658 1,000 -,302137 ,260044

4 ,9426220* ,0650781 ,000 ,725346 1,159898

5 -4,5409557* ,3971155 ,000 -5,884775 -3,197137

6 ,7789261* ,0687357 ,000 ,554438 1,003414

4

(320 ppm)

1 -,7174974* ,0177172 ,000 -,777894 -,657101

2 -,9636686* ,0656319 ,000 -1,182864 -,744474

3 -,9426220* ,0650781 ,000 -1,159898 -,725346

5 -5,4835777* ,3925473 ,000 -6,820916 -4,146239

6 -,1636959* ,0334250 ,001 -,270857 -,056535

5

(640 ppm)

1 4,7660803* ,3921473 ,000 3,429281 6,102879

2 4,5199091* ,3972067 ,000 3,175955 5,863863

3 4,5409557* ,3971155 ,000 3,197137 5,884775

4 5,4835777* ,3925473 ,000 4,146239 6,820916

6 5,3198818* ,3931702 ,000 3,981695 6,658069

6

(1280 ppm)

1 -,5538015* ,0283430 ,000 -,650421 -,457182

2 -,7999727* ,0692602 ,000 -1,026290 -,573655

3 -,7789261* ,0687357 ,000 -1,003414 -,554438

4 ,1636959* ,0334250 ,001 ,056535 ,270857

5 -5,3198818* ,3931702 ,000 -6,658069 -3,981695


165



(I)

Konsant

rasyon

(J)

Konsant

rasyon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlı

lık



1

(kontrol)

2 -,9814391* ,0870589 ,000 -1,278216 -,684662

3 -10,4350401* ,5806583 ,000 -12,414459 -8,455622

4 -5,6029898* ,3044652 ,000 -6,640888 -4,565092

5 ,1486976 ,0482630 ,093 -,015827 ,313222

6 ,2349225* ,0659866 ,037 ,009979 ,459866

2

(80 ppm)

1 ,9814391* ,0870589 ,000 ,684662 1,278216

3 -9,4536010* ,5871485 ,000 -11,442137 -7,465065

4 -4,6215506* ,3166675 ,000 -5,678405 -3,564697

5 1,1301367* ,0995418 ,000 ,808841 1,451432

6 1,2163617* ,1092405 ,000 ,869290 1,563433

3

(160 ppm)

1 10,4350401* ,5806583 ,000 8,455622 12,414459

2 9,4536010* ,5871485 ,000 7,465065 11,442137

4 4,8320504* ,6556395 ,000 2,708930 6,955171

5 10,5837377* ,5826606 ,000 8,601593 12,565883

6 10,6699627* ,5843957 ,000 8,685392 12,654533

4

(320 ppm)

1 5,6029898* ,3044652 ,000 4,565092 6,640888

2 4,6215506* ,3166675 ,000 3,564697 5,678405

3 -4,8320504* ,6556395 ,000 -6,955171 -2,708930

5 5,7516873* ,3082667 ,000 4,708422 6,794952

6 5,8379123* ,3115337 ,000 4,789631 6,886194

5

(640 ppm)

1 -,1486976 ,0482630 ,093 -,313222 ,015827

2 -1,1301367* ,0995418 ,000 -1,451432 -,808841

3 -10,5837377* ,5826606 ,000 -12,565883 -8,601593

4 -5,7516873* ,3082667 ,000 -6,794952 -4,708422

6 ,0862250 ,0817530 ,990 -,173886 ,346336

6

(1280 ppm)

1 -,2349225* ,0659866 ,037 -,459866 -,009979

2 -1,2163617* ,1092405 ,000 -1,563433 -,869290

3 -10,6699627* ,5843957 ,000 -12,654533 -8,685392

4 -5,8379123* ,3115337 ,000 -6,886194 -4,789631

5 -,0862250 ,0817530 ,990 -,346336 ,173886


166

Çizelge 4.136 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin RBR genine ait


Cr(VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

08-TR-003 Çeşidine Ait RBR Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 0,118586 0,110414 0,103881 0,126044

80 0,104097 0,096924 0,091189 0,110644

80 0,103665 0,096522 0,09081 0,110185

80 0,11908 0,110875 0,104314 0,126569

160 0,335876 0,312732 0,294227 0,357001

160 0,385286 0,358737 0,337509 0,409518

160 0,388773 0,361985 0,340565 0,413225

160 0,332863 0,309927 0,291587 0,353799

320 1,882957 1,753211 1,649467 2,001387

320 2,118437 1,972465 1,855747 2,251677

320 2,066229 1,923855 1,810013 2,196186

320 1,930534 1,79751 1,691145 2,051956

640 0,044594 0,041521 0,039064 0,047399

640 0,035427 0,032986 0,031034 0,037655

640 0,044749 0,041666 0,0392 0,047564

640 0,035305 0,032872 0,030927 0,037525

1280 0,057711 0,053735 0,050555 0,061341

1280 0,047498 0,044225 0,041608 0,050485

1280 0,051083 0,047564 0,044749 0,054296

1280 0,05366 0,049963 0,047006 0,057035

167

Çizelge 4.137 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin RBR genine ait


Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

TR 3080 Çeşidine Ait RBR Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 0,203909 0,23537 0,195061 0,246046

80 0,206326 0,238159 0,197373 0,248962

80 0,199851 0,230686 0,19118 0,24115

80 0,210516 0,242995 0,201381 0,254018

160 0,586417 0,676893 0,560972 0,707597

160 0,613017 0,707597 0,586417 0,739694

160 0,575146 0,663883 0,550189 0,693996

160 0,625031 0,721464 0,59791 0,75419

320 0,432269 0,498961 0,413512 0,521594

320 0,509799 0,588453 0,487678 0,615146

320 0,503478 0,581157 0,481631 0,607518

320 0,437696 0,505226 0,418703 0,528143

640 6,272324 7,240052 6,000156 7,568461

640 7,621104 8,796929 7,29041 9,195959

640 7,829933 9,037978 7,490178 9,447941

640 6,105037 7,046955 5,840128 7,366606

1280 1,735077 2,002775 1,659789 2,093621

1280 1,837826 2,121375 1,758079 2,217601

1280 1,826397 2,108183 1,747146 2,20381

1280 1,745935 2,015308 1,670176 2,106722

168

Çizelge 4.138 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR genine ait


Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

SARAY Çeşidine Ait RBR Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 1,471207 1,360371 1,231998 1,624505

80 1,437937 1,329607 1,204137 1,587768

80 1,428004 1,320423 1,19582 1,5768

80 1,48144 1,369833 1,240567 1,635804

160 0,08639 0,079881 0,072343 0,095391

160 0,090246 0,083447 0,075572 0,099649

160 0,083158 0,076893 0,069637 0,091823

160 0,093752 0,086689 0,078509 0,103521

320 0,166086 0,153573 0,139081 0,183392

320 0,224222 0,20733 0,187765 0,247586

320 0,220676 0,204051 0,184795 0,24367

320 0,168755 0,156041 0,141316 0,186339

640 0,121329 0,112189 0,101602 0,133972

640 0,137643 0,127273 0,115263 0,151985

640 0,168171 0,155501 0,140827 0,185694

640 0,099304 0,091823 0,083158 0,109652

1280 0,00882 0,008156 0,007386 0,009739

1280 0,011118 0,01028 0,00931 0,012276

1280 0,011033 0,010202 0,009239 0,012183

1280 0,008888 0,008218 0,007442 0,009814

169

Çizelge 4.139 Cr(VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin RBR genine

ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri

Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

TARSAN 1018 Çeşidine Ait RBR Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 24,13408 26,50146 23,57196 27,13344

80 21,24424 23,32815 20,74943 23,88445

80 21,6756 23,80182 21,17074 24,36942

80 23,6538 25,97407 23,10287 26,59347

160 0,52015 0,571173 0,508035 0,584794

160 0,627636 0,689203 0,613017 0,705638

160 0,621575 0,682547 0,607097 0,698823

160 0,525222 0,576743 0,512989 0,590496

320 0,402204 0,441658 0,392836 0,45219

320 0,402204 0,441658 0,392836 0,45219

320 0,376312 0,413225 0,367547 0,423079

320 0,429878 0,472046 0,419866 0,483303

640 1,176907 1,292353 1,149495 1,323171

640 1,625631 1,785094 1,587768 1,827663

640 1,578988 1,733875 1,542211 1,775223

640 1,211673 1,330529 1,183451 1,362258

1280 0,614719 0,675019 0,600402 0,691116

1280 0,311003 0,34151 0,303759 0,349654

1280 0,362236 0,397768 0,353799 0,407254

1280 0,527777 0,579548 0,515484 0,593368

Farklı konsantrasyonlarda Cr (VI) stresi uygulanan örneklerin RBR hedef genine ait







çeşit için Cr (VI) stresi uygulaması sonucunda konsantrasyona bağlı RBR gen


170

Çizelge 4.140 Cr(VI) stresi uygulanan örneklerin RBR genine ait normalize edilmiş gen

ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata ve standart sapma

değerleri

No

Örnek

Stres türü

Ortalama

Standart

Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 80 ppm Cr(VI) 0,107737393 0,002759141 0,0110366

3 TR- 3080 80 ppm Cr(VI) 0,221436493 0,005609005 0,0224360

4 SARAY 80 ppm Cr(VI) 1,406013782 0,037267729 0,1490709

5 TARSAN 1018 80 ppm Cr(VI) 23,80556292 0,497611633 1,9904465

6 08-TR-003 160 ppm Cr (VI) 0,348975596 0,009311853 0,0372474

7 TR- 3080 160 ppm Cr (VI) 0,647525925 0,017038875 0,0681555

8 SARAY 160 ppm Cr (VI) 0,085431388 0,002452085 0,0098083

9 TARSAN 1018 160 ppm Cr (VI) 0,602196199 0,01667808 0,0667123

10 08-TR-003 320 ppm Cr(VI) 1,934548491 0,043615709 0,1744628

11 TR- 3080 320 ppm Cr(VI) 0,508185199 0,016150347 0,0646014

12 SARAY 320 ppm Cr(VI) 0,188417348 0,008495518 0,0339821

13 TARSAN 1018 320 ppm Cr(VI) 0,422689471 0,008299825 0,0331993

14 08-TR-003 640 ppm Cr(VI) 0,038718028 0,00137419 0,0054968

15 TR- 3080 640 ppm Cr(VI) 7,509384395 0,286046413 1,1441857

16 SARAY 640 ppm Cr(VI) 0,127211645 0,007127104 0,0285084

17 TARSAN 1018 640 ppm Cr(VI) 1,467893058 0,060095692 0,2403828

18 08-TR-003 1280 ppm Cr(VI) 0,050782197 0,001335154 0,0053406

19 TR- 3080 1280 ppm Cr(VI) 1,928113704 0,04963192 0,1985277

20 SARAY 1280 ppm Cr(VI) 0,009631478 0,000376099 0,0015044

21 TARSAN 1018 1280 ppm Cr(VI) 0,476525996 0,034095386 0,1363815


171


zamana bağlı RBR gen ifade düzeyleri

Cr(VI) stresi uygulanan örneklerin konsantrasyona bağlı farklılaşan RBR gen ifade




4.141-4.142, 4.145- 4.146). Sig değeri 0,05’den küçük olması, farklı konsantrasyonlarda

Cr(VI) stresinde konsantrasyona bağlı olarak RBR gen ekspresyonu seviyesinde

meydana gelen değişikliğin p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu

ifade etmektedir.

0

0.5

1

1.5

2

2.5R

BR

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri

08-TR-003

0123456789

RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri TR-3080

00.20.40.60.8

11.21.41.6

RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri SARAY

05

1015202530

RB

R G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri


TARSAN 1018

172


(One Way ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı RBR geni


karşılaştırılmıştır (Çizelge 4.143- 4.144, 4.147- 4.148).



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 45,771 5 9,154 1716,120 ,000


Toplam 46,251 95








Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 617,132 5 123,426 545,372 ,000

Gruplar içi 20,368 90 ,226

Toplam 637,500 95

173



(I)

Konsantrasyon

(J)

Konsantrasyon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,8922626* ,0027591 ,000 ,882857 ,901668

3 ,6510244* ,0093119 ,000 ,619281 ,682768

4 -,9345485* ,0436157 ,000 -1,083231 -,785866

5 ,9612820* ,0013742 ,000 ,956597 ,965966

6 ,9492178* ,0013352 ,000 ,944666 ,953769

2

(80 ppm)

1 -,8922626* ,0027591 ,000 -,901668 -,882857

3 -,2412382* ,0097120 ,000 -,273609 -,208868

4 -1,8268111* ,0437029 ,000 -1,975612 -1,678011

5 ,0690194* ,0030824 ,000 ,059008 ,079031

6 ,0569552* ,0030652 ,000 ,046983 ,066928

3

(160 ppm)

1 -,6510244* ,0093119 ,000 -,682768 -,619281

2 ,2412382* ,0097120 ,000 ,208868 ,273609

4 -1,5855729* ,0445987 ,000 -1,735696 -1,435450

5 ,3102576* ,0094127 ,000 ,278373 ,342142

6 ,2981934* ,0094071 ,000 ,266317 ,330070

4

(320 ppm)

1 ,9345485* ,0436157 ,000 ,785866 1,083231

2 1,8268111* ,0437029 ,000 1,678011 1,975612

3 1,5855729* ,0445987 ,000 1,435450 1,735696

5 1,8958305* ,0436374 ,000 1,747119 2,044542

6 1,8837663* ,0436361 ,000 1,735056 2,032476

5

(640 ppm)

1 -,9612820* ,0013742 ,000 -,965966 -,956597

2 -,0690194* ,0030824 ,000 -,079031 -,059008

3 -,3102576* ,0094127 ,000 -,342142 -,278373

4 -1,8958305* ,0436374 ,000 -2,044542 -1,747119

6 -,0120642* ,0019160 ,000 -,018118 -,006010

6

(1280 ppm)

1 -,9492178* ,0013352 ,000 -,953769 -,944666

2 -,0569552* ,0030652 ,000 -,066928 -,046983

3 -,2981934* ,0094071 ,000 -,330070 -,266317

4 -1,8837663* ,0436361 ,000 -2,032476 -1,735056

5 ,0120642* ,0019160 ,000 ,006010 ,018118


174



(I)

Konsantrasyon

(J)

Konsant

rasyon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1

(kontrol)

2 ,7785635* ,0056090 ,000 ,759443 ,797684

3 ,3524741* ,0170389 ,000 ,294390 ,410558

4 ,4918148* ,0161503 ,000 ,436760 ,546870

5 -6,5093844* ,2860464 ,000 -7,484494 -5,534275

6 -,9281137* ,0496319 ,000 -1,097305 -,758922

2

(80 ppm)

1 -,7785635* ,0056090 ,000 -,797684 -,759443

3 -,4260894* ,0179383 ,000 -,485625 -,366554

4 -,2867487* ,0170966 ,000 -,343356 -,230142

5 -7,2879479* ,2861014 ,000 -8,263131 -6,312764

6 -1,7066772* ,0499479 ,000 -1,876304 -1,537051

3

(160 ppm)

1 -,3524741* ,0170389 ,000 -,410558 -,294390

2 ,4260894* ,0179383 ,000 ,366554 ,485625

4 ,1393407* ,0234767 ,000 ,065150 ,213532

5 -6,8618585* ,2865534 ,000 -7,837654 -5,886063

6 -1,2805878* ,0524752 ,000 -1,454425 -1,106751

4

(320 ppm)

1 -,4918148* ,0161503 ,000 -,546870 -,436760

2 ,2867487* ,0170966 ,000 ,230142 ,343356

3 -,1393407* ,0234767 ,000 -,213532 -,065150

5 -7,0011992* ,2865020 ,000 -7,976924 -6,025474

6 -1,4199285* ,0521935 ,000 -1,593239 -1,246618

5

(640 ppm)

1 6,5093844* ,2860464 ,000 5,534275 7,484494

2 7,2879479* ,2861014 ,000 6,312764 8,263131

3 6,8618585* ,2865534 ,000 5,886063 7,837654

4 7,0011992* ,2865020 ,000 6,025474 7,976924

6 5,5812707* ,2903203 ,000 4,600070 6,562472

6

(1280 ppm)

1 ,9281137* ,0496319 ,000 ,758922 1,097305

2 1,7066772* ,0499479 ,000 1,537051 1,876304

3 1,2805878* ,0524752 ,000 1,106751 1,454425

4 1,4199285* ,0521935 ,000 1,246618 1,593239

5 -5,5812707* ,2903203 ,000 -6,562472 -4,600070


175

Çizelge 4.145 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR genine ait One


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 27,418 5 5,484 1354,653 ,000


Toplam 27,783 95

Çizelge 4.146 Cr (VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin RBR genine


Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 7072,865 5 1414,573 2098,869 ,000

Gruplar içi 60,657 90 ,674

Toplam 7133,522 95

176

Çizelge 4.147 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin RBR genine ait Post

Hoc Testi verileri

(I)

Konsantras

yon

(J)

Konsant

rasyon

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlamlılık



1 (kontrol) 2 -,4060138* ,0372677 ,000 -,533057 -,278971

3 ,9145686* ,0024521 ,000 ,906210 ,922928

4 ,8115827* ,0084955 ,000 ,782622 ,840543

5 ,8727884* ,0071271 ,000 ,848493 ,897084

6 ,9903685* ,0003761 ,000 ,989086 ,991651

2

(80 ppm)

1 ,4060138* ,0372677 ,000 ,278971 ,533057

3 1,3205824* ,0373483 ,000 1,193430 1,447734

4 1,2175964* ,0382238 ,000 1,089137 1,346056

5 1,2788021* ,0379431 ,000 1,150785 1,406819

6 1,3963823* ,0372696 ,000 1,269337 1,523428

3

(160 ppm)

1 -,9145686* ,0024521 ,000 -,922928 -,906210

2 -1,3205824* ,0373483 ,000 -1,447734 -1,193430

4 -,1029860* ,0088423 ,000 -,132487 -,073485

5 -,0417803* ,0075371 ,000 -,066746 -,016814

6 ,0757999* ,0024808 ,000 ,067401 ,084199

4

(320 ppm)

1 -,8115827* ,0084955 ,000 -,840543 -,782622

2 -1,2175964* ,0382238 ,000 -1,346056 -1,089137

3 ,1029860* ,0088423 ,000 ,073485 ,132487

5 ,0612057* ,0110892 ,000 ,026089 ,096323

6 ,1787859* ,0085038 ,000 ,149814 ,207758

5

(640 ppm)

1 -,8727884* ,0071271 ,000 -,897084 -,848493

2 -1,2788021* ,0379431 ,000 -1,406819 -1,150785

3 ,0417803* ,0075371 ,000 ,016814 ,066746

4 -,0612057* ,0110892 ,000 -,096323 -,026089

6 ,1175802* ,0071370 ,000 ,093271 ,141889

6

(1280 ppm)

1 -,9903685* ,0003761 ,000 -,991651 -,989086

2 -1,3963823* ,0372696 ,000 -1,523428 -1,269337

3 -,0757999* ,0024808 ,000 -,084199 -,067401

4 -,1787859* ,0085038 ,000 -,207758 -,149814

5 -,1175802* ,0071370 ,000 -,141889 -,093271


177

Çizelge 4.148 Cr(VI) stresi uygulanmış TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinin RBR genine


(I)

Konsantras

yon

(J)

Konsan

trasyon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlı

lık



1

(kontrol)

2 -22,8055629* ,4976116 ,000 -24,501882 -21,109244

3 ,3978038* ,0166781 ,000 ,340950 ,454658

4 ,5773105* ,0082998 ,000 ,549017 ,605604

5 -,4678931* ,0600957 ,000 -,672755 -,263032

6 ,5234740* ,0340954 ,000 ,407246 ,639702

2

(80 ppm)

1 22,8055629* ,4976116 ,000 21,109244 24,501882

3 23,2033667* ,4978910 ,000 21,506672 24,900061

4 23,3828734* ,4976808 ,000 21,686462 25,079285

5 22,3376699* ,5012273 ,000 20,636350 24,038990

6 23,3290369* ,4987783 ,000 21,631137 25,026937

3

(160 ppm)

1 -,3978038* ,0166781 ,000 -,454658 -,340950

2 -23,2033667* ,4978910 ,000 -24,900061 -21,506672

4 ,1795067* ,0186292 ,000 ,118996 ,240017

5 -,8656969* ,0623671 ,000 -1,074062 -,657332

6 ,1256702* ,0379559 ,044 ,002260 ,249081

4

(320 ppm)

1 -,5773105* ,0082998 ,000 -,605604 -,549017

2 -23,3828734* ,4976808 ,000 -25,079285 -21,686462

3 -,1795067* ,0186292 ,000 -,240017 -,118996

5 -1,0452036* ,0606661 ,000 -1,250861 -,839546

6 -,0538365 ,0350911 ,839 -,171558 ,063885

5

(640 ppm)

1 ,4678931* ,0600957 ,000 ,263032 ,672755

2 -22,3376699* ,5012273 ,000 -24,038990 -20,636350

3 ,8656969* ,0623671 ,000 ,657332 1,074062

4 1,0452036* ,0606661 ,000 ,839546 1,250861

6 ,9913671* ,0690940 ,000 ,768647 1,214087

6

(1280 ppm)

1 -,5234740* ,0340954 ,000 -,639702 -,407246

2 -23,3290369* ,4987783 ,000 -25,026937 -21,631137

3 -,1256702* ,0379559 ,044 -,249081 -,002260

4 ,0538365 ,0350911 ,839 -,063885 ,171558

5 -,9913671* ,0690940 ,000 -1,214087 -,768647


178

Çizelge 4.149 Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinin MYC2 genine ait


Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

08-TR-003 Çeşidine Ait MYC2 Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 0,29179 0,246046 0,255607 0,280875

80 0,304814 0,257028 0,267016 0,293412

80 0,255076 0,215088 0,223446 0,245535

80 0,348686 0,294023 0,305448 0,335643

160 0,32828 0,276816 0,287573 0,316001

160 0,335876 0,283221 0,294227 0,323312

160 0,379981 0,320412 0,332863 0,365768

160 0,290176 0,244685 0,254194 0,279322

320 0,156366 0,131853 0,136976 0,150517

320 0,15615 0,13167 0,136787 0,150309

320 0,171586 0,144686 0,150309 0,165167

320 0,142299 0,119991 0,124654 0,136976

640 0,036197 0,030522 0,031708 0,034843

640 0,035061 0,029564 0,030713 0,033749

640 0,036322 0,030628 0,031818 0,034964

640 0,034939 0,029462 0,030607 0,033633

1280 0,044625 0,037629 0,039092 0,042956

1280 0,045154 0,038075 0,039555 0,043465

1280 0,0395 0,033308 0,034602 0,038023

1280 0,051013 0,043015 0,044687 0,049105

179

Çizelge 4.150 Cr(VI) stresi uygulanmış TR-3080 ayçiçeği çeşidinin MYC2 genine ait


Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

TR 3080 Çeşidine Ait MYC2 Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 0,217638 0,227983 0,208194 0,238325

80 0,158659 0,166201 0,151774 0,17374

80 0,213307 0,223446 0,204051 0,233582

80 0,16188 0,169576 0,154856 0,177268

160 5,755734 6,02934 5,505982 6,302831

160 5,625573 5,892991 5,381469 6,160297

160 5,645103 5,91345 5,400152 6,181684

160 5,735821 6,00848 5,486933 6,281025

320 0,37553 0,393381 0,359235 0,411225

320 0,424254 0,444421 0,405845 0,46458

320 0,437392 0,458184 0,418413 0,478968

320 0,36425 0,381565 0,348444 0,398873

640 0,193714 0,202922 0,185308 0,212127

640 0,225 0,235696 0,215237 0,246387

640 0,241819 0,253314 0,231326 0,264805

640 0,180241 0,188809 0,17242 0,197373

1280 0,084436 0,08845 0,080772 0,092462

1280 0,103378 0,108292 0,098892 0,113204

1280 0,08888 0,093105 0,085023 0,097328

1280 0,098209 0,102878 0,093948 0,107544

180

Çizelge 4.151 Cr(VI) stresi uygulanmış SARAY ayçiçeği çeşidinin MYC2 genine ait


Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

SARAY Çeşidine Ait MYC2 Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 1,010451 0,852635 0,846159 1,018185

80 0,988971 0,834509 0,828171 0,99654

80 0,980779 0,827597 0,821311 0,988286

80 1,018891 0,859756 0,853226 1,02669

160 19,2662 16,25712 16,13364 19,41366

160 26,13661 22,05448 21,88696 26,33665

160 18,54554 15,64902 15,53015 18,68748

160 27,15225 22,9115 22,73747 27,36007

320 0,577943 0,487678 0,483974 0,582367

320 0,90689 0,765248 0,759436 0,913831

320 0,767905 0,64797 0,643049 0,773782

320 0,682547 0,575944 0,571569 0,687771

640 0,982821 0,82932 0,82302 0,990343

640 1,226035 1,034548 1,02669 1,235419

640 1,362258 1,149495 1,140764 1,372684

640 0,88454 0,746389 0,74072 0,89131

1280 0,443498 0,374231 0,371388 0,446893

1280 0,581963 0,49107 0,48734 0,586417

1280 0,554785 0,468136 0,46458 0,559031

1280 0,465225 0,392564 0,389582 0,468786

181


genine ait normalize edilmiş gen ekspresyonu verileri

Cr (VI)

Konsantrasyonu

(ppm)

TARSAN 1018 Çeşidine Ait MYC2 Geni Normalize Edilmiş

Ekspresyon Verileri

80 0,418413 0,407819 0,408668 0,417544

80 0,333787 0,325335 0,326013 0,333094

80 0,37579 0,366275 0,367038 0,37501

80 0,371646 0,362236 0,36299 0,370874

160 17,47233 17,02992 17,06537 17,43603

160 20,70633 20,18204 20,22405 20,66332

160 20,87928 20,35061 20,39297 20,83591

160 17,3276 16,88886 16,92402 17,29161

320 0,920188 0,896888 0,898755 0,918276

320 0,821311 0,800515 0,802181 0,819605

320 0,860949 0,83915 0,840896 0,859161

320 0,877822 0,855595 0,857376 0,875998

640 0,714992 0,696889 0,698339 0,713507

640 0,997231 0,971981 0,974004 0,99516

640 0,959264 0,934975 0,936921 0,957271

640 0,743291 0,724471 0,725979 0,741747

1280 0,829895 0,808881 0,810565 0,828171

1280 0,359235 0,350139 0,350868 0,358489

1280 0,489032 0,476649 0,477641 0,488016

1280 0,609628 0,594192 0,595428 0,608361

182

Farklı konsantrasyonlarda Cr (VI) stresi uygulanan örneklerin MYC2 hedef genine ait







çeşit için Cr (VI) stresi uygulaması sonucunda konsantrasyona bağlı MYC2 gen


Çizelge 4.153 Cr(VI) stresi uygulanan örneklerin MYC2 genine ait normalize edilmiş

gen ekspresyonu verilerinin ortalama, standart hata ve standart sapma

değerleri

No

Örnek

Stres türü

Ortalama

Standart Hata

Standart

Sapma


2 08-TR-003 80 ppm Cr(VI) 0,276220869 0,009360841 0,0374434

3 TR- 3080 80 ppm Cr(VI) 0,192529895 0,007748238 0,0309930

4 SARAY 80 ppm Cr(VI) 0,922009797 0,021407707 0,0856308

5 TARSAN 1018 80 ppm Cr(VI) 0,370158125 0,007726238 0,0309050

6 08-TR-003 160 ppm Cr (VI) 0,307044167 0,009354197 0,0374168

7 TR- 3080 160 ppm Cr (VI) 5,831679091 0,077493092 0,3099724

8 SARAY 160 ppm Cr (VI) 21,0036749 1,047536179 4,1901447

9 TARSAN 1018 160 ppm Cr (VI) 18,85439003 0,436783362 1,7471334

10 08-TR-003 320 ppm Cr(VI) 0,14414351 0,003556463 0,0142259

11 TR- 3080 320 ppm Cr(VI) 0,41028504 0,009819173 0,0392767

12 SARAY 320 ppm Cr(VI) 0,676744063 0,032691213 0,1307649

13 TARSAN 1018 320 ppm Cr(VI) 0,859041597 0,009415847 0,0376634

14 08-TR-003 640 ppm Cr(VI) 0,032795647 0,000601796 0,0024072

15 TR- 3080 640 ppm Cr(VI) 0,216852451 0,007056881 0,0282275

16 SARAY 640 ppm Cr(VI) 1,02727219 0,051085624 0,2043425

17 TARSAN 1018 640 ppm Cr(VI) 0,842876579 0,032142924 0,1285717

18 08-TR-003 1280 ppm Cr(VI) 0,041487709 0,001219553 0,0048782

19 TR- 3080 1280 ppm Cr(VI) 0,096049997 0,002341633 0,0093665

20 SARAY 1280 ppm Cr(VI) 0,471593057 0,017625803 0,0705032

21 TARSAN 1018 1280 ppm Cr(VI) 0,564699353 0,044205751 0,1768230

183


zamana bağlı MYC2 gen ifade düzeyleri

Cr(VI) stresi uygulanan örneklerin konsantrasyona bağlı farklılaşan MYC2 gen ifade




4.154-4.155, 4.158- 4.159). Sig değeri 0,05’den küçük olması, farklı konsantrasyonlarda

Cr(VI) stresinde konsantrasyona bağlı olarak MYC2 gen ekspresyonu seviyesinde

meydana gelen değişikliğin p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu

ifade etmektedir.

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2M

YC

2 G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri

08-TR-003

0

1

2

3

4

5

6

7

MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri

TR-3080

0

5

10

15

20

25

MY

C2

Ge

nin

in İf

ade

Dü

zeyl

eri

SARAY

0

5

10

15

20

25M

YC

2 G

en

inin

İfad

e D

üze

yle

ri TARSAN 1018

184


(One Way ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile zamana karşı MYC2 geni


karşılaştırılmıştır (Çizelge 4.156-4.157, 4.160- 4.161).



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 10,450 5 2,090 4133,222 ,000


Toplam 10,496 95








Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 404,313 5 80,863 4877,575 ,000


Toplam 405,805 95

185



(I)

Konsantras

yon

(J)

Konsantra

syon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlı

lık



1 (kontrol) 2 ,7237791* ,0093608 ,000 ,691869 ,755690

3 ,6929558* ,0093542 ,000 ,661068 ,724844

4 ,8558565* ,0035565 ,000 ,843733 ,867980

5 ,9672044* ,0006018 ,000 ,965153 ,969256

6 ,9585123* ,0012196 ,000 ,954355 ,962670

2

(80 ppm)

1 -,7237791* ,0093608 ,000 -,755690 -,691869

3 -,0308233 ,0132335 ,307 -,072635 ,010988

4 ,1320774* ,0100137 ,000 ,099065 ,165090

5 ,2434252* ,0093802 ,000 ,211489 ,275362

6 ,2347332* ,0094400 ,000 ,202713 ,266753

3

(160 ppm)

1 -,6929558* ,0093542 ,000 -,724844 -,661068

2 ,0308233 ,0132335 ,307 -,010988 ,072635

4 ,1629007* ,0100075 ,000 ,129910 ,195892

5 ,2742485* ,0093735 ,000 ,242335 ,306162

6 ,2655565* ,0094334 ,000 ,233559 ,297554

4

(320 ppm)

1 -,8558565* ,0035565 ,000 -,867980 -,843733

2 -,1320774* ,0100137 ,000 -,165090 -,099065

3 -,1629007* ,0100075 ,000 -,195892 -,129910

5 ,1113479* ,0036070 ,000 ,099152 ,123543

6 ,1026558* ,0037598 ,000 ,090200 ,115112

5

(640 ppm)

1 -,9672044* ,0006018 ,000 -,969256 -,965153

2 -,2434252* ,0093802 ,000 -,275362 -,211489

3 -,2742485* ,0093735 ,000 -,306162 -,242335

4 -,1113479* ,0036070 ,000 -,123543 -,099152

6 -,0086921* ,0013600 ,000 -,013112 -,004273

6

(1280 ppm)

1 -,9585123* ,0012196 ,000 -,962670 -,954355

2 -,2347332* ,0094400 ,000 -,266753 -,202713

3 -,2655565* ,0094334 ,000 -,297554 -,233559

4 -,1026558* ,0037598 ,000 -,115112 -,090200

5 ,0086921* ,0013600 ,000 ,004273 ,013112


186



(I)

Konsantras

yon

(J)

Konsant

rasyon

(I-J)

Ortalama Fark

Standart

Hata

Anlam

lılık



1

(kontrol)

2 ,8074701* ,0077482 ,000 ,781057 ,833883

3 -4,8316791* ,0774931 ,000 -5,095847 -4,567511

4 ,5897150* ,0098192 ,000 ,556242 ,623188

5 ,7845937* ,0070569 ,000 ,760537 ,808650

6 ,9039500* ,0023416 ,000 ,895968 ,911932

2

(80 ppm)

1 -,8074701* ,0077482 ,000 -,833883 -,781057

3 -5,6391492* ,0778795 ,000 -5,903847 -5,374452

4 -,2177551* ,0125081 ,000 -,257438 -,178073

5 -,0228764 ,0104802 ,396 -,056011 ,010258

6 ,0964799* ,0080943 ,000 ,069521 ,123438

3

(160 ppm)

1 4,8316791* ,0774931 ,000 4,567511 5,095847

2 5,6391492* ,0778795 ,000 5,374452 5,903847

4 5,4213941* ,0781127 ,000 5,156367 5,686421

5 5,6162728* ,0778137 ,000 5,351667 5,880879

6 5,7356291* ,0775285 ,000 5,471414 5,999845

4

(320 ppm)

1 -,5897150* ,0098192 ,000 -,623188 -,556242

2 ,2177551* ,0125081 ,000 ,178073 ,257438

3 -5,4213941* ,0781127 ,000 -5,686421 -5,156367

5 ,1948787* ,0120920 ,000 ,156377 ,233380

6 ,3142350* ,0100945 ,000 ,280351 ,348119

5

(640 ppm)

1 -,7845937* ,0070569 ,000 -,808650 -,760537

2 ,0228764 ,0104802 ,396 -,010258 ,056011

3 -5,6162728* ,0778137 ,000 -5,880879 -5,351667

4 -,1948787* ,0120920 ,000 -,233380 -,156377

6 ,1193563* ,0074352 ,000 ,094688 ,144025

6

(1280 ppm)

1 -,9039500* ,0023416 ,000 -,911932 -,895968

2 -,0964799* ,0080943 ,000 -,123438 -,069521

3 -5,7356291* ,0775285 ,000 -5,999845 -5,471414

4 -,3142350* ,0100945 ,000 -,348119 -,280351

5 -,1193563* ,0074352 ,000 -,144025 -,094688


187



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 5435,642 5 1087,128 370,013 ,000

Gruplar içi 264,427 90 2,938

Toplam 5700,069 95



Varyansın

Kaynağı

(Ekspresyon)

Kareler

Toplamı

Sebestlik

Dereceleri

(df)

Kareler

Ortalaması

Farklılık

(F)

Anlamlılık

(Sig.)

Gruplar arası 4385,337 5 877,067 1696,102 ,000

Gruplar içi 46,540 90 ,517

Toplam 4431,877 95

188



(I)

Konsantras

yon

(J)

Konsan

trasyon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlam

lılık



1

(kontrol)

2 ,0779902* ,0214077 ,032 ,005013 ,150967

3 -20,0036749* 1,0475362 ,000 -23,574643 -16,432707

4 ,3232559* ,0326912 ,000 ,211814 ,434698

5 -,0272722 ,0510856 1,000 -,201419 ,146875

6 ,5284069* ,0176258 ,000 ,468322 ,588492

2

(80 ppm)

1 -,0779902* ,0214077 ,032 -,150967 -,005013

3 -20,0816651* 1,0477549 ,000 -23,652927 -16,510403

4 ,2452657* ,0390769 ,000 ,120291 ,370241

5 -,1052624 ,0553898 ,602 -,286938 ,076413

6 ,4504167* ,0277301 ,000 ,362557 ,538277

3

(160 ppm)

1 20,0036749* 1,0475362 ,000 16,432707 23,574643

2 20,0816651* 1,0477549 ,000 16,510403 23,652927

4 20,3269308* 1,0480462 ,000 16,755277 23,898585

5 19,9764027* 1,0487811 ,000 16,403755 23,549050

6 20,5320818* 1,0476845 ,000 16,960914 24,103249

4

(320 ppm)

1 -,3232559* ,0326912 ,000 -,434698 -,211814

2 -,2452657* ,0390769 ,000 -,370241 -,120291

3 -20,3269308* 1,0480462 ,000 -23,898585 -16,755277

5 -,3505281* ,0606503 ,000 -,544731 -,156325

6 ,2051510* ,0371401 ,000 ,085078 ,325224

5

(640 ppm)

1 ,0272722 ,0510856 1,000 -,146875 ,201419

2 ,1052624 ,0553898 ,602 -,076413 ,286938

3 -19,9764027* 1,0487811 ,000 -23,549050 -16,403755

4 ,3505281* ,0606503 ,000 ,156325 ,544731

6 ,5556791* ,0540408 ,000 ,376696 ,734662

6

(1280 ppm)

1 -,5284069* ,0176258 ,000 -,588492 -,468322

2 -,4504167* ,0277301 ,000 -,538277 -,362557

3 -20,5320818* 1,0476845 ,000 -24,103249 -16,960914

4 -,2051510* ,0371401 ,000 -,325224 -,085078

5 -,5556791* ,0540408 ,000 -,734662 -,376696


189



(I)

Konsant

rasyon

(J)

Konsant

rasyon

(I-J)

Ortalama

Fark

Standart

Hata

Anlamlı

lık



1

(kontrol)

2 ,6298419* ,0077262 ,000 ,603504 ,656180

3 -17,8543900* ,4367834 ,000 -19,343350 -16,365430

4 ,1409584* ,0094158 ,000 ,108861 ,173056

5 ,1571234* ,0321429 ,003 ,047551 ,266696

6 ,4353006* ,0442058 ,000 ,284607 ,585995

2

(80 ppm)

1 -,6298419* ,0077262 ,000 -,656180 -,603504

3 -18,4842319* ,4368517 ,000 -19,973284 -16,995180

4 -,4888835* ,0121800 ,000 -,527478 -,450289

5 -,4727185* ,0330585 ,000 -,583661 -,361776

6 -,1945412* ,0448759 ,007 -,346191 -,042891

3

(160 ppm)

1 17,8543900* ,4367834 ,000 16,365430 19,343350

2 18,4842319* ,4368517 ,000 16,995180 19,973284

4 17,9953484* ,4368848 ,000 16,506252 19,484445

5 18,0115135* ,4379645 ,000 16,520950 19,502077

6 18,2896907* ,4390146 ,000 16,797671 19,781710

4

(320 ppm)

1 -,1409584* ,0094158 ,000 -,173056 -,108861

2 ,4888835* ,0121800 ,000 ,450289 ,527478

3 -17,9953484* ,4368848 ,000 -19,484445 -16,506252

5 ,0161650 ,0334937 1,000 -,095519 ,127849

6 ,2943422* ,0451974 ,000 ,142196 ,446489

5

(640 ppm)

1 -,1571234* ,0321429 ,003 -,266696 -,047551

2 ,4727185* ,0330585 ,000 ,361776 ,583661

3 -18,0115135* ,4379645 ,000 -19,502077 -16,520950

4 -,0161650 ,0334937 1,000 -,127849 ,095519

6 ,2781772* ,0546563 ,000 ,104236 ,452119

6

(1280 ppm)

1 -,4353006* ,0442058 ,000 -,585995 -,284607

2 ,1945412* ,0448759 ,007 ,042891 ,346191

3 -18,2896907* ,4390146 ,000 -19,781710 -16,797671

4 -,2943422* ,0451974 ,000 -,446489 -,142196

5 -,2781772* ,0546563 ,000 -,452119 -,104236


190

5. TARTIŞMA VE SONUÇ

Bu çalışmada, 0, 3, 27 saat boyunca 100 ve 150 mM NaCl, 100 ve 150 mM PEG ve 24

saat boyunca farklı konsantrasyonlarda (0, 80 ppm, 160 ppm, 320 ppm ve 1280 ppm)

Cr(VI) stresi uygulanmış 08-TR-003, TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018 ayçiçeği

çeşitlerinde, bitkilerde hücre döngüsü kontrolünde önemli roller üstlenen, dolayısıyla

hücre büyüme ve gelişiminin temel mekanizmalarını etkileyen Retinoblastoma ilişkili

protein (RBR), Myelocytomatosis (Myc) ve E2F genlerinin ifade seviyelerindeki

farklılıklar kantitatif Real Time PCR ile belirlenerek, ayçiçeğinin ilgili stres koşullarına

karşı olan savunma mekanizmaları hakkında bilgi edinilmeye çalışılmıştır. Günümüzde

moleküler biyoloji teknikleri oldukça gelişmiştir. Bu gelişmeler genom ve proteom

seviyesinde çalışmalar yapmamıza olanak sağlamaktadır. Herhangi bir organizmada

çeşitli koşullarda (hastalık, strese maruz kalma vb.) belirli genlere ait anlatım

profillerinin çıkarılmasında kullanılan en yaygın teknolojilerden biri kantitatif eş

zamanlı PCR yöntemidir. Real-time PCR teknolojisi ile araştırılan genlere ait transkript

seviyelerindeki değişimler oldukça doğru bir biçimde saptanabilmekte, sonuç alma

süresi önemli derecede kısalmakta ve personel hata payı en aza düşürülmektedir

(Shipley 2006). Çalışmada aynı zamanda bitkilerde stresin öncelikli etkilerinden biri

olarak gösterilen lipid peroksidasyonu sırasında oluşan reaktif bir metabolit ürün olan

malondialdehid (MDA) içeriği MDA analizi ile, stres faktörüne ve zamana bağlı olarak

ayçiçeği çeşitlerindeki total protein miktarındaki değişim de Bradford yöntemiyle tayin

edilmiştir.

5.1 Total Protein Miktarının Belirlenmesi (Bradford Yöntemi)

Abiyotik stresler arasında yer alan ozmotik streslerden kuraklık ve tuzluluk, bitkilerde

verim azalmasıyla sonuçlanan, çeşitli biyokimyasal, fizyolojik ve metabolik

değişikliklere neden olur (Xiong ve Zhu 2002).

Bitki büyümesinde olumsuz etkilere sahip olan tuzluluk bitki metabolizmasını

etkilemekte ve büyüme, gelişme ve gen ekspresyonunda önemli modifikasyonlara neden

191

olmaktadır. Bu modifikasyonlar bazı metabolitlerin birikimine veya tüketimine ve bazı

hücresel proteinlerin miktarında değişimlere neden olabilmektedir (Kong vd. 2005).

Tuz stresine maruz kalan pek çok bitki, ozmotik dengeyi sağlamak için hücrelerinde

düşük moleküler ağırlıklı çeşitli organik maddeleri yüksek konsantrasyonlarda

biriktirmektedir. Farklı bitki türlerinde tuzlulukla teşvik edilmiş çok sayıda protein

belirlenmiştir. Bu proteinleri, sadece tuzluluk şartlarında biriktirilen tuz stresi

proteinleri ve diğer abiyotik faktörlerce biriktirilen stresle ilgili proteinler olarak iki

gruba ayırmak mümkündür (Ashraf ve Haris 2004). Tuzlu koşullar altındaki bitkilerde

biriken proteinler, azot kaynağı olarak kullanılabilmekte ve ozmotik düzenlemede rol

oynayabilmektedir. Bu proteinler tuz stresine yanıt olarak yeni sentezlenebilir veya

düşük konsantrasyonda temel düzeyde mevcut olabilir (Pareek-Singla ve Grover 1997).

Tuzluluk koşulları altında uyarılan proteinlerin sitoplazmik proteinler oldukları ve

hücrelerin sitoplazmik akışkanlığında değişimlere neden olduğu bilinmektedir

(Hasegawa vd. 2000). Arpa, ayçiçeği, çeltik gibi bitkilerin tuza toleranslı genotiplerinin

daha yüksek çözünebilir protein içeriğine sahip oldukları gözlenmiştir (Parvaiz ve

Satyawati 2008).

Agastian vd. (2000) yaptıkları çalışmada, dut çeşitlerinde düşük tuz stresinde çözünür

protein miktarının arttığını, yüksek tuz stresinde azaldığını bildirmişlerdir. Ashraf ve

Fatima (1995) aspir bitkisinin tuza toleranslı ve tuz duyarlı çeşitlerinde yaprak çözünür

proteinlerinde önemli ölçüde farklılık olmadığını, tuzluluk cevabında çözünür protein

içeriğinde azalma olduğunu rapor etmişlerdir.

Alamgir ve Ali (1999)’nin Oryza sativa, Gadallah (1999)’ın Vicia faba, Wang ve Nil

(2000)’in Amaranthus tricolor, Parida vd. (2002)’nin Bruguiera parviflora ile yaptıkları

çalışmalarda tuzluluk koşullarında çözünebilir protein miktarında azalma olduğunu

tespit etmişlerdir. Quintero vd. (1996)’nin Arabidopsis thaliana ile yaptıkları

çalışmalarda tuzluluk koşullarında çözünebilir protein miktarında artış olduğunu rapor

etmişlerdir. Khedr vd. (2003)’nin kum zambağı (Pancratium maritimum) ile yaptıkları

192

çalışmada düşük tuzluluk ortamında total protein miktarında artış olduğunu, yüksek

tuzluluk ortamında ise total protein miktarında azalma olduğunu rapor etmişlerdir.

Huang vd. (2014), sodyum klorür konsantrasyonlarının hibrid rami bitkisi üzerinde,

fotosentez, antioksidan enzimler, büyüme ve lif verimi üzerine etkilerini araştırdıkları

çalışmada, bitkilere 10 ve 20 gün süreyle, farklı konsantrasyonlarda (0, 2, 4, 6 ve 8 g

NaCl/kg kuru toprak) NaCl stresi uygulamışlardır. 10 gün boyunca strese maruz kalan

bitkilerde, 20 güne kıyasla total protein miktarının daha fazla olduğu görülse de artan

NaCl konsantrasyonuyla beraber her iki zaman diliminde de total protein miktarında

azalma olduğunu tespit etmişlerdir.

Tuzlu koşullarda büyüyen bitkilerde, tuz stresi poliribozomların kaybolmasına ve

dolayısıyla protein sentez ve seviyesinin azalmasına neden olmaktadır (Artlip ve

Funkhouser 1995).

Farklı bitki türlerinde tuz stresi altında protein seviyesindeki azalma; protein sentezinde

ve amino asitlerin kullanılabilirliğinde azalma, amino asitler ve protein sentezini

kapsayan enzimlerin denatürasyonuna bağlıdır (Popova vd. 1995).

Tuzlu koşullarda artan protein seviyesi ise, proteinlerin yeni oluşumları kadar önceden

mevcut proteinlerin artan sentezinden de kaynaklanabilir (Dubey ve Rani 1989).

NaCl stresine karşı miktarı artan protein(ler)in türlerin savunma mekanizmasını

oluşturabileceği, aynı proteinlerin miktarının azalması durumunda ise stresin yeterince

üstesinden gelemeyeceği ve proteinin azalması veya kaybolmasının bir genotipin

duyarlılığı ile ilişkili olabileceği ileri sürülmüştür (Yıldız ve Terzi 2008).

Ashraf ve Tufail (1995) ayçiçeği bitkisinde tuzluluk tolerans değişimini araştırdıkları

çalışmada, tuza toleranslı çeşitlerde, tuza hassas çeşitlere göre çözünebilir protein

seviyesinin daha yüksek olduğunu bildirmişlerdir.

193

Wang vd. (2014), Kandelia candel köklerinde, antioksidan savunma sistemi üzerine tuz

stresinin etkilerini araştırdıkları çalışmalarında, bitkilere 0, 150, 300 ve 450 mmol/L tuz

stresi uygulamışlardır. Tuz konsantrasyonu ve işlem süresi artması ile Kandelia candel

kökü toplam protein içeriğinin azaldığını rapor etmişlerdir.

Çalışmamızda, 100 mM ve 150 mM tuz (NaCl) stresi uygulaması sonucu, 08-TR-003,

TR-3080 ve SARAY ayçiçeği çeşitlerinde kontrol örnekleriyle kıyaslandığında 3. saatte

total protein miktarında azalma görülürken, 27. saatte 3. saate göre bir artış gözlenmiştir

(Şekil 4.19). TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinde ise, 100 mM tuz stresi uygulaması

sonucu 3. saatte kontrole göre artış, 27. saatte ise hem kontrole, hem de 3. saate göre

azalma gözlenmiştir. Aynı çeşide, 150 mM tuz stresi uygulaması sonucu 3. ve 27.

saatlerde alınan örneklerde total protein miktarında stres uygulama zamanına bağlı

olarak artış gözlenmiştir (Şekil 4.20). Elde ettiğimiz sonuçlar, literatürde yer alan

çalışmalar doğrultusunda değerlendirildiğinde, 100mM ve 150 mM tuz stresinin kısa

süreli uygulanmasının 08-TR-003, TR-3080 ve SARAY çeşitleri üzerinde bir etki

oluşturduğu, stresin uygulama süresindeki artışla beraber protein seviyesinde meydana

gelen artışın bitkilerde stres tolerans mekanizmalarını aktif hale getirmiş olabileceği

sonucuna varılabilir. TARSAN 1018 çeşidinde 100 mM NaCl stresinde, protein

seviyesinde 3. saatte gözlenen artış, bu çeşidin diğerlerine kıyasla tuz stresine karşı

tolerans mekanizmalarını daha erken aktif hale getirdiği ve dolayısıyla daha toleranslı

olduğunu gösterebilir.

Kuraklık zararı sadece su kaybından değil, aynı zamanda protein kaybından da meydana

gelir. Kuraklık stresi ile bitkide protein metabolizmasında, proteinlerin parçalanması ve

protein sentezinin azalması şeklinde görülen bozulmalar meydana gelmektedir. Kuraklık

stresi altında uyarılan genler; hücreleri su yokluğundan yalnızca önemli metabolik

proteinlerin üretimi yoluyla korumak üzere fonksiyon göstermez, aynı zamanda

kuraklık stresi cevabında sinyal iletim genlerinin regülasyonunda da görev alır

(Shinozaki vd. 1996).

194

100 mM PEG (kuraklık) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinde total protein

miktarında 3. saatte kontrole göre bir azalma görülürken, 27. saatte 3. saate göre anlamlı

bir değişme gözlenmemiştir (Şekil 4.21). 150 mM PEG uygulaması sonucu aynı çeşitte

kontrole göre örnek alım zamanına bağlı olarak azalma görülmüştür. 100 mM PEG

stresi uygulaması sonucu, TR-3080 ayçiçeği çeşidinde total protein miktarında 3. saatte

kontrole göre artma, 27.saatte 3. saate göre azalma görülmektedir. 150 mM PEG stresi

uygulamasında ise total protein miktarında 3. saatte kontrole göre azalma, 27. saatte 3.

saate göre artış olduğu görülmektedir (Şekil 4.22). 100 mM ve 150 mM PEG stresi

uygulaması sonucunda SARAY ve TARSAN 1018 ayçiçeği çeşitlerinde 3. saatte

kontrole göre azalma, 27. saatte 3. saate göre artış gözlenmiştir. 100 mM ve 150 mM

PEG stresi uygulaması çalışılan çeşitlerde genel olarak aynı tepkilere sebep olmuştur.

100 mM ve 150 mM PEG stresinde, en yüksek çözünebilir protein miktarı sırasıyla, TR-

3080 ve TARSAN 1018 çeşidinde gözlenmiştir. Bu çeşitlerde kuraklığa toleransın daha

yüksek olduğu söylenebilir.

Sinha vd. (2005), Pistia stratiotes L. bitkisiyle yaptıkları çalışmada, 10μM Cr stresinin

48 saat uygulamasında görülen artışın dışında, tüm uygulama sürelerinde, Cr

konsantrasyonunda artışla beraber total protein miktarında azalma görülmüştür.

Rai vd. (2004), Ocimum tenuiflorum L. ile yaptıkları çalışmada, farklı

konsantrasyonlardaki (10, 20, 50 ve 100 μM) Cr stresi, farklı sürelerde (24, 48 ve 72

saat) uygulanmıştır. Genel olarak artan Cr konsantrasyonu ve sürelere bağlı olarak

protein miktarında azalma gözlenmiştir.

Rai vd. (2014), Catharanthus roseus’un Rosea ve Alba çeşitleri ile yaptıkları çalışmada,

30 gün süresince farklı konsantrasyonlarda (0, 10, 50 ve 100 μM) Cr stresi uygulaması

sonucunda, Rosea çeşidinde artan konsantrasyona bağlı protein miktarında kademeli

azalma görülmüştür. Alba çeşidinde ise en belirgin azalma 100 μM Cr stresi

uygulamasında gözlenmiştir.

195

Farklı konsantrasyonlarda Cr (VI) stresi uygulanmış 08-TR-003 ayçiçeği çeşidinde artan

krom konsantrasyonlarıyla total protein miktarında azalmalar olduğu görülmektedir.

Kontrol örneğiyle kıyaslandığında 640 ppm ve 1280 ppm Cr(VI) stresi uygulamasının

total protein miktarında önemli azalmalara sebep olduğu görülmektedir.

TR-3080 ayçiçeği çeşidinde 80 ppm Cr (VI) uygulamasının kontrole göre total protein

miktarında azalmaya sebep olurken, 160 ppm Cr (VI) uygulamasının 80 ppm

konsantrasyona göre bir miktar total protein miktarını arttırdığı görülmektedir. 160

ppm’den itibaren artan Cr konsantrasyonuna bağlı olarak total protein miktarında

azalma görülmektedir.

SARAY ayçiçeği çeşidinde 80 ppm Cr uygulamasının kontrole göre total protein

miktarını azalttığı gözlenirken 80, 160, 320 ve 640 ppm uygulamanın total protein

miktarında anlamlı bir değişime sebep olmadığı görülmektedir. 1280 ppm de ise anlamlı

azalma olduğu görülmektedir. TARSAN 1018 çeşidinde 80 ppm Cr uygulamasının

kontrole göre total protein miktarını azalttığı gözlenirken, 160ppm uygulamanın 80

ppm’e göre total protein miktarında anlamlı bir değişime sebep olmadığı görülmektedir.

320 ppm’ den itibaren artan Cr konsantrasyonuna bağlı total protein miktarında azalma

görülmektedir. Tüm çeşitlerde en anlamlı azalış 1280 ppm uygulaması sonucu

gözlenmiştir( Şekil 4.23).

Cr (VI) stresi uygulaması sonucu, total protein miktarında gözlenen değişimler, konuyla

ilgili daha önce yapılan çalışmaları (Rai vd. (2004, 2014), Sinha vd. (2005), Wang vd.

(2014)) destekler niteliktedir. Artan Cr (VI) konsantrasyonuyla beraber, total protein

miktarında bazı iniş çıkışlar görülse de, genel olarak azalma eğiliminde olduğu

gözlenmiştir. Kromun belli konsantrasyonlarına kadar, protein seviyesinin belli

seviyede tutulması, stres yanıt mekanizmalarının çalıştırıldığını, özellikle 640 ppm ve

1280 ppm’de gözlenen anlamlı azalmanın hücrelerin apoptoza girmesinden

kaynaklanabileceği düşünülmektedir.

196


Malondialdehit (MDA) içeriği değişimi, lipid peroksidasyonunu ölçmek için önemli bir

göstergedir. MDA içeriğinin yüksek olması, bitki hücre zarlarının oksidasyon

derecesinin yüksek olduğunu ve hasarın büyüklüğünü ifade eder (Cheruth vd. 2009).

Farklı çalışmalarda gösterildiği gibi, düşük MDA düzeyleri, tuz toleransı açısından

önemli olabilir. Tuz stresine maruz bırakılmış, tuza toleranslı arpa (Liang vd. 2003) ve

tütünde (Ruiz vd. 2005) kontrollere göre MDA düzeylerinin daha düşük olduğu

bulunmuştur.

Sergio vd. (2012), tuz stresinin yabani hindiba (Cichorium intybus L.)’da büyüme

parametreleri, enzimatik antioksidan sistem ve lipit peroksidasyonu üzerine etkilerini

araştırdıkları çalışmalarında, yaprakta gözlenen MDA düzeyinin köklerden daha fazla

olduğu, 100 mM ve 200 mM NaCl uygulamasının, hem yaprakta hem köklerde artan

NaCl konsantrasyonuna bağlı olarak MDA düzeyinde azalmaya sebep olduğunu

gözlemlemişlerdir.

Ellouzia vd. (2011), tuz stresinin Cakile maritima ve Arabidopsis thaliana’nın

fizyolojik ve oksidatif durumu üzerindeki etkilerini araştırdıkları çalışmalarında, 400

mM NaCl uygulamasının, Cakile maritima’da 4. saatte MDA düzeyini düşürdüğü, 16

ve 24 saat uygulamaların MDA düzeyini arttırdığı, 72 saat uygulamanın ise MDA

düzeyini düşürdüğünü gözlemişlerdir. Arabidopsis thaliana’da ise 100 mM NaCl

uygulamasının zamana bağlı MDA düzeyinde artışa sebep olduğunu gözlemişlerdir. Her

iki türde de Malondialdehid konsantrasyonları 24 saat tuz stresinde maksimum

değerlere ulaşmıştır.

Mittova vd. (2004) yaptıkları çalışmada, tuz toleranslı yabani domates Lycopersicon

pennellii köklerinde artan tuz stresine tepki olarak MDA düzeyinde bir azalma meydana

geldiğini bulmuşlardır. Yabani ve tuza toleranslı domates türlerinde tuz stresine cevabın

197

farklı olduğunu ve yabani türlerin tuz stresine yanıt olarak antioksidan sistemin artan

regülasyonunda daha başarılı olduklarını bulmuşlardır.

Ebrahimian ve Bybordi (2012) ayçiçeği ile yaptıkları çalışmada, askorbik asit

uygulamasının, lipid peroksidasyonu ve enzim aktivitesini önemli derecede azalttığını

bulmuşlardır. Öte yandan, tuzluluk ve askorbik asit arasındaki etkileşimin,

malondialdehit ve antioksidan enzim aktivitesi üzerinde önemli olduğu ve tuzluluk

stresi altında askorbik asit uygulamasının malondialdehit üretim ve enzim aktivitesini

önemli ölçüde düşürdüğünü gözlemlemişlerdir. Sadece 100, 200 ve 300 mM tuz stresi

uygulaması sonucu, artan NaCl konsantrasyonlarına bağlı MDA düzeyinin de arttığı

bulunmuştur. Tuz stresiyle beraber 4 mM askorbik asit uygulamasının artan NaCl

stresine bağlı MDA düzeyini arttırdığını ancak, MDA seviyelerinin askorbik asit

uygulanmayıp sadece tuz stresi uygulanan örneklere kıyasla daha düşük düzeyde olduğu

ifade etmişlerdir.

Wang vd. (2014) Kandelia candel köklerinde, antioksidan savunma sistemi üzerinde tuz

stresinin etkilerini araştırdıkları çalışmalarında, tuz konsantrasyonu ve işlem süresi

artması ile Kandelia candel kökü toplam protein içeriğinin azaldığını rapor etmişlerdir.

Ayrıca, CAT aktivitesi, SOD aktivitesi, ASA içeriği ve MDA içeriğinin, tuz

konsantrasyonu artışı ile azaldığını ve işlem süresi artışı ile iniş çıkışlar görülse de,

ASA ve MDA içeriğinin 6. saatte en üst düzeye ulaştığını ifade etmişlerdir. Belirli tuz

konsantrasyonunun (<300 mmol/L) Kandelia candel fide büyümesi için gerekli olduğu

sonucuna varmışlardır. Yüksek tuz stresinin erken aşamasında, Kandelia candel’in tuz

kaynaklı oksidadif strese karşı antioksidan savunma sistemini hızlı bir şekilde aktif hale

getirmesinin, plazma zarında oksidatif stresin zararını azaltmış, yüksek tuz stresine karşı

savunmada Kandelia candel için etkili bir yöntem olduğu sonucuna varmışlardır.

Miljuš-Djukić vd. (2013) üç bezelye türünde (Pisum arvense, P. sativum ve P. fulvum)

farklı konsantrasyonlarda tuz (75, 120, 150 ve 200 mM NaCl) stresinin antioksidan

savunma ve miRNA ifade değişimindeki etkisini araştırdıkları çalışmalarında, P.

arvense sürgünlerindeki, MDA seviyesi, 120 mM NaCl stresi altında önemli ölçüde (2,7

198

kat daha yüksek) artmıştır. P. sativum sürgünlerinde de 120 mM NaCI stresinde MDA

üretimi maksimum değere ulaşmış, ancak bu değer P. arvense ile karşılaştırıldığında

altında kalmıştır. Her iki genotipte de 150 ve 200 mM seviyesinde, MDA düzeyinin

kontrol grubu bitkilerinden daha düşük seviyeye inme sebebinin doku nekrozunu

düşündürdüğünü ifade etmişlerdir.

Çalışmamızda, 100 mM tuz (NaCl) stresi uygulamasında, 08-TR-003, TR-3080,

SARAY ve TARSAN 1018 ayçiçeği çeşitlerinde örnek alım zamanına bağlı olarak

MDA düzeyinde kademeli azalma görülmüştür. TARSAN 1018, 27. saat sonunda diğer

çeşitlerle karşılaştırıldığında MDA düzeyinde en fazla azalmanın gözlendiği çeşittir

(Şekil 4.14).

150 mM tuz (NaCl) stresi uygulaması, 08-TR-003, TR-3080 ve SARAY ayçiçeği

çeşitlerinde MDA düzeylerinde, örnek alım zamanına bağlı olarak kademeli azalmaya

sebep olurken, TARSAN 1018 çeşidinde, 3. saatte kontrole göre azalmaya, 27. saatte,

3. saate göre artışa sebep olmuştur (Şekil 4.15).

Çalışmada kullandığımız çeşitler üzerine bu konuda daha önce yapılmış bir çalışma

bulunmamaktadır. Literatürde yer alan diğer çalışmalara (Liang vd. 2003, Sergio vd.

2012, Mittova vd. 2004, Wang vd. 2014, Ruiz vd. 2005) göre değerlendirildiğinde, 100

mM ve 150 mM tuz stresi uygulaması sonucu MDA seviyesinde gözlenen düşüş,

bitkilerde stres toleransında, oksidadif strese karşı antioksidan savunma sisteminin hızlı

bir şekilde devreye sokularak, plazma zarında lipit peroksidasyonun önlendiğini ve tüm

çeşitlerin tuz stresine karşı toleranslı olduğunu gösterebilir.

Çevresel streslerde, MDA artışı, plasmalemma ve organel zarlarında lipid

peroksidasyonu veya hasar değerlendirilmesi için bir belirteç olarak kabul edilir. Lipit

peroksidasyonu, örneğin SOD, APX, GPX ve CAT artışı gibi antioksidan enzimlerin

aktivitesi ile ilişkilidir. Oksidatif stres toleransı gelişir ve MDA azaltılır. Soleimanzadeh

vd. (2010), potasyum düzeylerinin, kuraklık stresi altındaki ayçiçeğinde (Helianthus

annuus L.) antioksidan enzimler ve MDA içeriği üzerine etkisini araştırdıkları

199

çalışmada, bitkilerde MDA miktarının kuraklık stresi artışı ile arttığını, ancak potasyum

düzeylerinin artması ile azaldığını ortaya koymuşlardır. Deney verilerine göre, yüksek

kuraklık stresinde, MDA konsantrasyonu artışı, SOD ve GPX veya CAT’ın düşük

aktivitesine bağlı düşük potasyum düzeyleri, oksidatif stres hasarı için kritik bir

faktördür.

Vassilevska-Ivanova vd. (2014) ayçiçeği (Helianthus annuus L) genotiplerinde, PEG

kaynaklı su stresinin etkilerini araştırdıkları çalışmada, kullanılan her iki genotipte de

kuraklık stresinin PEG 6000 aracılığıyla, -0.4 ve -0.6 MPa ozmotik potansiyelinde

uygulanması MDA düzeyini önemli derecede etkilenmemiştir. Lipid peroksidasyon

seviyesinde aşamalı artış -8 MPa ozmotik potansiyelinde gözlenirken, istatistiksel stres

bağımlı artış -0.1 MPa’da gözlenmiştir.

Mirzaee vd. (2013) Brassica napus L. ile yaptıkları çalışmada, PEG uygulamasının,

kullanılan her iki çeşitte, kök ve sürgünlerde lipit peroksidasyon ürünü olan MDA

miktarını arttırdığı, Hyola 308 çeşidinde, MDA artış oranının SLM046 çeşidinden daha

yüksek olduğu bulunmuştur. Bunun yanında, kuraklık stresi SLM046 çeşidinin

köklerinde MDA içeriğinde önemli bir etkiye sebep olmadığı gözlenmiştir. SLM046

çeşidinin daha yüksek su stresi toleransı gösterdiği sonucuna varılmıştır.

Baloğlu vd. (2012), iki ayçiçeği (Helianthus annuus) çeşidinde (Aydın ve Musala) PEG

aracılığı ile kuraklık stresi altında antioksidan ve fizyolojik yanıtları araştırdıkları

çalışmalarında, artan kuraklık stresinin hücre zarlarında lipid peroksidasyonunun son

ürünleri olan MDA içeriklerinin her iki çeşitte de sürgünde önemli ölçüde arttığını

gözlemlemişlerdir. Sert kuraklık stresi koşullarının Aydın çeşidinin sürgünlerinde, daha

propagatif etkiye sahip olduğunu, her iki çeşitte de köklerde MDA seviyesinin kuraklık

stresinden etkilenmediğini ortaya koymuşlardır. Köklerde MDA düzeyinin

etkilenmemesi, düşük lipid peroksidasyona karşılık geldiği ve bu dokuların oksidatif

hasara karşı daha iyi koruma gösterebilecekleri sonucuna varılmıştır.

200

100 mM kuraklık (PEG) stresi uygulaması, 08-TR-003, TR-3080 ve SARAY ayçiçeği

çeşitlerinde MDA düzeylerinde uzayan stres uygulama zamanıyla beraber azalmalara

sebep olurken, TARSAN 1018 çeşidinde 3. saatte kontrole göre azalmaya, 27. saatte 3.

saate göre artışa sebep olmuştur (Şekil 4.16).

150 mM kuraklık (PEG) stresi uygulaması, tüm çeşitlerde stres uygulama zamanında

artışla beraber, MDA düzeyinde azalmaya sebep olmuştur (Şekil 4.17).

Çalışmada, 100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulaması sonucu MDA seviyesinde tuz

stresiyle benzer sonuçlar elde edilmiş, stres tolerans mekanizmaları sayesinde kuraklık

stresinin de bitkilerde plazma zarları üzerine olumsuz etki göstermesi önlenmiştir.

Sonuçlar, ayçiçeği çeşitlerinin, tuz stresinin yanı sıra kuraklık stresine karşı da toleranslı

olduğunu göstermektedir.

Rai vd. (2014), Catharanthus roseus’un Rosea ve Alba çeşitleri ile yaptıkları çalışmada,

30 gün süresince farklı konsantrasyonlarda (0, 10, 50 ve 100 μM) Cr stresi uygulaması

sonucunda, artan konsantrasyona bağlı MDA düzeyinde artış gözlemlemişlerdir. Rosea

çeşidinde artan konsantrasyona bağlı protein miktarında kademeli azalma görülmüştür.

Alba çeşidinde ise en belirgin azalma 100 μM Cr stresi uygulamasında gözlenmiştir.

Maiti vd. (2012), mısır bitkisinde Cr stresi yanıtını araştırdıkları çalışmada, Sartaj ve

Deccan çeşitlerine, farklı konsantrasyonlarda (0, 50, 100, 200 ve 300 μM) Cr stresi

uygulamış ve konsantrasyondaki artışla beraber MDA düzeyinde de artış olduğunu

gözlemlemişlerdir. En belirgin artışın her iki çeşitte de 300 μM Cr stresi uygulamasında

olduğunu ifade etmişlerdir.

Sinha vd. (2005), Pistia stratiotes L. bitkisinde Cr kaynaklı lipid peroksidasyonun,

antioksidanlar ve antioksidan enzimler üzerine rolünü araştırdıkları çalışmada, metal

konsantrasyonun ve maruz kalma süresindeki artışla beraber hem kök, hem de

yapraklarda, MDA içeriğinde bir artış gözlendiğini bildirmişlerdir. 10μM Cr stresinin

48 saat uygulamasında görülen artış dışında, tüm uygulama sürelerinde, Cr

konsantrasyonlarında artışla, total protein miktarında azalma görülmüştür.

201

Shanker ve Pathmanabhan (2004) yaptıkları çalışmada, farklı konsantrasyonlarda (50

ve 100 mM), Cr(III) ve Cr(VI) stresi uygulaması sonucu, sorgum kök ve yapraklarında

malondialdehit (MDA) değişimini incelemişlerdir. Yaprak ve kökte bulunan MDA

düzeyleri karşılaştırıldığında köklerdeki miktarın daha fazla olduğunu

gözlemlemişlerdir. Hem Cr(III) hem de Cr(VI)’nın artan konsantrasyonlarına bağlı

MDA düzeyinde de artış görülmüştür. Cr(VI), Cr(III) ile kıyaslandığında Cr(VI)’nın

MDA düzeylerinde daha fazla artışa sebep olduğu bildirilmiştir.

Rai vd. (2004), Ocimum tenuiflorum L. ile yaptıkları çalışmada, farklı

konsantrasyonlardaki (10, 20, 50 ve 100 μM) Cr stresi, farklı sürelerde (24, 48 ve 72

saat) uygulanmıştır. Genel olarak artan Cr konsantrasyonu ve sürelere bağlı olarak

MDA düzeyinde artış, protein miktarında azalma gözlenmiştir. Cr birikimi, MDA

üretimi vasıtasıyla, serbest radikallerin aşırı üretimini teşvik eder. Ayrıca membran

lipitlerinin peroksidasyonu, membran bütünlüğünün bozulduğunu gösteren, potasyum

sızıntısıyla sonuçlanır. Yüksek MDA üretimi ile birlikte zar geçirgenliğinin krom

kaynaklı kaybı Vallisneria spiralis’da da gözlenmiştir (Vajpayee vd. 2001).

Çalışmamızda, Cr(VI) stresi uygulamasının tüm çeşitlerde 80 ppm uygulamada,

kontrole göre MDA düzeyinde azalmaya sebep olduğu, farklı Cr konsantrasyonlarında

(80ppm, 160 ppm, 320 ppm, 640 ppm, 1280 ppm) MDA düzeyinde artış azalışlar

görülse de genel olarak artan Cr(VI) konsantrasyonuna bağlı olarak MDA düzeyinde

artışın olduğu görülmektedir (Şekil 4.18). 80 ppm Cr uygulamasının, tüm çeşitlerde

antioksidan savunma sistemlerini aktive ettiği, bunun üzerindeki uygulamalarda MDA

seviyesinde gözlenen artışın stres karşısında savunma sistemlerinin yetersiz kaldığını ve

lipit peroksidasyonun gerçekleştiğini göstermektedir. Artan Cr konsantrasyonlarıyla

total protein miktarlarında görülen azalma da bu sonuçları destekler niteliktedir.

5.3 E2F Geni İfade Seviyesinin Belirlenmesi

Hücre döngüsünü düzenleyen yolağın ikinci bileşeni, E2F’ler olarak adlandırılan

transkripsiyon faktörleri ailesidir. E2F’lerin DP heterodimerizasyon domaini içermesi,

202

DP proteinleri ile birleşmeyi sağlar ve E2F-DP transkripsiyon kompleksinin

aktivasyonuyla sonuçlanır. Bu kompleks, hücre döngüsü ilerlemesinde rol oynayan

genlerin ekspresyonunu uyarır (Desvoyes vd. 2006). E2F’ler ayrıca, transkripsiyonel

aktiviteyi bloke etmek için Rb proteininin bağlandığı bağlanma alanları içerir.

Arabidopsis thaliana’da altı E2F (E2Fa, E2Fb, E2Fc, DEL1, DEL2 ve DEL3), iki DP

proteini (DPa ve DPb) ve bir tane Rb homoloğu (RBR1) tanımlanmıştır (Desvoyes vd.

2006, Hirano vd. 2008).

S fazındaki spesifik genlerin ekspresyonunu kontrol eden E2F transkripsiyon faktörleri

G1 evresindeki genleri susturmak için RBR ile birleşir. Geç G1 evresinde,

CYCD/CDKA, RBR’yi fosforile eder, E2F’yi serbest bırakır ve S-fazı genlerini aktive

eder (De Veylder vd. 2007).

Vandepoele vd. (2005) yaptıkları çalışmada, E2Fa ve DPa transkripsiyon faktörlerinin

Arabidopsis thaliana fidelerinde ektopik ifade genlerinin transkripsiyonel düzeyde

promotor bölgelerini uyardığı tespit etmişlerdir. E2F hedef genlerinin G1 ve S fazları

boyunca özel olarak ifade edildiğini ve hareketsiz hücrelerin yeniden aktive edilerek

hücre döngüsüne girdiğini göstermişlerdir.

.

AtE2Fa ve AtDPa aşırı üretimi ekstra postembriyonik hücre bölünmesini uyarır. Hücre

döngüsünden çıkışın gecikmesindeki farklılaşma ekstra hücre bölünmeleri gözlenmesini

açıklayabilir (De Veylder vd. 2002). AtE2Fa ve AtDPa’nın aşırı ekspresyonu ayrıca S

fazına yeniden girmek için farklılaşmış yaprak hücrelerinin üretimine sebep olur

(Rossignol vd. 2002).

E2Fa ve E2Fb; DNA replikasyonu, DNA tamiri ve kromatin korunması için gerekli

genleri de içeren, bunların muhtemel hedef genlerinde G1’den S fazına geçişi teşvik

eden transkripsiyonel aktivatörler olarak görev alırlar (Ramirez-Parra vd. 2003, Vlieghe

vd. 2003, Vandepoele vd. 2005, Naouar vd. 2009).

203

5.3.1 100 mM ve 150 mM NaCl stresi ile E2F seviyesinde meydana gelen değişim

100 mM NaCl stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde zamana bağlı E2F gen ifade

düzeylerindeki değişim kontrole göre incelendiğinde farklılıklar oluştuğu gözlenmiştir.

08-TR-003 ve TR-3080 çeşitlerinde 3. saatte, kontrole göre E2F gen ifade düzeyinde

artış olduğu, 27. saatte, 3. saate göre azalma olduğu, ancak ifade düzeyinin kontrolle

kıyaslandığında, kontrolde gözlenen ifade düzeyinin üzerinde olduğu görülmektedir.

E2F geni ifade düzeyinin en fazla olduğu 3. saatteki gen ifade seviyeleri iki çeşit

arasında kıyaslandığında TR-3080 çeşidinde, 08-TR-003 çeşidine göre yaklaşık 3 kat

fazla olduğu görülmektedir (Şekil 4.33).

08-TR-003 ve TR-3080 çeşitlerinde, değişen E2F ifade seviyeleri değerlendirildiğinde

kısa süreli 100 mM NaCl stresi uygulamasının hücre döngüsü ilerlemesini uyardığı,

süre uzadığı durumda ilerlemenin baskılandığı söylenebilir. Stresin uygulandığı her iki

zamanda, E2F ifade seviyesinin kontrolde gözlenen seviyenin üzerinde olması,

çeşitlerin tuz toleransına sahip olduğunun göstergesi olabilir.

100 mM NaCl stresi uygulanmış, SARAY ve TARSAN 1018 çeşitlerinde E2F gen ifade

düzeyinde zamana bağlı artış olduğu gözlenmiştir. E2F gen ifade düzeyinde en fazla

artışın görüldüğü 27. saatteki ifade düzeylerin SARAY ve TARSAN 1018 çeşitleri

arasında kıyaslandığında, TARSAN 1018 çeşidinde kontrole göre artışın daha fazla

(yaklaşık 33 kat) olduğu görülmektedir (Şekil 4.33).

100 mM tuz stresi uygulanmış tüm çeşitlerde, kontrolle karşılaştırıldığında, zamana

bağlı E2F gen ifade seviyelerindeki değişim istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde

anlamlıdır.

SARAY ve TARSAN 1018 çeşitlerinde, 100mM NaCl stresinin uygulanma süreleriyle

paralel artış gösteren E2F ifade seviyesinin, G1’den S fazına geçişi teşvik ettiği

söylenebilir. TARSAN 1018 çeşidinde 27. saatte gözlenen artışın SARAY çeşidinden

204

fazla olması, tuz stresine karşı SARAY çeşidinden daha dayanıklı olduğunu

gösterebilir.

150 mM tuz stresi uygulanmış TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018 ayçiçeği

çeşitlerinde, E2F gen ifade seviyelerinde zamana bağlı artış olduğu gözlenmiştir. 27.

saatte bu artışın üst düzeyde olduğu ve TR-3080 çeşidinde diğer çeşitlerle

kıyaslandığında kontrole göre artışın en fazla ( yaklaşık 858 kat) olduğu gözlenmiştir.

TARSAN 1018 çeşidinde 27. saatteki gen ifade seviyesinin, kontrole göre 200 kat,

SARAY çeşidinde ise yaklaşık 6 kat arttığı görülmektedir (Şekil 4.36).

150 mM tuz stresi uygulanmış TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018 ayçiçeği

çeşitlerinde, kontrolle karşılaştırıldığında, zamana bağlı E2F gen ifade seviyelerindeki

değişimin istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlı olduğu görülmektedir.

150 mM tuz stresi uygulanmış 08-TR-003 çeşidinde ise E2F geni ifade düzeyi en

yüksek değerine 3. saatte ulaşmıştır. 3. saatteki ifade düzeyinde kontrolle

kıyaslandığında yaklaşık 23 kat artış olduğu gözlenmiş, 27. saatte ifade düzeyi, kontrol

seviyesine gerilemiştir. İfade düzeylerindeki bu değişim istatistiksel olarak

değerlendirildiğinde, kontrole göre 3. saatte gözlenen değişimin p<0.05 düzeyinde

anlamlıdır. 27. saatteki ifade düzeyindeki değişim, 3. saate göre anlamlı, kontrole göre

anlamsızdır (Çizelge 4.36).

150 mM NaCl stresi uygulaması sonucu, 27. saatte E2F gen ifade seviyesinde gözlenen

bu artışın sebebi, bitkilerde stres yanıt mekanizmalarının aktifleştirildiği ve bu stresin

hücre döngüsü ilerlemesi üzerine olumsuz etki oluşturmasının engellendiği şeklinde

açıklanabilir. TR-3080 ve TARSAN 1018 çeşitlerinde gözlenen ifade seviyesinin, diğer

çeşitlerin üstünde olması, bu çeşitlerin tuz sresine karşı diğerlerinden daha toleraslı

olduğunu gösterebilir.

205

5.3.2 100 mM ve 150 mM PEG stresi ile E2F seviyesinde meydana gelen değişim

100 mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde E2F gen ifade düzeyi kontrolle

kıyaslandığında 3. saatte en yüksek seviyeye ulaşmış, 27. saatte ise ifade seviyesi

gerilemiştir. TR-3080 çeşidinde 3. saatteki E2F ifade düzeyinde kontrole göre artışın

diğer çeşitlerle kıyaslandığında en yüksek (yaklaşık 149 kat) olduğu görülmektedir. 3.

saatteki ifade düzeyinde kontrole göre olan bu artış SARAY çeşidinde yaklaşık 107 kat,

TARSAN 1018 çeşidinde yaklaşık 83 kat olarak gözlenmiştir. 08-TR-003 çeşidinde ise

3. saatte kontrole göre artışın yaklaşık %50 olduğu görülmektedir.



metodu kullanılarak tespit edilmiş ve meydana gelen değişikliğin p<0,05 düzeyinde

istatistiksel olarak anlamlı olduğunu görülmüştür (Çizelge 4.65, 4.67, 4.69, 4.71).

100 mM PEG stresi uygulanan 08-TR-003, TR-3080 ve TARSAN 1018 çeşitlerinde tek

yönlü varyans analizi (One Way ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) sonuçlarına göre

3. ve 27. saatlerde E2F düzeyindeki değişimin istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde

anlamlı olduğu görülmektedir (Çizelge 4.66, 4.68, 4.72). SARAY çeşidinde ise 3. saatte

kontrole göre gözlenen değişimin istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlı olduğu,

27. saatte kontrole göre olan değişimin p>0,05 düzeyinde anlamsız olduğu

görülmektedir (Çizelge 4.70).

150 mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde E2F gen ifade düzeyinin kontrolle

kıyaslandığında 3. saatte en yüksek seviyeye ulaştığı, 27. saatte ise ifade seviyesinde 3.

saatte göre azalma olduğu görülmektedir. Çeşitler arasında 46,866 değeriyle 3. saatte

kontrole göre en fazla artış TARSAN 1018’de gözlenmiştir. 3. saatte, 215,34 değeriyle

SARAY, 18,506 değeriyle TR-3080 ve 3,952 değeriyle 08-TR-003 çeşidinde kontrole

göre artış gözlenmiştir. 08-TR-003 ve TR-3080 çeşitlerinde 27 saat süreyle 150 mM

PEG stresi uygulaması, E2F gen ifade seviyelerinin kontrolün de altına inmesine sebep

olmuştur (Şekil 4.42).

206





150 mM PEG stresi uygulanan tüm ayçiçeği çeşitlerinde tek yönlü varyans analizi (One

Way ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) sonuçlarına göre 3. ve 27. saatlerde E2F

düzeyindeki değişimin istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlı olduğu

görülmektedir (Çizelge 4.96, 4.98, 4.100, 4.102).

100 mM ve 150 mM PEG stresi uygulaması sonucu, E2F ifade seviyesinde anlamlı

artış 3. saatte gözlenmiştir. Kuraklık stresinin kısa süreli uygulanmasının hücre döngü

ilerleyişini aktive ettiği, uzayan sürelerde E2F seviyesinde gözlenen azalma nedeniyle

baskılandığı söylenebilir. 08-TR-003 çeşidinde 3. saatte gözlenen E2F seviyesinin diğer

çeşitlerin çok altında kalması, kuraklık stresine karşı daha duyarlı olduğunun göstergesi

olabilir.

5.3.2 Cr(VI) stresi ile E2F gen ifade seviyesinde meydana gelen değişim

Cr(VI) stresi uygulamasının çalışılan çeşitlerde artan Cr konsantrasyonuna bağlı E2F

gen ifade düzeylerinde birbirlerinden farklı değişimlere sebep olduğu gözlenmiştir. 08-

TR-003 çeşidinde 80ppm ve 160 ppm Cr(VI) uygulamasının E2F gen ifade düzeyinde

kontrole göre kademeli artışa sebep olduğu görülmektedir. 320 ppm ve 640 ppm’de,

160 ppm’ deki seviyesine göre kademeli azalma olduğu, 1280 ppm’de tekrar artma

eğilimine geçtiği görülmektedir.

TR-3080 ayçiçeği çeşidinde, E2F gen ifade düzeyinde 80 ppm Cr(VI) uygulamasının

kontrole göre bir miktar artışa, 160 ppm Cr(VI) uygulamasının, 80 ppm’e göre

azalmaya sebep olduğu görülmektedir. 160 ppm’den itibaren 1280 ppm’e kadar artan

Cr konsantrasyonuna paralel olarak artışa sebep olduğu görülmektedir. 1280 ppm’de

207

ifade seviyesi kontrole göre yaklaşık olarak 51 kat artmış ve en yüksek seviyeye

ulaşmıştır.

SARAY ayçiçeği çeşidinde E2F gen ifade düzeyinde, 80 ppm ve 160 ppm Cr(VI)

uygulamasının, kontrole göre önemli bir değişime sebep olmadığı, 320 ppm ve 1280

ppm Cr(VI) uygulamasının ise kontrole göre azalmaya sebep olduğu görülmektedir.

640 ppm Cr(VI) uygulaması E2F gen ifade düzeyini yaklaşık olarak 6 kat arttırmış ve

en yüksek seviyeye ulaştırmıştır.

TARSAN 1018 ayçiçeği çeşidinde 80 ppm, 160 ppm ve 320 ppm Cr(VI) uygulaması,

E2F gen ifade düzeyinde kontrole göre artışa sebep olurken, 640ppm ve 1280 ppm

Cr(VI) uygulaması gen ifade düzeyinde kontrole göre önemli bir değişime sebep

olmamıştır. En yüksek E2F gen ifade düzeyi sırasıyla 160 ppm ve 320 ppm Cr(VI)

uygulamasında gözlenmiştir.

Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanan örneklerin artan Cr(VI)

konsantrasyonuna karşı farklılaşan E2F gen ifade seviyelerinin One Way ANOVA

(Dunnet) metodu ile p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu


Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanan 08-TR-003, TR-3080 ve SARAY

çeşitlerinde tek yönlü varyans analizi (One Way ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi)

ile konsantrasyona karşı E2F geni ekspresyon seviyesinde meydana gelen değişimin

istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlı olduğu görülmektedir (Çizelge 4.130,

4.131, 4.134). TARSAN 1018 çeşidinde, 640 ppm Cr(VI) uygulamasının kontrole göre

E2F gen ifade düzeyinde meydana getirdiği değişim istatistiki olarak p>0,05 düzeyinde

anlamsız olup, diğer konsantrasyonlarda kontrole göre meydana gelen değişimler

p<0.05 düzeyinde anlamlıdır (Çizelge 4.135).

Cr(VI) stresi uygulaması sonucu, E2F geni ifade düzeylerinde gözlenen değişimler,

E2F’nin hücre döngüsündeki rolü doğrultusunda değerlendirildiğinde, özellikle SARAY

çeşidine 640 ppm ve TR-3080 çeşidine 1280 ppm Cr(VI) uygulamasında gen ifade

208

düzeyinde görülen artış anlamlı olmayıp, bu çeşitlerde Cr stresinin hücrede farklı

düzenlenmelere sebep olabileceğini düşündürmektedir. 08-TR-003 ve TARSAN 1018

çeşitlerinde Cr konsantrasyonundaki artışla beraber E2F ifade seviyesinin önce artma,

daha sonra azalma eğiliminde olması, bitki savunma mekanizmaları sayesinde bu

çeşitlerin belli konsantrasyona kadar Cr stresini tolere edebildiği, ancak konsantrasyon

artışıyla beraber stres etkilerinin üstesinden gelemeyip hücrelerin apoptozise gittiği

söylenebilir.

5.4 RBR Geni İfade Seviyesinin Belirlenmesi

Retinoblastoma ilişkili (RBR) proteinler, insan tümör baskılayıcı pRB’nin bitki

homologlarıdır. Hayvan karşıtlarıyla benzer olarak hücre döngüsü düzenlenmesinde ve

farklılaşmasında rol oynamaktadırlar. pRB’nin bitki homologları olan RBR ilk olarak

mısırda (Zea mays) keşfedilmiştir (Grafi vd. 1996).

Çok hücreli organizmaların gelişimi hücreler arası, hücre içi ve özellikle bitkilerde dış

çevresel sinyaller ile koordine edilmektedir. Herhangi bir sinyal gelişimi etkilese de, tek

hücre her zaman hücre döngüsünde ilerlemek zorundadır. Hücre döngüsünde diğer

aşamaya geçme ya da geri dönüşümlü ya da dönüşümsüz döngüden çıkma kararını

vermek zorundadır. pRB, genellikle hücre döngüsü girişinin kontrol edilmesi ve hücre

döngüsü ilerlemesinin sonraki kontrol noktalarıyla ilişkili bulunmuştur. Bir kontrol

noktası, hücre boyutu, DNA replikasyonu ve kromozom ayrımı gibi önceki olayların

tamamlandığı durumda işlemin başlatılmasını sağlar (Elledge vd. 1996).

pRB’nin bugün bilinen fonksiyonları üç gup altında toplanabilir:

(i) hücre döngüsü ilerlemesinin düzenlenmesi,

(ii) kromatin-düzenleyiciler aracılığıyla transkripsiyonun düzenlenmesi,

(iii) hücre kaderinin kararları için gerekli olan transkripsiyon faktörleri ile

etkileşimi sonucu farklılaşmaya teşvik etmesi.

209

Hücre döngüsü ilerlemesinin düzenlenmesinin klasik örneği E2F ve DP transkripsiyon

faktörleri ile pRB’nin etkileşimidir. E2F ve DP’nin oluşturduğu heterodimer, kendi

promotorlarındaki, spesifik E2F bağlanma sekansları ile genlerin ekspresyonunu aktive

eder. Genlerin bir çoğu, S-fazı sırasında gerekli olan DNA replikasyon düzeneğindeki

proteinler gibi proteinleri kodlar. Hipofosforile pRB’nin E2F’ye bağlanması, onun

aktivitesini inhibe eder. Mitojenik uyaranlar üzerine, siklin / CDK kompleksleri, pRB’yi

fosforile eder. Bu E2F/DP kompleksinin ayrılmasına ve ardından gen ekspresyonunun

aktivasyonunu sağlar.

Kromatin-düzenleyiciler aracılığıyla transkripsiyonun düzenlenmesinde, pRB,

memelilerde PRC2 (Polycomb Repressive Complex 2) kompleksinin alt birimi olan

RbAp48 ile etkileşime girer. RBR’nin, RbAp48’in bitki homologu olan MSI1 ile

etkileşimi ispat edilmesine (Ach vd. 1997), tanımlama için gerekli görülmesine (Jullien

vd. 2008) rağmen, pRB veya RBR’nin PRC2 aktivitesine doğrudan katkısını gösteren

örnekler şaşırtıcı olarak azdır. Kromatin birleşmesi ve histon deasetilasyon

komplekslerinde varlığı domates ve Arabidopsis’te RbAp48’in bitki homoloğunun

varlığı ve Rb’ye bağlandığı tanımlanmıştır (Ach vd. 1997).

Hipo asetillenmiş histonlar, inaktif kromatin ile ilişkili olmasından dolayı, bitki Rb

homologları, kromatin değişikliklerini yönlendirerek E2F regüle genlerin

ekspresyonunu olumsuz yönde düzenlerler. Bitkilerde çimlenme sırasında H3K27me3

aracılığıyla RBR tarafından bir gelişim programının baskılanması, heterotrofikten,

ototrofik fide büyümesine geçiş için gereklidir (Gutzat vd. 2011).

Memelilerde pRB’nin hücre kaderinin belirleyen faktörler içinde yer alan proteinlerle

etkileşimi gösterilse de bitkisel RBR’nin bu proteinlerle doğrudan etkileşimi henüz

rapor edilmemiştir. Farklı proteinlerle etkileşimini içeren pRB ve RBR’nin çoklu

fonksiyonları evrimsel süreçte korunmuştur. Bitkilerde RBR’nin ortaya çıkan

fonksiyonlarını tanımlamak, yüksek bitkilerde kök hücre nişi ve gelişimsel programların

düzenlenmesi için tek hücreli alg hücre boyutu kontrolüne uzanan evrimsel bakış açısı

sağlar.

210

Mısır endosperminde, RNAi tarafından RBR1’in aşağı-regülasyonu, hücre ölümünü

arttırır ve hem mitotik, hem de endoreduplikasyon hücre döngülerini uyarır. Ayrıca

depo protein içeriği ve çekirdek ağırlığı etkilenmemesine rağmen, DNA içeriği,

RBR1’in aşağı regülasyonu ile %43 artar (Sabelli vd. 2013). Endoreduplikasyonda,

mitoz olmadan, hücrede kromozomal DNA’nın replikasyonu, yüksek kromozom

sayıları seviyesiyle sonuçlanır (Lee vd. 2009).

Kök apikal meristem içinde RBR’nin lokal azalması, kök hücre sayısınının artmasına

neden olur (Wildwater vd. 2005).

Gutzat vd. (2011), Arabidopsis thaliana ile yaptıkları çalışmada, RBR’nin sükrozla ters

yönde hareket ettiği, embriyonik genleri baskıladığı ve hücre döngüsünü negatif yönde

düzenlediği sonucuna varmışlardır.

Borghi vd. (2010) retinoblastomanın Arabidopsis thaliana’da hücre döngüsünün anahtar

düzenleyicisi olduğu ve hücre döngüsü, proliferasyonu ve gelişiminde önemli roller

üstlendiğini ifade etmişlerdir.

Park vd. (2005) Nicotiana benthamiana’da, Rb’nın hücre döngüsündeki düzenleme

rolünü virüs indüklü gen susturma ile inhibe ederek açıklamışlardır. Gen susturma

sonucu yaprak ve gövde hücrelerinde farklılaşmanın geciktiği, hücre proliferasyonunun

uzadığı görülmüştür. Çiçek oluşumunda da gecikmeler gözlenmiştir.

RBR / E2F yolu, çoğalan ve farklılaşmış hücrelerin her ikisinde de gen ekspresyonunun

düzenlenmesinde önemli bir rol oynar. RBR, E2F düzenleyici genleri, E2F

transaktivasyon domeinini maskeleyerek ve / veya histon deasetilaz ve kromatin

yeniden yapılanma faktörlerini işe karıştırarak baskılar. Mısır Rpd3 histon deasetilaz,

transkripsiyonu baskılamak için, RbAp1 / RbAp48 / MSI1 kromatin birleştirme faktörü

(CAF-1) ‘in bir bileşenin yardımıyla, RBR ile etkileşime girer (Rossi vd. 2003).

211

5.4.1 100 mM ve 150 mM NaCl stresi ile RBR seviyesinde meydana gelen değişim

100 mM NaCl stresi uygulamasının zamana bağlı RBR gen ifade düzeyleri değişiminde

ayçiçeği çeşitleri arasında farklılıklar olduğu gözlenmiştir. 08-TR-003, TR-3080 ve

SARAY ayçiçeği çeşitlerinde 3. ve 27. saatlerde gözlenen RBR gen ifade düzeyinin

kontrole göre azaldığı görülmektedir.

08-TR-003 çeşidinde örnek alım zamanındaki uzamayla beraber gen ifade düzeyi

kademeli azalmıştır. TR-3080 çeşidinde 3. saat ve 27. saat süresince 100 mM NaCl

stresi uygulamasının RBR gen ifade düzeyinde önemli bir değişime sebep olmadığı

görülmektedir. SARAY çeşidinde gen ifade düzeyindeki en düşük değerin 3. saatte

olduğu görülürken, 27. saatte kontrol seviyesinin çok altında kalsa da 3. saatle

kıyaslandığında bir miktar artış olduğu görülmektedir. TARSAN 1018 çeşidinde diğer

çeşitlerden farklı olarak RBR gen ifade düzeyi kontrole göre yaklaşık 7 kat artarak 3.

saatte en yüksek düzeyine ulaşmıştır. 27. saatte ise 3. saatle karşılaştırıldığında azalma

görülse de kontrol değerinin üzerindedir (Şekil 4.34).

100 mM tuz stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde, kontrolle karşılaştırıldığında,

zamana bağlı RBR gen ifade seviyelerindeki değişimin istatistiksel olarak p<0.05

düzeyinde anlamlı olduğu görülmektedir.

100 mM tuz stresi uygulamasının, TR-3080 ayçiçeği çeşidinde RBR gen ifade

düzeyinde 3. ve 27. saatlerde kontrole göre olan değişimin istatistiksel olarak p<0.05

düzeyinde anlamlı olduğu, 27. saatteki seviyenin 3. saate göre değişimi ise istatistiki

olarak p>0,05 düzeyinde anlamsızdır (Çizelge 4.18).

08-TR-003, TR-3080 ve SARAY çeşitlerinde 100 mM NaCl stresi uygulamasının RBR

geni ifade seviyesini kontrole göre azaltması sebebiyle, ortamda belli miktarda tuzun

bulunmasının hücre döngüsü ilerleme sürecini aktive ettiği söylenebilir. TARSAN

1018 çeşidinde gen ifade düzeyinde 3. saatte gözlenen artış tuz stresinden bir miktar

etkilendiğini gösterse de, 27. saatte RBR seviyesinin düşmesi stres tolerans

212

mekanizmalarının devreye sokulduğunu ve sürecin ilerleyişinin sağlandığını

gösterebilir.

150 mM NaCl stresi uygulaması TR-3080 ve TARSAN 1018 çeşitlerinde RBR gen

ifade düzeylerinde 3. ve 27. saatlerde kontrolle karşılaştırıldığında zamana bağlı artış

olduğu gözlenmiştir. Her iki çeşitte de en yüksek ifade düzeyi 27. saatte gözlenirken,

TR-3080 çeşidinde kontrolle kıyaslandığında artışın daha fazla olduğu görülmektedir.

SARAY çeşidinde ise zamana bağlı azalma görülmüştür. 08-TR-003 çeşidinde en

yüksek RBR gen ifade düzeyi kontrole göre yaklaşık 3 kat artışla beraber 3. saatte

gözlenmiştir. 27. saatte ise hem kontrole, hem de 3. saate göre azalma görülmektedir

(Şekil 4.37).

150 mM tuz stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde, kontrole göre zamana bağlı RBR

gen ifade seviyelerindeki değişimin istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlı

olduğu görülmektedir.

150 mM NaCl uygulaması sonucu, RBR gen ifade seviyelerindeki değişim

değerlendirildiğinde, TR-3080 ve TARSAN 1018 çeşitlerinde, stresin bu çeşitler

üzerinde etkili olduğunu ve hücre döngüsünün baskılanmasına sebep olduğunu, 08-TR-

003 çeşidinin stres tolerans mekanizmalarının aktivasyonu ile tuz stresinin etkilerini

ortadan kaldırdığını, SARAY çeşidinin tuza toleransının yüksek olduğunu gösterebilir.

5.4.2 100 mM ve 150 mM PEG stresi ile RBR seviyesinde meydana gelen değişim

100 mM PEG stresi uygulaması sonucu ayçiçeği çeşitlerinde RBR gen ifade seviyesinde

birbirinden farklı değişimler ortaya çıkmıştır. 08-TR-003 çeşidinde 3. saatte, ifade

düzeyinde kontrole göre bir azalma görülürken, 27. saatte, 3. saate göre bir artış

görülmüş, ancak ifade seviyesi kontrolün altında kalmıştır.

213

TARSAN 1018 çeşidinde ise aynı şekilde 3. saatte kontrole göre azalma görülmüş, 27.

saatte ifade düzeyinde bir artış görülmüş ve 08-TR-003 çeşidinden farklı olarak kontrol

seviyesinin üzerine çıkmıştır.

TR-3080 ve SARAY çeşitlerinde RBR gen ifade seviyeleri bu stres koşullarına birbirine

zıt şekilde tepki vermişlerdir. TR-3080 çeşidinde zamana bağlı gen ifade seviyesinde

artış gözlenirken, SARAY çeşidinde zamana bağlı azalma görülmüştür (Şekil 4.40).

100 mM PEG stresi uygulanmış ayçiçeği çeşitlerinde, kontrole göre zamana bağlı RBR

gen ifade seviyelerindeki değişimin istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlı


100 mM PEG stresi uygulaması, TR-3080 ve TARSAN 1018 ayçiçeği çeşitlerinde RBR

gen ifadesinde kontrole göre gözlenen artışla beraber hücre döngüsü ilerleyişinin

baskılanmış olabileceği söylenebilir. 08-TR-003 ve SARAY çeşitlerinde ise stres

uygulaması hücre döngü ilerleyişini aktive etmiş olabilir.

150 mM PEG stresi uygulaması sonucu 08-TR-003 ve TR-3080 çeşitlerinde RBR gen

ifade düzeyinde zamana bağlı azalma görülmüştür. SARAY ve TARSAN 1018

çeşitlerinde ise 3. saatte kontrole göre bir artış görülmüş, 27. saatte kontrol seviyesinin

bile altına indiği gözlenmiştir. TARSAN 1018 çeşidinde 3. saatteki artışın daha belirgin

olduğu (kontrole göre yaklaşık 85 kat) görülmektedir (Şekil 4.43).

150 mM PEG stresi uygulanmış tüm çeşitlerde, kontrolle karşılaştırıldığında, zamana

bağlı RBR gen ifade seviyelerindeki değişim istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde

anlamlıdır.

150 mM PEG uygulaması 08-TR-003 ve TR-3080 çeşitlerinde hücre bölünmesinin

artışına sebep olmuş olabilir. SARAY ve TARSAN 1018 çeşitlerinde ise hücre

bölünmesi kısa süreli stres uygulanmasında baskılansa da, bitki savunma

mekanizmalarının devreye sokularak yeniden hücre döngüsünün aktivasyonu sağlanmış

olabilir.

214

5.4.3 Cr (VI) stresi ile RBR seviyesinde meydana gelen değişim

Cr(VI) stresi uygulamasında ayçiçeği çeşitlerinde farklı konsantrasyonların RBR gen

ifade düzeylerinde artışa sebep olduğu görülmektedir. 08-TR-003 çeşidinde, 80 ppm

Cr(VI) uygulaması, kontrole göre RBR gen ifade düzeyinde düşüşe sebep olmuş, 160

ppm ve 320 ppm konsantrasyonlarında uygulama ise örneklerde gen ifade düzeyini

arttırmıştır. 320 ppm Cr(VI) konsantrasyonunda en yüksek ifade düzeyi gözlenmiştir.

640 ppm ve 1280 ppm uygulamada ise ifade seviyesi düşerek, kontrolün bile altında

inmiştir.

TR-3080 çeşidinde, kontrolden 320 ppm’e kadar Cr(VI) uygulaması RBR gen ifade

düzeyinde önemli bir değişime sebep olmazken, 640 ppm uygulama ifade düzeyini

oldukça arttırmış ve en yüksek düzeye ulaşmasına sebep olmuştur. 1280 ppm

uygulamada ifade seviyesi gerilemiştir.

SARAY çeşidinde 80 ppm Cr(VI) uygulaması, RBR gen ifade düzeyinin kontrole göre

artışına sebep olmuş, bunun üzerindeki konsantrasyonlardaki uygulamalarda ifade

düzeyinde dalgalanmalar görülse de 80 ppm Cr(VI) stresi uygulanan örnekler ve

kontrole kıyasla ifade düzeyi çok altında kalmıştır.

TARSAN 1018 çeşidinde 80 ppm Cr (VI) uygulaması, ifade düzeyinin kontrole göre

yaklaşık 24 kat artışına sebep olmuş ve ifade düzeyinin diğer uygulamalar arasında en

yüksek seviyeye ulaşmasını sağlamıştır. Diğer uygulanan konsantrasyonlarda, ifade

düzeylerinde dalgalanmalar görülse de kontrole göre önemli bir değişim gözlenmemiştir

(Şekil 4.46).


konsantrasyonuna karşı farklılaşan RBR gen ifade seviyelerinin One Way ANOVA

(Dunnet) metodu ile p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğu görülmektedir

(Çizelge 4.141 - 4.142, 4.145 - 4.146).

215

Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanan ayçiçeği çeşitlerinde tek yönlü

varyans analizi (One Way ANOVA Dunnet Test, Post Hoc testi) ile konsantrasyona

karşı RBR geni ekspresyon seviyesinde meydana gelen değişimin istatistiksel olarak

p<0.05 düzeyinde anlamlı olduğu görülmektedir (Çizelge 4.143 - 4.144, 4.147 - 4.148).

TARSAN 1018 çeşidinde, 1280 ppm Cr(VI) uygulamasının kontrole göre RBR gen

ifade düzeyinde meydana getirdiği değişim istatistiki olarak p<0.05 düzeyinde

anlamlıyken, 320 ppm Cr(VI) uygulamasına göre p>0,05 düzeyinde anlamsızdır

(Çizelge 4.148).

Vuosku vd. (2015), sarıçam zigotik embriyogenezinde, hücre ölümü süreci ile ilişkili

olan katalaz ve retinoblastoma ilişkili protein genlerinin ifadelerini araştırdıkları

çalışmalarında, tüm doku ve gelişimsel aşamalarda, otofaji ilgili ATG5, katalaz ve

retinoblastoma ilişkili protein (RBR)leri kodlayan genlerin ekspresyonları ile gen

ifadesi ve hücre ölüm programı arasında bir bağlantı olduğunu göstermişlerdir. Nişasta

birikimi ve düşük RBR ekspresyonu, embriyoyu çevreleyen bölgedeki (ESR)

megagametofit hücrelerinin karakteristiği iken, güçlü RBR ifadesi bitki tohum taslağı

katmanlarında geç embriyo gelişiminde gözlenmiştir. ERS’de düşük RBR ifadesi

bulunması, sarıçam megagametophyte hücrelerinde hücre ölümü öncesinde, RBR’nin

aşağı regülasyonunu düşündürdüğü, tohum taslağı katmanlarındaki hücre ölümünün,

yoğun RBR ifadesiyle hasarlı DNA’nın replikasyonunu önleyen ve hücre döngüsünün

durmasına yol açan oksidatif stresle bağlantılı olabileceği sonucuna varmışlardır.

Cr(VI) uygulamasının oluşturduğu stres her bir çeşitte farklı konsantrasyonlarda RBR

seviyesinde artışa sebep olmuştur. Bu artış Vuosku vd. (2015) yaptıkları çalışmanın

sonuçlarıyla benzer olarak oksidatif stres kaynaklı olabilir.

216

5.5 MYC2 Geni İfade Seviyesinin Belirlenmesi

Myelocytomatosis proteinleri, hem bitki hem de hayvanlarda bulunan farklı görevlere

sahip transkripsiyon faktörleridir. bHLH domaini içeren transkripsiyon faktörleri alt gen

ailesini temsil eder (Toledo-Ortiz vd. 2003).

bHLH proteinleri, ağırlıklı olarak antosiyanin biyosentezi, fitokrom sinyalizasyonu,

tohum globulin ifadesi, meyve açılması, karpel ve epidermal gelişme işleviyle

karakterize edilmektedir (Buck ve Atchley 2003).

Myc hücre döngüsü sırasında G1 fazında ortaya çıkmaya başlar ve G1/S kontrol

noktasındaki çeşitli anahtar hücre döngüsü genlerini hedef alır. c-Myc, G1/S kontrol

noktası için uygun proteindir ve mitotik uyarı oluşmadığı durumlarda S fazındaki

hücreleri olumlu yönde uyarır (Eilers 1999).

Bitki hormonu absisik asit (ABA), kuraklık ve tuz stresine yanıtı içeren, çeşitli

fizyolojik süreçlere aracılık eder. ABA, suyun yetersiz olduğu şartlarda üretilir ve stoma

kapanmasına ve tuz ve kuraklık stresine toleransa neden olur. Günümüze kadar kuraklık

sonucu uyarılabilen genler üzerine yapılan çalışmaların çoğu, bu genlerin ABA ile

uyarıldığını ortaya koymuştur (Bray 1997). Kuraklık stresinin, ABA üretimini

tetiklediği görülmektedir. Abe vd. (2003), yaptıkları çalışmada, her iki AtMYC2 ve

AtMYB2 proteinin, bitkilerde kuraklık stresi altında ABA ile uyarılabilir gen

ekspresyonunda transkripsiyonel aktivatörler olarak işlev gösterdiğini bildirmişlerdir.

AtMYC2 ve AtMYB2 genleri bitkisel dokuda olduğu gibi, tohumlarda da ifade edilir

(Abe vd. 1997) ve transgenik bitkilerde AtMYB2 ve /veya AtMYC2 proteinlerinin fazla

sentezlenmesi hem vejetatif doku, hem de tohumlarda, önemli ABA aşırı duyarlılığını

göstermektedir. Bu bulgular, her iki AtMYC2 ve AtMYB2 proteinin, bitkisel dokuda

olduğu gibi köklerde de ABA sinyal transdüksiyonunda, transkripsiyonel aktivatörler

olarak rol oynadığını göstermektedir.

217

5.5.1 100 mM ve 150 mM NaCl stresi ile MYC2 seviyesinde meydana gelen değişim

100 mM NaCl stresi uygulaması, 08-TR-003 çeşidinde, 3. saatte MYC2 gen ifade

düzeyinin kontrole göre düşmesine sebep olmuştur. 27 saat uygulama, 3. saate göre

ifade düzeyini arttırmış olmasına rağmen ifade düzeyi yine de kontrolün altında

kalmıştır.

TR-3080 çeşidinde 100 mM NaCl stresi uygulaması, MYC2 gen ifade düzeyinde

zamana bağlı düşüşe sebep olurken, 27.saatteki düşüşün kontrole göre daha belirgin


SARAY çeşidinde, 100 mM NaCl stresi uygulaması, MYC2 gen ifade düzeyinde

zamana bağlı artışa sebep olmuştur. 3. saatte, kontrole göre gözlenen artışın daha

belirgin olduğu gözlenirken, 3. ve 27. saatlerdeki ifade düzeyinde önemli bir değişim

olmadığı görülmektedir.

TARSAN 1018 çeşidinde, ifade düzeyinde, 3. saatte kontrole göre önemli derecede artış

olduğu (yaklaşık 7 kat) görülmektedir. 27. saatte, gen ifade düzeyinde gerileme

görülmüş ve kontrol seviyesinin bile altına düşmüştür (Şekil 4.35).

100 mM NaCl stresi uygulanan örneklerin zamana karşı farklılaşan MYC2 gen ifade







(Çizelge 4.26, 4.28, 4.30, 4.32).

218

08-TR-003 ve TARSAN 1018 çeşitlerinde 100 mM NaCl uygulamasının kontrole ve

diğer örnek alım zamanlarının birbirine göre kıyaslanmasında, MYC2 gen ifade

düzeyinde meydana gelen değişimin p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı

olduğu görülmüştür (Çizelge 4.26, 4.32).

TR-3080 çeşidinde, 3. saatteki MYC2 gen ifade düzeyinin kontrole göre değişimi

p>0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamsızken, 27. saatteki gen ifade düzeyinin

kontrole göre değişimi p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlıdır (Çizelge 4.28).

SARAY çeşidinde ise 3. ve 27. saatlerde kontrole göre ifade düzeyindeki değişim

p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlıyken, 27. saatteki ifadenin 3.saate göre

değişimi p>0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamsızdır (Çizelge 4.30).

08-TR-003 ve TR-3080 çeşitlerinde 100 mM tuz uygulamasında, MYC2 seviyesinde

kontrole göre gözlenen azalma, hücre döngüsünde G1 fazından S fazına geçişini bloke

etmiş olabilir. SARAY çeşidinde stres uygulama süreleriyle birlikte gen ifade

düzeyinde görülen artış, bitki tolerans mekanizmalarının çalıştırıldığı ve hücre döngü

ilerleyişinin aktive edildiğini gösterebilir. TARSAN 1018 çeşidinde gen ifade

düzeyinde gözlenen değişim sonucu, uygulamanın erken saatlerinde hücre döngüsü

ilerleyişinin aktive edildiği, uzayan uygulamalarda tuz stresine karşı savunma

mekanizmalarının aktivasyonuyla hücre döngüsü ilerleyişinin bloke edildiği

söylenebilir.

150 mM NaCl stresi uygulaması, 08-TR-003 çeşidinde 3. saatte MYC2 gen ifade

seviyesinde kontrole göre azalmaya sebep olmuştur. 27 saat uygulamada, 3. saatle

MYC2 gen ifade düzeyinde anlamlı bir değişime sebep olmamıştır. İstatistiksel

analizler de bu durumu desteklemekte, 3. ve 27. saatlerde gen ifade düzeyindeki

değişim birbirlerine göre değerlendirildiğinde, p>0,05 düzeyinde istatistiksel olarak

anlamsız olduğu görülmektedir.

219

150 mM NaCl stresi uygulaması TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018 çeşitlerinde 3.

saatte kontrole göre artışa, 27. saatte azalmaya sebep olmuştur. MYC2 gen ifade

düzeyinin en fazla olduğu 3. saatler bu üç çeşit arasında değerlendirildiğinde SARAY

çeşidinde ifade seviyesinin diğerlerinden daha fazla olduğu görülmektedir (Şekil 4.38).

TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018 çeşitlerinde 150 mM NaCl uygulamasının

kontrole ve diğer örnek alım zamanlarının birbirine göre kıyaslanmasında, MYC2 gen

ifade düzeyinde meydana gelen değişimin p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı

olduğunu görülmüştür(Çizelge 4.58, 4.60, 4.62).

Son bulgular tuz stresini düzenlemede ABA ve jasmonate (JA) arasında bazı kanıtlar

olduğunu göstermektedir. (Shinozaki and Yamaguchi-Shinozaki 2007). JA, JAZ

(Jasmonatla ZIM-domain) transkripsiyon faktörlerinin modülasyonuyla gelişme ve bitki

savunma yanıtlarında yer almaktadır. MYC2 transkripsiyon faktörleri sıklıkla JA, ABA

ve tuz stresinin gen ekspresyonunu düzenlemek için kullanılır. JA, MYC2’yi direk

baskılayarak fonksiyon gösteren JAZ’ın proteolizini uyarır, bu sayede downstream

hedef gen ifadelerinin aktivasyonu için MYC2 transkripsiyon faktörlerini sağlar (Kazan

ve Manners 2012).

Ji vd. (2012)’de yaptıkları çalışmada, NaCl, osmotik ve ABA stres koşulları altında

MYC genlerinin rolünü araştırmak için Tamarix hispida’dan dokuz MYC geni

klonlamışlardır. Bu çalışmanın sonuçları MYC’lerin tuz ve ozmotik stres toleransında

rol oynadığını ve ABA sinyal transdüksiyon yolu tarafından kontrol edildiğini

göstermektedir.

MYC2 jasmonik asit (JA), absisik asit, oksin, etilen ve gibberellik asit gibi, çoklu sinyal

yollarına müdahale eder (Kazan ve Manners 2012, Gangappa vd. 2013b).

Başlangıçta JIN1 / JAI1 (jasmonat duyarsız 1) olarak izole edilen MYC2/ZBF1, JA-

kaynaklı genlerin iki grubunun ekspresyonunu farklı şekillerde düzenler. Birinci grupta

yer alan, patojenlere karşı savunma yanıtlarında rol oynayan genler, MYC2 ile

220

baskılanır. İkinci gruba dahil edilen, yaralanmada JA-aracılığı ile sistemik yanıtlarda

rol oynayan genler, MYC2 tarafından aktive edilir. Bu nedenle, MYC2, JA sinyal

yollarının hem pozitif, hem de negatif düzenleyici olarak davranır. MYC2, büyüme

evresinde, karanlıkta ve ışığın çeşitli dalga boylarında ifade edilir ve absisik asit ve JA-

aracılıklı uyarım MYC2 ekspresyonunu daha da arttırır (Abe vd. 2003, Anderson vd.

2004, Lorenzo vd. 2004, Yadav vd. 2005). MYC2 birikiminin, düşük düzeyleri, JA

yokluğunda olduğu bildirilmiştir (Zhai vd. 2013).

MYC2 seviyesinde tuz stresine bağlı gözlenen artışın sebebi, MYC2 ve ABA

arasındaki ilişkinin araştırıldığı çalışmalardan (Abe vd. (1997, 2003), Kazan ve

Manners (2012), Ji vd. (2012) Anderson vd. (2004), Lorenzo vd. (2004), Yadav vd.

(2005), Zhai vd. (2013)) elde edilen sonuçlarla benzer olarak tuz toleransında ABA ve

JA tarafından uyarılabilir gen ekspresyonunda transkripsiyonel aktivatörler olarak rol

alması olabilir.

150 mM tuz uygulamasının 08-TR-003 çeşidinde, 100 mM tuz uygulamasına göre

MYC2 gen ifade düzeyini daha çok azalttığı ve bu durumun hücre döngü ilerleyişinin

daha çok baskılanmasına sebep olduğu söylenebilir. TR-3080, SARAY ve TARSAN

1018 çeşitlerinde stresin kısa süreli uygulamasının hücre bölünmesini uyardığı, uzayan

sürelerin baskıladığı söylenebilir.

5.5.2 100 mM ve 150 mM PEG stresi ile MYC2 seviyesinde meydana gelen değişim

100 mM PEG stresi uygulaması, çalışılan tüm çeşitlerde 3. saatte kontrole göre MYC2

gen ifade düzeyinde önemli bir değişime sebep olmazken, 27. saatte ifade düzeyinde

önemli artışlar olduğu gözlenmiştir. En yüksek ifade seviyesi 27. saatte kontrole göre

yaklaşık 540 kat (539,7747386) artışla TR-3080 çeşidinde görülürken, ikinci sırada

yaklaşık 461 kat artışla (461,0862195) SARAY çeşidinde gözlenmiştir (Şekil 4.41).

100 mM PEG stresi uygulamasının kontrole ve diğer örnek alım zamanlarının birbirine

göre kıyaslanmasında, MYC2 gen ifade düzeyinde meydana gelen değişimin p<0,05

221

düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu görülmüştür (Çizelge 4.86, 4.88, 4.90,

4.92).

Sonuçlar, tüm çeşitlerde 100 mM PEG stresinin 3 saat süreyle uygulanmasının hücre

döngüsü ilerlemesi üzerine etkisinin olmadığının, 27 saat uygulamada gen ifadesinde

görülen artışın kuraklık stresine karşı toleranslı olduklarının göstergesi olabileceği

düşünülmektedir.

150 mM PEG stresi uygulaması, 08-TR-003 ve SARAY çeşitlerinde, MYC2 gen ifade

düzeyinde 3. saatte kontrole göre artışa, 27. saatte, 3. saate göre azalmaya sebep

olmuştur. İfade düzeyinde 3. saatte kontrole göre en belirgin yükseliş, yaklaşık 18 kat

(18,36440733) artışla, SARAY çeşidinde görülmüştür.

150 mM PEG stresi uygulaması, TR-3080 çeşidinde MYC2 gen ifade düzeyinde 3.

saatte kontrole göre bir miktar azalmaya, 27. saatte ise 3. saat ve kontrole göre artışa

sebep olmuştur. TARSAN 1018 çeşidinde ise zamana bağlı gen ifade seviyesinde artış

görülürken, en belirgin artış 27. saatte gözlenmiştir (Şekil 4.44).

150 mM PEG stresi uygulamasının kontrole ve diğer örnek alım zamanlarının birbirine

göre kıyaslanmasında, MYC2 gen ifade düzeyinde meydana gelen değişimin p<0,05

düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu görülmüştür (Çizelge 4.116, 4.118,

4.120, 4.122).

150 mM PEG stresi uygulaması sonucu MYC2 gen ifadesi seviyesindeki değişimler

değerlendirildiğinde, 08-TR-003 ve SARAY çeşitlerinde kısa süreli stres

uygulamalarının hücre bölünmesini aktive ettiği, uzayan sürelerde stres uygulamasının

bölünmeyi bloke ettiği söylenebilir.

222

5.5.3 Cr (VI) stresi ile MYC2 seviyesinde meydana gelen değişim

Cr(VI) stresi uygulaması sonucu, artan Cr(VI) konsantrasyonlarıyla birlikte 08-TR-003

çeşidinde, MYC2 gen ifade düzeyinin, dalgalanmalar görülse de kontrole göre azalma

eğiliminde olduğu, 640 ppm ve 1280 ppm uygulamalarda ifade seviyesinin en alt

seviyede olduğu görülmektedir. TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018 çeşitlerinde en

yüksek ifade düzeyi 160 ppm Cr(VI) uygulamasında görülmüştür. 160 ppm dışındaki

konsantrasyonlarda kontrole göre MYC2 gen ifade düzeyinde önemli bir değişim

görülmemiştir (Şekil 4.47).


konsantrasyonuna karşı farklılaşan MYC2 gen ifade seviyelerinin One Way ANOVA

(Dunnet) metodu ile p<0,05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı olduğunu


Farklı konsantrasyonlarda Cr(VI) stresi uygulanan 08-TR-003, TR-3080 ve TARSAN

1018 çeşitlerinde tek yönlü varyans analizi (One Way ANOVA Dunnet Test, Post Hoc

testi) ile konsantrasyona karşı MYC2 geni ekspresyon seviyesinde meydana gelen

değişimin istatistiksel olarak p<0.05 düzeyinde anlamlı olduğu görülmektedir (Çizelge

4.156, 4.157, 4.161). SARAY çeşidinde, 640 ppm Cr(VI) uygulamasının kontrole göre

MYC2 gen ifade düzeyinde meydana getirdiği değişim (1,000) istatistiki olarak p>0,05

düzeyinde anlamsız olup, diğer konsantrasyonlarda kontrole göre meydana gelen

değişimler p<0.05 düzeyinde anlamlıdır (Çizelge 4.160).

160 ppm Cr(VI) stresi uygulaması sonucu, TR-3080, SARAY ve TARSAN 1018

çeşitlerinde MYC2 seviyesinde gözlenen artış, antioksidan savunma sistemlerinin

aktivasyonuyla açıklanabilir. Artan konsantrasyonlarda ekspresyon seviyesindeki

gerilemenin, hücrenin apoptozisinden kaynaklanabileceği düşünülmektedir. 08-TR-003

çeşidinde uygulanan Cr konsantrasyonlarındaki artışla beraber hücre bölünmesi

baskılanmış olabilir.

223

6. SONUÇ

Önemli bir tarım bitkisi olan ayçiçeğinin hücre büyüme ve gelişiminin temel

mekanizmalarını etkileyen Retinoblastoma (Rb), Myelocytomatosis (Myc) ve E2F

genleri ile ilgili böyle bir çalışma daha önce yapılmamış olup, ayçiçeğinin stres

koşullarına göstermiş olduğu tepkinin genetik mekanizması henüz aydınlatılmamıştır.

Bu çalışma ile belli abiyotik stres faktörleri varlığında hücre döngüsünde önemli

yolaklarda yer alan bu genlerin ekspresyonlarındaki değişimlerin tespit edilmesiyle

hücre döngüsü düzenleme mekanizmalarının açığa çıkarılmasına katkı sağlanacak

veriler elde edilmiştir.

Literatürde bu gen bölgeleriyle yapılmış benzer çalışmalar bulunmadığından,

çalışmadan elde edilen veriler, genlerin hücre döngüsündeki rolleri esas alınarak

değerlendirilmiştir. Çalışılan abiyotik stres koşullarında gen ifadelerindeki değişimler

bitkilerin genel olarak tuz ve kuraklık stresine karşı toleranslı oldukları konusunda ön

bilgi vermektedir. Total protein miktarları ve MDA seviyeleri de bu sonuçları destekler

niteliktedir. Ayrıca, Cr(VI) stresinin özellikle 640 ppm ve 1280 ppm uygulamalarının

bitkiler üzerindeki olumsuz etkilere sebep olduğu ve gen ifade seviyelerinde önemli

değişmelere yol açtığı görülmüştür. Total protein miktarları ve MDA seviyeleri de bu

uygulamaların hücreyi apoptozise götürmüş olabileceğini düşündürmektedir.

Hücre döngüsü, bitkilerde birçok faktör tarafından kontrol edilen önemli bir süreçtir.

Sadece belli genlerde meydana gelen ifade farklılıklarının değerlendirilmesi, hücre

döngüsünün gidişatı konusunda yorum yapmak için yeterli olmayabilir. Ancak bu

konuda yapılacak çalışmalar için yol gösterici olacağı düşünülmektedir. Genlerin

görevleri anlaşıldıkça gen aktarımı veya gen susturma ile yeni transgeniklere ortam

sağlanacaktır. Ülkemizde ve dünyada geniş kullanım alanı olan ve dolayısıyla yüksek

ekonomik değere sahip ayçiçeğinde, bitkilerin yaygın olarak maruz kaldığı bu abiyotik

stres faktörlerinin etkilediği hücre döngüsü genlerinin aydınlatılması, sadece istenilen

özelliklere sahip yeni ayçiçeği transgeniklerinin oluşturulmasına değil, aynı zamanda

ekonomik değeri yüksek birçok tarım bitkisinde de aynı uygulamaların yapılabilmesine

olanak sağlayacaktır.

224

KAYNAKLAR

Abe, H., Yamaguchi-Shinozaki, K., Urao, T., Iwasaki, T., Hosokawa, D. and Shinozaki,

K. 1997. Role of Arabidopsis MYC and MYB homologs in drought- and

abscisic acid-regulated gene expression. Plant Cell 9; 1859–1868.

Abe, H., Urao, T., Ito, T., Seki, M., Shinozaki, K. and Yamaguchi-Shinozaki, K. 2003.

Arabidopsis AtMYC2 (bHLH) and AtMYB2 (MYB) function as transcriptional

activators in abscisic acid signaling. Plant Cell, 15; 63–78.

Ach, R.A., Taranto, P. and Gruissem, W. 1997. A conserved family of WD-40 proteins

binds to the retinoblastoma protein in both plants and animals. Plant Cell, 9;

1595–1606.

Adams, M.R., Sears, R., Nuckolls, F., Leone, G. and Nevins, J.R. 2000. Complex

transcriptional regulatory mechanisms control expression of the E2F3 locus.

Molecular and Cellular Biology, 20; 3633–9.

Agastian, P., Kingsley, S.J. and Vivekanandan, M. 2000. Effect of salinity on

photosynthesis and biochemical characteristics in mulberry genotypes.

Photosynthetica, 38; 287–290.

Alamgir, A.N.M. and Ali, M.Y. 1999. Effect of salinity on leaf pigments, sugar and

protein concentrations and chloroplast ATPAase activity of rice (Oryza sativa

L.). Bangladesh J. Bot., 28; 145–149.

Alberts, B. 2008. Hücrenin Moleküler Biyolojisi. Türkiye Bilimler Akademisi, 985,

Ankara.

Anastassopoulou, J. 2003. Magnesium-DNA interactions and the possible relation of

magnesium to carcinogenesis. Irradiation and free radicals, 42(1); 79.

Anderson, J.P., Badruzsaufari, E., Schenk, P.M., Manners, J.M., Desmond, O.J., Ehlert,

C., Maclean, D.J., Ebert, P.R. and Kazan, K. 2004. Antagonistic interaction

between abscisic acid and jasmonateethylene signaling pathways modulates

defense gene expression and disease resistance in Arabidopsis. Plant Cell, 16;

3460–3479.

Anonim. 2015. Web Sitesi: http://arastirma.tarim.gov.tr/ ttae/Sayfalar/Detay.aspx?

SayfaId=92. Erişim Tarihi: 10.08.2015.

Anonim. 2015. Web Sitesi: http://arastirma.tarim.gov.tr/ttae/Sayfalar/Detay.aspx?

SayfaId=96. Erişim Tarihi: 10.08.2015.

Anonim. 2015. Web Sitesi: http://www.betaziraat.com.tr/Tr/tarla-bitkileri/aycicegi.

Erişim Tarihi: 10.08.2015.

225

Anonim. 2015. Web Sitesi: http://koop.gtb.gov.tr/data/53319ccf487c8eb1e43d

7298/2014%20Ay%C3%A7i%C3%A7e%C4%9Fi%20Raporu.pdf. T.C.

Gümrük ve Ticaret Bakanlığı Koperatifçilik Genel Müdürlüğü, 2014 Ayçiçeği

Raporu. Erişim Tarihi: 12.08.2015.

Anonim. 2015. Web Sitesi: https://biruni.tuik.gov.tr/bitkiselapp/bitkisel.zul. Erişim

Tarihi: 12.10.2015.

Anonymous. 2015. Web Sitesi: http://arastirma.tarim.gov.tr/ttae/Sayfalar/EN/Detay

.aspx? SayfaId=130. Erişim Tarihi: 10.08.2015.

Arabi, A,. Wu, S., Ridderstrale, K., Bierhoff, H., Shiue, C., Fatyol, K., Fahlen, S.,

Hydbring, P., Söderberg, O., Grummt, I., Larsson, L.G. and Wright, A.P. 2005.

c-Myc associates with ribosomal DNA and activates RNA polymerase I

transcription. Nat Cell Biol, 7; 303-10.

Artlip, T.S. and Funkhouser, E.A. 1995. Protein Synthetic Responses to Environmental

Stresses. M. Pessarakli (Ed.), Handbook of Plant and Crop Physiology, pp. 627–

644. Marcel Dekker, New York.

Ashraf, M. 1994. Breeding for salinity tolerance in plants. Critjical Reviews in Plant

Sciences, 13(1); 17-42.

Ashraf, M. and Fatima H. 1995. Responses of some salt tolerant and salt sensitive lines

of safflower (Carthamus tinctorius L.). Acta Physiol. Plant, 17; 61–71.

Ashraf, M. and Tufail, M. 1995. Variation in salinity tolerance in sunflower (Helianthus

annuus L.). J. Agron. Soil Sci., 174; 351–362.

Ashraf, M. and Haris, P.J.C. 2004. Potential biochemical indicators of salinity tolerance

in plants. Plant Science, 166; 3-16.

Baloğlu, M. C., Kavas, M., Aydın, G. Öktem, H. A. and Yücel, A.M. 2012.

Antioxidative and physiological responses of two sunflower (Helianthus

annuus) cultivars under PEG-mediated drought stress. Turk J Bot., 36; 707-714.

Blum, A. 1986. Breeding Crop Varieties for Stress Environments. Critical Reviews in

Plant Sciences, 2; 199-237.

Boniotti, M.B. and Gutierrez, C. 2001. A cell-cycle-regulated kinase activity

phosphorylates plant retinoblastoma protein and contains, in Arabidopsis, a

CDKA/cyclin D complex. Plant J., 28; 341–350.

Borghi, L., Gutzat, R., Fütterer, J., Laizet, Y., Hennig, L. and Wilhelm Gruissem, W.

2010. Arabidopsis RETINOBLASTOMA-RELATED Is Required for Stem Cell

Maintenance, Cell Differentiation, and Lateral Organ Production. The Plant Cell,

22; 1792–1811.

226

Bradford, M.M. 1976. Rapid and sensitive method for the quantitation of microgram

quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal.

Biochem., 72; 248–254.

Bray, E.A. 1997. Plant responses to water deficit. Trends Plant Sci., 2; 48-54.

Bray, E.A., Bailey-Serres, J. and Weretilnyk, E. 2000. Responses to abiotic stress. In.

Buchanan BB, Gruissem W, Jones RL, eds. Biochemistry and molecularbiology

of plants. Rokwille: American Society of Plant Physiologists, 1158-1203.

Bray, E.A. 2007. Molecular and Physiological Responses to Water-Deficit Stres. In:

Advances in Molecular Breeding Toward Drought. M.A. Jenks et al. (eds.).

Springer, Netherlands.

Buck, M.J. and Atchley, W.R. 2003. Phylogenetic analysis of plant basic helix-loop-

helix proteins. J Mol Evol., 56; 742-750.

Cheruth, A.J., Ksouri, R., Ragupathi, G., Paramasivam, M., Jallali, I., Hameed, J.A.,

Zhao, C.X., Shao, H.B. and Rajaram, P. 2009. Antioxidant defense responses:

physiological plasticity in higher plants under abiotic constraints. Acta Physiol

Plant, 31; 427-436.

Chinnusamy, V., Schumaker, K. and Zhu, J.K. 2004. Molecular genetic perspectives on

cross-talk and specificity in abiotic stress signalling in plants. J Exp Bot., 55;

225–236.

Cornic, G., 2000. “Drought stress inhibits photosynthesis by decreasing stomatal

aperture not by affecting ATP synthesis.” Trends in Plant Science5: 187–188.

Costas C., Desvoyes, B. and Gutierrez, C. 2011. A chromatin perspective of plant cell

cycle progression. Biochimica et Biophysica Acta, 1809; 379–387.

Day, S., Kaya, D. ve Kolsarıcı, Ö. 2008. Bazı Çerezlik Ayçiçeği (Helianthus annuus L.)

Genotiplerinin Çimlenmesi Üzerine NaCl Konsantrasyonlarının Etkileri. Tarım

Bilimleri Dergisi, 14 (3); 230-236.

de Jager S.M., Scofield S., Huntley R.P., Robinson A.S., den Boer, B.G. and Murray,

J.A. 2009. Dissecting regulatory pathways of G1/S control in Arabidopsis:

Common and distinct targets of CYCD3;1, E2Fa and E2Fc. Plant Mol. Biol., 71;

345–365.

De Veylder, L., Beeckman, T., Beemster, G.T.S., Engler, J.A., Ormenese, S., Maes, S.,

Naudts, M., Schueren, E.V.D., Jacqmard, A., Engler, G. and Inzé, D. 2002.

Control of proliferation, endoreduplication and differentiation by the

Arabidopsis E2Fa–DPa transcription factor. EMBO J., 21; 1360–1368.

De Veylder, L., Joube`s, J. and Inze, D. 2003. Plant cell cycle transitions. Curr Opin

Plant Biol., 6; 536–543.

227

De Veylder, L., Beeckman, T. and Inzé, D. 2007. The ins and outs of the plant cell

cycle. Molecular Cell Bıology, 8; 655-665.

del Pozo, J.C., Boniotti, MB. and Gutierrez, C. 2002. Arabidopsis E2Fc functions in cell

division and is degraded by the ubiquitin-SCF(AtSKP2) pathway in response to

light. Plant Cell, 14; 3057–3071.

del Pozo, J.C., Diaz-Trivino, S., Cisneros, N. and Gutierrez, C. 2006. The balance

between cell division and endoreplication depends on E2FC-DPB, transcription

factors regulated by the ubiquitin-SCFSKP2A pathway in Arabidopsis. Plant

Cell, 18; 2224–2235.

Desvoyes, B., Elena, R.P., Xie, Q., Chua, N.H. and Gutierrez, C. 2006. Cell type-

specific role of the retinoblastoma/E2F pathway during Arabidopsis leaf

development. Plant Physiol., 140; 67-80.

Dewitte, W. and Murray, JAH. 2003. The plant cell cycle. Annu Rev Plant Biol., 54;

235–264.

Dixit, V., Pandey, V. and Shyam, R. 2002. Chromium Ions Inactivate Electron

Transport and Enhance Superoxide Generation in vivo in Pea (Pisum sativum L.

cv. Azad) Root Mitochondria. Plant Cell Environ., 25; 687-690.

Dubey, R.S. and Rani, M. 1989. Influence of NaCl salinity on growth and metabolic

status of protein amino acids in rice seedling. J. Agron. Crop Sci., 162; 97–106.

Dudits, D., Ábrahám, E., Miskolczi, P., Ayaydin, F., Bilgin, M. and Horváth, G.V.

2011. Cell-cycle control as a target for calcium, hormonal and developmental

signals: the role of phosphorylation in the retinoblastoma-centred pathway.

Annals of Botany, 107; 1193–1202.

Dunnet, C.W. 1955. A multiple comparison procedure for comparing several treatments

with a control. Journal of the American Statistical Association, 50; 1096-1121.

Ebel, C., Mariconti, L. and Gruissem, W. 2004. Plant retinoblastoma homologues

control nuclear proliferation in the female gametophyte. Nature, 429; 776–780.

Ebrahimian, E. and Bybordi, A. 2012. Effect of salinity, salicylic acid, silicium and

ascorbic acid on lipid peroxidation, antioxidant enzyme activity and fatty acid

content of sunflower. African Journal of Agricultural Research, 7(25); 3685-

3694.

Eilers, M. 1999. Control of cell proliferation by Myc family genes. Mol Cells, 9; 1-6.

Elledge, S.J. 1996. Cell cycle checkpoints: preventing an identity crisis. Science (New

York, N.Y.), 274; 1664–1672.

228

Ellouzia, H., Hameda, K.B., Celab, J., e-Boschb, S. M. and Abdellya, C. 2011. Early

effects of salt stress on the physiological and oxidative status of Cakile maritima

(halophyte) and Arabidopsis thaliana (glycophyte). Physiologia Plantarum, 142;

128–143.

Foolad, M. 2007. Current Status of Breeding Tomatoes for Salt and Drought Tolerance,

In: Advances in Molecular Breeding Toward Drought. M.A. Jenks et al. (eds.).

Springer, Netherlands.

Foyer, C.H. and Noctor, G. 2000. Oxygen processing in photosynthesis: regulation and

signalling. New Phytol., 146; 359–388.

Gadallah, M.A.A. 1999. Effects of proline and glycinebetaine on Vicia faba responses

to salt stress. Biol. Plant., 42; 249–257.

Gangappa, S.N., Srivastava, A.K., Maurya, J.P., Ram, H. and Chattopadhyay, S. 2013b.

Z-box binding transcription factors (ZBFs): a new class of transcription factors

in Arabidopsis seedling development. Mol. Plant, 6; 1758–1768.

Gomez-Roman, N., Grandori, C., Eisenman, R.N. and White, R.J. 2003. Direct

activation of RNA polymerase III transcription by c-Myc. Nature, 421; 290–4.

Grafi, G., Burnett, R.J., Helentjaris, T., Larkins, B.A., DeCaprio, J.A., Sellers, W.R. and

Kaelin, W.G. 1996. A maize cDNA encoding a member of the retinoblastoma

protein family: involvement in endoreduplication. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.

93, 8962–8967.

Gutzat, R., Borghi, L., Fütterer, J., Bischof, S., Laizet, Y., Hennig, L., Feil, R., Lunn, J.

and Gruissem, W. 2011. RETINOBLASTOMA-RELATED PROTEIN controls

the transition to autotrophic plant development. Development (Cambridge,

England), 138; 2977–2986.

Hasegawa, P.M., Bressan, R.A., Zhu, J.K. and Bohnert, H.J. 2000. Plant cellular and

molecular responses to high salinity. Annual Review of Plant Physiology and

Plant Molecular Biology, 51; 463–499.

Heiser, C.B. 1955. The origin and development of cultivated sunflower. Am. Biol.

Teacher, 17; 161-167.

Helin, K. 1998. Regulation of cell proliferation by the E2F transcription factors. Curr

Opin Genet Dev., 8; 28–35.

Hichri, I., Heppel, S.C., Pillet, J., Léon, C., Czemmel, S., Delrot, S., Lauvergeat, V. and

Bogs, J. 2010. The basic helix–loop–helix transcription factor MYC1 is involved

in the regulation of the flavonoid biosynthesis pathway in grapevine. Molecular

Plant, 3; 509-523.

229

Hirano, H., Harashima, H., Shinmyo, A. and Sekine, M. 2008. Arabidopsis

RETINOBLASTOMA RELATED PROTEIN 1 is involved in G1 phase cell

cycle arrest caused by sucrose starvation. Plant Mol. Biol. 66:259-275.

Hoagland, D.R. and Arnon, D.I. 1938. The Water Culture Method for Growing Plants

Without Soil. Circ. Calif. Agr. Exp. Sta., 347-461.

Hodges, D.M., DeLong, J.M., Forney, C.F. and Prange, R.K. 1999. Improving the

thiobarbituric acid-reactive-substances assay for estimating lipid peroxidation in

plant tissues containing anthocyanin and other interfering compounds. Planta,

207; 604–611.

Huang, C., Wei, G., Jie, Y., Wang, L., Zhou, H., Ran, C., Huang, Z., Jia, H. And

Anjum, S.A. 2014. Effects of concentrations of sodium chloride on

photosynthesis, antioxidative enzymes, growth and fiber yield of hybrid ramie.

Plant Physiology and Biochemistry, 76; 86-93.

Inze´, D. 2005. Green light for the cell cycle. EMBO J., 24; 657–662.

Ji, X., Wang, Y. and Liu, G. 2012. Expression Analysis of MYC Genes from Tamarix

hispida in Response to Different Abiotic Stresses. Int. J. Mol. Sci., 13; 1300-

1313.

Jullien, P.E., Mosquna, A., Ingouff, M., Sakata, T., Ohad, N. and Berger, F. 2008.

Retinoblastoma and Its Binding Partner MSI1 Control Imprinting in

Arabidopsis. PLoS Biol., 6(8); e194. doi:10.1371/journal.pbio.0060194

Kabata-Pendias, A. and Pendias, H. 2001. Trace elements in soils and plants. 3rd edn.

CRC Press Inc, Boca Raton, FL, p 413.

Karuppanapandian, T. and Manoharan, K. 2008. Uptake and Translocation of Tri- and

Hexa-Valent Chromium and Their Effects on Black Gram (Vigna mungo L.

Hepper cv. Co4) Roots. J. Plant Biol., 51, 192-201.

Katerji, N., Van Hoorn, J.W., Hamdy, A. and Mastrorıllı, M. 2004. Comparison of Corn

Yield Response to Plant Water Stress Caused by Salinity and By Drought.

Agricultural Water Management, 65; 95–101.

Katz, S.A. and Salem, H. 1994. The biological and environmental chemistry of

chromium. New York, NY: VCH Publishers.

Kaya, Y. 2004. Ayçiçeği biyoteknolojisinde son gelişmeler ve ıslahında kullanım

olanakları. Trakya Univ J Sci, 5(2); 141-147.

Kaya, M.D., Okçu, G., Atak, M., Çıkılı, Y. and Kolsarıcı, Ö. 2006. Seed Treatments to

Overcome Salt and Drought Stress During Germination in 334 Sunflower

(Helianthus annuus L.). European Journal of Agronomy, 24 (4); 291-295.

230

Kaya, A. and Yigit, E. 2014. The physiological and biochemical effects of salicylic acid

on sunflowers (Helianthus annuus) exposedto flurochloridone. Ecotoxicology

and Environmental Safety, 106; 232–238.

Kazan, K., and Manners, J.M. 2012. JAZ repressors and the orchestration of

phytohormone crosstalk. Trends Plant Sci., 17; 22–31.

Khedr, A.H.A., Abbas, M.A., Wahid, A.A.A., Quick, W.P. and Abogadallah, G.M.

2003. Proline induces the expression of salt stress responsive proteins and may

improve the adaptation of Pancratium maritimum L. to salt stress. J. Exp. Bot.,

54; 2553–2562.

Knight, J.A., Pleper, R.K. and Macellon, L. 1988. Specifity of the thiobarbituric acid

reaction: İts use in studies of lipid peroxidation. Clinical Chemistry, 34; 2433-

2438.

Komaki, S. and Sugimoto, K. 2012. Control of the Plant Cell Cycle by Developmental

and Environmental Cues. Plant Cell Physiol, 53(6); 953–964.

Kong, K., Daduang, S., Wongkham, C.H., Bun–Nag, S., Kosittrakun, M. and

Theerakulpisut, P. 2005. Protein profiles in response to salt stress in leaf sheaths

of rice seedlings. Sci. Asia, 31; 403–408.

Kurzbauer, M.T. and Schlögelhofer, P. 2011. Retinoblastoma protein goes green: the

role of RBR in Arabidopsis meiosis. The EMBO Journal, 30; 631–633.

Lammens, T., Boudolf, V., Kheibarshekan, L., Zalmas, L.P., Gaamouche, T., Maes, S.,

Vanstraelen, M., Kondorosi, E., La Thangue, NB, Govaerts, W., Inzé, D. and De

Veylder, L. 2008. Atypical E2F activity restrains APC/CCCS52A2 function

obligatory for endocycle onset. Proc Natl Acad Sci USA, 105; 14721– 14726.

Lavia, P. and Jansen-Dürr, P. 1999. E2F target genes and cell-cycle checkpoint control.

Bioessays, 21; 221–230.

Lawlor, D.W. 2002. Limitation to photosynthesis in water-stressed leaves:stoma vs.

metabolism and the role of ATP. Annals of Botany, 89; 871-885.

Lawlor, D.W. and Cornic, G. 2002. Photosynthetic carbon assimilation and associated

metabolism in relation to water deficits in higher plants. Plant Cell and

Environment, 25; 275–294.

Lee, H.O., Davidson, J.M. and Duronio, R.J. 2009. Endoreplication: polyploidy with

purpose. Genes Dev., 23(21); 2461–77.

Lees, C.B. 1965. Sunflower Hortic, 43; 24-25.

231

Leone, G., DeGregori, J., Sears, R., Jakoi, L. and Nevins, J.R. 1997. Myc and Ras

collaborate in inducing accumulation of active cyclin E/Cdk2 and E2F. Nature,

387; 422– 6.

Leone, G., Sears, R., Huang, E., Rempel, R., Nuckolls, F., Park, C.H., Giangrande, P.,

Wu, L., Saavedra, H.I., Field, S.J., Thompson, M.A., Yang,H., Fujiwara, Y.,

Greenberg, M.E., Orkin, S., Smith, C. and Nevins, J.R. 2001. Myc requires

distinct E2F activities to induce S phase and apoptosis. Mol Cell, 8; 105-13.

Liang, Y., Chen, Q., Liu, Q., Zhang, W. and Ding, R. 2003. Exogenous silicon (Si)

increases antioxidant enzyme activity and reduces lipid peroxidation in roots of

salt-stressed barley (Hordeum vulgare L.). J Plant Physiol., 160(10); 1157–1164.

Linnaeus, C. 1753. Species Plantarum, Tomus II: 904.

Livak, K.J. and Schmittgen, T.D. 2001. Analysis of Relative Gene Expression Data

Using Real- Time Quantitative PCR and the 2-ΔΔCT

Method. METHODS, 25;

402–408. doi:10.1006/meth.2001.1262.

Lorenzo, O., Chico, J., Sánches-Serrano, J. and Solano, R. 2004. JASMONATE-

INSENSITIVE1 encodes a MYC transcription factor essetioal to discriminate

between different jasmonate-regulated defense responses in Arabidopsis. Plant

Cell, 16; 1938–1950.

Magyar, Z., De Veylder, L., Atanassova, A., Bako, L., Inze, D. and Bogrea, L. 2005.

The Role of the Arabidopsis E2FB Transcription Factor in Regulating Auxin-

Dependent Cell Division. The Plant Cell, 17; 2527–254.

Mahajan, S. and Tuteja, N. 2005. Cold, salinity and drought stress: an overview.

Archives of Biochemistry and Biophysics, 444; 139-158.

Maiti, S., Ghosh, N., Mandal, C., Das, K., Dey, N., Adak, M.K. and Braz. J., 2012.

Responses of the maize plant to chromium stress with reference to antioxidation

activity Plant Physiol., 24(3); 203-212.

Mariconti, L., Pellegrini, B., Cantoni, R., Stevens, R., Bergounioux, C., Cella, R. and

Albani, D. 2002. The E2F family of transcription factors from Arabidopsis

thaliana. Novel and conserved components of the retinoblastoma/E2F pathway

in plants. J Biol Chem., 277; 9911–9919.

Marschner, H. 1995. Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press, 657-680.

Meijer, M. and Murray, J.A.H. 2001. Cell cycle controls and the development of plant

form. Current Opinion in Plant Biology, 4; 44–49.

Menges, M., Pavesi, G., Morandini, P., Bögre, L. and Murray, J.A. 2007. Genomic

organization and evolutionary conservation of plant D-type cyclins. Plant

Physiology, 145; 1558–1576.

232

Miljuš-Djukić, J., Stanisavljević, N., Radović, S., Jovanović, Z., Mikić, A. and

Maksimović, V. 2013. Differential response of three contrasting pea (Pisum

arvense, P. sativum and P. fulvum) species to salt stress: assessment of variation

in antioxidative defence and miRNA expression. AJCS 7(13):2145-2153

ISSN:1835-2707.

Mirzaee, M., Moieni, A. and Ghanati F., 2013. Effects of Drought Stress on the Lipid

Peroxidation and Antioxidant Enzyme Activities in Two Canola (Brassica napus

L.) Cultivars. J. Agr. Sci. Tech., 15; 593-602.

Mittova, V., Guy, M., Tal, M. and Volokita, M. 2004. Salinity upregulates the

antioxidative system in root mitochondria and peroxisomes of the wild salt-

tolerant tomato species Lycopersicon pennellii. J Exp Bot., 55; 1105–1113.

Moussa, H.R., Abdel-Aziz, S.M., 2008. Comparative Response of Drought Tolerant and

Drought Sensitive Maize Genotypes to Water Stres. Australian Journal of Crop

Science, 1(1); 31-36.

Nakata, M., Mitsuda, N., Herde, M., J.K. Koo, A., Moreno, J. E., Suzuki, K, Howe, G.

A. and Ohme-Takagi, M. 2013. A bHLH-Type Transcription Factor, ABA-

INDUCIBLE BHLH-TYPE TRANSCRIPTION FACTOR/JA-ASSOCIATED

MYC2-LIKE1, Acts as a Repressor to Negatively Regulate Jasmonate Signaling

in Arabidopsis. The Plant Cell, 25; 1641–1656.

Naouar, N., Vandepoele, K., Lammens, T., Casneuf, T., Zeller, G., van Hummelen, P.,

Weigel, D., Rätsch, G., Inzé, D., Kuiper, M., De Veylder, L. and Vuylsteke, M.

2009. Quantitative RNA expression analysis with Affymetrix Tiling 1.0R arrays

identifies new E2F target genes. Plant J., 57; 184–194.

Oren, R., Phillips, N., Ewers, B.E., Pataki, D.E. and Megonigal, J.P. 1999. Sap-flux-

scaled transpiration responses to light, vapor pressure deficit, and leaf area

reduction in a flooded Taxodium distichum forest. Tree Physiology, 19; 337–

347.

Panda, S.K. and Khan, M.H. 2003. Antioxidant efficiency in rice (Oryza sativa L.)

leaves under heavy metal toxicity. J Plant Biol., 30; 23–29.

Pandey, S.K. 2008. Germination and seedling growth of field pea (Pisum sativum)

Malviya Matar-15 (HUDP-15) and Pusa Prabhat (DDR-23) under varying level

of copper and chromium. J Am Sci., 4(3); 28–40.

Pareek-Singla, S.L. and Grover, A. 1997. Salt responsive proteins/genes in crop plants.

In: Jaiwal P.K., Singh R.P., Gulati A. (eds.): Strategies for Improving Salt

Tolerance in Higher Plants. Oxford and IBH Publishing Co., New Delhi.

Parida, A.K., Das, A.B. and Das, P. 2002. NaCl stress causes changes in photosynthetic

pigments, proteins and other metabolic components in the leaves of a true

233

mangrove, Bruguiera parviflora, in hydroponic cultures. J. Plant Biol., 45; 28–

36.

Park, J.A., Ahn, J.W.,Kim,Y.K., Kim, S.J., Kim, J.K., Kim, W.T. and Pai, H.S. 2005.

Retinoblastoma protein regulates cell proliferation, differentiation, and

endoreduplication in plants. Plant J., 42; 153–163.

Parvaiz, A. and Satyawati, S. 2008. Salt stress and phyto-biochemical responses of

plants-a review. Plant Soil Environment, 54 (3); 89-99.

Polit, J.T., Kaźmierczak, A. and Walczak-Drzewiecka, A. 2012. Cell cycle-dependent

phosphorylation of pRb-like proteinin root meristem cells of Vicia faba.

Protoplasma, 249; 131–137.

Popova, L.P., Stoinova, Z.G. and Maslenkova, L.T. 1995. Involvement of abscisic acid

in photosynthetic process in Hordeum vulgare L. during salinity stress. Plant

Growth Regul., 14; 211–218.

Pugnaire, F.I., Endolz, L.S. and Pardos, J. 1994. Constraints by water stress on plant

growth, in Handbook of Plant and Crop Stressed. Pessarakli M., editor. (New

York, NY: Marcel Dekker Inc; ), 247–259.

Quintero, F.J., Garciadeblas, B. and Rodriguez-Navarro, A. 1996. The SAL1 gene of

Arabidopsis, encoding an enzyme with 3’(2’),5’-bisphosphate nucleotidase and

inositol polyphosphate 1-phosphatase activities, increases salt tolerance in yeast.

Plant Cell, 8; 529–537.

Radziejwoski, A., Vlieghe, K., Lammens, T., Berckmans, B., Maes, S., Jansen, M.,

Knappe, C., Albert, A. Seidlitz, H.K., Bahnweg, G., Inze, D. and De Veylder, L.

2011. Atypical E2F activity coordinates PHR1 photolyase gene transcription

with endoreduplication onset. The EMBO Journal, 30; 355–363.

Rai, V., Vajpayee, P., Singh, S.N. and Mehrotra, S. 2004. Effect of chromium

accumulation on photosynthetic pigments, oxidative stress defense system,

nitrate reduction, proline level and eugenol content of Ocimum tenuiflorum L.

Plant Science, 167; 1159–1169.

Rai, V., Tandon, P.K. and Khatoon, S. 2014. Effect of Chromium on Antioxidant

Potential of Catharanthus roseus Varieties and Production of Their Anticancer

Alkaloids: Vincristine and Vinblastine. BioMed Research International. Volume

2014, Article ID 934182, 10 pages. http://dx.doi.org/10.1155/2014/934182.

Ramirez-Parra, E., Fründt, C. and Gutierrez, C. 2003. A genome-wide identification of

E2F-regulated genes in Arabidopsis. Plant J., 33; 801–811.

Ramirez-Parra, E., Lopez-Matas, M.A., Frundt, C. And Gutierrez C. 2004. Role of an

atypical E2F transcription factor in the control of Arabidopsis cell growth and

differentiation. Plant Cell, 16; 2350–2363.

234

Rıo, D.D., Stewart, A.J. and Pellegrını, N. 2005. A Review of Recent Studies on

Malondialdehyde as Toxic Molecule and Biological Marker of Oxidative Stress.

Nutrition, Metabolism & Cardiovascular Disease, 15; 316-328.

Roscoe, J.T. 1975. Fundemental research statistics for the behavioral sciences. New

York: Holt, Rinehart and Winston, Inc. 63.

Rossi, V., Locatelli, S., Lanzanova, C., Boniotti, M.B., Varotto, S., Pipal, A., Goralik-

Schramel, M., Lusser, A., Gatz, C., Gutierrez, C. and Motto, M. 2003. A maize

histone deacetylase and retinoblastoma-related protein physically interact and

cooperate in repressing gene transcription. Plant Molecular Biology, 51(3); 401-

413.

Rossignol, P., Stevens, R., Perennes, C., Jasinski, S., Cella, R., Tremousaygue, D. and

Bergounioux, C. 2002. AtE2F-a and AtDP-a, members of the E2F family of

transcription factors, induce Arabidopsis leaf cells to re-enter S phase. Molecular

Genetics and Genomics, 266; 995–1003.

Ruiz, J.M., Blasco, B., Rivero, R.M. and Romero, L. 2005. Nicotine-free and salt

tolerant tobacco plants obtained by grafting to salinityresistant rootstocks of

tomato. Physiol Plant 124; 465–475.

Sabelli, P.A., Liu, Y., Dante, R.A., Lizarraga, L.E., Nguyen, H.N., Brown, S.W.,

Klingler, J.P., Yu, J., LaBrant, E., Layton, T.M., Feldman, M. and Larkins, B.A.

2013. Control of cell proliferation, endoreduplication, cell size, and cell death by

the retinoblastoma-related pathway in maize endosperm. Proc Natl Acad Sci U S

A.110(19):E1827–36.

Santos, C.V. 2004. Regulation of chlorophyll biosynthesis and degradation by salt stress

in sunflower leaves. Sci. Hortic., 103; 93–99.

Scofield, S., Jones, A. and Murray, A.H.J. 2014. The plant cell cycle in context.

Journal of Experimental Botany, 65(10); 2557–2562.

Sears, R., Ohtani, K., and Nevins, J.R. 1997. Identification of positively and negatively

acting elements regulating expression of the E2F2 gene in response to cell

growth signals. Mol. Cell. Biol, 17; 5227–35.

Semelczi-Kovacs, A. 1975. Acclimatization and dissemination of the sunflower in

Europe. Acta. Ethnogr. Acad. Sci Hung., 24; 47-88.

Sergio, L., De Paola, A., Cantore, V., Pieralice, M., Cascarano, N.A., Bianco, V. V., Di

Venere, D. 2012. Effect of salt stress on growth parameters, enzymatic

antioxidant system, and lipid peroxidation in wild chicory (Cichorium intybus

L.) Acta Physiol Plant, 34; 2349–2358.

235

Shanker, A.K. and Pathmanabhan, G. 2004. Speciation dependant antioxidative

response in roots and leaves of Sorghum (Sorghum bicolor (L) Moench cv CO

27) under Cr(III) and Cr(VI) stress. Plant Soil., 265; 141– 51.

Shanker, A.K., Cervantes, C., Loza-Tavera, H. and Avudainayagam, S. 2005.

Chromium toxicity in plants. Environ Int., 31; 739–753.

Sharma, D.C., Chatterjee, C. and Sharma, C.P. 1995. Chromium accumulation by barley

seedlings (Hordeum vulgare L.). J Exp Bot., 25; 241–25.

Shinozaki, K. and Yamaguchi-Shinozaki K. 1996. Molecular responses to drought and

cold stress. Curr Opin Biotechnol., 7; 161-167.

Shipley, G.L. 2006. An introduction to real-time PCR. In: Real-Time PCR, Dorak M,.

T. (ed). Taylor and Francis Group, New York, 1-31.

Sinha, S., Saxena, R. and Singh, S. 2005. Chromium induced lipid peroxidation in the

plants of Pistia stratiotes L.: role of antioxidants and antioxidant enzymes.

Chemosphere, 58; 595–604.

Soleimanzadeh, H., Habibi, D., Ardakani, M.R. Paknejad, F. and Rejali, F. 2010. Effect

of Potassium Levels on Antioxidant Enzymes and Malondialdehyde Content

under Drought Stress in Sunflower (Helianthus annuus L.) American Journal of

Agricultural and Biological Sciences 5 (1); 56-61,ISSN 1557-4989.

Sozzani, R., Maggio, C., Giordo, R., Umana, E., Ascencio-Ibanez, J.T., Hanley-

Bowdoin, L., Bergounioux, C., Cella, R. and Albani, D. 2010. The E2FD/DEL2

factor is a component of a regulatory network controlling cell proliferation and

development in Arabidopsis. Plant Mol Biol., 72; 381–395.

Sönmez, F.K., Kömüscü, A.Ü., Erkan, A. and Turgu, E. 2005. An Analysis of Spatial

and Temporal Dimension of Drought Vulnerability in Turkey Using the

Standardized Precipitation Index. Natural Hazards, 35; 243–264.

Süzer, S. 2014. Ekolojik Ayçiçeği Tarımı. Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü

Müdürlüğü Web sayfası: http://arastirma.tarim.gov.tr/ttae/Sayfalar/

Detay.aspx?SayfaId=56. Son erişim tarihi:11.09.2015.

Szabolcs, J. 1994. Soils and salinization. pp.3- 11. In: M. Pessarakli (Ed.), Handbook of

Plant and Crop Stress, Marcel Dekker, New York.

Theophanides, T. 1981. Fourier Transform Infrared Spectra of Calf Thymus DNA and

its Reactions with Anticancer Drug cis-platin”, Appl. Spectrosc., 35, 461.

Toledo-Ortiz, G., Huq, E. and Quail, P.H. 2003. The Arabidopsis basic/helix-loop-helix

transcription factor family. Plant Cell, 15; 1749–1770.

Vajpayee, P., Rai, U.N., Ali, M.B., Tripathi, R.D., Yadav, V., Sinha, S. 2001.

Chromium-Induced Physiologic Changes in Vallisneria spiralis L. and Its Role

236

in Phytoremediation of Tannery Effluent. Bulletin of Environmental

Contamination and Toxicology, 67(2); 246-256.

Van Verk, M.C., Gatz, C. and Linthorst, H.J.M. 2009. Transcriptional regulation of

plant defense responses. Adv. Bot. Res., 51; 397–438.

Vandepoele, K., Vlieghe, K., Florquin, K., Hennig, L., Beemster, G.T.S., Gruissem, W.,

Van de Peer, Y., Inze, D. and Lieven De Veylder , L., 2005. Genome-Wide

Identification of Potential Plant E2F Target Genes Plant Physiology, 139; 316–

328.

Vassilevska-Ivanova, R., Shtereva, L., Kraptchev, B. and Karceva, T. 2014. Response

of sunflower (Helianthus annuus L)cgenotypes to PEG-mediated water stress.

Cent. Eur. J. Biol., 9(12); 1206-1214.

Vlieghe, K., Vuylsteke, M., Florquin, K., Rombauts, S., Maes, S., Ormenese, S., Van

Hummelen, P., Van de Peer, Y., Inze, D. and De Veylder, L. 2003. Microarray

analysis of E2Fa-DPa-overexpressing plants reveals changes in the expression

levels of genes involved in DNA replication, cell wall biosynthesis, and nitrogen

assimilation. J Cell Sci., 116; 4249–4259.

Vuosku, J., Sutela, S., Kestilä, J., Jokela, A., Sarjala, T. and Häggman, H. 2015.

Expression of catalase and retinoblastoma-related protein genes associates with

cell death processes in Scots pine zygotic embryogenesis. BMC Plant Biology.

15; 88.

Wang, Y. and Nil, N. 2000. Changes in chlorophyll, ribulose biphosphate carboxylase-

oxygenase, glycine betaine content, photosynthesis and transpiration in

Amaranthus tricolor leaves during salt stress. J. Hortic. Sci. Biotechnol., 75;

623–627.

Wang, H., Xiao, X., Yang, M., Gao, Z., Zang, J., Fu, X. and Yin-hua Chen, Y., 2014.

Effects of salt stress on antioxidant defense system in the root of Kandelia

candel. Botanical Studies, 55-57.

West, G., Inze, D. and Beemster G.T.S. 2004. Cell Cycle Modulation in the Response of

the Primary Root of Arabidopsis to Salt Stress. Plant Physiology, 135; 1050–

1058.

Whiting, A.F. 1939. Ethnobotany of the Hopi. Museum of Northern Arizona Bulletin

No.15, Flagstaff: Northern Arizona Society of Science and Art.

Wildwater, M., Campilho, A., Perez-Perez, J. M., Heidstra, R., Blilou, I., Korthout, H.,

Chatterjee, J., Mariconti, L., Gruissem, W. and Scheres, B. 2005. The

RETINOBLASTOMA-RELATED gene regulates stem cell maintenance in

Arabidopsis roots. Cell, 123; 1337-1349.

237

Xiong, L. and Zhu, J.K. 2002. Molecular and genetic aspects of plant responses to

osmotic stress. Plant Cell Environ., 25; 131–139.

Yadav, V., Mallappa, C., Gangappa, S.N., Bhatia, S. and Chattopadhyay, S. 2005. A

basic helix-loop-helix transcription factor in Arabidopsis,MYC2, acts as a

repressor of blue light-mediated photomorphogenic growth. Plant Cell, 17;

1953–1966.

Yarsan, E. 1998. Lipid Peroksidasyon Olayı ve Önlenmesine Yönelik Uygulamalar. Y.

Y. U Vet. Fak. Derg., 9 (1-2); 89-95.

Yıldız, M. and Terzi, H. 2008. Effects of NaCl on protein profiles of tetraploid and

hexaploid wheat species and their diploid wild progenitors. Plant Soil Environ.

54; 227–233.

Yu, M.H. 2005. Environmental toxicology: Biological and health effects of pollutants.

CRC pres, Boca Raton.

Zayed, A.M. and Terry, N., 2003. Chromium in the Environment: Factors Affecting

Biological Remediation. Plant Soil, 249; 139-156.

Zeid, I.M., 2001. Responses of Phaseolus vulgaris to Chromium and Cobalt Treatments.

Biol. Plant., 44; 111-115.

Zhai, Q., Yan, L., Tan, D., Chen, R., Sun, J., Gao, L., Dong, M.Q., Wang, Y., and Li, C.

2013. Phosphorylation-coupled proteolysis of the transcription factor MYC2 is

important for jasmonate-signaled plant immunity. PLoS Genet. 9; e1003422.

doi: 10.1371/journal.pgen.

238

ÖZGEÇMİŞ

Adı Soyadı : Esin BAŞARAN

Doğum Yeri : Bulgaristan

Doğum Tarih : 01.06.1983

Medeni Hali : Bekar

Yabancı Dili : İngilizce

Eğitim Durumu (Kurum ve Yıl)

Lise : Yenimahalle Gaziçiftliği Lisesi (Yabancı Dil Ağırlıklı) (2001)

Lisans : Ankara Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü (2006)

Yüksek Lisans : Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı

(Şubat 2007 – Şubat 2010 )

Çalıştığı Kurum/Kurumlar ve Yıl

Başkent Üniversitesi, 2012 – Devam

Yayınları (SCI ve diğer)

Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler

1. Vardar, Ç., Basaran, E., Cansaran-Duman, D. and Aras, S. 2014. Air-quality

biomonitoring: Assessment of genotoxicity of air pollution in the Province of Kayseri

(Central Anatolia) by use of the lichen Pseudevernia furfuracea (L.) Zopf and amplified

fragment-length polymorphism markers. Mutation Research/Genetic Toxicology and

Environmental Mutagenesis, 759; 43-50.

2. Soydam Aydın, S., Basaran, E., Cansaran Duman, D. and Aras, S. 2013. Genotoxic

effect of cadmium in okra seedlings: comperative investigation with population

parameters and molecular markers. Journal of Environmental Biology / Academy of

Environmental Biology, 34(6); 985-990.

239

Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler

1. Basaran, E., Cansaran Duman, D., Büyük, İ. and Aras, S. 2015. Identification of

some Lecidea, Porpidia and Lecidella species (lichen-forming ascomycetes) distributed

in Turkey by sequence analysis of rDNA ITS region. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji

Dergisi, 72(1); 45-58.

2. Basaran, E., Aras, S. ve Cansaran-Duman, D. 2010. Genomik, Proteomik,

Matabolomik Kavramlarına Genel Bakış ve Uygulama Alanları. Türk Hijyen ve

Deneysel Biyoloji Dergisi, 67(2); 85-96.

Kitaplar

Aras, S., Cansaran Duman, D., Vardar, Ç. and Basaran, E. 2011. Comparative Analysis

of Bioindicator and Genotoxicity Indicator Capacity of Lichens Exposed to Air

Pollution. In: Prof. Anca Moldoveanu editors. Air Pollution - New Developments.

China: InTech, 205-226.

Burslar

1. 2211 Tübitak Yurt İçi Doktora Bursu

10. 2010 – 02. 2015

2. Tübitak Proje Bursu

Proje No: 109T046

‘Kayseri İli Yöresinde Kirliliğe Maruz Bırakılmış Pseudevernia furfuracea (L.) Zopf.

Liken türünde Atomik Absorpsiyon Spektroskopisi ile Ağır Metal Analizi ve Hava

Kirliliğinin Genotoksisitesinin Moleküler Markörlerle Değerlendirilmesi.’

06. 2009 - 05. 2010

ankara Ünİversİtesİ fen bİlİmlerİ enstİtÜsÜ...

Documents