anaeropların taksonomisinde yenilikler · taksonomi çalışmalarında kullanılan başlıca...
TRANSCRIPT
Anaeropların Taksonomisinde Yenilikler
Dr Nurver Uumllger Toprak
XXXIV Tuumlrk Mikrobiyoloji Kongresi 7-11 Kasım 2010 Girne- KKTC
Marmara Uumlniversitesi Tıp FakuumlltesiTıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı İstanbul
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilişkiler esas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme (Nomenclature)
Tanımlama
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC Finegoldia magna
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama organizmaların oumlzelliklerinin saptanması ve kaydedilmesi
Alem (Kingdom) Prokaryotae
Boumlluumlm (Phylum) Firmucutes
Sınıf (Class) Clostridia
Takım (Order) Clostridiales
Aile (Family) Peptostreptococcaceae
Cins (Genus) Peptostreptococcus
Tuumlr (Species) Peptostreptococcus anaerobius
Koumlken (Strain) Panaerobius Type strain ATCC 27337 = CCUG 7835 =NCTC 11460
Cins Genel oumlzguumln fenotipik oumlzellikleri taşıyan 16S rRNA dizi oumlzellikleri yakın olan bakteriler Tuumlr Yuumlksek duumlzeyde DNA-DNA homolojisine sahip (gt70) 16S rRNA dizi oumlzellikleri 2-3 farklı
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilişkiler esas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme (Nomenclature)
Tanımlama
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC Finegoldia magna
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama organizmaların oumlzelliklerinin saptanması ve kaydedilmesi
Alem (Kingdom) Prokaryotae
Boumlluumlm (Phylum) Firmucutes
Sınıf (Class) Clostridia
Takım (Order) Clostridiales
Aile (Family) Peptostreptococcaceae
Cins (Genus) Peptostreptococcus
Tuumlr (Species) Peptostreptococcus anaerobius
Koumlken (Strain) Panaerobius Type strain ATCC 27337 = CCUG 7835 =NCTC 11460
Cins Genel oumlzguumln fenotipik oumlzellikleri taşıyan 16S rRNA dizi oumlzellikleri yakın olan bakteriler Tuumlr Yuumlksek duumlzeyde DNA-DNA homolojisine sahip (gt70) 16S rRNA dizi oumlzellikleri 2-3 farklı
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC Finegoldia magna
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama organizmaların oumlzelliklerinin saptanması ve kaydedilmesi
Alem (Kingdom) Prokaryotae
Boumlluumlm (Phylum) Firmucutes
Sınıf (Class) Clostridia
Takım (Order) Clostridiales
Aile (Family) Peptostreptococcaceae
Cins (Genus) Peptostreptococcus
Tuumlr (Species) Peptostreptococcus anaerobius
Koumlken (Strain) Panaerobius Type strain ATCC 27337 = CCUG 7835 =NCTC 11460
Cins Genel oumlzguumln fenotipik oumlzellikleri taşıyan 16S rRNA dizi oumlzellikleri yakın olan bakteriler Tuumlr Yuumlksek duumlzeyde DNA-DNA homolojisine sahip (gt70) 16S rRNA dizi oumlzellikleri 2-3 farklı
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC Finegoldia magna
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama organizmaların oumlzelliklerinin saptanması ve kaydedilmesi
Alem (Kingdom) Prokaryotae
Boumlluumlm (Phylum) Firmucutes
Sınıf (Class) Clostridia
Takım (Order) Clostridiales
Aile (Family) Peptostreptococcaceae
Cins (Genus) Peptostreptococcus
Tuumlr (Species) Peptostreptococcus anaerobius
Koumlken (Strain) Panaerobius Type strain ATCC 27337 = CCUG 7835 =NCTC 11460
Cins Genel oumlzguumln fenotipik oumlzellikleri taşıyan 16S rRNA dizi oumlzellikleri yakın olan bakteriler Tuumlr Yuumlksek duumlzeyde DNA-DNA homolojisine sahip (gt70) 16S rRNA dizi oumlzellikleri 2-3 farklı
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC Finegoldia magna
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama organizmaların oumlzelliklerinin saptanması ve kaydedilmesi
Alem (Kingdom) Prokaryotae
Boumlluumlm (Phylum) Firmucutes
Sınıf (Class) Clostridia
Takım (Order) Clostridiales
Aile (Family) Peptostreptococcaceae
Cins (Genus) Peptostreptococcus
Tuumlr (Species) Peptostreptococcus anaerobius
Koumlken (Strain) Panaerobius Type strain ATCC 27337 = CCUG 7835 =NCTC 11460
Cins Genel oumlzguumln fenotipik oumlzellikleri taşıyan 16S rRNA dizi oumlzellikleri yakın olan bakteriler Tuumlr Yuumlksek duumlzeyde DNA-DNA homolojisine sahip (gt70) 16S rRNA dizi oumlzellikleri 2-3 farklı
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
isimlendirme
bull İki isimli sistem kullanılır
bull Adlar Latince veya Yunancadır
bull Diğer diller kullanılırsa Latince ekler verilir
bull Mikroorganizmanın oumlzelliğine goumlre veya
bull Mikrobiyoloğun onuruna
bull Peptostreptococcusanaerobius
bull Bacteroides thetaiotaomicronndashYunanca theta iota ve omicron harflerinin kombinasyonu
bull Murdochiellaasaccharolytica
Ingiliz Dr David A Murdochonuruna Şekerleri kullanmayan anaerop GPC Finegoldia magna
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama organizmaların oumlzelliklerinin saptanması ve kaydedilmesi
Alem (Kingdom) Prokaryotae
Boumlluumlm (Phylum) Firmucutes
Sınıf (Class) Clostridia
Takım (Order) Clostridiales
Aile (Family) Peptostreptococcaceae
Cins (Genus) Peptostreptococcus
Tuumlr (Species) Peptostreptococcus anaerobius
Koumlken (Strain) Panaerobius Type strain ATCC 27337 = CCUG 7835 =NCTC 11460
Cins Genel oumlzguumln fenotipik oumlzellikleri taşıyan 16S rRNA dizi oumlzellikleri yakın olan bakteriler Tuumlr Yuumlksek duumlzeyde DNA-DNA homolojisine sahip (gt70) 16S rRNA dizi oumlzellikleri 2-3 farklı
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Bakterilerin taksonomisi
Taksonomi organizmaların biyolojik sınıflandırma bilimi
Sınıflandırma ortak benzerlik evrimdeki ilşkileresas alınarak taksa oluşturulması
İsimlendirme belirlenmiş taksonomik kurallara uygun olarak isim verilmesi
Tanımlama organizmaların oumlzelliklerinin saptanması ve kaydedilmesi
Alem (Kingdom) Prokaryotae
Boumlluumlm (Phylum) Firmucutes
Sınıf (Class) Clostridia
Takım (Order) Clostridiales
Aile (Family) Peptostreptococcaceae
Cins (Genus) Peptostreptococcus
Tuumlr (Species) Peptostreptococcus anaerobius
Koumlken (Strain) Panaerobius Type strain ATCC 27337 = CCUG 7835 =NCTC 11460
Cins Genel oumlzguumln fenotipik oumlzellikleri taşıyan 16S rRNA dizi oumlzellikleri yakın olan bakteriler Tuumlr Yuumlksek duumlzeyde DNA-DNA homolojisine sahip (gt70) 16S rRNA dizi oumlzellikleri 2-3 farklı
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Alem (Kingdom) Prokaryotae
Boumlluumlm (Phylum) Firmucutes
Sınıf (Class) Clostridia
Takım (Order) Clostridiales
Aile (Family) Peptostreptococcaceae
Cins (Genus) Peptostreptococcus
Tuumlr (Species) Peptostreptococcus anaerobius
Koumlken (Strain) Panaerobius Type strain ATCC 27337 = CCUG 7835 =NCTC 11460
Cins Genel oumlzguumln fenotipik oumlzellikleri taşıyan 16S rRNA dizi oumlzellikleri yakın olan bakteriler Tuumlr Yuumlksek duumlzeyde DNA-DNA homolojisine sahip (gt70) 16S rRNA dizi oumlzellikleri 2-3 farklı
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Taksonomi ccedilalışmalarında kullanılan başlıca oumlzellikler
bull Geleneksel Fenotipik oumlzelliklerine goumlre
Morfolojik fizyolojik ve metabolik ekolojik oumlzellikler
bull 1990rsquolarda 16S rRNA dizi analizine goumlre
bull Guumlnuumlmuumlzde oumlnerilen
Hem fenotipik hem de genotipik oumlzelliklerin araştırılması
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Batın iccedili apse
bull Koloni
bull Huumlcre morfolojisi
bull Motilite
bull Antibiyotikli disklere duyarlılık profili
bull Safraya
bull İndol oluşturma
bull Şekerleri kullanma
bull Son metabolik uumlruumln
bull Anaerop kuumlltuumlruumlnden izole edilmiş
bull Tuumlmsek yarı mat duumlzguumln kenarlı
bull Kuumlccediluumlk değişken boyda Gram negatif ccedilomak
bull Hareketsiz
bull Kanamisin kolistin ve vankomisine direnccedilli
bull Direnccedilli
bull Negatif
bull Sakkarolitik
bull Asetik asit suumlksinik asit
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Bacteroides distasonis
bull Parabacterium distasonis
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Cytophaga-Flavobacteria-Bacteroides boumlluumlmuuml
bull Parabacteroides 2006
ndash P distasonis
ndash P merdae
ndash P goldsteinii
ndash P johnsonii -06
bull B nordii -04
bull B salyersii -04
bull B goldsteinii -05
bull B massiliensis -05
bull B plebeius -05
bull B coprocola -05
bull B intestinalis -06
bull B finegoldii -06
bull B dorei -06
Bacteroides
PrevotellaPorphyromonas
Alistipes 2003A putredinisA finegoldii -03A onderdonkii -06A shahii -06
Tannerella 2002T forsythensis
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Eski tuumlrlerin isimlerinde değişiklik
bull Yeni koumlkenlerin tanımlanması
bull Taksonomideki yerlerin değişmesi
Fusobacterium sulci (gram-)rarr Eubacterium sulci (gram+)
Fusobacterium alocis (gram-) rarr Filifactor alocis (gram+)
bull Bazen Latince isimlerde de tam bir fikir birliğinin olmaması
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Normal florada bulunan bakterilerin kompozisyonunu ve yerleşim yerine farklılıkları bilmemiz gerekir mi
EVET
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Gram-negatif anaerop enfeksiyonları
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Taksonomideki değişiklikleri yakından izlememiz gerekir mi
EVET
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Ccedileşitli enfeksiyonlardan Bacteroides tuumlrlerinin izole edilme oranı
Bfragilis GIS florasının sadece 1rsquoini oluşturmakta
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Bfragilis birtakım viruumllans faktoumlrlerine sahiptir
bull Polisakkarit kapsuumll
bull Katalaz ve induumlklenebilir superoksit dismutaz
bull Anaerop metabolizma sonrasında oluşan
fagositozu oumlnleyen yağ asitleri
bull İnvazyonu kolaylaştıran enzimler
bull Enterotoksin (fraglysin)
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Ccedilok yakın tuumlrler arasında bile farklı oumlzellikler olabilir
ndash Viruumllans oumlzellikler
ndash Antibiyotikler duyarlılık
Metallo-beta-laktamaz
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Bakterinin tuumlr duumlzeyinde belirlenmesi
gerekir
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Zor uumlretilen nazlı anaeropların bir kısmını geleneksel
youmlntemlerle tanımlamak muumlmkuumln olmayabilir
bull Referans laboratuvarlarda GLC veya 16S rRNA dizi
analizi ile tanımlama yapılabilir
Tuumlr duumlzeyinde tanımlama iccedilin
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Accession Description Max score Total score Query coverage E valueMax
identLinks
L164701
Prevotella melaninogenica
ATCC 43982 16S ribosomal
RNA gene complete sequence
2097 2097 99 00 95
L164731
Prevotella veroralis ATCC
33779 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
2067 2067 100 00 95
AB1824861
Prevotella multiformis gene
for 16S rRNA partial
sequence
1958 1958 99 00 93
L164661
Prevotella denticola ATCC
33185 16S ribosomal RNA
gene complete sequence
1925 1925 99 00 92
AB1088261Prevotella salivae gene for
16S rRNA complete sequence1844 1844 93 00 93
L164722
Prevotella oulora 16S
ribosomal RNA gene partial
sequence
1840 1840 99 00 92
(Click headers to sort columns)
Peritonsiller apseden uumlretilen koyu-kahverengi kolonileri olan glukoz galaktoz ve laktozdan asit oluşturan Gram negatif ccedilomak1408 bccedil 16SrRNA dizisine goumlre gen bankasından alınan sonuccedillar
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
L16470 Prevotella melaninogenica
AY836507 Prevotella veroralis
2033-N
AB108826 Prevotella salivae
L16472 Prevotella oulora
AB244772 Prevotella copri
AB078827 Prevotella paludivivens
L16475 Prevotella bivia
AF218618 Prevotella ruminicola
AJ011683 Prevotella albensis
AF487886 Prevotella sp Smarlab 121567
AY689230 Prevotella nigrescens
Y13106 Prevotella pallens
AY689226 Prevotella intermedia
L16483 Prevotella disiens
AJ006457 Prevotella bryantii
L16478 Prevotella buccae
L16466 Prevotella denticola
AB182486 Prevotella multiformis
AJ011682 Prevotella brevis
AY350613 Prevotella bergensis
EF405529 Prevotella nanceiensis
AB278593 Prevotella pleuritidis
AJ005635 Prevotella enoeca
L16480 Prevotella oralis
AB108825 Prevotella shahii
99
100
99
90
66
65
100
44
18
25
97
33
29
36
25
34
14
80
20
24
62
22
50
000000
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Sequences producing significant alignments
Accession Description Max score Total scoreQuery
coverageE value Max ident Links
DQ7891201Enterorhabdus caecimuris strain B7 16S
ribosomal RNA gene partial sequence1857 1857 99 00 92
AB3066611
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B9
1855 1855 100 00 92
AB2661021Asaccharobacter celatus gene for 16S
rRNA partial sequence1845 1845 100 00 92
AB4347091
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-M48
1844 1844 100 00 92
AB3066631
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-D53
1844 1844 100 00 92
AB3066601
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-A10
1842 1842 100 00 92
AB3066621
Adlercreutzia equolifaciens gene for 16S
ribosomal RNA partial sequence strain
FJC-B20
1838 1838 100 00 92
AY3107481
Human intestinal bacterium SNU-Julong732
16S ribosomal RNA gene complete
sequence
1838 1838 100 00 92
AM7478111Enterorhabdus mucosicola partial 16S rRNA
gene type strain Mt1B8T1807 1807 98 00 92
CP0016841Slackia heliotrinireducens DSM 20476
complete genome1772 3538 99 00 91
Perirektal apseden izole edilen sporsuz Gram pozitif pleomorfik ccedilomak
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
AY321958 Eggerthella sinensis
AF292375 Eggerthella lenta
AY321961 Eggerthella hongkongensis
AB306661 Adlercreutzia equolifaciens
AF079507 Denitrobacterium detoxificans
AB019260 Cryptobacterium curtum
WAL 1790AC
AJ608686 Slack ia faecicanis
AF101241 Slack ia heliotrinreducens
AF101240 Slack ia exigua
X79048 Coriobacterium glomerans
AJ245919 Collinsella aerofaciens
AF292373 Olsenella uli
AF292374 Olsenella profusa
AF325325 Atopobium vaginae
AF292372 Atopobium parvulum
AF292371 Atopobium rimae
X67148 Atopobium minutum
AB015945 Atopobium fossor
AJ007290 Acidothermus cellulolyticus
AF134066 Actinomadura aurantiaca
AB364592 Actinocorallia libanotica
DQ442547 Streptomyces thermovulgaris
AB184092 Streptomyces thermoviolaceus
AB249980 Streptomyces thermogriseus
000002004006008
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
16S rRNA dizi analizinde
bull lt 97 benzerlik aynı tuumlr olmadığını goumlsterir
bull 95 benzerlik ldquolower cutt-off windowrdquo
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Yeni bir koumlken tanımlama
bull 16S rRNA dizisi (~ 1500bccedil)
bull Gerekirse diğer genler
bull DNA-DNA DNA-RNA hibridizasyonu
(16S rRNA gt97 benzer ise)
bull DNArsquonın G+C oranı
bull Tuumlm genomun dizilenmesi
Genotipik tanımlama
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Fenotipik tanımlama
bull Nereden izole edildiği
bull Uumlretilme koşulları
Isı pH oksijene tolerans
bull Huumlcre morfolojisi
bull Flagella spor
bull Koloni morfolojisi
bull Pigment oluşturma
bull Boyanma oumlzelliği
bull Enzim aktivitesi
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
kemotaksonomi
Huumlcre duvar yapısı
ndash Peptidoglikan tabakandash (N-asetil talosuronik asit)
bullRespiratuvar lipoquinonebullLipitlerin hidrofobik yan zincirleribullMikolik asitbullLipopolisakkarit
Referans koumlkenlerle berababer
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Gram negative anaerop bakterilerin sınıflanması
bull 1898rsquode Veillon ve Zuber Bacillus fragilis
bull 1919rsquoda Castellani ve Calmar- Bacteroides genusu
bull Bergeyrsquos Manual of Systematic Bacteriology (BMSB) 1 Basımında (1923)
bull Tip koumlken Bfragilis
bull 1938rsquodePrevot- Bacteroides melaninogenicus
bull 1948rsquode BMSB Bacteroidaceae rarriki genus
ndashBacteroides Fusobacterium
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull 1970rsquode BMSB Bacteroidaceae rarruumlccedil genus
ndashBacteroides Fusobacterium Leptotrichia
bull 1984rsquode 42 Bacteroides tuumlruumlbull Shah ve Collins 3 yıllık bir ccedilalışma sonunda şekerleri
kullanma oumlzelliklerine goumlre
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Herhangi bir gruba dahil edilmeyen GNAB
bull Ailistipes
bull Anaerorhabdos
bull Dichelobacter
bull Fibrobacter
bull Megamonas
bull Mitsuokella
bull Rivenella
bull Sebeldella
bull Tannerella
bull Tissierella
bull Bcapillosus
bull Bcellusolvens
bull Bureaolyticus
bull Bsplanchnicus
Insertea sedis
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Bacteroides Prevotella Porphyromonas
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya direnccedilliPigment -SakkarolitikEskuumllin hidroliziG+C 39-49Suumlksinat asetat12-metil-tetradeconoic acid
K K Vrsquo a direnccedilliSafraya hassasPigment +Orta duumlzeyde sakkarolitik12-metil tetradeconoic acid
K Krsquo a direnccedilli VrsquoaduyarlıSafraya hassasPigment +AsakkarolitikG+C 45-55Buumltirat asetat13-metil tetradeconoic acid
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Prevotella
bull P shahii -04 (oral)
bull P salivae -04 (oral)
bull P multiformis -05 (oral)
bull P marshii -05 (oral)
bull P baroniae -05 (oral)
bull P multisaccharivorax -05 (ağız)
bull P timonensis -06 (meme apsesi)
bull P bergensis -06 (yumuşak doku)
bull P copri -07 (dışkı)
bull P stercorea -07 (dışkı)
bull P melaninogenica
Tip koumlken
bull P denticola
bull P loescheii
bull P intermedia
bull P nigrescens-92
bull P tannerae-94
bull P pallens-98
P massiliensis -05 P paludivivens
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Porphyromonas (16)
bull P asaccharolyticus
(Tip koumlken)
bull P gingivalis
bull P endodontalis
bull Plevii
bull Pmacacae
bull Pcangivalis
bull Pcanaris
bull P uenonis
bull P somerae
bull Pcansulci
bull Pcatoniae
bull Pcircumdentaria
bull Pcreioricanis
bull Pgingivicanis
bull Pgulae
bull Psalivosa
bull Pbennonis
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Fusobacterium
bull Buumltirat laktat
bull G+C 26-34
bull Sınırlı sayıda KH metabolize eder 14 tuumlr ve 6 alt tuumlr
bull Fnucleatum
Tip koumlken
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Guumlnuumlmuumlzde Gram negatif anaeropbakterilerin sınıflandırılması
Gram negatif anaerop ccedilomaklar
Shah et al Approches to the study of the systematics of anaerobic Gram negative non-sporeforming rods Current status and perspectives Anaerobe 15 (2009) 179-194
Synergistes grubu
Fusubacterium
Dysgonomonas
Leptotrichia
Porphyromonas
Prevotella
Bacteroides
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Leptotrichia
bull Oral GIS GUS
bull Ağız ve diş hastalıkları apse endokardit koumlpek ısırıklarında etken
bull 7 tuumlruuml bulunmakta
Dysgonomonas
bull G+C oranı 38
bull Dysgonomonas gadei
Tip koumlken
bull Dcapnocytophagoides
bull Dmosii
Nadiren enfeksiyon etkeni
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Gram pozitif bakteriler
16S rRNA dizi analizi temel alınarak Firmicute boumlluumlmuuml uumlccedil sınıfa ayrılmış
ldquoBacillirdquoldquoClostridiardquo ldquoErysipelotrichirdquo
bull ldquoClostridiardquo sınıfıClostridiales HalanaerobialesThermoanaerobacteralesrdquo takımlarından
oluşur
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
bull Clostridiaceae ailesi
gt2005 yılı sınıflamasına goumlre
13 genus
4 filogenetik grupta toplanmıştır
Clostridium genusunun tip koumlkeni
Clostridium butyricum
67 Clostridium tuumlruuml bulunmakta
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Anaerop Gram pozitif koklar
bullPeptococcus niger
bull Peptostreptococcus
ndash Panaerobius
ndash Pmagnus
ndash Pmicros
ndash Pindolicus
Manual of Clinical Microbiology 5th ed Balow et al
bull Peptostreptococcus
ndash P asaccharolyticus
ndash Pprevotii
ndash Ptetradius
ndash Pproductus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Tuumlr duumlzeyin
de tanımla
ma iccedilin
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
Anaerop GPKrsquo ların guumlnuumlmuumlzdeki sınıflaması
PeptostreptococcusPsanaerobiusPsstomatis-06
AnaerococcusA prevotiiA lactolyticusA hydrogenalisA tetradiusA vaginalisA octaviusA murdochii -07
FinegoldiaFmagna
GallicolaG barnesae
MurdochiaMasaccharolytica
PeptoniphilusP asaccharolyticusP hareiP ivoriiP lacrimalisP gorbachii -07P olsenii -07P allenii -08P duerdenii -08 P kononenae-08
MicromonasMmicros
Parvimonas-06Pmicra
Helcococcus
