pengantar biokimia maria ulfah, s.si, m.pd jurusan pend.biologi fpmipa ikip pgri semarang
Post on 21-Mar-2016
124 Views
Preview:
DESCRIPTION
TRANSCRIPT
Pengantar Biokimia
MARIA ULFAH, S.Si, M.Pd
JURUSAN PEND.BIOLOGI FPMIPAIKIP PGRI SEMARANG
Tujuan PerkuliahanTujuan Perkuliahan Memperkenalkan bahasa biokimia: Kosakata (istilah
dan struktur), tatabahasa (reaksi-reaksi), struktur kalimat (jalur-jalur metabolisme), dan pengertian (hubungan-hubungan metabolisme)
Mengajarkan cara mengambil intisari proses kehidupan
Menyarikan kesatuan konsep yang mendasari proses kehidupan
Menularkan hasrat mencari tahu atas hal yang akan dipelajari dan hal yang perlu diketahui
Filosofi PembelajaranFilosofi PembelajaranMenjelaskan, bukan mengindoktrinasiMenunjukkan hal yang perlu diketahui dan
yang tidak perlu diketahuiMenghargai pertanyaan tentang hal yang
belum diketahuiMempelajari semua hal adalah tidak
mungkin, tetapi yang lebih penting adalah mengorganisir hal yang kita ketahui agar dapat digunakan
Tentang StrukturTentang Struktur Struktur biokimia yang rumit tidak akan pernah
dapat ditiru, akan tetapi hal yang perlu dipikirkan tentang struktur tersebut adalah:
– Bagaimana konsentrasinya berubah sebagai tanggapan atas kondisi metabolisme tertentu
– Bagaimana struktur tersebut berperan terhadap aktifitas biologisnya
– Dalam jalur metabolisme mana senyawa dengan struktur tersebut ditemukan (dari apa/mana asal senyawa tersebut dan menjadi apa selanjutnya?)
Ciri-Ciri KehidupanCiri-Ciri Kehidupan
Keragaman biologis: mikroba, ganggang, lumut, tanaman, serangga, burung, monyet, kamu
Kesatuan kimiawi: sistem kehidupan (di bumi) mengikuti hukum fisika-kimia organik– tidak ada aturan khusus
3 Kebutuhan 3 Kebutuhan Kehidupan:Kehidupan:
(1) (1) ENERGIENERGI,, perlu perlu diketahui bagaimana:diketahui bagaimana:
Memperolehnya Mengubahnya Menggunakannya
Fig. 1-28
(2) (2) MOLEKUL SMOLEKUL SEDERHANA,EDERHANA, perlu diketahui bagaimana:perlu diketahui bagaimana:
Mengubahnya Mempolimerasinya Menghancurkannya
(3) (3) MEKANISMEMEKANISME KiMIAKiMIA,, untuk:untuk:
Memperoleh energi Mengendalikan reaksi kimia yang berurutan Mensintesis & mendegradasi makromolekul Mempertahankan kesetimbangan yang dinamis Swa-susun struktur yang kompleks Mengganda secara akurat & efisien Mempertahankan keteraturan proses biokimia
dalam lingkungan yang berubah-ubah
Strategi 1: Mahluk hidup menggunakan pasangan Strategi 1: Mahluk hidup menggunakan pasangan kimia untuk mengendalikan proses kimia yang kimia untuk mengendalikan proses kimia yang
normalnya tidak dapat terjadinormalnya tidak dapat terjadi
Fig. 1-26b
Strategi 2: Mahluk hidup menggunakan enzim Strategi 2: Mahluk hidup menggunakan enzim untuk memacu reaksi yang biasanya lambatuntuk memacu reaksi yang biasanya lambat
Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan termodinamikanya?termodinamikanya?
Fig. 1-11
Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan
mekanismenya?mekanismenya???
Fig. 1-22
Biomolekul - KomposisiBiomolekul - Komposisi99% dari sel tersusun dari unsur
H, O, N, and C
Unsur Elektron tanpa pasangan Jumlah relatif
H 1 2/3
O 2 1/4
N 3 1/70
C 4 1/10
Atom Karbon yang Fleksibel adalah Atom Karbon yang Fleksibel adalah Tulang Punggung KehidupanTulang Punggung Kehidupan
Fig. 1-14
*
Isomer Kimia Isomer Kimia Rumus kimia sama, bentuk berbedaRumus kimia sama, bentuk berbeda
Fig. 1-18a
Molekul KhiralMolekul Khiralbentuk putaran berbeda dengan bentuk bayanganbentuk putaran berbeda dengan bentuk bayangan
Fig. 1-19a
StereoisomerStereoisomer Rumus dan bentuk kimia sama – fungsi biologisRumus dan bentuk kimia sama – fungsi biologis
Fig. 1-23a
Perubahan BiokimiaPerubahan Biokimia Dapat Dikelompokkan dalam 5 kategoriDapat Dikelompokkan dalam 5 kategori
Reaksi pemindahan gugus Reaksi oksidasi-reduksi Penataan kembali (isomerisasi) Reaksi pemotongan Reaksi kondensasi
*
Struktur Biomolekul Struktur Biomolekul
Senyawa penyusun Gula sederhana Asam amino Nukleotida Asam lemak
Makromolekul Polisakarida Protein (peptida) RNA atau DNA Lipida
Anabolik
Katabolik
Biosintesis Biosintesis Membutuhkan Membutuhkan
Molekul Molekul Sederhana Sederhana
untuk Digabung untuk Digabung secara Kovalen secara Kovalen
melalui melalui Berbagai Cara Berbagai Cara
……3eFig. 3-25
Kekuatan ikatan kimia tergantung padaKekuatan ikatan kimia tergantung pada 1.1. K Kelektronegativan relatif dari dua atom yang elektronegativan relatif dari dua atom yang
berikatanberikatan KeelectronegativanKeelectronegativan tinggi = Afinitas elektron tinggi tinggi = Afinitas elektron tinggi
O 3.5
Cl 3.0
N 3.0
C 2.5
P 2.1
H 2.1
Na 0.9
K 0.8 From 3eTable 3-4
2. Jumlah elektron pengikat2. Jumlah elektron pengikat
See Fig. 1-13
*
Kekuatan ikatan yang umumKekuatan ikatan yang umum
Approx. Avg.
Triple: 820 kJ/mole
Double: 610 kJ/mole
Single: 350 kJ/mole
Gugus Fungsional yang UmumGugus Fungsional yang Umum
Fig. 1-15
*
Nukleofil Nukleofil Biologis yang Biologis yang
Penting:Penting:
gugus fungsional gugus fungsional kaya elektronkaya elektron
*
3eTable 3-4
Ringkasan…Ringkasan… Atom karbon tetrahedral memiliki sifat
ikatan yang fleksibel Senyawa-senyawa beratom banyak dapat
memiliki beberapa bentuk isomerik Pengubahan bentuk membutuhkan
pemutusan ikatan-ikatan kimia Molekul-molekul besar disusun dari molekul-
molekul kecil melalui pembentukan ikatan kimia baru
top related