herbier numerique collaboratif de maurice · 2014. 10. 2. · un herbier numérique collaboratif?...
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HERBIER NUMERIQUECOLLABORATIF DE MAURICE
par et pour les élèves et lespar et pour les élèves et lesenseignants des établissements àprogramme français de Maurice
Une banque de données photographiques et informativessur les espèces végétales poussant à Maurice.
Construite en commun par les enseignants et les élèvesdes établissements français à Maurice.
Un herbier numérique collaboratif?
des établissements français à Maurice.
En collaboration avec des équipes de recherche,notamment l’équipe CIRAD du projet Pl@ntnet : Création et hébergement de la base de données.
Hébergement du site dédié à l’herbier.
Expertise scientifique.
Pl@ntNet est une initiative portée par trois équipes aux compétencescomplémentaires : l'Unité Mixte de Recherche CIRAD-CNRS-INRA-IRD-Université Montpellier 2 "botAnique et bioinforMatique de l'Architecturedes Plantes" (AMAP), l'Equipe-projet Imedia de l'INRIA Rocquencourt, etl'Association Tela Botanica.
Objectifs
Développer la démarche d’investigation naturaliste.
Sensibiliser les élèves au patrimoine naturel unique queconstitue la biodiversité mauricienne.
Rendre les élèves acteurs de la création d’un véritable outilscientifique.scientifique.
Les familiariser avec les outils du web, à travers laparticipation à la construction et l’utilisation d’une base dedonnées collaborative.
Construire une collection de référence utilisable etconsultable librement en ligne.
La démarcheCollecter des données
. sur le terrain→ photographies, description morphologique
. dans la biblio→ noms scientifiques, noms communs, usages,écologie…
Construire la base :
. sur le web (Bdd en ligne),→Données taxonomiques→ Observations botaniques→ Lieux d’observations→Auteurs
Site Web dédié
Un espace de diffusion. autonome,
. libre d’accès. pour consulter et rendreécologie… →Auteurs
visible le travail réalisé
validation
:Seuil : 50 espèces illustréespar 500 à 600 images
Une base de donnéescollaborative
Construite et consultable par les enseignants et leursélèves.
Selon un schéma simple de gestion des données.
Chaque établissement bénéficie d’un accès et contribuecomme il le souhaite et quand il le souhaite.comme il le souhaite et quand il le souhaite.
Etablissements et auteurs des images sont clairementidentifiés.
Un site Web dédié à l’herbiercollaboratif
Libre d’accès : consultation par tout internaute des donnéesagrégées par les élèves et les enseignants , et validées par lespartenaires.
Les auteurs et les établissements sont identifiés et restentpropriétaires de leurs images.
Un espace qui continuera à s’enrichir en fonction des contribution,
Une collection de référence, support de diffusion des connaissancessur les espèces traitées
Exemples de sites Pl@ntnet
• http://publish.plantnet-project.org/project/vanuaflora
• http://publish.plantnet-project.org/project/planttreerun
Quand et comment participer?
Dans le cadre des enseignements, de clubs, desorties…
A titre individuel.
La participation à l’Herbier peut être un projet en soi ouune composante de n’importe quel projet ou activitéintégrant ou pouvant intégrer l’observation de plantes.intégrant ou pouvant intégrer l’observation de plantes.
Thème : n’importe quel thème impliquant les végétauxvasculaires : l’arbre de la cour, les plantes del’établissement, plantes médicinales, ornementales,alimentaires, du Parc National ou d’une réservenaturelle, de la plage, du bord de route, de lamangrove…
Quand et comment participer? Sur le terrain :
Observations
Collecte des données photographiques
Collecte des données géographiques
Recueil d’informations (écoute d’animateurs nature par exemple)
En classe : En classe :
Détermination des espèces
Description
Estimation de la qualité des images
Collecte de données bibliographiques
Rédaction puis saisie en ligne :
• des observations
• des fiches taxonomiques.
Géolocalisation
La collecte des donnéesphotographiques
Données récoltées utilisables et exploitables parles scientifiques.
Selon le protocole de prise d'images développédans le cadre du projet scientifique Pl@ntnet:dans le cadre du projet scientifique Pl@ntnet: Acquisition de plusieurs images pour chaque individu végétal
observé, prises par un seul observateur.
Images capturées selon des critères précis.
Données complémentaires pour chaque individuobservé : date, heure, auteur (= photographe),nombre et détail des photos, lieu, localisationgéographique (longitude, latitude, altitude).
La collecte des donnéesphotographiques
Objectif : permettre la meilleure identification possible.
Méthode :
Choisir une espèce à étudier (le choix d'un arbre en bonne santé,bien positionner dans l’espace, au bon stade de développement, doits'avérer judicieux)
Réaliser plusieurs photographies de la même plante : le mêmejour, avec le même appareil photographique (ou smartphone) avecjour, avec le même appareil photographique (ou smartphone) avecles mêmes conditions d'observations (lumière, éclairage...). Une
définition moyenne peut suffire, toutefois une haute définition peut permettre deretoucher ultérieurement l’image pour recentrer le sujet ou sélectionner une zoneseulement.
Photographier le plus grand nombre d’éléments possibles :Port, Feuille, Fleur, Fruit, Ecorce ou Tige, Branche, Disposition desfeuilles.
Si possible, faire des photographies de plusieurs individus demême espèce pour prendre en compte les variétés de forme et decouleur. (même photographe ou photographes différents)
La collecte des donnéesphotographiques
Dans cet exemple, 6 images du même arbre sont prises
par un même observateur le même jour : 1 port général, 2feuilles, 3 fleurs.
Source : http://www.imageclef.org/2014/lifeclef/plant
La récolte de quelques feuilles pour un scannage hautedéfinition peut parfois être un complément approprié.La récolte de fleurs peut permettre l’observationmicroscopique et la capture d’image des grains de pollen.
La qualité des images
Source : http://www.imageclef.org/2014/lifeclef/plant
Qualité et catalogage des images
Visionner les images et éliminer les images nonexploitables…avec mesure.
Renommer les images, par exemple selon leurauteur :auteur :
deux première lettres du prénom+deuxpremières lettres du nom+numéro d’ordre.
Exemple : Laurence Comte: laco1, laco2,laco3…
IMPORTANT: 2 images de la base ne doivent en aucuncas avoir le même nom.
Réunir des copies des images dans un seulrépertoire.
Construire les donnéesassociées (métadonnées)
Pour chaque observation, noter :
le nom scientifique (s’aider de livres et du soutien de partenairesadaptés)
le nom commun
le nom de la Famille de la plante, le nom de la Famille de la plante,
la localité, + idéalement : longitude, latitude, altitude de la prise de vue
la date de la prise de vue
le nom et le prénom du photographe ainsi que sa classe et le nom deson école.
l'organe photographié
La description de la plante
l'usage qu'en font les gens (médicinal, cuisine...)
d’autres renseignements selon votre choix…
Construire les donnéesassociées
Ressources bibliographiques :
A guide to the plants in Mauritius – Mauritian WildlifeFoundation – R. Atkinson &J.-C.Sevathian.
Guide illustré de la flore de Maurice et des Iles deGuide illustré de la flore de Maurice et des Iles del’Océan Indien – Ameenah Gurib Fakim .
Les plantes à leur histoire à l’Ile Maurice – G.Rouillard & J. Guého.
Flore des Mascareignes; La Réunion. Maurice.Rodrigues – IRD; MSIRI;RBG Kew
Ressources humaines : contacts scientifiques à mobiliser ou développer
http://balade-en-maraispoitevin.chez-alice.fr/htm/frameflor.htm
Construire lesdonnées
associées
http://infobenplante.blogspot.com/2014/02/notions-essentielles-de-botanique.html
Consulter et construire la basede données
Une base de données collaborative
Url générique: http://data.plantnet-project.org
Accès en mode Ecriture Accès en mode Ecriture Login : XXXXXX de type LLBherbiermaurice
Mdp : xxxxx
Un accès par établissement (à créer)
Une fois enregistrer sélectionner la base:
« herbier_coll_maurice_1 »
Créer l’accès à la base
Se connecter à : http://data.plantnet-project.org
Cliquer sur l’icône en haut à droite.
CompléterCompléter
la fenêtre.
Me transmettre le
LOGIN pour obtenir
les droits d’accès à
la base.
Consulter la base de données
Cliquez sur pni_observation, pour visualiserl’ensemble des observations de plantes enregistrées
Consulter la base de donnéesVisualiser le détail d’une observation
Double-cliquer sur le titre de l’observation
Consulter la base de données
Accéder aux images
Renseignements
Cliquer sur une image pourvisualiser les images en grand
Un applet Java permetd’accéder aux
originaux réunis sur unserveur
Accéder aux images
Consulter la base de données
Consulter la base de donnéesVisualiser le lieu d’une l’observation
Cocher puis cliquer sur Show themap for the selected entry
Consulter la base de données
Consulter la base de données
Consulter la base de données
Voir les espèces référencées
Cliquer sur l’onglet orange etchoisir Taxonomie
Consulter la base de données
Cliquer, pour avoir les genrespuis les espèces référencées
dans une famille
Consulter la base de données
Cliquer pour visualiserl’ensemble des taxons
référencés
Consulter la base de données
Cocher ou double cliquer pouraccéder à la fiche d’une
espèce
Consulter la base de données
Consulter la base de données
Cocher puis cliquer sur « Show linked docs forselected docs » pour visualiser les observations
enregistrées pour l’espèce considérée
Consulter la base de données
Construire la base de données
Une observation =
Une fiche Observation à compléter
Des images à joindre.Des images à joindre.
Il faudra indiquer :
Un auteur
Le lieu d’observation
Le taxon = l’espèce
Il est pratique mais pasindispensable d’avoir saisices éléments avant Utilisation de la fonctionauto-completion
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle observation de plante
Cliquer sur « + » pourenregistrer une nouvelle
observation de plante
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle observation de plante
Compléterles champs
Construire la base de données
Cliquer pour valider
Si auteur, lieu et taxonexistent déjà, ils serontcomplétésautomatiquement .
Construire la base de donnéesUtilisation de la fonction autocompletion
Construire la base de donnéesUtilisation de la fonction autocompletion
Construire la base de donnéesUtilisation de la fonction autocompletion
Fonctionnalitéindispensablepour créer le
Cliquer pour valider
pour créer lelien entre lesobservations etla taxonomie.
Ne pasl’utiliser sil’identificationest incertaine.
Editer la fiche
2
Construire la base de données
Pour modifier la saisie
Visualiser les informations relatives à votre nouvelle observation
1
Rajouter les images
Construire la base de données
2
1
3
Rajouter les images
Construire la base de données
Rajouter les images
Construire la base de données
Rajouter les images
Construire la base de données
Glisser l’imageOuUtiliser la recherchede chemin
Rajouter les images
Construire la base de données
Rajouter les images
Construire la base de données
Pour créer successivementles différentes catégories dedonnées avant d’intégrerles images
Visualiser la nouvelle observation
Construire la base de données
Une observation
=
un individu observé
plusieurs images
Construire la base de données
plusieurs images
par un observateur
à une date donnée
à un endroit donné
1
Créer une localisation
Construire la base de données
2Créer une localisation
Construire la base de données
1
3
Créer une localisation
Construire la base de données
compléter
Ou positionner directement
Visualiser la nouvelle localisation
Construire la base de données
Il est toujours possible d’éditer lafiche pour modifier la saisie
Cocher
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)
Vérifier que l’espèce, le genre et la famille auxquels elle appartient ne sont pasdéjà référencés.
Selon le cas, cocher (ou cliquersur) root ou famille ou genrepour commencer la nouvellesaisie pour créer une-Une nouvelle famille-Un nouveau genre dans unefamille-Une nouvelle espèce dans ungenre
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)
1
2
3
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)
Compléter le champpar un nouveau nomde famille
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)
Sélectionner la nouvelle familleque vous venez de créer
2
3
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)
Compléter le champpar un nouveau nomde genre
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)
Sélectionner le nouveau genre
2
3
Construire la base de donnéesEnregistrer une nouvelle fiche « espèce » (fiche taxonomique)
Compléter le champpar un nouveau nomd’espèce.
Compléter les autreschamps.Cette saisie peut sefaire ultérieurement.
Construire la base de donnéesVisualiser une fiche « espèce » (fiche taxonomique) et la modifier
Cliquer sur Edit pour afficherla fiche et pouvoir la modifier,la compléter.
Sélectionner
Construire la base de données :les observateurs
Sélectionner pourenregistrer une nouvelleclasse ou un nouvel élèveindépendamment d’uneclasse.
Construire la base de données :les observateurs
Compléter le champpar le nom de la classe
Construire la base de données :les observateurs
Pour enregistrer les élèvesd’une classe, cocher laclasse puis +.
Construire la base de données :les observateurs
Compléter le champpar le nom d’un élève
Pour saisir les nomsd’autres élèves
Quand tous les noms des élèvesde la classe ont été saisis
Construire la base de données :les observateurs
Sélectionner pourenregistrer un nouvelenseignant.
Construire la base de données :les observateurs
Compléter le champpar le nom del’enseignant
Construire la base de données :les observateurs
Herbier numériquecollaboratif de Maurice
• Si vous souhaitez davantage d’explications,
• Si vous souhaitez échanger au sujet d’un projet,
• Si vous souhaitez participer,
Contact : laurence.comte@lyceelabourdonnais.org
Tutoriels extraits du diaporama disponibles sur le site :
www.svt-aaoi.com
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