gbif-norway status for the 6th european gbif nodes meeting april 2014

European  GBIF  Nodes    mee2ng  in  Brussels  8  to  10  April  2014  

Slides  prepared  for  the  

Transcrip2on  of  label  informa2on  

Taking  Notes  from  Nature  

9  %  

29%  

45%  

8%  

9%  

Museum  specimens  

Vertebrater  

Planter  

insekter  

Invertebrater  

Sopp  

11  %  

47%  

26%  

6%   10%  

Digi-zed  specimens  

Vertebrater  

Planter  

insekter  

Invertebrater  

Sopp  

2%  

15%  

44%  

20%  

19%  

Number  of  species  in  Norway  (≈42k)  

Vertebrater  

Planter  

insekter  

Invertebrater  

Sopp  

4%  

69%  

13%  

0%   14%  

GBIF  (from  the  museum  collec-ons)  

Vertebrater  

Planter  

insekter  

Invertebrater  

Sopp  

Slide  by  Eirik  Rindal  (NHM-­‐UiO)  

≈  8,5  mill  specimens  in  Norwegian  collec2ons  of  natural  history  

Fungi:  640  000  

Vascular  plants:  2,2  mill  

Vertebrates:      670  000  

Invertebrates:      600  000  

Insects:      3,4  mill  

Photos:  Karsten  Sund;  slide  by  Eirik  Rindal  (NHM-­‐UiO)  

Paleontology:      900  000  

Digi2zed  specimens  Fungi:  640  000  

Vascular  plants:    2,2  mill  

Vertebrates:  670  000  

Invertebrates:  600  000  

Insects:  3,4  mill  

Photos:  Karsten  Sund;  slide  by  Eirik  Rindal  (NHM-­‐UiO)  

Paleontology:      900  000          ?  

Mass-­‐digi2za2on  at  NHM-­‐UiO  

•  3-­‐year  project  – Start  in  2012  (dura2on  2013  to  2015)  – 3  mill  NOK  each  year  (≈365  000  €  /  year)  

•  NHM-­‐UiO  vascular  plants  (240k  –  280k)  – Photo-­‐imaging  (high  resolu2on)  – QR-­‐barcoded  with  hdp-­‐PURL-­‐UUID  keys  – Registra2on  of  taxon  name  and  country  –  Imported  to  MUSIT  DB  and  published  to  GBIF  

Vascular  plant  

herbarium  (175  k  

specimens)  

Transcrip2on  at:    

Imaging  at:  

8 8  

Foto:  Digitarium  

Foto:  NHM-­‐UiO  

Packing  of  the  herbarium  in  Oslo,  Norway  

Un-­‐packing  of  the  herbarium  in  Joensuu,  Finland  

9

Status  in  March  2014:  •  Cost  for  each  specimen:  

–  Tradi2onal  ca  40-­‐80  NOK    – Mass-­‐dig.  17,5  NOK  

•  NHM-­‐UiO  vascular  plants  (240k  –  280k)  

•  The  first  175k  specimens  are  now  ready  

•  Images:  ca  15  terra  byte  •  50k  specimens  are  transcribed  (30%)  –  Taxon  and  country  

Catalog  number:  O-­‐L-­‐000014,  hdp://purl.org/nhmuio/id/41d9cbb4-­‐4590-­‐4265-­‐8079-­‐ca44d46d27c3  

11  

hdp://purl.org/nhmuio/id/d91e8253-­‐0ac1-­‐4681-­‐ac69-­‐e50070af86a2  

12

Notes  from  Nature  

•  Find  the  label  and  drag  a  box  around  it.  

•  Fill  in  label  informa2on  using  the  provided  drop-­‐down  menu  or  free  text  input.  

•  Each  label  is  transcribed  by  three  different  ci2zen  scien2sts  to  evaluate  accuracy.  

•  NHM  UiO  has  launched  a  prototype  Norwegian  transcrip2on  portal,  based  on  the  NfN.  

hdp://nh

m2.uio.no

/dugnad/transcrib

e  

hdp://nh

m2.uio.no

/dugnad/transcrib

e  

hdp://nh

m2.uio.no

/dugnad/transcrib

e  

The  purpose  of  iden2fiers    …is  to  name  things,    

making  it  possible  to  refer  to  them.    

What  is  an  iden2fier:    “Each  iden2fier  refers  to  one  and  only  one  thing”  (Coyle  2006).    “An  associa&on  between  a  string  and  a  thing”  (Kunze  2003).    “A  stated  associa&on  between  a  symbol  and  a  thing;  that  the  symbol  may  be  used  to  unambiguously  refer  to  the  thing  within  a  given  context”  (Campbell  2007).  

19  

UUID  QR  codes  for  museum  objects  at  NHM-­‐UiO  provides:    •  Machine-­‐readable  iden-fiers.  •  Allows  for  new  and  efficient  

workflows  for  collec2on  management.  

•  Deployment  for  stable  iden-fiers  appropriate  for  data-­‐basing.  

20  

hdp  –  PURL  –  UUID    

hdp://purl.org/nhmuio/id/41d9cbb4-­‐4590-­‐4265-­‐8079-­‐ca44d46d27c3  

hdp://purl.org/nhmuio/id/UUID        à        hdp://gbif.no/resolver/UUID      

Custom  collec2on  portals  

Slide  by  David  Remsen  (2011)  

Artskart  

UiT  

UiB  

S&L  

Darwin  Core    Archive  

Collec2ons  and  data  sets  published  from  the  data  owner  as  one  single  Darwin  Core  archive  (DwC-­‐A).  Different  data  types  from  the  same  DwC-­‐A  can  be  included  to  different  data  portals.  

GBIF Portal  

Opportunities with Darwin Core:

Data portal for institute, region, or theme?  

25  

GBIF  portal:    

13,3  million  occurrences  are  located  in  Norway.  Published  from  30  countries  worldwide.  

GBIF  portal:    

12,5  million  occurrences  published  form  Norwegian  ins2tutes.  Covering  180  countries  worldwide.  

Danmark   Finland  

Norway   Sweden  

Iceland  

Oct  2013   Data  set   Occurences  Denmark   45   9  311  741  Finland   57   14  666  474  Iceland   4   458  705  Norway   85   12  531  207  Sweden   47   43  374  550  

Status  Nordic  GBIF  data  sets  (data  hosted  by…)  

33  

Node  Personnel    Dag  Endresen,  Node  Manager    Chris2an  Svindseth,  Database  manager  Fridtjof  Mehlum,  Research  Director  Einar  Timdal,  Associate  Professor    Vegar  Bakkestuen,  Senior  Scien2st  Geir  Søli,  Associate  Professor          Wouter  Koch,  Artsdatabanken  Nils  Valland,  Artsdatabanken  

34