concepts de calcul des Épd et principes de fonctionnement concepts de calcul des Épd et principes...

Concepts de calcul des ÉPDConcepts de calcul des ÉPDetet

principes de fonctionnementprincipes de fonctionnement

Par : Roger Bergeron, agr., M.Sc.

2001.11.06

Direction des services technologiques - MAPAQ

Éléments couvertsÉléments couverts

1. Définition

2. Interrelation entre les données

3. Validation des données

4. Divergence avec les indices

5. Dimension du groupe contemporain

6. Concept de calcul

7. Structure et fonctionnement (PATBQ)

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Éléments couverts ( suite )Éléments couverts ( suite )8. Priorité d’impression au PAR12

9. Variation dans les ÉPD

10.Liens génétiques

11.Interrelations sujets / troupeaux

12.Évolution des évaluations

13.Orientations futures

14.Conclusion

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1. Définitions d’un ÉPD1. Définitions d’un ÉPD

P = G + E

Phénotype = Génotype + Environnement

EBV = Estimating breeding value

(EVG) = (estimation de la valeur génétique)

ÉPD = Écarts prévus chez les descendants

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1. Définitions d’un ÉPD (suite)1. Définitions d’un ÉPD (suite)

ÉPD = EBV

2

EBV = P ou G de l ’animal ?

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1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)EBV = G de l’animal

en théorie si le travail est bien fait

le G = P

car les EBV sont toujours par comparaison

entre individus et on vise une uniformité du E

( annulation de l’effet du E entre individus )

en pratique presque jamais on obtiendra en

terme de performances la valeur de l’EBV

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1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)

Pour vulgarisation un ÉPD :

est l’estimation de la valeur génétique qu’un

animal transmet à ses descendants, soit la

moitié de sa propre valeur génétique est exprimé dans l’unité où le caractère est

mesuré

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1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)

Pour vulgarisation un ÉPD :

indique de combien on peut s’attendre à ce que les descendants d’un sujet déterminé soient différents à ceux d’un autre sujet quand ces descendants sont placés dans les même condition de milieu

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1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)

Ex pour l ’ÉPD du poids naissance :

Si taureau A est à +1 kg et taureau B à -0,5 kg les descendants du A seront en moyenne plus lourds de 1,5 kg que ceux du B lorsque utilisé sur des vaches de niveau génétique comparable

Ça n’indique pas le poids naissance des veaux issus de ces 2 taureaux

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1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)

Ex pour l ’ÉPD du poids naissance :

Ça indique seulement que les descendants du A seront plus lourds que ceux du B s’ils sont élevés dans les mêmes conditions et sont issus de mères de niveau génétique comparable

Référence : Jacques Chesnais Centre canadien du porc

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Calcul d’ÉPD sur ascendanceCalcul d’ÉPD sur ascendance

+ 2,5 kg + 0,5 kg

EBV = + 3,0 kg

ÉPD = + 1,5 kg

Père Mère

Sujet

Interrelation des données brutesdans le calcul des ÉPD d’un sujet

MèreDate denaissance

Poids nais-sance

Groupe ausevrage

Facilité ànaître(vêlage)

Date desevrage

Poids sevrage

Sexe

Date enpostsevrage

Poids dupostsevrage

Groupe enpostsevrage

Père

ÉPD

Corrélation entre les caractèresCorrélation entre les caractères PN FV FV Gain Apt.

Gain

Dir. Mat. N-S lait. N-1a

PN \ - - + + + - + +

FVDir. \ -

FVMat. \

G N-S \ - - +++

Apt. lait \ -

G N-1a \

Éléments conduisant à un non-calcul d’ÉPD

Mèreinconnue

Date naissanceincomplète Composition

génétique (<28/32)

Changement typed’allaitement (>30 j)

Type naissance(avorton)

Adoption

Âge au contrôle enprésevrage (<135 ou>335j)

Date d’entrée autroupeau (>30 j)

Hors groupe ouseul de son sexe

Multiplicationdes contrôles

(risque)

Nbre de sujetsde la race dans

le troupeau(<10)

Père inconnu

ÉPD

3. Validation des données3. Validation des données

- Tatouage du sujet et de ses parents

- Date de naissance et date d’entrée

- Données de naissance :- sexe et facilité de vêlage

- origine et type de naissance

- mère allaitante et type d ’allaitement

- poids réel à la naissance

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3. Validation des données (suite)3. Validation des données (suite)- Composition génétique du sujet

- Unité de mesure ( kg vs lb )

- Données des contrôles de croissance:- sexe

- mère allaitante et type d ’allaitement

- lot

- date et le poids au contrôle

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3. Validation des données (suite)3. Validation des données (suite)Ex. d’une erreur d’unité de mesure du

poids à la naissance sur les ÉPD du sujet,

le 4 ième d’une vache dont le père a une

évaluation partielle (*) et dans un groupe de

20 sujets au sevrage (unité kg saisie en lb)

FVd PN Gn-s Gn-1an AL FVm

- 5 3,1 7,1 11,0 -0,0 - 2

- 1 -2,2 e 9,6 12,5 -1,5 - 4

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4. Divergence avec les indices ...4. Divergence avec les indices ...

Indices ÉPD

calcul individuel calcul familial

gain nais-sevrage naissance-sevrage

gain sevrage- 1 an ------------------------

------------------------ naissance-1an

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4. Divergence avec les indices ...4. Divergence avec les indices ...Indices :

Nais Sev 1 an

!_________________!____________!

200 j 165 j

!___ I gain présev __! I gain postsev !

!______ 120 ______!______ 80 ___!

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4. Divergence avec les indices …4. Divergence avec les indices …

ÉPD

Nais Sev 1 an

!_________________!____________!

200 j 165 j

!__ ÉPD naiss-sev __!

!______ ÉPD naissance-1 an _______!

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4. Divergence avec les indices ... 4. Divergence avec les indices ... Indices :

Nais Sev 1 an

!_________________!____________!

200 j 165 j

!___ I gain présev __! I gain postsev !

!______ 120 ______!______ 80 ___!

!_______________102 ___________!

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5. Dimension du groupe contemporain5. Dimension du groupe contemporain

Calcul par comparaison par rapport à la moyenne du groupe

Dimension minimal de 2 sujets par sexe Écart de 90 jours maximum

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5. Dimension du groupe cont5. Dimension du groupe contEx. : Sevrage Écart Vs Sev Écart

1,40 kg + 0,20 1,40 +0,10

1,35 + 0,15 1,35 +0,05

1,30 + 0,10

1,25 + 0,05 1,25 - 0,05

1,20 0,00

1,20 0,00 1,20 - 0,10

1,15 - 0,05

1,10 - 0,10

1,05 - 0,15

1,00 - 0,20

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6. Concept de calcul d ’ÉPD6. Concept de calcul d ’ÉPD

Frère-Soeur Frère-Sœur

Demi F - S Demi F - S

Descen- Descen- Descen-

dants dants dants

Père Mère

Sujet

Formule de calcul et précision max Formule de calcul et précision max pour 1 caractère selon l’évaluation pour 1 caractère selon l’évaluation

Type Formule Précision (rép) évaluation EBV théorique max

Individuelle h²P h( 1 mesure ) si h²=0,1 h=0,32

Ascendance h²Ppère+h²Pmère h .

2 2 V2

Descen- 2h²nb progénitu x moy P prog

dance 4+(nb prog-1)h² 1

Héritabilité (h2) et précision (rép) des carac-Héritabilité (h2) et précision (rép) des carac-tères basés sur une évaluation individuelle tères basés sur une évaluation individuelle

(avec mesures sevrage - postsevrage)(avec mesures sevrage - postsevrage) Carac- h² rép rép en

tères max pratique

FV d 0,05 à 0,15 32 22

PN d 0,25 à 0,40 57 53

GN-S 0,25 à 0,30 52 41

G Post 0,45 à 0,50 69 n d

GN-1an 42

Précision équivalente à l’ÉPD basé Précision équivalente à l’ÉPD basé sur la performance ( 1 mesure ) pour sur la performance ( 1 mesure ) pour un caractère ayant divers un caractère ayant divers h²h² h² répª Nb pro- Frère Demi-F

% génitures Soeur Demi-S

0,1 32 5 5 26

0,3 55 6 9 impossible

0,6 77 9 impossible impossible

ª précision maximum théorique

Source : Principes d ’améliorations… F. Minvielle

Impact de ne pas avoir les performan-Impact de ne pas avoir les performan-ces du sujet dans ses ÉPD pour un ces du sujet dans ses ÉPD pour un reproducteurreproducteur

- pour un taureau

si 10 à 15 descendants c’est supérieur à ses performances individuelles seules

- pour une vache

5 à 6 veaux et plus correspond à autant de vêlages donc difficile à récupérer dans la vie de l ’animal

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Exemple d’évolution de la Rép (en %) Exemple d’évolution de la Rép (en %) au PATBQ selon le nombre de au PATBQ selon le nombre de descendants ( sans postsevrage )descendants ( sans postsevrage )Nbre PN FVd Gn-sev AL FVm

desc

1 13 5 8 1 1

3 31 14 22 1 1

5 43 21 32 2 1

8 55 29 42 3 1

Perfor53 22 36 9 5

Structure etStructure et fonctionnement au fonctionnement au

PATBQ PATBQ

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Structure évaluation base de la Structure évaluation base de la descendance - BIOdescendance - BIO

Données de station

Données brutes

ÉPD D. B. ÉPD

Télécom.

Papier

BIO

PATBQ central

Sites PATBQ

Autres pro-grammes

Structure évaluation base de Structure évaluation base de la descendance - PATBQ la descendance - PATBQ

IntermédiaireÉPD-BIO (***,*)

ou

-Performances P. -Performances M.

-Descendants -Descendants de

1990 à 2001 1990 à 2001

Performances

Père Mère

Veaux 01

Ex. de contribution des générations pour Ex. de contribution des générations pour un caractère direct tel ÉPD nais-sevun caractère direct tel ÉPD nais-sev

Génération Ordre de grandeur

Ascendants ( 2 parents ) 15 -20 %

Sujet ( performance ) 30 -40 %

Descendants 40 -55 %

DST - MAPAQ

DST - MAPAQ

Résumé évaluation PATBQRésumé évaluation PATBQ Fonctionnement uniforme entre races Base mobile ( moyenne = 0 ) pour tous

les caractères Même méthodologie de calcul Mêmes caractères publiés Nombre minimum de sujets dans un

groupe de contemporains

Priorité d ’impression sur PAR12Priorité d ’impression sur PAR12 Naissances naturelles :

– ÉPD du troupeausinon

– ÉPD de BIOsinon

– Raison de non calcul

– À noter que les taureaux avec *** et * que leurs ÉPD de troupeau = BIO = référence

Priorité d ’impression sur PAR12Priorité d ’impression sur PAR12 Embryons :

– ÉPD du troupeau ( sur descendance )sinon

– ÉPD de BIOsinon

– la moitié des ÉPD du troupeau des parentssinon

– la moitié des ÉPD de BIO des parentssinon

– Raison de non calcul

Distribution normaleDistribution normale

99 50 % 1

Moyenne TOP

Distribution au PATBQ des caractères Distribution au PATBQ des caractères ÉPD des veaux CH des 3 dernières années ÉPD des veaux CH des 3 dernières années (unité en kg)(unité en kg)

% PN FV FV Gain Apt. Gain

sup. Dir Mat. N-S lait. N-1a

1 -2,6 3 3 7,5 5,4 14,4

10 -1,1 1 1 4,4 2,3 8,7

50 0,1 0 0 0,9 0,2 2,5

90 1,4 -1 -1 -1,9 -1,3 -3,1

99 2,8 -4 -2 -5,2 -3,1 -9,2

Variation possible des ÉPD selon Variation possible des ÉPD selon la répétabilité (+ ou -) (unité en kg)la répétabilité (+ ou -) (unité en kg) % PN FV FV Gain Apt. Gain

Rép. Dir Mat. N-S lait. N-1a40 1,0 2,3 1,8 5,6 5,1 6,9

60 0,8 1,9 1,5 4,6 4,2 5,7

70 0,7 1,6 1,3 3,9 3,6 4,9

80 0,6 1,3 1,1 3,2 2,9 4,0

90 0,4 0,7 0,8 2,3 2,1 2,8

99 0,1 0,3 0,2 0,7 0,7 0,9

Exemple de variation d’un sujet Exemple de variation d’un sujet (unité en kg)(unité en kg)

PN FV FV Gain Apt. Gain

Dir Mat. N-S lait. N-1a

ÉPD -0,9 3,0 2,0 4,1 6,4 8,2

Rép. 92 60 44 68 37 58

Var. 0,4 1,9 1,8 4,0 5,1 5,7

Max. -1,3 4,9 3,8 8,1 11,5 13,9

Min. -0,5 1,1 0,2 0,1 1,3 2,5

RésuméRésumé pour sélectionner pour sélectionner

Rang centile par race Variation possible selon niveau

de répétabilité Corrélation entre les caractères

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9.Liens génétiques entre troupeaux9.Liens génétiques entre troupeaux Avec liens- comparaison des animaux entre troupeau ayant des

liens

- à la fin du test en station on fournit les ÉPD du taureau

Sans liens- comparaison des animaux à l’intérieur du troupeau

seulement

- à la fin du test en station les ÉPD du taureau ne sont pas fournis

9.Liens génétiques entre troupeaux9.Liens génétiques entre troupeaux

Pour avoir des liens- un minimum de 15 veaux ou 25 % des veaux issus

de taureau avec évaluation partielle (*) ou complète (***) sur l’ensemble des cycles de production

Exigences pour évaluation Partielle Complète - rép du gain naiss-sev 40 % 60 %

- nbre de troupeaux min 1 3

- nbre de descendants min 1 5

Ex de l’évolution vers des liensEx de l’évolution vers des liens

An Nb veaux % Rap- Liens

total issus * cumul port

1 8 2 25 non ---

2 8 1 19 oui non

3 12 4 25 oui oui

4 12 2 23 oui non

5 16 7 29 oui oui

Interrelation entre les sujets

ÉPD

ÉPD

Groupe con-temporain

Évaluation

Père

Race

Troupeau

Exemple d’évolution des ÉPD de sujets Exemple d’évolution des ÉPD de sujets avec anomalie = évolution non prévisibleavec anomalie = évolution non prévisible

Éva- ÉPD Rép. Nb Nb Étoileluation (kg) (%) desc troup#

1998 +2,5 35 0 1

1999 -3,8 45 2 2 *

2000 +1,5 58 4 3 *

2001 +1,4 67 6 4 ***

# nombre de troupeaux impliqués

12. Évolution des ÉPD dans le temps 12. Évolution des ÉPD dans le temps pour un sujetpour un sujet

Vêlage des

descendants ÉPD

Naissance des

descendants Pur-sang

Performance domestique

Parents Fullblood

Intra Inter

(sans lien) (avec lien)

Troupeaux

Exemple d’évolution des ÉPD pour un Exemple d’évolution des ÉPD pour un nouveau participantnouveau participant

Nouv. An- Nb Éval Rép ÉPD

évalua- née de * ou veaux du

tion père *** % père

1 1 ~ idem ~ 0

2 1 ~ var. ~ 0

oui 2 1 * ~ var. Vari-

tion

13. Orientations futures13. Orientations futures

Dans le cadre de la refonte du PATBQ :

remplacement du module de calcul intérimaire par 3 ou 4 évaluations par année

13. Orientations futures13. Orientations futuresAvantages de 3 ou 4 évaluation / année

- simplicité de la façon de faire

- facilité de vêlage en %

- 1 seul ÉPD / sujet peu importe le troupeau

- évolution des ÉPD plus graduelle

- possibilité d’avoir de nouveaux caractères

Inconvénients de 3 ou 4 évaluation / année

- délai plus long pour que les données

soient incluses dans les valeurs d’ÉPD

14. Conclusion14. ConclusionLa précision des ÉPD est fonction de :

- la précision des données brutes

- la dimension du groupe contemporain

- le suivi au contrôle sur plusieurs années

- l’intégrité des données de tous les troupeaux contrôlés

Bon travail