1. baze de date bd integrată ncbi (i). utilizarea ... · intraţi pe fiecare opţiune din...
Post on 15-Feb-2020
26 Views
Preview:
TRANSCRIPT
1
1. BAZE DE DATE – BD integrată NCBI (I). Utilizarea motorului
de căutare GQUERY şi modulul PUBMED
1.1. Obiectivele lucrării de laborator sunt:
- căutări în bazele de date după cuvinte-cheie
- deprinderea creării interogărilor
- căutări de articole medicale în bazele de date după autor
- căutări de articole medicale în bazele de date după autor şi cuvinte-cheie.
1.2. Prezentare generală
“Entrez” permite reconstituirea datelor din biologia moleculară şi vizualizarea citărilor
bibliografice din bazele de date integrate ale NCBI (National Center for Biotechnology
Information).
Acest motor de căutare se accesează la adresa: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery
Printre modulele incluse în baza de date integrată NCBI se găsesc:
PubMed cuprinde citări şi articole biomedicale din BD Medline
BD de secvenţe nucleotide (GenBank)
BD de secvenţe proteice
Structuri macromoleculare 3D.
Figura 1.2.a. Legăturile intra şi inter baze de date
2
1.3. Utilizarea Gquery
Figura 1.3.a. Interfaţa motorului de căutare
Ne propunem să utilizăm motorul de căutare Gquery folosind următoarele exemple de
căutări: Pentru aceasta va trebui ca din motorul de cautare sa selectam Protein (baza de date despre
proteine)
camp activated protein kinase
“camp activated protein kinase”
“camp activated” “protein kinase”
o “camp dependent protein kinase”
o immunoglob*.
Figura 1.3.b. Selectarea bazei de date corespunzatoare din Gquery.
3
Figura 1.3.c. Exemplu de interogare a bazei de date după cuvinte-cheie
În acest scop urmăm paşii:
- se alege baza de date
- se introduce interogarea în fereastra “Details”.
Intraţi pe fiecare opţiune din fereastra („Top Organism”, “Search Details” şi “Advanced=>
History”) şi observaţi cum puteţi aplica diverse limitări ale vizualizării informaţiei rezultat, cum
puteţi opera cu interogările anterioare (figura 1.3.d.) şi care este expresia logică a interogării (figura
1.3.c).
Restul căutărilor le faceţi individual şi observaţi diferenţele ce survin în cadrul opţiunii
“Details”.
Figura 1.3.d. Prezentarea interogărilor anterioare
4
1.3.1. Calificatorii câmpului Gquery
Formatul general al calificatorilor “Entrez” sunt prezentaţi sub forma:
term [qualifier]
unde:
o term este şirul căutat
o qualifier specifică câmpul de căutat în BD specifică şi poate fi:
ACCN număr de acces
DATE anul publicaţiei
JOUR numele jurnalului
MAJR topica MeSH
PAGE prima pagină
PROP proprietăţi
PTYP tipul publicaţiei
TITL cuvânt de titlu
SLEN lungimea secvenţei
WORD cuvânt text
AUTH numele autorului
GENE numele genei
KYWD cuvânt cheie
MDAT data modificării
ORGN organismul
PDAT data publicării/creării
PROT numele proteinei
SQID id-ul secvenţei
SUBS substanţa
VOL volumul
1.3.2. Exemple
a. Căutaţi articole după Bourne PE ca autor.
Figura 1.3.2.a. Exemplu de căutare după Bourne PE [AUTH]
5
Dacă se doreşte o căutare avansată, formatul interogărilor booleene este:
term [field] operator term [field]
Operatorii pot fi :
o AND (intersecţie)
o OR (reuniune)
o BUTNOT (diferenţă)
b. Căutaţi articole ale autorului Taylor P care conţin informaţii despre “protein kinase”
(figurile 1.3.2.b şi 1.3.2.c).
Figura 1.3.2.b. Exemplu de căutare după Taylor P [AUTH] AND “protein kinase”
Figura 1.3.2.c. Exemplu de căutare cu ajutorul PubMed după Taylor P [AUTH] AND “protein
kinase”
6
Notă:
Observaţi deosebirile între cele două motoare de căutare!
Reţineţi că putem utiliza următoarele legături:
o PubMed Neighbors
o Text & MeSH
o Protein and Nucleotide Neighbors
o BLAST
o Macromolecular Structure Neighbors
o VAST
pe care le vom exemplifica în lucrarea de laborator următoare.
1.4. Utilizarea PubMed
Pentru a efectua căutări cu ajutorul secţiunii “PubMed” alegem opţiunea “PubMed:
biomedical literature citations and abstracts” (figura 1.4.a)
Figura 1.4.a. Opţiunea PubMed de căutare
Prin căutarea cu PubMed putem să:
identificăm conceptele cheie din căutarea noastră
introducem termenii în căsuţa de search
primim sugestii automate pe măsura completării termenilor în căsuţa de căutare
1.4.1. Exemple
a) Dacă dorim să aflăm ce rol are durerea în tulburările de somn introducem în căsuţa de
căutare cele două concepte-cheie: pain şi sleeping disorders
b) Dacă dorim să căutăm după autor, introducem numele de familie al autorului plus iniţialele,
fără punctuaţie, în căsuţă şi apăsăm butonul search (Ex. Watson JD, Lederberg J).
c) Apăsăm Advanced search pentru a căuta după Autor, Jurnal, Data Publicării .
Pentru a căuta articole citate scrise de Bonnie W. Ramsey despre terapia genetică în fibroza
7
chistică (cystic fibrosis), introducem următorii termeni de căutare în căsuţă: cystic fibrosis gene
therapy ramsey bw
d) Publicaţii cu numele complet al autorilor pot fi căutate numai din 2002 (Ex. Joshua
Lederberg, Garcia Algar, Oscar).
e) Dacă ştim numai numele de familie al autorului vom introduce în căsuţa de căutare după
autor urmatoarele: numeautor[au].
f) Pentru a căuta citate despre drosophila (musculiţa de oţet ) în jurnalul “Molecular Biology
of the Cell” introducem următoarele în căsuţa de căutare: molecular biology of the cell
drosophila.
g) Dacă căutăm studii sistematice despre terapia inhalatorie în pneumonie, din pagina
“Clinical queries” apăsăm Systematic Reviews şi introducem următorii termeni în căsuţa de căutare:
inhalation therapy pneumonia (figura 1.4.1.a)
Figura 1.4.1.a. Exemplu de interogare clinică prin intermediul PubMed
h) Pentru a găsi informaţii despre anemia falciforma (siclemia) din “Clinical Queries” apăsăm
Medical Genetic Search, apoi facem click pe All check box pentru a deselecta toate categoriile şi
Genetic Counseling, după care introducem următorii termeni în căsuţa de căutare: sickle cell
anemia.
1.5. Exerciţii propuse
o Lucraţi cu tutorialul Entrez de la adresa:
8
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/tut1.html
o Găsiţi referinţe despre paralizia facială. Vizualizaţi înregistrările în formatul: rezumat şi
autor.
o Găsiţi secvenţa acidului nucleic murinic implicat în apoptoză şi cancer. Descrieţi toate
înregistrările pe o pagină web.
o Găsiţi secvenţa proteică cauzatoare de SIDA apărută în revista Nature. Salvaţi strategia de
căutare pentru o căutare ulterioară.
o Gasiti articolul care sa contina cuvantul „P453” .
o Gasiti articolele scrise de Mihalas GI publicate in anul 1970.
o Gasiti cel mai recent articol care contine substanta „magnesium orotate”.
o Gasiti articolul care sa contina cuvantul-cheie albumin despre organismul „homo sapiens” .
Raspunsuri
Gasiti articolul care sa contina cunvatul „P453
R: P453 [word]]
Gasiti articolele scrise de Mihalas GI publicate in anul 1970.
R: mihalas gi [auth] AND 1970 [PDAT]
o Gasiti cel mai recent articol care contine substanta „magnesium orotate”.
R: magnesium orotate [subs]
o Gasiti articolul care sa contina cuvantul-cheie albumin despre organismul „homo sapiens” .
ALBUMIN [KEYWORD] iar apoi se selecteaza din stanga species=> human.
top related